View Alignment
This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.
| Legend |
| | Query |
| | Query hiting target |
| Query hiting target's complemental strand |
| | Query's complemental strand hiting target |
| Query's complemental strand hiting target's complemental strand |
|
Alignment Overview
Query: NF15788_high_2 (Length: 528)
Name: NF15788_high_2
Description: NF15788
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)
| [»] NF15788_high_2 |
 | |
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| [»] scaffold1079 (1 HSPs) |
| | |
|
| [»] scaffold0002 (2 HSPs) |
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Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 440; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr4
Description:
Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 440; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 28 - 502
Target Start/End: Complemental strand, 16899701 - 16899233
Alignment:
| Q |
28 |
tcatcatccattataacgaattggtgtggtaaattcaaattcaaatttaaatatatgaacagtaaataaaactagtattcgtattgagactagaactcat |
127 |
Q |
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||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
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| T |
16899701 |
tcatcatccattataacgaattggtgtggtaaattcaaatt------taaatatatgaacagtaaataaaactagtattcgtattgagactagaactcat |
16899608 |
T |
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| Q |
128 |
agggaagaaaatagatttatgaatggaataaaatatgcaatatttacagacaaaagtattcggttattgggaaaaaatcaatatacttttaatgtcgaat |
227 |
Q |
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| T |
16899607 |
agggaagaaaatagatttatgaatggaataaaatatgcaatatttacagacaaaagtattcggttattgggaaaaaatcaatatacttttaatgtcgaat |
16899508 |
T |
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| Q |
228 |
caggatcaactaggacagaaataaaacattgggtcgaactcttttttggtgtcaaggtaatagctatgaatagtcatcgactcccaataaagggtagaag |
327 |
Q |
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| T |
16899507 |
caggatcaactaggacagaaataaaacattgggtcgaactcttttttggtgtcaaggtaatagctatgaatagtcatcgactcccaataaatggtagaag |
16899408 |
T |
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| Q |
328 |
aatgcgacctattatgggacatagaccgcattacaaacgtatgatcattacgcttcaaccgggttattctattccacctcttagaaaagaacttaactaa |
427 |
Q |
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| T |
16899407 |
aatgcgacctattatgggacatagaccgcattacaaacgtatgatcattacgcttcaaccgggttattctattctacctcttagaaaagaacttaaataa |
16899308 |
T |
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| Q |
428 |
aaatacacttaatagcatggcgatacatttatacaaaacttctatcccgagcacccgcacacgaaatcgtttgat |
502 |
Q |
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| T |
16899307 |
aaatacacttaatagcatggcgatacatttatacaaaacttctatcccgagcacccgcacacgaaatcgtttgat |
16899233 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 440; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 28 - 502
Target Start/End: Complemental strand, 18348216 - 18347748
Alignment:
| Q |
28 |
tcatcatccattataacgaattggtgtggtaaattcaaattcaaatttaaatatatgaacagtaaataaaactagtattcgtattgagactagaactcat |
127 |
Q |
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||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
18348216 |
tcatcatccattataacgaattggtgtggtaaattcaaatt------taaatatatgaacagtaaataaaactagtattcgtattgagactagaactcat |
18348123 |
T |
|
| Q |
128 |
agggaagaaaatagatttatgaatggaataaaatatgcaatatttacagacaaaagtattcggttattgggaaaaaatcaatatacttttaatgtcgaat |
227 |
Q |
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||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
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|
| T |
18348122 |
agggaagaaaatagatttatgaatggaataaaaaatgcaatatttacagacaaaagtattcggttattgggaaaaaatcaatatacttttaatgtcgaat |
18348023 |
T |
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| Q |
228 |
caggatcaactaggacagaaataaaacattgggtcgaactcttttttggtgtcaaggtaatagctatgaatagtcatcgactcccaataaagggtagaag |
327 |
Q |
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|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
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| T |
18348022 |
caggatcaactaggacagaaataaaacattgggtcgaactcttttttggtgtcaaggtaatagctatgaatagtcatcgactcccaataaagggtagaag |
18347923 |
T |
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| Q |
328 |
aatgcgacctattatgggacatagaccgcattacaaacgtatgatcattacgcttcaaccgggttattctattccacctcttagaaaagaacttaactaa |
427 |
Q |
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|
|
| T |
18347922 |
aatgcgacctattatgggacatagaccgcattacaaacgtatgatcattacgcttcaaccgggttattctattctacctcttagaaaagaacttaaataa |
18347823 |
T |
|
| Q |
428 |
aaatacacttaatagcatggcgatacatttatacaaaacttctatcccgagcacccgcacacgaaatcgtttgat |
502 |
Q |
| |
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|
|
| T |
18347822 |
aaatacacttaatagcatggcgatacatttatacaaaacttctatcccgagcacccgcacacgaaatcgtttgat |
18347748 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr3 (Bit Score: 440; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:
Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 440; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 28 - 502
Target Start/End: Original strand, 13236275 - 13236743
Alignment:
| Q |
28 |
tcatcatccattataacgaattggtgtggtaaattcaaattcaaatttaaatatatgaacagtaaataaaactagtattcgtattgagactagaactcat |
127 |
Q |
| |
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|||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
13236275 |
tcatcatccattataacgaattggtgtggtaaat------tcaaatttaaatatatgaacagtaaataaaactagtattcgtattgagactagaactcat |
13236368 |
T |
|
| Q |
128 |
agggaagaaaatagatttatgaatggaataaaatatgcaatatttacagacaaaagtattcggttattgggaaaaaatcaatatacttttaatgtcgaat |
227 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
13236369 |
agggaagaaaatagatttatgaatggaataaaaaatgcaatatttacagacaaaagtattcggttattgggaaaaaatcaatatacttttaatgtcgaat |
13236468 |
T |
|
| Q |
228 |
caggatcaactaggacagaaataaaacattgggtcgaactcttttttggtgtcaaggtaatagctatgaatagtcatcgactcccaataaagggtagaag |
327 |
Q |
| |
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|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
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| T |
13236469 |
caggatcaactaggacagaaataaaacattgggtcgaactcttttttggtgtcaaggtaatagctatgaatagtcatcgactcccaataaagggtagaag |
13236568 |
T |
|
| Q |
328 |
aatgcgacctattatgggacatagaccgcattacaaacgtatgatcattacgcttcaaccgggttattctattccacctcttagaaaagaacttaactaa |
427 |
Q |
| |
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| T |
13236569 |
aatgcgacctattatgggacatagaccgcattacaaacgtatgatcattacgcttcaaccgggttattctattctacctcttagaaaagaacttaaataa |
13236668 |
T |
|
| Q |
428 |
aaatacacttaatagcatggcgatacatttatacaaaacttctatcccgagcacccgcacacgaaatcgtttgat |
502 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
13236669 |
aaatacacttaatagcatggcgatacatttatacaaaacttctatcccgagcacccgcacacgaaatcgtttgat |
13236743 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: scaffold1079 (Bit Score: 250; Significance: 1e-138; HSPs: 1)
Name: scaffold1079
Description:
Target: scaffold1079; HSP #1
Raw Score: 250; E-Value: 1e-138
Query Start/End: Original strand, 97 - 486
Target Start/End: Complemental strand, 645 - 254
Alignment:
| Q |
97 |
aactagtattcgtattgagactagaactcatagggaagaaaatagatttatgaatggaataaaatatgcaatatttacagacaaaagtattcggttattg |
196 |
Q |
| |
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|||||| |||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||| | || ||||||||||||||||||||||| || |
|
|
| T |
645 |
aactagcattcttattgagactcgaactcatagggaagaaaatagatttatggatggaatcaaatatatagtagttacagacaaaagtattcggttagtg |
546 |
T |
|
| Q |
197 |
ggaaaaaatcaatatacttttaatgtcgaatcaggatcaactaggacagaaataaaacattgggtcgaactcttttttggtgtcaaggtaatagctatga |
296 |
Q |
| |
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| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
545 |
gtgaaaaatcaatatacttctaatgtcgaatcaggatcaactaggacagaaataaagcattgggtcgaactcttctttggtgtcaaggtaatagctatga |
446 |
T |
|
| Q |
297 |
atagtcatcgactcccaataaagggtagaagaatgcgacctattatgggacatagaccgcattacaaacgtatgatcattacgcttcaaccgggttattc |
396 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||| | |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
445 |
atagtcatcgactcccccgaaagggtagaagaatgggacctattatgggacatacaatgcattacaggcgtatgatcattacgcttcaaccgggttattc |
346 |
T |
|
| Q |
397 |
tattccacctctta----gaaaagaacttaactaaaaatacacttaatagcatggcgatacatttatacaaaacttctatcccgagcacccgca |
486 |
Q |
| |
|
|||||||||||||| ||||||||||||| | ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||| |||| |
|
|
| T |
345 |
tattccacctcttacaacgaaaagaacttaaatcaaaat--acttaatagcatggcgatacatttatacaaaacttctaccccgggcacacgca |
254 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr1 (Bit Score: 194; Significance: 1e-105; HSPs: 2)
Name: chr1
Description:
Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 194; E-Value: 1e-105
Query Start/End: Original strand, 91 - 325
Target Start/End: Complemental strand, 10404203 - 10403965
Alignment:
| Q |
91 |
aaataaaactagtattcgtattgagactagaactcatagggaagaaaatagatttatgaatggaataaaatatgcaatatttacagacaaaagtattcgg |
190 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||| |
|
|
| T |
10404203 |
aaataaaactagtattggtattgagactagaaatcatagggaagaaaatagatttatgaatggaataaaatatataatatttacaaacaaaagtattcgg |
10404104 |
T |
|
| Q |
191 |
ttattgggaaaaaatcaatatacttttaatgtcg----aatcaggatcaactaggacagaaataaaacattgggtcgaactcttttttggtgtcaaggta |
286 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |
|
|
| T |
10404103 |
ttattgggaaaaaatcaatatacttttaatgtcgaattaatcagtatcaactaggacagaaataaaacattgggtcgaactcttatttggtgtcaaggta |
10404004 |
T |
|
| Q |
287 |
atagctatgaatagtcatcgactcccaataaagggtaga |
325 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
10404003 |
atagctatgaatagtcatcgactcccaataaagggtaga |
10403965 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 153; E-Value: 7e-81
Query Start/End: Original strand, 66 - 250
Target Start/End: Original strand, 6352282 - 6352464
Alignment:
| Q |
66 |
attcaaatttaaatatatgaacagtaaataaaactagtattcgtattgagactagaactcatagggaagaaaatagatttatgaatggaataaaatatgc |
165 |
Q |
| |
|
|||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
6352282 |
attcaaattttaatatatgaatagtaaataaaactagtattcgtattgagactagaactcatagggaagaaaatagatttatgaatggaataaaatatgt |
6352381 |
T |
|
| Q |
166 |
aatatttacagacaaaagtattcggttattgggaaaaaatcaatatacttttaatgtcgaatcaggatcaactaggacagaaata |
250 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
6352382 |
aatatttacagacaaaagtattc-attattgggaaaaaatcaatatacttttaatgtcgaat-aggatcaactaggacagaaata |
6352464 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr2 (Bit Score: 154; Significance: 2e-81; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:
Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 154; E-Value: 2e-81
Query Start/End: Original strand, 125 - 330
Target Start/End: Original strand, 42203278 - 42203482
Alignment:
| Q |
125 |
catagggaagaaaatagatttatgaatggaataaaatatgcaatatttacagacaaaagtattcggttattgggaaaaaatcaatatacttttaatgtcg |
224 |
Q |
| |
|
|||| |||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
42203278 |
catatggaaaaaaatagatttatgaatggaataatatatgcaatatttacagacaaaagtgttcggttattgt-aaaaattcaatatacttttaatgtcg |
42203376 |
T |
|
| Q |
225 |
aatcaggatcaactaggacagaaataaaacattgggtcgaactcttttttggtgtcaaggtaatagctatgaatagtcatcgactcccaataaagggtag |
324 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |
|
|
| T |
42203377 |
aatcaggatcaactaggatagaaataaaacattgggtcgaactcttctttgatgtcaaggtaatagctatgaatagtcatcgactcccaataaaggataa |
42203476 |
T |
|
| Q |
325 |
aagaat |
330 |
Q |
| |
|
|||||| |
|
|
| T |
42203477 |
aagaat |
42203482 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: scaffold0002 (Bit Score: 132; Significance: 3e-68; HSPs: 2)
Name: scaffold0002
Description:
Target: scaffold0002; HSP #1
Raw Score: 132; E-Value: 3e-68
Query Start/End: Original strand, 141 - 404
Target Start/End: Original strand, 197865 - 198128
Alignment:
| Q |
141 |
gatttatgaatggaataaaatatgcaatatttacagacaaaagtattcggttattgggaaaaaatcaatatacttttaatgtcgaatcaggatcaactag |
240 |
Q |
| |
|
|||||||| ||||||| ||||| ||| |||||||||| |||||| |||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||| |||| |
|
|
| T |
197865 |
gatttatggatggaatcaaatacgcagtatttacagaaaaaagtcttcgtttattgggaaagaatcaatatacttttaatgtcgaatcgggattcactaa |
197964 |
T |
|
| Q |
241 |
gacagaaataaaacattgggtcgaactcttttttggtgtcaaggtaatagctatgaatagtcatcgactcccaataaagggtagaagaatgcgacctatt |
340 |
Q |
| |
|
|||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||| ||||| ||||| ||||||| |||||||| || ||| ||||||||||| |||||||| |
|
|
| T |
197965 |
gacagaaataaagcattgggtcgaactcttctttggtgttaaggtggtagctgtgaatagccatcgactacctggaaaaggtagaagaataggacctatt |
198064 |
T |
|
| Q |
341 |
atgggacatagaccgcattacaaacgtatgatcattacgcttcaaccgggttattctattccac |
404 |
Q |
| |
|
|||| |||| | |||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
198065 |
ctgggccatacaatgcattacagacgtatgatcattacccttcaaccgggttattctattccac |
198128 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: scaffold0002; HSP #2
Raw Score: 104; E-Value: 1e-51
Query Start/End: Original strand, 149 - 404
Target Start/End: Original strand, 256308 - 256562
Alignment:
| Q |
149 |
aatggaataaaatatgcaatatttacagacaaaagtattcggttattgggaaaaaatcaatatacttttaatgtcgaatcaggatcaactaggacagaaa |
248 |
Q |
| |
|
|||||||| ||||| ||| |||||||||| |||||| |||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||| |||| |||||||| |
|
|
| T |
256308 |
aatggaatcaaatacgcagtatttacagaaaaaagtcttcgtttattgggaaagaatcaatatacttttaatgtcgaatcgggattcactaagacagaaa |
256407 |
T |
|
| Q |
249 |
taaaacattgggtcgaactcttttttggtgtcaaggtaatagctatgaatagtcatcgactcccaataaagggtagaagaatgcgacctattatgggaca |
348 |
Q |
| |
|
|||| |||||| || ||||||| ||||| | ||||| ||||| ||||||| |||||||| || ||| ||||||||||| |||||||| |||| | |
|
|
| T |
256408 |
taaagcattggttcaaactcttctttgg-attaaggtggtagctgtgaatagccatcgactacctggaaaaggtagaagaataggacctattctgggccg |
256506 |
T |
|
| Q |
349 |
tagaccgcattacaaacgtatgatcattacgcttcaaccgggttattctattccac |
404 |
Q |
| |
|
|| | |||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
256507 |
tacaatgcattacagacgtatgatcattacccttcaaccgggttattctattccac |
256562 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr5 (Bit Score: 57; Significance: 1e-23; HSPs: 1)
Name: chr5
Description:
Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 57; E-Value: 1e-23
Query Start/End: Original strand, 103 - 229
Target Start/End: Original strand, 40230907 - 40231035
Alignment:
| Q |
103 |
tattcgtattgagactagaactcatagggaagaaaatagatttatgaatggaataaaatatgcaata-tttacagacaaaagtattcggttattggg-aa |
200 |
Q |
| |
|
||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||| | ||| ||||||| || |||| ||||||||||||| |||||||||| || |
|
|
| T |
40230907 |
tattcttattgagactagaactcatcgggaagaaaatagatttgtgagttcaatgaaatatgtggtattttatagacaaaagtatttggttattgggaaa |
40231006 |
T |
|
| Q |
201 |
aaaatcaatatacttttaatgtcgaatca |
229 |
Q |
| |
|
|||||||||| |||||||| ||||||||| |
|
|
| T |
40231007 |
aaaatcaatacacttttaacgtcgaatca |
40231035 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
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