View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF15804_low_8 (Length: 530)

Name: NF15804_low_8
Description: NF15804
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF15804_low_8
NF15804_low_8
[»] chr1 (12 HSPs)
chr1 (47-514)||(3299786-3300260)
chr1 (50-514)||(43067465-43067938)
chr1 (50-514)||(43082897-43083370)
chr1 (50-514)||(43044053-43044526)
chr1 (267-514)||(43077342-43077589)
chr1 (265-514)||(45984447-45984696)
chr1 (266-514)||(38138614-38138862)
chr1 (265-514)||(7891706-7891955)
chr1 (289-514)||(50911742-50911967)
chr1 (51-195)||(43079800-43079944)
chr1 (49-127)||(38139001-38139079)
chr1 (288-444)||(40035520-40035676)
[»] chr4 (2 HSPs)
chr4 (51-514)||(4230525-4230991)
chr4 (291-414)||(19965381-19965504)
[»] chr6 (2 HSPs)
chr6 (266-514)||(7530013-7530261)
chr6 (267-514)||(7520476-7520723)
[»] chr8 (4 HSPs)
chr8 (264-514)||(4618965-4619215)
chr8 (294-514)||(4788214-4788434)
chr8 (294-514)||(4296746-4296966)
chr8 (47-147)||(4618739-4618837)
[»] chr5 (1 HSPs)
chr5 (333-514)||(16348492-16348673)
[»] chr2 (4 HSPs)
chr2 (290-514)||(33860136-33860360)
chr2 (291-423)||(16231484-16231616)
chr2 (297-423)||(34690149-34690275)
chr2 (297-423)||(34712561-34712687)


Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 260; Significance: 1e-144; HSPs: 12)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 260; E-Value: 1e-144
Query Start/End: Original strand, 47 - 514
Target Start/End: Original strand, 3299786 - 3300260
Alignment:
Q  47 gccctgccaccgacgatctagaacccagttctgagaacaaaatctgcgagatgacagtgcagacttgacacttaaactgaaaagcaagttaactaaacaa 146  Q
    |||||||||||| ||||| ||||||||||| || ||||||||  ||||||||||| ||||||||||||||||||| | ||||| ||||||||| | || |    
T  3299786 gccctgccaccgtcgatcaagaacccagttttgggaacaaaagttgcgagatgacggtgcagacttgacacttaatccgaaaaacaagttaacaagacga 3299885  T
Q  147 gaaacagtagtactacgaagaacaaaccatttattattatcaagacgattgacttccctagatagaacttcctgcacggttcacttcttcttcaatgctg 246  Q
     ||| |  ||||||||  ||| |||||||||| || | ||||  |  || ||||||| | |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3299886 aaaataaaagtactacatagagcaaaccatttcttgtaatcaccataatagacttccttggatagatcttcctgcacggttcacttcttcttcaatgctg 3299985  T
Q  247 acttagtcggc-ttaattcca------ggatccttcttctccacagctttgatgacaccaacagccacagtttggcgcatgtccctgacagcgaaacggc 339  Q
    |||| ||     |||| |||       |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| || ||||| |||||||||||||||||||    
T  3299986 actttgtttttattaagtcctccgctgggatccttcttctccacagccttgatgacaccaacagccacagtctgacgcatatccctgacagcgaaacggc 3300085  T
Q  340 caagtggaggatattcagagaaagtctcaaccaccatgggcttggtgggaatcatcttaataataccagcatcaccattcttcaggaatttgggctcctt 439  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||    
T  3300086 caagtggaggatactcagagaaagtctcaaccaccatgggcttggtgggaatcatcttaataataccagcatcaccgttcttcaagaatttgggctcctt 3300185  T
Q  440 ctcaatctcctttccagaacgcctgtcaatcttggtaacaagctcagcaaatttgacagcaatgtgggaggtgtg 514  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3300186 ctcaatctcctttccagaacgcctgtcaatcttagtaacaagctcagcaaatttgacagcaatgtgggaggtgtg 3300260  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 241; E-Value: 1e-133
Query Start/End: Original strand, 50 - 514
Target Start/End: Complemental strand, 43067938 - 43067465
Alignment:
Q  50 ctgccaccgacgatctagaacccagttctgagaacaaaatctgcgagatgacagtgcagacttgacacttaaactgaaaagcaagttaactaaacaagaa 149  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||  |||||||  |||||||||||||||||||  |||||| ||||| ||||| || ||||    
T  43067938 ctgccaccgtcgatctagaacccagttctgagaacaaaagctaagagatgaaggtgcagacttgacacttaatatgaaaaacaagtaaactagactagaa 43067839  T
Q  150 acagtagtactacgaagaacaaaccatttattattatcaagacgattgacttccc---tagatagaacttcctgcacggttcacttcttcttcaatgctg 246  Q
    | || | ||||| | |  | | |||||||||| | || |  | |||   ||||||   |||||||| | |||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  43067838 atagaaatactaaggaccaaagaccatttattgtaataactatgatatgcttcccaagtagatagatcatcctgctcggttcacttcttcttcaatgctg 43067739  T
Q  247 acttagtcggcttaattcca------ggatccttcttctccacagctttgatgacaccaacagccacagtttggcgcatgtccctgacagcgaaacggcc 340  Q
    |||| ||| |||||| |||       ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||| || ||||| ||||||||    
T  43067738 acttggtctgcttaagtcctccactgggatccttcttctccacagctttgatgacgccaacagccacagtttgacgcatgtctctaacagcaaaacggcc 43067639  T
Q  341 aagtggaggatattcagagaaagtctcaaccaccatgggcttggtgggaatcatcttaataataccagcatcaccattcttcaggaatttgggctccttc 440  Q
     ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||    
T  43067638 gagtggaggatattcagagaaagtctcaaccaccatgggcttggtgggaatcatcttaataataccagcatcgccattcttcaagaatttgggctccttc 43067539  T
Q  441 tcaatctcctttccagaacgcctgtcaatcttggtaacaagctcagcaaatttgacagcaatgtgggaggtgtg 514  Q
    ||||||||||| ||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  43067538 tcaatctccttaccagaacgcctatcaatcttagtaacaagctcagcaaacttgacagcaatgtgggaggtgtg 43067465  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 229; E-Value: 1e-126
Query Start/End: Original strand, 50 - 514
Target Start/End: Original strand, 43082897 - 43083370
Alignment:
Q  50 ctgccaccgacgatctagaacccagttctgagaacaaaatctgcgagatgacagtgcagacttgacacttaaactgaaaagcaagttaactaaacaagaa 149  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||  |||||||  |||||||||||||||||||  |||||| ||||| ||||| || ||||    
T  43082897 ctgccaccgtcgatctagaacccagttctgagaacaaaagctaagagatgaaggtgcagacttgacacttaatatgaaaaacaagtaaactagacgagaa 43082996  T
Q  150 acagtagtactacgaagaacaaaccatttattattatcaagacgattgacttccc---tagatagaacttcctgcacggttcacttcttcttcaatgctg 246  Q
    | || | ||||| | |    | |||||||||| | || |  | |||   ||||||   |||||||| | |||||| | ||||||||||||||||||||||    
T  43082997 atagaaatactaaggacccaagaccatttattgtaataactatgatatgcttcccaagtagatagaccatcctgctcagttcacttcttcttcaatgctg 43083096  T
Q  247 acttagtcggcttaattcca------ggatccttcttctccacagctttgatgacaccaacagccacagtttggcgcatgtccctgacagcgaaacggcc 340  Q
    |||| ||| |||||| |||       ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||| || ||||| ||||| ||    
T  43083097 acttggtctgcttaagtcctccactgggatccttcttctccacagctttgatgacgccaacagccacagtttgacgcatgtctctaacagcaaaacgacc 43083196  T
Q  341 aagtggaggatattcagagaaagtctcaaccaccatgggcttggtgggaatcatcttaataataccagcatcaccattcttcaggaatttgggctccttc 440  Q
     ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||    
T  43083197 gagtggaggatattcagagaaagtctcaaccaccatgggcttggtgggaatcatcttaataataccagcatcgccattcttcaagaatttgggctccttc 43083296  T
Q  441 tcaatctcctttccagaacgcctgtcaatcttggtaacaagctcagcaaatttgacagcaatgtgggaggtgtg 514  Q
    ||||||||||| ||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  43083297 tcaatctccttaccagaacgcctatcaatcttagtaacaagctcagcaaacttgacagcaatgtgggaggtgtg 43083370  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 225; E-Value: 1e-124
Query Start/End: Original strand, 50 - 514
Target Start/End: Original strand, 43044053 - 43044526
Alignment:
Q  50 ctgccaccgacgatctagaacccagttctgagaacaaaatctgcgagatgacagtgcagacttgacacttaaactgaaaagcaagttaactaaacaagaa 149  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||||||||| || ||  |||||||  |||||||||||||||||||  |||||| ||||| ||||| |  ||||    
T  43044053 ctgccaccgtcgatctagaacccagttctgagaacacaagctaagagatgaaggtgcagacttgacacttaatatgaaaaacaagtaaactagaagagaa 43044152  T
Q  150 acagtagtactacgaagaacaaaccatttattattatcaagacgattgacttccctag---atagaacttcctgcacggttcacttcttcttcaatgctg 246  Q
    | || | ||||| | |  | | |||||||||| | || |  | |||   |||||| ||   ||||| | |||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  43044153 atagaaatactaaggaccaaagaccatttattgtaataactatgatatgcttcccaagtaaatagatcatcctgctcggttcacttcttcttcaatgctg 43044252  T
Q  247 acttagtcggcttaattcca------ggatccttcttctccacagctttgatgacaccaacagccacagtttggcgcatgtccctgacagcgaaacggcc 340  Q
    |||| ||| |||||| |||       |||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||| |||||||| || ||||| ||||||||    
T  43044253 acttggtctgcttaagtcctccactgggatccttcttctccacagccttgatgaccccaacagccacagtttgacgcatgtctctaacagcaaaacggcc 43044352  T
Q  341 aagtggaggatattcagagaaagtctcaaccaccatgggcttggtgggaatcatcttaataataccagcatcaccattcttcaggaatttgggctccttc 440  Q
     ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||    
T  43044353 gagtggaggatattcagagaaagtctcaaccaccatgggcttggtgggaatcatcttaataataccagcatcgccattcttcaagaatttgggctccttc 43044452  T
Q  441 tcaatctcctttccagaacgcctgtcaatcttggtaacaagctcagcaaatttgacagcaatgtgggaggtgtg 514  Q
    ||||||||||| ||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  43044453 tcaatctccttaccagaacgcctatcaatcttagtaacaagctcagcaaacttgacagcaatgtgggaggtgtg 43044526  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 168; E-Value: 8e-90
Query Start/End: Original strand, 267 - 514
Target Start/End: Complemental strand, 43077589 - 43077342
Alignment:
Q  267 ggatccttcttctccacagctttgatgacaccaacagccacagtttggcgcatgtccctgacagcgaaacggccaagtggaggatattcagagaaagtct 366  Q
    |||||||||| |||||||||  ||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||| ||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43077589 ggatccttctactccacagccgtgatgacaccaacagccacagtttgacgcttgtccctgatagtaaaacggccaagtggaggatattcagagaaagtct 43077490  T
Q  367 caaccaccatgggcttggtgggaatcatcttaataataccagcatcaccattcttcaggaatttgggctccttctcaatctcctttccagaacgcctgtc 466  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| | |||||||| || | ||||||||||| ||    
T  43077489 caaccaccatgggcttggtgggaatcatcttaataataccagcatcaccattcatcaggaatttgggcttcgtctcaatcaccataccagaacgcctatc 43077390  T
Q  467 aatcttggtaacaagctcagcaaatttgacagcaatgtgggaggtgtg 514  Q
    ||||||||||||||||||| |||| ||||||  ||||||| |||||||    
T  43077389 aatcttggtaacaagctcatcaaacttgacaagaatgtggaaggtgtg 43077342  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 130; E-Value: 4e-67
Query Start/End: Original strand, 265 - 514
Target Start/End: Complemental strand, 45984696 - 45984447
Alignment:
Q  265 caggatccttcttctccacagctttgatgacaccaacagccacagtttggcgcatgtccctgacagcgaaacggccaagtggaggatattcagagaaagt 364  Q
    ||||||||||||||| |||||| |||||||| |||||||||||||||||  ||  ||| |||||| | |||||||| ||||||||||||  ||||||||     
T  45984696 caggatccttcttcttcacagccttgatgactccaacagccacagtttgatgccagtctctgacaacaaaacggccgagtggaggatatagagagaaagg 45984597  T
Q  365 ctcaaccaccatgggcttggtgggaatcatcttaataataccagcatcaccattcttcaggaatttgggctccttctcaatctcctttccagaacgcctg 464  Q
    ||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| || |||  |||||||||||| ||||||| ||||  ||||||| ||||    
T  45984596 ctctaccaccataggcttggtgggaatcatcttaataataccagtatcaccactcatcaaaaatttgggctccctctcaatttcctcaccagaacacctg 45984497  T
Q  465 tcaatcttggtaacaagctcagcaaatttgacagcaatgtgggaggtgtg 514  Q
    |||| ||||| || |||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  45984496 tcaaccttggaaataagctcagcaaacttgacagcaatgtgggaggtgtg 45984447  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #7
Raw Score: 125; E-Value: 4e-64
Query Start/End: Original strand, 266 - 514
Target Start/End: Complemental strand, 38138862 - 38138614
Alignment:
Q  266 aggatccttcttctccacagctttgatgacaccaacagccacagtttggcgcatgtccctgacagcgaaacggccaagtggaggatattcagagaaagtc 365  Q
    |||||||||||||| |||| |  ||||||| ||||||||||||||||| |||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||   ||| |||  |    
T  38138862 aggatccttcttcttcacaaccatgatgactccaacagccacagtttgacgcatgtctctgacagcaaaacggccaagtggaggataagtagaaaaatcc 38138763  T
Q  366 tcaaccaccatgggcttggtgggaatcatcttaataataccagcatcaccattcttcaggaatttgggctccttctcaatctcctttccagaacgcctgt 465  Q
    || |||||||||| |||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| || |||   ||||||  |||||    
T  38138762 tctaccaccatggacttggtgggaatcatcttaacaacaccagcatcaccattcttcaagaatttgggctccttctcgatttccaaaccagaaaacctgt 38138663  T
Q  466 caatcttggtaacaagctcagcaaatttgacagcaatgtgggaggtgtg 514  Q
    ||| |||||||||||||| |||||| ||||||| || ||||||||||||    
T  38138662 caaacttggtaacaagcttagcaaacttgacaggaacgtgggaggtgtg 38138614  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #8
Raw Score: 118; E-Value: 6e-60
Query Start/End: Original strand, 265 - 514
Target Start/End: Complemental strand, 7891955 - 7891706
Alignment:
Q  265 caggatccttcttctccacagctttgatgacaccaacagccacagtttggcgcatgtccctgacagcgaaacggccaagtggaggatattcagagaaagt 364  Q
    |||||||||| |||| |||| | |||||||| |||| |||||||||||| |||||||| |||||||| ||||| ||||||| ||||||| |||  |||||    
T  7891955 caggatccttattcttcacatccttgatgactccaatagccacagtttgacgcatgtctctgacagcaaaacgaccaagtgaaggatatgcagtaaaagt 7891856  T
Q  365 ctcaaccaccatgggcttggtgggaatcatcttaataataccagcatcaccattcttcaggaatttgggctccttctcaatctcctttccagaacgcctg 464  Q
    ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||  ||      || |  ||||    
T  7891855 ctctaccaccatgggcttggtgggaatcatcttaataataccagcatcgccattcttcaagaatttgggctccttctcaaattcaacattagtattcctg 7891756  T
Q  465 tcaatcttggtaacaagctcagcaaatttgacagcaatgtgggaggtgtg 514  Q
    |||| |||| |||||||||  ||||| |||||||||||||||||||||||    
T  7891755 tcaaacttgctaacaagcttggcaaacttgacagcaatgtgggaggtgtg 7891706  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #9
Raw Score: 102; E-Value: 2e-50
Query Start/End: Original strand, 289 - 514
Target Start/End: Original strand, 50911742 - 50911967
Alignment:
Q  289 tgatgacaccaacagccacagtttggcgcatgtccctgacagcgaaacggccaagtggaggatattcagagaaagtctcaaccaccatgggcttggtggg 388  Q
    ||||||| ||||||||||||||||| |||||||| |||||||| |||||||| |||| |||| |||  || |||||||| |||| |||||||||||||||    
T  50911742 tgatgactccaacagccacagtttgacgcatgtctctgacagcaaaacggccgagtgaaggaaatttggaaaaagtctctaccaacatgggcttggtggg 50911841  T
Q  389 aatcatcttaataataccagcatcaccattcttcaggaatttgggctccttctcaatctcctttccagaacgcctgtcaatcttggtaacaagctcagca 488  Q
    |||||||| ||||| |||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||     | || ||||  || ||||||||||||||| ||||    
T  50911842 aatcatctcaataacaccagcgtcaccattcttcaagaatttgggctccttctcaatttccacaaaataatgcctaacattcttggtaacaagcttagca 50911941  T
Q  489 aatttgacagcaatgtgggaggtgtg 514  Q
    || ||||||||||||| ||| |||||    
T  50911942 aacttgacagcaatgttggacgtgtg 50911967  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #10
Raw Score: 57; E-Value: 1e-23
Query Start/End: Original strand, 51 - 195
Target Start/End: Complemental strand, 43079944 - 43079800
Alignment:
Q  51 tgccaccgacgatctagaacccagttctgagaacaaaatctgcgagatgacagtgcagacttgacacttaaactgaaaagcaagttaactaaacaagaaa 150  Q
    |||||| | |||| ||||||||| | ||| ||||||   |||||||| ||| ||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||| ||| |    
T  43079944 tgccacagtcgatatagaacccaatcctgggaacaagggctgcgagacgacggtgcagacttgacacttaatctgaaaaacaagttaactaaaccagata 43079845  T
Q  151 cagtagtactacgaagaacaaaccatttattattatcaagacgat 195  Q
      |||||| |||||||| ||||||||||| | | |||||||||||    
T  43079844 tggtagtattacgaagaccaaaccatttactgtaatcaagacgat 43079800  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #11
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000008
Query Start/End: Original strand, 49 - 127
Target Start/End: Complemental strand, 38139079 - 38139001
Alignment:
Q  49 cctgccaccgacgatctagaacccagttctgagaacaaaatctgcgagatgacagtgcagacttgacacttaaactgaa 127  Q
    |||||||||  | |||||||| ||||||||  |||||||| ||| |||||||| ||||||||||||||||||| |||||    
T  38139079 cctgccaccatcaatctagaagccagttcttggaacaaaagctgtgagatgacggtgcagacttgacacttaacctgaa 38139001  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #12
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000003
Query Start/End: Original strand, 288 - 444
Target Start/End: Complemental strand, 40035676 - 40035520
Alignment:
Q  288 ttgatgacaccaacagccacagtttggcgcatgtccctgacagcgaaacggccaagtggaggatattcagagaaagtctcaaccaccatgggcttggtgg 387  Q
    |||||||| |||||||| |||||| | ||| |||| ||||| |  |||||| |||||| || |||||  |    || ||| ||||||||||||||||| |    
T  40035676 ttgatgactccaacagcgacagttcgacgcgtgtctctgactgtaaaacgggcaagtgaagaatattttgcattaggctctaccaccatgggcttggttg 40035577  T
Q  388 gaatcatcttaataataccagcatcaccattcttcaggaatttgggctccttctcaa 444  Q
    ||||||| | || ||  ||  |||||||||||| || |||||||||||||| |||||    
T  40035576 gaatcatttcaacaagccccccatcaccattctccaagaatttgggctcctgctcaa 40035520  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 221; Significance: 1e-121; HSPs: 2)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 221; E-Value: 1e-121
Query Start/End: Original strand, 51 - 514
Target Start/End: Original strand, 4230525 - 4230991
Alignment:
Q  51 tgccaccgacgatctagaacccagttctgagaacaaaatctgcgagatgacagtgcagacttgacacttaaactgaaaagcaagttaactaaacaagaaa 150  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||| |||||||| ||| |||||||| |||||||||| |||||||| |  |||| ||| ||||| | ||| ||||    
T  4230525 tgccaccgtcgatctagaacccagttctgggaacaaaagctgggagatgacggtgcagacttcacacttaatccaaaaaacaacttaacaagacacgaaa 4230624  T
Q  151 cagtagtactacgaagaacaaaccatttattattatcaagacgattgacttccctagatagaacttcctgcacggttcacttcttcttcaatgctgactt 250  Q
     || | ||||| |||  |||||||||||||| | || | ||| ||  ||||||| ||  | | | |||||||||||||| ||||||||   |||||||||    
T  4230625 tagaaatactaagaaccacaaaccatttattgtaataacgactataaacttcccaaggaaaatcatcctgcacggttcatttcttcttggctgctgactt 4230724  T
Q  251 agtcggcttaatt---ccaggatccttcttctccacagctttgatgacaccaacagccacagtttggcgcatgtccctgacagcgaaacggccaagtgga 347  Q
    |||   ||||  |   ||||| ||||||||||||||| | ||||| || ||||||||||||||||| ||||| || |||||||| |||||||||||||||    
T  4230725 agttatcttagctgtgccaggttccttcttctccacacccttgataaccccaacagccacagtttgccgcatatctctgacagcaaaacggccaagtgga 4230824  T
Q  348 ggatattcagagaaagtctcaaccaccatgggcttggtgggaatcatcttaataataccagcatcaccattcttcaggaatttgggctccttctcaatct 447  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||| ||||    
T  4230825 ggatattcagagaaagtctcaaccaccatgggcttggtgggaatcatcttaataataccagcatctccattcttcaggaatttaggctccttctcgatct 4230924  T
Q  448 cctttccagaacgcctgtcaatcttggtaacaagctcagcaaatttgacagcaatgtgggaggtgtg 514  Q
    |||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||    
T  4230925 ccttaccagaacgcctgtcaatcttagtaacaagctcagcaaacttgactgcaatgtgggaggtgtg 4230991  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 52; E-Value: 1e-20
Query Start/End: Original strand, 291 - 414
Target Start/End: Complemental strand, 19965504 - 19965381
Alignment:
Q  291 atgacaccaacagccacagtttggcgcatgtccctgacagcgaaacggccaagtggaggatattcagagaaagtctcaaccaccatgggcttggtgggaa 390  Q
    ||||| |||| |||||||||||| |||||||| ||  || | |||| ||| ||||||||||||| |||||||| ||| |||||||| ||||||| |||||    
T  19965504 atgactccaaaagccacagtttgacgcatgtctctagcaacaaaacagccgagtggaggatattgagagaaagcctctaccaccataggcttggcgggaa 19965405  T
Q  391 tcatcttaataataccagcatcac 414  Q
    ||||||||| || | |||||||||    
T  19965404 tcatcttaacaacagcagcatcac 19965381  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 173; Significance: 9e-93; HSPs: 2)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 173; E-Value: 9e-93
Query Start/End: Original strand, 266 - 514
Target Start/End: Complemental strand, 7530261 - 7530013
Alignment:
Q  266 aggatccttcttctccacagctttgatgacaccaacagccacagtttggcgcatgtccctgacagcgaaacggccaagtggaggatattcagagaaagtc 365  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||| ||||| ||||| |||||||||||||  || |||    
T  7530261 aggatccttcttctccacagccttgatgacaccaacagcaacagtttgacgcatgtccctgacagcaaaacgtccaagaggaggatattcagcaaaggtc 7530162  T
Q  366 tcaaccaccatgggcttggtgggaatcatcttaataataccagcatcaccattcttcaggaatttgggctccttctcaatctcctttccagaacgcctgt 465  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||    
T  7530161 tcaaccaccatgggcttggtgggaaccatcttaatgataccagcatcaccattcttcaagaacttgggctccttctcaatctccttaccagatcgcctgt 7530062  T
Q  466 caatcttggtaacaagctcagcaaatttgacagcaatgtgggaggtgtg 514  Q
    |||||||||||||||| |||||||| || ||||||||||| ||||||||    
T  7530061 caatcttggtaacaagttcagcaaacttcacagcaatgtgagaggtgtg 7530013  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 168; E-Value: 8e-90
Query Start/End: Original strand, 267 - 514
Target Start/End: Complemental strand, 7520723 - 7520476
Alignment:
Q  267 ggatccttcttctccacagctttgatgacaccaacagccacagtttggcgcatgtccctgacagcgaaacggccaagtggaggatattcagagaaagtct 366  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||| || ||||| ||||| ||||||||||||| ||| ||||    
T  7520723 ggatccttcttctccacagccttgatgacaccaacagcaacagtttgacgcatgtccctgacggcaaaacgtccaagaggaggatattcagcgaaggtct 7520624  T
Q  367 caaccaccatgggcttggtgggaatcatcttaataataccagcatcaccattcttcaggaatttgggctccttctcaatctcctttccagaacgcctgtc 466  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||| ||||||| ||| ||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||    
T  7520623 caaccaccatgggcttggtgggaaccatcttaatgataccagcatcaccgttcttcaagaacttgggctccttctcaatctccttaccagatcgcctgtc 7520524  T
Q  467 aatcttggtaacaagctcagcaaatttgacagcaatgtgggaggtgtg 514  Q
    ||||||||||||||| |||||||| || ||||||||||| ||||||||    
T  7520523 aatcttggtaacaagttcagcaaacttcacagcaatgtgagaggtgtg 7520476  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 135; Significance: 4e-70; HSPs: 4)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 135; E-Value: 4e-70
Query Start/End: Original strand, 264 - 514
Target Start/End: Original strand, 4618965 - 4619215
Alignment:
Q  264 ccaggatccttcttctccacagctttgatgacaccaacagccacagtttggcgcatgtccctgacagcgaaacggccaagtggaggatattcagagaaag 363  Q
    |||||||||||||||| |||||| || ||||| ||||||||||| ||| | || ||||| |||||||| |||||||| |||| |||||| | ||| ||||    
T  4618965 ccaggatccttcttcttcacagccttaatgactccaacagccactgttcgacgtatgtctctgacagcaaaacggccgagtgaaggataattagaaaaag 4619064  T
Q  364 tctcaaccaccatgggcttggtgggaatcatcttaataataccagcatcaccattcttcaggaatttgggctccttctcaatctcctttccagaacgcct 463  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||  |||| ||||||| |||    
T  4619065 tctctaccaccatgggcttggtgggaatcatcttaataatgccagcatcaccattcttcaggaatttgggctcattctcaattaccttaccagaacacct 4619164  T
Q  464 gtcaatcttggtaacaagctcagcaaatttgacagcaatgtgggaggtgtg 514  Q
    |||||||||||  | ||||| | |||| ||||||||| |||||||||||||    
T  4619165 gtcaatcttggctagaagcttatcaaacttgacagcagtgtgggaggtgtg 4619215  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 61; E-Value: 6e-26
Query Start/End: Original strand, 294 - 514
Target Start/End: Complemental strand, 4788434 - 4788214
Alignment:
Q  294 acaccaacagccacagtttggcgcatgtccctgacagcgaaacggccaagtggaggatattcagagaaagtctcaaccaccatgggcttggtgggaatca 393  Q
    ||||||||||||||||||||  ||| ||  | |||| | ||| |||||||||||||||||  | |||||| ||| |||||||| ||||||||||||| ||    
T  4788434 acaccaacagccacagtttgatgcaagtatcggacaacaaaatggccaagtggaggatatagatagaaaggctctaccaccataggcttggtgggaacca 4788335  T
Q  394 tcttaataataccagcatcaccattcttcaggaatttgggctccttctcaatctcctttccagaacgcctgtcaatcttggtaacaagctcagcaaattt 493  Q
    ||| ||||| |||| ||||||||||||||| ||||   |||  || ||||||  |||  |||||| |  |||||| ||||  || ||||||| ||||||     
T  4788334 tctcaataagaccatcatcaccattcttcaagaatgcaggcctctcctcaattacctaaccagaatgattgtcaaccttgcaaataagctcatcaaattc 4788235  T
Q  494 gacagcaatgtgggaggtgtg 514  Q
    ||||||||| |||||||||||    
T  4788234 gacagcaatttgggaggtgtg 4788214  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000003
Query Start/End: Original strand, 294 - 514
Target Start/End: Original strand, 4296746 - 4296966
Alignment:
Q  294 acaccaacagccacagtttggcgcatgtccctgacagcgaaacggccaagtggaggatattcagagaaagtctcaaccaccatgggcttggtgggaatca 393  Q
    ||||||||||||||| ||||  ||| |||   |||| | |||||||  ||||||||| ||  |||||||| ||| |||||||| | || |||||||||||    
T  4296746 acaccaacagccacaatttgatgcaagtcttggacaacaaaacggctgagtggaggagatagagagaaaggctctaccaccatagactcggtgggaatca 4296845  T
Q  394 tcttaataataccagcatcaccattcttcaggaat-ttgggctccttctcaatctcctttccagaacgcctgtcaatcttggtaacaagctcagcaaatt 492  Q
    ||||||||| || |   ||||||||||||| ||||  |||||  |||||||||   |||   |||||    ||||| ||||  || ||||||||||||||    
T  4296846 tcttaataagacaattgtcaccattcttcaagaatggtgggc-gcttctcaattatcttatgagaacaatagtcaaccttgtaaataagctcagcaaatt 4296944  T
Q  493 tgacagcaatgtgggaggtgtg 514  Q
    |||||| |||||||||||||||    
T  4296945 tgacaggaatgtgggaggtgtg 4296966  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000003
Query Start/End: Original strand, 47 - 147
Target Start/End: Original strand, 4618739 - 4618837
Alignment:
Q  47 gccctgccaccgacgatctagaacccagttctgagaacaaaatctgcgagatgacagtgcagacttgacacttaaactgaaaagcaagttaactaaacaa 146  Q
    |||||||||| | | |||||||||| ||||||  |||||||| |||  | ||||||||||||||||||||||||| ||| ||| |||||| |||| ||||    
T  4618739 gccctgccacagtcaatctagaaccgagttctaggaacaaaaactg--atatgacagtgcagacttgacacttaacctgcaaaacaagtttactagacaa 4618836  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 90; Significance: 3e-43; HSPs: 1)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 90; E-Value: 3e-43
Query Start/End: Original strand, 333 - 514
Target Start/End: Original strand, 16348492 - 16348673
Alignment:
Q  333 aaacggccaagtggaggatattcagagaaagtctcaaccaccatgggcttggtgggaatcatcttaataataccagcatcaccattcttcaggaatttgg 432  Q
    |||||||| |||| |||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||| ||||||| ||||||| ||||||||    
T  16348492 aaacggccgagtgaaggatattcagaaaaagtctctaccaccatgggcttggtgggaatcatctgaataatgccaccatcacctttcttcaagaatttgg 16348591  T
Q  433 gctccttctcaatctcctttccagaacgcctgtcaatcttggtaacaagctcagcaaatttgacagcaatgtgggaggtgtg 514  Q
    |||||||| ||||   ||| ||||||  |||||| | ||||| || ||||| |||||| ||||||||||||| |||||||||    
T  16348592 gctccttcacaattatcttgccagaaaacctgtctaccttggcaagaagcttagcaaacttgacagcaatgtaggaggtgtg 16348673  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 77; Significance: 2e-35; HSPs: 4)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 77; E-Value: 2e-35
Query Start/End: Original strand, 290 - 514
Target Start/End: Original strand, 33860136 - 33860360
Alignment:
Q  290 gatgacaccaacagccacagtttggcgcatgtccctgacagcgaaacggccaagtggaggatattcagagaaagtctcaaccaccatgggcttggtggga 389  Q
    |||||| |||| |||||||||||| ||| |||| ||  || | |||||||| ||||||||||| | || ||||  ||| |||||||| ||||||||||||    
T  33860136 gatgacgccaaaagccacagtttgacgcctgtctctcgcaacaaaacggccgagtggaggataataagcgaaatcctctaccaccataggcttggtggga 33860235  T
Q  390 atcatcttaataataccagcatcaccattcttcaggaatttgggctccttctcaatctcctttccagaacgcctgtcaatcttggtaacaagctcagcaa 489  Q
    ||||||||||||  | ||||||||||| |||||| |||||  |||||||||||||| ||||| ||| ||  || ||||| ||||| || ||||||| |||    
T  33860236 atcatcttaatagcagcagcatcaccactcttcaagaattcaggctccttctcaatttccttaccataaaaccagtcaaccttggcaataagctcaacaa 33860335  T
Q  490 atttgacagcaatgtgggaggtgtg 514  Q
    |  ||||||||| ||||||||||||    
T  33860336 acatgacagcaacgtgggaggtgtg 33860360  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 53; E-Value: 4e-21
Query Start/End: Original strand, 291 - 423
Target Start/End: Original strand, 16231484 - 16231616
Alignment:
Q  291 atgacaccaacagccacagtttggcgcatgtccctgacagcgaaacggccaagtggaggatattcagagaaagtctcaaccaccatgggcttggtgggaa 390  Q
    ||||| ||||||||||||||||| |||||||| |||||||| ||||| ||||| | ||||||||||  || |  ||| |||||||| |||||  | ||||    
T  16231484 atgactccaacagccacagtttgacgcatgtctctgacagcaaaacgaccaagggaaggatattcattgataccctccaccaccataggcttcataggaa 16231583  T
Q  391 tcatcttaataataccagcatcaccattcttca 423  Q
    ||||||||| ||| || ||||||||||||||||    
T  16231584 tcatcttaacaattcctgcatcaccattcttca 16231616  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000003
Query Start/End: Original strand, 297 - 423
Target Start/End: Original strand, 34690149 - 34690275
Alignment:
Q  297 ccaacagccacagtttggcgcatgtccctgacagcgaaacggccaagtggaggatattcagagaaagtctcaaccaccatgggcttggtgggaatcatct 396  Q
    ||||||||||||||||| |||||||| |||||||| ||||||||||| |  |||||||||  || |  ||| || |||||||| ||  | ||||||||||    
T  34690149 ccaacagccacagtttgacgcatgtctctgacagcaaaacggccaagggatggatattcattgataccctccacgaccatgggtttcataggaatcatct 34690248  T
Q  397 taataataccagcatcaccattcttca 423  Q
    ||| || | | ||||||||||||||||    
T  34690249 taacaacagcggcatcaccattcttca 34690275  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000003
Query Start/End: Original strand, 297 - 423
Target Start/End: Original strand, 34712561 - 34712687
Alignment:
Q  297 ccaacagccacagtttggcgcatgtccctgacagcgaaacggccaagtggaggatattcagagaaagtctcaaccaccatgggcttggtgggaatcatct 396  Q
    ||||||||||||||||| |||||||| |||||||| ||||||||||| |  |||||||||  || |  ||| || |||||||| ||  | ||||||||||    
T  34712561 ccaacagccacagtttgacgcatgtctctgacagcaaaacggccaagggatggatattcattgataccctccacgaccatgggtttcataggaatcatct 34712660  T
Q  397 taataataccagcatcaccattcttca 423  Q
    ||| || | | ||||||||||||||||    
T  34712661 taacaacagcggcatcaccattcttca 34712687  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University