View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF15791_low_37 (Length: 243)

Name: NF15791_low_37
Description: NF15791
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF15791_low_37
NF15791_low_37
[»] chr7 (22 HSPs)
chr7 (15-225)||(45648183-45648393)
chr7 (16-225)||(42040416-42040626)
chr7 (17-197)||(47843754-47843934)
chr7 (17-197)||(48152986-48153166)
chr7 (17-197)||(40836343-40836523)
chr7 (30-197)||(43495741-43495908)
chr7 (29-197)||(45492125-45492297)
chr7 (30-225)||(3751455-3751650)
chr7 (29-225)||(25482565-25482772)
chr7 (20-159)||(2185763-2185902)
chr7 (18-160)||(34471717-34471858)
chr7 (30-188)||(22201069-22201225)
chr7 (30-188)||(22236596-22236752)
chr7 (24-197)||(25310992-25311159)
chr7 (114-196)||(7857938-7858020)
chr7 (37-151)||(22543396-22543507)
chr7 (30-146)||(48138467-48138583)
chr7 (30-141)||(2483735-2483846)
chr7 (68-154)||(42509185-42509269)
chr7 (29-158)||(31397217-31397346)
chr7 (150-216)||(22542930-22542996)
chr7 (136-197)||(45804918-45804979)
[»] scaffold0565 (1 HSPs)
scaffold0565 (15-225)||(7856-8066)
[»] chr8 (25 HSPs)
chr8 (15-225)||(11789333-11789543)
chr8 (20-222)||(6166392-6166594)
chr8 (15-225)||(9409885-9410093)
chr8 (29-197)||(32855986-32856153)
chr8 (15-197)||(25429975-25430157)
chr8 (26-197)||(24888756-24888927)
chr8 (15-225)||(18928518-18928730)
chr8 (15-197)||(24728547-24728724)
chr8 (17-194)||(23877383-23877560)
chr8 (17-158)||(17748925-17749066)
chr8 (31-185)||(12006684-12006836)
chr8 (81-161)||(13003382-13003460)
chr8 (136-197)||(17748861-17748922)
chr8 (30-146)||(14180015-14180131)
chr8 (80-197)||(18320728-18320844)
chr8 (66-182)||(31431395-31431512)
chr8 (30-184)||(11990714-11990867)
chr8 (29-181)||(9136732-9136883)
chr8 (122-189)||(11755701-11755768)
chr8 (18-69)||(18320681-18320732)
chr8 (63-146)||(37231776-37231859)
chr8 (66-135)||(26079438-26079507)
chr8 (16-107)||(16591534-16591624)
chr8 (27-69)||(11755783-11755825)
chr8 (30-92)||(35536903-35536965)
[»] chr5 (23 HSPs)
chr5 (15-225)||(29231037-29231247)
chr5 (17-197)||(2627950-2628131)
chr5 (15-225)||(19100008-19100202)
chr5 (18-225)||(26564911-26565120)
chr5 (26-197)||(34510806-34510977)
chr5 (29-197)||(31113986-31114152)
chr5 (30-190)||(3387249-3387408)
chr5 (21-176)||(27925519-27925673)
chr5 (20-188)||(13407257-13407424)
chr5 (18-187)||(7057059-7057225)
chr5 (32-184)||(5836480-5836631)
chr5 (66-190)||(32076531-32076655)
chr5 (87-193)||(8229316-8229422)
chr5 (20-197)||(39935575-39935746)
chr5 (15-197)||(16756064-16756245)
chr5 (37-197)||(31210851-31211007)
chr5 (16-157)||(42990636-42990778)
chr5 (52-191)||(41368597-41368734)
chr5 (41-146)||(12118293-12118395)
chr5 (132-194)||(34764654-34764716)
chr5 (66-135)||(28470234-28470303)
chr5 (16-68)||(28470331-28470383)
chr5 (129-197)||(29674927-29674995)
[»] chr6 (16 HSPs)
chr6 (15-225)||(2032315-2032526)
chr6 (19-225)||(688039-688245)
chr6 (15-189)||(32340272-32340444)
chr6 (17-193)||(2988120-2988295)
chr6 (39-191)||(10229422-10229574)
chr6 (29-195)||(8485910-8486074)
chr6 (97-197)||(10567321-10567414)
chr6 (29-182)||(12312026-12312179)
chr6 (15-141)||(22297370-22297495)
chr6 (80-197)||(30928331-30928448)
chr6 (66-197)||(22053889-22054018)
chr6 (96-185)||(7434853-7434942)
chr6 (116-197)||(12283709-12283790)
chr6 (30-158)||(6724502-6724636)
chr6 (28-85)||(17533522-17533579)
chr6 (65-131)||(26546168-26546234)
[»] chr4 (30 HSPs)
chr4 (15-225)||(53018524-53018734)
chr4 (15-225)||(19721666-19721876)
chr4 (37-223)||(45773984-45774167)
chr4 (15-225)||(2295328-2295537)
chr4 (15-225)||(15476705-15476915)
chr4 (29-222)||(35103476-35103669)
chr4 (29-197)||(53586368-53586536)
chr4 (30-197)||(44987234-44987401)
chr4 (20-197)||(27675397-27675577)
chr4 (28-183)||(10037865-10038019)
chr4 (29-160)||(40217526-40217657)
chr4 (30-206)||(4775760-4775934)
chr4 (18-197)||(24917493-24917660)
chr4 (15-179)||(47922951-47923116)
chr4 (65-224)||(6008208-6008367)
chr4 (40-130)||(2242914-2243004)
chr4 (37-131)||(53014846-53014936)
chr4 (17-101)||(24913807-24913890)
chr4 (29-161)||(35823611-35823742)
chr4 (15-178)||(23241801-23241962)
chr4 (15-135)||(45661792-45661911)
chr4 (126-197)||(1052368-1052439)
chr4 (66-176)||(28102017-28102126)
chr4 (124-197)||(7208510-7208583)
chr4 (30-94)||(7208592-7208656)
chr4 (29-156)||(43770594-43770722)
chr4 (28-158)||(22198899-22199029)
chr4 (169-225)||(2242841-2242899)
chr4 (81-135)||(21619576-21619630)
chr4 (66-107)||(4110266-4110307)
[»] chr1 (26 HSPs)
chr1 (15-225)||(31513577-31513787)
chr1 (15-225)||(17116201-17116413)
chr1 (40-225)||(50726630-50726815)
chr1 (19-225)||(40693887-40694094)
chr1 (17-197)||(13558438-13558617)
chr1 (18-197)||(14286975-14287154)
chr1 (15-197)||(38682909-38683091)
chr1 (17-225)||(41827636-41827837)
chr1 (29-197)||(11767630-11767801)
chr1 (15-197)||(4966637-4966818)
chr1 (15-197)||(4973068-4973251)
chr1 (30-194)||(16122756-16122921)
chr1 (18-154)||(10443522-10443657)
chr1 (120-225)||(25294595-25294700)
chr1 (15-141)||(13643769-13643894)
chr1 (18-197)||(270890-271067)
chr1 (37-182)||(30902365-30902511)
chr1 (30-158)||(46594253-46594385)
chr1 (30-158)||(22791116-22791245)
chr1 (29-158)||(50709492-50709624)
chr1 (30-146)||(29488210-29488325)
chr1 (78-197)||(51898922-51899041)
chr1 (120-197)||(40032690-40032768)
chr1 (41-141)||(781830-781929)
chr1 (15-95)||(40032600-40032683)
chr1 (65-158)||(50461234-50461327)
[»] chr3 (23 HSPs)
chr3 (26-225)||(46979312-46979511)
chr3 (15-225)||(7629156-7629364)
chr3 (18-194)||(29324037-29324213)
chr3 (18-225)||(27163988-27164193)
chr3 (58-225)||(45472595-45472762)
chr3 (43-206)||(36504803-36504964)
chr3 (15-181)||(40614775-40614940)
chr3 (18-225)||(38489686-38489893)
chr3 (56-194)||(32835231-32835370)
chr3 (26-197)||(52204113-52204283)
chr3 (40-223)||(20178995-20179174)
chr3 (15-174)||(20369258-20369415)
chr3 (15-197)||(52695550-52695732)
chr3 (18-197)||(20619218-20619396)
chr3 (15-109)||(51241341-51241434)
chr3 (18-176)||(35296380-35296536)
chr3 (16-109)||(17063930-17064023)
chr3 (29-177)||(24611468-24611617)
chr3 (15-135)||(39615095-39615207)
chr3 (29-158)||(47014226-47014357)
chr3 (88-182)||(52203963-52204057)
chr3 (29-90)||(2111391-2111452)
chr3 (15-55)||(32834947-32834987)
[»] chr2 (27 HSPs)
chr2 (40-206)||(42794752-42794918)
chr2 (40-221)||(41323867-41324048)
chr2 (15-197)||(7017788-7017970)
chr2 (17-193)||(38221605-38221781)
chr2 (18-197)||(17328663-17328842)
chr2 (16-197)||(37272897-37273078)
chr2 (15-181)||(35298388-35298555)
chr2 (30-225)||(11562685-11562877)
chr2 (29-197)||(30485559-30485726)
chr2 (15-197)||(36467161-36467342)
chr2 (15-157)||(38140535-38140681)
chr2 (26-197)||(16496782-16496953)
chr2 (18-154)||(40498537-40498672)
chr2 (17-139)||(40363767-40363889)
chr2 (91-197)||(30382797-30382903)
chr2 (117-206)||(40498676-40498765)
chr2 (66-197)||(38558636-38558765)
chr2 (66-197)||(44364274-44364403)
chr2 (40-134)||(18561078-18561171)
chr2 (66-135)||(21812975-21813044)
chr2 (26-127)||(35428729-35428829)
chr2 (65-158)||(3353116-3353209)
chr2 (30-130)||(30776645-30776744)
chr2 (30-160)||(2788872-2789001)
chr2 (30-161)||(26352561-26352689)
chr2 (157-225)||(38140833-38140900)
chr2 (37-158)||(43355765-43355890)
[»] scaffold0495 (1 HSPs)
scaffold0495 (39-191)||(6137-6289)
[»] scaffold0581 (1 HSPs)
scaffold0581 (39-100)||(10046-10106)
[»] scaffold0015 (1 HSPs)
scaffold0015 (18-55)||(38405-38442)


Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 203; Significance: 1e-111; HSPs: 22)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 203; E-Value: 1e-111
Query Start/End: Original strand, 15 - 225
Target Start/End: Complemental strand, 45648393 - 45648183
Alignment:
Q  15 cacagatacataaggatacttctaagatacttcacagatacgtatcctagaaaaagatgaagagtaaaaaagtgagacaatgttgtaaaaattcattata 114  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  45648393 cacagatacataaggatacttctaagatacttcacagatacgtatcctagaaaaagatgaggagtaaaaaagtgagacaatgttgtaaaaattcattata 45648294  T
Q  115 gatgtatatgattcaattttagatatgcatcaatagaattgtttctcagtgaaccacttaaaattatacttcttgtggatgaacatagcgagggacgtga 214  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  45648293 gatgtatatgattcaattttagatatgcatcaatagaattgtttctcggtgaaccacttaaaattatacttcttgtggatgaacatagcgagggacgtga 45648194  T
Q  215 ttcagttaatc 225  Q
    |||||||||||    
T  45648193 ttcagttaatc 45648183  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 147; E-Value: 1e-77
Query Start/End: Original strand, 16 - 225
Target Start/End: Complemental strand, 42040626 - 42040416
Alignment:
Q  16 acagatacataaggatacttctaagatacttcacagatacgtatcctagaaaaagatgaagagtaaaaaa-gtgagacaatgttgtaaaaattcattata 114  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||||| |||| |||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  42040626 acagatacacaaggatacttctaagatacttcgcagacacgtattctagaaaaagatgaagagtaaaaaaagtgagacaatgttgtaaaaattcattata 42040527  T
Q  115 gatgtatatgattcaattttagatatgcatcaatagaattgtttctcagtgaaccacttaaaattatacttcttgtggatgaacatagcgagggacgtga 214  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||  |||| ||||||||||||||||||||||||||||||  | |||| || ||||    
T  42040526 gatgtatatgactcaattttagatatgcatcaatagaattgtctctcgatgaaacacttaaaattatacttcttgtggatgaacgcatcgagagatgtga 42040427  T
Q  215 ttcagttaatc 225  Q
    |||||||||||    
T  42040426 ttcagttaatc 42040416  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 117; E-Value: 1e-59
Query Start/End: Original strand, 17 - 197
Target Start/End: Complemental strand, 47843934 - 47843754
Alignment:
Q  17 cagatacataaggatacttctaagatacttcacagatacgtatcctagaaaaagatgaagagtaaaaaagtgagacaatgttgtaaaaattcattataga 116  Q
    |||||| | ||||||||||||||||||||||||  || |||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||| ||| || |||    
T  47843934 cagatagacaaggatacttctaagatacttcacgtatgcgtatcctagaaaaagatgaagggtaaaaaagttagacaatgttgtaaaaactcagtagaga 47843835  T
Q  117 tgtatatgattcaattttagatatgcatcaatagaattgtttctcagtgaaccacttaaaattatacttcttgtggatgaa 197  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||     |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  47843834 tgtatatgattcaattttagatatgcatcaataaaattgtttcctgacgaaccacttaaaattatacttcttgtggatgaa 47843754  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 117; E-Value: 1e-59
Query Start/End: Original strand, 17 - 197
Target Start/End: Original strand, 48152986 - 48153166
Alignment:
Q  17 cagatacataaggatacttctaagatacttcacagatacgtatcctagaaaaagatgaagagtaaaaaagtgagacaatgttgtaaaaattcattataga 116  Q
    |||||||| |||||||||| ||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||| ||||  || |||    
T  48152986 cagatacacaaggatacttataagatatttcacatatacgtatcctagaaaaagatgaagaataaaaaagtgagaaaatgttgtaaacattccgtagaga 48153085  T
Q  117 tgtatatgattcaattttagatatgcatcaatagaattgtttctcagtgaaccacttaaaattatacttcttgtggatgaa 197  Q
    |||||| |||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||  |||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  48153086 tgtatacgattcaattttagacatgcatcactagaattgtttctcgatgaaccacttgaaattatacttcttgtggatgaa 48153166  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 109; E-Value: 6e-55
Query Start/End: Original strand, 17 - 197
Target Start/End: Original strand, 40836343 - 40836523
Alignment:
Q  17 cagatacataaggatacttctaagatacttcacagatacgtatcctagaaaaagatgaagagtaaaaaagtgagacaatgttgtaaaaattcattataga 116  Q
    |||||||| ||  |||||| |||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||| ||  | || |||    
T  40836343 cagatacacaaacatacttataaggtacttcacagatacgtatcatagaaaaagatgaggagtaaaaaagtgagacaacgttgtaaacatctagtagaga 40836442  T
Q  117 tgtatatgattcaattttagatatgcatcaatagaattgtttctcagtgaaccacttaaaattatacttcttgtggatgaa 197  Q
    | |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  40836443 tctatatgattcaattttagatatgcatcactagaattgtttctcgatgaaccacttaaaattatacttcttatggatgaa 40836523  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 104; E-Value: 6e-52
Query Start/End: Original strand, 30 - 197
Target Start/End: Complemental strand, 43495908 - 43495741
Alignment:
Q  30 atacttctaagatacttcacagatacgtatcctagaaaaagatgaagagtaaaaaagtgagacaatgttgtaaaaattcattatagatgtatatgattca 129  Q
    |||||| |||||||||||||||||| |||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||| || || || |||| |||||||||||    
T  43495908 atacttataagatacttcacagatatgtatcctataaaaaggtgaagagtaaaaaagtgagacaatcttgtaaacatccagtagagatatatatgattca 43495809  T
Q  130 attttagatatgcatcaatagaattgtttctcagtgaaccacttaaaattatacttcttgtggatgaa 197  Q
    ||||||||||||||||| || |||||||||||  |||||||||||||||||||| ||||||| |||||    
T  43495808 attttagatatgcatcactaaaattgtttctcgatgaaccacttaaaattatacatcttgtgaatgaa 43495741  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 100; E-Value: 1e-49
Query Start/End: Original strand, 29 - 197
Target Start/End: Original strand, 45492125 - 45492297
Alignment:
Q  29 gatacttctaagatacttcacagatacgtatcctagaaaaagatgaagag----taaaaaagtgagacaatgttgtaaaaattcattatagatgtatatg 124  Q
    ||||||| ||||||||||| || ||| ||||||||||||||||||||| |    |||||||||||||||||||||||||||||||  | ||| |||||||    
T  45492125 gatacttataagatacttcgcatatatgtatcctagaaaaagatgaagggaaattaaaaaagtgagacaatgttgtaaaaattcaggagagacgtatatg 45492224  T
Q  125 attcaattttagatatgcatcaatagaattgtttctcagtgaaccacttaaaattatacttcttgtggatgaa 197  Q
    |||||||||||||||||||| | | |||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  45492225 attcaattttagatatgcattagtcgaattgtttcacagtgaatcacttaaaattatacttcttgtggatgaa 45492297  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 97; E-Value: 9e-48
Query Start/End: Original strand, 30 - 225
Target Start/End: Complemental strand, 3751650 - 3751455
Alignment:
Q  30 atacttctaagatacttcacagatacgtatcctagaaaaagatgaagagtaaaaaa-gtgagacaatgttgtaaaaattcattatagatgtatatgattc 128  Q
    |||||| |||||||||||||| |||| |||| || ||||||||| || |||||||| ||||||||||||||| |||| | | || |||||||||||||||    
T  3751650 atacttttaagatacttcacatatacatatctta-aaaaagatgcagggtaaaaaaagtgagacaatgttgtgaaaacttagtagagatgtatatgattc 3751552  T
Q  129 aattttagatatgcatcaatagaattgtttctcagtgaaccacttaaaattatacttcttgtggatgaacatagcgagggacgtgattcagttaatc 225  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||||||||  |||| ||||||||||||||||||||||| |||||  || |||| || |||||||||||||||    
T  3751551 aattttagatatgcatcaataaaattgtttctcgatgaatcacttaaaattatacttcttgtgaatgaaggtaacgagagaggtgattcagttaatc 3751455  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #9
Raw Score: 83; E-Value: 2e-39
Query Start/End: Original strand, 29 - 225
Target Start/End: Complemental strand, 25482772 - 25482565
Alignment:
Q  29 gatacttctaagatacttcacagatacgtatcctagaaaaagatgaagagtaaaaaagtgagacaatgttgtaaaaat-------------tcattatag 115  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||||  ||||||| |||||| | ||||||||||||||||||||||||||||             |||||||||    
T  25482772 gatacttctaagatacttcacaaatacgtattttagaaaaggatgaaaattaaaaaagtgagacaatgttgtaaaaatatgctttaaaaattcattatag 25482673  T
Q  116 atgtatatgattcaattttagatatgcatcaatagaattgtttctcagtgaaccacttaaaattatacttcttgtggatgaacatagcgagggacgtgat 215  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||  |||| ||||||||| ||||  | |||||||||| | ||||||| || ||||     
T  25482672 atgtatatgattcaattttagatatgcatcaatataattgtttttcgatgaaacacttaaaaatata--tgttgtggatgatcgtagcgagagaggtgac 25482575  T
Q  216 tcagttaatc 225  Q
    ||||||||||    
T  25482574 tcagttaatc 25482565  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #10
Raw Score: 76; E-Value: 3e-35
Query Start/End: Original strand, 20 - 159
Target Start/End: Complemental strand, 2185902 - 2185763
Alignment:
Q  20 atacataaggatacttctaagatacttcacagatacgtatcctagaaaaagatgaagagtaaaaaagtgagacaatgttgtaaaaattcattatagatgt 119  Q
    ||||| |||||||||| |||||||||||||| ||| ||||||||||||||||| ||  ||||||||  |||||||||||||||||||| |  | |||| |    
T  2185902 atacacaaggatacttataagatacttcacatatatgtatcctagaaaaagataaaaggtaaaaaaacgagacaatgttgtaaaaattaaggagagatat 2185803  T
Q  120 atatgattcaattttagatatgcatcaatagaattgtttc 159  Q
    ||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||    
T  2185802 atatgattcaattttagatatgcattagtagaattgtttc 2185763  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #11
Raw Score: 75; E-Value: 1e-34
Query Start/End: Original strand, 18 - 160
Target Start/End: Original strand, 34471717 - 34471858
Alignment:
Q  18 agatacataaggatacttctaagatacttcacagatacgtatcctagaaaaagatgaagagtaaaaaagtgagacaatgttgtaaaaattcattatagat 117  Q
    ||||||| ||| |||||| |||||||||||||| ||||||||||||| |||  |||||| |||||||||||| ||||||||||| ||||||| || ||||    
T  34471717 agatacacaagaatacttataagatacttcacatatacgtatcctaggaaat-atgaagtgtaaaaaagtgacacaatgttgtagaaattcagtagagat 34471815  T
Q  118 gtatatgattcaattttagatatgcatcaatagaattgtttct 160  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||  ||||| |||||||    
T  34471816 gtatataattcaattttagatatgcatctctagaactgtttct 34471858  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #12
Raw Score: 67; E-Value: 7e-30
Query Start/End: Original strand, 30 - 188
Target Start/End: Original strand, 22201069 - 22201225
Alignment:
Q  30 atacttctaagatacttcacagatacgtatcctagaaaaagatgaagagtaaaaaagtgagacaatgttgtaaaaattcattatagatgtatatgattca 129  Q
    |||||| ||||||||||||||| |||||||| ||||||| ||||||  |||||||| |||||||||||| |||||||||| |  ||||||||||| || |    
T  22201069 atacttataagatacttcacaggtacgtatcatagaaaa-gatgaatggtaaaaaaatgagacaatgttctaaaaattcagtggagatgtatatgtttta 22201167  T
Q  130 attttagatatgcatcaatagaattgtttctcagtgaaccacttaaaattatacttctt 188  Q
    ||||||||| || |||  ||||||||||||||  | |||||||||||||||| ||||||    
T  22201168 attttagat-tgtatcggtagaattgtttctcgataaaccacttaaaattatgcttctt 22201225  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #13
Raw Score: 67; E-Value: 7e-30
Query Start/End: Original strand, 30 - 188
Target Start/End: Complemental strand, 22236752 - 22236596
Alignment:
Q  30 atacttctaagatacttcacagatacgtatcctagaaaaagatgaagagtaaaaaagtgagacaatgttgtaaaaattcattatagatgtatatgattca 129  Q
    |||||| ||||||||||||||| |||||||| ||||||| ||||||  |||||||| |||||||||||| |||||||||| |  ||||||||||| || |    
T  22236752 atacttataagatacttcacaggtacgtatcatagaaaa-gatgaatggtaaaaaaatgagacaatgttctaaaaattcagtggagatgtatatgtttta 22236654  T
Q  130 attttagatatgcatcaatagaattgtttctcagtgaaccacttaaaattatacttctt 188  Q
    ||||||||| || |||  ||||||||||||||  | |||||||||||||||| ||||||    
T  22236653 attttagat-tgtatcggtagaattgtttctcgataaaccacttaaaattatgcttctt 22236596  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #14
Raw Score: 67; E-Value: 7e-30
Query Start/End: Original strand, 24 - 197
Target Start/End: Complemental strand, 25311159 - 25310992
Alignment:
Q  24 ataaggatacttctaagatacttcacagatacgt--atcctagaaaaagatgaagagtaaaaaagtgagacaatgttgtaaaaattcattatagatgtat 121  Q
    |||| |||||||  ||||||||||||||| ||||  |||||||||||| |||||| || ||||||||||||||||||||||        || ||||||||    
T  25311159 ataaagatacttagaagatacttcacagaaacgtgtatcctagaaaaatatgaag-gtcaaaaagtgagacaatgttgtaag-------tagagatgtat 25311068  T
Q  122 atgattcaattttagatatgcatcaatagaattgtttctcagtgaaccacttaaaattatacttcttgtggatgaa 197  Q
    |||||| ||||||| ||||||| || || ||||||||||   ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  25311067 atgattaaattttaaatatgcaacagtataattgtttcttgatgaaccacttaaaattatacttcttgtggatgaa 25310992  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #15
Raw Score: 55; E-Value: 1e-22
Query Start/End: Original strand, 114 - 196
Target Start/End: Original strand, 7857938 - 7858020
Alignment:
Q  114 agatgtatatgattcaattttagatatgcatcaatagaattgtttctcagtgaaccacttaaaattatacttcttgtggatga 196  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| | || ||||||||||||||| |||||||||||||| |||| || ||||||||||    
T  7857938 agatgtatatgattcaattttagatatgaaacagtagaattgtttctcattgaaccacttaaaaatatatttattgtggatga 7858020  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #16
Raw Score: 52; E-Value: 6e-21
Query Start/End: Original strand, 37 - 151
Target Start/End: Complemental strand, 22543507 - 22543396
Alignment:
Q  37 taagatacttcacagatacgtatcctagaaaaagatgaagagtaaaaaagtgagacaatgttgtaaaaattcattatagatgtatatgattcaattttag 136  Q
    |||||||||||||| |||| |||| |||||||||||||   ||||||| ||||||  |||||||||| ||||| |  |||||||||||||||||||||||    
T  22543507 taagatacttcacatatacatatcttagaaaaagatgacaggtaaaaa-gtgaga--atgttgtaaacattcagttgagatgtatatgattcaattttag 22543411  T
Q  137 atatgcatcaataga 151  Q
    || ||||||||||||    
T  22543410 atgtgcatcaataga 22543396  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #17
Raw Score: 45; E-Value: 9e-17
Query Start/End: Original strand, 30 - 146
Target Start/End: Original strand, 48138467 - 48138583
Alignment:
Q  30 atacttctaagatacttcacagatacgtatcctagaaaaagatgaagagtaaaaaagtgagacaatgttgtaaaaattcattatagatgtatatgattca 129  Q
    |||||| |||||||||||||||| ||||||||| |||||| ||||||  |||| || ||||||  |||| | |||||| | |  ||||||||||||||||    
T  48138467 atacttataagatacttcacagagacgtatcctggaaaaaaatgaagcttaaataaatgagactgtgttctgaaaatttaatggagatgtatatgattca 48138566  T
Q  130 attttagatatgcatca 146  Q
    |||| ||||||| ||||    
T  48138567 atttaagatatgaatca 48138583  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #18
Raw Score: 40; E-Value: 0.00000000000009
Query Start/End: Original strand, 30 - 141
Target Start/End: Original strand, 2483735 - 2483846
Alignment:
Q  30 atacttctaagatacttcacagatacgtatcctagaaaaagatgaagagtaaaaaagtgagacaatgttgtaaaaattcattatagatgtatatgattca 129  Q
    |||||| |||||||||||| ||| |||||| || || | |||  ||  ||||||||||||||| ||||||| ||||| || |  ||||||||||||||||    
T  2483735 atacttataagatacttcaaagagacgtattctggagagagaaaaattgtaaaaaagtgagactatgttgtgaaaatgcaatgaagatgtatatgattca 2483834  T
Q  130 attttagatatg 141  Q
    |||| |||||||    
T  2483835 atttaagatatg 2483846  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #19
Raw Score: 40; E-Value: 0.00000000000009
Query Start/End: Original strand, 68 - 154
Target Start/End: Original strand, 42509185 - 42509269
Alignment:
Q  68 aagatgaagagtaaaaaagtgagacaatgttgtaaaaattcattatagatgtatatgattcaattttagatatgcatcaatagaatt 154  Q
    ||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||| || | |  ||||| ||||||||||||| |||||| | |||||||    
T  42509185 aagatgatgggtaaaaaagtgagacaatgttgtaaaaattcagtaaaaa--tatataattcaattttagacatgcattagtagaatt 42509269  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #20
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000003
Query Start/End: Original strand, 29 - 158
Target Start/End: Complemental strand, 31397346 - 31397217
Alignment:
Q  29 gatacttctaagatacttcacagatacgtatcctagaaaaagatgaagagtaaaaaagtgagacaatgttgtaaaaattcattatagatgtatatgattc 128  Q
    ||||||| ||||||  |||||| ||||||||||| |||||| | |||  |||||||||||||||  |||||| |||||| | |  | || ||||||| ||    
T  31397346 gatacttataagatgtttcacacatacgtatcctggaaaaaaacgaaaggtaaaaaagtgagactgtgttgtgaaaattgaatggaaatatatatgactc 31397247  T
Q  129 aattttagatatgcatcaatagaattgttt 158  Q
    ||||| ||||||  |||| || ||||||||    
T  31397246 aatttaagatataaatcactataattgttt 31397217  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #21
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 150 - 216
Target Start/End: Complemental strand, 22542996 - 22542930
Alignment:
Q  150 gaattgtttctcagtgaaccacttaaaattatacttcttgtggatgaacatagcgagggacgtgatt 216  Q
    ||||||||||||  ||||||||||||||||||| ||||| | |||||| ||| |||| || ||||||    
T  22542996 gaattgtttctccatgaaccacttaaaattatatttcttatagatgaagataacgagagaggtgatt 22542930  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #22
Raw Score: 30; E-Value: 0.00000008
Query Start/End: Original strand, 136 - 197
Target Start/End: Original strand, 45804918 - 45804979
Alignment:
Q  136 gatatgcatcaatagaattgtttctcagtgaaccacttaaaattatacttcttgtggatgaa 197  Q
    ||||||||||| ||||||||||||    ||||||||||||| |||||||| | |||||||||    
T  45804918 gatatgcatcattagaattgtttcctgatgaaccacttaaatttatacttttcgtggatgaa 45804979  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0565 (Bit Score: 167; Significance: 1e-89; HSPs: 1)
Name: scaffold0565
Description:

Target: scaffold0565; HSP #1
Raw Score: 167; E-Value: 1e-89
Query Start/End: Original strand, 15 - 225
Target Start/End: Original strand, 7856 - 8066
Alignment:
Q  15 cacagatacataaggatacttctaagatacttcacagatacgtatcctagaaaaagatgaagagtaaaaaagtgagacaatgttgtaaaaattcattata 114  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7856 cacagatacacaaggatacttctaagatacttcacagacacgtatcctagaaaaagatgaagagtaaaaaagtgagacaatgttgtaaaaattcattata 7955  T
Q  115 gatgtatatgattcaattttagatatgcatcaatagaattgtttctcagtgaaccacttaaaattatacttcttgtggatgaacatagcgagggacgtga 214  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||| |||| |||| |||||||||||||||||||| ||||||| || ||||    
T  7956 gatgtatatgactcaattttagatatgcatcaatagaattgtttctcgatgaaacactaaaaagtatacttcttgtggatgaacgtagcgagagatgtga 8055  T
Q  215 ttcagttaatc 225  Q
    |||||||||||    
T  8056 ttcagttaatc 8066  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 155; Significance: 2e-82; HSPs: 25)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 155; E-Value: 2e-82
Query Start/End: Original strand, 15 - 225
Target Start/End: Complemental strand, 11789543 - 11789333
Alignment:
Q  15 cacagatacataaggatacttctaagatacttcacagatacgtatcctagaaaaagatgaagagtaaaaaagtgagacaatgttgtaaaaattcattata 114  Q
    |||| ||||| || |||||||| ||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11789543 cacaaatacacaatgatacttccaagatacttcacagacacatatcctagaaaaagatgaagagtaagaaagtgagacaatgttgtaaaaattcattata 11789444  T
Q  115 gatgtatatgattcaattttagatatgcatcaatagaattgtttctcagtgaaccacttaaaattatacttcttgtggatgaacatagcgagggacgtga 214  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||  |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||    
T  11789443 gatgtatatgactcaattttagatatgcatcaatagaactgtttctcgatgaaacacttaaaattatacttcttgtggatgaacatagcgagagatgtga 11789344  T
Q  215 ttcagttaatc 225  Q
    |||||||||||    
T  11789343 ttcagttaatc 11789333  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 135; E-Value: 2e-70
Query Start/End: Original strand, 20 - 222
Target Start/End: Original strand, 6166392 - 6166594
Alignment:
Q  20 atacataaggatacttctaagatacttcacagatacgtatcctagaaaaagatgaagagtaaaaaagtgagacaatgttgtaaaaattcattatagatgt 119  Q
    ||||| ||||||| ||||||||||||| | |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  6166392 atacacaaggatatttctaagatactttatagatacgtatcctagaaaaacatgaagagtaaaaaagtgagacaatgttgtaaaaattcattataaatgt 6166491  T
Q  120 atatgattcaattttagatatgcatcaatagaattgtttctcagtgaaccacttaaaattatacttcttgtggatgaacatagcgagggacgtgattcag 219  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| || ||||| |||||  |||| |||||||||||||| |||||||||| |||| ||||||| || |||||||||    
T  6166492 atatgattcaattttagatatgcatcagtataattgattctcgatgaaacacttaaaattatatttcttgtggaagaacgtagcgagagaggtgattcag 6166591  T
Q  220 tta 222  Q
    |||    
T  6166592 tta 6166594  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 132; E-Value: 1e-68
Query Start/End: Original strand, 15 - 225
Target Start/End: Original strand, 9409885 - 9410093
Alignment:
Q  15 cacagatacataaggatacttctaagatacttcacagatacgtatcctagaaaaagatgaagagtaaaaaagtgagacaatgttgtaaaaattcattata 114  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||| | |||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||  | ||||||||||||||||||    
T  9409885 cacagatacacaaggatacttctaagatacttcagagacatgtatcctagaaaaaaatgaagagtaaaaaagtaagac--ttttgtaaaaattcattata 9409982  T
Q  115 gatgtatatgattcaattttagatatgcatcaatagaattgtttctcagtgaaccacttaaaattatacttcttgtggatgaacatagcgagggacgtga 214  Q
    ||||||||||| ||||||||| |||| ||||||||||||| ||||||  |||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| || ||||    
T  9409983 gatgtatatgactcaattttacatattcatcaatagaattatttctcgatgaaacacttaaaattatacttcttgtggatgaacgtagcgagagatgtga 9410082  T
Q  215 ttcagttaatc 225  Q
    |||||||||||    
T  9410083 ttcagttaatc 9410093  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 125; E-Value: 2e-64
Query Start/End: Original strand, 29 - 197
Target Start/End: Original strand, 32855986 - 32856153
Alignment:
Q  29 gatacttctaagatacttcacagatacgtatcctagaaaaagatgaagagtaaaaaagtgagacaatgttgtaaaaattcattatagatgtatatgattc 128  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||| || |||||||||||||||    
T  32855986 gatacttataagatacttcacagatacgtatcctagaaaaagatgaagagtaaaaaagcgagacaatgttgtaaacattcagtagagatgtatatgattc 32856085  T
Q  129 aattttagatatgcatcaatagaattgtttctcagtgaaccacttaaaattatacttcttgtggatgaa 197  Q
    ||||||||||||| |||| ||||||||||||||  |||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  32856086 aattttagatatg-atcactagaattgtttctcgatgaaccacttaaaactatacttcttgtggatgaa 32856153  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 123; E-Value: 3e-63
Query Start/End: Original strand, 15 - 197
Target Start/End: Original strand, 25429975 - 25430157
Alignment:
Q  15 cacagatacataaggatacttctaagatacttcacagatacgtatcctagaaaaagatgaagagtaaaaaagtgagacaatgttgtaaaaattcattata 114  Q
    |||||||||| |||||||||| ||||||||||| || ||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| | |    
T  25429975 cacagatacacaaggatacttataagatacttcgcatatatgtatcctagaaaaagatgaagggtaaaaaagtgagacaatgttgtaaaaattcatgaca 25430074  T
Q  115 gatgtatatgattcaattttagatatgcatcaatagaattgtttctcagtgaaccacttaaaattatacttcttgtggatgaa 197  Q
    ||| |||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||| |  |||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  25430075 gatatatatgattcaattttagatatgcattagtagaattgtttcacgatgaaccacttaaaattatacttcttgtgaatgaa 25430157  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 104; E-Value: 6e-52
Query Start/End: Original strand, 26 - 197
Target Start/End: Complemental strand, 24888927 - 24888756
Alignment:
Q  26 aaggatacttctaagatacttcacagatacgtatcctagaaaaagatgaagagtaaaaaagtgagacaatgttgtaaaaattcattatagatgtatatga 125  Q
    |||||||||| ||||||||||| || ||| |||||||| |||||||||||| ||||| |||||||||||| |||||||||||||| | | || |||||||    
T  24888927 aaggatacttataagatacttcgcatatatgtatcctaaaaaaagatgaagggtaaacaagtgagacaatattgtaaaaattcatgacaaatatatatga 24888828  T
Q  126 ttcaattttagatatgcatcaatagaattgtttctcagtgaaccacttaaaattatacttcttgtggatgaa 197  Q
    ||||||||||||||||||| | |||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  24888827 ttcaattttagatatgcattagtagaattgtttcacggtgaaccacttaaaattatacttcttgtgaatgaa 24888756  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 95; E-Value: 1e-46
Query Start/End: Original strand, 15 - 225
Target Start/End: Complemental strand, 18928730 - 18928518
Alignment:
Q  15 cacagatacataaggatacttctaagatacttcacagatacgtatcctagaaaaagatgaagagtaaaaaagtgagacaatgttgtaaaaattcattata 114  Q
    |||| ||||| || ||||||| |||||||||| ||| |||| ||||||||||||  |||| |||||||||| ||||||||||||||||||||| | |  |    
T  18928730 cacatatacacaatgatacttataagatactttacatatacttatcctagaaaat-atgaggagtaaaaaattgagacaatgttgtaaaaattgaattga 18928632  T
Q  115 gatgtatatgattcaattttagatatgcatcaatagaattgtttctcagtgaaccacttaaaattatacttcttgt-ggatgaacata--gcgagggacg 211  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||  ||||||||||||||||||| || |||| ||||||| |||  | ||| || |    
T  18928631 gatgtatatgattcaattttagatatgcatcagtagaattgtttctcgatgaaccacttaaaattatattttttgtgggatgaagataacgagagagatg 18928532  T
Q  212 tgattcagttaatc 225  Q
    ||||||||||||||    
T  18928531 tgattcagttaatc 18928518  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #8
Raw Score: 91; E-Value: 3e-44
Query Start/End: Original strand, 15 - 197
Target Start/End: Complemental strand, 24728724 - 24728547
Alignment:
Q  15 cacagatacataaggatacttctaagatacttcacagatacgtatcctagaaaaagatgaagagtaaaaaagtgagacaatgttgtaaaaattcattata 114  Q
    |||| ||||| |||||||||| ||||||||||| || ||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||  | |    
T  24728724 cacaaatacacaaggatacttataagatacttcgcatatatgtatcctagaaaaagatgaagggtaaaaaagtgagacaatgttgtaaaaattcaggaga 24728625  T
Q  115 gatgtatatgattcaattttagatatgcatcaatagaattgtttctcagtgaaccacttaaaattatacttcttgtggatgaa 197  Q
    ||| |||||||||||     |||||||||| | | ||||||||||   |||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  24728624 gatctatatgattca-----agatatgcattagtggaattgtttcatggtgaaccatttaaaattatacttcttgtggatgaa 24728547  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #9
Raw Score: 90; E-Value: 1e-43
Query Start/End: Original strand, 17 - 194
Target Start/End: Complemental strand, 23877560 - 23877383
Alignment:
Q  17 cagatacataaggatacttctaagatacttcacagatacgtatcctagaaaaagatgaagagtaaaaaagtgagacaatgttgtaaaaattcattataga 116  Q
    |||||||| || ||||||| ||| |||||||||| | || ||||||| ||||||||||||||||| |||||||||  |||||||||| ||||| || |||    
T  23877560 cagatacacaatgatacttataaaatacttcacataaacatatcctacaaaaagatgaagagtaagaaagtgagatcatgttgtaaacattcagtagaga 23877461  T
Q  117 tgtatatgattcaattttagatatgcatcaatagaattgtttctcagtgaaccacttaaaattatacttcttgtggat 194  Q
    | |||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||  |  |||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  23877460 tatatatgattcaattttagatatgcatgactagaattgttttccgatgaaccacttaaaattatacttattgtggat 23877383  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #10
Raw Score: 86; E-Value: 3e-41
Query Start/End: Original strand, 17 - 158
Target Start/End: Complemental strand, 17749066 - 17748925
Alignment:
Q  17 cagatacataaggatacttctaagatacttcacagatacgtatcctagaaaaagatgaagagtaaaaaagtgagacaatgttgtaaaaattcattataga 116  Q
    |||||||| | |||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||| |||||| | ||||| || |||    
T  17749066 cagatacacatggatacttataagatacttcacaaatacgtatcctagaaaaatacgaagagtaaaaaagtgagacaacgttgtatacattcagtagaga 17748967  T
Q  117 tgtatatgattcaattttagatatgcatcaatagaattgttt 158  Q
    |||||||||||||||||  ||||||||||| |||||||||||    
T  17748966 tgtatatgattcaatttatgatatgcatcactagaattgttt 17748925  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #11
Raw Score: 67; E-Value: 7e-30
Query Start/End: Original strand, 31 - 185
Target Start/End: Original strand, 12006684 - 12006836
Alignment:
Q  31 tacttctaagatacttcacagatacgtatcctagaaaaagatgaagagtaaaaaagtgagacaatgttgtaaaaattcattatagatgtatatgattcaa 130  Q
    ||||| ||||||| ||| || ||||| |||||||||||| || ||| || |||||||| ||||||||||| |||||||| |  |||||||||||||||||    
T  12006684 tacttataagatatttcccatatacgcatcctagaaaaa-ataaagggtgaaaaagtg-gacaatgttgtgaaaattcagtggagatgtatatgattcaa 12006781  T
Q  131 ttttagatatgcatcaatagaattgtttctcagtgaaccacttaaaattatactt 185  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||| |   |||||| |||||||||||||||    
T  12006782 ttttagatatgcatcactagaattgttttttgatgaaccgcttaaaattatactt 12006836  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #12
Raw Score: 58; E-Value: 2e-24
Query Start/End: Original strand, 81 - 161
Target Start/End: Original strand, 13003382 - 13003460
Alignment:
Q  81 aaaaagtgagacaatgttgtaaaaattcattatagatgtatatgattcaattttagatatgcatcaatagaattgtttctc 161  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||    
T  13003382 aaaaagtgagacaatgttgtagaaattca--atagatgtatatgattcaattttagatatgcataactagaattgtttctc 13003460  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #13
Raw Score: 54; E-Value: 4e-22
Query Start/End: Original strand, 136 - 197
Target Start/End: Complemental strand, 17748922 - 17748861
Alignment:
Q  136 gatatgcatcaatagaattgtttctcagtgaaccacttaaaattatacttcttgtggatgaa 197  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  17748922 gatatgcatcactagaattgtttctcaatgaaccacttaaaattatacttcttgtggatgaa 17748861  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #14
Raw Score: 53; E-Value: 2e-21
Query Start/End: Original strand, 30 - 146
Target Start/End: Original strand, 14180015 - 14180131
Alignment:
Q  30 atacttctaagatacttcacagatacgtatcctagaaaaagatgaagagtaaaaaagtgagacaatgttgtaaaaattcattatagatgtatatgattca 129  Q
    |||||| |||||||||||||||| ||||||| | |||||| |||||| ||||||||||||||   |||| | |||||||| |  ||||||||||||||||    
T  14180015 atacttataagatacttcacagagacgtatcttggaaaaaaatgaagggtaaaaaagtgagaatgtgttttgaaaattcaatggagatgtatatgattca 14180114  T
Q  130 attttagatatgcatca 146  Q
    |||| ||||||| ||||    
T  14180115 atttaagatatgtatca 14180131  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #15
Raw Score: 50; E-Value: 1e-19
Query Start/End: Original strand, 80 - 197
Target Start/End: Original strand, 18320728 - 18320844
Alignment:
Q  80 aaaaaagtgagacaatgttgtaaaaattcattatagatgtatatgattcaattttagatatgcatcaatagaattgtttctcagtgaaccacttaaaatt 179  Q
    ||||||||||||||||||||| ||| || | |  ||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||| |||||||   |||| | || ||||||    
T  18320728 aaaaaagtgagacaatgttgtgaaattt-agtggagatgtatatgattcaattttagatatgcataagtagaaatgtttcttgatgaatcgctcaaaatt 18320826  T
Q  180 atacttcttgtggatgaa 197  Q
    |||||||||| |||||||    
T  18320827 atacttcttgcggatgaa 18320844  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #16
Raw Score: 50; E-Value: 1e-19
Query Start/End: Original strand, 66 - 182
Target Start/End: Complemental strand, 31431512 - 31431395
Alignment:
Q  66 aaaagatgaagagtaaaaaagtgagacaatgttgtaaaaattcattatagatgtatatgattcaatt-ttagatatgcatcaatagaattgtttctcagt 164  Q
    |||||||| ||  ||||| ||||||||||| |||||||||||||    ||||||||||||||||||| ||||||||| || ||||||||||||| |   |    
T  31431512 aaaagatggaggataaaagagtgagacaatattgtaaaaattcagcgcagatgtatatgattcaattattagatatgtattaatagaattgttttttgat 31431413  T
Q  165 gaaccacttaaaattata 182  Q
    ||||||||||||||||||    
T  31431412 gaaccacttaaaattata 31431395  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #17
Raw Score: 47; E-Value: 6e-18
Query Start/End: Original strand, 30 - 184
Target Start/End: Original strand, 11990714 - 11990867
Alignment:
Q  30 atacttctaagatacttcacagatacgtatcctagaaaaagatgaagagtaaaaaagtgagacaatgttgtaaaaattcattatagatgtatatgattca 129  Q
    |||||| ||| |||||| | | |||| |||||||||||| ||||||| ||| ||||||| |||| |||||  |||||||| |  | |||||||| | |||    
T  11990714 atacttataaaatacttaaaatatacatatcctagaaaa-gatgaagggtagaaaagtgtgacattgttgcgaaaattcagtggatatgtatataactca 11990812  T
Q  130 attttagatatgcatcaatagaattgtttctcagtgaaccacttaaaattatact 184  Q
    ||||||||||||||| | |||||||||||||   | ||||||| |||||||||||    
T  11990813 attttagatatgcattagtagaattgtttctagataaaccactaaaaattatact 11990867  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #18
Raw Score: 45; E-Value: 9e-17
Query Start/End: Original strand, 29 - 181
Target Start/End: Complemental strand, 9136883 - 9136732
Alignment:
Q  29 gatacttctaagatacttcacagatacgtatcctagaaaaagatgaagagtaaaaaagtgagacaatgttgtaaaaattcattatagatgtatatgattc 128  Q
    ||||||| ||| |||||||||||| ||||||||| |||||| |||||| ||||||||||||||   |||||| |||||||| |  |||  ||||||||||    
T  9136883 gatacttataacatacttcacagagacgtatcctggaaaaa-atgaagggtaaaaaagtgagattgtgttgtgaaaattcaatggagacatatatgattc 9136785  T
Q  129 aattttagatatgcatcaatagaattgtttctcagtgaaccacttaaaattat 181  Q
    ||||| | ||| | |||| || |||||||| ||  | ||||| ||||||||||    
T  9136784 aatttaaaataagaatcactataattgtttttcgattaaccaattaaaattat 9136732  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #19
Raw Score: 44; E-Value: 4e-16
Query Start/End: Original strand, 122 - 189
Target Start/End: Complemental strand, 11755768 - 11755701
Alignment:
Q  122 atgattcaattttagatatgcatcaatagaattgtttctcagtgaaccacttaaaattatacttcttg 189  Q
    ||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||   |||||| |||||||||||||||||||    
T  11755768 atgattcaattttagatatgcattagtagaattgtttcttgatgaaccgcttaaaattatacttcttg 11755701  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #20
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000002
Query Start/End: Original strand, 18 - 69
Target Start/End: Original strand, 18320681 - 18320732
Alignment:
Q  18 agatacataaggatacttctaagatacttcacagatacgtatcctagaaaaa 69  Q
    ||||| || ||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  18320681 agatatatcaggatacttataagatacttcacatatacgtatcctagaaaaa 18320732  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #21
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000002
Query Start/End: Original strand, 63 - 146
Target Start/End: Original strand, 37231776 - 37231859
Alignment:
Q  63 agaaaaagatgaagagtaaaaaagtgagacaatgttgtaaaaattcattatagatgtatatgattcaattttagatatgcatca 146  Q
    ||||||| |||||| ||||||||||||||   |||||| |||||||| |  ||||||||| |||||||||| ||||||| ||||    
T  37231776 agaaaaaaatgaagggtaaaaaagtgagattgtgttgtgaaaattcaatggagatgtatacgattcaatttaagatatgaatca 37231859  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #22
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000003
Query Start/End: Original strand, 66 - 135
Target Start/End: Original strand, 26079438 - 26079507
Alignment:
Q  66 aaaagatgaagagtaaaaaagtgagacaatgttgtaaaaattcattatagatgtatatgattcaatttta 135  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||| |||| |||||||| |  | |||||||  |||||||||||    
T  26079438 aaaagatgaagagtacaaaagtgagacaatattgtgaaaattcagtggaaatgtataaaattcaatttta 26079507  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #23
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000005
Query Start/End: Original strand, 16 - 107
Target Start/End: Complemental strand, 16591624 - 16591534
Alignment:
Q  16 acagatacataaggatacttctaagatacttcacagatacgtatcctagaaaaagatgaagagtaaaaaagtgagacaatgttgtaaaaatt 107  Q
    |||| |||| || ||||||| ||| |||||||| |  || |||||||| ||||| || ||||||||||||| ||||||||||||| ||||||    
T  16591624 acagttacacaaagatacttataaaatacttcaaaagtatgtatcctataaaaa-attaagagtaaaaaagcgagacaatgttgtgaaaatt 16591534  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #24
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 27 - 69
Target Start/End: Complemental strand, 11755825 - 11755783
Alignment:
Q  27 aggatacttctaagatacttcacagatacgtatcctagaaaaa 69  Q
    ||||||||| |||||||||||||| |||| |||||||||||||    
T  11755825 aggatacttataagatacttcacatatacatatcctagaaaaa 11755783  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #25
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 30 - 92
Target Start/End: Original strand, 35536903 - 35536965
Alignment:
Q  30 atacttctaagatacttcacagatacgtatcctagaaaaagatgaagagtaaaaaagtgagac 92  Q
    |||||| ||||||| |||||| ||||| ||||| |||||| |||||  |||||||||||||||    
T  35536903 atacttttaagatatttcacatatacgcatccttgaaaaaaatgaatggtaaaaaagtgagac 35536965  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 155; Significance: 2e-82; HSPs: 23)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 155; E-Value: 2e-82
Query Start/End: Original strand, 15 - 225
Target Start/End: Complemental strand, 29231247 - 29231037
Alignment:
Q  15 cacagatacataaggatacttctaagatacttcacagatacgtatcctagaaaaagatgaagagtaaaaaagtgagacaatgttgtaaaaattcattata 114  Q
    |||| ||||| ||||||| || |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  29231247 cacatatacacaaggatatttttaagatacttcacagacacgtatcctagaaaaagatgaagactaaaaaagtgagacaatgttgtaaaaattcattata 29231148  T
Q  115 gatgtatatgattcaattttagatatgcatcaatagaattgtttctcagtgaaccacttaaaattatacttcttgtggatgaacatagcgagggacgtga 214  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||| |||||||||||||||||||||||||||||  ||||||| || ||||    
T  29231147 gatgtatatgactcaattttagatatgcatcaatagaattgtttctcgatgaaacacttaaaattatacttcttgtggatgaatgtagcgagagatgtga 29231048  T
Q  215 ttcagttaatc 225  Q
    |||||||||||    
T  29231047 ttcagttaatc 29231037  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 110; E-Value: 1e-55
Query Start/End: Original strand, 17 - 197
Target Start/End: Complemental strand, 2628131 - 2627950
Alignment:
Q  17 cagatacataaggatacttctaagatacttcacagatacgtatcctagaaaaa-gatgaagagtaaaaaagtgagacaatgttgtaaaaattcattatag 115  Q
    |||||||| |||| ||||| |||||||||||||| ||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||| || ||    
T  2628131 cagatacacaaggttacttataagatacttcacatatatgtatcctagaaaaaagatgaagagtaaaaaagtgagacagtgttgtaaacattcagtagag 2628032  T
Q  116 atgtatatgattcaattttagatatgcatcaatagaattgtttctcagtgaaccacttaaaattatacttcttgtggatgaa 197  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||| ||  ||||||||||||||||||||||  ||||||||||    
T  2628031 atgtatatgattcaattttagatatgcataattagaattgtttatcgatgaaccacttaaaattatactttctgtggatgaa 2627950  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 105; E-Value: 1e-52
Query Start/End: Original strand, 15 - 225
Target Start/End: Complemental strand, 19100202 - 19100008
Alignment:
Q  15 cacagatacataaggatacttctaagatacttcacagatacgtatcctagaaaaagatgaagagtaaaaaagtgagacaatgttgtaaaaattcattata 114  Q
    |||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    |||||||||||||||||    
T  19100202 cacatatacacaaggatacttctaagatacttcacagatacgtatcctagaaaaagataaagagtaaaaaagtgagaca----tgtaaaaattcattata 19100107  T
Q  115 gatgtatatgattcaattttagatatgcatcaatagaattgtttctcagtgaaccacttaaaattatacttcttgtggatgaacatagcgagggacgtga 214  Q
    |||||||||            |||||||||||||| |||||||||||  |||| ||| |||||||||||||||||||||||||| || |||| || ||||    
T  19100106 gatgtatat------------gatatgcatcaatataattgtttctcgatgaaacacctaaaattatacttcttgtggatgaacgtaacgagagatgtga 19100019  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 99; E-Value: 5e-49
Query Start/End: Original strand, 18 - 225
Target Start/End: Original strand, 26564911 - 26565120
Alignment:
Q  18 agatacataaggatacttctaagatacttcacagatacgtatcctagaaaaagatgaagagtaaaaaagtgagacaatgttgtaaaaattcattatagat 117  Q
    ||||||| || ||||||| |||||||||||| |||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||| ||   ||    
T  26564911 agatacacaaagatacttataagatacttcaaagatatctatcctagaaaaagatgaagagtaaaaaagtgagataatgttgtaaacattcaatagcaat 26565010  T
Q  118 gtatatgattcaattttagatatgcatcaatagaattgtttctcagtgaaccacttaaaattatacttcttgtggatgaacata--gcgagggacgtgat 215  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||| || ||||||||||   | |||||||||||||||||||| | |||||||||  ||  | |||||| |||||    
T  26565011 gtatatgattcaattttagatatgtatcactataattgtttcttgataaaccacttaaaattatacttatcgtggatgaaggtaaggagagggaggtgat 26565110  T
Q  216 tcagttaatc 225  Q
    ||||||||||    
T  26565111 tcagttaatc 26565120  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 96; E-Value: 3e-47
Query Start/End: Original strand, 26 - 197
Target Start/End: Original strand, 34510806 - 34510977
Alignment:
Q  26 aaggatacttctaagatacttcacagatacgtatcctagaaaaagatgaagagtaaaaaagtgagacaatgttgtaaaaattcattatagatgtatatga 125  Q
    |||||||||| |||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||| | ||| || ||||||||||||    
T  34510806 aaggatacttataagatacttcagagatacgtatcgtagaaaaagatgaagagtaaaaaagtgagataatattgtaaacactcaatagagatgtatatga 34510905  T
Q  126 ttcaattttagatatgcatcaatagaattgtttctcagtgaaccacttaaaattatacttcttgtggatgaa 197  Q
    || || ||||||||||||| | ||  ||||||| ||  ||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  34510906 tttaaatttagatatgcataactaacattgtttttcgatgaaccacttaaaattatacttcttatggatgaa 34510977  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 90; E-Value: 1e-43
Query Start/End: Original strand, 29 - 197
Target Start/End: Complemental strand, 31114152 - 31113986
Alignment:
Q  29 gatacttctaagatacttcacagatacgtatcctagaaaaagatgaagagtaaaaaagtgagacaatgttgtaaaaattcattatagatgtatatgattc 128  Q
    ||||||| ||||||||||| || ||  |||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||| ||  ||||||| |  | |||||||||||||||    
T  31114152 gatacttataagatacttcgcatatgtgtatcctagaaaaaaatgaagggtaaaaaagtgagacaatatt--aaaaattaaggagagatgtatatgattc 31114055  T
Q  129 aattttagatatgcatcaatagaattgtttctcagtgaaccacttaaaattatacttcttgtggatgaa 197  Q
    |||||||||||||||| | || ||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31114054 aattttagatatgcattagtaaaattgtttcacggtgaaccacttaaaattatacttcttgtggatgaa 31113986  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 89; E-Value: 5e-43
Query Start/End: Original strand, 30 - 190
Target Start/End: Original strand, 3387249 - 3387408
Alignment:
Q  30 atacttctaagatacttcacagatacgtatcctagaaaaagatgaagagtaaaaaagtgagacaatgttgtaaaaattcattatagatgtatatgattca 129  Q
    |||||| |||||| |||| || ||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| || ||| || |||  ||||    
T  3387249 atacttataagatgcttcgcaaatacgtatcctagaaaa-gatgaagggtaaaaaagtgagacaatgttgtaaaaattcagtagagacgtgtatatttca 3387347  T
Q  130 attttagatatgcatcaatagaattgtttctcagtgaaccacttaaaattatacttcttgt 190  Q
    ||||||  ||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||    
T  3387348 attttatttatgcatcattagaattgtttctcaatgaaccacttaaatttatacttcttgt 3387408  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 80; E-Value: 1e-37
Query Start/End: Original strand, 21 - 176
Target Start/End: Original strand, 27925519 - 27925673
Alignment:
Q  21 tacataaggatacttctaagatacttcacagatacgtatcctagaaaaagatgaagagtaaaaaagtgagacaatgttgtaaaaattcattatagatgta 120  Q
    |||| ||||| ||||  ||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||| |||||||| ||||||||||||||| |||||||  | |||| |     
T  27925519 tacacaaggacacttacaagatacttcacatatacgtatcctagaaaa-gatgaagtgtaaaaaaatgagacaatgttgtagaaattcagcagagatatc 27925617  T
Q  121 tatgattcaattttagatatgcatcaatagaattgtttctcagtgaaccacttaaa 176  Q
    |||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||  |||||||||||||    
T  27925618 tatgattcaattttagatattcatcagtagaattgtttctcgatgaaccacttaaa 27925673  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #9
Raw Score: 73; E-Value: 2e-33
Query Start/End: Original strand, 20 - 188
Target Start/End: Complemental strand, 13407424 - 13407257
Alignment:
Q  20 atacataaggatacttctaagatacttcacagatacgtatcctagaaaaagatgaagagtaaaaaagtgagacaatgttgtaaaaattcattatagatgt 119  Q
    ||||| ||| ||| || |||||||| ||||| ||||||||||||||||| |||||||   |||||| ||||||||||||||| ||||||| || | |  |    
T  13407424 atacacaagaatatttataagatacgtcacaaatacgtatcctagaaaa-gatgaaggagaaaaaattgagacaatgttgtagaaattcagtagaaactt 13407326  T
Q  120 atatgattcaattttagatatgcatcaatagaattgtttctcagtgaaccacttaaaattatacttctt 188  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||| || |||||||||||  ||||||| |||||||||||||||||    
T  13407325 atatgattcaattttagatatacatcagtataattgtttctcgatgaaccagttaaaattatacttctt 13407257  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #10
Raw Score: 71; E-Value: 3e-32
Query Start/End: Original strand, 18 - 187
Target Start/End: Original strand, 7057059 - 7057225
Alignment:
Q  18 agatacataaggatacttctaagatacttcacagatacgtatcctagaaaaagatgaagagtaaaaaagtgagacaatgttgtaaaaattcattatagat 117  Q
    ||||||| |||||||||| |||||| ||||||| ||| ||||||||||||||  ||||| |||||| ||||||||||||||||| ||||||| || ||||    
T  7057059 agatacacaaggatacttataagatgcttcacatatatgtatcctagaaaaa--tgaagggtaaaa-agtgagacaatgttgtagaaattcagtagagat 7057155  T
Q  118 gtatatgattcaattttagatatgcatcaatagaattgtttctcagtgaaccacttaaaattatacttct 187  Q
    ||||||||||||  |||| ||||| |||| || |||||| ||||  ||||| ||||||||||||| ||||    
T  7057156 gtatatgattcacatttacatatggatcagtataattgtgtctcgatgaacaacttaaaattatatttct 7057225  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #11
Raw Score: 69; E-Value: 4e-31
Query Start/End: Original strand, 32 - 184
Target Start/End: Original strand, 5836480 - 5836631
Alignment:
Q  32 acttctaagatacttcacagatacgtatcctagaaaaagatgaagagtaaaaaagtgagacaatgttgtaaaaattcattatagatgtatatgattcaat 131  Q
    |||| |||||||||||| |||||||||| ||||||||  |||||| ||  ||| ||||||||||||||| |||||||| |  ||||||||||||||||||    
T  5836480 acttataagatacttcagagatacgtattctagaaaat-atgaagggtgcaaaggtgagacaatgttgtgaaaattcagtgaagatgtatatgattcaat 5836578  T
Q  132 tttagatatgcatcaatagaattgtttctcagtgaaccacttaaaattatact 184  Q
    |||| ||||| |||  || |||||||||||  |||||||||||||||||||||    
T  5836579 tttatatatgtatcggtataattgtttctcgatgaaccacttaaaattatact 5836631  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #12
Raw Score: 69; E-Value: 4e-31
Query Start/End: Original strand, 66 - 190
Target Start/End: Complemental strand, 32076655 - 32076531
Alignment:
Q  66 aaaagatgaagagtaaaaaagtgagacaatgttgtaaaaattcattatagatgtatatgattcaattttagatatgcatcaatagaattgtttctcagtg 165  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||| || |||||| |||  ||||||||||||||||||||| || |||||||||||        
T  32076655 aaaagatgaagggtaaaaaagtgagacaatgttgtaaaatttcagtagagatgtgtatagttcaattttagatatgcatcattaaaattgtttctcgaca 32076556  T
Q  166 aaccacttaaaattatacttcttgt 190  Q
    ||||||||||| |||||||||||||    
T  32076555 aaccacttaaatttatacttcttgt 32076531  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #13
Raw Score: 67; E-Value: 7e-30
Query Start/End: Original strand, 87 - 193
Target Start/End: Original strand, 8229316 - 8229422
Alignment:
Q  87 tgagacaatgttgtaaaaattcattatagatgtatatgattcaattttagatatgcatcaatagaattgtttctcagtgaaccacttaaaattatacttc 186  Q
    ||||||||||||||||| ||||| || |||||||||||||| | |||||||||||||||| ||||||||||||||| |||| |||||||||| |||||||    
T  8229316 tgagacaatgttgtaaacattcaatagagatgtatatgatttagttttagatatgcatcactagaattgtttctcaatgaatcacttaaaatcatacttc 8229415  T
Q  187 ttgtgga 193  Q
    | |||||    
T  8229416 tcgtgga 8229422  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #14
Raw Score: 65; E-Value: 1e-28
Query Start/End: Original strand, 20 - 197
Target Start/End: Original strand, 39935575 - 39935746
Alignment:
Q  20 atacataaggatacttctaagatacttcacagatacgtatcctagaaaaagatgaagagtaaaaaagtgagacaatgttgtaaaaattcattatagatgt 119  Q
    ||||| || ||||||| |||||||||| | ||||| |||| |||||||| ||||||   |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||      
T  39935575 atacacaaagatacttataagatactt-atagatatgtatgctagaaaa-gatgaaagataaaaaagtgagacaatgttgtaaaaattcattagagat-- 39935670  T
Q  120 atatgattcaattttagatatgcatcaatagaattgtttctcagtgaaccacttaaaattatacttcttgtggatgaa 197  Q
      ||| ||||||||||||||| ||||| |||| |||||||||  | ||||||||||| |||||||| | |||||||||    
T  39935671 --atggttcaattttagatatacatcattagagttgtttctcgataaaccacttaaatttatacttttagtggatgaa 39935746  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #15
Raw Score: 63; E-Value: 2e-27
Query Start/End: Original strand, 15 - 197
Target Start/End: Complemental strand, 16756245 - 16756064
Alignment:
Q  15 cacagatacataaggatacttctaagatacttcacagatacgtatcctagaaaaagatgaagagtaaaaaagtgagacaatgttgtaaaaattcattata 114  Q
    |||| |||||||| ||||||| ||||||| || ||  ||| |||||||||||||  ||||||   ||||||||||||||||||||  ||| ||||    |    
T  16756245 cacaaatacataatgatacttataagatattttacgtatatgtatcctagaaaat-atgaaggacaaaaaagtgagacaatgttgcgaaagttcaacgga 16756147  T
Q  115 gatgtatatgattcaattttagatatgcatcaatagaattgtttctcagtgaaccacttaaaattatacttcttgtggatgaa 197  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| | || |||||||| ||  |  |||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  16756146 gatgtatatgattcaattttagatatgcattagtaaaattgtttatcgattgaccacttaaaattataattcttgtggatgaa 16756064  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #16
Raw Score: 63; E-Value: 2e-27
Query Start/End: Original strand, 37 - 197
Target Start/End: Complemental strand, 31211007 - 31210851
Alignment:
Q  37 taagatacttcacagatacgtatcctagaaaaagatgaagagtaaaaaagtgagacaatgttgtaaaaattcattatagatgtatatgattcaattttag 136  Q
    |||||||||||||||||| ||||| |||||||  |||||| |||||||| ||||||| ||||||||||||||| || | |||||||||||| |||||||     
T  31211007 taagatacttcacagatatgtatcttagaaaat-atgaagggtaaaaaaatgagacagtgttgtaaaaattcagtagaaatgtatatgatttaattttaa 31210909  T
Q  137 atatgcatcaatagaattgtttctcagtgaaccacttaaaattatacttcttgtggatgaa 197  Q
    | |||||||| |||||   ||| ||  |||||||| |||||||||| ||||| ||||||||    
T  31210908 acatgcatcagtagaa---tttatcgatgaaccacctaaaattatatttcttatggatgaa 31210851  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #17
Raw Score: 51; E-Value: 2e-20
Query Start/End: Original strand, 16 - 157
Target Start/End: Original strand, 42990636 - 42990778
Alignment:
Q  16 acagatacataaggatacttctaagatacttcacagatacgtatcctagaaaaagatgaagagtaaaaaag-tgagacaatgttgtaaaaattcattata 114  Q
    ||||||||| |  ||||||| |||||||||| ||||| ||||||||| || ||| |||||| ||||||||  ||||||  |||||| |||||||| |  |    
T  42990636 acagatacacacagatacttataagatactttacagagacgtatcctggacaaaaatgaagtgtaaaaaaaatgagactgtgttgtgaaaattcaatgga 42990735  T
Q  115 gatgtatatgattcaattttagatatgcatcaatagaattgtt 157  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||| |||| || |||||||    
T  42990736 gatgtatatgattcaatttaagatatgaatcactataattgtt 42990778  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #18
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000002
Query Start/End: Original strand, 52 - 191
Target Start/End: Original strand, 41368597 - 41368734
Alignment:
Q  52 atacgtatcctagaaaaagatgaagagtaaaaaagtgagacaatgttgtaaaaattcattatagatgtatatgattcaattttagatatgcatcaataga 151  Q
    |||| |||||||||||| ||||||  |||||||||||||||||| |||| ||||||||    | |||||  | |||||||||||||||||||||  |  |    
T  41368597 atacatatcctagaaaa-gatgaaaggtaaaaaagtgagacaatcttgtgaaaattca-gcgaaatgtacgttattcaattttagatatgcatcggtgta 41368694  T
Q  152 attgtttctcagtgaaccacttaaaattatacttcttgtg 191  Q
    | |||||||   ||||||||| |||||||||||| |||||    
T  41368695 aatgtttcttgatgaaccactaaaaattatactttttgtg 41368734  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #19
Raw Score: 35; E-Value: 0.00000000009
Query Start/End: Original strand, 41 - 146
Target Start/End: Original strand, 12118293 - 12118395
Alignment:
Q  41 atacttcacagatacgtatcctagaaaaagatgaagagtaaaaaagtgagacaatgttgtaaaaattcattatagatgtatatgattcaattttagatat 140  Q
    |||||| ||||||||||||||| |||||| |||||| ||||||||||  ||   |||||| |||||||| |  | |||||||||||||||||| ||||||    
T  12118293 atactttacagatacgtatcctggaaaaa-atgaagggtaaaaaagt--gaatgtgttgtgaaaattcaatgaaaatgtatatgattcaatttaagatat 12118389  T
Q  141 gcatca 146  Q
    | ||||    
T  12118390 gaatca 12118395  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #20
Raw Score: 35; E-Value: 0.00000000009
Query Start/End: Original strand, 132 - 194
Target Start/End: Complemental strand, 34764716 - 34764654
Alignment:
Q  132 tttagatatgcatcaatagaattgtttctcagtgaaccacttaaaattatacttcttgtggat 194  Q
    ||||||||||||||| ||||| ||||| ||  ||||||||||||||||| || ||||||||||    
T  34764716 tttagatatgcatcactagaactgtttttcgatgaaccacttaaaattacacgtcttgtggat 34764654  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #21
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000003
Query Start/End: Original strand, 66 - 135
Target Start/End: Complemental strand, 28470303 - 28470234
Alignment:
Q  66 aaaagatgaagagtaaaaaagtgagacaatgttgtaaaaattcattatagatgtatatgattcaatttta 135  Q
    ||||| ||||| |||||||||||||| ||| || | |||||||| || |||||||||| |||||||||||    
T  28470303 aaaagttgaagggtaaaaaagtgagataattttatgaaaattcactagagatgtatataattcaatttta 28470234  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #22
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 16 - 68
Target Start/End: Complemental strand, 28470383 - 28470331
Alignment:
Q  16 acagatacataaggatacttctaagatacttcacagatacgtatcctagaaaa 68  Q
    ||||||||| |||||||||| |||||||||||||| ||| || || |||||||    
T  28470383 acagatacacaaggatacttataagatacttcacatatatgtgtcttagaaaa 28470331  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #23
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 129 - 197
Target Start/End: Original strand, 29674927 - 29674995
Alignment:
Q  129 aattttagatatgcatcaatagaattgtttctcagtgaaccacttaaaattatacttcttgtggatgaa 197  Q
    ||||||||||||| || | ||||||| |||  |  ||||||||||||||||||||||||| | ||||||    
T  29674927 aattttagatatgtattagtagaattattttacgatgaaccacttaaaattatacttcttatagatgaa 29674995  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 148; Significance: 3e-78; HSPs: 16)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 148; E-Value: 3e-78
Query Start/End: Original strand, 15 - 225
Target Start/End: Complemental strand, 2032526 - 2032315
Alignment:
Q  15 cacagatacataaggatacttctaagatacttcacagatacgtatcctagaaaaagatgaagagtaaaaaagtgagacaatgttgtaaaaattcattata 114  Q
    |||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||     
T  2032526 cacatatacacaaggatacttctaagatacttcacagacatgtatcctagaaaaaggtgaagagtaaaaaagtgagacaatattgtaaaaattcattatt 2032427  T
Q  115 gatgtatatgattcaattttagatatgcatcaatagaattgtttctcag-tgaaccacttaaaattatacttcttgtggatgaacatagcgagggacgtg 213  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| || ||     
T  2032426 gatgtatatgactcaattttagatatgcatcaatagaattgtttctcggatgaaacacttaaaattatacttcttgtggatgaacgtagcgagagatgtt 2032327  T
Q  214 attcagttaatc 225  Q
    ||||||||||||    
T  2032326 attcagttaatc 2032315  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 139; E-Value: 7e-73
Query Start/End: Original strand, 19 - 225
Target Start/End: Complemental strand, 688245 - 688039
Alignment:
Q  19 gatacataaggatacttctaagatacttcacagatacgtatcctagaaaaagatgaagagtaaaaaagtgagacaatgttgtaaaaattcattatagatg 118  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||  |||||||||  ||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  688245 gatacacaaggatacttctaagatacttcacgtatacgtatcaaagaaaaagatgaagagtaaaaaaatgagacaatgctgtaaaaattcattatagatg 688146  T
Q  119 tatatgattcaattttagatatgcatcaatagaattgtttctcagtgaaccacttaaaattatacttcttgtggatgaacatagcgagggacgtgattca 218  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||| ||  | ||||||||    
T  688145 tatattattcaattttagatatgcatcaatataattgtttctcgatgaaccacttaaaattatacttcttgtggatgaatgtagcaagaaaggtgattca 688046  T
Q  219 gttaatc 225  Q
    |||||||    
T  688045 gttaatc 688039  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 103; E-Value: 2e-51
Query Start/End: Original strand, 15 - 189
Target Start/End: Complemental strand, 32340444 - 32340272
Alignment:
Q  15 cacagatacataaggatacttctaagatacttcacagatacgtatcctagaaaaagatgaagagtaaaaaagtgagacaatgttgtaaaaattcattata 114  Q
    |||||||||| ||| ||| ||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||| || |    
T  32340444 cacagatacacaag-ataattctaagatacttcacatatatgtatcctagaaaaagatgaagggtaaaaaagtgagacaatgttgt-aaaattcagtaaa 32340347  T
Q  115 gatgtatatgattcaattttagatatgcatcaatagaattgtttctcagtgaaccacttaaaattatacttcttg 189  Q
    ||||||||| ||||||||| | |||||||||||||||||||||| ||  ||||||| ||||||||||||||||||    
T  32340346 gatgtatataattcaatttcatatatgcatcaatagaattgtttttcgatgaaccatttaaaattatacttcttg 32340272  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 101; E-Value: 4e-50
Query Start/End: Original strand, 17 - 193
Target Start/End: Complemental strand, 2988295 - 2988120
Alignment:
Q  17 cagatacataaggatacttctaagatacttcacagatacgtatcctagaaaaagatgaagagtaaaaaagtgagacaatgttgtaaaaattcattataga 116  Q
    |||||||| || ||||||| ||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||| |||||| |||| ||||| || |||    
T  2988295 cagatacacaatgatacttataagatagttcacaaatacgtatcctagaaaaagatgaagagtaaaaa-gtcagataatgttataaacattcagtagaga 2988197  T
Q  117 tgtatatgattcaattttagatatgcatcaatagaattgtttctcagtgaaccacttaaaattatacttcttgtgga 193  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||  ||||||||||||||||||| || |||||||    
T  2988196 tgtatatgattcaattttagatatgcatcactaaaattgtttctcgatgaaccacttaaaattatattttttgtgga 2988120  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 89; E-Value: 5e-43
Query Start/End: Original strand, 39 - 191
Target Start/End: Original strand, 10229422 - 10229574
Alignment:
Q  39 agatacttcacagatacgtatcctagaaaaagatgaagagtaaaaaagtgagacaatgttgtaaaaattcattatagatgtatatgattcaattttagat 138  Q
    ||||| |||||| |||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||  || ||||||||||||||||||| |||||    
T  10229422 agatatttcacatatacgtatccttcaaaaagatgaagagtaaaaaagtgagacaatgttgcaaacattcgatagagatgtatatgattcaattatagat 10229521  T
Q  139 atgcatcaatagaattgtttctcagtgaaccacttaaaattatacttcttgtg 191  Q
    |||||| | ||||||||||| |   ||||||||||||||||||||||||||||    
T  10229522 atgcataactagaattgttttttgatgaaccacttaaaattatacttcttgtg 10229574  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 83; E-Value: 2e-39
Query Start/End: Original strand, 29 - 195
Target Start/End: Original strand, 8485910 - 8486074
Alignment:
Q  29 gatacttctaagatacttcacagatacgtatcctagaaaaagatgaagagtaaaaaagtgagacaatgttgtaaaaattcattatagatgtatatgattc 128  Q
    ||||||| ||||| |||||||| |||||||||||||||||| || ||| |||||||| ||||| | |||||| ||| |||| | ||||||||||||||||    
T  8485910 gatacttataagacacttcacatatacgtatcctagaaaaa-ataaagggtaaaaaattgagatagtgttgtgaaa-ttcagtgtagatgtatatgattc 8486007  T
Q  129 aattttagatatgcatcaatagaattgtttctcagtgaaccacttaaaattatacttcttgtggatg 195  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||||   |||||| ||||||||||||||||||| |||||    
T  8486008 aattttagatatgcatcagtagaattgtttcttgatgaaccgcttaaaattatacttcttgcggatg 8486074  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #7
Raw Score: 63; E-Value: 2e-27
Query Start/End: Original strand, 97 - 197
Target Start/End: Original strand, 10567321 - 10567414
Alignment:
Q  97 ttgtaaaaattcattatagatgtatatgattcaattttagatatgcatcaatagaattgtttctcagtgaaccacttaaaattatacttcttgtggatga 196  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||       ||||||||||||||||||||||||||||||  |||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  10567321 ttgtaaaaattcattatagatgtatatg-------tttagatatgcatcaatagaattgtttctcgatgaaacacttaaaattatacttcttgtggatga 10567413  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #8
Raw Score: 63; E-Value: 2e-27
Query Start/End: Original strand, 29 - 182
Target Start/End: Complemental strand, 12312179 - 12312026
Alignment:
Q  29 gatacttctaagatacttcacagatacgtatcctagaaaaagatgaagagtaaaaaagtga-gacaatgttgtaaaaattcattatagatgtatatgatt 127  Q
    ||||||| |||||||||||| ||||| |||||||||||||| |||||| |||| ||||| | ||||||||||| |||| | | |  | |||||||  |||    
T  12312179 gatacttataagatacttcaaagatatgtatcctagaaaaa-atgaagggtaagaaagtaaagacaatgttgtgaaaaataagtggaaatgtatacaatt 12312081  T
Q  128 caattttagatatgcatcaatagaattgtttctcagtgaaccacttaaaattata 182  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||  | |||||||| ||||||||    
T  12312080 caattttagatatgcatcaatagaattgtttctcgatcaaccactttaaattata 12312026  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #9
Raw Score: 63; E-Value: 2e-27
Query Start/End: Original strand, 15 - 141
Target Start/End: Complemental strand, 22297495 - 22297370
Alignment:
Q  15 cacagatacataaggatacttctaagatacttcacagatacgtatcctagaaaaagatgaagagtaaaaaagtgagacaatgttgtaaaaattcattata 114  Q
    |||| ||||| |||||||||| |||  ||||||||||| ||||||| || |||||||||||| | ||||||||||||||| |||||||||||||| || |    
T  22297495 cacatatacacaaggatacttgtaacgtacttcacagaaacgtatcataaaaaaagatgaaggg-aaaaaagtgagacaacgttgtaaaaattcaataga 22297397  T
Q  115 gatgtatatgattcaattttagatatg 141  Q
    ||||||||||| | |||||||||||||    
T  22297396 gatgtatatgacttaattttagatatg 22297370  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #10
Raw Score: 62; E-Value: 7e-27
Query Start/End: Original strand, 80 - 197
Target Start/End: Original strand, 30928331 - 30928448
Alignment:
Q  80 aaaaaagtgagacaatgttgtaaaaattcattatagatgtatatgattcaattttagatatgcatcaatagaattgtttctcagtgaaccacttaaaatt 179  Q
    ||||||| |||||||||||||| ||||| | || |||||||||||||||||||||| ||||||| || || ||||||||||   ||||||||||||||||    
T  30928331 aaaaaagcgagacaatgttgtagaaattaagtagagatgtatatgattcaattttatatatgcaccagtataattgtttcttgatgaaccacttaaaatt 30928430  T
Q  180 atacttcttgtggatgaa 197  Q
    ||||||||| || |||||    
T  30928431 atacttcttatgaatgaa 30928448  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #11
Raw Score: 56; E-Value: 3e-23
Query Start/End: Original strand, 66 - 197
Target Start/End: Original strand, 22053889 - 22054018
Alignment:
Q  66 aaaagatgaagagtaaaaaagtgagacaatgttgtaaaaattcattatagatgtatatgattcaattttagatatgcatcaatagaattgtttctcagtg 165  Q
    ||||||||||| |||||||||||||| | ||||||||||||||| || |||||| || | |||||||||||||| |||||| | ||||||||||| | ||    
T  22053889 aaaagatgaagggtaaaaaagtgagatagtgttgtaaaaattcagtagagatgtgtacggttcaattttagatacgcatcattggaattgtttct-aatg 22053987  T
Q  166 aaccacttaaaattatacttcttgtggatgaa 197  Q
    |||||| |||| ||||||||| | ||||||||    
T  22053988 aaccac-taaatttatacttcctctggatgaa 22054018  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #12
Raw Score: 42; E-Value: 0.000000000000006
Query Start/End: Original strand, 96 - 185
Target Start/End: Original strand, 7434853 - 7434942
Alignment:
Q  96 gttgtaaaaattcattatagatgtatatgattcaattttagatatgcatcaatagaattgtttctcagtgaaccacttaaaattatactt 185  Q
    |||||||| ||||| || |||| ||||||||||||| |||||||||| | |  |||||||||||||  || |||||||||||||||||||    
T  7434853 gttgtaaacattcaatagagatctatatgattcaatcttagatatgcgttacgagaattgtttctcgatggaccacttaaaattatactt 7434942  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #13
Raw Score: 42; E-Value: 0.000000000000006
Query Start/End: Original strand, 116 - 197
Target Start/End: Complemental strand, 12283790 - 12283709
Alignment:
Q  116 atgtatatgattcaattttagatatgcatcaatagaattgtttctcagtgaaccacttaaaattatacttcttgtggatgaa 197  Q
    |||||||  ||||| | |||||||||||||| |||||||||||||   |||||||||| ||||||||||| |||||||||||    
T  12283790 atgtatacaattcagtattagatatgcatcagtagaattgtttctggatgaaccactttaaattatactttttgtggatgaa 12283709  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #14
Raw Score: 35; E-Value: 0.00000000009
Query Start/End: Original strand, 30 - 158
Target Start/End: Complemental strand, 6724636 - 6724502
Alignment:
Q  30 atacttctaagatacttcacagatacgtatcctagaa-----aaagatgaagagtaaaaaagtgagacaatgttgtaaaaatt-cattatagatgtatat 123  Q
    |||||| |||||||||||||| | ||||||||| |||     ||| |||||  ||||||||||||| |  |||||| |||||| || |  ||||||||||    
T  6724636 atacttataagatacttcacatagacgtatcctggaaggaaaaaaaatgaatggtaaaaaagtgaggctgtgttgtgaaaatttcaatggagatgtatat 6724537  T
Q  124 gattcaattttagatatgcatcaatagaattgttt 158  Q
    |||||||||| ||||||| |||| || ||||||||    
T  6724536 gattcaatttaagatatgaatcagtataattgttt 6724502  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #15
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000003
Query Start/End: Original strand, 28 - 85
Target Start/End: Complemental strand, 17533579 - 17533522
Alignment:
Q  28 ggatacttctaagatacttcacagatacgtatcctagaaaaagatgaagagtaaaaaa 85  Q
    |||||||| |||||||||||||||| ||||||| |||||||| |||||  ||||||||    
T  17533579 ggatacttataagatacttcacagagacgtatcttagaaaaaaatgaaatgtaaaaaa 17533522  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #16
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 65 - 131
Target Start/End: Complemental strand, 26546234 - 26546168
Alignment:
Q  65 aaaaagatgaagagtaaaaaagtgagacaatgttgtaaaaattcattatagatgtatatgattcaat 131  Q
    ||||| |||||| |||||||||||||| |||||||| || ||| | || ||||||||||| ||||||    
T  26546234 aaaaaaatgaagggtaaaaaagtgagataatgttgtgaagatttaataaagatgtatatggttcaat 26546168  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 147; Significance: 1e-77; HSPs: 30)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 147; E-Value: 1e-77
Query Start/End: Original strand, 15 - 225
Target Start/End: Complemental strand, 53018734 - 53018524
Alignment:
Q  15 cacagatacataaggatacttctaagatacttcacagatacgtatcctagaaaaagatgaagagtaaaaaagtgagacaatgttgtaaaaattcattata 114  Q
    |||| ||||| |||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| || |||||||||||| ||    
T  53018734 cacatatacacaaggatacatctaagatacttcacatatacgtatcctagaaaaagatgaagagtaaaaaaatgagacaatcttttaaaaattcattcta 53018635  T
Q  115 gatgtatatgattcaattttagatatgcatcaatagaattgtttctcagtgaaccacttaaaattatacttcttgtggatgaacatagcgagggacgtga 214  Q
    | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| || |||||||||||||| ||||||||||||||||||||  | ||||    
T  53018634 gctgtatatgattcaattttagatatgcatcaatagaattgtttctcaatgaatcagttaaaattatacttattgtggatgaacatagcgagataggtga 53018535  T
Q  215 ttcagttaatc 225  Q
    |||||||||||    
T  53018534 ttcagttaatc 53018524  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 143; E-Value: 3e-75
Query Start/End: Original strand, 15 - 225
Target Start/End: Complemental strand, 19721876 - 19721666
Alignment:
Q  15 cacagatacataaggatacttctaagatacttcacagatacgtatcctagaaaaagatgaagagtaaaaaagtgagacaatgttgtaaaaattcattata 114  Q
    |||||||||| || |||| ||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  19721876 cacagatacacaatgatatttctaagatacttcacatacacgtatcctagaaaaagatgaagagtaaaaaagtgagacgatgttgtaaaaattcattata 19721777  T
Q  115 gatgtatatgattcaattttagatatgcatcaatagaattgtttctcagtgaaccacttaaaattatacttcttgtggatgaacatagcgagggacgtga 214  Q
    ||| ||||||| | |||||| ||||||||||||||||||||||||||| | || |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| || ||||    
T  19721776 gatatatatgacttaattttggatatgcatcaatagaattgtttctcaattaaacacttaaaattatacttcttgtggatgaacgtagcgagagatgtga 19721677  T
Q  215 ttcagttaatc 225  Q
    |||| ||||||    
T  19721676 ttcaattaatc 19721666  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 141; E-Value: 5e-74
Query Start/End: Original strand, 37 - 223
Target Start/End: Original strand, 45773984 - 45774167
Alignment:
Q  37 taagatacttcacagatacgtatcctagaaaaagatgaagagtaaaaaagtgagacaatgttgtaaaaattcattatagatgtatatgattcaattttag 136  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  45773984 taagatacttcacagatacgtatcctagaaaaagatgaagaataaaaaagtgagacaatgttgtaaaaattcattatagatgtatatgattcaattttag 45774083  T
Q  137 atatgcatcaatagaattgtttctcagtgaaccacttaaaattatacttcttgtggatgaacatagcgagggacgtgattcagttaa 223  Q
    |||| ||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||   ||| ||||||||| ||||||| || |||||||||||||    
T  45774084 atatacatcaatagaattgtttctcgatgaaccacttaaaattata---cttatggatgaacgtagcgagagaggtgattcagttaa 45774167  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 135; E-Value: 2e-70
Query Start/End: Original strand, 15 - 225
Target Start/End: Original strand, 2295328 - 2295537
Alignment:
Q  15 cacagatacataaggatacttctaagatacttcacagatacgtatcctagaaaaagatgaagagtaaaaaagtgagacaatgttgtaaaaattcattata 114  Q
    |||||||||| || |||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||| ||||||  ||||||||||||||||||||||||||||    
T  2295328 cacagatacacaatgatacttctaagatacttcacagacacgtatcctaaaaaaagatgaagaataaaaat-tgagacaatgttgtaaaaattcattata 2295426  T
Q  115 gatgtatatgattcaattttagatatgcatcaatagaattgtttctcagtgaaccacttaaaattatacttcttgtggatgaacatagcgagggacgtga 214  Q
    |||||||| || ||||||| |||||| ||||||||||||||||||||  |||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| || || |    
T  2295427 gatgtataggactcaatttaagatattcatcaatagaattgtttctcgatgaaacacttaaaattatacttcttgtggatgaacgtagcgagagatgtaa 2295526  T
Q  215 ttcagttaatc 225  Q
    |||||||||||    
T  2295527 ttcagttaatc 2295537  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 128; E-Value: 3e-66
Query Start/End: Original strand, 15 - 225
Target Start/End: Complemental strand, 15476915 - 15476705
Alignment:
Q  15 cacagatacataaggatacttctaagatacttcacagatacgtatcctagaaaaagatgaagagtaaaaaagtgagacaatgttgtaaaaattcattata 114  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||    
T  15476915 cacagatacacaaggatacttctaagatacttcaaagatacgtatcttagaaaaagatgaagagtaaaaaggtgagacaatgttgtaagaattcattata 15476816  T
Q  115 gatgtatatgattcaattttagatatgcatcaatagaattgttt-ctcagtgaaccacttaaaattatacttcttgtggatgaacatagcgagggacgtg 213  Q
    ||||| || ||||||||||||||||||||| ||| ||||||||| || | ||||||||||||||||||| ||||| ||||||||| ||||||| || |||    
T  15476815 gatgtgtaagattcaattttagatatgcattaattgaattgtttactga-tgaaccacttaaaattataattcttatggatgaacgtagcgagagaagtg 15476717  T
Q  214 attcagttaatc 225  Q
    ||| | ||||||    
T  15476716 atttaattaatc 15476705  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 126; E-Value: 4e-65
Query Start/End: Original strand, 29 - 222
Target Start/End: Complemental strand, 35103669 - 35103476
Alignment:
Q  29 gatacttctaagatacttcacagatacgtatcctagaaaaagatgaagagtaaaaaagtgagacaatgttgtaaaaattcattatagatgtatatgattc 128  Q
    |||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  35103669 gatacttctaagatacttcatagatatgtatcctagaaaaacatgaagagtaaaaaagtgagacaatgttgtaaaaattcattataaatgtatatgattc 35103570  T
Q  129 aattttagatatgcatcaatagaattgtttctcagtgaaccacttaaaattatacttcttgtggatgaacatagcgagggacgtgattcagtta 222  Q
    |||||||||||||||||| || ||||| |||    |||| ||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||| || |||||| |||||    
T  35103569 aattttagatatgcatcattataattgattccggatgaaacacttaaaattatacttcttgtggaagaacgtagcgagagaggtgatttagtta 35103476  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 117; E-Value: 1e-59
Query Start/End: Original strand, 29 - 197
Target Start/End: Original strand, 53586368 - 53586536
Alignment:
Q  29 gatacttctaagatacttcacagatacgtatcctagaaaaagatgaagagtaaaaaagtgagacaatgttgtaaaaattcattatagatgtatatgattc 128  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||| ||||| || |||||||||||||||    
T  53586368 gatacttataagatacttcacagatacgtatcctagaaaaagatgaagggtaaaatagtgagacaatgttgtaaacattcaatagagatgtatatgattc 53586467  T
Q  129 aattttagatatgcatcaatagaattgtttctcagtgaaccacttaaaattatacttcttgtggatgaa 197  Q
    ||||| |||||||||||| || |||||||||||  ||||| |||||||||||||||||| |||||||||    
T  53586468 aatttcagatatgcatcactataattgtttctcgatgaactacttaaaattatacttctcgtggatgaa 53586536  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 93; E-Value: 2e-45
Query Start/End: Original strand, 30 - 197
Target Start/End: Original strand, 44987234 - 44987401
Alignment:
Q  30 atacttctaagatacttcacagatacgtatcctagaaaaagatgaagagtaaaa-aagtgagacaatgttgtaaaaattcattatagatgtatatgattc 128  Q
    |||||| ||||||  |||||| ||||||||||||||||| ||||||  |||||| |||||||| ||||||||||||||||| |  ||||||| |||||||    
T  44987234 atacttataagatgtttcacaaatacgtatcctagaaaa-gatgaaaggtaaaaaaagtgagataatgttgtaaaaattcactcgagatgtacatgattc 44987332  T
Q  129 aattttagatatgcatcaatagaattgtttctcagtgaaccacttaaaattatacttcttgtggatgaa 197  Q
    |||||||||||||||||  ||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  44987333 aattttagatatgcatcggtagaattgtttctcaatgaactacttaaaattatacttcttgtggatgaa 44987401  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #9
Raw Score: 88; E-Value: 2e-42
Query Start/End: Original strand, 20 - 197
Target Start/End: Original strand, 27675397 - 27675577
Alignment:
Q  20 atacataaggatacttctaagatacttcacagatacgtatcctagaaaaaga-tgaagagtaaaaaagtgagacaatgttgtaaaaattcattatagatg 118  Q
    ||||| ||||| | || ||||| |||||||| |||||||||||||||||| | ||||| |||||| |||||||||||||||| || |||||  | |||||    
T  27675397 atacacaaggacatttataagacacttcacatatacgtatcctagaaaaaaaatgaagggtaaaatagtgagacaatgttgtgaagattcagcagagatg 27675496  T
Q  119 tatatgattcaattttagatatgcatcaatagaattgtttctc---agtgaaccacttaaaattatacttcttgtggatgaa 197  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||   | |||||||||||||| ||||||| |||||||||||    
T  27675497 tatatgattcaattttagatatgcatcaatagaattgtttctcaatattgaaccacttaaaa-tatactttttgtggatgaa 27675577  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #10
Raw Score: 84; E-Value: 5e-40
Query Start/End: Original strand, 28 - 183
Target Start/End: Complemental strand, 10038019 - 10037865
Alignment:
Q  28 ggatacttctaagatacttcacagatacgtatcctagaaaaagatgaagagtaaaaaagtgagacaatgttgtaaaaattcattatagatgtatatgatt 127  Q
    ||||| || ||||||| |||||| ||| ||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||  |||||||| |  ||||||||||||||    
T  10038019 ggataattataagatatttcacatatatgtatcctagaaaa-gatgaagggtaaaaaagtgagacaatgttgcgaaaattcaatggagatgtatatgatt 10037921  T
Q  128 caattttagatatgcatcaatagaattgtttctcagtgaaccacttaaaattatac 183  Q
    ||||||||||||||||||| |||| |||||||||  ||||||||||||||| ||||    
T  10037920 caattttagatatgcatcagtagatttgtttctcgatgaaccacttaaaataatac 10037865  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #11
Raw Score: 80; E-Value: 1e-37
Query Start/End: Original strand, 29 - 160
Target Start/End: Original strand, 40217526 - 40217657
Alignment:
Q  29 gatacttctaagatacttcacagatacgtatcctagaaaaagatgaagagtaaaaaagtgagacaatgttgtaaaaattcattatagatgtatatgattc 128  Q
    ||||||| || ||||||||||| |||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||| || |||||||||||||||    
T  40217526 gatacttatatgatacttcacatatacatatcctagaaaaagatgaagggtaaaaaagtgagacaatgttataaaaattcagtaaagatgtatatgattc 40217625  T
Q  129 aattttagatatgcatcaatagaattgtttct 160  Q
    |||||||  ||||| ||  |||||||||||||    
T  40217626 aattttatgtatgcgtcggtagaattgtttct 40217657  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #12
Raw Score: 69; E-Value: 4e-31
Query Start/End: Original strand, 30 - 206
Target Start/End: Original strand, 4775760 - 4775934
Alignment:
Q  30 atacttctaagatacttcacagatacgtatcctagaaaaagatgaagagtaaaaaagtgagacaatgttgtaaaaattcattatagatgtatatgattca 129  Q
    |||||| |||||| ||||||| |||  |||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||| | |||| | |  | ||||||||||| ||    
T  4775760 atacttataagatgcttcacaaatatatatcctagaaaa-gatgaagggtaaaaaagtgagacaatgttgtgataatttagtggaaatgtatatgat-ca 4775857  T
Q  130 attttagatatgcatcaatagaattgtttctcagtgaaccacttaaaattatacttcttgtggatgaacatagcgag 206  Q
    ||||||||||||||||||   |||||||||||  | | |||||||||||||||||| |||||||||||  |||||||    
T  4775858 attttagatatgcatcaaagtaattgtttctcgataatccacttaaaattatacttattgtggatgaagttagcgag 4775934  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #13
Raw Score: 66; E-Value: 3e-29
Query Start/End: Original strand, 18 - 197
Target Start/End: Original strand, 24917493 - 24917660
Alignment:
Q  18 agatacataaggatacttctaagatacttcacagatacgtatcctagaaaaagatgaagagtaaaaaagtgagacaatgttgtaaaaattcattatagat 117  Q
    ||||||| |||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||| | ||||||||||||| ||||||           || ||||    
T  24917493 agatacacaaggatacttataagatatttcacagatacgtatcctag-aaaagatgaaggggaaaaaagtgagacgatgttg-----------tagagat 24917580  T
Q  118 gtatatgattcaattttagatatgcatcaatagaattgtttctcagtgaaccacttaaaattatacttcttgtggatgaa 197  Q
    ||  | ||||||||||||||||| ||| | ||||||||||||||  |||||||||||||||||| |||||| ||||||||    
T  24917581 gttaaagattcaattttagatatacattagtagaattgtttctcgatgaaccacttaaaattattcttcttatggatgaa 24917660  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #14
Raw Score: 66; E-Value: 3e-29
Query Start/End: Original strand, 15 - 179
Target Start/End: Complemental strand, 47923116 - 47922951
Alignment:
Q  15 cacagatacataaggatacttctaagatacttcacagatacgtatcctagaaaaaga-tgaagagtaaaaaagtgagacaatgttgtaaaaattcattat 113  Q
    |||||||||| || ||||||||||||||||||||||  ||| |||| || ||||| | |||||||||| ||||||| | ||||||||||||| ||  ||     
T  47923116 cacagatacacaatgatacttctaagatacttcacatttacatatcttaaaaaaaaaatgaagagtaacaaagtgacataatgttgtaaaaactctgtag 47923017  T
Q  114 agatgtatatgattcaattttagatatgcatcaatagaattgtttctcagtgaaccacttaaaatt 179  Q
    ||||  |||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||   ||||||| ||||||||    
T  47923016 agatccatatgattcaattttagatacgcatcaataaaattgtttcttgatgaaccagttaaaatt 47922951  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #15
Raw Score: 64; E-Value: 4e-28
Query Start/End: Original strand, 65 - 224
Target Start/End: Original strand, 6008208 - 6008367
Alignment:
Q  65 aaaaagatgaagagtaaaaaagtgagacaatgttgtaaaaattcattatagatgtatatgattcaattttagatatgcatcaatagaattgtttctcagt 164  Q
    |||||||||| ||||||||||||||| |||| |  |||| ||| |  | ||| | ||||||||||||| |||||||| || | ||||||||||||||  |    
T  6008208 aaaaagatgaggagtaaaaaagtgaggcaatttgttaaacatttaggagagagggatatgattcaattatagatatgtataactagaattgtttctcgat 6008307  T
Q  165 gaaccacttaaaattatacttcttgtggatgaacatagcgagggacgtgattcagttaat 224  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| ||  || |||| || ||||||||||||||    
T  6008308 gaaccacttaaaattatacttcttgtggataaaagtaacgagagaggtgattcagttaat 6008367  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #16
Raw Score: 59; E-Value: 4e-25
Query Start/End: Original strand, 40 - 130
Target Start/End: Complemental strand, 2243004 - 2242914
Alignment:
Q  40 gatacttcacagatacgtatcctagaaaaagatgaagagtaaaaaagtgagacaatgttgtaaaaattcattatagatgtatatgattcaa 130  Q
    ||||||||||| |||  ||||||| |||| |||||| |||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  2243004 gatacttcacatatatatatcctaaaaaatgatgaacagtaaaaaagtgagacaatgttataaaaatttattatagatgtatatgattcaa 2242914  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #17
Raw Score: 58; E-Value: 2e-24
Query Start/End: Original strand, 37 - 131
Target Start/End: Complemental strand, 53014936 - 53014846
Alignment:
Q  37 taagatacttcacagatacgtatcctagaaaaagatgaagagtaaaaaagtgagacaatgttgtaaaaattcattatagatgtatatgattcaat 131  Q
    |||||||||||||| |||||||||||| |||||    | || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  53014936 taagatacttcacaaatacgtatcctaaaaaaa----atgattaaaaaagtgagacaatgttgtaaaaattcattatagatgtatatgactcaat 53014846  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #18
Raw Score: 53; E-Value: 2e-21
Query Start/End: Original strand, 17 - 101
Target Start/End: Original strand, 24913807 - 24913890
Alignment:
Q  17 cagatacataaggatacttctaagatacttcacagatacgtatcctagaaaaagatgaagagtaaaaaagtgagacaatgttgta 101  Q
    |||||||| |||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||| | ||||||||||||| ||||||||    
T  24913807 cagatacacaaggatacttataagatatttcacagatacgtatcctag-aaaagatgaaggggaaaaaagtgagacgatgttgta 24913890  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #19
Raw Score: 53; E-Value: 2e-21
Query Start/End: Original strand, 29 - 161
Target Start/End: Complemental strand, 35823742 - 35823611
Alignment:
Q  29 gatacttctaagatacttcacagatacgtatcctagaaaaagatgaagagtaaaaaagtgagacaatgttgtaaaaattcattatagatgtatatgattc 128  Q
    ||||||| |||||||||||| |||| | |||| ||||||| ||||||| |||| |||||||||||||||||| ||||   |||  | |||||||| ||||    
T  35823742 gatacttataagatacttcaaagatgcctatcgtagaaaa-gatgaagggtaagaaagtgagacaatgttgtgaaaaaatattggaaatgtatataattc 35823644  T
Q  129 aattttagatatgcatcaatagaattgtttctc 161  Q
    ||||||||||||| || | ||||||||||||||    
T  35823643 aattttagatatgaattagtagaattgtttctc 35823611  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #20
Raw Score: 52; E-Value: 6e-21
Query Start/End: Original strand, 15 - 178
Target Start/End: Original strand, 23241801 - 23241962
Alignment:
Q  15 cacagatacataaggatacttctaagatacttcacagatacgtatcctagaaaaagatgaagagtaaaaaagtgagacaatgttgtaaaaattcattata 114  Q
    |||| |||||||||||||||| || ||||||| |||| ||||||| |||| |||||||| || |||||||||| ||| |||||| |||||||||  |  |    
T  23241801 cacaaatacataaggatacttatatgatactttacagttacgtattctag-aaaagatg-agtgtaaaaaagtaagataatgttataaaaattcgatgga 23241898  T
Q  115 gatgtatatgattcaattttagatatgcatcaatagaattgtttctcagtgaaccacttaaaat 178  Q
    |||| ||||| ||| |||||||||||   |   ||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  23241899 gatgcatatgtttcgattttagatataattttgtagaattgtttttcagtgaaccacttaaaat 23241962  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #21
Raw Score: 49; E-Value: 4e-19
Query Start/End: Original strand, 15 - 135
Target Start/End: Original strand, 45661792 - 45661911
Alignment:
Q  15 cacagatacataaggatacttctaagatacttcacagatacgtatcctagaaaaagatgaagagtaaaaaagtgagacaatgttgtaaaaattcattata 114  Q
    |||| ||||| || ||||||| || ||||||||| |||||  ||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |       
T  45661792 cacatatacacaatgatacttttacgatacttcaaagatatctatcctataaaa-gatgaagagtaaaaaagtgagacaatgttgtgaaaattcagtggg 45661890  T
Q  115 gatgtatatgattcaatttta 135  Q
     | ||||||||||||||||||    
T  45661891 aacgtatatgattcaatttta 45661911  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #22
Raw Score: 48; E-Value: 1e-18
Query Start/End: Original strand, 126 - 197
Target Start/End: Original strand, 1052368 - 1052439
Alignment:
Q  126 ttcaattttagatatgcatcaatagaattgtttctcagtgaaccacttaaaattatacttcttgtggatgaa 197  Q
    |||||||||| |||||||||| ||||||||||||||  | ||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  1052368 ttcaattttacatatgcatcactagaattgtttctcgattaaccacttaaaattatatttcttgtggatgaa 1052439  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #23
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000001
Query Start/End: Original strand, 66 - 176
Target Start/End: Complemental strand, 28102126 - 28102017
Alignment:
Q  66 aaaagatgaagagtaaaaaagtgagacaatgttgtaaaaattcattatagatgtatatgattcaattttagatatgcatcaatagaattgtttctcagtg 165  Q
    ||||||||||| |||||||| |||||| ||||| | |||||||| |  |||||||||| ||||||||||| ||||| || | || |||||||||||  ||    
T  28102126 aaaagatgaagggtaaaaaa-tgagacgatgttatgaaaattcagttgagatgtatattattcaattttatatatgaataagtaaaattgtttctcgatg 28102028  T
Q  166 aaccacttaaa 176  Q
    |||||||||||    
T  28102027 aaccacttaaa 28102017  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #24
Raw Score: 42; E-Value: 0.000000000000006
Query Start/End: Original strand, 124 - 197
Target Start/End: Complemental strand, 7208583 - 7208510
Alignment:
Q  124 gattcaattttagatatgcatcaatagaattgtttctcagtgaaccacttaaaattatacttcttgtggatgaa 197  Q
    |||||||||| |||  ||||||||||||||||||| ||  | |||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  7208583 gattcaatttcagacgtgcatcaatagaattgtttttcgataaaccacttgaaattatacttcttgtggatgaa 7208510  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #25
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000002
Query Start/End: Original strand, 30 - 94
Target Start/End: Complemental strand, 7208656 - 7208592
Alignment:
Q  30 atacttctaagatacttcacagatacgtatcctagaaaaagatgaagagtaaaaaagtgagacaa 94  Q
    |||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||   |||| |||||||||||    
T  7208656 atacttataagatacttcacagatacatatcctagaaaaagatgaaagataaacaagtgagacaa 7208592  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #26
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000002
Query Start/End: Original strand, 29 - 156
Target Start/End: Complemental strand, 43770722 - 43770594
Alignment:
Q  29 gatacttctaagatacttcacagatacgtatcctagaaaaaga-tgaagagtaaaaaagtgagacaatgttgtaaaaattcattatagatgtatatgatt 127  Q
    ||||||| ||||||| |||||||| ||||| | | |||||| | | ||| ||||||| |||||||  |||||| |||||||| |  ||||||||||||||    
T  43770722 gatacttataagatatttcacagagacgtaacttggaaaaaaaataaagggtaaaaatgtgagactgtgttgtgaaaattcaatgaagatgtatatgatt 43770623  T
Q  128 caattttagatatgcatcaatagaattgt 156  Q
    |||||| ||||||| |||| || ||||||    
T  43770622 caatttaagatatgaatcactacaattgt 43770594  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #27
Raw Score: 35; E-Value: 0.00000000009
Query Start/End: Original strand, 28 - 158
Target Start/End: Complemental strand, 22199029 - 22198899
Alignment:
Q  28 ggatacttctaagatacttcacagatacgtatcctagaaaaagatgaagagtaaaaaagtgagacaatgttgtaaaaattcattatagatgtatatgatt 127  Q
    |||||||| |||||||||| ||||| |||||||  | |||||  | ||| |||||||||||||    ||||||||||||| | |  ||||||||||||||    
T  22199029 ggatacttataagatactttacagagacgtatcgaaaaaaaaactaaagggtaaaaaagtgaggttgtgttgtaaaaattaaatgaagatgtatatgatt 22198930  T
Q  128 caattttagatatgcatcaatagaattgttt 158  Q
    |||||| ||| | | |||| || ||||||||    
T  22198929 caatttaagacacgaatcactataattgttt 22198899  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #28
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000005
Query Start/End: Original strand, 169 - 225
Target Start/End: Complemental strand, 2242899 - 2242841
Alignment:
Q  169 cacttaaaattatacttcttgtggatgaacatagc--gagggacgtgattcagttaatc 225  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||||||||  ||| ||  ||||||||||||||    
T  2242899 cacttaaaattatacttcttgtagatgaacatagcaagagagagatgattcagttaatc 2242841  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #29
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 81 - 135
Target Start/End: Original strand, 21619576 - 21619630
Alignment:
Q  81 aaaaagtgagacaatgttgtaaaaattcattatagatgtatatgattcaatttta 135  Q
    ||||||||||||||  |||| |||||||| |  ||||||||||||||||||||||    
T  21619576 aaaaagtgagacaactttgtgaaaattcaatgaagatgtatatgattcaatttta 21619630  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #30
Raw Score: 30; E-Value: 0.00000008
Query Start/End: Original strand, 66 - 107
Target Start/End: Complemental strand, 4110307 - 4110266
Alignment:
Q  66 aaaagatgaagagtaaaaaagtgagacaatgttgtaaaaatt 107  Q
    |||||||||||||||||||||||  |||||||||| ||||||    
T  4110307 aaaagatgaagagtaaaaaagtggtacaatgttgtgaaaatt 4110266  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 139; Significance: 7e-73; HSPs: 26)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 139; E-Value: 7e-73
Query Start/End: Original strand, 15 - 225
Target Start/End: Complemental strand, 31513787 - 31513577
Alignment:
Q  15 cacagatacataaggatacttctaagatacttcacagatacgtatcctagaaaaagatgaagagtaaaaaagtgagacaatgttgtaaaaattcattata 114  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  31513787 cacagatacacaaggatacttctaagatacttcacagacacgtatcctagaaaaagatgaggagtaaaaaagtgagacaatgttgtaaaaatttattata 31513688  T
Q  115 gatgtatatgattcaattttagatatgcatcaatagaattgtttctcagtgaaccacttaaaattatacttcttgtggatgaacatagcgagggacgtga 214  Q
    | ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||| || |||||||||||||| |  ||||||| | || |||| || ||||    
T  31513687 ggtgtatatgactcaattttagatatgcatcaatagaattgtttctcgatgaaacagttaaaattatacttatgttggatgatcgtaacgagagatgtga 31513588  T
Q  215 ttcagttaatc 225  Q
    |||||||||||    
T  31513587 ttcagttaatc 31513577  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 134; E-Value: 7e-70
Query Start/End: Original strand, 15 - 225
Target Start/End: Original strand, 17116201 - 17116413
Alignment:
Q  15 cacagatacataaggatacttctaagatacttcacagatacgtat--cctagaaaaagatgaagagtaaaaaagtgagacaatgttgtaaaaattcatta 112  Q
    |||||||||| ||| ||||||||||||||||||||| | ||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||    
T  17116201 cacagatacacaagaatacttctaagatacttcacatacacgtatatcctagaaaaagatgaagagtaaaaaagtgagataatgttgtaaaaattcttta 17116300  T
Q  113 tagatgtatatgattcaattttagatatgcatcaatagaattgtttctcagtgaaccacttaaaattatacttcttgtggatgaacatagcgagggacgt 212  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||| ||  |||| |||||||||||||||||||||||||||||| || |||| || ||    
T  17116301 tagatgtatatgactcaattttagatatgcatcaatagaattatttttcgatgaaacacttaaaattatacttcttgtggatgaacgtaacgagagatgt 17116400  T
Q  213 gattcagttaatc 225  Q
    |||| ||||||||    
T  17116401 gatttagttaatc 17116413  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 134; E-Value: 7e-70
Query Start/End: Original strand, 40 - 225
Target Start/End: Original strand, 50726630 - 50726815
Alignment:
Q  40 gatacttcacagatacgtatcctagaaaaagatgaagagtaaaaaagtgagacaatgttgtaaaaattcattatagatgtatatgattcaattttagata 139  Q
    ||||||||||||| ||||||  |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  50726630 gatacttcacagacacgtattatagaaaaagaagaagagtaaaaaagtgagacaatgttgtaaaaattcattatagatgtatatgactcaattttagata 50726729  T
Q  140 tgcatcaatagaattgtttctcagtgaaccacttaaaattatacttcttgtggatgaacatagcgagggacgtgattcagttaatc 225  Q
    ||| ||||||||||||||||||  |||| | |||||||||||||||||||||||||||| ||||||| || |||||||||||||||    
T  50726730 tgcgtcaatagaattgtttctcgatgaaacgcttaaaattatacttcttgtggatgaacgtagcgagagatgtgattcagttaatc 50726815  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 124; E-Value: 7e-64
Query Start/End: Original strand, 19 - 225
Target Start/End: Original strand, 40693887 - 40694094
Alignment:
Q  19 gatacataaggatacttctaagatacttcacagatacgtatcctagaaaaagatgaag-agtaaaaaagtgagacaatgttgtaaaaattcattatagat 117  Q
    |||||| ||| ||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  40693887 gatacacaagaatacttctaagatacttcacagaaacgtattctagaaaaatatgaaggagtaaaaaagtgagacaatgttgtaaaaattcattattgat 40693986  T
Q  118 gtatatgattcaattttagatatgcatcaatagaattgtttctcagtgaaccacttaaaattatacttcttgtggatgaacatagcgagggacgtgattc 217  Q
    |||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||| ||  |||| |||||||||||||||||||| ||||||||   |||||| || || ||||    
T  40693987 gtatatgactcaatattagatatgcatcaatagaattgtttttcgatgaaacacttaaaattatacttcttttggatgaatgcagcgagagatgtcattc 40694086  T
Q  218 agttaatc 225  Q
    ||||||||    
T  40694087 agttaatc 40694094  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 117; E-Value: 1e-59
Query Start/End: Original strand, 17 - 197
Target Start/End: Original strand, 13558438 - 13558617
Alignment:
Q  17 cagatacataaggatacttctaagatacttcacagatacgtatcctagaaaaagatgaagagtaaaaaagtgagacaatgttgtaaaaattcattataga 116  Q
    |||||||| ||||||| || || ||||||||||| ||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||  ||    
T  13558438 cagatacacaaggataattata-gatacttcacatatatgtatcctaaaaaaagatgaagagtaaaaaagtgagacaatgttgtaaacattcaataggga 13558536  T
Q  117 tgtatatgattcaattttagatatgcatcaatagaattgtttctcagtgaaccacttaaaattatacttcttgtggatgaa 197  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  13558537 tgtatatgattcaattttagatatgcatcactaaaattgtttctcgatgaaccacttaaaattatacttcttgtggatgaa 13558617  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 116; E-Value: 4e-59
Query Start/End: Original strand, 18 - 197
Target Start/End: Original strand, 14286975 - 14287154
Alignment:
Q  18 agatacataaggatacttctaagatacttcacagatacgtatcctagaaaaagatgaagagtaaaaaagtgagacaatgttgtaaaaattcattatagat 117  Q
    ||||||| || ||||||| ||||||||||| || ||| ||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||  | ||||    
T  14286975 agatacacaatgatacttataagatacttcgcatatatgtatcctagaaaaagatgaagggaaaaaaagtgagacaatgttgtaaaaattcaggagagat 14287074  T
Q  118 gtatatgattcaattttagatatgcatcaatagaattgtttctcagtgaaccacttaaaattatacttcttgtggatgaa 197  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||| | |||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14287075 gtatatgatgcaattttagatatgcattagtagaattgtttcacggtgaaccacttaaaattatacttcttgtggatgaa 14287154  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #7
Raw Score: 115; E-Value: 2e-58
Query Start/End: Original strand, 15 - 197
Target Start/End: Complemental strand, 38683091 - 38682909
Alignment:
Q  15 cacagatacataaggatacttctaagatacttcacagatacgtatcctagaaaaagatgaagagtaaaaaagtgagacaatgttgtaaaaattcattata 114  Q
    |||| |||||||| ||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||| ||| | |||||||||| |||| | |  |    
T  38683091 cacatatacataaagatacttctaaaatacttcacagatatgtatcctagaaaaagatgaagggtaaaaaaatgaaataatgttgtaacaatttagtgga 38682992  T
Q  115 gatgtatatgattcaattttagatatgcatcaatagaattgtttctcagtgaaccacttaaaattatacttcttgtggatgaa 197  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  | ||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  38682991 gatgtatatgattcaattttagatatgcatcaatagaattgtttctcgattaaccacttaaaattataattcttgtggatgaa 38682909  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #8
Raw Score: 114; E-Value: 6e-58
Query Start/End: Original strand, 17 - 225
Target Start/End: Original strand, 41827636 - 41827837
Alignment:
Q  17 cagatacataaggatacttctaagatacttcacagatacgtatcctagaaaaagatgaagagtaaaaaagtgagacaatgttgtaaaaattcattataga 116  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||      ||||||||||||||||| ||    
T  41827636 cagatacacaaggatacttctaagatacttcacagacacgtattctagaaaaagatgaagagtaaaaaagtgag------ttgtaaaaattcattattga 41827729  T
Q  117 tgtatatgattcaattttagatatgcatcaatagaattgtttctcagtgaaccacttaaaattatacttcttgtggatgaacatagcgagggacgtgatt 216  Q
     |||||||| ||||||||| ||||| || |||||||||| |||||| |||| ||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||  | ||||||    
T  41827730 ggtatatgactcaattttatatatgtatgaatagaattgattctcaatgaaacacttaaaattatactt-ttgtggatgaacgtagcgagaaatgtgatt 41827828  T
Q  217 cagttaatc 225  Q
    |||||||||    
T  41827829 cagttaatc 41827837  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #9
Raw Score: 98; E-Value: 2e-48
Query Start/End: Original strand, 29 - 197
Target Start/End: Complemental strand, 11767801 - 11767630
Alignment:
Q  29 gatacttctaagatacttcacagatacgtatcctagaaaaagatgaagagtaaaaaagtgagacaatgttgtaaaaattcattatagatgtatatgattc 128  Q
    ||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||  ||  ||| ||||||||||    
T  11767801 gatacttataagatacttcagagatacgtatcctagaaaaagatgaagagtaaaaatgtgagacaatgttgtaaaaattcggtagcgatatatatgattc 11767702  T
Q  129 aattttagatatgcatcaatagaattgtttctcagtgaaccacttaaaa---ttatacttcttgtggatgaa 197  Q
    |||||||||||||||| | ||||||| ||||||  | ||||||||||||   |||||||||||| |||||||    
T  11767701 aattttagatatgcataactagaattttttctcgattaaccacttaaaattattatacttcttgcggatgaa 11767630  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #10
Raw Score: 88; E-Value: 2e-42
Query Start/End: Original strand, 15 - 197
Target Start/End: Original strand, 4966637 - 4966818
Alignment:
Q  15 cacagatacataaggatacttctaagatacttcacagatacgtatcctagaaaaaga-tgaagagtaaaaaagtgagacaatgttgtaaaaattcattat 113  Q
    |||| ||||| |||||||||| |||||||||| ||| ||| |||||||||||||| | ||||| |||| ||||||||||||| |||||||| |||| |||    
T  4966637 cacaaatacacaaggatacttataagatactttacatatatgtatcctagaaaaaaaatgaagggtaataaagtgagacaatattgtaaaa-ttcactat 4966735  T
Q  114 agatgtatatgattcaattttagatatgcatcaatagaattgtttctcagtgaaccacttaaaattatacttcttgtggatgaa 197  Q
    |||| |||||||||||||||||||||| ||||  ||||||||||||||  ||||| |||||||| |||||||||||||||||||    
T  4966736 agatatatatgattcaattttagatatacatctgtagaattgtttctcgatgaacaacttaaaa-tatacttcttgtggatgaa 4966818  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #11
Raw Score: 78; E-Value: 2e-36
Query Start/End: Original strand, 15 - 197
Target Start/End: Complemental strand, 4973251 - 4973068
Alignment:
Q  15 cacagatacataaggatacttctaagatacttcacagatacgtatcctagaaaaaga--tgaagagtaaaaaagtgagacaatgttgtaaaaattcatta 112  Q
    |||| ||||| || ||||||| |||||||||| ||| ||| |||||||||||||| |  ||||| | || ||||||||||||| ||||||||||||| |     
T  4973251 cacaaatacacaaagatacttataagatactttacatatatgtatcctagaaaaaaaaatgaagggcaataaagtgagacaatattgtaaaaattcagtg 4973152  T
Q  113 tagatgtatatgattcaattttagatatgcatcaatagaattgtttctcagtgaaccacttaaaattatacttcttgtggatgaa 197  Q
     |||| |||||||||||||||||||||| ||||  ||||||||||||||  ||||| |||||||| |||||||||||||||||||    
T  4973151 gagatatatatgattcaattttagatatacatctgtagaattgtttctcgatgaacaacttaaaa-tatacttcttgtggatgaa 4973068  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #12
Raw Score: 76; E-Value: 3e-35
Query Start/End: Original strand, 30 - 194
Target Start/End: Original strand, 16122756 - 16122921
Alignment:
Q  30 atacttctaagatacttcacagatacgtatcctagaa--aaagatgaagagtaaaaaagtgagacaatgttgtaaaaattcattatagatgtatatgatt 127  Q
    |||||| |||||||||||||| ||||||||| ||| |  ||| |||||| ||||||||||||||||||||||| ||| ||||||  | ||||||||||||    
T  16122756 atacttataagatacttcacatatacgtatcataggacaaaaaatgaagggtaaaaaagtgagacaatgttgtgaaa-ttcattggaaatgtatatgatt 16122854  T
Q  128 caattttagatatgcatcaatagaattgtttctcagtgaaccacttaaaattatacttcttgtggat 194  Q
    ||||||||||||||||||| || ||||||||||   |||||||||| |||||| |||||||| ||||    
T  16122855 caattttagatatgcatcagtataattgtttcttgatgaaccacttcaaattacacttcttgcggat 16122921  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #13
Raw Score: 73; E-Value: 2e-33
Query Start/End: Original strand, 18 - 154
Target Start/End: Original strand, 10443522 - 10443657
Alignment:
Q  18 agatacataaggatacttctaagatacttcacagatacgtatcctagaaaaagatgaagagtaaaaaagtgagacaatgttgtaaaaattcattatagat 117  Q
    ||||||| ||||||||||| ||||||||| ||| ||| ||||||||||||| |||||||  ||||||||||||| ||||||||| |||| || || ||||    
T  10443522 agatacacaaggatacttccaagatactttacatatatgtatcctagaaaa-gatgaagtataaaaaagtgagagaatgttgtagaaatccagtagagat 10443620  T
Q  118 gtatatgattcaattttagatatgcatcaatagaatt 154  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||    
T  10443621 gtatatgattcaattttagatattcatcagtagaatt 10443657  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #14
Raw Score: 70; E-Value: 1e-31
Query Start/End: Original strand, 120 - 225
Target Start/End: Complemental strand, 25294700 - 25294595
Alignment:
Q  120 atatgattcaattttagatatgcatcaatagaattgtttctcagtgaaccacttaaaattatacttcttgtggatgaacatagcgagggacgtgattcag 219  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||  | || ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||  | |||||||||    
T  25294700 atatgattcaattttagatatgcatcaatagaagtgtttctcgataaaacacttaaaattatactttttgtggatgaacatagcgagatatgtgattcag 25294601  T
Q  220 ttaatc 225  Q
    ||||||    
T  25294600 ttaatc 25294595  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #15
Raw Score: 67; E-Value: 7e-30
Query Start/End: Original strand, 15 - 141
Target Start/End: Original strand, 13643769 - 13643894
Alignment:
Q  15 cacagatacataaggatacttctaagatacttcacagatacgtatcctagaaaaagatgaagagtaaaaaagtgagacaatgttgtaaaaattcattata 114  Q
    |||| ||||| |||||||||| |||| ||||||||| | ||||||| ||  ||||||||||| | ||||||||||||||| |||||||||||||| || |    
T  13643769 cacatatacacaaggatacttgtaaggtacttcacatacacgtatcataagaaaagatgaaggg-aaaaaagtgagacaacgttgtaaaaattcaataga 13643867  T
Q  115 gatgtatatgattcaattttagatatg 141  Q
    |||||||||||||||||||||||||||    
T  13643868 gatgtatatgattcaattttagatatg 13643894  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #16
Raw Score: 56; E-Value: 3e-23
Query Start/End: Original strand, 18 - 197
Target Start/End: Original strand, 270890 - 271067
Alignment:
Q  18 agatacataaggatacttctaagatacttcacagatacgtatcctagaaaaagatgaagagtaaaaaagtgagacaatgttgtaaaaattcattatagat 117  Q
    ||||||| ||| |||||| ||||||| |||||| || || ||| ||||||| |||||||  |||||  || |||||||||||| |||||||  |  ||||    
T  270890 agatacacaagaatacttataagatatttcacaaatgcgcatcttagaaaa-gatgaaggataaaag-gtaagacaatgttgtgaaaattcgatggagat 270987  T
Q  118 gtatatgattcaattttagatatgcatcaatagaattgtttctcagtgaaccacttaaaattatacttcttgtggatgaa 197  Q
     |||||||||||||||||||||| ||||| || |||| ||||||  |||| ||||||||||||||||  |||||||||||    
T  270988 atatatgattcaattttagatatacatcagtataattctttctctatgaatcacttaaaattatactatttgtggatgaa 271067  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #17
Raw Score: 51; E-Value: 2e-20
Query Start/End: Original strand, 37 - 182
Target Start/End: Complemental strand, 30902511 - 30902365
Alignment:
Q  37 taagatacttcacagatacgtatcctagaaaaagatgaagagtaaaaaagtgagacaatg---ttgtaaaaattcattatagatgtatatgattcaattt 133  Q
    |||||||||||| |||||| ||| | |||||| ||||||  || |||||||||||||||    |||| |||||||| |  ||||||||||||||||||||    
T  30902511 taagatacttcatagatacatataccagaaaa-gatgaactgttaaaaagtgagacaataattttgtgaaaattcaatggagatgtatatgattcaattt 30902413  T
Q  134 tagatatgcatcaatagaattgtttctcagtgaaccacttaaaattata 182  Q
    || |||||||||| ||| | |||| |||| |||||||||||||||||||    
T  30902412 taaatatgcatcagtag-actgttcctcaatgaaccacttaaaattata 30902365  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #18
Raw Score: 48; E-Value: 1e-18
Query Start/End: Original strand, 30 - 158
Target Start/End: Complemental strand, 46594385 - 46594253
Alignment:
Q  30 atacttctaagatacttcacagatacgtatcct----agaaaaagatgaagagtaaaaaagtgagacaatgttgtaaaaattcattatagatgtatatga 125  Q
    |||||| |||||||||||||||| || ||||||    | ||||| ||||||  ||||||| |||||| ||||||| |||||||| |  ||||||||||||    
T  46594385 atacttataagatacttcacagagacatatcctgaagaaaaaaaaatgaagtataaaaaaatgagactatgttgtgaaaattcaatggagatgtatatga 46594286  T
Q  126 ttcaattttagatatgcatcaatagaattgttt 158  Q
    |||||||| ||||||| |||| || ||||||||    
T  46594285 ttcaatttaagatatgaatcactataattgttt 46594253  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #19
Raw Score: 46; E-Value: 2e-17
Query Start/End: Original strand, 30 - 158
Target Start/End: Complemental strand, 22791245 - 22791116
Alignment:
Q  30 atacttctaagatacttcacagatacgtatcctagaaaaagatgaagagtaaaaaag-tgagacaatgttgtaaaaattcattatagatgtatatgattc 128  Q
    |||||| |||| ||||||||| | ||||||||| |||||| |||||| ||||||||  ||||||  |||||| |||||||| |  | |||||||||||||    
T  22791245 atacttataagttacttcacaaagacgtatcctggaaaaaaatgaagtgtaaaaaaaatgagactgtgttgtgaaaattcaatggatatgtatatgattc 22791146  T
Q  129 aattttagatatgcatcaatagaattgttt 158  Q
    ||||| ||||||| |||| || ||||||||    
T  22791145 aatttaagatatgaatcactacaattgttt 22791116  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #20
Raw Score: 46; E-Value: 2e-17
Query Start/End: Original strand, 29 - 158
Target Start/End: Original strand, 50709492 - 50709624
Alignment:
Q  29 gatacttctaagatacttcacagatacgtatcct--agaaaaagatgaagagtaaaaaag-tgagacaatgttgtaaaaattcattatagatgtatatga 125  Q
    ||||||| ||||||| || ||||| |||||||||  | ||||| |||||| ||||||||  ||||||| |||||| |||||||| |  ||||||||||||    
T  50709492 gatacttataagatattttacagagacgtatcctgaaaaaaaaaatgaagtgtaaaaaaaatgagacagtgttgtgaaaattcaatggagatgtatatga 50709591  T
Q  126 ttcaattttagatatgcatcaatagaattgttt 158  Q
    |||||||| ||||||| |||| || ||||||||    
T  50709592 ttcaatttaagatatgaatcattataattgttt 50709624  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #21
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000002
Query Start/End: Original strand, 30 - 146
Target Start/End: Original strand, 29488210 - 29488325
Alignment:
Q  30 atacttctaagatacttcacagatacgtatcctagaaaaagatgaagagtaaaaaagtgagacaatgttgtaaaaattcattatagatgtatatgattca 129  Q
    |||||| ||||||||||||| |||||||||||| |||||| |||||| |  ||||||||||||  |||||| |||||| | |  |||||||||||||| |    
T  29488210 atacttataagatacttcactgatacgtatcctggaaaaa-atgaagggggaaaaagtgagactttgttgtgaaaatttagtggagatgtatatgattaa 29488308  T
Q  130 attttagatatgcatca 146  Q
     ||| ||||||| ||||    
T  29488309 gtttaagatatgtatca 29488325  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #22
Raw Score: 40; E-Value: 0.00000000000009
Query Start/End: Original strand, 78 - 197
Target Start/End: Complemental strand, 51899041 - 51898922
Alignment:
Q  78 gtaaaaaagtgagacaatgttgtaaaaattcattatagatgtatatgattcaattttagatatgcatcaatagaattgtttctcagtgaaccacttaaaa 177  Q
    ||||||||  ||||||| ||||| |||||||  |  | ||||||||||||  |||||||| ||||| | ||| |||||||||||  ||||||||  ||||    
T  51899041 gtaaaaaacggagacaaagttgtgaaaattcggtgaaaatgtatatgattttattttagacatgcaccgatataattgtttctcgatgaaccaccgaaaa 51898942  T
Q  178 ttatacttcttgtggatgaa 197  Q
    ||| ||||||||||||||||    
T  51898941 ttacacttcttgtggatgaa 51898922  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #23
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000003
Query Start/End: Original strand, 120 - 197
Target Start/End: Original strand, 40032690 - 40032768
Alignment:
Q  120 atatgattcaattttagatatgcatcaatagaattgttt-ctcagtgaaccacttaaaattatacttcttgtggatgaa 197  Q
    |||||||||||||||| |||||| |||||| |||||||| |  | |||| ||||||||||||||||||||||| |||||    
T  40032690 atatgattcaattttatatatgcgtcaatataattgtttaccaaatgaatcacttaaaattatacttcttgtgaatgaa 40032768  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #24
Raw Score: 37; E-Value: 0.000000000005
Query Start/End: Original strand, 41 - 141
Target Start/End: Original strand, 781830 - 781929
Alignment:
Q  41 atacttcacagatacgtatcctagaaaaagatgaagagtaaaaaagtgagacaatgttgtaaaaattcattatagatgtatatgattcaattttagatat 140  Q
    ||||||||||||||  ||| |||| ||| ||||||   ||||||  |||||||||||||| |||||||| |  | |||||||||||||||||||||||||    
T  781830 atacttcacagataattatactaggaaa-gatgaaagttaaaaatttgagacaatgttgtgaaaattcaatgaatatgtatatgattcaattttagatat 781928  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #25
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000003
Query Start/End: Original strand, 15 - 95
Target Start/End: Original strand, 40032600 - 40032683
Alignment:
Q  15 cacagatacataaggatacttctaagata---cttcacagatacgtatcctagaaaaagatgaagagtaaaaaagtgagacaat 95  Q
    |||||||| | ||||||||||||||||||   ||||| |||||| ||| ||||||| ||||| || |||||||| |||||||||    
T  40032600 cacagatatacaaggatacttctaagatacttcttcatagatacatattctagaaagagatgtagggtaaaaaaatgagacaat 40032683  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #26
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000003
Query Start/End: Original strand, 65 - 158
Target Start/End: Complemental strand, 50461327 - 50461234
Alignment:
Q  65 aaaaagatgaagagtaaaaaagtgagacaatgttgtaaaaattcattatagatgtatatgattcaattttagatatgcatcaatagaattgttt 158  Q
    ||||| |||||| ||||| ||||||||  || | || |||||||| || ||||||||||| |||||||| ||||||| ||| ||| ||||||||    
T  50461327 aaaaaaatgaagggtaaagaagtgagattatatggtgaaaattcaatagagatgtatatggttcaatttaagatatgaatcgatataattgttt 50461234  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 137; Significance: 1e-71; HSPs: 23)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 137; E-Value: 1e-71
Query Start/End: Original strand, 26 - 225
Target Start/End: Complemental strand, 46979511 - 46979312
Alignment:
Q  26 aaggatacttctaagatacttcacagatacgtatcctagaaaaagatgaagagtaaaaaagtgagacaatgttgtaaaaattcattatagatgtatatga 125  Q
    |||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  46979511 aaggatacttctaaaatacttcaaagatacgtatcctagaaaaagatgaagagtaaaaaagtgagacaacgttgtaaaaattcattatagatgtataaga 46979412  T
Q  126 ttcaattttagatatgcatcaatagaattgttt-ctcagtgaaccacttaaaattatacttcttgtggatgaacatagcgagggacgtgattcagttaat 224  Q
    ||||||||||||||| ||| ||||||||||||| || | |||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| || |||||| |||||||    
T  46979411 ttcaattttagatatacattaatagaattgtttactga-tgaatcacttaaaattatacttcttgtggatgaacgtagcgagagaggtgatttagttaat 46979313  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 136; E-Value: 5e-71
Query Start/End: Original strand, 15 - 225
Target Start/End: Complemental strand, 7629364 - 7629156
Alignment:
Q  15 cacagatacataaggatacttctaagatacttcacagatacgtatcctagaaaaagatgaagagtaaaaaagtgagacaatgttgtaaaaattcattata 114  Q
    |||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||  | ||||||||||||||||| | ||||||||  |||||||||||||||||||||||| |||    
T  7629364 cacatatacacaaggatacttctaagatacttcacagaagcatatcctagaaaaagatgcacagtaaaaa--tgagacaatgttgtaaaaattcataata 7629267  T
Q  115 gatgtatatgattcaattttagatatgcatcaatagaattgtttctcagtgaaccacttaaaattatacttcttgtggatgaacatagcgagggacgtga 214  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||| |||||||||||||||||||||||||||| || |||||| || ||||    
T  7629266 gatgtatatgactcaattttagatatgcatcaatagaattgtttctcgatgaaacacttaaaattatacttcttgtggatgaccacagcgagagatgtga 7629167  T
Q  215 ttcagttaatc 225  Q
    |||||||||||    
T  7629166 ttcagttaatc 7629156  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 117; E-Value: 1e-59
Query Start/End: Original strand, 18 - 194
Target Start/End: Original strand, 29324037 - 29324213
Alignment:
Q  18 agatacataaggatacttctaagatacttcacagatacgtatcctagaaaaagatgaagagtaaaaaagtgagacaatgttgtaaaaattcattatagat 117  Q
    ||||||| || ||||||||||  |||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||| || ||||    
T  29324037 agatacacaatgatacttctactatacttcacaaatacgtatcctaaaaaaagatgaagagtaaaaaagtgaggcaatgttgtaaaacttcaataaagat 29324136  T
Q  118 gtatatgattcaattttagatatgcatcaatagaattgtttctcagtgaaccacttaaaattatacttcttgtggat 194  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||  ||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  29324137 gtatatcattcaattttagatatgcatcaatataattgtttctcgatgaaccacttaaaattatatttcttgtggat 29324213  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 112; E-Value: 1e-56
Query Start/End: Original strand, 18 - 225
Target Start/End: Complemental strand, 27164193 - 27163988
Alignment:
Q  18 agatacataaggatacttctaagatacttcacagatacgtatcctagaaaaagatgaagagtaaaaaagtgagacaatgttgtaaaaattcattatagat 117  Q
    ||||||| |||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||| | ||||||||||||||| |||||| ||||||| || ||||    
T  27164193 agatacacaaggatacttataagatacttcacatatacgtatcctagaaaa-gatgaaggg-aaaaaagtgagacaacgttgtagaaattcagtagagat 27164096  T
Q  118 gtatatgattcaattttagatatgcatcaatagaattgtttctcagtgaaccacttaaaattatacttcttgtggatgaacatagcgagggacgtgattc 217  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||  ||||||||||||| ||||||||||| ||||||||  || |||| || |||||||    
T  27164095 gtatatgattcaattttagatatgcatcaatataattatttctcgatgaaccacttaaatttatacttcttatggatgaaggtaacgagagaggtgattc 27163996  T
Q  218 agttaatc 225  Q
    | ||||||    
T  27163995 aattaatc 27163988  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 108; E-Value: 2e-54
Query Start/End: Original strand, 58 - 225
Target Start/End: Original strand, 45472595 - 45472762
Alignment:
Q  58 atcctagaaaaagatgaagagtaaaaaagtgagacaatgttgtaaaaattcattatagatgtatatgattcaattttagatatgcatcaatagaattgtt 157  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  45472595 atcctataaaaagatgaagagtaaaaaagttagacaatgttgtaaacattcaatagagatgtatatgattcaattttagatatgcatcactagaattgtt 45472694  T
Q  158 tctcagtgaaccacttaaaattatacttcttgtggatgaacatagcgagggacgtgattcagttaatc 225  Q
    ||||  |||| ||| |||||||||||||||||||||||||  || |||| || |||||||||||||||    
T  45472695 tctcgatgaatcacgtaaaattatacttcttgtggatgaaggtaacgagagaggtgattcagttaatc 45472762  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 96; E-Value: 3e-47
Query Start/End: Original strand, 43 - 206
Target Start/End: Original strand, 36504803 - 36504964
Alignment:
Q  43 acttcacagatacgtatcctagaaaaagatgaagagtaaaaaagtgagacaatgttgtaaaaattcattatagatgtatatgattcaattttagatatgc 142  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| | |||| ||  |||||||||| |||||||||||||||||    
T  36504803 acttcacagatacgtatcctagaaaaagatgaagagtaaacaagtgagacaatgttgtaaca-ttcagtag-gatgtatatggttcaattttagatatgc 36504900  T
Q  143 atcaatagaattgtttctcagtgaaccacttaaaattatacttcttgtggatgaacatagcgag 206  Q
    |||| ||||||||||||||  ||||||| |||||||| |||||||| |||||||| ||| ||||    
T  36504901 atcactagaattgtttctcgatgaaccaattaaaattctacttcttatggatgaagataacgag 36504964  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 95; E-Value: 1e-46
Query Start/End: Original strand, 15 - 181
Target Start/End: Original strand, 40614775 - 40614940
Alignment:
Q  15 cacagatacataaggatacttctaagatacttcacagatacgtatcctagaaaaagatgaagagtaaaaaagtgagacaatgttgtaaaaattcattata 114  Q
    |||||||||| || ||||||| |||||||||||| ||||||||||| ||||||| ||||||  |||||||||||||||||| |||||||||||||||| |    
T  40614775 cacagatacacaaagatacttataagatacttcatagatacgtatcttagaaaa-gatgaaaggtaaaaaagtgagacaatattgtaaaaattcattaga 40614873  T
Q  115 gatgtatatgattcaattttagatatgcatcaatagaattgtttctcagtgaaccacttaaaattat 181  Q
    |||||||||| ||||||||||||||| ||||| |||| |||||||||  ||||||||||||| ||||    
T  40614874 gatgtatatggttcaattttagatatacatcattagagttgtttctcgatgaaccacttaaatttat 40614940  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 92; E-Value: 8e-45
Query Start/End: Original strand, 18 - 225
Target Start/End: Complemental strand, 38489893 - 38489686
Alignment:
Q  18 agatacataaggatacttctaagatacttcacagata--cgtatcctagaaaaagatgaagagtaaaaaagtgagacaatgttgtaaaaattcattatag 115  Q
    ||||||| || ||||||| ||||||| |||||| |||  ||||||||| |||||  |||| ||||||||||||| | ||||||||||| ||||| || ||    
T  38489893 agatacacaatgatacttataagatatttcacacatatacgtatcctaaaaaaa--tgaatagtaaaaaagtgatataatgttgtaaacattcagtagag 38489796  T
Q  116 atgtatatgattcaattttagatatgcatcaatagaattgtttctcagtgaaccacttaaaattatacttcttgtggatgaacatagcgagggacgtgat 215  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| | || |||||||||||  |||||||||||||||||||||||||| |||||||  || |||| ||  ||||    
T  38489795 atgtatatgattcaattttagatatgcataactataattgtttctcgatgaaccacttaaaattatacttcttgcggatgaaagtaacgagagagttgat 38489696  T
Q  216 tcagttaatc 225  Q
    ||||||||||    
T  38489695 tcagttaatc 38489686  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #9
Raw Score: 86; E-Value: 3e-41
Query Start/End: Original strand, 56 - 194
Target Start/End: Original strand, 32835231 - 32835370
Alignment:
Q  56 gtatcctagaaaaagatgaagagtaaaaaagtgagacaatgttgtaaaaattcattatagatgtatatgatt--caattttagatatgcatcaatagaat 153  Q
    ||||| ||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||| |  ||||||||||||||  ||||||||||||||||| ||||||||    
T  32835231 gtatcttagaaaaagatgaagggtaaaaa-gtgagacaatgttgtaaaaattcagttgagatgtatatgattttcaattttagatatgcattaatagaat 32835329  T
Q  154 tgtttctcagtgaaccacttaaaattatacttcttgtggat 194  Q
    |||| |||| |||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  32835330 tgttgctcaatgaaccacttaaaattatacttattgtggat 32835370  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #10
Raw Score: 80; E-Value: 1e-37
Query Start/End: Original strand, 26 - 197
Target Start/End: Complemental strand, 52204283 - 52204113
Alignment:
Q  26 aaggatacttctaagatacttcacagatacgtatcctagaaaaagatgaagagtaaaaaagtgagacaatgttgtaaaaattcattatagatgtatatga 125  Q
    |||||||||| ||||||| |||||| ||||||||||||||||  ||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||| | || | ||||||||||    
T  52204283 aaggatacttataagatatttcacaaatacgtatcctagaaat-gatgaagggtaagaaagtgagacaatgttgtaaaaatttagtagaaatgtatatga 52204185  T
Q  126 ttcaattttagatatgcatcaatagaattgtttctcagtgaaccacttaaaattatacttcttgtggatgaa 197  Q
     ||||||||| ||||| || | || ||||||||| |  ||||| |||||||||||||||| |||||||||||    
T  52204184 atcaattttaaatatgaatgagtaaaattgtttcccgatgaactacttaaaattatacttattgtggatgaa 52204113  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #11
Raw Score: 77; E-Value: 7e-36
Query Start/End: Original strand, 40 - 223
Target Start/End: Complemental strand, 20179174 - 20178995
Alignment:
Q  40 gatacttcacagatacgtatcctagaaaaagatgaagagtaaaaaagtgagacaatgttgtaaaaattcattatagatgtatatgattcaattttagata 139  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||| | ||||| |||||||||||||||| |||||||  |  |||||||||||||||||||||||||    
T  20179174 gatacttcacagaaacgtatcctagaaaa-gatgaaggggaaaaa-gtgagacaatgttgtagaaattcagga--gatgtatatgattcaattttagata 20179079  T
Q  140 tgcatcaatagaattgtttctcagtgaaccacttaaaattatacttcttgtggatgaacatagcgagggacgtgattcagttaa 223  Q
    || |||| | |||||||||||   ||||||||||||||||||| ||||| ||||||||  || |||| || |||||||| ||||    
T  20179078 tgtatcagttgaattgtttcttgatgaaccacttaaaattatatttcttatggatgaatgtaacgagagaggtgattcaattaa 20178995  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #12
Raw Score: 76; E-Value: 3e-35
Query Start/End: Original strand, 15 - 174
Target Start/End: Complemental strand, 20369415 - 20369258
Alignment:
Q  15 cacagatacataaggatacttctaagatacttcacagatacgtatcctagaaaaagatgaagagtaaaaaagtgagacaatgttgtaaaaattcattata 114  Q
    |||||||||| |||||||||| ||||||| |||||| |||| |||||| ||||| ||| ||| |||||||||||| |||||||||| |||||| |||  |    
T  20369415 cacagatacacaaggatacttataagatatttcacatatacatatccttgaaaa-gattaagggtaaaaaagtgatacaatgttgtgaaaattaatttga 20369317  T
Q  115 gatgtatatgattcaattttagatatgcatcaatagaattgtttctcagtgaaccactta 174  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||  |||| ||||||    
T  20369316 gatgtatatgattcaattttagat-tgcatcaatataattgtttctcgatgaatcactta 20369258  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #13
Raw Score: 70; E-Value: 1e-31
Query Start/End: Original strand, 15 - 197
Target Start/End: Complemental strand, 52695732 - 52695550
Alignment:
Q  15 cacagatacataaggatacttctaagatacttcacagatacgtatcctagaaaaagatgaagagtaaaaaagtgagacaatgttgtaaaaattcattata 114  Q
    |||| ||||| || ||| ||| ||||||| ||||||||||| ||||||| |||| ||||||| || ||||||||||||||| ||||||||||||  || |    
T  52695732 cacaaatacacaaagatgcttataagatatttcacagatacttatcctataaaa-gatgaagggtcaaaaagtgagacaattttgtaaaaattccgtaga 52695634  T
Q  115 gatgtatatgattcaattttagatatgcatcaatagaattgtttctcagtgaac--cacttaaaattatacttcttgtggatgaa 197  Q
    ||||| |||| ||||||||||||||||||||| ||||||| |||||   |||||  |||||||| |||| |||||||||||||||    
T  52695633 gatgtgtatggttcaattttagatatgcatcattagaattatttcttgatgaaccacacttaaatttat-cttcttgtggatgaa 52695550  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #14
Raw Score: 64; E-Value: 4e-28
Query Start/End: Original strand, 18 - 197
Target Start/End: Original strand, 20619218 - 20619396
Alignment:
Q  18 agatacataaggatacttctaagatacttcacagatacgtatcctagaaaaagatgaagagtaaaaaagtgagacaatgttgtaaaaattcattatagat 117  Q
    ||||||| ||||||| || |||||||||||| | ||| |||| ||||||||  ||  || |||||||||| | |||||||||| |||||||| |  | ||    
T  20619218 agatacacaaggatatttataagatacttcaaatatatgtattctagaaaat-atatagggtaaaaaagtcaaacaatgttgtgaaaattcagtggaaat 20619316  T
Q  118 gtatatgattcaattttagatatgcatcaatagaattgtttctcagtgaaccacttaaaattatacttcttgtggatgaa 197  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| | || |||| ||| ||  | ||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  20619317 gtatatgattcaattttagatatgcataagtataattatttttcgatcaaccacttaaaattatatttcttgtggatgaa 20619396  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #15
Raw Score: 55; E-Value: 1e-22
Query Start/End: Original strand, 15 - 109
Target Start/End: Complemental strand, 51241434 - 51241341
Alignment:
Q  15 cacagatacataaggatacttctaagatacttcacagatacgtatcctagaaaaagatgaagagtaaaaaagtgagacaatgttgtaaaaattca 109  Q
    |||||||||| || ||||||| ||||||||||||||   ||||||||||||||| ||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  51241434 cacagatacacaaagatacttataagatacttcacattaacgtatcctagaaaa-gatgatgggtaaaaaagtgagacaatgttgtaaaaattca 51241341  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #16
Raw Score: 52; E-Value: 6e-21
Query Start/End: Original strand, 18 - 176
Target Start/End: Original strand, 35296380 - 35296536
Alignment:
Q  18 agatacataaggatacttctaagatacttcacagatac--gtatcctagaaaaagatgaagagtaaaaaagtgagacaatgttgtaaaaattcattatag 115  Q
    ||||||| || ||||||| |||||||||||  ||||||  ||||| ||||||| ||||||| |||||||||||||||||| | |   ||||||| || ||    
T  35296380 agatacacaatgatacttataagatacttcctagatacatgtatcatagaaaa-gatgaagtgtaaaaaagtgagacaatatag---aaattcagtagag 35296475  T
Q  116 atgtatatgattcaattttagatatgcatcaatagaattgtttctcagtgaaccacttaaa 176  Q
    || |||| ||||||||||||||||||||| | || |||||||||||  |||| ||||||||    
T  35296476 atatatacgattcaattttagatatgcataagtataattgtttctcgatgaatcacttaaa 35296536  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #17
Raw Score: 50; E-Value: 1e-19
Query Start/End: Original strand, 16 - 109
Target Start/End: Complemental strand, 17064023 - 17063930
Alignment:
Q  16 acagatacataaggatacttctaagatacttcacagatacgtatcctagaaaaagatgaagagtaaaaaagtgagacaatgttgtaaaaattca 109  Q
    ||||||||| |||||||||| |||||||||| | | |||||||||||| ||||| |||||||||| |||||||||| ||||||| ||| |||||    
T  17064023 acagatacacaaggatacttataagatactttaaatatacgtatcctacaaaaacatgaagagtagaaaagtgagagaatgttgcaaacattca 17063930  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #18
Raw Score: 46; E-Value: 2e-17
Query Start/End: Original strand, 29 - 177
Target Start/End: Complemental strand, 24611617 - 24611468
Alignment:
Q  29 gatacttctaagatacttcacagatacgtatcctag-aaaaagatgaagagtaaaaaagtgagacaatgttgtaaaaattcattatagatgtatatgatt 127  Q
    ||||||| || |||||| |||||| ||||||||| | ||||| |||||| ||||||||||||||   |||||| |||| ||| |  ||||||||||||||    
T  24611617 gatacttgtacgatactacacagagacgtatcctgggaaaaaaatgaagggtaaaaaagtgagattgtgttgtgaaaaatcaatggagatgtatatgatt 24611518  T
Q  128 caattttagatatgcatcaatagaattgtttctcagtgaaccacttaaaa 177  Q
    |||||| | ||||| |||| || |||||||| ||| | ||||| ||||||    
T  24611517 caatttaatatatgaatcactataattgtttttcaattaaccaattaaaa 24611468  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #19
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000001
Query Start/End: Original strand, 15 - 135
Target Start/End: Complemental strand, 39615207 - 39615095
Alignment:
Q  15 cacagatacataaggatacttctaagatacttcacagatacgtatcctagaaaaagatgaagagtaaaaaagtgagacaatgttgtaaaaattcattata 114  Q
    |||||||||| || ||||||| |||||||||||||| ||||||||| ||| ||||||||||| ||||||       | |||||||||||||||||  | |    
T  39615207 cacagatacacaatgatacttataagatacttcacaaatacgtatcttag-aaaagatgaagggtaaaa-------ataatgttgtaaaaattcagaaga 39615116  T
Q  115 gatgtatatgattcaatttta 135  Q
    ||||||| |||||||||||||    
T  39615115 gatgtatgtgattcaatttta 39615095  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #20
Raw Score: 42; E-Value: 0.000000000000006
Query Start/End: Original strand, 29 - 158
Target Start/End: Original strand, 47014226 - 47014357
Alignment:
Q  29 gatacttctaagatacttcacagatacgtatccta-gaa--aaagatgaagagtaaaaaagtgagacaatgttgtaaaaattcattatagatgtatatga 125  Q
    ||||||| |||||||||||||| | |||||||||| |||  ||| || | ||||||||||||||||  ||||||| |||||||| |  ||||||||||||    
T  47014226 gatacttataagatacttcacaaagacgtatcctaagaagaaaaaataaggagtaaaaaagtgagaatatgttgtgaaaattcaatgaagatgtatatga 47014325  T
Q  126 ttcaattttagatatgcatcaatagaattgttt 158  Q
    ||||| |||||||||  |||| || ||||||||    
T  47014326 ttcaa-tttagatataaatcattataattgttt 47014357  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #21
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000003
Query Start/End: Original strand, 88 - 182
Target Start/End: Complemental strand, 52204057 - 52203963
Alignment:
Q  88 gagacaatgttgtaaaaattcattatagatgtatatgattcaattttagatatgcatcaatagaattgtttctcagtgaaccacttaaaattata 182  Q
    |||||||||||||||||||| | || | |||||||||| ||||||||| ||||| || | || ||||||||| |  ||||| |||||||||||||    
T  52204057 gagacaatgttgtaaaaatttagtagaaatgtatatgaatcaattttaaatatgaatgagtaaaattgtttcccgatgaactacttaaaattata 52203963  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #22
Raw Score: 30; E-Value: 0.00000008
Query Start/End: Original strand, 29 - 90
Target Start/End: Original strand, 2111391 - 2111452
Alignment:
Q  29 gatacttctaagatacttcacagatacgtatcctagaaaaagatgaagagtaaaaaagtgag 90  Q
    ||||||| |||||||||||| ||| ||||||||| | |||| |||||| |||||||| ||||    
T  2111391 gatacttataagatacttcatagagacgtatcctgggaaaaaatgaagtgtaaaaaaatgag 2111452  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #23
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 15 - 55
Target Start/End: Original strand, 32834947 - 32834987
Alignment:
Q  15 cacagatacataaggatacttctaagatacttcacagatac 55  Q
    |||| ||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  32834947 cacatatacacaaggatacttctaagatacttcacaaatac 32834987  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 131; Significance: 4e-68; HSPs: 27)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 131; E-Value: 4e-68
Query Start/End: Original strand, 40 - 206
Target Start/End: Complemental strand, 42794918 - 42794752
Alignment:
Q  40 gatacttcacagatacgtatcctagaaaaagatgaagagtaaaaaagtgagacaatgttgtaaaaattcattatagatgtatatgattcaattttagata 139  Q
    ||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||    
T  42794918 gatacttcacaaacacgtatcctagaaaaagatgaagagtaaaaaagtgagacaatgttgtaaaaattcattatagatgtatgtgactcaattttagata 42794819  T
Q  140 tgcatcaatagaattgtttctcagtgaaccacttaaaattatacttcttgtggatgaacatagcgag 206  Q
    ||||||||||||||||||||||  |||| ||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||    
T  42794818 tgcatcaatagaattgtttctcgatgaaacacttaaaattatacttattgtggatgaacgtagcgag 42794752  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 118; E-Value: 3e-60
Query Start/End: Original strand, 40 - 221
Target Start/End: Original strand, 41323867 - 41324048
Alignment:
Q  40 gatacttcacagatacgtatcctagaaaaagatgaagagtaaaaaagtgagacaatgttgtaaaaattcattatagatgtatatgattcaattttagata 139  Q
    ||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||    
T  41323867 gatacttcacatatatgtatcctagaaaaagatgaacggtaaaaaagtgagacaatgttgtaaaaattcagtagagatgtatatgattcaattttagata 41323966  T
Q  140 tgcatcaatagaattgtttctcagtgaaccacttaaaattatacttcttgtggatgaacatagcgagggacgtgattcagtt 221  Q
    ||||||| || |||||||||||  |||||| |||||||||||||||||||||||||||  || |||| || |||||||||||    
T  41323967 tgcatcagtaaaattgtttctcgatgaaccgcttaaaattatacttcttgtggatgaaggtaacgagagaggtgattcagtt 41324048  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 115; E-Value: 2e-58
Query Start/End: Original strand, 15 - 197
Target Start/End: Original strand, 7017788 - 7017970
Alignment:
Q  15 cacagatacataaggatacttctaagatacttcacagatacgtatcctagaaaaagatgaagagtaaaaaagtgagacaatgttgtaaaaattcattata 114  Q
    |||| ||||| || |||| || |||||||||||||| ||| || |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| || |    
T  7017788 cacaaatacacaaagatatttataagatacttcacatatatgtttcctagaaaaagatgaagggtaaaaaagtgagacaatgttgtaaaaattcagtaga 7017887  T
Q  115 gatgtatatgattcaattttagatatgcatcaatagaattgtttctcagtgaaccacttaaaattatacttcttgtggatgaa 197  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||   ||||||||||||||  | ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7017888 gatgtatatgattcaattttagatatgcatgggtagaattgtttctcgataaaccacttaaaattatacttcttgtggatgaa 7017970  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 113; E-Value: 2e-57
Query Start/End: Original strand, 17 - 193
Target Start/End: Complemental strand, 38221781 - 38221605
Alignment:
Q  17 cagatacataaggatacttctaagatacttcacagatacgtatcctagaaaaagatgaagagtaaaaaagtgagacaatgttgtaaaaattcattataga 116  Q
    |||||||| ||||||| ||  ||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||| || |||    
T  38221781 cagatacacaaggatatttacaagatacttcacatatatgtatcctagaaaaagatgaagagtaaaagagtgagacaatgttgtaaacattcaatagaga 38221682  T
Q  117 tgtatatgattcaattttagatatgcatcaatagaattgtttctcagtgaaccacttaaaattatacttcttgtgga 193  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||   |||| |||||||||||||||||||||||||    
T  38221681 tgtatatgattcaattttggatatgcatcactagaattgtttcttgatgaatcacttaaaattatacttcttgtgga 38221605  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 104; E-Value: 6e-52
Query Start/End: Original strand, 18 - 197
Target Start/End: Original strand, 17328663 - 17328842
Alignment:
Q  18 agatacataaggatacttctaagatacttcacagatacgtatcctagaaaaagatgaagagtaaaaaagtgagacaatgttgtaaaaattcattatagat 117  Q
    ||||||| || ||||||| |||||||||||||| ||| ||||||||| ||||||||||| ||| ||||||||||||| ||||||||||||||  | ||||    
T  17328663 agatacacaatgatacttataagatacttcacatatatgtatcctaggaaaagatgaagcgtagaaaagtgagacaaggttgtaaaaattcaggagagat 17328762  T
Q  118 gtatatgattcaattttagatatgcatcaatagaattgtttctcagtgaaccacttaaaattatacttcttgtggatgaa 197  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| | | |||||||||| | | |||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  17328763 gtatatgattcaattttagatatgcattagtcgaattgtttcacggggaaccacttaaagttatacttcttgtggatgaa 17328842  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #6
Raw Score: 98; E-Value: 2e-48
Query Start/End: Original strand, 16 - 197
Target Start/End: Complemental strand, 37273078 - 37272897
Alignment:
Q  16 acagatacataaggatacttctaagatacttcacagatacgtatcctagaaaaagatgaagagtaaaaaagtgagacaatgttgtaaaaattcattatag 115  Q
    ||||||||| || ||||||| ||||||| |||||| ||| |||  ||| | |||||||||  |||||||||| ||||||||||||||||||||| || ||    
T  37273078 acagatacacaatgatacttgtaagatatttcacatatatgtaatctaaacaaagatgaaaggtaaaaaagtaagacaatgttgtaaaaattcagtagag 37272979  T
Q  116 atgtatatgattcaattttagatatgcatcaatagaattgtttctcagtgaaccacttaaaattatacttcttgtggatgaa 197  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||| ||  |||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  37272978 atgtatatgattcaattttagacatgcatcaataaaattgtttttcgatgaaccacttaaaattatacttctcgtggatgaa 37272897  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #7
Raw Score: 96; E-Value: 3e-47
Query Start/End: Original strand, 15 - 181
Target Start/End: Original strand, 35298388 - 35298555
Alignment:
Q  15 cacagatacataaggatacttctaagatacttcacagatacgtatcctagaaaaa-gatgaagagtaaaaaagtgagacaatgttgtaaaaattcattat 113  Q
    |||||||||| || |||| || |||||||||||||| |||||||| ||||||||| ||| ||  |||||||||||||||||||||||||||||||| ||     
T  35298388 cacagatacacaaagatatttataagatacttcacatatacgtattctagaaaaaagataaaaggtaaaaaagtgagacaatgttgtaaaaattcagtag 35298487  T
Q  114 agatgtatatgattcaattttagatatgcatcaatagaattgtttctcagtgaaccacttaaaattat 181  Q
    |||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||  ||||||||||||||||||    
T  35298488 agatgtatataattcaattttagaaatgcatcaatagaattatttctcgatgaaccacttaaaattat 35298555  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #8
Raw Score: 93; E-Value: 2e-45
Query Start/End: Original strand, 30 - 225
Target Start/End: Complemental strand, 11562877 - 11562685
Alignment:
Q  30 atacttctaagatacttcacagatacgtatcctagaaaaagatgaagagtaaaaaagtgagacaatgttgtaaaaattcattatagatgtatatgattca 129  Q
    |||||| |||||||||||||| |||||||| | |||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||| || |||| |||||||||||    
T  11562877 atacttataagatacttcacaaatacgtattcgagaaaa-gatgaagggtaaaaaagtgagacaatgttgtagaaattcagtagagatatatatgattca 11562779  T
Q  130 attttagatatgcatcaatagaattgtttctcagtgaaccacttaaaattatacttcttgtggatgaacatagcgagggacgtgattcagttaatc 225  Q
    ||||| |||||| ||||  | |||||||||||  | ||||||||||||||||||||||||| |||||| ||| |||| || |||||||| ||||||    
T  11562778 attttggatatgaatca--acaattgtttctcgataaaccacttaaaattatacttcttgtagatgaaaataacgagagaggtgattcaattaatc 11562685  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #9
Raw Score: 89; E-Value: 5e-43
Query Start/End: Original strand, 29 - 197
Target Start/End: Original strand, 30485559 - 30485726
Alignment:
Q  29 gatacttctaagatacttcacagatacgtatcctagaaaaagatgaagagtaaaaaagtgagacaatgttgtaaaaattcattatagatgtatatgattc 128  Q
    ||||||| ||||||| |||||| ||| |||| |||||||| ||||||  |||||||||||||| |||| | |||||||||| || |||||| | || |||    
T  30485559 gatacttataagatatttcacaaatatgtattctagaaaa-gatgaaaggtaaaaaagtgagataatgctctaaaaattcagtagagatgtgtgtggttc 30485657  T
Q  129 aattttagatatgcatcaatagaattgtttctcagtgaaccacttaaaattatacttcttgtggatgaa 197  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  30485658 aattttagatatgcatcattagaattgtttctcggtgaaccacttaaatttatacttcttgtggatgaa 30485726  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #10
Raw Score: 87; E-Value: 8e-42
Query Start/End: Original strand, 15 - 197
Target Start/End: Original strand, 36467161 - 36467342
Alignment:
Q  15 cacagatacataaggatacttctaagatacttcacagatacgtatcctagaaaaagatgaagagtaaaaaagtgagacaatgttgtaaaaattcattata 114  Q
    |||||||||| || ||||||| |||||||||||||||||| |||  ||||| |  ||||| | |||| ||||||||||||||||||||||||||| |  |    
T  36467161 cacagatacacaaagatacttataagatacttcacagatatgtaaactagagat-gatgacgggtaagaaagtgagacaatgttgtaaaaattcagttga 36467259  T
Q  115 gatgtatatgattcaattttagatatgcatcaatagaattgtttctcagtgaaccacttaaaattatacttcttgtggatgaa 197  Q
     ||||||||||||||||||||||||||||| | || |||||||||||  ||||||||||||||||||  ||||||||||||||    
T  36467260 aatgtatatgattcaattttagatatgcataagtaaaattgtttctcgatgaaccacttaaaattatgattcttgtggatgaa 36467342  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #11
Raw Score: 86; E-Value: 3e-41
Query Start/End: Original strand, 15 - 157
Target Start/End: Original strand, 38140535 - 38140681
Alignment:
Q  15 cacagatacataaggatacttctaagatacttcacagatacgtatcctagaaaaagatgaagagtaaaaaagtgagacaatgttgtaaaaattcattata 114  Q
    |||| ||||| || |||| ||| ||||||||||||| ||||||||||||  ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||    
T  38140535 cacacatacacaatgatatttccaagatacttcacatatacgtatcctaagaaaagatgaagagtaaaaatgtgagacaatgttgtaagaattcattata 38140634  T
Q  115 ----gatgtatatgattcaattttagatatgcatcaatagaattgtt 157  Q
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  38140635 gattgatgtatatgattcaattttagatatgcatcaatataattgtt 38140681  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #12
Raw Score: 77; E-Value: 7e-36
Query Start/End: Original strand, 26 - 197
Target Start/End: Complemental strand, 16496953 - 16496782
Alignment:
Q  26 aaggatacttctaagatacttcacagatacgtatcctagaaaaagatgaagagtaaaaaa-gtgagacaatgttgtaaaaattcattatagatgtatatg 124  Q
    |||||||||  |||||||||| ||| ||| ||||||||||||| ||| |||||||||||| ||| ||||||||||| |||||||| |  |||||||||||    
T  16496953 aaggatactaataagatacttaacatatatgtatcctagaaaa-gataaagagtaaaaaaagtgggacaatgttgtgaaaattcaatgaagatgtatatg 16496855  T
Q  125 attcaattttagatatgcatcaatagaattgtttctcagtgaaccacttaaaattatacttcttgtggatgaa 197  Q
    |||||||||||||| || |||| || |||||||||||  |||||||||||||| |||| || |||||||||||    
T  16496854 attcaattttagatgtgaatcagtaaaattgtttctcgatgaaccacttaaaagtatattttttgtggatgaa 16496782  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #13
Raw Score: 77; E-Value: 7e-36
Query Start/End: Original strand, 18 - 154
Target Start/End: Original strand, 40498537 - 40498672
Alignment:
Q  18 agatacataaggatacttctaagatacttcacagatacgtatcctagaaaaagatgaagagtaaaaaagtgagacaatgttgtaaaaattcattatagat 117  Q
    ||||||| ||||||| || |||||||||||| | ||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||| || ||||    
T  40498537 agatacacaaggatatttataagatacttcatatatacgtatcctaggaaaagatgaagagtataaaagtgagacaatgttgtaaacattcagtagagat 40498636  T
Q  118 gtatatgattcaattttagatatgcatcaatagaatt 154  Q
    ||||| ||||||| ||| ||||||||||| |||||||    
T  40498637 gtatacgattcaa-tttcgatatgcatcactagaatt 40498672  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #14
Raw Score: 75; E-Value: 1e-34
Query Start/End: Original strand, 17 - 139
Target Start/End: Original strand, 40363767 - 40363889
Alignment:
Q  17 cagatacataaggatacttctaagatacttcacagatacgtatcctagaaaaagatgaagagtaaaaaagtgagacaatgttgtaaaaattcattataga 116  Q
    |||||||| || ||||||| ||| ||||||||||||||| |||||||||||||||  ||||| |||||||||||||||||||||||| ||||| || |||    
T  40363767 cagatacacaatgatacttttaaaatacttcacagatacttatcctagaaaaagaaaaagagcaaaaaagtgagacaatgttgtaaacattcagtaaaga 40363866  T
Q  117 tgtatatgattcaattttagata 139  Q
    ||| |||||||||||||||||||    
T  40363867 tgtgtatgattcaattttagata 40363889  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #15
Raw Score: 67; E-Value: 7e-30
Query Start/End: Original strand, 91 - 197
Target Start/End: Complemental strand, 30382903 - 30382797
Alignment:
Q  91 acaatgttgtaaaaattcattatagatgtatatgattcaattttagatatgcatcaatagaattgtttctcagtgaaccacttaaaattatacttcttgt 190  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||| |||  |||| |||||||||| ||||| ||||||||||||||  ||||||||||||| |||||||||||||    
T  30382903 acaatgttgtaaaaattcattagagatgtgtattgttcacttttagatatacatcattagaattgtttctcgatgaaccacttaaatttatacttcttgt 30382804  T
Q  191 ggatgaa 197  Q
    |||||||    
T  30382803 ggatgaa 30382797  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #16
Raw Score: 66; E-Value: 3e-29
Query Start/End: Original strand, 117 - 206
Target Start/End: Original strand, 40498676 - 40498765
Alignment:
Q  117 tgtatatgattcaattttagatatgcatcaatagaattgtttctcagtgaaccacttaaaattatacttcttgtggatgaacatagcgag 206  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||| ||||    
T  40498676 tgtatatgattcaattttagatatgcatcactagaattgtttctcgatgaaccacttaaaattatacttcttttggatgaagataacgag 40498765  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #17
Raw Score: 56; E-Value: 3e-23
Query Start/End: Original strand, 66 - 197
Target Start/End: Complemental strand, 38558765 - 38558636
Alignment:
Q  66 aaaagatgaagagtaaaaaagtgagacaatgttgtaaaaattcattatagatgtatatgattcaattttagatatgcatcaatagaattgtttctcagtg 165  Q
    ||||||||||  ||||||||||||||||  ||||| |||||| |||  |||| |||  |||||||||||||||||  |||| || ||||||||||| |||    
T  38558765 aaaagatgaaaggtaaaaaagtgagacagagttgtgaaaatttattgaagatatatc-gattcaattttagatatatatcagtataattgtttctc-gtg 38558668  T
Q  166 aaccacttaaaattatacttcttgtggatgaa 197  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  38558667 aaccacttaaaattacacttcttgtggatgaa 38558636  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #18
Raw Score: 56; E-Value: 3e-23
Query Start/End: Original strand, 66 - 197
Target Start/End: Original strand, 44364274 - 44364403
Alignment:
Q  66 aaaagatgaagagtaaaaaagtgagacaatgttgtaaaaattcattatagatgtatatgattcaattttagatatgcatcaatagaattgtttctcagtg 165  Q
    ||||||||||| |||||||||||||| | ||||||||||||||| || |||||| || | |||||||||||||| |||||| | ||||||||||| | ||    
T  44364274 aaaagatgaagggtaaaaaagtgagatagtgttgtaaaaattcagtagagatgtgtacggttcaattttagatacgcatcattggaattgtttct-aatg 44364372  T
Q  166 aaccacttaaaattatacttcttgtggatgaa 197  Q
    |||||| |||| ||||||||| | ||||||||    
T  44364373 aaccac-taaatttatacttcctctggatgaa 44364403  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #19
Raw Score: 47; E-Value: 6e-18
Query Start/End: Original strand, 40 - 134
Target Start/End: Original strand, 18561078 - 18561171
Alignment:
Q  40 gatacttcacagatacgtatcctagaaaaagatgaagagtaaaaaagtgagacaatgttgtaaaaattcattatagatgtatatgattcaatttt 134  Q
    ||||||||| ||||| |||||||| ||||  |||||||||||||||||||||||||||| | |||||||| |  | |||||||||||||||||||    
T  18561078 gatacttcaaagatatgtatcctataaaac-atgaagagtaaaaaagtgagacaatgttttgaaaattcagtggaaatgtatatgattcaatttt 18561171  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #20
Raw Score: 46; E-Value: 2e-17
Query Start/End: Original strand, 66 - 135
Target Start/End: Original strand, 21812975 - 21813044
Alignment:
Q  66 aaaagatgaagagtaaaaaagtgagacaatgttgtaaaaattcattatagatgtatatgattcaatttta 135  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |  | ||| ||||||||||||||||    
T  21812975 aaaagatgaagagtaaaaaagtgagacaatgttgtataaattcaatggaaatgaatatgattcaatttta 21813044  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #21
Raw Score: 46; E-Value: 2e-17
Query Start/End: Original strand, 26 - 127
Target Start/End: Original strand, 35428729 - 35428829
Alignment:
Q  26 aaggatacttctaagatacttcacagatacgtatcctagaaaaagatgaagagtaaaaaagtgagacaatgttgtaaaaattcattatagatgtatatga 125  Q
    ||||||||||  ||||||||||||| ||||||||| || |||| ||||||| ||||||||||||||||||| | | |||||||| |  ||||||||||||    
T  35428729 aaggatacttagaagatacttcacacatacgtatcttacaaaa-gatgaagggtaaaaaagtgagacaatgatctgaaaattcagtggagatgtatatga 35428827  T
Q  126 tt 127  Q
    ||    
T  35428828 tt 35428829  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #22
Raw Score: 42; E-Value: 0.000000000000006
Query Start/End: Original strand, 65 - 158
Target Start/End: Original strand, 3353116 - 3353209
Alignment:
Q  65 aaaaagatgaagagtaaaaaagtgagacaatgttgtaaaaattcattatagatgtatatgattcaattttagatatgcatcaatagaattgttt 158  Q
    ||||| ||||||||| |||||||||||| ||||||| |||||| | |  | |||||||||||||||||| ||||||| |||| || ||||||||    
T  3353116 aaaaaaatgaagagtcaaaaagtgagactatgttgtgaaaatttaatggaaatgtatatgattcaatttaagatatgaatcattataattgttt 3353209  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #23
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000002
Query Start/End: Original strand, 30 - 130
Target Start/End: Original strand, 30776645 - 30776744
Alignment:
Q  30 atacttctaagatacttcacagatacgtatcctagaaaaagatgaagagtaaaaaagtgagacaatgttgtaaaaattcattatagatgtatatgattca 129  Q
    |||||| ||||||||||||||| || ||||||| || |||  ||||| |||||||||||||||  |||| |||||||||| |  ||||||||||||||||    
T  30776645 atacttataagatacttcacagttaagtatccttgagaaat-tgaagggtaaaaaagtgagactgtgttataaaaattcaatcgagatgtatatgattca 30776743  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #24
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000003
Query Start/End: Original strand, 30 - 160
Target Start/End: Original strand, 2788872 - 2789001
Alignment:
Q  30 atacttctaagatacttcacagatacgtatcctagaaaaagatgaagagtaaaaaagtgagacaatgttgtaaaaattcattatagatgtatatgattca 129  Q
    |||||| || ||||||||||| |||| |||| ||||||| ||||||   ||||||||||||||||| |||| ||| || | |  | |||||||| |||||    
T  2788872 atacttatatgatacttcacacatacatatcatagaaaa-gatgaatgttaaaaaagtgagacaatattgtgaaagtttaatggaaatgtatatcattca 2788970  T
Q  130 attttagatatgcatcaatagaattgtttct 160  Q
    |||||| |||||||| | || ||||||||||    
T  2788971 attttaaatatgcattagtaaaattgtttct 2789001  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #25
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000001
Query Start/End: Original strand, 30 - 161
Target Start/End: Original strand, 26352561 - 26352689
Alignment:
Q  30 atacttctaagatacttcacagatacgtatcctagaaaaagatgaagagtaaaaaagtgagacaatgttgtaaaaattcattatagatgtatatgattca 129  Q
    |||||| |||||||||||||| | |||||||||| ||||   ||||  ||||||||||||| |  | |||| |||||||| |  |||||| |||||||||    
T  26352561 atacttataagatacttcacataaacgtatcctaaaaaa---tgaaaggtaaaaaagtgagtctgttttgtgaaaattcaatggagatgtgtatgattca 26352657  T
Q  130 attttagatatgcatcaatagaattgtttctc 161  Q
    |||| |||||||  ||| || |||||||||||    
T  26352658 atttaagatatgagtcactataattgtttctc 26352689  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #26
Raw Score: 37; E-Value: 0.000000000005
Query Start/End: Original strand, 157 - 225
Target Start/End: Original strand, 38140833 - 38140900
Alignment:
Q  157 ttctcagtgaaccacttaaaattatacttcttgtggatgaacatagcgagggacgtgattcagttaatc 225  Q
    |||||| |||||||||||| || ||||||||| ||||||||| ||||||| || |||||||||||||||    
T  38140833 ttctcaatgaaccacttaatat-atacttcttatggatgaacgtagcgagagaggtgattcagttaatc 38140900  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #27
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000002
Query Start/End: Original strand, 37 - 158
Target Start/End: Complemental strand, 43355890 - 43355765
Alignment:
Q  37 taagatacttcacagatacgtatcct-agaaaaagatgaagagtaaaaaag---tgagacaatgttgtaaaaattcattatagatgtatatgattcaatt 132  Q
    |||||||||||| ||| ||||||||| | ||||| |||||| ||||||||    ||||||  |||||| |||||||| |  ||||||||||||||||| |    
T  43355890 taagatacttcatagagacgtatcctgaaaaaaaaatgaagtgtaaaaaaaaaatgagactgtgttgtgaaaattcaatggagatgtatatgattcaagt 43355791  T
Q  133 ttagatatgcatcaatagaattgttt 158  Q
    | ||||||| |||| || ||||||||    
T  43355790 taagatatgaatcactataattgttt 43355765  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0495 (Bit Score: 89; Significance: 5e-43; HSPs: 1)
Name: scaffold0495
Description:

Target: scaffold0495; HSP #1
Raw Score: 89; E-Value: 5e-43
Query Start/End: Original strand, 39 - 191
Target Start/End: Original strand, 6137 - 6289
Alignment:
Q  39 agatacttcacagatacgtatcctagaaaaagatgaagagtaaaaaagtgagacaatgttgtaaaaattcattatagatgtatatgattcaattttagat 138  Q
    ||||| |||||| |||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||  || ||||||||||||||||||| |||||    
T  6137 agatatttcacatatacgtatccttcaaaaagatgaagagtaaaaaagtgagacaatgttgcaaacattcgatagagatgtatatgattcaattatagat 6236  T
Q  139 atgcatcaatagaattgtttctcagtgaaccacttaaaattatacttcttgtg 191  Q
    |||||| | ||||||||||| |   ||||||||||||||||||||||||||||    
T  6237 atgcataactagaattgttttttgatgaaccacttaaaattatacttcttgtg 6289  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0581 (Bit Score: 38; Significance: 0.000000000001; HSPs: 1)
Name: scaffold0581
Description:

Target: scaffold0581; HSP #1
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000001
Query Start/End: Original strand, 39 - 100
Target Start/End: Original strand, 10046 - 10106
Alignment:
Q  39 agatacttcacagatacgtatcctagaaaaagatgaagagtaaaaaagtgagacaatgttgt 100  Q
    ||||||||||||||| |||||||||| |||| || ||| |||||||||||||||||||||||    
T  10046 agatacttcacagatgcgtatcctag-aaaatataaagggtaaaaaagtgagacaatgttgt 10106  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0015 (Bit Score: 30; Significance: 0.00000008; HSPs: 1)
Name: scaffold0015
Description:

Target: scaffold0015; HSP #1
Raw Score: 30; E-Value: 0.00000008
Query Start/End: Original strand, 18 - 55
Target Start/End: Complemental strand, 38442 - 38405
Alignment:
Q  18 agatacataaggatacttctaagatacttcacagatac 55  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||    
T  38442 agatacataaggatacttataagatacttcagagatac 38405  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University