View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF1578_low_2 (Length: 320)

Name: NF1578_low_2
Description: NF1578
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF1578_low_2
NF1578_low_2
[»] chr7 (1 HSPs)
chr7 (1-307)||(29623031-29623337)
[»] chr5 (9 HSPs)
chr5 (25-307)||(35754819-35755101)
chr5 (1-288)||(35385993-35386280)
chr5 (26-284)||(35410679-35410937)
chr5 (7-284)||(35366847-35367124)
chr5 (1-307)||(35376387-35376699)
chr5 (23-307)||(35423668-35423958)
chr5 (23-152)||(35370249-35370379)
chr5 (27-287)||(35437020-35437280)
chr5 (229-286)||(35388480-35388537)
[»] chr1 (3 HSPs)
chr1 (23-288)||(10415609-10415874)
chr1 (20-284)||(10420500-10420764)
chr1 (10-249)||(10409951-10410196)
[»] chr2 (3 HSPs)
chr2 (25-307)||(30663027-30663309)
chr2 (25-307)||(30671707-30671989)
chr2 (25-247)||(30626076-30626298)
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (61-307)||(1153787-1154033)
[»] chr8 (1 HSPs)
chr8 (10-284)||(13564620-13564882)


Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 287; Significance: 1e-161; HSPs: 1)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 287; E-Value: 1e-161
Query Start/End: Original strand, 1 - 307
Target Start/End: Complemental strand, 29623337 - 29623031
Alignment:
Q  1 ttcattgcagaatgtaaatctctaggaaagatgaaacaccggaatcttgtcaagatcctaacttgttgttcaagtgtcgattataaaggtgaagatttca 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  29623337 ttcattgcagaatgtaaatctctaggaaagatgaaacaccggaatcttgtcaagatcctaacttgttgttcaagtgttgattataaaggtgaagatttca 29623238  T
Q  101 aggctattgtttttgagttcatgcctaatatgagtctagaaaagatgttgcacgataatgaaggatctggaagccataatctcaacctcacacaaaggat 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  29623237 aggctattgtttttgagttcatgcctaatatgagtctagaaaagatgttgcacgataatgaaggatctggaagccataatctcaacctcacacaaaggat 29623138  T
Q  201 agacattgctcttgatgtagctcatgcattggattatcttcacaatgatatagaacaagctgtagttcactgtgatgttaagccaagctaggtttttctt 300  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||| |||||    
T  29623137 agacattgctcttgatgtagctcatgcattggattatcttcacaatgatatagaacaagctgtagttcactgtgatgttaagccaagcaatgttcttctt 29623038  T
Q  301 tatgatg 307  Q
     ||||||    
T  29623037 gatgatg 29623031  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 175; Significance: 3e-94; HSPs: 9)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 175; E-Value: 3e-94
Query Start/End: Original strand, 25 - 307
Target Start/End: Original strand, 35754819 - 35755101
Alignment:
Q  25 ggaaagatgaaacaccggaatcttgtcaagatcctaacttgttgttcaagtgtcgattataaaggtgaagatttcaaggctattgtttttgagttcatgc 124  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||     
T  35754819 ggaaagatgaagcaccggaatcttgtcaagattttaacttgttgttcaagtgttgattataatggtgaagatttcaaagctattgtttttgagttcatgt 35754918  T
Q  125 ctaatatgagtctagaaaagatgttgcacgataatgaaggatctggaagccataatctcaacctcacacaaaggatagacattgctcttgatgtagctca 224  Q
    | |||  |||||| |||||| ||||||||||||||||||| || ||||    |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  35754919 caaatgggagtcttgaaaagttgttgcacgataatgaagggtcaggaaattttaatctcaacctcacacaaaggttagacattgctcttgatgtagctca 35755018  T
Q  225 tgcattggattatcttcacaatgatatagaacaagctgtagttcactgtgatgttaagccaagctaggtttttctttatgatg 307  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||||||||  ||||||||||||||| ||||||||||| | ||| ||||| ||||||    
T  35755019 tgcattggattatcttcacaatgatacagaacaagtcgtagttcactgtgatattaagccaagcaatgttcttcttgatgatg 35755101  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 164; E-Value: 1e-87
Query Start/End: Original strand, 1 - 288
Target Start/End: Original strand, 35385993 - 35386280
Alignment:
Q  1 ttcattgcagaatgtaaatctctaggaaagatgaaacaccggaatcttgtcaagatcctaacttgttgttcaagtgtcgattataaaggtgaagatttca 100  Q
    ||||| |||||||| ||  |||| ||||||||||| |||| ||||||||||||| ||||||| |||||||||||||| |||||||| |||||||||||||    
T  35385993 ttcatggcagaatgcaatgctctgggaaagatgaagcaccagaatcttgtcaaggtcctaacctgttgttcaagtgttgattataagggtgaagatttca 35386092  T
Q  101 aggctattgtttttgagttcatgcctaatatgagtctagaaaagatgttgcacgataatgaaggatctggaagccataatctcaacctcacacaaaggat 200  Q
    ||||||||||||||||||||||| | |||  |||||| |||||| | |||||| |||||||||| |||| ||  |||||||||||||||||| ||||| |    
T  35386093 aggctattgtttttgagttcatgtcaaatgagagtcttgaaaagtttttgcacaataatgaagggtctgaaaatcataatctcaacctcacataaaggtt 35386192  T
Q  201 agacattgctcttgatgtagctcatgcattggattatcttcacaatgatatagaacaagctgtagttcactgtgatgttaagccaagc 288  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||| ||| ||||| ||||||||||||||| |||||||||||    
T  35386193 agacattgctcttgatgtagctcatgcacttgattatcttcacaatgatacagagcaagccgtagttcactgtgatcttaagccaagc 35386280  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 151; E-Value: 7e-80
Query Start/End: Original strand, 26 - 284
Target Start/End: Original strand, 35410679 - 35410937
Alignment:
Q  26 gaaagatgaaacaccggaatcttgtcaagatcctaacttgttgttcaagtgtcgattataaaggtgaagatttcaaggctattgtttttgagttcatgcc 125  Q
    |||||||||  ||||| ||||||||||| |||||||| |||||||||||||| |||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||    
T  35410679 gaaagatgaggcaccgtaatcttgtcaaaatcctaacgtgttgttcaagtgttgattataatggtgaagagttcaaggctattgtttttgagttaatgcc 35410778  T
Q  126 taatatgagtctagaaaagatgttgcacgataatgaaggatctggaagccataatctcaacctcacacaaaggatagacattgctcttgatgtagctcat 225  Q
    ||||  || |||||||||| | ||||| ||||| ||||| |||| ||  |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  35410779 taatgggaatctagaaaagtttttgcatgataacgaagggtctgaaaatcataatctcaacctcacacaaaggttagacattgctcttgatgtagctcat 35410878  T
Q  226 gcattggattatcttcacaatgatatagaacaagctgtagttcactgtgatgttaagcc 284  Q
    ||| | ||||||||||||||||| | ||| ||||||||||||||||||||| |||||||    
T  35410879 gcacttgattatcttcacaatgagacagagcaagctgtagttcactgtgatcttaagcc 35410937  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 130; E-Value: 2e-67
Query Start/End: Original strand, 7 - 284
Target Start/End: Original strand, 35366847 - 35367124
Alignment:
Q  7 gcagaatgtaaatctctaggaaagatgaaacaccggaatcttgtcaagatcctaacttgttgttcaagtgtcgattataaaggtgaagatttcaaggcta 106  Q
    ||||||||| || |||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||  | |||||||| |||||||| ||||||||||    
T  35366847 gcagaatgtgaagctctaggaaagatgaagcaccgaaatcttgtcaagatcctaacttgttgttcaagcattgattataagggtgaagagttcaaggcta 35366946  T
Q  107 ttgtttttgagttcatgcctaatatgagtctagaaaagatgttgcacgataatgaaggatctggaagccataatctcaacctcacacaaaggatagacat 206  Q
    ||||||||||||||||||||||    |||||||||||| |  |||| ||||| ||||| |||||||  |||||||||| ||||| ||| ||  | |||||    
T  35366947 ttgtttttgagttcatgcctaagggaagtctagaaaagcttctgcatgataacgaagggtctggaaatcataatctcagcctcagacacagagttgacat 35367046  T
Q  207 tgctcttgatgtagctcatgcattggattatcttcacaatgatatagaacaagctgtagttcactgtgatgttaagcc 284  Q
    |||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||| || |||  || |  |||||||||||||| |||||||    
T  35367047 tgctcttgatgtagctcatgcactcgattatcttcacaatggtacagagaaatccatagttcactgtgatattaagcc 35367124  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 125; E-Value: 2e-64
Query Start/End: Original strand, 1 - 307
Target Start/End: Original strand, 35376387 - 35376699
Alignment:
Q  1 ttcattgcagaatgtaaatctctaggaaagatgaaacaccggaatcttgtcaagatcctaacttgttgttcaagtgtcgattataaaggtgaagatttca 100  Q
    |||||||| ||||| ||  || ||||||||||||| ||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||| |    
T  35376387 ttcattgcggaatgcaatgctttaggaaagatgaagcaccgtaatcttgtcaaaatcctaacttgttgttcaagtgttgattataatggtgaagatttta 35376486  T
Q  101 aggctattgtttttgagttcatgcctaatatgagtctagaaaagatgttgcacgataatgaag-----ga-tctggaagccataatctcaacctcacaca 194  Q
    |||| |||||||||||||||||||||| |  || ||| |||||  ||||||| | ||| ||||     || ||| |||  |  ||||||||  |||||||    
T  35376487 aggccattgtttttgagttcatgcctagtgggaatctggaaaacctgttgcatggtaacgaagatcatgagtctagaaatctgaatctcaatttcacaca 35376586  T
Q  195 aaggatagacattgctcttgatgtagctcatgcattggattatcttcacaatgatatagaacaagctgtagttcactgtgatgttaagccaagctaggtt 294  Q
    |||| ||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||| ||||||||| |||||||||||||||||| | |||    
T  35376587 aaggttagacattgctctcgacgtagctcatgcattggattatcttcacaatgatacagagcaagttgtagttcattgtgatgttaagccaagcaatgtt 35376686  T
Q  295 tttctttatgatg 307  Q
     ||||| ||||||    
T  35376687 cttcttgatgatg 35376699  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 115; E-Value: 2e-58
Query Start/End: Original strand, 23 - 307
Target Start/End: Original strand, 35423668 - 35423958
Alignment:
Q  23 taggaaagatgaaacaccggaatcttgtcaagatcctaacttgttgttcaagtgtcgattataaaggtgaagatttcaaggctattgtttttgagttcat 122  Q
    ||||||||||||| ||||| |||||||| || ||||||||||| ||||||||||| |||||||| ||||||||||| ||||| |||||||||||||||||    
T  35423668 taggaaagatgaagcaccgtaatcttgtgaaaatcctaacttgctgttcaagtgttgattataatggtgaagattttaaggccattgtttttgagttcat 35423767  T
Q  123 gcctaatatgagtctagaaaagatgttgcacgataatgaag-----ga-tctggaagccataatctcaacctcacacaaaggatagacattgctcttgat 216  Q
    ||||| |  || |||||||||  ||||||| | ||| ||||     || ||| |||  |  ||||||||  ||||||||||| ||||||||||||| ||     
T  35423768 gcctagtgggaatctagaaaacctgttgcatggtaacgaagatcatgagtctagaaatctgaatctcaatttcacacaaaggttagacattgctctcgac 35423867  T
Q  217 gtagctcatgcattggattatcttcacaatgatatagaacaagctgtagttcactgtgatgttaagccaagctaggtttttctttatgatg 307  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||| ||||||||| ||||||||||| |||||| | ||| ||||| ||||||    
T  35423868 gtagctcatgcattggattatcttcacaatgatacagagcaagttgtagttcattgtgatgttaaaccaagcaatgttcttcttgatgatg 35423958  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 67; E-Value: 9e-30
Query Start/End: Original strand, 23 - 152
Target Start/End: Original strand, 35370249 - 35370379
Alignment:
Q  23 taggaaagatgaaacaccggaatcttgtcaagatcctaacttgttgttcaagtgtcgattataaaggtgaaga-tttcaaggctattgtttttgagttca 121  Q
    ||||||||||||  ||||| ||||||||||| |||||||| ||||| |||||||| |||||||| |||||||| || |||||||||||||||||||||||    
T  35370249 taggaaagatgaggcaccgtaatcttgtcaaaatcctaacgtgttgctcaagtgttgattataatggtgaagagttccaaggctattgtttttgagttca 35370348  T
Q  122 tgcctaatatgagtctagaaaagatgttgca 152  Q
    |||| |||  |||| ||||||| ||||||||    
T  35370349 tgcccaatgggagtttagaaaacatgttgca 35370379  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 50; E-Value: 1e-19
Query Start/End: Original strand, 27 - 287
Target Start/End: Original strand, 35437020 - 35437280
Alignment:
Q  27 aaagatgaaacaccggaatcttgtcaagatcctaacttgttgttcaagtgtcgattataaaggtgaagatttcaaggctattgtttttgagttcatgcct 126  Q
    |||||||||||||   || ||| | ||| |||||||||  ||||||||| | |||||||| ||||||| |||||||||||| |||||||| |||||||||    
T  35437020 aaagatgaaacacaaaaaccttctgaagctcctaactttctgttcaagtattgattataatggtgaagttttcaaggctatagtttttgaattcatgcct 35437119  T
Q  127 aatatgagtctagaaaagatgttgcacgataatgaaggatctggaagcca-taatctcaacctcacacaaaggatagacattgctcttgatgtagctcat 225  Q
    |    ||||||||||    |||||||| ||||||||  |||| ||  | |  ||||| || |||| ||||||| ||    ||||||| |||||||| |||    
T  35437120 atggggagtctagaaggcttgttgcacaataatgaa-catcttgagtctagaaatctaaatctcagacaaaggttaagtgttgctctcgatgtagcccat 35437218  T
Q  226 gcattggattatcttcacaatgatatagaacaagctgtagttcactgtgatgttaagccaag 287  Q
    |||||||||||||||||| || ||    |  |||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  35437219 gcattggattatcttcaccataattcccatgaagctgtagttcactgtgatattaagccaag 35437280  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #9
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000005
Query Start/End: Original strand, 229 - 286
Target Start/End: Original strand, 35388480 - 35388537
Alignment:
Q  229 ttggattatcttcacaatgatatagaacaagctgtagttcactgtgatgttaagccaa 286  Q
    |||||||||||||||||| || | || |||||||||||||| |||||| |||||||||    
T  35388480 ttggattatcttcacaataattttgagcaagctgtagttcattgtgatattaagccaa 35388537  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 158; Significance: 5e-84; HSPs: 3)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 158; E-Value: 5e-84
Query Start/End: Original strand, 23 - 288
Target Start/End: Complemental strand, 10415874 - 10415609
Alignment:
Q  23 taggaaagatgaaacaccggaatcttgtcaagatcctaacttgttgttcaagtgtcgattataaaggtgaagatttcaaggctattgtttttgagttcat 122  Q
    ||||||||||||| ||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10415874 taggaaagatgaagcaccgtaatcttgtcaaaatcctaacttgttgttcaagtgttgattataatggtgaagatttcaaggctattgtttttgagttcat 10415775  T
Q  123 gcctaatatgagtctagaaaagatgttgcacgataatgaaggatctggaagccataatctcaacctcacacaaaggatagacattgctcttgatgtagct 222  Q
    ||||||   |||||| ||||||||  |||||||||| ||||| |||||||  |||||||||| |||  |||||||| ||||||| ||||||||| |||||    
T  10415774 gcctaaggggagtctggaaaagattctgcacgataacgaagggtctggaattcataatctcagcctggcacaaaggttagacatcgctcttgatctagct 10415675  T
Q  223 catgcattggattatcttcacaatgatatagaacaagctgtagttcactgtgatgttaagccaagc 288  Q
    |||||| | ||||||||||||||||||| ||| ||||| ||||||||||||||||||||| |||||    
T  10415674 catgcacttgattatcttcacaatgatacagagcaagccgtagttcactgtgatgttaagtcaagc 10415609  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 149; E-Value: 1e-78
Query Start/End: Original strand, 20 - 284
Target Start/End: Complemental strand, 10420764 - 10420500
Alignment:
Q  20 ctctaggaaagatgaaacaccggaatcttgtcaagatcctaacttgttgttcaagtgtcgattataaaggtgaagatttcaaggctattgtttttgagtt 119  Q
    |||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  10420764 ctctaggaaagatgaaacaccgaaaccttgtcaagatcctaacttgttgttcaagcgttgattataagggtgaagagttcaaggctattgtttttgagtt 10420665  T
Q  120 catgcctaatatgagtctagaaaagatgttgcacgataatgaaggatctggaagccataatctcaacctcacacaaaggatagacattgctcttgatgta 219  Q
    |||||||||   ||||||||||||| |  |||||||||| ||||| |||||||  |||||||||| ||||| ||||||| | ||||||||||||||||||    
T  10420664 catgcctaaggggagtctagaaaagcttctgcacgataaagaagggtctggaattcataatctcagcctcagacaaagggttgacattgctcttgatgta 10420565  T
Q  220 gctcatgcattggattatcttcacaatgatatagaacaagctgtagttcactgtgatgttaagcc 284  Q
    ||||||||| |  ||||||||||||||| || ||| |||||  |||||||||||||| |||||||    
T  10420564 gctcatgcacttaattatcttcacaatggtacagagcaagccatagttcactgtgatattaagcc 10420500  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 99; E-Value: 7e-49
Query Start/End: Original strand, 10 - 249
Target Start/End: Complemental strand, 10410196 - 10409951
Alignment:
Q  10 gaatgtaaatctctaggaaagatgaaacaccggaatcttgtcaagatcctaacttgttgttcaagtgtcgattataaaggtgaagatttcaaggctattg 109  Q
    ||||| ||| |||| ||||| ||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10410196 gaatgcaaagctctgggaaacatgaagcaccggaatcttgttaagatcctaacttgttgttcaagtgttgattataaaggtgaagatttcaaggctattg 10410097  T
Q  110 tttttgagttcatgcctaatatgagtctagaaaagatgttgcacgataatgaagga------tctggaagccataatctcaacctcacacaaaggataga 203  Q
    ||||||||||||||||||||  |||| | |||||  | ||||| | |||| ||| |      ||| |||  |  ||||||||  ||||||||||| ||||    
T  10410096 tttttgagttcatgcctaatgggagtttggaaaaccttttgcatggtaataaagaacacgagtctagaaatctgaatctcaatttcacacaaaggttaga 10409997  T
Q  204 cattgctcttgatgtagctcatgcattggattatcttcacaatgat 249  Q
    ||||| |||  | |||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  10409996 cattgttctcaacgtagctcatgcattggattatcttcacattgat 10409951  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 131; Significance: 6e-68; HSPs: 3)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 131; E-Value: 6e-68
Query Start/End: Original strand, 25 - 307
Target Start/End: Original strand, 30663027 - 30663309
Alignment:
Q  25 ggaaagatgaaacaccggaatcttgtcaagatcctaacttgttgttcaagtgtcgattataaaggtgaagatttcaaggctattgtttttgagttcatgc 124  Q
    ||||||||||| ||||| |||||||||||||| || || ||||||||||| || |||||||| ||||| || ||||||||||||||||||||||||||||    
T  30663027 ggaaagatgaagcaccgaaatcttgtcaagattcttacatgttgttcaagcgtagattataagggtgacgagttcaaggctattgtttttgagttcatgc 30663126  T
Q  125 ctaatatgagtctagaaaagatgttgcacgataatgaaggatctggaagccataatctcaacctcacacaaaggatagacattgctcttgatgtagctca 224  Q
    ||||   ||||||||||||| |  |||||||||| ||||  |||||||  |||||||||| ||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||    
T  30663127 ctaaggggagtctagaaaagcttctgcacgataacgaagagtctggaattcataatctcagcctcacacaaagggttgacattgctcttgatgtagctca 30663226  T
Q  225 tgcattggattatcttcacaatgatatagaacaagctgtagttcactgtgatgttaagccaagctaggtttttctttatgatg 307  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||  ||  | | |||||||||||||||||| || |||| | | ||| ||||| ||||||    
T  30663227 tgcattggattatcttcacaatggtactgagaatgttgtagttcactgtgatgtgaaaccaaacaatgttcttcttgatgatg 30663309  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 131; E-Value: 6e-68
Query Start/End: Original strand, 25 - 307
Target Start/End: Original strand, 30671707 - 30671989
Alignment:
Q  25 ggaaagatgaaacaccggaatcttgtcaagatcctaacttgttgttcaagtgtcgattataaaggtgaagatttcaaggctattgtttttgagttcatgc 124  Q
    ||||||||||| ||||| |||||||||||||| || || ||||||||||| || |||||||| ||||| || ||||||||||||||||||||||||||||    
T  30671707 ggaaagatgaagcaccgaaatcttgtcaagattcttacatgttgttcaagcgtagattataagggtgacgagttcaaggctattgtttttgagttcatgc 30671806  T
Q  125 ctaatatgagtctagaaaagatgttgcacgataatgaaggatctggaagccataatctcaacctcacacaaaggatagacattgctcttgatgtagctca 224  Q
    ||||   ||||||||||||| |  |||||||||| ||||  |||||||  |||||||||| ||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||    
T  30671807 ctaaggggagtctagaaaagcttctgcacgataacgaagagtctggaattcataatctcagcctcacacaaagggttgacattgctcttgatgtagctca 30671906  T
Q  225 tgcattggattatcttcacaatgatatagaacaagctgtagttcactgtgatgttaagccaagctaggtttttctttatgatg 307  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||  ||  | | |||||||||||||||||| || |||| | | ||| ||||| ||||||    
T  30671907 tgcattggattatcttcacaatggtactgagaatgttgtagttcactgtgatgtgaaaccaaacaatgttcttcttgatgatg 30671989  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 123; E-Value: 4e-63
Query Start/End: Original strand, 25 - 247
Target Start/End: Original strand, 30626076 - 30626298
Alignment:
Q  25 ggaaagatgaaacaccggaatcttgtcaagatcctaacttgttgttcaagtgtcgattataaaggtgaagatttcaaggctattgtttttgagttcatgc 124  Q
    ||||||||||| ||||| |||||||||||||| || || |||||||||||  | |||||||| ||||| || ||||||||||||||||||||||||||||    
T  30626076 ggaaagatgaagcaccgaaatcttgtcaagattcttacatgttgttcaagaatagattataagggtgacgagttcaaggctattgtttttgagttcatgc 30626175  T
Q  125 ctaatatgagtctagaaaagatgttgcacgataatgaaggatctggaagccataatctcaacctcacacaaaggatagacattgctcttgatgtagctca 224  Q
    ||||   ||||||||||||| |  |||||||||| ||||  |||||||  |||||||||| ||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||    
T  30626176 ctaaggggagtctagaaaagcttctgcacgataacgaagagtctggaattcataatctcagcctcacacaaagggttgacattgctcttgatgtagctca 30626275  T
Q  225 tgcattggattatcttcacaatg 247  Q
    |||||||||||||||||||||||    
T  30626276 tgcattggattatcttcacaatg 30626298  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 107; Significance: 1e-53; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 107; E-Value: 1e-53
Query Start/End: Original strand, 61 - 307
Target Start/End: Original strand, 1153787 - 1154033
Alignment:
Q  61 acttgttgttcaagtgtcgattataaaggtgaagatttcaaggctattgtttttgagttcatgcctaatatgagtctagaaaagatgttgcacgataatg 160  Q
    |||||||| |||||| | ||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||   ||||||||||||||||||||| |||| ||    
T  1153787 acttgttgctcaagtattgattgcaaaggtgaagatttcaaggctattgtttttgagttcatgcctaacgggagtctagaaaagatgttgcatgatattg 1153886  T
Q  161 aaggatctggaagccataatctcaacctcacacaaaggatagacattgctcttgatgtagctcatgcattggattatcttcacaatgatatagaacaagc 260  Q
    |||| |||| ||  || |||||||| |||||| ||||| ||||  ||||||||||| ||||||||||| | |||| |||||||||||||| | | ||||     
T  1153887 aagggtctgaaaatcacaatctcaagctcacaaaaagggtagattttgctcttgatatagctcatgcacttgattttcttcacaatgatacaaagcaagt 1153986  T
Q  261 tgtagttcactgtgatgttaagccaagctaggtttttctttatgatg 307  Q
    |  ||||||||||||| ||||||||||| | ||| ||||| ||||||    
T  1153987 tacagttcactgtgatattaagccaagcaatgttcttcttgatgatg 1154033  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 66; Significance: 4e-29; HSPs: 1)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 66; E-Value: 4e-29
Query Start/End: Original strand, 10 - 284
Target Start/End: Original strand, 13564620 - 13564882
Alignment:
Q  10 gaatgtaaatctctaggaaagatgaaacaccggaatcttgtcaagatcctaacttgttgttcaagtgtcgattataaaggtgaagatttcaaggctattg 109  Q
    ||||| ||| || ||||||||||||| ||||| |||| ||| ||||| ||  |||  ||||||||| | ||| |||| ||||| ||||||||||||||||    
T  13564620 gaatgcaaagctttaggaaagatgaagcaccgaaatcgtgttaagattcttccttaatgttcaagtattgataataagggtgacgatttcaaggctattg 13564719  T
Q  110 tttttgagttcatgcctaatatgagtctagaaaagatgttgcacgataatgaaggatctggaagccataatctcaacctcacacaaaggatagacattgc 209  Q
    |||||||||||||| |||||   ||||||||||||||||||||| |||| |||||| ||| ||  ||| |||||| | |  | |||||| | ||||        
T  13564720 tttttgagttcatgtctaatggtagtctagaaaagatgttgcacaataacgaaggaactgaaaatcattatctcagcttttctcaaagggtggaca---- 13564815  T
Q  210 tcttgatgtagctcatgcattggattatcttcacaatgatatagaacaagctgtagttcactgtgatgttaagcc 284  Q
            ||||| |||||||||||||||||||||||||| |||| |||||  ||| ||| ||||||||||||||    
T  13564816 --------tagcttatgcattggattatcttcacaatgatgtagagcaagccttaggtcattgtgatgttaagcc 13564882  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University