View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF15765_low_3 (Length: 565)

Name: NF15765_low_3
Description: NF15765
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF15765_low_3
NF15765_low_3
[»] chr3 (3 HSPs)
chr3 (11-550)||(20596742-20597282)
chr3 (47-277)||(3814478-3814708)
chr3 (442-540)||(3814207-3814305)
[»] chr6 (4 HSPs)
chr6 (44-550)||(8697776-8698281)
chr6 (111-277)||(11385722-11385888)
chr6 (59-207)||(26449191-26449339)
chr6 (68-165)||(20484601-20484698)
[»] chr8 (4 HSPs)
chr8 (81-277)||(23705951-23706147)
chr8 (59-207)||(24747286-24747434)
chr8 (468-539)||(23705684-23705755)
chr8 (358-428)||(23705794-23705864)
[»] chr5 (6 HSPs)
chr5 (47-277)||(23331148-23331378)
chr5 (111-277)||(21793446-21793612)
chr5 (59-282)||(24505843-24506066)
chr5 (342-546)||(23331451-23331654)
chr5 (59-210)||(21009112-21009263)
chr5 (467-531)||(24506258-24506322)
[»] chr4 (4 HSPs)
chr4 (47-277)||(20622765-20622995)
chr4 (342-546)||(20623068-20623271)
chr4 (111-277)||(37102307-37102473)
chr4 (364-428)||(37102156-37102220)
[»] chr2 (3 HSPs)
chr2 (110-228)||(15811578-15811696)
chr2 (111-277)||(27654771-27654936)
chr2 (68-180)||(3126900-3127012)
[»] chr7 (2 HSPs)
chr7 (59-159)||(19011915-19012015)
chr7 (442-542)||(29018-29118)
[»] scaffold0649 (1 HSPs)
scaffold0649 (110-228)||(1261-1379)
[»] chr1 (1 HSPs)
chr1 (59-184)||(24329797-24329922)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 408; Significance: 0; HSPs: 3)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 408; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 11 - 550
Target Start/End: Original strand, 20596742 - 20597282
Alignment:
Q  11 atttgtttcatagggtgcaaggatagnnnnnnnaactgtaggagtgttattgggcttgatggttgtttcctgaagggttactatggtgggaagttgctcg 110  Q
    |||||||||| |||||||||||||||       |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  20596742 atttgtttcaaagggtgcaaggatagtttttttaactgtaggagtgttattgggcttgatggttgtttcctgaagggttactatggtgggatgttgctcg 20596841  T
Q  111 ctgctattggaagggatcctaatgatcagatgcttccaatagcttatgctgtggtggaaggagagaccaaggaatcttagaagtggttcttggagcttct 210  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||| ||    
T  20596842 ctgctattggaagggatcctaatgatcagatgcttccaatagcttatgctgtggtggaaggagagaccaaggaatcttggaattggttcttggagctact 20596941  T
Q  211 aattgctgatttaggtggaccaagactgtgtaagacttacacttttattagtgtccaacaaaaggtagttttacttcattattgtctttttaaatgttag 310  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||    
T  20596942 aattgctgatttaggtggaccaagactatgtaagacttacacttttattagtgaccaacaaaaggtagttttacttcattattgtctttttacttgttag 20597041  T
Q  311 ac--nnnnnnnctgtttatttaacaatcacaattacattgcagggtcttttgccggctatggatgagttactacctgatgttgatcaaaggttttgtgtc 408  Q
    ||         |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  20597042 acttttttttcctgtttatttaacaatcacaattacattgcagggtcttttgccgactatggatgagttactacctgatgttgatcaaaggttttgtgtc 20597141  T
Q  409 aggcatctgtacaataactttagnnnnnnnncatcctgggaaaaagttaaaggagttgatgtggagggcagcaaaagcaacctatgaaaatgcattcaat 508  Q
    |||||||||||||||||||||||        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |    
T  20597142 aggcatctgtacaataactttag-gaaaaaacatcctgggaaaaagttaaaggagttgatgtggagggcagcaaaagcaacttatgaaaatgcattcatt 20597240  T
Q  509 gatgccatgaaagagatcaaggatataagtgaaggagcatat 550  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  20597241 gatgccatgaaagagatcaaggatataagggaaggagcatat 20597282  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 87; E-Value: 2e-41
Query Start/End: Original strand, 47 - 277
Target Start/End: Complemental strand, 3814708 - 3814478
Alignment:
Q  47 tgtaggagtgttattgggcttgatggttgtttcctgaagggttactatggtgggaagttgctcgctgctattggaagggatcctaatgatcagatgcttc 146  Q
    ||||||||| |||||||| | ||||| || ||| |||||||||||||||||||| ||||||| ||||| ||||||||||| || ||||| ||||||||||    
T  3814708 tgtaggagtattattgggttagatgggtgcttcttgaagggttactatggtgggcagttgctagctgcaattggaagggacccaaatgaccagatgcttc 3814609  T
Q  147 caatagcttatgctgtggtggaaggagagaccaaggaatcttagaagtggttcttggagcttctaattgctgatttaggtggaccaagactgtgtaagac 246  Q
    ||||||| | || |||||| ||||| || || |||||||| | ||||||||| ||||| ||  | |||| ||| ||||||||||| ||| | || |||||    
T  3814608 caatagcatttgttgtggttgaaggtgaaacaaaggaatcatggaagtggtttttggaactcttgattggtgacttaggtggacccagattatgcaagac 3814509  T
Q  247 ttacacttttattagtgtccaacaaaaggta 277  Q
    |||||| || |||||||  ||||||||||||    
T  3814508 ttacaccttcattagtgatcaacaaaaggta 3814478  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000003
Query Start/End: Original strand, 442 - 540
Target Start/End: Complemental strand, 3814305 - 3814207
Alignment:
Q  442 tcctgggaaaaagttaaaggagttgatgtggagggcagcaaaagcaacctatgaaaatgcattcaatgatgccatgaaagagatcaaggatataagtga 540  Q
    |||||| || ||||| ||||| || |||||||||||||||||| |||| ||||| |||||||||  |||||  ||||||||||||||||| || |||||    
T  3814305 tcctggaaagaagttgaaggaattaatgtggagggcagcaaaatcaacttatgagaatgcattccttgatgtaatgaaagagatcaaggagattagtga 3814207  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 393; Significance: 0; HSPs: 4)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 393; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 44 - 550
Target Start/End: Original strand, 8697776 - 8698281
Alignment:
Q  44 aactgtaggagtgttattgggcttgatggttgtttcctgaagggttactatggtgggaagttgctcgctgctattggaagggatcctaatgatcagatgc 143  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8697776 aactgtaggagtgttatcgggcttgatggttgtttcctgaagggttactatggtgggatgttgcttgctgctattggaagggatcctaatgatcagatgc 8697875  T
Q  144 ttccaatagcttatgctgtggtggaaggagagaccaaggaatcttagaagtggttcttggagcttctaattgctgatttaggtggaccaagactgtgtaa 243  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||    
T  8697876 ttccaatagcttatgctgtggtggaaggagagaccaaagaatcttggaagtggttcttggagcttctaattggtgatttaggtggaccaagattgtgtaa 8697975  T
Q  244 gacttacacttttattagtgtccaacaaaaggtagttttacttcattattgtctttttaaatgttagacnnnnnnnctgtttatttaacaatcacaatta 343  Q
    |||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||       ||||||| ||||||||||||||||    
T  8697976 gacttacacttttattagtgaccagcaaaaggtagttttacttcattattgtctttttacatgttagactttttttctgtttaattaacaatcacaatta 8698075  T
Q  344 cattgcagggtcttttgccggctatggatgagttactacctgatgttgatcaaaggttttgtgtcaggcatctgtacaataactttagnnnnnnnncatc 443  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||        ||||    
T  8698076 cattgcagggtcttttgccagctatggatgagttactgcctgatgttgatcaaaggttttgtgtaaggcatctgtacaataactttag-gaaaaaacatc 8698174  T
Q  444 ctgggaaaaagttaaaggagttgatgtggagggcagcaaaagcaacctatgaaaatgcattcaatgatgccatgaaagagatcaaggatataagtgaagg 543  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  8698175 ctgggaaaaagttaaaggagttgatgtggagggcagcaaaagcaacatatgaaaatgcattcaatgatgccatgaaagatatcaaggatataagtgaagg 8698274  T
Q  544 agcatat 550  Q
    |||||||    
T  8698275 agcatat 8698281  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 59; E-Value: 1e-24
Query Start/End: Original strand, 111 - 277
Target Start/End: Original strand, 11385722 - 11385888
Alignment:
Q  111 ctgctattggaagggatcctaatgatcagatgcttccaatagcttatgctgtggtggaaggagagaccaaggaatcttagaagtggttcttggagcttct 210  Q
    |||| ||||||| |||||||||||| || || |||||||| || |||||||| ||||||||||||| ||| ||||| | || ||||||  ||||| ||||    
T  11385722 ctgcaattggaatggatcctaatgaccaaatacttccaattgcatatgctgttgtggaaggagagaacaaagaatcatggatgtggtttctggagattct 11385821  T
Q  211 aattgctgatttaggtggaccaagactgtgtaagacttacacttttattagtgtccaacaaaaggta 277  Q
     ||||||||||| |||||  ||||||| || || ||||||||| | ||||||| ||| |||||||||    
T  11385822 cattgctgatttgggtggcacaagactttgcaatacttacactataattagtgaccagcaaaaggta 11385888  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000003
Query Start/End: Original strand, 59 - 207
Target Start/End: Original strand, 26449191 - 26449339
Alignment:
Q  59 attgggcttgatggttgtttcctgaagggttactatggtgggaagttgctcgctgctattggaagggatcctaatgatcagatgcttccaatagcttatg 158  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||    |||||||| | |||||| ||||| ||||| | |||||| ||||| || || |||||||| || |  |    
T  26449191 attgggcttgatggttgtttccttaagggaccttatggtggaatgttgctggctgccattggtatggatccaaatgaccaaatacttccaattgcatggg 26449290  T
Q  159 ctgtggtggaaggagagaccaaggaatcttagaagtggttcttggagct 207  Q
     ||| || ||||||||||| || || || | ||| |||||||| |||||    
T  26449291 ttgttgttgaaggagagactaaagagtcctggaaatggttcttagagct 26449339  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 68 - 165
Target Start/End: Complemental strand, 20484698 - 20484601
Alignment:
Q  68 gatggttgtttcctgaagggttactatggtgggaagttgctcgctgctattggaagggatcctaatgatcagatgcttccaatagcttatgctgtggt 165  Q
    |||||||||||| |||| ||||| ||||| ||  |||||||| |||| ||||| ||||| || ||||| |||||| | || || ||||||| ||||||    
T  20484698 gatggttgtttcttgaaaggttattatgggggacagttgctcactgcaattgggagggacccaaatgaccagatgttgcctattgcttatgttgtggt 20484601  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 73; Significance: 4e-33; HSPs: 4)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 73; E-Value: 4e-33
Query Start/End: Original strand, 81 - 277
Target Start/End: Complemental strand, 23706147 - 23705951
Alignment:
Q  81 tgaagggttactatggtgggaagttgctcgctgctattggaagggatcctaatgatcagatgcttccaatagcttatgctgtggtggaaggagagaccaa 180  Q
    |||||||||||||||||||  ||||||| ||||| ||||||||||| |||||||| |||||| |||| ||||| | || |||||| ||||| || || ||    
T  23706147 tgaagggttactatggtggacagttgcttgctgcaattggaagggaccctaatgaccagatgattcctatagcatttgttgtggttgaaggtgaaacaaa 23706048  T
Q  181 ggaatcttagaagtggttcttggagcttctaattgctgatttaggtggaccaagactgtgtaagacttacacttttattagtgtccaacaaaaggta 277  Q
    |||||| | ||||||||| ||||| || || |||| ||| ||||||||| | ||| | || ||||||||||| ||||||||||  ||||||||||||    
T  23706047 ggaatcatggaagtggtttttggaactcctgattggtgacttaggtggaactagattatgcaagacttacacatttattagtgatcaacaaaaggta 23705951  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000001
Query Start/End: Original strand, 59 - 207
Target Start/End: Complemental strand, 24747434 - 24747286
Alignment:
Q  59 attgggcttgatggttgtttcctgaagggttactatggtgggaagttgctcgctgctattggaagggatcctaatgatcagatgcttccaatagcttatg 158  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||    |||||||| | |||||| ||||| ||||| | |||||| ||||| || || |||||||| || |  |    
T  24747434 attgggcttgatggttgtttccttaagggaccttatggtggaatgttgctggctgccattggtatggatccaaatgaccaaatacttccaattgcatggg 24747335  T
Q  159 ctgtggtggaaggagagaccaaggaatcttagaagtggttcttggagct 207  Q
    |||| || ||||||||||| || || || | ||| |||||||| |||||    
T  24747334 ctgttgttgaaggagagactaaagagtcctggaaatggttcttagagct 24747286  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 468 - 539
Target Start/End: Complemental strand, 23705755 - 23705684
Alignment:
Q  468 tgtggagggcagcaaaagcaacctatgaaaatgcattcaatgatgccatgaaagagatcaaggatataagtg 539  Q
    ||||||||||||||||||| || ||||| |||||||||  |||||  ||||||||||| || ||||| ||||    
T  23705755 tgtggagggcagcaaaagctacttatgagaatgcattccttgatgtaatgaaagagataaaagatattagtg 23705684  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000005
Query Start/End: Original strand, 358 - 428
Target Start/End: Complemental strand, 23705864 - 23705794
Alignment:
Q  358 ttgccggctatggatgagttactacctgatgttgatcaaaggttttgtgtcaggcatctgtacaataactt 428  Q
    ||||| |||||||||||  ||||||| ||||| || ||||| ||||||||||| || || |||||||||||    
T  23705864 ttgcctgctatggatgaactactaccggatgtagaacaaagattttgtgtcagacacctttacaataactt 23705794  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 71; Significance: 7e-32; HSPs: 6)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 71; E-Value: 7e-32
Query Start/End: Original strand, 47 - 277
Target Start/End: Original strand, 23331148 - 23331378
Alignment:
Q  47 tgtaggagtgttattgggcttgatggttgtttcctgaagggttactatggtgggaagttgctcgctgctattggaagggatcctaatgatcagatgcttc 146  Q
    ||||||||| | ||||| ||||||||||||||  | |||||||| ||||||||  || |  | ||||| ||||||||||| || |||||||| |||||||    
T  23331148 tgtaggagtataattggacttgatggttgttttttaaagggttattatggtggacagctcttggctgcaattggaagggaccccaatgatcaaatgcttc 23331247  T
Q  147 caatagcttatgctgtggtggaaggagagaccaaggaatcttagaagtggttcttggagcttctaattgctgatttaggtggaccaagactgtgtaagac 246  Q
    ||||||| | ||||||||| ||||| || || || ||||| | ||| ||||| |||||||| || ||||||||||||||||| |  ||| ||||   |||    
T  23331248 caatagcatttgctgtggttgaaggggaaacaaaagaatcatggaaatggtttttggagctacttattgctgatttaggtggtcatagattgtgcttgac 23331347  T
Q  247 ttacacttttattagtgtccaacaaaaggta 277  Q
    |||||||||||| ||||  ||||||||||||    
T  23331348 ttacacttttataagtgatcaacaaaaggta 23331378  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 63; E-Value: 4e-27
Query Start/End: Original strand, 111 - 277
Target Start/End: Complemental strand, 21793612 - 21793446
Alignment:
Q  111 ctgctattggaagggatcctaatgatcagatgcttccaatagcttatgctgtggtggaaggagagaccaaggaatcttagaagtggttcttggagcttct 210  Q
    |||| ||||||| |||||||||||| || || |||||||| || |||||||| ||||||||||||| ||| ||||| | || ||||||  ||||||||||    
T  21793612 ctgcaattggaatggatcctaatgaccaaatacttccaattgcatatgctgttgtggaaggagagaacaaagaatcatggatgtggtttctggagcttct 21793513  T
Q  211 aattgctgatttaggtggaccaagactgtgtaagacttacacttttattagtgtccaacaaaaggta 277  Q
     ||||||||||| |||||  ||||||| || || ||||||||| | ||||||| ||| |||||||||    
T  21793512 cattgctgatttgggtggcacaagactttgcaatacttacactataattagtgaccagcaaaaggta 21793446  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 60; E-Value: 3e-25
Query Start/End: Original strand, 59 - 282
Target Start/End: Original strand, 24505843 - 24506066
Alignment:
Q  59 attgggcttgatggttgtttcctgaagggttactatggtgggaagttgctcgctgctattggaagggatcctaatgatcagatgcttccaatagcttatg 158  Q
    ||||| || ||||| || ||| |||| || || ||||||||| | ||||| ||||| ||||| |||||||| |||||||| ||||||||||| || | ||    
T  24505843 attggactggatggatgcttcttgaaaggatattatggtgggcaattgctagctgcaattgggagggatccaaatgatcaaatgcttccaattgcatttg 24505942  T
Q  159 ctgtggtggaaggagagaccaaggaatcttagaagtggttcttggagcttctaattgctgatttaggtggaccaagactgtgtaagacttacacttttat 258  Q
     | |||| ||||| || || ||||| || | ||||||||| ||||||||||| |||||||| |||||||||   ||  |||| ||||| ||||| |||||    
T  24505943 ttttggtagaaggtgaaacaaaggagtcgtggaagtggtttttggagcttctgattgctgacttaggtggaagcaggttgtgcaagacatacacctttat 24506042  T
Q  259 tagtgtccaacaaaaggtagtttt 282  Q
    |||||  |||||||||||| ||||    
T  24506043 tagtgatcaacaaaaggtaatttt 24506066  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 45; E-Value: 2e-16
Query Start/End: Original strand, 342 - 546
Target Start/End: Original strand, 23331451 - 23331654
Alignment:
Q  342 tacattgcagggtcttttgccggctatggatgagttactacctgatgttgatcaaaggttttgtgtcaggcatctgtacaataactttagnnnnnnnnca 441  Q
    ||||||| |||| ||||| || |||||||||||  |||| ||||  ||||| ||||| || ||||| |||||||| ||||| ||||||||         |    
T  23331451 tacattgtagggacttttaccagctatggatgaactacttcctggagttgaccaaagattctgtgtgaggcatctttacaacaactttaggaagaaat-a 23331549  T
Q  442 tcctgggaaaaagttaaaggagttgatgtggagggcagcaaaagcaacctatgaaaatgcattcaatgatgccatgaaagagatcaaggatataagtgaa 541  Q
    |||||| || ||||| ||||| |||||||||| ||||||||| || |  ||||| ||||||||||||||||| |||  |||||| ||  | |||||||||    
T  23331550 tcctggaaagaagttgaaggaattgatgtggaaggcagcaaaggccagttatgataatgcattcaatgatgcaatggcagagataaaacagataagtgaa 23331649  T
Q  542 ggagc 546  Q
    |||||    
T  23331650 ggagc 23331654  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 44; E-Value: 9e-16
Query Start/End: Original strand, 59 - 210
Target Start/End: Complemental strand, 21009263 - 21009112
Alignment:
Q  59 attgggcttgatggttgtttcctgaagggttactatggtgggaagttgctcgctgctattggaagggatcctaatgatcagatgcttccaatagcttatg 158  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||    |||||||| | |||| | || || ||||||| |||||| ||||| || || |||||||| || | ||    
T  21009263 attgggcttgatggttgtttccttaaggggccttatggtggaatgttgttggcggcaattggaatggatccaaatgaccaaatacttccaattgcatttg 21009164  T
Q  159 ctgtggtggaaggagagaccaaggaatcttagaagtggttcttggagcttct 210  Q
    | || || |||||||||||||| || || | ||| |||||||||||||||||    
T  21009163 cagttgttgaaggagagaccaaagagtcctggaaatggttcttggagcttct 21009112  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000008
Query Start/End: Original strand, 467 - 531
Target Start/End: Original strand, 24506258 - 24506322
Alignment:
Q  467 atgtggagggcagcaaaagcaacctatgaaaatgcattcaatgatgccatgaaagagatcaagga 531  Q
    ||||||| |||||| || | ||| ||||||||||||||  ||||||| ||||||||||| |||||    
T  24506258 atgtggaaggcagctaaggtaacttatgaaaatgcatttgatgatgcaatgaaagagataaagga 24506322  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 67; Significance: 2e-29; HSPs: 4)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 67; E-Value: 2e-29
Query Start/End: Original strand, 47 - 277
Target Start/End: Original strand, 20622765 - 20622995
Alignment:
Q  47 tgtaggagtgttattgggcttgatggttgtttcctgaagggttactatggtgggaagttgctcgctgctattggaagggatcctaatgatcagatgcttc 146  Q
    ||||||||| | ||||| ||||||||||||||  | |||||||||||||||||  || |  | ||||| ||||||||||| || |||||||| |||||||    
T  20622765 tgtaggagtataattggacttgatggttgttttttaaagggttactatggtggacagctcttggctgcaattggaagggaccccaatgatcaaatgcttc 20622864  T
Q  147 caatagcttatgctgtggtggaaggagagaccaaggaatcttagaagtggttcttggagcttctaattgctgatttaggtggaccaagactgtgtaagac 246  Q
    ||||||| | ||||||||| ||||| || || || ||||| |  || ||||| ||||| || || ||||||||| ||||||| || ||| ||||   |||    
T  20622865 caatagcatttgctgtggttgaaggggaaacaaaagaatcatgaaaatggtttttggaactactcattgctgatctaggtggtcctagattgtgcttgac 20622964  T
Q  247 ttacacttttattagtgtccaacaaaaggta 277  Q
    |||||||||||| ||||  ||||||||||||    
T  20622965 ttacacttttataagtgatcaacaaaaggta 20622995  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 53; E-Value: 4e-21
Query Start/End: Original strand, 342 - 546
Target Start/End: Original strand, 20623068 - 20623271
Alignment:
Q  342 tacattgcagggtcttttgccggctatggatgagttactacctgatgttgatcaaaggttttgtgtcaggcatctgtacaataactttagnnnnnnnnca 441  Q
    ||||||| |||| ||||| || |||||||||||  |||| ||||  ||||| ||||| || ||||| |||||||| ||||| ||||||||         |    
T  20623068 tacattgtagggacttttaccagctatggatgaactacttcctggagttgaccaaagattatgtgtgaggcatctttacaacaactttaggaagaaat-a 20623166  T
Q  442 tcctgggaaaaagttaaaggagttgatgtggagggcagcaaaagcaacctatgaaaatgcattcaatgatgccatgaaagagatcaaggatataagtgaa 541  Q
    |||||| || ||||| ||||| |||||||||| |||||||||||| |  ||||| ||||||||||||||||| |||  |||||| || || |||||||||    
T  20623167 tcctggaaagaagttgaaggaattgatgtggaaggcagcaaaagccagttatgataatgcattcaatgatgcaatggcagagataaaagagataagtgaa 20623266  T
Q  542 ggagc 546  Q
    |||||    
T  20623267 ggagc 20623271  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000003
Query Start/End: Original strand, 111 - 277
Target Start/End: Complemental strand, 37102473 - 37102307
Alignment:
Q  111 ctgctattggaagggatcctaatgatcagatgcttccaatagcttatgctgtggtggaaggagagaccaaggaatcttagaagtggttcttggagcttct 210  Q
    |||||||| ||||||| || ||| |||| |||||||||||| |   ||   |||| ||||| ||||| ||  |||||| ||| ||||| |||||||  ||    
T  37102473 ctgctatttgaagggacccaaattatcaaatgcttccaatatcaattgtattggttgaaggggagacaaaaaaatcttggaaatggtttttggagcagct 37102374  T
Q  211 aattgctgatttaggtggaccaagactgtgtaagacttacacttttattagtgtccaacaaaaggta 277  Q
     |||||||| |||||||||||  || ||||   |||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  37102373 cattgctgacttaggtggacctggattgtgcttgacttacacttttattagtgaccaacaaaaggta 37102307  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000008
Query Start/End: Original strand, 364 - 428
Target Start/End: Complemental strand, 37102220 - 37102156
Alignment:
Q  364 gctatggatgagttactacctgatgttgatcaaaggttttgtgtcaggcatctgtacaataactt 428  Q
    ||||||||||||||||| ||||  || |||||||  |||||||| |||||||| ||||| |||||    
T  37102220 gctatggatgagttacttcctggagtggatcaaatattttgtgtgaggcatctttacaacaactt 37102156  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 43; Significance: 0.000000000000003; HSPs: 3)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000003
Query Start/End: Original strand, 110 - 228
Target Start/End: Complemental strand, 15811696 - 15811578
Alignment:
Q  110 gctgctattggaagggatcctaatgatcagatgcttccaatagcttatgctgtggtggaaggagagaccaaggaatcttagaagtggttcttggagcttc 209  Q
    ||||| ||||||| |||||||||||| || || |||||||| || |||||| | |||||||||||||| || ||||| | | | ||||| ||||||||||    
T  15811696 gctgcaattggaatggatcctaatgaccaaatacttccaattgcatatgctcttgtggaaggagagactaaagaatcatgggaatggtttttggagcttc 15811597  T
Q  210 taattgctgatttaggtgg 228  Q
    | || |||||||| |||||    
T  15811596 tcatagctgattttggtgg 15811578  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000005
Query Start/End: Original strand, 111 - 277
Target Start/End: Original strand, 27654771 - 27654936
Alignment:
Q  111 ctgctattggaagggatcctaatgatcagatgcttccaatagcttatgctgtggtggaaggagagaccaaggaatcttagaagtggttcttggagcttct 210  Q
    |||| ||||||| |||||||||||| || || |||||||| ||||||||| | |||||||||||||  || ||||| |  |  ||||| |||||||||||    
T  27654771 ctgcaattggaatggatcctaatgacca-atacttccaattgcttatgctatcgtggaaggagagaataaagaatcatgaacatggtttttggagcttct 27654869  T
Q  211 aattgctgatttaggtggaccaagactgtgtaagacttacacttttattagtgtccaacaaaaggta 277  Q
     || ||| || | |||||  | ||||| || || ||||||||| | |||||||  || |||||||||    
T  27654870 catagctaatcttggtggcactagactttgcaaaacttacactataattagtgatcagcaaaaggta 27654936  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000008
Query Start/End: Original strand, 68 - 180
Target Start/End: Original strand, 3126900 - 3127012
Alignment:
Q  68 gatggttgtttcctgaagggttactatggtgggaagttgctcgctgctattggaagggatcctaatgatcagatgcttccaatagcttatgctgtggtgg 167  Q
    ||||| |||||||| || ||||| ||||| ||  | || ||| |||| ||||| || || |||||||| |||||| | ||||||||||||||||| || |    
T  3126900 gatgggtgtttcctaaaaggttattatggaggacaattactcactgccattgggagagaccctaatgaccagatgttgccaatagcttatgctgttgttg 3126999  T
Q  168 aaggagagaccaa 180  Q
    | || ||||||||    
T  3127000 agggtgagaccaa 3127012  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 41; Significance: 0.00000000000005; HSPs: 2)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000005
Query Start/End: Original strand, 59 - 159
Target Start/End: Complemental strand, 19012015 - 19011915
Alignment:
Q  59 attgggcttgatggttgtttcctgaagggttactatggtgggaagttgctcgctgctattggaagggatcctaatgatcagatgcttccaatagcttatg 158  Q
    ||||| |||||||| ||||| || || || || ||||||||  || |||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||| || ||||    
T  19012015 attggccttgatggatgttttctcaaagggtattatggtggtcagctgctggctgctattggaagggatcctaatgatcaaatgctaccaattgcatatg 19011916  T
Q  159 c 159  Q
    |    
T  19011915 c 19011915  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000003
Query Start/End: Original strand, 442 - 542
Target Start/End: Complemental strand, 29118 - 29018
Alignment:
Q  442 tcctgggaaaaagttaaaggagttgatgtggagggcagcaaaagcaacctatgaaaatgcattcaatgatgccatgaaagagatcaaggatataagtgaa 541  Q
    |||||| || ||||| || ||||| |||||||||||| | |  ||||| ||||| ||||| ||||| ||||| ||||| |||||||| ||||| ||||||    
T  29118 tcctggtaagaagttgaaagagttaatgtggagggcaaccagggcaacttatgataatgctttcaaagatgctatgaaggagatcaaagatattagtgaa 29019  T
Q  542 g 542  Q
    |    
T  29018 g 29018  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0649 (Bit Score: 40; Significance: 0.0000000000002; HSPs: 1)
Name: scaffold0649
Description:

Target: scaffold0649; HSP #1
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000002
Query Start/End: Original strand, 110 - 228
Target Start/End: Complemental strand, 1379 - 1261
Alignment:
Q  110 gctgctattggaagggatcctaatgatcagatgcttccaatagcttatgctgtggtggaaggagagaccaaggaatc-ttagaagtggttcttggagctt 208  Q
    ||||| ||||||| |||||||||||| || || |||||||| || |||| ||| || ||||||||||| || ||||| | |||| ||||| |||||||||    
T  1379 gctgcaattggaatggatcctaatgaccaaatacttccaattgcatatgatgttgttgaaggagagactaaagaatcatgagaa-tggtttttggagctt 1281  T
Q  209 ctaattgctgatttaggtgg 228  Q
    || ||||||||||| |||||    
T  1280 ctcattgctgatttgggtgg 1261  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 30; Significance: 0.0000002; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 59 - 184
Target Start/End: Complemental strand, 24329922 - 24329797
Alignment:
Q  59 attgggcttgatggttgtttcctgaagggttactatggtgggaagttgctcgctgctattggaagggatcctaatgatcagatgcttccaatagcttatg 158  Q
    |||||||| ||||| |||||| |||| ||||||||||| ||| |  | ||  |||||||||| |  ||||| |||||||| ||||| || || || ||||    
T  24329922 attgggctagatgggtgtttcttgaaaggttactatggcgggcaacttctaactgctattggtacagatccaaatgatcaaatgctacccattgcatatg 24329823  T
Q  159 ctgtggtggaaggagagaccaaggaa 184  Q
    |||| || ||||| ||||| ||||||    
T  24329822 ctgttgttgaaggggagacaaaggaa 24329797  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University