View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF15780_high_3 (Length: 449)

Name: NF15780_high_3
Description: NF15780
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF15780_high_3
NF15780_high_3
[»] chr7 (19 HSPs)
chr7 (16-429)||(21689369-21689782)
chr7 (22-427)||(21681612-21682017)
chr7 (19-427)||(21646702-21647114)
chr7 (16-405)||(21791967-21792356)
chr7 (16-401)||(15713579-15713964)
chr7 (39-427)||(21788208-21788596)
chr7 (42-401)||(21664080-21664442)
chr7 (33-427)||(21623160-21623560)
chr7 (32-403)||(21807970-21808341)
chr7 (86-427)||(21714209-21714550)
chr7 (42-427)||(21785388-21785773)
chr7 (53-406)||(21628118-21628471)
chr7 (61-406)||(21725897-21726242)
chr7 (53-401)||(21704636-21704984)
chr7 (61-406)||(21771962-21772307)
chr7 (39-406)||(21652048-21652415)
chr7 (62-427)||(21992175-21992549)
chr7 (126-407)||(21764128-21764409)
chr7 (60-401)||(21745532-21745873)
[»] scaffold0182 (2 HSPs)
scaffold0182 (126-222)||(25376-25472)
scaffold0182 (275-404)||(25588-25717)
[»] chr1 (1 HSPs)
chr1 (325-387)||(18192060-18192122)


Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 378; Significance: 0; HSPs: 19)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 378; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 16 - 429
Target Start/End: Original strand, 21689369 - 21689782
Alignment:
Q  16 caaaggtacatagatacaaatccaacacccgaaagttcacggccaaagatacgaagggtgcaagagtatctcagaaatagagaaaaatttgagaagtatt 115  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  21689369 caaaggtacatagatacaaatccaacacccgaaagttcacgaccaaagatacaaagggtgcaagagtatctcagaaatagagaaaaatttgagaagcatt 21689468  T
Q  116 acaccccgaggttgatgtcaataggtcctatccatcatggcaataaacatctaaagttaggagagaagtacaagcttatgtgggcagcaaaatacatcaa 215  Q
    | ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  21689469 agaccccgaggttgatgtcaaaaggtcctatccatcatggcaataaatctctaaagttaggagagaagtacaagcttatgtgggcagcaaaatacatcaa 21689568  T
Q  216 aaacactggaagcattcagagggatctacacaaaaacattgttgataacattgataaactgaagggtcattttgatgacgatgttttaacattgaccaga 315  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  21689569 aaacactggaagcattcagagggatctacacaaaaacattgttgataacattgataaactgaagggtcattttgatgacgatgttttaacattgaccgga 21689668  T
Q  316 aattctctcgaaggctttgatagtcttgaagaaaagctatcgtggatgttgttggtggatggatgctctttgctttatatcttggagaaaggcaggcttg 415  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  21689669 aattctctcgaaggctttgatagtcttgaagaaaagctatcgtggatgttgttggtggatggatgctctttgctttatatcttggagaaagacaggcttg 21689768  T
Q  416 ttgaaccagggcct 429  Q
    ||||||||||||||    
T  21689769 ttgaaccagggcct 21689782  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 190; E-Value: 1e-103
Query Start/End: Original strand, 22 - 427
Target Start/End: Original strand, 21681612 - 21682017
Alignment:
Q  22 tacatagatacaaatccaacacccgaaagttcacggccaaagatacgaagggtgcaagagtatctcagaaatagagaaaaatttgagaagtattacaccc 121  Q
    |||||||||||||||| ||||||| ||| |||||| |||||||||| |||||||| |  |||| ||| |||||||  ||||||| || || |||||| ||    
T  21681612 tacatagatacaaatcaaacaccccaaaattcacgaccaaagatacaaagggtgccacggtatgtcaaaaatagaacaaaatttaaggagcattacagcc 21681711  T
Q  122 cgaggttgatgtcaataggtcctatccatcatggcaataaacatctaaagttaggagagaagtacaagcttatgtgggcagcaaaatacatcaaaaacac 221  Q
    | | |||  |||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  21681712 ccaagtttgtgtcaataggtcctatccatcatggcaatacagatctaaagttaggagagaagtacaagcttatgtgggcagcaaaatacatcaaaaacac 21681811  T
Q  222 tggaagcattcagagggatctacacaaaaacattgttgataacattgataaactgaagggtcattttgatgacgatgttttaacattgaccagaaattct 321  Q
    |||||||||||| | ||||||| ||||||| |||| ||||||||||||| || ||||||| ||||||   |||||||||||||| || ||| |  | |||    
T  21681812 tggaagcattcaaaaggatctatacaaaaaaattgctgataacattgatgaattgaagggccattttagcgacgatgttttaactttaaccggcgagtct 21681911  T
Q  322 ctcgaaggctttgatagtcttgaagaaaagctatcgtggatgttgttggtggatggatgctctttgctttatatcttggagaaaggcaggcttgttgaac 421  Q
    || ||||||| | |||| |||||||||||| |||| ||||||||||| ||||||||||| ||||||||  ||||||||||||||  || ||||  |||||    
T  21681912 cttgaaggctatcatagccttgaagaaaagttatcatggatgttgttcgtggatggatgttctttgctacatatcttggagaaaaccatgctttatgaac 21682011  T
Q  422 cagggc 427  Q
    ||||||    
T  21682012 cagggc 21682017  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 168; E-Value: 7e-90
Query Start/End: Original strand, 19 - 427
Target Start/End: Original strand, 21646702 - 21647114
Alignment:
Q  19 aggtacatagatacaaatccaacacccgaaagttcacggccaaagatacgaagggtgcaagagtatctcagaaatagagaaaaatttgagaagtattaca 118  Q
    ||||||||||||| | ||| ||||||| ||| |||||| |||||||||| |||||||| | |||||||||||||||||  |||||||||| || ||||||    
T  21646702 aggtacatagatatagatcaaacaccccaaaattcacgaccaaagatacaaagggtgccacagtatctcagaaatagaacaaaatttgaggagcattaca 21646801  T
Q  119 ccccgaggttgatgtcaataggtcctatccatcatggcaataaacatctaaagttaggagagaagtacaagcttatgtgggcagcaaaatacatcaaaaa 218  Q
    |||| | |||| |||||||||||||||||||||||| ||||  | | || ||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  21646802 cccccaagttggtgtcaataggtcctatccatcatgacaatccaaagctgaagataggagagaaatacaagcttatgtgggcagcaaaatacatcaaaaa 21646901  T
Q  219 cactggaagcattcagagggatctacacaaaaacattgttgataacattgataaactgaagggtcattttgatgacgatgttttaacattgaccagaaat 318  Q
    ||| ||||| ||| ||| ||||||||||||||| ||||| |||||||||||| |||||||||||||||||   ||||| |||||||| |||||| | ||     
T  21646902 cacgggaagaattaagaaggatctacacaaaaagattgtagataacattgatgaactgaagggtcattttagcgacgacgttttaactttgaccggcaag 21647001  T
Q  319 tctctcgaaggctttgatagtcttgaagaaaagctatcgtggatgttgttggtgg----atggatgctctttgctttatatcttggagaaaggcaggctt 414  Q
    |||||  |||||||   ||| |||||||||||| | |||||||| ||||| ||||    ||||||| ||||||||  ||||||| ||||||| || ||||    
T  21647002 tctcttaaaggcttccgtagccttgaagaaaagttgtcgtggatattgttcgtggatatatggatgttctttgctgcatatcttagagaaagccaagctt 21647101  T
Q  415 gttgaaccagggc 427  Q
      |||||||||||    
T  21647102 catgaaccagggc 21647114  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 158; E-Value: 7e-84
Query Start/End: Original strand, 16 - 405
Target Start/End: Original strand, 21791967 - 21792356
Alignment:
Q  16 caaaggtacatagatacaaatccaacacccgaaagttcacggccaaagatacgaagggtgcaagagtatctcagaaatagagaaaaatttgagaagtatt 115  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||   |||||||||| |||||||  ||||||||||||||| |||||||| ||||||||| |||    
T  21791967 caaaggtacatagatacaaatccaacacccccaagttcaaaaccaaagatacaaagggtggcagagtatctcagaaagagagaaaattttgagaagcatt 21792066  T
Q  116 acaccccgaggttgatgtcaataggtcctatccatcatggcaataaacatctaaagttaggagagaagtacaagcttatgtgggcagcaaaatacatcaa 215  Q
    ||| ||| |||||  | ||||||||||| ||||||||||||| || | ||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  21792067 acatcccaaggtttgtatcaataggtcccatccatcatggcagtacagatctggagttaggagagaagtacaagcttatgtgggcagcagaatacatcaa 21792166  T
Q  216 aaacactggaagcattcagagggatctacacaaaaacattgttgataacattgataaactgaagggtcattttgatgacgatgttttaacattgaccaga 315  Q
    ||| |||| |||||||| ||  ||||| |||||||| ||||  |||||||||||||  ||||||| || ||||   || ||||||||||| || ||| |     
T  21792167 aaaaactgaaagcattctgaaagatctgcacaaaaagattgccgataacattgatacgctgaaggatcgttttagcgatgatgttttaactttaacccgc 21792266  T
Q  316 aattctctcgaaggctttgatagtcttgaagaaaagctatcgtggatgttgttggtggatggatgctctttgctttatatcttggagaaa 405  Q
    || ||||| || ||||||| ||| || ||||||||||| || ||||| ||||| ||||||||||| |||||| |  ||||||||||||||    
T  21792267 aagtctcttgacggctttggtagcctcgaagaaaagctgtcatggatattgttcgtggatggatgttctttgttgcatatcttggagaaa 21792356  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 155; E-Value: 4e-82
Query Start/End: Original strand, 16 - 401
Target Start/End: Original strand, 15713579 - 15713964
Alignment:
Q  16 caaaggtacatagatacaaatccaacacccgaaagttcacggccaaagatacgaagggtgcaagagtatctcagaaatagagaaaaatttgagaagtatt 115  Q
    ||||| |||||| ||||||| | ||||||| |||||||||| |||||||||| |||||||| ||  ||||||||||| ||  |||| | ||||| | |||    
T  15713579 caaagttacataaatacaaagcaaacaccccaaagttcacgaccaaagatacaaagggtgccaggctatctcagaaaaagtaaaaattatgagatgcatt 15713678  T
Q  116 acaccccgaggttgatgtcaataggtcctatccatcatggcaataaacatctaaagttaggagagaagtacaagcttatgtgggcagcaaaatacatcaa 215  Q
    || | || | |||| | |||||||| ||||||||||||| ||||| | ||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  15713679 acgcacctaagttggtttcaataggccctatccatcatgacaatacaaatctaaagtcaggggagaagtacaagcttatgtgggcggcaaaatacatcaa 15713778  T
Q  216 aaacactggaagcattc-agagggatctacacaaaaacattgttgataacattgataaactgaagggtcattttgatgacgatgttttaacattgaccag 314  Q
    ||||||||||||||||| ||| ||| || |||||||| |||| ||||||||||||| |||||||| ||||||||  ||||||||||||||| || ||| |    
T  15713779 aaacactggaagcattctaga-ggaactgcacaaaaagattgctgataacattgatgaactgaagtgtcattttagtgacgatgttttaactttaaccgg 15713877  T
Q  315 aaattctctcgaaggctttgatagtcttgaagaaaagctatcgtggatgttgttggtggatggatgctctttgctttatatcttgga 401  Q
    ||| || ||  |||| |||| ||| || ||||||||||| || ||||||||||| ||||||||||||||||||||  ||||||||||    
T  15713878 aaagtcacttcaaggatttggtagcctagaagaaaagctgtcatggatgttgttcgtggatggatgctctttgctgcatatcttgga 15713964  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 154; E-Value: 2e-81
Query Start/End: Original strand, 39 - 427
Target Start/End: Original strand, 21788208 - 21788596
Alignment:
Q  39 aacacccgaaagttcacggccaaagatacgaagggtgcaagagtatctcagaaatagagaaaaatttgagaagtattacaccccgaggttgatgtcaata 138  Q
    ||||||| ||| |||||| || || |||| |||||||  ||||||||||||||||||| |||| ||||||||| ||||| | || | |||| ||||  ||    
T  21788208 aacaccccaaaattcacgaccgaaaatacaaagggtggcagagtatctcagaaatagaaaaaactttgagaagcattactcgcccaagttgttgtcggta 21788307  T
Q  139 ggtcctatccatcatggcaataaacatctaaagttaggagagaagtacaagcttatgtgggcagcaaaatacatcaaaaacactggaagcatt-cagagg 237  Q
    |||||||||||||||| ||| | | || | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||  |||| |||| |    
T  21788308 ggtcctatccatcatgacaacacaaatttgaagttaggagagaagtacaagcttatgtgggcagcaaaatacatcgaaaacactggacacattccaga-g 21788406  T
Q  238 gatctacacaaaaacattgttgataacattgataaactgaagggtcattttgatgacgatgttttaacattgaccagaaattctctcgaaggctttgata 337  Q
    ||||| |||||||| ||||  |||||||||||| ||||||||||||||||||  |||||||||||||| || ||  | || ||||| ||||||||||  |    
T  21788407 gatctgcacaaaaagattgcagataacattgatgaactgaagggtcattttggcgacgatgttttaactttaactggcaagtctcttgaaggctttggaa 21788506  T
Q  338 gtcttgaagaaaagctatcgtggatgttgttggtggatggatgctctttgctttatatcttggagaaaggcaggcttgttgaaccagggc 427  Q
    | || ||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||| |||||| | |||||||| ||||||| || ||||| |||||| ||||    
T  21788507 gcctcgaagaaaagctgtcgtggatgttgttcgtggatggatgttctttgttgtatatcttagagaaagccaagcttgatgaacctgggc 21788596  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 153; E-Value: 6e-81
Query Start/End: Original strand, 42 - 401
Target Start/End: Original strand, 21664080 - 21664442
Alignment:
Q  42 acccgaaagttcacggccaaagatacgaagggtgcaagagtatctcagaaatagagaaaaatttgagaagtattacaccccgaggttgatgtcaataggt 141  Q
    |||| |||||||||| |||||||||| |||||||| | |  |||||||||| ||| |||| ||||||||||||||| | || | |||  |||||||||||    
T  21664080 accccaaagttcacgaccaaagatacaaagggtgccacacaatctcagaaacagaaaaaactttgagaagtattactcacccaagttcctgtcaataggt 21664179  T
Q  142 cctatccatcatggcaataaacatctaaagttaggagagaagtacaagcttatgtgggcagcaaaatacatcaaaaacactggaagcattcagagggatc 241  Q
    ||||||||||||||||||| | |||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||  |||| ||  ||  || ||   ||||||    
T  21664180 cctatccatcatggcaatacagatctgaagttaggagggaagtacaagcttatgtgggcagcaaaatacattgaaaatacaagactcaatccacgggatc 21664279  T
Q  242 tacacaaaaacattgttgataacattgataaactgaagggtcattttgatgacgatg---ttttaacattgaccagaaattctctcgaaggctttgatag 338  Q
    |||||||||| ||| |||||||||| ||| ||||||||||||||||||| || ||||   ||||||| || ||| | || ||||| ||||||||||  ||    
T  21664280 tacacaaaaagatttttgataacatcgatgaactgaagggtcattttgacgatgatgtaattttaactttaaccggcaagtctcttgaaggctttggaag 21664379  T
Q  339 tcttgaagaaaagctatcgtggatgttgttggtggatggatgctctttgctttatatcttgga 401  Q
     |||||||||||||| |||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  21664380 ccttgaagaaaagctgtcgtggatattgttcgtggatggatgctctttgctttatatcttgga 21664442  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 146; E-Value: 9e-77
Query Start/End: Original strand, 33 - 427
Target Start/End: Original strand, 21623160 - 21623560
Alignment:
Q  33 aaatccaacacccgaaagttcacggccaaagatacgaagggtgcaagagtatctcaga------aatagagaaaaatttgagaagtattacaccccgagg 126  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||  ||||||| || ||      |||||| |    ||||  ||| ||||| | || | |    
T  21623160 aaatccaacacccgaaagttcacgaccaaagatacaaagggtggcagagtatgtcggattcggaaatagaaatttttttgccaagcattactcacccaag 21623259  T
Q  127 ttgatgtcaataggtcctatccatcatggcaataaacatctaaagttaggagagaagtacaagcttatgtgggcagcaaaatacatcaaaaacactggaa 226  Q
    ||| |||||||||||||||||||||||||||||| | |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||    
T  21623260 ttggtgtcaataggtcctatccatcatggcaatacaaatctgaagttaggagagaagtacaagcttatgtgggcagcaaaatacatcaaaaacaccagaa 21623359  T
Q  227 gcattcagagggatctacacaaaaacattgttgataacattgataaactgaagggtcattttgatgacgatgttttaacattgaccagaaattctctcga 326  Q
       |||||| |||| | ||||| || |||| |||||| |||||| |||||||||||||||||  ||||||||||||||| || ||| |||| ||||| ||    
T  21623360 aagttcagaaggatatgcacaacaagattgctgataatattgatgaactgaagggtcattttagtgacgatgttttaactttaaccggaaagtctcttga 21623459  T
Q  327 aggctttgatagtcttgaagaaaagctatcgtggatgttgttggtggatggatgctctttgctttatatcttggagaaaggcaggcttgttgaaccaggg 426  Q
    |||||||| |||  || |||||||||| |||||||||||||| ||||||||||| ||||||||  ||||| |||| | || || ||||  ||||||||||    
T  21623460 aggctttggtagcattaaagaaaagctgtcgtggatgttgttcgtggatggatgttctttgctgcatatcatggatacagccaagcttcatgaaccaggg 21623559  T
Q  427 c 427  Q
    |    
T  21623560 c 21623560  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #9
Raw Score: 145; E-Value: 4e-76
Query Start/End: Original strand, 32 - 403
Target Start/End: Complemental strand, 21808341 - 21807970
Alignment:
Q  32 caaatccaacacccgaaagttcacggccaaagatacgaagggtgcaagagtatctcagaaatagagaaaaatttgagaagtattacaccccgaggttgat 131  Q
    |||||| || |||| ||| |||||| |||||||||| |||||||   ||||||||||||||||||  |||  |||||||| ||||| | || | |||| |    
T  21808341 caaatcaaataccccaaaattcacgaccaaagatacaaagggtggctgagtatctcagaaatagaacaaatcttgagaagcattactcacccaagttggt 21808242  T
Q  132 gtcaataggtcctatccatcatggcaataaacatctaaagttaggagagaagtacaagcttatgtgggcagcaaaatacatcaaaaacactggaagcatt 231  Q
     ||||||||||||||||||||||| |||| | |||| |||||||||||||||||||||||||||||| | || ||||||||  ||||||  ||    |||    
T  21808241 atcaataggtcctatccatcatggaaatataaatctgaagttaggagagaagtacaagcttatgtggtctgcgaaatacatagaaaacagcggctttatt 21808142  T
Q  232 c-agagggatctacacaaaaacattgttgataacattgataaactgaagggtcattttgatgacgatgttttaacattgaccagaaattctctcgaaggc 330  Q
    | ||||| ||||||||||||| |||| ||||||||| ||| ||||||||||||||||||  |||||||||||||| || ||| |  | ||||| ||||||    
T  21808141 ctagagg-atctacacaaaaagattgctgataacatcgatgaactgaagggtcattttggcgacgatgttttaactttaaccggccagtctcttgaaggc 21808043  T
Q  331 tttgatagtcttgaagaaaagctatcgtggatgttgttggtggatggatgctctttgctttatatcttggaga 403  Q
    |||| ||| |||||||||||||| || ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  21808042 tttggtagccttgaagaaaagctgtcatggatgttgttcgtggatggatgctctttgctttatatcttggaga 21807970  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #10
Raw Score: 131; E-Value: 8e-68
Query Start/End: Original strand, 86 - 427
Target Start/End: Original strand, 21714209 - 21714550
Alignment:
Q  86 tcagaaatagagaaaaatttgagaagtattacaccccgaggttgatgtcaataggtcctatccatcatggcaataaacatctaaagttaggagagaagta 185  Q
    |||||||||||  ||| ||||||||| ||||| | || | |||  ||||| |||||||||||||||||| ||||  | |||| |||  ||||||||||||    
T  21714209 tcagaaatagaacaaattttgagaagcattactcacccaagtttgtgtcattaggtcctatccatcatgacaatccaaatctgaagaaaggagagaagta 21714308  T
Q  186 caagcttatgtgggcagcaaaatacatcaaaaacactggaagcatt-cagagggatctacacaaaaacattgttgataacattgataaactgaagggtca 284  Q
    ||| |||||||||||||||||||||||  |||||||  ||  |||| |||| ||||||||||||||| ||||  |||||||||||| |||||||||||||    
T  21714309 caaacttatgtgggcagcaaaatacatagaaaacaccagacacattccaga-ggatctacacaaaaagattgcagataacattgatgaactgaagggtca 21714407  T
Q  285 ttttgatgacgatgttttaacattgaccagaaattctctcgaaggctttgatagtcttgaagaaaagctatcgtggatgttgttggtggatggatgctct 384  Q
    ||||||  ||||||||||| | |  |||||    ||||| |||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||    
T  21714408 ttttgacaacgatgttttagcttcaaccagttggtctcttgaaggctttggtagccttgaagaaaagctatcgtggatgttgttcgtggatggatgttct 21714507  T
Q  385 ttgctttatatcttggagaaaggcaggcttgttgaaccagggc 427  Q
    |||||| |||||||||||| || || ||||| |||||||||||    
T  21714508 ttgcttcatatcttggagagagccaagcttgatgaaccagggc 21714550  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #11
Raw Score: 126; E-Value: 8e-65
Query Start/End: Original strand, 42 - 427
Target Start/End: Original strand, 21785388 - 21785773
Alignment:
Q  42 acccgaaagttcacggccaaagatacgaagggtgcaagagtatctcagaaatagagaaaaatttgagaagtattacaccccgaggttgatgtcaataggt 141  Q
    |||| ||| |||||| |||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||  |||| ||||||||| ||||| | || | |||  |||||||||||    
T  21785388 accccaaaattcacgaccaaagatacaaagggtgcaagagtatctaagaaataggaaaaactttgagaagcattactcacccaagttagtgtcaataggt 21785487  T
Q  142 cctatccatcatggcaataaacatctaaagttaggagagaagtacaagcttatgtgggcagcaaaatacatcaaaaacactggaagcattcagagggatc 241  Q
    ||||||||||||| ||||  | |||| |||  ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| || | || |  ||  ||| ||   | ||||    
T  21785488 cctatccatcatgacaatccaaatctgaagacaggagagaagtacaagcttatgtgggccgcaaaatacctcgagaatataggccgcaatccacgcgatc 21785587  T
Q  242 tacacaaaaacattgttgataacattgataaactgaagggtcattttgatgacgatgttttaacattgaccagaaattctctcgaaggctttgatagtct 341  Q
    |||||||||| ||||  ||||||||| || |||||||||||||||||   || ||||||||||| || ||| |  | ||||| |||| ||||| ||| ||    
T  21785588 tacacaaaaagattgccgataacattaatgaactgaagggtcattttagcgatgatgttttaactttaaccggccagtctcttgaagactttggtagcct 21785687  T
Q  342 tgaagaaaagctatcgtggatgttgttggtggatggatgctctttgctttatatcttggagaaaggcaggcttgttgaaccagggc 427  Q
    |||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||| ||||||||  ||||||||||||||| || ||||  || ||||||||    
T  21785688 tgaagaaaagctgtcgtggatgttgtttgtggatggatgttctttgctacatatcttggagaaagccaagcttcatgtaccagggc 21785773  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #12
Raw Score: 123; E-Value: 5e-63
Query Start/End: Original strand, 53 - 406
Target Start/End: Original strand, 21628118 - 21628471
Alignment:
Q  53 cacggccaaagatacgaagggtgcaagagtatctcagaaatagagaaaaatttgagaagtattacaccccgaggttgatgtcaataggtcctatccatca 152  Q
    |||| |||||||||| |||||||   ||  |||||||||||| | || | |||| |||||||||| | || | |||  ||||||||||||||||||||||    
T  21628118 cacgaccaaagatacaaagggtggccgatcatctcagaaataaaaaagattttgggaagtattactcacccaagtttgtgtcaataggtcctatccatca 21628217  T
Q  153 tggcaataaacatctaaagttaggagagaagtacaagcttatgtgggcagcaaaatacatcaaaaacactggaagcattc-agagggatctacacaaaaa 251  Q
    ||||| || | |||| ||  |||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||  |||||| ||||   |||| ||||| | |||||||||||    
T  21628218 tggcagtacaaatctgaacataggagagaagtacaagcttgtgtgggcatcaaaatacatagaaaacattggacttattccagaggaa-ctacacaaaaa 21628316  T
Q  252 cattgttgataacattgataaactgaagggtcattttgatgacgatgttttaacattgaccagaaattctctcgaaggctttgatagtcttgaagaaaag 351  Q
     |||| ||||||||||||| |||||||||||| ||||   |||||||||||||  || ||  |||| |||||  |||||||||   | ||||||||||||    
T  21628317 gattgctgataacattgatgaactgaagggtcgttttagcgacgatgttttaaatttaacgggaaactctcttcaaggctttggatgccttgaagaaaag 21628416  T
Q  352 ctatcgtggatgttgttggtggatggatgctctttgctttatatcttggagaaag 406  Q
    || |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  21628417 ctgtcgtggatgttgttcgtggatggatgctctttgctttatatcttggagaaag 21628471  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #13
Raw Score: 123; E-Value: 5e-63
Query Start/End: Original strand, 61 - 406
Target Start/End: Original strand, 21725897 - 21726242
Alignment:
Q  61 aagatacgaagggtgcaagagtatctcagaaatagagaaaaatttgagaagtattacaccccgaggttgatgtcaataggtcctatccatcatggcaata 160  Q
    ||||||| |||||||| | ||| ||||||||||||| |||| ||||||||| ||||| | || | ||   |||||||||||||||| ||||||   || |    
T  21725897 aagatacaaagggtgctaaagtctctcagaaatagaaaaaactttgagaagcattactcacccaagtgtgtgtcaataggtcctattcatcatcagaaca 21725996  T
Q  161 aacatctaaagttaggagagaagtacaagcttatgtgggcagcaaaatacatcaaaaacactggaagcattc-agagggatctacacaaaaacattgttg 259  Q
     | |||| |  |||| |||| ||||||| |||||||||||||||||||||||  ||||||| |||  ||||| ||||| ||||||||||||| |||| ||    
T  21725997 caaatctgatattagcagagtagtacaaacttatgtgggcagcaaaatacatagaaaacaccggacacattccagagg-atctacacaaaaagattgctg 21726095  T
Q  260 ataacattgataaactgaagggtcattttgatgacgatgttttaacattgaccagaaattctctcgaaggctttgatagtcttgaagaaaagctatcgtg 359  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||| | |  ||||||   ||||| | |||||||  ||| |||||||||||||| |||||    
T  21726096 ataacattgatgaactgaagggtcattttgacgacgatgttttagcttcaaccagatggtctcttgcaggctttcgtagccttgaagaaaagctgtcgtg 21726195  T
Q  360 gatgttgttggtggatggatgctctttgctttatatcttggagaaag 406  Q
    ||||||||| ||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||    
T  21726196 gatgttgttcgtggatggatgttctttgctgtatatcttggagaaag 21726242  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #14
Raw Score: 118; E-Value: 5e-60
Query Start/End: Original strand, 53 - 401
Target Start/End: Original strand, 21704636 - 21704984
Alignment:
Q  53 cacggccaaagatacgaagggtgcaagagtatctcagaaatagagaaaaatttgagaagtattacaccccgaggttgatgtcaataggtcctatccatca 152  Q
    |||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||| |||| |||||| || ||||| | || | |||  |||| |||||||||||||||||    
T  21704636 cacgaccaaagatacaaagggtgcaagagtatctcagaagtagaaaaaactttgagcagcattactcacccaagttagtgtcgataggtcctatccatca 21704735  T
Q  153 tggcaataaacatctaaagttaggagagaagtacaagcttatgtgggcagcaaaatacatcaaaaacactggaagcatt-cagagggatctacacaaaaa 251  Q
    || ||||  |  ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||| |||   ||| |||| ||| |||||||||||    
T  21704736 tgacaatccaactctgaagttaggagagaagtacaagcttatgtgggcagcaaaatacatagaaaacaccggacttattccaga-ggaactacacaaaaa 21704834  T
Q  252 cattgttgataacattgataaactgaagggtcattttgatgacgatgttttaacattgaccagaaattctctcgaaggctttgatagtcttgaagaaaag 351  Q
     ||||  |||||||||||| |||||||||||| ||||   || |||||||||||  | ||| |||| |||||  ||||||||||  | ||||| ||||||    
T  21704835 gattgcagataacattgatgaactgaagggtcgttttagcgatgatgttttaactctaaccggaaactctcttcaaggctttgagtgccttgatgaaaag 21704934  T
Q  352 ctatcgtggatgttgttggtggatggatgctctttgctttatatcttgga 401  Q
    || |||||||| |||||  |||||||||| ||||||||  ||||||||||    
T  21704935 ctgtcgtggatattgttcatggatggatgttctttgctccatatcttgga 21704984  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #15
Raw Score: 115; E-Value: 3e-58
Query Start/End: Original strand, 61 - 406
Target Start/End: Original strand, 21771962 - 21772307
Alignment:
Q  61 aagatacgaagggtgcaagagtatctcagaaatagagaaaaatttgagaagtattacaccccgaggttgatgtcaataggtcctatccatcatggcaata 160  Q
    ||||||| |||||||| | ||| ||||||||||||| |||| ||||||||| ||||| | || | ||   |||||||||||||||| ||||||   || |    
T  21771962 aagatacaaagggtgctaaagtctctcagaaatagaaaaaactttgagaagcattactcacccaagtgtgtgtcaataggtcctattcatcatcataaca 21772061  T
Q  161 aacatctaaagttaggagagaagtacaagcttatgtgggcagcaaaatacatcaaaaacactggaagcattc-agagggatctacacaaaaacattgttg 259  Q
     | |||| |  |||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||  |||| |  |||  ||||| ||||| ||||||||||||| |||| ||    
T  21772062 caaatctgatattagcagagaagtacaaacttatgtgggcagcaaaatacatagaaaataacggatacattccagagg-atctacacaaaaagattgctg 21772160  T
Q  260 ataacattgataaactgaagggtcattttgatgacgatgttttaacattgaccagaaattctctcgaaggctttgatagtcttgaagaaaagctatcgtg 359  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||||| || ||||||||||| |  ||||||   ||||| | |||||||  ||| |||||||||||| | |||||    
T  21772161 ataacattgatgaactgaagggtcattttgacgatgatgttttaacttcaaccagatggtctcttgcaggctttcgtagccttgaagaaaagttgtcgtg 21772260  T
Q  360 gatgttgttggtggatggatgctctttgctttatatcttggagaaag 406  Q
    ||||||||| ||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||    
T  21772261 gatgttgttcgtggatggatgttctttgctgtatatcttggagaaag 21772307  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #16
Raw Score: 109; E-Value: 1e-54
Query Start/End: Original strand, 39 - 406
Target Start/End: Original strand, 21652048 - 21652415
Alignment:
Q  39 aacacccgaaagttcacggccaaagatacgaagggtgcaagagtatctcagaaatagagaaaaatttgagaagtattacaccccgaggttgatgtcaata 138  Q
    ||||||| ||| |||||| |||||||||| |||||||| | ||||||||||||||||| | || ||||||||  |||||||||| | |||  | ||||||    
T  21652048 aacaccccaaaattcacgaccaaagatacaaagggtgccacagtatctcagaaatagaaacaattttgagaaacattacacccccaagtttgtttcaata 21652147  T
Q  139 ggtcctatccatcatggcaataaacatctaaagttaggagagaagtacaagcttatgtgggcagcaaaatacatcaaaaacactggaagcattc-agagg 237  Q
    |||||||||||||||| ||||| | || | ||   ||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||  ||||||  ||    |||| ||| |    
T  21652148 ggtcctatccatcatgacaatacaaatatgaaaccaggagaggagtataagcttatgtgggcagcaaaatacatagaaaacaacggctttattctaga-g 21652246  T
Q  238 gatctacacaaaaacattgttgataacattgataaactgaagggtcattttgatgacgatgttttaacattgaccagaaattctctcgaaggctttgata 337  Q
    |||| ||||||||| ||||  ||||| ||| |  |||| ||||||||||||   |||||||||||||| || ||  | || ||||| |||||||||||||    
T  21652247 gatcgacacaaaaagattgccgataaaattaacgaactaaagggtcattttagcgacgatgttttaactttaactggcaagtctcttgaaggctttgata 21652346  T
Q  338 gtcttgaagaaaagctatcgtggatgttgttggtggatggatgctctttgctttatatcttggagaaag 406  Q
    | |||||||||||| | |||||||||||||| ||||||||||| || |||||  |||||||||||||||    
T  21652347 gccttgaagaaaagttgtcgtggatgttgttcgtggatggatgttcgttgctgcatatcttggagaaag 21652415  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #17
Raw Score: 107; E-Value: 2e-53
Query Start/End: Original strand, 62 - 427
Target Start/End: Original strand, 21992175 - 21992549
Alignment:
Q  62 agatacgaagggtgcaagagtatctcagaaatagagaaaaatttgagaagtattacaccccgaggttgatgtcaataggtcctatccatcatggcaataa 161  Q
    |||||| |||||||  ||||||||||| ||||||| || | ||||||||| | ||| | || |  ||| ||||||||||||||||||||||||||||||     
T  21992175 agatacaaagggtggcagagtatctcaaaaatagaaaagactttgagaagcactactcacccaaattggtgtcaataggtcctatccatcatggcaatac 21992274  T
Q  162 ac---------atctaaagttaggagagaagtacaagcttatgtgggcagcaaaatacatcaaaaacactggaagcattcagagggatctacacaaaaac 252  Q
    |          |||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||  | |||   | ||   | ||||||||||||||     
T  21992275 aagcaatgcaaatctgaagttaggagagaagtacaagcttacgtgggcagcaaaatacatcgaaaatgcaggacttaatccatgcgatctacacaaaaag 21992374  T
Q  253 attgttgataacattgataaactgaagggtcattttgatgacgatgttttaacattgaccagaaattctctcgaaggctttgatagtcttgaagaaaagc 352  Q
    ||| | |||||||||||| |||||||||||||||||  ||||||||||||||| ||  |  |||| ||||| ||||||||||  || || ||||||||||    
T  21992375 attatcgataacattgatgaactgaagggtcattttagtgacgatgttttaactttagctggaaagtctcttgaaggctttggaagcctcgaagaaaagc 21992474  T
Q  353 tatcgtggatgttgttggtggatggatgctctttgctttatatcttggagaaaggcaggcttgttgaaccagggc 427  Q
    | || ||||||||||| ||||||||||| |||||| | |||||||| ||||||| || ||||| |||||| ||||    
T  21992475 tgtcatggatgttgttcgtggatggatgttctttgttgtatatcttagagaaagccaagcttgatgaacctgggc 21992549  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #18
Raw Score: 103; E-Value: 4e-51
Query Start/End: Original strand, 126 - 407
Target Start/End: Original strand, 21764128 - 21764409
Alignment:
Q  126 gttgatgtcaataggtcctatccatcatggcaataaacatctaaagttaggagagaagtacaagcttatgtgggcagcaaaatacatcaaaaacactgga 225  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||| ||    | |||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||  ||||||| | |    
T  21764128 gttgttgtcaataggtcctatccatcatgacagatcagatctgaagttaggagagaagtacaagcttaagtgggcagcagaatacatagaaaacaccgca 21764227  T
Q  226 agcattc-agagggatctacacaaaaacattgttgataacattgataaactgaagggtcattttgatgacgatgttttaacattgaccagaaattctctc 324  Q
       | || ||||| | |||||| |||| |||| ||||||||| ||| |||||||||||| ||||   || ||||||||||| || ||  |||| |||||     
T  21764228 cttaatccagaggaa-ctacaccaaaagattgctgataacatcgatgaactgaagggtcgttttagcgatgatgttttaactttaactggaaagtctctt 21764326  T
Q  325 gaaggctttgatagtcttgaagaaaagctatcgtggatgttgttggtggatggatgctctttgctttatatcttggagaaagg 407  Q
    ||||||||| |||| |||||||||||| | |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  21764327 gaaggctttcatagccttgaagaaaagttgtcgtggatgttgttcgtggatggatgctctttgctttatctcttggagaaagg 21764409  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #19
Raw Score: 94; E-Value: 1e-45
Query Start/End: Original strand, 60 - 401
Target Start/End: Original strand, 21745532 - 21745873
Alignment:
Q  60 aaagatacgaagggtgcaagagtatctcagaaatagagaaaaatttgagaagtattacaccccgaggttgatgtcaataggtcctatccatcatggcaat 159  Q
    |||||||| |||||||  |||  |||||| |||||||  ||| ||||||||| ||||| | || | |||| ||||| |||||||||||||||||| ||||    
T  21745532 aaagatacaaagggtggtagaccatctcataaatagaacaaattttgagaagcattactcacccaagttggtgtcattaggtcctatccatcatgacaat 21745631  T
Q  160 aaacatctaaagttaggagagaagtacaagcttatgtgggcagcaaaatacatcaaaaacactggaagcattcagagggatctacacaaaaacattgttg 259  Q
      | ||||||||  ||||||  |||| |||||||||||||||||||||||| || | || || ||   || ||     ||||| |||||||| |||||||    
T  21745632 ccaaatctaaagacaggagaagagtataagcttatgtgggcagcaaaatacctcgagaatacaggccacaatccacacgatctgcacaaaaagattgttg 21745731  T
Q  260 ataacattgataaactgaagggtcattttgatgacgatgttttaacattgaccagaaattctctcgaaggctttgatagtcttgaagaaaagctatcgtg 359  Q
    ||||||||||| |||||||||||| ||||   |||||||||||||| || ||  ||||||||||  ||||||||||  | |||||||||||||| |||||    
T  21745732 ataacattgatgaactgaagggtcgttttagcgacgatgttttaactttaactggaaattctcttcaaggctttgaatgccttgaagaaaagctgtcgtg 21745831  T
Q  360 gatgttgttggtggatggatgctctttgctttatatcttgga 401  Q
    |||||| || || |||||||| ||||||||  ||||||||||    
T  21745832 gatgttattcgtagatggatgttctttgctccatatcttgga 21745873  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0182 (Bit Score: 65; Significance: 2e-28; HSPs: 2)
Name: scaffold0182
Description:

Target: scaffold0182; HSP #1
Raw Score: 65; E-Value: 2e-28
Query Start/End: Original strand, 126 - 222
Target Start/End: Original strand, 25376 - 25472
Alignment:
Q  126 gttgatgtcaataggtcctatccatcatggcaataaacatctaaagttaggagagaagtacaagcttatgtgggcagcaaaatacatcaaaaacact 222  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||| ||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||  ||||||||    
T  25376 gttggtgtcaataggtcctatccatcatgacaataaaaatctgaagttaggagagaagtacaagcttaagtgggcagcagaatacatagaaaacact 25472  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0182; HSP #2
Raw Score: 54; E-Value: 8e-22
Query Start/End: Original strand, 275 - 404
Target Start/End: Original strand, 25588 - 25717
Alignment:
Q  275 tgaagggtcattttgatgacgatgttttaacattgaccagaaattctctcgaaggctttgatagtcttgaagaaaagctatcgtggatgttgttggtgga 374  Q
    ||||||||||||||   || ||||||||||| || || | ||| ||||| |||||||||| ||  |||||||||||||| |||| ||||||||| |||||    
T  25588 tgaagggtcattttagcgaggatgttttaactttaactaaaaagtctcttgaaggctttggtacccttgaagaaaagctgtcgttgatgttgttcgtgga 25687  T
Q  375 tggatgctctttgctttatatcttggagaa 404  Q
    |||||| ||||||||  |||||||||||||    
T  25688 tggatgttctttgctacatatcttggagaa 25717  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 35; Significance: 0.0000000002; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000002
Query Start/End: Original strand, 325 - 387
Target Start/End: Complemental strand, 18192122 - 18192060
Alignment:
Q  325 gaaggctttgatagtcttgaagaaaagctatcgtggatgttgttggtggatggatgctctttg 387  Q
    |||||||||||||   | |||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||| ||||||    
T  18192122 gaaggctttgataacttggaagaaaagctatcatggatgttgtttgtggatggatgttctttg 18192060  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University