View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF15777_low_25 (Length: 393)

Name: NF15777_low_25
Description: NF15777
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF15777_low_25
NF15777_low_25
[»] chr1 (6 HSPs)
chr1 (125-375)||(45684604-45684854)
chr1 (9-124)||(20186825-20186940)
chr1 (9-124)||(30339636-30339751)
chr1 (9-124)||(51787272-51787387)
chr1 (9-118)||(9672956-9673062)
chr1 (24-124)||(43740406-43740506)
[»] chr3 (6 HSPs)
chr3 (9-120)||(49786397-49786508)
chr3 (9-125)||(8436880-8436996)
chr3 (9-124)||(47940826-47940941)
chr3 (9-124)||(8152977-8153094)
chr3 (9-124)||(29836754-29836868)
chr3 (24-118)||(48778972-48779066)
[»] chr7 (10 HSPs)
chr7 (9-124)||(48057683-48057798)
chr7 (9-124)||(496683-496798)
chr7 (9-124)||(11765707-11765822)
chr7 (9-124)||(42535198-42535313)
chr7 (9-124)||(2286458-2286573)
chr7 (9-124)||(25185917-25186032)
chr7 (9-117)||(23844642-23844750)
chr7 (9-120)||(7527248-7527359)
chr7 (9-124)||(31427244-31427361)
chr7 (9-104)||(40855135-40855231)
[»] chr2 (2 HSPs)
chr2 (9-124)||(13922185-13922300)
chr2 (9-121)||(11828960-11829072)
[»] chr5 (5 HSPs)
chr5 (9-123)||(38280257-38280371)
chr5 (9-124)||(25955944-25956059)
chr5 (9-124)||(1501353-1501468)
chr5 (9-124)||(42250116-42250231)
chr5 (16-124)||(7886355-7886463)
[»] chr4 (3 HSPs)
chr4 (9-124)||(52055132-52055247)
chr4 (9-124)||(1158239-1158354)
chr4 (16-104)||(49866670-49866758)
[»] chr8 (2 HSPs)
chr8 (9-124)||(4076928-4077043)
chr8 (9-119)||(3780343-3780453)
[»] chr6 (1 HSPs)
chr6 (9-124)||(33594503-33594618)


Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 243; Significance: 1e-134; HSPs: 6)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 243; E-Value: 1e-134
Query Start/End: Original strand, 125 - 375
Target Start/End: Complemental strand, 45684854 - 45684604
Alignment:
Q  125 ccacttaactagctatcgagaatatatcagacactaactactatagctgggaattaactgtctaactaacttcagctttctgtcaaagaaaacaatagat 224  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  45684854 ccacttaactagctatcgagaatatatcagacactaactaatatagctgggaattaactgtctaactaacttcagctttctgtcaaagaaaacaatagat 45684755  T
Q  225 tcaactctgagctgtactgtaacaccttatttcctctgtttcttcggatctcaactctcttggatatattatacacactagaggatgccaaactagtatc 324  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  45684754 tcaactctgagctgtactgtaacaccttatttcctctgtttcttcggatctcaactctcttggatatattatacacactagaggatgccaaactagtatc 45684655  T
Q  325 atttttctaaattcattcttgaaagcatccaattctaacccattttagaag 375  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  45684654 atttttttaaattcattcttgaaagcatccaattctaacccattttagaag 45684604  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 104; E-Value: 9e-52
Query Start/End: Original strand, 9 - 124
Target Start/End: Original strand, 20186825 - 20186940
Alignment:
Q  9 gagatgaatgaaagagaagagagacaaagtgtttgtggggtctaggacacgtgtcacatgtttatgtggaagtttaagtgtgtatgccacctatgggtgt 108  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  20186825 gagatggatgaaagagaagagagacaaagtgtttgtgggatctaggacacgtgtcacatgtttatgtggaggtttaagtgtgtatgccacctatgggtgt 20186924  T
Q  109 acatgtatcaccactc 124  Q
    ||||||||||||||||    
T  20186925 acatgtatcaccactc 20186940  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 104; E-Value: 9e-52
Query Start/End: Original strand, 9 - 124
Target Start/End: Complemental strand, 30339751 - 30339636
Alignment:
Q  9 gagatgaatgaaagagaagagagacaaagtgtttgtggggtctaggacacgtgtcacatgtttatgtggaagtttaagtgtgtatgccacctatgggtgt 108  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||    
T  30339751 gagatggatgaaagagaagagagacaaagtgtttgtggggtctaggacacgtgtcacatgtttatgtagaggtttaagtgtgtatgccacctatgggtgt 30339652  T
Q  109 acatgtatcaccactc 124  Q
    ||||||||||||||||    
T  30339651 acatgtatcaccactc 30339636  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 92; E-Value: 1e-44
Query Start/End: Original strand, 9 - 124
Target Start/End: Complemental strand, 51787387 - 51787272
Alignment:
Q  9 gagatgaatgaaagagaagagagacaaagtgtttgtggggtctaggacacgtgtcacatgtttatgtggaagtttaagtgtgtatgccacctatgggtgt 108  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||| |||    
T  51787387 gagatgcatgaaagagaagagagacaaagtgtttgtggggtctagagcacgtgtcacatgtttatgtgaaggtttaagtgtgtatgccacctatggatgt 51787288  T
Q  109 acatgtatcaccactc 124  Q
    ||||||||||||||||    
T  51787287 acatgtatcaccactc 51787272  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 75; E-Value: 2e-34
Query Start/End: Original strand, 9 - 118
Target Start/End: Original strand, 9672956 - 9673062
Alignment:
Q  9 gagatgaatgaaagagaagagagacaaagtgtttgtggggtctaggacacgtgtcacatgtttatgtggaagtttaagtgtgtatgccacctatgggtgt 108  Q
    |||||| |||||||||||||||||||  ||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||    
T  9672956 gagatggatgaaagagaagagagaca--gtgtttgtgga-tctaggacacgtgtcacatgtttatgtggaggtttaagtgtgtatgccacctataggtgt 9673052  T
Q  109 acatgtatca 118  Q
    ||||||||||    
T  9673053 acatgtatca 9673062  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 45; E-Value: 2e-16
Query Start/End: Original strand, 24 - 124
Target Start/End: Original strand, 43740406 - 43740506
Alignment:
Q  24 gaagagagacaaagtgtttgtggggtctaggacacgtgtcacatgtttatgtggaagtttaagtgtgtatgccacctatgggtgtacatgtatcaccact 123  Q
    |||||||||||||||||||||| ||| |||| ||| | |||||||||| |||||| ||||||||||| |||  | |||||| ||| |||| |||||||||    
T  43740406 gaagagagacaaagtgtttgtgaggtttaggccacatatcacatgtttgtgtggaggtttaagtgtgcatgtgatctatggatgttcatggatcaccact 43740505  T
Q  124 c 124  Q
    |    
T  43740506 c 43740506  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 108; Significance: 4e-54; HSPs: 6)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 108; E-Value: 4e-54
Query Start/End: Original strand, 9 - 120
Target Start/End: Complemental strand, 49786508 - 49786397
Alignment:
Q  9 gagatgaatgaaagagaagagagacaaagtgtttgtggggtctaggacacgtgtcacatgtttatgtggaagtttaagtgtgtatgccacctatgggtgt 108  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  49786508 gagatgaatgaaagagaagagagacaaagtgtttgtggggtctaggacacgtgtcacatgtttatgtggaggtttaagtgtgtatgccacctatgggtgt 49786409  T
Q  109 acatgtatcacc 120  Q
    ||||||||||||    
T  49786408 acatgtatcacc 49786397  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 85; E-Value: 2e-40
Query Start/End: Original strand, 9 - 125
Target Start/End: Original strand, 8436880 - 8436996
Alignment:
Q  9 gagatgaatgaaagagaagagagacaaagtgtttgtggggtctaggacacgtgtcacatgtttatgtggaagtttaagtgtgtatgccacctatgggtgt 108  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| || ||||||| || |||||| ||||||||||||||||||||||    
T  8436880 gagatggatgaaagagaagagagacaaagtgtttgtggggtctaagacacgtgtcatatatttatgtagaggtttaaatgtgtatgccacctatgggtgt 8436979  T
Q  109 acatgtatcaccactcc 125  Q
    |||| ||||||||||||    
T  8436980 acatatatcaccactcc 8436996  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 72; E-Value: 1e-32
Query Start/End: Original strand, 9 - 124
Target Start/End: Complemental strand, 47940941 - 47940826
Alignment:
Q  9 gagatgaatgaaagagaagagagacaaagtgtttgtggggtctaggacacgtgtcacatgtttatgtggaagtttaagtgtgtatgccacctatgggtgt 108  Q
    |||||| ||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||| || |||||    
T  47940941 gagatggatgaaaaggaagagagacaaagtgtttgtggggtctaggccacatgtcacatgtttgtgtggaggtttaagtgtgtatgccaccaataggtgt 47940842  T
Q  109 acatgtatcaccactc 124  Q
     |||||||||| ||||    
T  47940841 gcatgtatcactactc 47940826  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 71; E-Value: 5e-32
Query Start/End: Original strand, 9 - 124
Target Start/End: Complemental strand, 8153094 - 8152977
Alignment:
Q  9 gagatgaatgaaagagaagagagacaaagtgtttgtggggtctaggacacgtgtcacatgtttatgtggaagtttaagtgtgtatgccacctatgggtgt 108  Q
    |||||| || |||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||| ||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||| |||||    
T  8153094 gagatggataaaagagaagagagacaaagtgtttgtggagtctaggccacatgtcacatgtttatgtggaggtttaggtgtgtatgccacctataggtgt 8152995  T
Q  109 --acatgtatcaccactc 124  Q
      | ||||||||||||||    
T  8152994 gcatatgtatcaccactc 8152977  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 60; E-Value: 2e-25
Query Start/End: Original strand, 9 - 124
Target Start/End: Original strand, 29836754 - 29836868
Alignment:
Q  9 gagatgaatgaaagagaagagagacaaagtgtttgtggggtctaggacacgtgtcacatgtttatgtggaagtttaagtgtgtatgccacctatgggtgt 108  Q
    |||| |||||| |||||||||||||||||| |||||||||| |||| ||  ||| |||| ||| |||||| |||||||||||||||||||||||| ||||    
T  29836754 gagacgaatgagagagaagagagacaaagt-tttgtggggtgtaggtcatatgttacatatttgtgtggaggtttaagtgtgtatgccacctatgagtgt 29836852  T
Q  109 acatgtatcaccactc 124  Q
     |||||||||||||||    
T  29836853 gcatgtatcaccactc 29836868  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 47; E-Value: 1e-17
Query Start/End: Original strand, 24 - 118
Target Start/End: Original strand, 48778972 - 48779066
Alignment:
Q  24 gaagagagacaaagtgtttgtggggtctaggacacgtgtcacatgtttatgtggaagtttaagtgtgtatgccacctatgggtgtacatgtatca 118  Q
    ||||||||| ||||||||| ||| ||||||  ||| |||||||| |||||||||| |||||| || ||||||||||||| ||||| |||||||||    
T  48778972 gaagagagataaagtgtttatggagtctagaccacatgtcacatatttatgtggatgtttaaatgagtatgccacctataggtgtgcatgtatca 48779066  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 104; Significance: 9e-52; HSPs: 10)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 104; E-Value: 9e-52
Query Start/End: Original strand, 9 - 124
Target Start/End: Original strand, 48057683 - 48057798
Alignment:
Q  9 gagatgaatgaaagagaagagagacaaagtgtttgtggggtctaggacacgtgtcacatgtttatgtggaagtttaagtgtgtatgccacctatgggtgt 108  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||    
T  48057683 gagatggatgaaagagaagagagacaaagtgtttgtggggtctaggacacgtgtcacatgtttatgtggaagtttaaatatgtatgccacctatgggtgt 48057782  T
Q  109 acatgtatcaccactc 124  Q
    ||||||||||||||||    
T  48057783 acatgtatcaccactc 48057798  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 100; E-Value: 2e-49
Query Start/End: Original strand, 9 - 124
Target Start/End: Complemental strand, 496798 - 496683
Alignment:
Q  9 gagatgaatgaaagagaagagagacaaagtgtttgtggggtctaggacacgtgtcacatgtttatgtggaagtttaagtgtgtatgccacctatgggtgt 108  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||    
T  496798 gagatggatgaaagagaagagagacaaagtgtttgtggggtctaggacacgtgtcatatgtttatgtggaggtttaagtgtgtatgccacctatggatgt 496699  T
Q  109 acatgtatcaccactc 124  Q
    ||||||||||||||||    
T  496698 acatgtatcaccactc 496683  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 100; E-Value: 2e-49
Query Start/End: Original strand, 9 - 124
Target Start/End: Complemental strand, 11765822 - 11765707
Alignment:
Q  9 gagatgaatgaaagagaagagagacaaagtgtttgtggggtctaggacacgtgtcacatgtttatgtggaagtttaagtgtgtatgccacctatgggtgt 108  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||    
T  11765822 gagatggatgaaagagaagagagacaaagtgtttgtggggtcaaggacacgtgtcacatgtttatgtggaggtttaagtgtgtatgccacctatggatgt 11765723  T
Q  109 acatgtatcaccactc 124  Q
    ||||||||||||||||    
T  11765722 acatgtatcaccactc 11765707  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 80; E-Value: 2e-37
Query Start/End: Original strand, 9 - 124
Target Start/End: Original strand, 42535198 - 42535313
Alignment:
Q  9 gagatgaatgaaagagaagagagacaaagtgtttgtggggtctaggacacgtgtcacatgtttatgtggaagtttaagtgtgtatgccacctatgggtgt 108  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| | || ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||| ||||    
T  42535198 gagatggatgaaagagaagagagacaaagtgtttgtgggatataagacacgtgtcacatgtttatgtggaggtttaagtgtgtatgtcacctatgagtgt 42535297  T
Q  109 acatgtatcaccactc 124  Q
    |||| ||||| |||||    
T  42535298 acatatatcatcactc 42535313  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 72; E-Value: 1e-32
Query Start/End: Original strand, 9 - 124
Target Start/End: Complemental strand, 2286573 - 2286458
Alignment:
Q  9 gagatgaatgaaagagaagagagacaaagtgtttgtggggtctaggacacgtgtcacatgtttatgtggaagtttaagtgtgtatgccacctatgggtgt 108  Q
    |||||| ||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||| || |||||    
T  2286573 gagatggatgaaaaggaagagagacaaagtgtttgtggggtctaggccacatgtcacatgtttgtgtggaggtttaagtgtgtatgccaccaataggtgt 2286474  T
Q  109 acatgtatcaccactc 124  Q
     |||||||||| ||||    
T  2286473 gcatgtatcactactc 2286458  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 64; E-Value: 7e-28
Query Start/End: Original strand, 9 - 124
Target Start/End: Original strand, 25185917 - 25186032
Alignment:
Q  9 gagatgaatgaaagagaagagagacaaagtgtttgtggggtctaggacacgtgtcacatgtttatgtggaagtttaagtgtgtatgccacctatgggtgt 108  Q
    |||||| ||||||  ||||||||| ||||| ||||||||||||||| ||| |||||||||||| |||||| ||||||||||||||| |||||||| ||||    
T  25185917 gagatggatgaaaaggaagagagataaagtatttgtggggtctaggccacatgtcacatgtttgtgtggaggtttaagtgtgtatgtcacctatgagtgt 25186016  T
Q  109 acatgtatcaccactc 124  Q
     |||| ||||||||||    
T  25186017 gcatgcatcaccactc 25186032  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 57; E-Value: 1e-23
Query Start/End: Original strand, 9 - 117
Target Start/End: Complemental strand, 23844750 - 23844642
Alignment:
Q  9 gagatgaatgaaagagaagagagacaaagtgtttgtggggtctaggacacgtgtcacatgtttatgtggaagtttaagtgtgtatgccacctatgggtgt 108  Q
    |||||| ||||||  |||||||||||||||||||||| |||||||| ||| |||||||||||||||||||  ||| ||||||||||  |||||||| |||    
T  23844750 gagatggatgaaaaggaagagagacaaagtgtttgtgaggtctagggcacatgtcacatgtttatgtggagatttgagtgtgtatgttacctatggatgt 23844651  T
Q  109 acatgtatc 117  Q
     ||||||||    
T  23844650 gcatgtatc 23844642  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 52; E-Value: 1e-20
Query Start/End: Original strand, 9 - 120
Target Start/End: Original strand, 7527248 - 7527359
Alignment:
Q  9 gagatgaatgaaagagaagagagacaaagtgtttgtggggtctaggacacgtgtcacatgtttatgtggaagtttaagtgtgtatgccacctatgggtgt 108  Q
    |||||| |||||| | || ||||||||||||||| ||| ||||||| ||| |||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||| |||  | |    
T  7527248 gagatggatgaaaaaaaaaagagacaaagtgtttatggagtctaggccacatgtcacatgtttgtgtggaggtttaagtgtgtatgccaccaatgaatat 7527347  T
Q  109 acatgtatcacc 120  Q
     |||||||||||    
T  7527348 gcatgtatcacc 7527359  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #9
Raw Score: 47; E-Value: 1e-17
Query Start/End: Original strand, 9 - 124
Target Start/End: Original strand, 31427244 - 31427361
Alignment:
Q  9 gagatgaatgaaagagaagagagacaaagtgtttgtggggtctaggacacgtgtcacatgtttatgtggaagtttaagtgtgtatgc--cacctatgggt 106  Q
    |||||| |||| || ||||||||||||||||||||||| |||||   ||| |||||||| |||||| ||| |||||| | |||||||  ||||||||| |    
T  31427244 gagatggatgagagggaagagagacaaagtgtttgtggagtctaaaccacatgtcacatatttatgcggaggtttaattatgtatgccacacctatggat 31427343  T
Q  107 gtacatgtatcaccactc 124  Q
    || |||||||||||||||    
T  31427344 gtgcatgtatcaccactc 31427361  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #10
Raw Score: 37; E-Value: 0.000000000009
Query Start/End: Original strand, 9 - 104
Target Start/End: Original strand, 40855135 - 40855231
Alignment:
Q  9 gagatgaatgaaagagaagagagacaaagtgtttgtggggtctag-gacacgtgtcacatgtttatgtggaagtttaagtgtgtatgccacctatgg 104  Q
    |||||||||||||| ||| |||||||||||||||||| |||||||   |||  ||||||||||| ||| || |||||||||| ||| |||| |||||    
T  40855135 gagatgaatgaaagggaaaagagacaaagtgtttgtgaggtctagacccacaggtcacatgtttgtgtagaggtttaagtgtatataccacatatgg 40855231  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 100; Significance: 2e-49; HSPs: 2)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 100; E-Value: 2e-49
Query Start/End: Original strand, 9 - 124
Target Start/End: Complemental strand, 13922300 - 13922185
Alignment:
Q  9 gagatgaatgaaagagaagagagacaaagtgtttgtggggtctaggacacgtgtcacatgtttatgtggaagtttaagtgtgtatgccacctatgggtgt 108  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||| |||    
T  13922300 gagatggatgaaagagaagagagacaaagtgtttgtggggtctaggacacgtgtcacatgtttacgtggaggtttaagtgtgtatgccacctatggatgt 13922201  T
Q  109 acatgtatcaccactc 124  Q
    ||||||||||||||||    
T  13922200 acatgtatcaccactc 13922185  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 77; E-Value: 1e-35
Query Start/End: Original strand, 9 - 121
Target Start/End: Complemental strand, 11829072 - 11828960
Alignment:
Q  9 gagatgaatgaaagagaagagagacaaagtgtttgtggggtctaggacacgtgtcacatgtttatgtggaagtttaagtgtgtatgccacctatgggtgt 108  Q
    |||||| ||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||    
T  11829072 gagatggatgaaagaggagagaggcaaagtgtttgtggggtctaggacacatgtcacatatttatgtggaggtttaagtgtgtatgccacctatgagtgt 11828973  T
Q  109 acatgtatcacca 121  Q
     ||||| ||||||    
T  11828972 gcatgtctcacca 11828960  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 99; Significance: 9e-49; HSPs: 5)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 99; E-Value: 9e-49
Query Start/End: Original strand, 9 - 123
Target Start/End: Original strand, 38280257 - 38280371
Alignment:
Q  9 gagatgaatgaaagagaagagagacaaagtgtttgtggggtctaggacacgtgtcacatgtttatgtggaagtttaagtgtgtatgccacctatgggtgt 108  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||| |||    
T  38280257 gagatggatgaaagagaagagagacaaagtgtttgtggggtctaggacacgtgtcacatgtttatgtggaggtttaagtgtgtataccacctatggatgt 38280356  T
Q  109 acatgtatcaccact 123  Q
    |||||||||||||||    
T  38280357 acatgtatcaccact 38280371  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 76; E-Value: 5e-35
Query Start/End: Original strand, 9 - 124
Target Start/End: Original strand, 25955944 - 25956059
Alignment:
Q  9 gagatgaatgaaagagaagagagacaaagtgtttgtggggtctaggacacgtgtcacatgtttatgtggaagtttaagtgtgtatgccacctatgggtgt 108  Q
    |||||| ||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||| |||||| |||||| ||||||||||||||||| ||||    
T  25955944 gagatggatgaaaaggaagagagacaaagtgtttgtggggtctaggccacatgtcacatgtttgtgtggaggtttaaatgtgtatgccacctatgagtgt 25956043  T
Q  109 acatgtatcaccactc 124  Q
     |||||||||||||||    
T  25956044 gcatgtatcaccactc 25956059  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 68; E-Value: 3e-30
Query Start/End: Original strand, 9 - 124
Target Start/End: Original strand, 1501353 - 1501468
Alignment:
Q  9 gagatgaatgaaagagaagagagacaaagtgtttgtggggtctaggacacgtgtcacatgtttatgtggaagtttaagtgtgtatgccacctatgggtgt 108  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||  || ||||| ||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||| | |    
T  1501353 gagatggatgaaagagaagagagacaaagtgtatatggggtctaggctacatgtcatatgtttatgtggaggtttaagtgtgtatgtcacctatggatct 1501452  T
Q  109 acatgtatcaccactc 124  Q
     |||||||||||||||    
T  1501453 gcatgtatcaccactc 1501468  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 64; E-Value: 7e-28
Query Start/End: Original strand, 9 - 124
Target Start/End: Complemental strand, 42250231 - 42250116
Alignment:
Q  9 gagatgaatgaaagagaagagagacaaagtgtttgtggggtctaggacacgtgtcacatgtttatgtggaagtttaagtgtgtatgccacctatgggtgt 108  Q
    |||||| ||||||  ||||||||||||||||||||||||||||| | ||| |||||||||||| |||||| |||||||||| |||| ||  |||||||||    
T  42250231 gagatggatgaaaaggaagagagacaaagtgtttgtggggtctaagccacatgtcacatgtttgtgtggaggtttaagtgtctatgtcatttatgggtgt 42250132  T
Q  109 acatgtatcaccactc 124  Q
     |||||||||||||||    
T  42250131 gcatgtatcaccactc 42250116  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 45; E-Value: 2e-16
Query Start/End: Original strand, 16 - 124
Target Start/End: Complemental strand, 7886463 - 7886355
Alignment:
Q  16 atgaaagagaagagagacaaagtgtttgtggggtctaggacacgtgtcacatgtttatgtggaagtttaagtgtgtatgccacctatgggtgtacatgta 115  Q
    ||||||| ||||||||||||| | | |||||| | |||| ||| |||||||||||| |||||| ||||||||||||||| |||||||  || | |||| |    
T  7886463 atgaaagggaagagagacaaaatatatgtgggatttaggccacatgtcacatgtttgtgtggaggtttaagtgtgtatgtcacctataagtatgcatgaa 7886364  T
Q  116 tcaccactc 124  Q
    |||||||||    
T  7886363 tcaccactc 7886355  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 72; Significance: 1e-32; HSPs: 3)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 72; E-Value: 1e-32
Query Start/End: Original strand, 9 - 124
Target Start/End: Original strand, 52055132 - 52055247
Alignment:
Q  9 gagatgaatgaaagagaagagagacaaagtgtttgtggggtctaggacacgtgtcacatgtttatgtggaagtttaagtgtgtatgccacctatgggtgt 108  Q
    |||||| ||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||| ||| || ||||||||||||||||||||||||  |||    
T  52055132 gagatggatgaaaaggaagagagacaaagtgtttgtggggtctaggccacatgtcacatgtttgtgtagaggtttaagtgtgtatgccacctatgaatgt 52055231  T
Q  109 acatgtatcaccactc 124  Q
     |||||||||||||||    
T  52055232 gcatgtatcaccactc 52055247  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 60; E-Value: 2e-25
Query Start/End: Original strand, 9 - 124
Target Start/End: Original strand, 1158239 - 1158354
Alignment:
Q  9 gagatgaatgaaagagaagagagacaaagtgtttgtggggtctaggacacgtgtcacatgtttatgtggaagtttaagtgtgtatgccacctatgggtgt 108  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||| ||||||| ||||||||| ||| |||||||||||| |||||| ||||||||||||| |||  |||| | |||    
T  1158239 gagatgaatgaaagggaagagagacaaaatgtttgtagggtctaggccacatgtcacatgtttgtgtggaggtttaagtgtgtacgccttctatcgatgt 1158338  T
Q  109 acatgtatcaccactc 124  Q
     ||||||||| |||||    
T  1158339 gcatgtatcatcactc 1158354  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 45; E-Value: 2e-16
Query Start/End: Original strand, 16 - 104
Target Start/End: Complemental strand, 49866758 - 49866670
Alignment:
Q  16 atgaaagagaagagagacaaagtgtttgtggggtctaggacacgtgtcacatgtttatgtggaagtttaagtgtgtatgccacctatgg 104  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| || |||||| | ||| |||||||| ||| |||| | ||||||| |||||| ||||||||||    
T  49866758 atgaaagagaagagagacaaagtgtttatgtggtctaagtcacatgtcacatatttgtgtgaaggtttaagcgtgtataccacctatgg 49866670  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 68; Significance: 3e-30; HSPs: 2)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 68; E-Value: 3e-30
Query Start/End: Original strand, 9 - 124
Target Start/End: Original strand, 4076928 - 4077043
Alignment:
Q  9 gagatgaatgaaagagaagagagacaaagtgtttgtggggtctaggacacgtgtcacatgtttatgtggaagtttaagtgtgtatgccacctatgggtgt 108  Q
    |||||| ||||||  ||||||||||||| |||||||||||||||||  || |||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||| |    
T  4076928 gagatggatgaaaaggaagagagacaaattgtttgtggggtctaggctacatgtcacatgtttgtgtggaggtttaagtgtgtatgccacctatgggtat 4077027  T
Q  109 acatgtatcaccactc 124  Q
     ||||||||| |||||    
T  4077028 gcatgtatcatcactc 4077043  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 63; E-Value: 3e-27
Query Start/End: Original strand, 9 - 119
Target Start/End: Original strand, 3780343 - 3780453
Alignment:
Q  9 gagatgaatgaaagagaagagagacaaagtgtttgtggggtctaggacacgtgtcacatgtttatgtggaagtttaagtgtgtatgccacctatgggtgt 108  Q
    |||||| ||||||| ||||||||||||||||||| | |||| ||||  || |||||||||||| |||||| |||| |||||||||||||||||||| |||    
T  3780343 gagatggatgaaagggaagagagacaaagtgtttctcgggtttaggctacatgtcacatgtttgtgtggaggtttgagtgtgtatgccacctatggatgt 3780442  T
Q  109 acatgtatcac 119  Q
    |||||||||||    
T  3780443 acatgtatcac 3780453  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 64; Significance: 7e-28; HSPs: 1)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 64; E-Value: 7e-28
Query Start/End: Original strand, 9 - 124
Target Start/End: Original strand, 33594503 - 33594618
Alignment:
Q  9 gagatgaatgaaagagaagagagacaaagtgtttgtggggtctaggacacgtgtcacatgtttatgtggaagtttaagtgtgtatgccacctatgggtgt 108  Q
    |||||| ||||||  ||||||||||||||| ||||||||||||||| ||| |||||||||||| |||| | |||||||||||||||||||| |||| |||    
T  33594503 gagatggatgaaaaggaagagagacaaagtatttgtggggtctaggccacatgtcacatgtttgtgtgaaggtttaagtgtgtatgccaccaatggatgt 33594602  T
Q  109 acatgtatcaccactc 124  Q
     |||||||||| ||||    
T  33594603 gcatgtatcactactc 33594618  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University