View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF1578-Insertion-8 (Length: 1060)

Name: NF1578-Insertion-8
Description: NF1578
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF1578-Insertion-8
NF1578-Insertion-8
[»] chr5 (20 HSPs)
chr5 (8-989)||(9835167-9836151)
chr5 (117-1035)||(9826752-9827672)
chr5 (95-480)||(10587827-10588194)
chr5 (92-419)||(10651613-10651940)
chr5 (95-425)||(7193481-7193811)
chr5 (92-435)||(10659480-10659823)
chr5 (89-434)||(10612179-10612524)
chr5 (92-312)||(10559370-10559590)
chr5 (93-413)||(10581468-10581788)
chr5 (89-437)||(10746424-10746763)
chr5 (89-437)||(10605221-10605569)
chr5 (89-416)||(10565472-10565799)
chr5 (92-440)||(19605256-19605604)
chr5 (89-220)||(10740035-10740166)
chr5 (89-218)||(10716588-10716717)
chr5 (89-218)||(10762452-10762581)
chr5 (89-218)||(11048273-11048402)
chr5 (92-185)||(9825523-9825616)
chr5 (322-437)||(10716381-10716496)
chr5 (273-360)||(10760808-10760895)
[»] chr6 (5 HSPs)
chr6 (89-437)||(12958526-12958874)
chr6 (89-437)||(12932727-12933075)
chr6 (92-437)||(12907641-12907986)
chr6 (92-437)||(12900021-12900369)
chr6 (89-218)||(12949081-12949210)
[»] chr2 (1 HSPs)
chr2 (92-437)||(17922810-17923155)
[»] scaffold0692 (1 HSPs)
scaffold0692 (89-288)||(7741-7940)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 905; Significance: 0; HSPs: 20)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 905; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 8 - 989
Target Start/End: Complemental strand, 9836151 - 9835167
Alignment:
Q  8 atttaatgttccttgaattctcctatatttttacactaatgattttattagttacaacatgatattaacaatttgt-gacaaatgttttagagtatggaa 106  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  9836151 atttaatgttccttgaattctcctatatttttacactaatgattttattagttacaacatgatattaacaatttgttgacaaatgttttagagtatggaa 9836052  T
Q  107 tgggttctgaagcatcaacatatggtgacatgtatagctttgggatgctcatgttggaaatgattactggaagaagacctacagatgaaagatttgagga 206  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9836051 tgggttctgaagcatcaacatatggtgacatgtatagctttgggatgctcgtgttggaaatgattactggaagaagacctacagatgaaagatttgagga 9835952  T
Q  207 tggtcaaaatctacgtacatttgctgaaaattcattagttgataatctttcacagattttggaccaacatcttataccaagagatgaagaagcagcaata 306  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||| |||||||| || |||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||    
T  9835951 tggtcaaaatctacgtacgtttgctgaaagttcattagctggtaatctttcacagattttggaccaacattttgtaccaagagatgaagaagcagcaata 9835852  T
Q  307 gaagatggaaatagtgagaatcttattccagctgtaaagaattgcttagtttcagttttaaggattggtcttgcctgttcaagagaatcaccaaaagaaa 406  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9835851 gaagatggaaatagtgagaatcttattccagctgtaaagaattgcttagtttcagttttaaggattggacttgcctgttcaagagaatcaccaaaagaaa 9835752  T
Q  407 gaatgaacatagtagatgttactagagagctaaatttaatccgaacaatctttcttgaaggtgagacaaactaaggttttacatttatcttttcatttat 506  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9835751 gaatgaacatagtagatgttactagagagctaaatttaatccgaacaatctttcttgaaggtgagacaaactaaggttttacatttatcttttcatttat 9835652  T
Q  507 cttcctataaatttcaaatttcctgaactgaaatatacaaagtaatgagctacttctctaatttcaggtgttcatgcctcgtaagtaattaaaccagaaa 606  Q
    | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||    
T  9835651 cctcctataaatttcaaatttcctgaactgaaatatacaaagtaatgagctacttctctaatttcaggtgttcatgcctcgcgagtaattaaaccagaaa 9835552  T
Q  607 taaatttccgccatcatttggaatagagacgtgtatgcagtatgttgccctttgttgtgttataaaatttcatttagacgataggccgatctaagtcttc 706  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9835551 taaatttccgccatcatttggaatagagacgtgtatgcagtatgttgcactttgttgtgttataaaatttcatttagacgataggccgatctaagtcttc 9835452  T
Q  707 catgttggttcgaggggaagtaagccataattttgaaacctgcaagctctaagcaagcaaataagaaatttagagatagagcgcaagatagacataaagc 806  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9835451 catgttggttcgaggggaagtaagccataattttgaaacctgcaagctctaagcaagcaaataagaaatttagagatagagcgcaagatagacataaagc 9835352  T
Q  807 tttggagagcttaggcaagtttgcaaaattgttc-aaagttttgttctggttcaagccatttgaacgcatcaatatccatccttctgtaacatcttcata 905  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9835351 tttggagagcttaggcaagtttgcaaaattgttcaaaagtttggttctggttcaagccatttgaacgcatcaatatccatccttctgtaacatcttcata 9835252  T
Q  906 tatgaatgtaattttccaaattttaatgcaaaagcatc-aatgctacaaaagaaatatgtttccaaatttgcacatgctcgttct 989  Q
     ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9835251 aatgaatgtaattttccaaattttaatgcaaaagcatcaaatgctacaaaagaaatatgtttccaaatttgcacatgctcgttct 9835167  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 798; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 117 - 1035
Target Start/End: Complemental strand, 9827672 - 9826752
Alignment:
Q  117 agcatcaacatatggtgacatgtatagctttgggatgctcatgttggaaatgattactggaagaagacctacagatgaaagatttgaggatggtcaaaat 216  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9827672 agcatcaacatatggtgacatgtatagctttgggatgctcgtgttggaaatgattactggaagaagacctacagatgaaagatttgaggatggtcaaaat 9827573  T
Q  217 ctacgtacatttgctgaaaattcattagttgataatctttcacagattttggaccaacatcttataccaagagatgaagaagcagcaatagaagatggaa 316  Q
    |||||||| |||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9827572 ctacgtacgtttgctgaaagttcattagctgataatctttcacagattttgaaccaacattttgtaccaagagatgaagaagcagcaatagaagatggaa 9827473  T
Q  317 atagtgagaatcttattccagctgtaaagaattgcttagtttcagttttaaggattggtcttgcctgttcaagagaatcaccaaaagaaagaatgaacat 416  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9827472 atagtgagaatcttattccagctgtaaagaattgcttagtttcagttttaaggattggacttgcctgttcaagagaatcaccaaaagaaagaatgaacat 9827373  T
Q  417 agtagatgttactagagagctaaatttaatccgaacaatctttcttgaaggtgagacaaactaaggttttacatttatcttttcatttatcttcctataa 516  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9827372 agtagatgttactagagagctaaatttaatccgaacaatctttcttgaaggtgagacaaactaaggttttacatttatcttttcatttatcttcctataa 9827273  T
Q  517 atttcaaatttcctgaactgaaatatacaaagtaatgagctacttctctaatttcaggtgttcatgcctcgtaagtaattaaaccagaaataaatttccg 616  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||    
T  9827272 atttcaaatttcctgaactgaaatatacaaagtaatgggctacttctctaatttcaggtgttcatgcctcgcgagtaattaaaccagaaataaatttccg 9827173  T
Q  617 ccatcatttggaatagagacgtgtatgcagtatgttgccctttgttgtgttataaaatttcatttagacgataggccgatctaagtcttccatgttggtt 716  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9827172 ccatcatttggaatagagacgtgtatgcagtatgttgcactttgttgtgttataatatttcatttagacgataggccgatctaagtcttccatgttggtt 9827073  T
Q  717 cgaggggaagtaagccataattttgaaacctgcaagctctaagcaagcaaataagaaatttagagatagagcgcaagatagacataaagctttggagagc 816  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9827072 cgaggggaagtaagccataattttgaaacctgcaagctctaagcaagcaaataagaaatttagagataaagcgcaagatagacataaagctttggagagc 9826973  T
Q  817 ttaggcaagtttgcaaaattgttc-aaagttttgttctggttcaagccatttgaacgcatcaatatccatccttctgtaacatcttcatatatgaatgta 915  Q
    ||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9826972 ttaggcaagtttgcataattgttcaaaagttttgttctggttcaagccatttgaattcatcaatatccatccttctgtaacatcttcatatatgaatgta 9826873  T
Q  916 attttccaaattttaatgcaaaagcatc-aatgctacaaaagaaatatgtttccaaatttgcacatgctcgttctattaatggaannnnnnnnnctgtta 1014  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  | |         ||||||    
T  9826872 attttccaaattttaatgcaaaagcatcaaatgctacaaaagaaatatgtttccaaatttgcacatgctcgttctattaaatggaattttttttctgtta 9826773  T
Q  1015 tagttttttctcagattcatg 1035  Q
    |||||||||||||||||||||    
T  9826772 tagttttttctcagattcatg 9826752  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 135; E-Value: 8e-70
Query Start/End: Original strand, 95 - 480
Target Start/End: Complemental strand, 10588194 - 10587827
Alignment:
Q  95 tagagtatggaatgggttctgaagcatcaacatatggtgacatgtatagctttgggatgctcatgttggaaatgattactggaagaagacctacagatga 194  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||| |||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| || ||||||||||| ||||||||    
T  10588194 tagagtatggaatgggttctgaagtatccacatctggtgacatgtatagctttgggatgcttatgttggaaatgatcaccggaagaagacccacagatga 10588095  T
Q  195 aagatttgaggatggtcaaaatctacgtacatttgctgaaaattcattagttgataatctttcacagattttggaccaacatcttataccaagagatgaa 294  Q
    ||  ||||| |||||||||||||||| ||  |||| ||||| ||||||    |||||||||  |||||||||||||| |||||||                   
T  10588094 aatgtttgaagatggtcaaaatctacatatgtttgttgaaagttcatttcaagataatcttatacagattttggacccacatctt--------------- 10588010  T
Q  295 gaagcagcaatagaagatggaaatagtgagaatcttattccagctgtaaagaattgcttagtttcagttttaaggattggtcttgcctgttcaagagaat 394  Q
       |   |||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||    |||| |||||||||||| || |||||||||| ||||| |||||||  ||||    
T  10588009 ---gtttcaatagaagatggacataatgagaatcttattccagctaaggagaagtgcttagtttcacttctaaggattggacttgcttgttcaatggaat 10587913  T
Q  395 caccaaaagaaagaatgaacatagtagatgttactagagagctaaatttaatccgaacaatctttcttgaaggtgagacaaactaa 480  Q
    |||||||||||||||||| |||| |||||||||| |||||||||||| ||||| ||||  ||||| |||| || ||||||||||||    
T  10587912 caccaaaagaaagaatgagcataatagatgttacaagagagctaaatataatcagaacggtctttgttgatggcgagacaaactaa 10587827  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 108; E-Value: 1e-53
Query Start/End: Original strand, 92 - 419
Target Start/End: Complemental strand, 10651940 - 10651613
Alignment:
Q  92 ttttagagtatggaatgggttctgaagcatcaacatatggtgacatgtatagctttgggatgctcatgttggaaatgattactggaagaagacctacaga 191  Q
    ||||||||||||||||||||||||||  ||| ||||||||||||||||||||||| ||| |||| |||||||||||| |||| ||||||||||| |||||    
T  10651940 ttttagagtatggaatgggttctgaaatatccacatatggtgacatgtatagcttcggggtgcttatgttggaaatgcttaccggaagaagaccaacaga 10651841  T
Q  192 tgaaagatttgaggatggtcaaaatctacgtacatttgctgaaaattcattagttgataatctttcacagattttggaccaacatcttataccaagagat 291  Q
    || ||  ||||| || ||||||||| | | ||  |||| || || ||||||   | ||||| ||  |||||||||||| | ||||||| |||||||| ||    
T  10651840 tggaatgtttgaagaaggtcaaaatttgcatatgtttgttggaatttcatttcctaataatattatacagattttggatccacatcttgtaccaagaaat 10651741  T
Q  292 gaagaagcagcaatagaagatggaaatagtgagaatcttattccagctgtaaagaattgcttagtttcagttttaaggattggtcttgcctgttcaagag 391  Q
    ||||||| || ||||||||| |||||  |||  ||| | | |||| ||||| |||| || ||||||||| |||| |||||||| ||||| ||||||        
T  10651740 gaagaagaagaaatagaagaaggaaactgtggaaatttcactccaactgtagagaagtgtttagtttcacttttcaggattggacttgcttgttcagtga 10651641  T
Q  392 aatcaccaaaagaaagaatgaacatagt 419  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||    
T  10651640 aatcaccaaaagaaagaatgaacatagt 10651613  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 103; E-Value: 1e-50
Query Start/End: Original strand, 95 - 425
Target Start/End: Original strand, 7193481 - 7193811
Alignment:
Q  95 tagagtatggaatgggttctgaagcatcaacatatggtgacatgtatagctttgggatgctcatgttggaaatgattactggaagaagacctacagatga 194  Q
    |||| ||||||||||||||||||| ||| ||||||||||| ||||||||||| ||||||||  ||||||||||  |||| ||||| |||||   ||||||    
T  7193481 tagaatatggaatgggttctgaagtatctacatatggtgatatgtatagcttcgggatgcttttgttggaaattcttaccggaaggagaccggtagatga 7193580  T
Q  195 aagatttgaggatggtcaaaatctacgtacatttgctgaaaattcattagttgataatctttcacagattttggaccaacatcttataccaagagatgaa 294  Q
    ||  |||||  ||||||||||||||||||  |||| ||||| ||| ||   | ||||||||  ||| |||||||||| | ||||| |||||||| ||  |    
T  7193581 aatgtttgacaatggtcaaaatctacgtatttttgttgaaatttcgttgcctaataatcttatacatattttggacccaaatcttgtaccaagaaatata 7193680  T
Q  295 gaagcagcaatagaagatggaaatagtgagaatcttattccagctgtaaagaattgcttagtttcagttttaaggattggtcttgcctgttcaagagaat 394  Q
    |||||| |||||||||||||||| ||||  ||| | | ||||  |||| |||| ||| |||||||| |||| |||||||| ||||| ||||||   ||||    
T  7193681 gaagcaacaatagaagatggaaacagtggaaatttcactccaaatgtagagaagtgcgtagtttcactttttaggattggacttgcttgttcagtggaat 7193780  T
Q  395 caccaaaagaaagaatgaacatagtagatgt 425  Q
    ||||||||||||||||||| ||||| |||||    
T  7193781 caccaaaagaaagaatgaatatagtggatgt 7193811  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 100; E-Value: 6e-49
Query Start/End: Original strand, 92 - 435
Target Start/End: Complemental strand, 10659823 - 10659480
Alignment:
Q  92 ttttagagtatggaatgggttctgaagcatcaacatatggtgacatgtatagctttgggatgctcatgttggaaatgattactggaagaagacctacaga 191  Q
    |||||||||||||||||||||||||   ||| ||| ||||||||||||||||||| ||| ||||  ||||||||||| |||| ||||||||||| || ||    
T  10659823 ttttagagtatggaatgggttctgagatatccacacatggtgacatgtatagcttcggggtgcttctgttggaaatgcttaccggaagaagaccaacgga 10659724  T
Q  192 tgaaagatttgaggatggtcaaaatctacgtacatttgctgaaaattcattagttgataatctttcacagattttggaccaacatcttataccaagagat 291  Q
    |||||  ||||| || ||||||||||| | || ||||| ||||| ||||||     ||||| ||| |||||||||||||| ||||||| |||||||| ||    
T  10659723 tgaaatgtttgaagagggtcaaaatctgcatatatttgttgaaatttcatttccaaataatattttacagattttggacccacatcttgtaccaagaaat 10659624  T
Q  292 gaagaagcagcaatagaagatggaaatagtgagaatcttattccagctgtaaagaattgcttagtttcagttttaaggattggtcttgcctgttcaagag 391  Q
    ||||||||   ||||||||| ||||| ||||  ||| |   ||||   ||| |||| |||||||||||| ||||  ||||||| ||||| ||||||        
T  10659623 gaagaagccaaaatagaagaaggaaagagtggaaatttccctccaatcgtagagaagtgcttagtttcactttttcggattggacttgcatgttcagtga 10659524  T
Q  392 aatcaccaaaagaaagaatgaacatagtagatgttactagagag 435  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||| ||||| || ||||||    
T  10659523 aatcaccaaaagaaagaatgaatatagttgatgtcaccagagag 10659480  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 86; E-Value: 1e-40
Query Start/End: Original strand, 89 - 434
Target Start/End: Original strand, 10612179 - 10612524
Alignment:
Q  89 atgttttagagtatggaatgggttctgaagcatcaacatatggtgacatgtatagctttgggatgctcatgttggaaatgattactggaagaagacctac 188  Q
    |||||||||||||||| |||||| |||||| ||| |||| |||||| |||||||||||||| || || |||||||||||| |||| || |||||||| ||    
T  10612179 atgttttagagtatgggatgggtgctgaagtatccacatgtggtgatatgtatagctttggaatccttatgttggaaatgcttaccggtagaagacccac 10612278  T
Q  189 agatgaaagatttgaggatggtcaaaatctacgtacatttgctgaaaattcattagttgataatctttcacagattttggaccaacatcttataccaaga 288  Q
     |||||   |||||| |||| ||||||||||| ||  |||| || ||     ||   || |||||||  | |||| ||||||| ||||||| |  ||| |    
T  10612279 tgatgaggcatttgaagatgatcaaaatctacataactttgttgcaacactgtttcctgctaatcttataaagatcttggacccacatcttgtgtcaaaa 10612378  T
Q  289 gatgaagaagcagcaatagaagatggaaatagtgagaatcttattccagctgtaaagaattgcttagtttcagttttaaggattggtcttgcctgttcaa 388  Q
     ||| ||||| || |||| |||||||||| ||||||||||||||||||  | ||||| | |||||||||||| |||| |||||||| |||   |||||||    
T  10612379 tatgcagaagtagaaatacaagatggaaagagtgagaatcttattccaagtttaaaggagtgcttagtttcactttttaggattggacttctttgttcaa 10612478  T
Q  389 gagaatcaccaaaagaaagaatgaacatagtagatgttactagaga 434  Q
      |||||||| |||||||||||||| || || ||||||||||||||    
T  10612479 tggaatcacccaaagaaagaatgaatattgtggatgttactagaga 10612524  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 85; E-Value: 6e-40
Query Start/End: Original strand, 92 - 312
Target Start/End: Original strand, 10559370 - 10559590
Alignment:
Q  92 ttttagagtatggaatgggttctgaagcatcaacatatggtgacatgtatagctttgggatgctcatgttggaaatgattactggaagaagacctacaga 191  Q
    |||||||||||||||||||||||||||  || ||| |||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||| ||||||||||| || ||    
T  10559370 ttttagagtatggaatgggttctgaagtttccacacatggtgacatgtatagctttgggatgcttatattggaaatgattacaggaagaagaccaactga 10559469  T
Q  192 tgaaagatttgaggatggtcaaaatctacgtacatttgctgaaaattcattagttgataatctttcacagattttggaccaacatcttataccaagagat 291  Q
    |||||  |||   |||||||||||||| | |   | || ||||||||||||   | ||||| ||   ||||||||||||| |||| || ||||||||||     
T  10559470 tgaaatgtttttagatggtcaaaatctgcatttgtatgttgaaaattcatttcctaataatgttatgcagattttggacccacatattgtaccaagagaa 10559569  T
Q  292 gaagaagcagcaatagaagat 312  Q
    || ||||||||||||||||||    
T  10559570 gaggaagcagcaatagaagat 10559590  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #9
Raw Score: 81; E-Value: 1e-37
Query Start/End: Original strand, 93 - 413
Target Start/End: Original strand, 10581468 - 10581788
Alignment:
Q  93 tttagagtatggaatgggttctgaagcatcaacatatggtgacatgtatagctttgggatgctcatgttggaaatgattactggaagaagacctacagat 192  Q
    |||||||||||| ||||||||||||| |||  ||| ||||||||||||||||||||| || || |||||||||||| |||| || |||||||| || |||    
T  10581468 tttagagtatgggatgggttctgaagtatctgcatgtggtgacatgtatagctttggaatccttatgttggaaatgcttaccggtagaagacccactgat 10581567  T
Q  193 gaaagatttgaggatggtcaaaatctacgtacatttgctgaaaattcattagttgataatctttcacagattttggaccaacatcttataccaagagatg 292  Q
     |    ||||| |||||||||||||| | ||  |||| || ||  |||||   || |||||||    | |||||||||| ||||||| || |||| || |    
T  10581568 cacgcttttgaagatggtcaaaatctgcataactttgttgcaatatcatttcctgctaatcttaagaaaattttggacccacatcttttatcaagggacg 10581667  T
Q  293 aagaagcagcaatagaagatggaaatagtgagaatcttattccagctgtaaagaattgcttagtttcagttttaaggattggtcttgcctgttcaagaga 392  Q
     ||||| || ||| ||||||||||||  |||||||||||||||||||| |||| | |||||||||||| |||| |||||||| |||   |||||||  ||    
T  10581668 cagaagtagaaatggaagatggaaatcttgagaatcttattccagctgcaaaggagtgcttagtttcactttttaggattggacttatgtgttcaatgga 10581767  T
Q  393 atcaccaaaagaaagaatgaa 413  Q
     ||||||||||||||| ||||    
T  10581768 gtcaccaaaagaaagactgaa 10581788  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #10
Raw Score: 81; E-Value: 1e-37
Query Start/End: Original strand, 89 - 437
Target Start/End: Complemental strand, 10746763 - 10746424
Alignment:
Q  89 atgttttagagtatggaatgggttctgaagcatcaacatatggtgacatgtatagctttgggatgctcatgttggaaatgattactggaagaagacctac 188  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||  || ||||||||||| |||||||||||||| || || ||| |||||||| ||||||| |||||||| ||    
T  10746763 atgttttagagtatggaatgggttctgaagtgtccacatatggtgatatgtatagctttggaatccttatgctggaaatgcttactggtagaagacccac 10746664  T
Q  189 agatgaaagatttgaggatggtcaaaatctacgtacatttgctgaaaattcattagttgataatctttcacagattttggaccaacatcttataccaaga 288  Q
     ||||||   ||||| |||||||||||||| | ||  |||| || ||  || ||   ||||||||||  | | || |||||||  |||||| || |||||    
T  10746663 tgatgaagtttttgaagatggtcaaaatctgcataactttgttgcaatatcgtttcctgataatcttataaatatcttggacccgcatcttctatcaaga 10746564  T
Q  289 gatgaagaagcagcaatagaagatggaaatagtgagaatcttattccagctgtaaagaattgcttagtttcagttttaaggattggtcttgcctgttcaa 388  Q
    |||         ||| ||||||||||||| | |||||||||||||||| |||||||  | || ||||||||| |||| |||||||| |||   ||| |||    
T  10746563 gat---------gcagtagaagatggaaacaatgagaatcttattccaactgtaaaagagtgtttagtttcactttttaggattggacttatttgtacaa 10746473  T
Q  389 gagaatcaccaaaagaaagaatgaacatagtagatgttactagagagct 437  Q
      ||||||||||||||||||||||| |  || ||||| |||||||||||    
T  10746472 ttgaatcaccaaaagaaagaatgaatactgtggatgtcactagagagct 10746424  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #11
Raw Score: 77; E-Value: 3e-35
Query Start/End: Original strand, 89 - 437
Target Start/End: Original strand, 10605221 - 10605569
Alignment:
Q  89 atgttttagagtatggaatgggttctgaagcatcaacatatggtgacatgtatagctttgggatgctcatgttggaaatgattactggaagaagacctac 188  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||  || | || ||||||||||||||||||||| || || |||||||||||  ||||||| || ||||| ||    
T  10605221 atgtttcagagtatggaatgggttctgaagtgtctatatgtggtgacatgtatagctttggaatcctgatgttggaaatacttactggtaggagacccac 10605320  T
Q  189 agatgaaagatttgaggatggtcaaaatctacgtacatttgctgaaaattcattagttgataatctttcacagattttggaccaacatcttataccaaga 288  Q
     ||||||   ||| | |||||||||||||| | ||  |||| || || ||||||   ||||||| ||  | |||||||||||| ||| ||| || |||||    
T  10605321 tgatgaagtttttcaagatggtcaaaatctgcataactttgttgcaacttcatttcctgataatattaaagagattttggacccacaccttgtaacaaga 10605420  T
Q  289 gatgaagaagcagcaatagaagatggaaatagtgagaatcttattccagctgtaaagaattgcttagtttcagttttaaggattggtcttgcctgttcaa 388  Q
    |||| ||||| |||||||||| |||||||   |  |||||||||||||   ||| || | | |||||||||| |||| || ||||| |||   |||||||    
T  10605421 gatgtagaagtagcaatagaaaatggaaaccatacgaatcttattccaagggtagaggaatccttagtttcactttttagaattggacttatttgttcaa 10605520  T
Q  389 gagaatcaccaaaagaaagaatgaacatagtagatgttactagagagct 437  Q
      |||||||| |||||||||||||| ||  | |||||||||| ||||||    
T  10605521 tggaatcaccgaaagaaagaatgaatattatggatgttactaaagagct 10605569  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #12
Raw Score: 72; E-Value: 3e-32
Query Start/End: Original strand, 89 - 416
Target Start/End: Original strand, 10565472 - 10565799
Alignment:
Q  89 atgttttagagtatggaatgggttctgaagcatcaacatatggtgacatgtatagctttgggatgctcatgttggaaatgattactggaagaagacctac 188  Q
    |||||||||||||||| |||||| |||||| ||| |||| |||||| |||||||||||||| ||  | |||||||||||| |||| || |||||||| ||    
T  10565472 atgttttagagtatgggatgggtgctgaagtatccacatgtggtgatatgtatagctttggaatctttatgttggaaatgcttaccggtagaagacccac 10565571  T
Q  189 agatgaaagatttgaggatggtcaaaatctacgtacatttgctgaaaattcattagttgataatctttcacagattttggaccaacatcttataccaaga 288  Q
     ||| |    ||||| |||||||||||||| | ||  |||| || ||  |||||   || |||||||    |||||||||||| ||||||| || |||      
T  10565572 tgatcacgcttttgaagatggtcaaaatctgcataactttgttgcaatatcatttcctggtaatcttaagaagattttggacccacatcttttatcaatg 10565671  T
Q  289 gatgaagaagcagcaatagaagatggaaatagtgagaatcttattccagctgtaaagaattgcttagtttcagttttaaggattggtcttgcctgttcaa 388  Q
    |||| |||||  | |||  |||||||||||  |||||||||||||||| ||| |||| | |||||||||||| |||| |||||||| |||   |||||||    
T  10565672 gatgcagaagttgaaatgaaagatggaaatcatgagaatcttattccacctgcaaaggagtgcttagtttcactttttaggattggacttatgtgttcaa 10565771  T
Q  389 gagaatcaccaaaagaaagaatgaacat 416  Q
      || ||||||||||||||||| |||||    
T  10565772 tggagtcaccaaaagaaagaatcaacat 10565799  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #13
Raw Score: 65; E-Value: 5e-28
Query Start/End: Original strand, 92 - 440
Target Start/End: Complemental strand, 19605604 - 19605256
Alignment:
Q  92 ttttagagtatggaatgggttctgaagcatcaacatatggtgacatgtatagctttgggatgctcatgttggaaatgattactggaagaagacctacaga 191  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||  || ||| ||||||| |||||||||||||||||||| || ||||||||| |||| ||||||||||| || ||    
T  19605604 ttttagagtatggaatgagttctgaagtttccacacatggtgatatgtatagctttgggatgcttatattggaaatgcttacgggaagaagaccgacgga 19605505  T
Q  192 tgaaagatttgaggatggtcaaaatctacgtacatttgctgaaaattcattagttgataatctttcacagattttggaccaacatcttataccaagagat 291  Q
    ||| |  |||   |||||||||||||| |||   | || ||||| ||||||   ||||||  ||    ||||||||||||    | || ||||||||| |    
T  19605504 tgacatgtttacagatggtcaaaatctgcgtttgtatgttgaaatttcatttcctgataacattatgaagattttggacccgtgtattgtaccaagagtt 19605405  T
Q  292 gaagaagcagcaatagaagatggaaatagtgagaatcttattccagctgtaaagaattgcttagtttcagttttaaggattggtcttgcctgttcaagag 391  Q
    ||||||||| ||||||| |||||||  | |  | |||||||| || |  |  | || ||||| |||||  |||| |||||||| ||||||||||| |  |    
T  19605404 gaagaagcaacaatagatgatggaagcaatcggcatcttatttcaacgatggataaatgctttgtttccatttttaggattggacttgcctgttcgatgg 19605305  T
Q  392 aatcaccaaaagaaagaatgaacatagtagatgttactagagagctaaa 440  Q
    |||| || |||||||||||||| |||| |||||  ||||||||||||||    
T  19605304 aatctcccaaagaaagaatgaatatagaagatgccactagagagctaaa 19605256  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #14
Raw Score: 64; E-Value: 2e-27
Query Start/End: Original strand, 89 - 220
Target Start/End: Complemental strand, 10740166 - 10740035
Alignment:
Q  89 atgttttagagtatggaatgggttctgaagcatcaacatatggtgacatgtatagctttgggatgctcatgttggaaatgattactggaagaagacctac 188  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||| ||||||||||||||||||||| || || |||||||||||  |||| || |||||||| ||    
T  10740166 atgttttagagtatggaatgggttctgaagtgtcaacatctggtgacatgtatagctttggaatccttatgttggaaatacttaccggtagaagacccac 10740067  T
Q  189 agatgaaagatttgaggatggtcaaaatctac 220  Q
     ||||||   ||| | ||||||||||||||||    
T  10740066 tgatgaagtttttcaagatggtcaaaatctac 10740035  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #15
Raw Score: 58; E-Value: 7e-24
Query Start/End: Original strand, 89 - 218
Target Start/End: Complemental strand, 10716717 - 10716588
Alignment:
Q  89 atgttttagagtatggaatgggttctgaagcatcaacatatggtgacatgtatagctttgggatgctcatgttggaaatgattactggaagaagacctac 188  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||  || |||| ||||||||||||||||||||| || || |||||||||||| |||| || |||||||| ||    
T  10716717 atgtttcagagtatggaatgggttctgaagtgtccacatgtggtgacatgtatagctttggaatccttatgttggaaatgcttaccggtagaagacccac 10716618  T
Q  189 agatgaaagatttgaggatggtcaaaatct 218  Q
     ||||||   ||| | ||||||||||||||    
T  10716617 tgatgaattttttcaagatggtcaaaatct 10716588  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #16
Raw Score: 58; E-Value: 7e-24
Query Start/End: Original strand, 89 - 218
Target Start/End: Complemental strand, 10762581 - 10762452
Alignment:
Q  89 atgttttagagtatggaatgggttctgaagcatcaacatatggtgacatgtatagctttgggatgctcatgttggaaatgattactggaagaagacctac 188  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||| |||||||||||||||||||||  | || |||||| ||||  ||||||| |||||||| ||    
T  10762581 atgttttagagtatggaatgggttctgaagtgtcaacatctggtgacatgtatagctttggagtccttatgttgaaaatacttactggtagaagacccac 10762482  T
Q  189 agatgaaagatttgaggatggtcaaaatct 218  Q
     ||||||   ||| | ||||||||||||||    
T  10762481 tgatgaagtttttcaagatggtcaaaatct 10762452  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #17
Raw Score: 58; E-Value: 7e-24
Query Start/End: Original strand, 89 - 218
Target Start/End: Complemental strand, 11048402 - 11048273
Alignment:
Q  89 atgttttagagtatggaatgggttctgaagcatcaacatatggtgacatgtatagctttgggatgctcatgttggaaatgattactggaagaagacctac 188  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||  || || | ||||||||||||||||||||| || || |||||||||||| |||| || |||||||| ||    
T  11048402 atgttttagagtatggaatgggttctgaagtgtccacgtgtggtgacatgtatagctttggaatccttatgttggaaatgcttaccggtagaagacccac 11048303  T
Q  189 agatgaaagatttgaggatggtcaaaatct 218  Q
      |||||   ||||| ||||||||||||||    
T  11048302 ccatgaagtttttgaagatggtcaaaatct 11048273  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #18
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000006
Query Start/End: Original strand, 92 - 185
Target Start/End: Original strand, 9825523 - 9825616
Alignment:
Q  92 ttttagagtatggaatgggttctgaagcatcaacatatggtgacatgtatagctttgggatgctcatgttggaaatgattactggaagaagacc 185  Q
    |||||||||||||||||| |||| |||  || || ||||||||||||||||||||||| || |  || ||||||||| ||||  ||||||||||    
T  9825523 ttttagagtatggaatggattctaaagtttccacttatggtgacatgtatagctttggaattcctatattggaaatgcttacgagaagaagacc 9825616  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #19
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 322 - 437
Target Start/End: Complemental strand, 10716496 - 10716381
Alignment:
Q  322 gagaatcttattccagctgtaaagaattgcttagtttcagttttaaggattggtcttgcctgttcaagagaatcaccaaaagaaagaatgaacatagtag 421  Q
    |||||||||||||| || |||||  | |||||||||||  |||| |||||||| ||||  ||| |||  |||||||| | |||||||||||| ||  | |    
T  10716496 gagaatcttattcctgcggtaaatgaatgcttagtttctcttttcaggattggacttgtttgtacaatggaatcaccgatagaaagaatgaatattatgg 10716397  T
Q  422 atgttactagagagct 437  Q
    |||| |||||||||||    
T  10716396 atgtcactagagagct 10716381  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #20
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 273 - 360
Target Start/End: Complemental strand, 10760895 - 10760808
Alignment:
Q  273 acatcttataccaagagatgaagaagcagcaatagaagatggaaatagtgagaatcttattccagctgtaaagaattgcttagtttca 360  Q
    ||||||| || ||||||||| | ||| || |||| |||||||||| | || |||||||||||||  |||| |||| ||||||||||||    
T  10760895 acatcttgtatcaagagatgtaaaagtagaaatacaagatggaaacaatgggaatcttattccaagtgtagagaagtgcttagtttca 10760808  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 113; Significance: 1e-56; HSPs: 5)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 113; E-Value: 1e-56
Query Start/End: Original strand, 89 - 437
Target Start/End: Original strand, 12958526 - 12958874
Alignment:
Q  89 atgttttagagtatggaatgggttctgaagcatcaacatatggtgacatgtatagctttgggatgctcatgttggaaatgattactggaagaagacctac 188  Q
    |||||||||||||||| |||||||| |||| ||| |||| ||||||||||||||||||||| || || ||| |||||||| ||||||| |||||||| ||    
T  12958526 atgttttagagtatgggatgggttcagaagtatccacatgtggtgacatgtatagctttggaatccttatgctggaaatgcttactggtagaagacccac 12958625  T
Q  189 agatgaaagatttgaggatggtcaaaatctacgtacatttgctgaaaattcattagttgataatctttcacagattttggaccaacatcttataccaaga 288  Q
     ||||||   ||||| |||||||||||||| | ||  |||| |  |||||||||   |||||||||   | |||| ||||| | ||||||| ||||||||    
T  12958626 tgatgaactttttgaagatggtcaaaatctgcataactttgttacaaattcatttcctgataatctaataaagatgttggatccacatcttttaccaaga 12958725  T
Q  289 gatgaagaagcagcaatagaagatggaaatagtgagaatcttattccagctgtaaagaattgcttagtttcagttttaaggattggtcttgcctgttcaa 388  Q
    | |||||| | ||||| |||||||||||||  ||||| |||||||||| ||||| || | |||||||||||| |||| |||||||| |||   ||||||     
T  12958726 gctgaagatggagcaagagaagatggaaatcatgagattcttattccaactgtagaggagtgcttagtttcactttttaggattggacttttatgttcat 12958825  T
Q  389 gagaatcaccaaaagaaagaatgaacatagtagatgttactagagagct 437  Q
      ||||||||||||||||||||||| || || ||||| |||||||||||    
T  12958826 tggaatcaccaaaagaaagaatgaatattgtcgatgtcactagagagct 12958874  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 97; E-Value: 4e-47
Query Start/End: Original strand, 89 - 437
Target Start/End: Original strand, 12932727 - 12933075
Alignment:
Q  89 atgttttagagtatggaatgggttctgaagcatcaacatatggtgacatgtatagctttgggatgctcatgttggaaatgattactggaagaagacctac 188  Q
    |||||||||||||||| |||||||| ||||  || |||| ||||||||||||||||||||| || || ||| |||||||| ||||||| |||||||| ||    
T  12932727 atgttttagagtatgggatgggttcagaagtttccacatgtggtgacatgtatagctttggaatccttatgctggaaatgcttactggtagaagacccac 12932826  T
Q  189 agatgaaagatttgaggatggtcaaaatctacgtacatttgctgaaaattcattagttgataatctttcacagattttggaccaacatcttataccaaga 288  Q
     ||||||   ||||| |||||||||||||| | ||  |||| |  || ||||||   ||||||||||  | |||||||||| | ||||||| ||||||||    
T  12932827 cgatgaactttttgaagatggtcaaaatctgcataactttgttacaatttcatttcctgataatcttataaagattttggatccacatcttttaccaaga 12932926  T
Q  289 gatgaagaagcagcaatagaagatggaaatagtgagaatcttattccagctgtaaagaattgcttagtttcagttttaaggattggtcttgcctgttcaa 388  Q
    | |||||||| |||||||||||||||||||  ||||| || ||||||| || || |  ||||||| |||||| || | |||||||  |||   |||||      
T  12932927 gctgaagaaggagcaatagaagatggaaatcatgagattcatattccaactatagaagattgctttgtttcacttcttaggattgcacttttatgttctt 12933026  T
Q  389 gagaatcaccaaaagaaagaatgaacatagtagatgttactagagagct 437  Q
      ||||||||||||||||||||||| || || ||||| |||||||||||    
T  12933027 tggaatcaccaaaagaaagaatgaatattgtggatgtcactagagagct 12933075  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 90; E-Value: 6e-43
Query Start/End: Original strand, 92 - 437
Target Start/End: Original strand, 12907641 - 12907986
Alignment:
Q  92 ttttagagtatggaatgggttctgaagcatcaacatatggtgacatgtatagctttgggatgctcatgttggaaatgattactggaagaagacctacaga 191  Q
    |||||||||||||  ||||||| |||| ||| || | ||||||||||||||||||||| || || ||| |||||||| ||||||| |||||||| || ||    
T  12907641 ttttagagtatggggtgggttcagaagtatccacttgtggtgacatgtatagctttggaatccttatgctggaaatgcttactggtagaagacccactga 12907740  T
Q  192 tgaaagatttgaggatggtcaaaatctacgtacatttgctgaaaattcattagttgataatctttcacagattttggaccaacatcttataccaagagat 291  Q
    ||||   ||||| |||||||||||||| | ||  |||| |  || ||||||   ||||||||||  | |||||||||| | ||||||| ||||||||| |    
T  12907741 tgaactttttgaagatggtcaaaatctgcataactttgttacaatttcatttcctgataatcttataaagattttggatccacatcttttaccaagagct 12907840  T
Q  292 gaagaagcagcaatagaagatggaaatagtgagaatcttattccagctgtaaagaattgcttagtttcagttttaaggattggtcttgcctgttcaagag 391  Q
    ||||||| || |||||||||||||| |  ||||| ||||||||||  |||| || | ||||||  |||| |||| |||||||| |||   ||||||   |    
T  12907841 gaagaaggaggaatagaagatggaattcatgagattcttattccaaatgtagaggagtgcttaacttcactttttaggattggacttttatgttcattgg 12907940  T
Q  392 aatcaccaaaagaaagaatgaacatagtagatgttactagagagct 437  Q
    ||||| |||||||||||||||| || |||||||| | |||||||||    
T  12907941 aatcaacaaaagaaagaatgaatattgtagatgtcaatagagagct 12907986  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 83; E-Value: 9e-39
Query Start/End: Original strand, 92 - 437
Target Start/End: Original strand, 12900021 - 12900369
Alignment:
Q  92 ttttagagtatggaatgggttctgaagcatcaacatatggtgacatgtatagctttgggatgctcatgttggaaatgattactggaagaagacctacaga 191  Q
    ||||||||||||| |||||||| |||| ||| || | ||||||||||||||||||||| || || ||| |||||||| ||||||| |||||||| || ||    
T  12900021 ttttagagtatgggatgggttcagaagtatccacttgtggtgacatgtatagctttggaatccttatgctggaaatgcttactggtagaagacccactga 12900120  T
Q  192 tgaaagatttgaggatggtcaaaatctacgtacatttgctgaaaattcattagttgataatctttcacagattttggaccaacatcttataccaagagat 291  Q
    ||||   ||||| |||||||||||||| | ||  |||| |  || ||||||   ||||||||||  | |||||||||| | ||||||| ||||||||| |    
T  12900121 tgaactttttgaagatggtcaaaatctgcataactttgttacaatttcatttcctgataatcttataaagattttggatccacatcttttaccaagagct 12900220  T
Q  292 gaaga---agcagcaatagaagatggaaatagtgagaatcttattccagctgtaaagaattgcttagtttcagttttaaggattggtcttgcctgttcaa 388  Q
    |||||   || |||||||||||||||||||  ||||| || ||||||| || || |  | |||||||||||| || | |||||||  |||   |||||      
T  12900221 gaagaattaggagcaatagaagatggaaatcatgagattcatattccaactatagaagagtgcttagtttcacttcttaggattgcacttttatgttctt 12900320  T
Q  389 gagaatcaccaaaagaaagaatgaacatagtagatgttactagagagct 437  Q
      ||||||||||||||||||||||| || || ||||| |||||||||||    
T  12900321 tggaatcaccaaaagaaagaatgaatattgtggatgtcactagagagct 12900369  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 58; E-Value: 7e-24
Query Start/End: Original strand, 89 - 218
Target Start/End: Original strand, 12949081 - 12949210
Alignment:
Q  89 atgttttagagtatggaatgggttctgaagcatcaacatatggtgacatgtatagctttgggatgctcatgttggaaatgattactggaagaagacctac 188  Q
    |||||||||||||||| |||||||| |||| ||| || | ||||||||||||||||||||| || || ||| |||||||| ||||||| |||||||| ||    
T  12949081 atgttttagagtatgggatgggttcggaagtatccacttgtggtgacatgtatagctttggaatccttatgctggaaatgcttactggtagaagacccac 12949180  T
Q  189 agatgaaagatttgaggatggtcaaaatct 218  Q
     ||||||   ||||| ||||||||||||||    
T  12949181 tgatgaactttttgaagatggtcaaaatct 12949210  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 86; Significance: 1e-40; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 86; E-Value: 1e-40
Query Start/End: Original strand, 92 - 437
Target Start/End: Complemental strand, 17923155 - 17922810
Alignment:
Q  92 ttttagagtatggaatgggttctgaagcatcaacatatggtgacatgtatagctttgggatgctcatgttggaaatgattactggaagaagacctacaga 191  Q
    ||||||||||||| |||||||| |||| ||| || ||||||||||||||||||||||| || || ||| |||||||| |||| ||||||||||| || ||    
T  17923155 ttttagagtatgggatgggttcagaagtatccacttatggtgacatgtatagctttggaatccttatgctggaaatgcttaccggaagaagacccaccga 17923056  T
Q  192 tgaaagatttgaggatggtcaaaatctacgtacatttgctgaaaattcattagttgataatctttcacagattttggaccaacatcttataccaagagat 291  Q
    ||||   ||| | || ||||||||||||| ||  |||| |  || ||||||   |   ||||||  | |||||||||| | ||||||| ||||||||| |    
T  17923055 tgaactttttaaagacggtcaaaatctacataactttgttacaatttcatttccttgcaatcttataaagattttggatccacatcttttaccaagagct 17922956  T
Q  292 gaagaagcagcaatagaagatggaaatagtgagaatcttattccagctgtaaagaattgcttagtttcagttttaaggattggtcttgcctgttcaagag 391  Q
    ||||| | ||||  |||||||||||||  ||||| |||| ||||| ||||| || | |||||||||||  |||| |||||||| |||   ||||||   |    
T  17922955 gaagatggagcacgagaagatggaaatcatgagattcttcttccaactgtagaggagtgcttagtttccctttttaggattggacttttttgttcattgg 17922856  T
Q  392 aatcaccaaaagaaagaatgaacatagtagatgttactagagagct 437  Q
    |||||||||||||||||||||| || || ||||| |||||||||||    
T  17922855 aatcaccaaaagaaagaatgaatattgtggatgtcactagagagct 17922810  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0692 (Bit Score: 60; Significance: 5e-25; HSPs: 1)
Name: scaffold0692
Description:

Target: scaffold0692; HSP #1
Raw Score: 60; E-Value: 5e-25
Query Start/End: Original strand, 89 - 288
Target Start/End: Original strand, 7741 - 7940
Alignment:
Q  89 atgttttagagtatggaatgggttctgaagcatcaacatatggtgacatgtatagctttgggatgctcatgttggaaatgattactggaagaagacctac 188  Q
    |||||||||||||||| |||||||  |||| ||| |||| ||||||||||||||||||||| || || ||| |||||||| ||||||| |||||||| ||    
T  7741 atgttttagagtatgggatgggttaagaagtatccacatgtggtgacatgtatagctttggaatccttatgctggaaatgcttactggtagaagacccac 7840  T
Q  189 agatgaaagatttgaggatggtcaaaatctacgtacatttgctgaaaattcattagttgataatctttcacagattttggaccaacatcttataccaaga 288  Q
     ||||||   ||||| |||||||||||||| | ||  |||| |  || ||||||   ||||||||||  | |||||||||| | ||||||| ||||||||    
T  7841 tgatgaactttttgaagatggtcaaaatctgcataactttgttacaatttcatttcctgataatcttataaagattttggatccacatcttttaccaaga 7940  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University