View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF15758_low_1 (Length: 964)

Name: NF15758_low_1
Description: NF15758
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF15758_low_1
NF15758_low_1
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (9-939)||(48985719-48986650)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 859; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 859; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 9 - 939
Target Start/End: Original strand, 48985719 - 48986650
Alignment:
Q  9 agtgagaagaaacaaccatatacctatgtctgatgtgaggtgtctgagctcaagatgtttagtttgtttttcagaaatagtatcnnnnnnngcctgaaaa 108  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||       |||||||||    
T  48985719 agtgagaagaaacaaccatatacctatgtctgatgtgaggtgtctgagctcaagatgtttagtttgtttttcagaaatagtatctttttttgcctgaaaa 48985818  T
Q  109 gaaatggaatcatttcctacaattactttatatatgaaaagaaaattcattaagctgcattctgtaattaagtgggtgctttctctttaagattctcaaa 208  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  48985819 gaaatggaatcatttcctacaattactttatatatgaaaagaaaattcattaagctgcattctgtaattaagtggatgctttctctttaagattctcaaa 48985918  T
Q  209 tttgaatttgtttatgctatgtttgaatgagttggaagaagggaaacaaaggctaaaagagatttaggcctcttctttgaagatttttaaagaaagaaat 308  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  48985919 tttgaatttgtttatgctatgtttgaatgagttggaagaagggaaacaaaggctaaaagagatttaggcctcttctttgaagatttttaaagaaagaaat 48986018  T
Q  309 agaaggtaaagtgttccctgtgccttgtcacttgcttaaaacatagttaaggtttgagttatacatgtttt-tgtattcaaattctgtttttagtcacca 407  Q
    |||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |    
T  48986019 agaaggtaaagtgttccccgagccttgtcacttgcttaaaacatagttaaggtttgagttatacatgttttttgtattcaaattctgtttttagtcacta 48986118  T
Q  408 tcaaattaaatgattatgcgtctggttaagagctagctatttctatgtgtcatgtcctggtcaatgtaaataataaaaatttggaaactttttacaacat 507  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  48986119 tcaaattaaatgattatgcgtctggttaagagctagctatgcctatgtgtcatgtcctggtcaatgtaaataataaaaatttggaaactttttacaacat 48986218  T
Q  508 tcagcaatgtacccagaaaagtgtgctgaggttgagtctctaggaggactttgaagacatttgatgaatctgtttctgctgcaaattgcaatactgagaa 607  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  48986219 tcagcaatgtacccagaaaagtgcgctgaggttgagtctctgggaggactttgaagacatttgatgaatctgtttctgctgcaaattgcaatactgagaa 48986318  T
Q  608 agagaatatccttagcgaattcctaacctttgagcattgccatgcattcagctatgtcagattccaggagcagtggcctattccaacaagccacagcaac 707  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  48986319 agagaatatccttagcgaattcctaacctttgagcgttgccatgcattcagctatgtcagattccaggagcagtggcctattccaacaagccacagcaac 48986418  T
Q  708 tacaactgcctctgcatctcgaaccacggaagctagtccccatctgccttcgtcatcaaggcctgcggcatcagcattgagtttaaaagagccactgaca 807  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  48986419 tacaactgcctctgcatctcgaaccacggaagctagtccccatctgtcttcgtcatcaagacctgcggcatcagcattgagtttaaaagagccactgaca 48986518  T
Q  808 ggtgcagaccagtgaacattgcaatttggcacaggtattgatgcgaaactgatcttatgtagcacatcagctgcattatcaaaactccaaactgatctaa 907  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  48986519 ggtgcagaccagtgaacattgcaatttggcacaggtattgatgcgaaactgatcttatgtagcacatcagctgcattatcaaaactccaaactgatctaa 48986618  T
Q  908 ttgcattgtgatggaaggtcatggcatcggga 939  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  48986619 ttgcattgtgatggaaggtcatggcatcggga 48986650  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University