View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF15804_low_1 (Length: 1057)

Name: NF15804_low_1
Description: NF15804
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF15804_low_1
NF15804_low_1
[»] chr1 (1 HSPs)
chr1 (11-1041)||(6322003-6323036)


Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 833; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 833; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 11 - 1041
Target Start/End: Complemental strand, 6323036 - 6322003
Alignment:
Q  11 gatcacagaccaatatacacacgcttttcaaataccataatttcaatgtaaaaactatacaaagtgacaaccaacaaagttcaacatagtgaaatctcaa 110  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  6323036 gatcacagaccaatatacacacgcttttcaaataccatagttccaatgtaaaaactatacaaagtgacaaccaacaaatttcaacatagtgaaatctcaa 6322937  T
Q  111 accatnnnnnnnnnnnnnnnnnnccaagtagttagtatcacgatctgccaacaagtgctaacaaaggaactctttaccaagaattgcatgcacttctaga 210  Q
    |||||                  || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||  |||||||||||||||    
T  6322936 accataaaaaaggaaaaataaaaccgagtagttagtatcacgatctgccaacaagtgctaacaaatgaactctttaccaagaagagcatgcacttctaga 6322837  T
Q  211 acaacagattgatcatatttattctattttataataccaagcgaagtcatcaaccacaggcgcagcatctggatgcgcaaatatttttctcctcaaatca 310  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6322836 acaacagatttatcatatttattctattttataataccaagcgaagtcatcaaccacaggcgcagcatctggatgcgcaaatatttttctcctcaaatca 6322737  T
Q  311 cctctctcagaagaaaagtaatctgggatctgattaaatgcagcatggttaata---tcatgacctgccaaataagaggggaaaactaaattaatgaaat 407  Q
     |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||   |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6322736 tctctctcagaagaaaagtaatctgggatctgattaaatgcagcatggttaataatatcatgacctgccaaataagaggggaaaactaaattaatgaaat 6322637  T
Q  408 taaatctcttaaataaaagcccatgacagttcataattataaacggaaatgaaatgacacttaataatactccctccggatacatatataagcaaaatat 507  Q
     ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  6322636 gaaatctcttaaataaaagctcatgacagttcataattataaacggaaatgaaatgacacttaataatactccctccggatacatatataagcaaaagat 6322537  T
Q  508 tannnnnnnn-agattaattgaataactgatgtatctaaccaaatatatcggttgtttaatgcatctaaagnnnnnnntaattgtttatatatgagaccg 606  Q
    |          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||       ||||||||||||||||||||||    
T  6322536 tttttttttttagattaattgaataactgatgtatctaaccaaatatatcggttgtttaatgcatctaaagaaaaaa-taattgtttatatatgagaccg 6322438  T
Q  607 gaaagagtatattgctaaccttgagtagtttcagctgagtggtgcccatcagttgagcacatgttcatatgattattgttattatagtcaaaggacggaa 706  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6322437 gaaagagtatattgctaaccctgagtagtttcagctgagtggtgcccgtcagttgagcacgtgttcatatgattattgttattatagtcaaaggacggaa 6322338  T
Q  707 ataaaccatcatactgatcatctgactcatcccattgtgtgctaagatttgcttcattggatggaagaaaatgacacctctctagagaagttgtaactga 806  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||    
T  6322337 ataaaccatcatactgatcatctgactcatcccattgtgtgctaagatttgcttcattggatggaagaaaatgactcctctctagagaagttggaactga 6322238  T
Q  807 ctgaacaggctcaacttgaggatatggaatcatatagctacgatgttgagtctgtgaatattggagtgaagggggctcagtcttcatgaacccatatatg 906  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6322237 ctgaacaggctcaacttgaggatatggaatcatatagctacgatgttgagtctgtgaatattggagtgaagggggctcagtcttcatgaacccatatatg 6322138  T
Q  907 ggctcaaaagaagaggtttttggtgccatgtgaataccgaccatagggttatcatattcattaaactgattgtagctatgtggttcattaatatcctccc 1006  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6322137 ggctcaaaagaagaggtttttggtgccatgtgaataccgaccatagggttatcatattcattaaactgattgtagctatgtggttcattaatatcctccc 6322038  T
Q  1007 atggaggagacgaaggagacggcataggatatttt 1041  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  6322037 atggaggagacgaaggagatggcataggatatttt 6322003  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University