View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF15790_low_1 (Length: 472)

Name: NF15790_low_1
Description: NF15790
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF15790_low_1
NF15790_low_1
[»] chr7 (4 HSPs)
chr7 (20-455)||(3531936-3532371)
chr7 (20-455)||(3527497-3527944)
chr7 (23-455)||(3549220-3549656)
chr7 (26-455)||(3554814-3555243)


Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 400; Significance: 0; HSPs: 4)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 400; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 20 - 455
Target Start/End: Original strand, 3531936 - 3532371
Alignment:
Q  20 cataaagcccaatccaagtccaccccagcaagataagctaacatacaagataagaatctttgattcttgttatccatatcagtcatgtctaaaccaaatt 119  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  3531936 cataaagcccaatccaagtccaccccagcaagataagctaacatacatgacaagaatctttgattcttgtcatccatatcagtcatgtctaaaccaaatt 3532035  T
Q  120 cactcataaccaatggattagggttagaaccactcattagaaatccagccttatcattcaatccattcattacattggcacatttttggttcaatggttt 219  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3532036 cactcataaccaatggattagggttagaaccactcattagaaatccagccctatcattcaatccattcattacattggcacatttttggttcaatggttt 3532135  T
Q  220 cacaatccaatcctttggtgacccagttgaccatgcataggaatgtacctcgtacaccaatttgtctcctatgcttatgtttagaggatttgttttcaag 319  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  3532136 cacaatccaatcctttggtgacccagttgaccatgcataggaatgtacctcgtacaccaatttgtctcctatgcttgtgtttagaggatttgttttcaag 3532235  T
Q  320 aagcttaaatcagtgtcatagttaaagccagaaacaaatactagaacatttggattttctttgtgaactgttgttgctccttggctcatgtacttctgcc 419  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3532236 aagcttaaatcagtgtcatagttaaagccagaaacaaatactagaacatttggattttctttgtgaactgttgttgctccttggctcatgtacttctgcc 3532335  T
Q  420 aactgcttatgttttgacttggacctcttagttcat 455  Q
    || ||  ||||||||||| |||||||||||||||||    
T  3532336 aattgtctatgttttgacctggacctcttagttcat 3532371  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 271; E-Value: 1e-151
Query Start/End: Original strand, 20 - 455
Target Start/End: Original strand, 3527497 - 3527944
Alignment:
Q  20 cataaagcccaatccaagtccaccccagcaagataagctaacatacaagataagaatctttgatt------------cttgttatccatatcagtcatgt 107  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||            ||||| ||| ||| |||||| ||    
T  3527497 cataaagcccaatccaagtcaaccccagcaagataagctaacatacatgacaagaatctttgattgaatgtttgattcttgtcatcaatagcagtcaagt 3527596  T
Q  108 ctaaaccaaattcactcataaccaatggattagggttagaaccactcattagaaatccagccttatcattcaatccattcattacattggcacatttttg 207  Q
    |   ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||   |||||||||||| ||||||||||     
T  3527597 cagcaccaaattcactcataaccaatggattagggttagaaccactcattagaaaccctgccttatcattcaaattattcattacattagcacatttttt 3527696  T
Q  208 gttcaatggtttcacaatccaatcctttggtgacccagttgaccatgcataggaatgtacctcgtacaccaatttgtctcctatgcttatgtttagagga 307  Q
    |||||||||||       ||||||  || |   ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  3527697 gttcaatggttgtttgtcccaatcacttcgatccccagttgaccatgcataggaatgtacctcgtacaccaatttgtctcctatgcttgtgtttagagga 3527796  T
Q  308 tttgttttcaagaagcttaaatcagtgtcatagttaaagccagaaacaaatactagaacatttggattttctttgtgaactgttgttgctccttggctca 407  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3527797 tttgttttcaagaagcttaaatcaatgtcatagttaaagccagaaacaaatacaagaacattgggattttctttgtgaactgttgttgctccttggctca 3527896  T
Q  408 tgtacttctgccaactgcttatgttttgacttggacctcttagttcat 455  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3527897 tgtacttctgccaactgcttatgttttgacttggacctcttagttcat 3527944  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 180; E-Value: 5e-97
Query Start/End: Original strand, 23 - 455
Target Start/End: Original strand, 3549220 - 3549656
Alignment:
Q  23 aaagcccaatccaagtccaccccagcaagataagctaacatacaagataagaatctttgattcttgttatccatatcagtcatgtctaaaccaaattcac 122  Q
    ||||||||||| || ||||| ||| |||||||||| || ||||| || ||  |||| ||||| | || ||| ||||    |||||| | ||||||||||     
T  3549220 aaagcccaatctaaatccactccaccaagataagccaaaatacatgacaaatatctctgattttggtcatctatattttccatgtccataccaaattcag 3549319  T
Q  123 tcataaccaatggattagggttagaaccactcattagaaatccagccttatcattcaatccattcattacattg----gcacatttttggttcaatggtt 218  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| || ||||| |||||||||||||||||||||||     ||||||||||  |||| |||||    
T  3549320 tcataaccaatggattagggttagaaccactcatgagaaaccctgccttgtcattcaatccattcattacattaattagcacattttttattcactggtt 3549419  T
Q  219 tcacaatccaatcctttggtgacccagttgaccatgcataggaatgtacctcgtacaccaatttgtctcctatgcttatgtttagaggatttgttttcaa 318  Q
     | |||||||||| |||||||||||  |||| ||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||| | |  |||||||| ||||| |||||    
T  3549420 gctcaatccaatcttttggtgaccctattgatcatgcataggaatgtacttcatacaccaatttgtctcctatgttaacatttagaggctttgtcttcaa 3549519  T
Q  319 gaagcttaaatcagtgtcatagttaaagccagaaacaaatactagaacatttggattttctttgtgaactgttgttgctccttggctcatgtacttctgc 418  Q
    ||||||||||||||||||||| || |||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||| ||||||||| |||||||||||||||| || | |    
T  3549520 gaagcttaaatcagtgtcataatttaagccagaaacaaaaactagaacatttggatttgctttgtggactgttgttactccttggctcatgtatttgtac 3549619  T
Q  419 caactgcttatgttttgacttggacctcttagttcat 455  Q
    ||| ||    ||||||||| |||||||| ||||||||    
T  3549620 caattgtcattgttttgacctggacctcgtagttcat 3549656  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 170; E-Value: 5e-91
Query Start/End: Original strand, 26 - 455
Target Start/End: Original strand, 3554814 - 3555243
Alignment:
Q  26 gcccaatccaagtccaccccagcaagataagctaacatacaagataagaatctttgattcttgttatccatatcagtcatgtctaaaccaaattcactca 125  Q
    ||||||||||| ||||| ||  ||||||| || ||||||||||| |||||| ||| |||| ||| |  | |||    |||||  | ||||||||||||||    
T  3554814 gcccaatccaaatccacacctacaagatatgccaacatacaagacaagaatttttcattcatgtcagtcttattttccatgttgataccaaattcactca 3554913  T
Q  126 taaccaatggattagggttagaaccactcattagaaatccagccttatcattcaatccattcattacattggcacatttttggttcaatggtttcacaat 225  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||| ||||| || ||||||||||||||   |||||||||||| |||||||||| ||||||||||| |         
T  3554914 taaccaatggtttagggttagaaccactcatgagaaaccctgccttatcattcaaattattcattacattagcacattttttgttcaatggttgcttgtc 3555013  T
Q  226 ccaatcctttggtgacccagttgaccatgcataggaatgtacctcgtacaccaatttgtctcctatgcttatgtttagaggatttgttttcaagaagctt 325  Q
    ||||||  || ||  |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||| | |  |||||||| ||||| ||||||||||||    
T  3555014 ccaatcacttcgttccccacttgaccatgcataggaatgtacctcgtacaccaatttgttccctatgttaacatttagaggctttgtcttcaagaagctt 3555113  T
Q  326 aaatcagtgtcatagttaaagccagaaacaaatactagaacatttggattttctttgtgaactgttgttgctccttggctcatgtacttctgccaactgc 425  Q
    |||||||||||||| || |||||||||||||| |||||||||| ||||||| |||| ||||| ||||| |||||||||||||||||||| |||||| ||     
T  3555114 aaatcagtgtcataatttaagccagaaacaaagactagaacatctggatttgctttatgaacagttgtagctccttggctcatgtacttgtgccaattgt 3555213  T
Q  426 ttatgttttgacttggacctcttagttcat 455  Q
    ||  ||||||  ||||||||||||||||||    
T  3555214 tttcgttttgttttggacctcttagttcat 3555243  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University