View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF1578-INSERTION-3 (Length: 1106)

Name: NF1578-INSERTION-3
Description: NF1578
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF1578-INSERTION-3
NF1578-INSERTION-3
[»] chr3 (2 HSPs)
chr3 (241-1083)||(42176606-42177471)
chr3 (8-277)||(42177478-42177743)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 565; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 565; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 241 - 1083
Target Start/End: Complemental strand, 42177471 - 42176606
Alignment:
Q  241 tttacaaagtgttgtttctcattggacataatcatagatatgt-------ggctaataaatatgtagtttcttcagcaaaaaatcttttttcttcaaaat 333  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||       ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42177471 tttacaaagtgttgtttctcattggacataatcatatatatgtaatatgtggctaataaatatgtagtttcttcagcaaaaaatcttttttcttcaaaat 42177372  T
Q  334 gttgtttatcaacatatggaagtattgtaaatctcgagtggatagcatggaagtattgttcatttaattcaacattaaggtttcaatac--gtaaggtag 431  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||| |    
T  42177371 gttgtttatcaacatatggaagtattgtaaatctcgagtggatagcatggaagtattgttcatttaattcaacattaaggtttcaatacatgtaaggttg 42177272  T
Q  432 ctcacacccnnnnnnnnnnnnnnnnnnaagaatttaatgaccacccatgtagagtgtgagcaatcttgtgttgcgtatctttagacgaattcagcatgag 531  Q
    |||||||||                  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42177271 ctcacacccttttttttttttttg---aagaatttaatgaccacccatgtagagtgtgagcaatcttgtgttgcgtatctttagacgaattcagcatgag 42177175  T
Q  532 aactttgtaatnnnnnnnnn-cgacataaatcttttaacggagataagtacatgtgcagaatagaactcagattataagaaaactcacggtgagggtgga 630  Q
    |||||||||||          |||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42177174 aactttgtaataaaaaaaaaacgacataaattttttaacggagataagtacatgtgcggaatagaactcagattataagaaaactcacggtgagggtgga 42177075  T
Q  631 tcaatggaagaaatgctctctgaatggaggtgggggacgatg----------------caaacactctgatgcacaagtcaagtataaacttaatgtgcg 714  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||                ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42177074 tcaatggaagaaatgctctctaaatggaggtgggggacgatgaaagaaagtgtctctgcaaacactctgatgcacaagtcaagtataaacttaatgtgcg 42176975  T
Q  715 tgataggttagattgaagcgtcactagtaaggttgtagcattgtgtttatatagacaattagtgtggtattggactgagaagtgatattaaacttggctc 814  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42176974 tgataggttagattgaagcgtcactagtaaggttgtagcattgtgtttatatagacaattagtgtggtattggactgagaagtgatattaaacttggctc 42176875  T
Q  815 agcccaacagtccagtctaaagtaacaccaaatttagatttatgaaagtgtgatattgatgctgtgagctaccatcctgcactctatctcaaaaatcact 914  Q
     |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42176874 tgcccaaaagtccagtctaaagtaacaccaaatttagatttatgaaagtgtgatattgatgctgtgagctaccatcctgcactctatctcaaaaatcact 42176775  T
Q  915 tttatcccactcgataggagaagttgcccattccataagaccttttttgt-taaggataaaaaattaaacttatgttggttcttgggttaaaaagaatat 1013  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| | | ||||||||||| ||||||| |||| |||||| |||||||||||||||    
T  42176774 tttatcccactcgata-gagaagttgcccattccataagaccttttttttgttaggataaaaaaataaacttgtgtt-gttctt-ggttaaaaagaatat 42176678  T
Q  1014 ggctaatcttgaaaataaaaatttgagg-ttttaaggttattttcatag-taga-taccatgtcttcataaaa 1083  Q
     ||||||||||||||||||||||||||| |||| | || |||||||||| |||| ||||| ||||||||||||    
T  42176677 -gctaatcttgaaaataaaaatttgaggtttttcaagtaattttcatagttagattaccaagtcttcataaaa 42176606  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 181; E-Value: 3e-97
Query Start/End: Original strand, 8 - 277
Target Start/End: Complemental strand, 42177743 - 42177478
Alignment:
Q  8 tacatatgggtttccacctcgttataattttttggttagaaataaagatggtggattcatgaatctcgatcgagggtccaattatacgtactcgtcgtgt 107  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42177743 tacatatgggtttccacctcgttataattttttggttagaaataaagatggtggattcatgaatctcgatcgagggtccaattatacgtactcgtcgtgt 42177644  T
Q  108 attataaannnnnnnnnnnnnnnnaagaaatcataaatatgttgttactcattggacaaaatataaatatgttgttacgttgttacatggtaaaatttca 207  Q
    ||||||||                ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42177643 attataaa----tattatttttttaagaaattataaatatgttgttactcattggacaaaatataaatatgttgttacgttgttacatggtaaaatttca 42177548  T
Q  208 gatgatgataacttatgaagaatcnnnnnnnngtttacaaagtgttgtttctcattggacataatcatag 277  Q
    ||||||||||||||||||||||||        ||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||    
T  42177547 gatgatgataacttatgaagaatcttttttttgtttacaaagtgttgtttctcattgaacattatcatag 42177478  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University