View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF15791_low_1 (Length: 856)

Name: NF15791_low_1
Description: NF15791
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF15791_low_1
NF15791_low_1
[»] chr5 (1 HSPs)
chr5 (1-844)||(2264534-2265357)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 709; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 709; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 844
Target Start/End: Original strand, 2264534 - 2265357
Alignment:
Q  1 gatgaagaagatcagatcaattgttgaaaggagaaaatgagacaaaa-gtgatgtcgaaatgaaaatttgatttccaatttctttcaaaatccggacaaa 99  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2264534 gatgaagaagatcagatcaattgttgaaaggagaaaatgagacaaaaagttatgtggaaatgaaaatttgatttccaatttctttcaaaatccggacaaa 2264633  T
Q  100 ttagtctctattacatggcattgagttgttgacttacacctctaaccacataaagttaacaaaaaaccaatacgnnnnnnnnnnnctgccttgcgagggg 199  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||           |||||||||||||||    
T  2264634 ttagtctctattacatggcattgagttgttgacttacgcctctaaccacataaagttaacaaaaaaccaatacgtttttttttt-ctgccttgcgagggg 2264732  T
Q  200 tagcaataaacagttgaccactaataactaagttagttacatgtttctcactcaatttatcaatagaatattattagtgcagagtcaaattgttgtatct 299  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2264733 tagcaataaacagttgaccactaataactaagttagttacatgtttctcactcaatttatcaatagaatattattagtgcagagtcaaattgttgtatct 2264832  T
Q  300 ttctttgtaataccagataactaaaggaaaatcaaacagtcaaactaattaattaaattaacttaaactatgcaaaatacaaaatctgttttcatataaa 399  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||    
T  2264833 ttctttgtaataccagataactaaaggaaaatcaaacagtcaaactaattaattaaattaacttaaactatgcaaaatacaaaatctcctttcatataaa 2264932  T
Q  400 gctttgcttgagacatggaatggaagtgtcaaaccttcaacgagaagcaatacaaataattctttaaaatccaaaacaaagtttatatgctagaataatt 499  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||                   |||||||||||||||    
T  2264933 gctt-gcttgagacatggaatggaagtgtcaaaccttcaacgagaagcaatacaaataattcttta-------------------tatgctagaataatt 2265012  T
Q  500 atgcctaggagagagatataattgaacaaacaaaataaagagtcttaatttaatttgctttatgttcacttctttcttttggcagaaaaagcatcagtgt 599  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2265013 atgcctaggagagagatataattgaacaaacaaaataaagagtcttaatttaatttgctttatgttcacttctttcttttggcagaaaaagcatcagtgt 2265112  T
Q  600 gtctcataatccagaatctctctatttcttctgctttacgacctggaatgcgacctgctatcaaattccacctgttgcattgtatagtttctataaatca 699  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2265113 gtctcataatccagaatctctctatttcttctgctttacgacctggaatgcgacctgctatcaaattccacctgttgcattgtatagtttctataaatca 2265212  T
Q  700 atcttttcataaagcttatatgacaaaataacatgtctctaaaatgtcaaaataatattttgtccaccaaacatagatcatacaacataaaaagttgctc 799  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2265213 atcttttcataaagcttatatgacaaaataacatgtctctaaaatgtcaaaataatattttgtccaccaaacatagatcatacaacataaaaagttgctc 2265312  T
Q  800 aatactttaaaggtttgtcatatgttgttttgtatgatattattg 844  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2265313 aatactttaaaggtttgtcatatgttgttttgtatgatattattg 2265357  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University