View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF15789_low_7 (Length: 554)

Name: NF15789_low_7
Description: NF15789
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF15789_low_7
NF15789_low_7
[»] chr8 (11 HSPs)
chr8 (13-542)||(1962346-1962870)
chr8 (13-444)||(2015559-2015990)
chr8 (13-446)||(2018942-2019375)
chr8 (181-424)||(2005333-2005576)
chr8 (181-423)||(2008713-2008955)
chr8 (181-423)||(1968060-1968302)
chr8 (299-442)||(2013378-2013522)
chr8 (233-418)||(2012380-2012565)
chr8 (459-542)||(2016016-2016094)
chr8 (16-104)||(2012163-2012251)
chr8 (342-421)||(1964500-1964581)
[»] chr1 (1 HSPs)
chr1 (13-424)||(5901638-5902049)
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (228-423)||(18189425-18189620)
[»] chr7 (2 HSPs)
chr7 (278-322)||(16565749-16565793)
chr7 (278-322)||(16599869-16599913)


Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 481; Significance: 0; HSPs: 11)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 481; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 13 - 542
Target Start/End: Complemental strand, 1962870 - 1962346
Alignment:
Q  13 aacataggacaacaagttgaattccttagcaaaatctagtgcatcaattgctaatgcatcaaccaccaaggcaacaaagggtgtccttaaagttaaggac 112  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  1962870 aacataggacaacaagttgaattccttagcaaaatctagtgcatcaattgctaatgcatcaaccaccaaggcaacaaagggtgcccttaaagttaaggac 1962771  T
Q  113 ttcaaggcctgatgtatagatggcagtgagtgagttagtgtgagctgaagttgaagggctaaagcaaccccttgtggtaggtcattagagttcactggtg 212  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1962770 ttcaaggcctgatgtatagatggcagtgagtgagttagtgtgagctgaagttgaagggctaaagcaaccccttgtggtaggtcattagagttcactggtg 1962671  T
Q  213 gaagaaaagtacagctgatgtttgatggaagagtttcaagtattgtttttgaatcagttgggagagaaccaagtgagggaatgaagcatgtgacatgaaa 312  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1962670 gaagaaaagtacagctgatgtttgatggaagagtttcaagtattgtttttgaatcagttgggagagaaccaagtgagggaatgaagcatgtgacatgaaa 1962571  T
Q  313 gtatggatgaagctgaacaagtagtttggagaattgaagaattgggaataagtggctatatccaacaccaggaacaactgcaatatgaactgttttctcc 412  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1962570 gtatggatgaagctgaacaagtagtttggagaattgaagaattgggaataagtggctatatccaacaccaggaacaactgcaatatgaactgttttctcc 1962471  T
Q  413 atgaaaatttgttcttagtttacagcttataagttaatannnnnnnatgcttgtgaaaggaaaaccaaaaacagaactcaactcaactacctatacatgt 512  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||       ||||||||||||||||||||||||||||     |||||||||||||||||||||    
T  1962470 atgaaaatttgttcttagtttacagcttataagttaatatttttttatgcttgtgaaaggaaaaccaaaaacag-----aactcaactacctatacatgt 1962376  T
Q  513 tctgcaaaatcgacattatgtatatgtttg 542  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  1962375 tctgcaaaatcaacattatgtatatgtttg 1962346  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 328; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 13 - 444
Target Start/End: Original strand, 2015559 - 2015990
Alignment:
Q  13 aacataggacaacaagttgaattccttagcaaaatctagtgcatcaattgctaatgcatcaaccaccaaggcaacaaagggtgtccttaaagttaaggac 112  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||| ||  |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  2015559 aacataggacaacaagttgaattccttagcaaaatccagtgcatccattgctgatatatcaaccaccaaggcaacaaagggtgtctttaaagttaaggac 2015658  T
Q  113 ttcaaggcctgatgtatagatggcagtgagtgagttagtgtgagctgaagttgaagggctaaagcaaccccttgtggtaggtcattagagttcactggtg 212  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||  ||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  2015659 ttcaaggcctgatgtatagatggcagtgagtgagtcagtgtgagctgaagttgaagtactaaagcaatcccttgtggtaggtcattggagttcactggtg 2015758  T
Q  213 gaagaaaagtacagctgatgtttgatggaagagtttcaagtattgtttttgaatcagttgggagagaaccaagtgagggaatgaagcatgtgacatgaaa 312  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2015759 gaagaaaagtacagctgatgtttgatggaagagtttgaaggattgtttttgaatcagttgggagagaaccaagtgagggaatgaagcatgtgacatgaaa 2015858  T
Q  313 gtatggatgaagctgaacaagtagtttggagaattgaagaattgggaataagtggctatatccaacaccaggaacaactgcaatatgaactgttttctcc 412  Q
    || |||||||||||||||||||   ||||||||||||||||| | ||  || ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  2015859 gtttggatgaagctgaacaagtctcttggagaattgaagaatagagaccaaatggctatatccaacacctggaacaactgcaatatgaattgttttctcc 2015958  T
Q  413 atgaaaatttgttcttagtttacagcttataa 444  Q
    || |||||||||||||||||||| ||||||||    
T  2015959 ataaaaatttgttcttagtttaccgcttataa 2015990  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 306; E-Value: 1e-172
Query Start/End: Original strand, 13 - 446
Target Start/End: Original strand, 2018942 - 2019375
Alignment:
Q  13 aacataggacaacaagttgaattccttagcaaaatctagtgcatcaattgctaatgcatcaaccaccaaggcaacaaagggtgtccttaaagttaaggac 112  Q
    |||||||||||||| |||||| || |||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2018942 aacataggacaacatgttgaactctttagcaaaatctagtgcatcgattgctaatgaatcaaccaccaaggcaacaaagggtgtccttaaagttaaggac 2019041  T
Q  113 ttcaaggcctgatgtatagatggcagtgagtgagttagtgtgagctgaagttgaagggctaaagcaaccccttgtggtaggtcattagagttcactggtg 212  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||| ||||||  ||||||||| ||||||||||| ||| || ||| |||||| ||    
T  2019042 ttcaaggcctgatgtatagatggcagtgagtgaattactgtgagctgaatttgaagtactaaagcaatcccttgtggtaagtctttggagctcactgatg 2019141  T
Q  213 gaagaaaagtacagctgatgtttgatggaagagtttcaagtattgtttttgaatcagttgggagagaaccaagtgagggaatgaagcatgtgacatgaaa 312  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||  || ||||||||||| |||||||||||  ||| |||||||||||| ||||||||||||||    
T  2019142 gaagaaaagtacagttgatgtttgatggaagagtttgaatgatggtttttgaatcggttgggagagactcaattgagggaatgaaacatgtgacatgaaa 2019241  T
Q  313 gtatggatgaagctgaacaagtagtttggagaattgaagaattgggaataagtggctatatccaacaccaggaacaactgcaatatgaactgttttctcc 412  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2019242 gtatggatgaagctgaacaagtagcttggagaattgaagaatcgggaataagtggccatatccaacacctggaacaactgcaatatgaactgttttctcc 2019341  T
Q  413 atgaaaatttgttcttagtttacagcttataagt 446  Q
    ||||||||| ||| ||||||||||||||||||||    
T  2019342 atgaaaattagttattagtttacagcttataagt 2019375  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 120; E-Value: 4e-61
Query Start/End: Original strand, 181 - 424
Target Start/End: Original strand, 2005333 - 2005576
Alignment:
Q  181 cccttgtggtaggtcattagagttcactggtggaagaaaagtacagctgatgtttgatggaagagtttcaagtattgtttttgaatcagttgggagagaa 280  Q
    |||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||  | ||||||||||||||||||||| ||| || | |||||    ||||| | ||||     
T  2005333 cccttgtggtaggtcattagggttcacaggtggaagaaaagtatggttgatgtttgatggaagagtttgaaggatagattttgtggtagttgagggagat 2005432  T
Q  281 ccaagtgagggaatgaagcatgtgacatgaaagtatggatgaagctgaacaagtagtttggagaattgaagaattgggaataagtggctatatccaacac 380  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||| |||||||||   ||||||||||||||||| | ||  || ||||||||||||||||    
T  2005433 ccaagtgagggaatgaaacatgtgacatgaaagtttggatgaagttgaacaagtctcttggagaattgaagaatagagaccaaatggctatatccaacac 2005532  T
Q  381 caggaacaactgcaatatgaactgttttctccatgaaaatttgt 424  Q
    | ||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||| ||||    
T  2005533 ctggaacaactgcaatatgaattgttttctccatggaaacttgt 2005576  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 119; E-Value: 2e-60
Query Start/End: Original strand, 181 - 423
Target Start/End: Original strand, 2008713 - 2008955
Alignment:
Q  181 cccttgtggtaggtcattagagttcactggtggaagaaaagtacagctgatgtttgatggaagagtttcaagtattgtttttgaatcagttgggagagaa 280  Q
    |||||||||||||||||| | |||||| ||||||||||||||   | ||||||||||||||||||||| ||| || | |||||   || ||| | ||||     
T  2008713 cccttgtggtaggtcattggggttcacaggtggaagaaaagtgtggttgatgtttgatggaagagtttgaaggatagattttgtggcatttgagggagat 2008812  T
Q  281 ccaagtgagggaatgaagcatgtgacatgaaagtatggatgaagctgaacaagtagtttggagaattgaagaattgggaataagtggctatatccaacac 380  Q
    ||||| | ||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||   ||||||||||||||||| ||||  || ||||||||||||||||    
T  2008813 ccaagcgtgggaatgaaacatgtgacatgaaagtttggatgaagctgaacaagtctcttggagaattgaagaatagggaccaaatggctatatccaacac 2008912  T
Q  381 caggaacaactgcaatatgaactgttttctccatgaaaatttg 423  Q
    | ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  2008913 ctggaacaactgcaatatgaactgttttctccatggaaatttg 2008955  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 111; E-Value: 9e-56
Query Start/End: Original strand, 181 - 423
Target Start/End: Complemental strand, 1968302 - 1968060
Alignment:
Q  181 cccttgtggtaggtcattagagttcactggtggaagaaaagtacagctgatgtttgatggaagagtttcaagtattgtttttgaatcagttgggagagaa 280  Q
    |||||||||||||||||| |  ||||| ||||||||||||||   | ||||||||||||||||||||| ||| || | |||||   || ||| | ||||     
T  1968302 cccttgtggtaggtcattgggattcacaggtggaagaaaagtgtggttgatgtttgatggaagagtttgaaggatagattttgtggcatttgagggagat 1968203  T
Q  281 ccaagtgagggaatgaagcatgtgacatgaaagtatggatgaagctgaacaagtagtttggagaattgaagaattgggaataagtggctatatccaacac 380  Q
    ||||||| ||||||||| |||||||||||||||| ||||||||| |||||||||   ||||||||||||||||| ||||  || || |||||||||||||    
T  1968202 ccaagtgtgggaatgaaacatgtgacatgaaagtctggatgaagttgaacaagtctcttggagaattgaagaatagggaccaaatgactatatccaacac 1968103  T
Q  381 caggaacaactgcaatatgaactgttttctccatgaaaatttg 423  Q
    | ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  1968102 ctggaacaactgcaatatgaactgttttctccatggaaatttg 1968060  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 101; E-Value: 8e-50
Query Start/End: Original strand, 299 - 442
Target Start/End: Original strand, 2013378 - 2013522
Alignment:
Q  299 catgtgacatgaaagtatggatgaagctgaacaagtagtttggagaattgaagaattgggaataagtggctatatccaacaccaggaacaactgcaatat 398  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || || ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  2013378 catgtgacatgaaagtatggatgaagctgaacaagtagcttcgaaaattgaagaattgggaataagtgactatatccaacacctggaacaactgcaatat 2013477  T
Q  399 gaactgttttctccatgaaaatttgtt-cttagtttacagcttat 442  Q
    ||| | ||||||||||| |||||||||  ||||||||||||||||    
T  2013478 gaatttttttctccatggaaatttgttgtttagtttacagcttat 2013522  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #8
Raw Score: 54; E-Value: 9e-22
Query Start/End: Original strand, 233 - 418
Target Start/End: Original strand, 2012380 - 2012565
Alignment:
Q  233 tttgatggaagagtttcaagtattgtttttgaatcagttgggagagaaccaagtgagggaatgaagcatgtgacatgaaagtatggatgaagctgaacaa 332  Q
    ||||||||||| |||| ||| || |||| |||   | ||||| |||||||||||| ||||||||  ||||||||||||| ||  ||||||||||| | ||    
T  2012380 tttgatggaagggtttgaaggatggtttctgaggaacttgggggagaaccaagtgtgggaatgatacatgtgacatgaatgtccggatgaagctggataa 2012479  T
Q  333 gtagtttggagaattgaagaattgggaataagtggctatatccaacaccaggaacaactgcaatatgaactgttttctccatgaaa 418  Q
    |||  || ||||| |||||||| |||| |||||| | ||| || ||||| |||||||| ||||| |||| |||||| |||||||||    
T  2012480 gtaactttgagaaatgaagaatagggactaagtgtccatacccgacacctggaacaacggcaatgtgaattgttttatccatgaaa 2012565  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #9
Raw Score: 44; E-Value: 9e-16
Query Start/End: Original strand, 459 - 542
Target Start/End: Original strand, 2016016 - 2016094
Alignment:
Q  459 atgcttgtgaaaggaaaaccaaaaacagaactcaactcaactacctatacatgttctgcaaaatcgacattatgtatatgtttg 542  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||     |||| |||||| |||||||||| |||||||||||| ||||||    
T  2016016 atgcttgtgaaaggaaaaccaaaaacagaactcacct-----acctctacatgctctgcaaaattgacattatgtatgtgtttg 2016094  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #10
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000001
Query Start/End: Original strand, 16 - 104
Target Start/End: Original strand, 2012163 - 2012251
Alignment:
Q  16 ataggacaacaagttgaattccttagcaaaatctagtgcatcaattgctaatgcatcaaccaccaaggcaacaaagggtgtccttaaag 104  Q
    ||||||||||| ||||||||| |||||||| | |||||| ||||  || || ||||||||||||||||| |||| |||  |||||||||    
T  2012163 ataggacaacatgttgaattctttagcaaagtttagtgcttcaacagcaaaagcatcaaccaccaaggccacaaggggaatccttaaag 2012251  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #11
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000005
Query Start/End: Original strand, 342 - 421
Target Start/End: Complemental strand, 1964581 - 1964500
Alignment:
Q  342 agaattgaagaattgggaataagtggctatat--ccaacaccaggaacaactgcaatatgaactgttttctccatgaaaatt 421  Q
    ||||||||||||| | || ||| ||| |||||  |||||||| |||||||||||||| ||||  |||||||||||| |||||    
T  1964581 agaattgaagaatagagactaaatggatatatacccaacacctggaacaactgcaatgtgaatggttttctccatggaaatt 1964500  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 84; Significance: 1e-39; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 84; E-Value: 1e-39
Query Start/End: Original strand, 13 - 424
Target Start/End: Complemental strand, 5902049 - 5901638
Alignment:
Q  13 aacataggacaacaagttgaattccttagcaaaatctagtgcatcaattgctaatgcatcaaccaccaaggcaacaaagggtgtccttaaagttaaggac 112  Q
    |||||||||||||| |||||| |||||||| ||||||||||| ||    | ||| | |||||||||||  || |||  ||| |||||||||||||||||     
T  5902049 aacataggacaacatgttgaactccttagccaaatctagtgcttcggcagataaagaatcaaccaccagtgccacagggggagtccttaaagttaaggag 5901950  T
Q  113 ttcaaggcctgatgtatagatggcagtgagtgagttagtgtgagctgaagttgaagggctaaagcaaccccttgtggtaggtcattagagttcactggtg 212  Q
    ||||| |||||||||| | ||||||| | | | ||   || ||| |||| |||     ||| |  |  |||||| |||||||| || |  ||||| ||||    
T  5901949 ttcaatgcctgatgtaaatatggcagagtgagtgtcgttgcgagatgaatttggcattctacactagtcccttgaggtaggtcgttgggattcacaggtg 5901850  T
Q  213 gaagaaaagtacagctgatgtttgatggaagagtttcaagtattgtttttgaatcagttgggagagaaccaagtgagggaatgaagcatgtgacatgaaa 312  Q
    ||||||||||  |||  ||||||||||||||||||| ||| | ||  |||||  || ||| | | || |||||||  ||||||||||| |||||||||||    
T  5901849 gaagaaaagtgtagccaatgtttgatggaagagtttgaaggaatgactttgaggcacttgagggtgatccaagtgtaggaatgaagcaagtgacatgaaa 5901750  T
Q  313 gtatggatgaagctgaacaagtagtttggagaattgaagaattgggaataagtggctatatccaacaccaggaacaactgcaatatgaactgttttctcc 412  Q
    || |||||| |||||||||||||| |||||||||| |||||| | || ||| |||||||| | | |||| |||| ||| ||||| |||| ||||||||||    
T  5901749 gtctggatggagctgaacaagtagcttggagaattcaagaatagagactaaatggctataccaagcacctggaataacagcaatgtgaattgttttctcc 5901650  T
Q  413 atgaaaatttgt 424  Q
    ||||||||||||    
T  5901649 atgaaaatttgt 5901638  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 60; Significance: 2e-25; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 60; E-Value: 2e-25
Query Start/End: Original strand, 228 - 423
Target Start/End: Complemental strand, 18189620 - 18189425
Alignment:
Q  228 tgatgtttgatggaagagtttcaagtattgtttttgaatcagttgggagagaaccaagtgagggaatgaagcatgtgacatgaaagtatggatgaagctg 327  Q
    |||| |||||||||||||||| ||| || | || |||   | ||||| |||||||||||| | ||||||  |||||| |||||| || ||||||||| ||    
T  18189620 tgatatttgatggaagagtttgaaggatgggttctgaggaacttgggggagaaccaagtgtgcgaatgatacatgtggcatgaatgtctggatgaagatg 18189521  T
Q  328 aacaagtagtttggagaattgaagaattgggaataagtggctatatccaacaccaggaacaactgcaatatgaactgttttctccatgaaaatttg 423  Q
     | |||||  || |||||||||||||| |||| |||||| | ||| |||||||| |||||||||||||| |||| |||||| |||||| |||||||    
T  18189520 gataagtaactttgagaattgaagaatagggactaagtgtccatacccaacacctggaacaactgcaatgtgaattgttttatccatggaaatttg 18189425  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 29; Significance: 0.0000008; HSPs: 2)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000008
Query Start/End: Original strand, 278 - 322
Target Start/End: Complemental strand, 16565793 - 16565749
Alignment:
Q  278 gaaccaagtgagggaatgaagcatgtgacatgaaagtatggatga 322  Q
    ||||||||||||||||||| ||| ||||||||||| | |||||||    
T  16565793 gaaccaagtgagggaatgatgcaagtgacatgaaaatttggatga 16565749  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000008
Query Start/End: Original strand, 278 - 322
Target Start/End: Original strand, 16599869 - 16599913
Alignment:
Q  278 gaaccaagtgagggaatgaagcatgtgacatgaaagtatggatga 322  Q
    ||||||||||||||||||| ||| ||||||||||| | |||||||    
T  16599869 gaaccaagtgagggaatgatgcaagtgacatgaaaatttggatga 16599913  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University