View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF15808_high_1 (Length: 506)

Name: NF15808_high_1
Description: NF15808
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF15808_high_1
NF15808_high_1
[»] chr2 (17 HSPs)
chr2 (1-490)||(14546902-14547391)
chr2 (1-488)||(15007603-15008090)
chr2 (19-490)||(14533763-14534231)
chr2 (1-490)||(15003944-15004432)
chr2 (33-482)||(14528537-14528992)
chr2 (33-482)||(14542763-14543218)
chr2 (11-485)||(31968933-31969407)
chr2 (33-482)||(14512087-14512542)
chr2 (3-490)||(14519919-14520406)
chr2 (11-485)||(15013016-15013487)
chr2 (10-275)||(14567366-14567631)
chr2 (7-284)||(15023744-15024021)
chr2 (8-284)||(14552318-14552594)
chr2 (10-284)||(14850409-14850683)
chr2 (1-344)||(15019649-15019992)
chr2 (3-71)||(14847692-14847760)
chr2 (237-292)||(14476142-14476197)
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (206-456)||(17357017-17357266)
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (120-182)||(38524890-38524952)


Alignment Details
Target: chr2 (Bit Score: 470; Significance: 0; HSPs: 17)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 470; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 490
Target Start/End: Complemental strand, 14547391 - 14546902
Alignment:
Q  1 ggccttttttgaagcaagctagcaatgtcagaatcagaaactccaaaatcagtcatcaaattgatattagccgcaacaaggtgataggaattaaaagtaa 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  14547391 ggccttttttgaagcaagctagcaatgacagaatcagaaactccaaaatcagtcatcaaattgatattagcggcaacaaggtgataggaattaaaagtaa 14547292  T
Q  101 cataagtcgaatgtcgaagtaagcaaagaatgacatccttgttggttttcaagaagctacttaacaattgaaaaagagggataattcgttcctccaagct 200  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  14547291 cataagtcgaatgtcgaagtaagcaaagaatgacatccttgttggttttcaagaagctacttaacaattgaaaaagagggataattcgtttctccaagct 14547192  T
Q  201 acttcgcaaaattcgagggtttgctgttatgaatgaaacaatatcagatgaagtagcacctttggatagaaaaaattcaaacttgggcaaaattatatag 300  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  14547191 acttcgcaaaattcgagggttttctgttatgaatgaaacaatatcagatgaagtagcacctttggatagaaaaaattcaaacttgggcaaaattatattg 14547092  T
Q  301 tggggttgtaatgaaagtaaccatggtgcttttctaatgatgattcgtatatcagagtgtgaaaaatcacgatttttgaagaaattgataactgaattag 400  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14547091 tggggttgtaatgaaagtaaccatggtgcttttctaatgatgattcgtatatcagagtgtgaaaaatcacgatttttgaagaaattgataactgaattag 14546992  T
Q  401 gattttctgcggatttgaaaagaacctgattgttgttgaaagccttgagagcagatagaggtgagaaaccgaaattgttgataaggtatg 490  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14546991 gattttctgcggatttgaaaagaacctgattgttgttgaaagccttgagagcagatagaggtgagaaaccgaaattgttgataaggtatg 14546902  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 188; E-Value: 1e-102
Query Start/End: Original strand, 1 - 488
Target Start/End: Complemental strand, 15008090 - 15007603
Alignment:
Q  1 ggccttttttgaagcaagctagcaatgtcagaatcagaaactccaaaatcagtcatcaaattgatattagccgcaacaaggtgataggaattaaaagtaa 100  Q
    |||||||| ||||||||  ||||||||  ||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||| ||| ||||||||| |   ||| | |||    
T  15008090 ggccttttctgaagcaatttagcaatggtagaatcagaaactccaaaaccagttatcaaattgatattagccacaataaggtgatatgggctaataataa 15007991  T
Q  101 cataagtcgaatgtcgaagtaagcaaagaatgacatccttgttggttttcaagaagctacttaacaattgaaaaagagggataattcgttcctccaagct 200  Q
       |  | ||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||| ||||| ||||||||||||| |||||||||||| |||||||   |||||||    
T  15007990 acgacattgaatgtcgaagtaagcaaacaatgatatccttgttggttttaaagaacctacttaacaattcaaaaagagggattattcgtttgcccaagct 15007891  T
Q  201 acttcgcaaaattcgagggtttgctgttatgaatgaaacaatatcagatgaagtagcacctttggatagaaaaaattcaaacttgggcaaaattatatag 300  Q
    |||||| ||||||  ||||||||| ||||  |||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||| |||||||||| ||||| |  || | |    
T  15007890 acttcgtaaaattgtagggtttgcagttaacaatgaaacaatatcagctgaagaagcacctttggatagaaaatattcaaactttggcaataacattttg 15007791  T
Q  301 tggggttgtaatgaaagtaaccatggtgcttttctaatgatgattcgtatatcagagtgtgaaaaatcacgatttttgaagaaattgataactgaattag 400  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||| |    |||||||||  || ||||||  |||||  ||| |||||||||||    
T  15007790 tggggttgtgatgaaagtaaccatggttcttttctaatgatgatgcgtatgttttcgtgtgaaaagccatgattttgaaagaaggtgagaactgaattag 15007691  T
Q  401 gattttctgcggatttgaaaagaacctgattgttgttgaaagccttgagagcagatagaggtgagaaaccgaaattgttgataaggta 488  Q
    | |||||   ||  |||||| ||||||| |||||||||||||| || ||||||||| ||||||||||||| ||||||| ||| |||||    
T  15007690 gcttttcaagggtattgaaacgaacctgtttgttgttgaaagctttaagagcagattgaggtgagaaaccaaaattgtcgatgaggta 15007603  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 142; E-Value: 3e-74
Query Start/End: Original strand, 19 - 490
Target Start/End: Complemental strand, 14534231 - 14533763
Alignment:
Q  19 ctagcaatgtcagaatcagaaactccaaaatcagtcatcaaattgatattagccgcaacaaggtgataggaattaaaagtaacataagtcgaatgtcgaa 118  Q
    ||||||||| |||||| || || ||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||   || || |||||    |||| |||||   |    
T  14534231 ctagcaatgacagaatgaggaattccaaaatcagtcatcaaattgatattagccacaataaggtgata---ataaatagtaaatgtagtccaatgtttta 14534135  T
Q  119 gtaagcaaagaatgacatccttgttggttttcaagaagctacttaacaattgaaaaagagggataattcgttcctccaagctacttcgcaaaattcgagg 218  Q
     |||||||| |||| ||||| |||||||||| ||| | |||||||| ||||||||||||||||| ||| ||| ||||||||||||||| |||||||||||    
T  14534134 ttaagcaaataatggcatccctgttggtttttaagcacctacttaataattgaaaaagagggattatttgtttctccaagctacttcgtaaaattcgagg 14534035  T
Q  219 gtttgctgttatgaatgaaacaatatcagatgaagtagcacctttggatagaaaaaattcaaacttgggcaaaattatatagtggggttgtaatgaaagt 318  Q
    |||||  ||||  |||| ||||||||||||| ||| |||||| |||||||||||||||| |||||| ||||| |   | | |||||||||| ||||||||    
T  14534034 gtttgtagttaacaatggaacaatatcagataaagaagcaccattggatagaaaaaattgaaactttggcaataaccttttgtggggttgtgatgaaagt 14533935  T
Q  319 aaccatggtgcttttctaatgatgattcgtatatcagagtgtgaaaaatcacgatttttgaagaaattgataactgaattaggattttctgcggatttga 418  Q
    ||||| ||||| |||   |||||||| ||||| |  |||| || |||| || | ||||  |||||  ||||||| |||| || ||| |||| ||  ||||    
T  14533934 aaccaaggtgccttttggatgatgatgcgtatgttggagtttggaaaaccatggttttgaaagaaggtgataacagaatcagcattatctggggtattga 14533835  T
Q  419 aaagaacctgattgttgttgaaagccttgagagcagatagaggtgagaaaccgaaattgttgataaggtatg 490  Q
    || ||||||| |||||||||||||| ||||||||||||  | ||||||| || ||||||||||| |||||||    
T  14533834 aacgaacctgcttgttgttgaaagctttgagagcagattcatgtgagaatccaaaattgttgatgaggtatg 14533763  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 142; E-Value: 3e-74
Query Start/End: Original strand, 1 - 490
Target Start/End: Original strand, 15003944 - 15004432
Alignment:
Q  1 ggccttttttgaagcaagctagcaatgtcagaatcagaaactccaaaatcagtcatcaaattgatattagccgcaacaaggtgataggaattaaaagtaa 100  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||  ||||||||||||  |||||||   ||||||||||||||||||| | | || |||||||| || ||||||||    
T  15003944 ggccttttttgaagcaatctagcaatggtagaatcagaaacatcaaaatccaccatcaaattgatattagcctctagaaagtgatagggataaaaagtaa 15004043  T
Q  101 cataagtcgaatgtcgaagtaagcaaagaatgacatccttgttggttttcaagaagctacttaacaattgaaaaagagggataattcgttcctccaagct 200  Q
       |  | |||| ||||| ||||| || ||||  ||||||||||||||  || || ||| ||||||||| |||||||||||| ||||| | |||||||||    
T  15004044 acgatcttgaatatcgaattaagccaacaatggtatccttgttggtttcgaa-aacctatttaacaattcaaaaagagggattattcgattctccaagct 15004142  T
Q  201 acttcgcaaaattcgagggtttgctgttatgaatgaaacaatatcagatgaagtagcacctttggatagaaaaaattcaaacttgggcaaaattatatag 300  Q
    |||| | ||||||||||||||||  ||||  ||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||| |||||| | ||| |     | |    
T  15004143 actttgtaaaattcgagggtttgaagttaacaatgaaacaatatcagaggaagaagcacctttggatagaaaaaattgaaactttgacaataaacctttg 15004242  T
Q  301 tggggttgtaatgaaagtaaccatggtgcttttctaatgatgattcgtatatcagagtgtgaaaaatcacgatttttgaagaaattgataactgaattag 400  Q
    ||||||||  ||||||||||||| ||||||||| | |||||||| ||||| | |  | |||||||| || ||||||  |||||  ||||||| |||| ||    
T  15004243 tggggttgcgatgaaagtaaccaaggtgcttttgtgatgatgatgcgtatgttatcgagtgaaaaaccatgattttgaaagaaggtgataacagaatcag 15004342  T
Q  401 gattttctgcggatttgaaaagaacctgattgttgttgaaagccttgagagcagatagaggtgagaaaccgaaattgttgataaggtatg 490  Q
    |||| |||| ||  |||||| ||||||| |||||||||||||| |||||||  |||  || ||||||||| |||||||||| ||||||||    
T  15004343 gattatctggggtattgaaacgaacctgcttgttgttgaaagctttgagagttgattcagttgagaaaccaaaattgttgacaaggtatg 15004432  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 137; E-Value: 3e-71
Query Start/End: Original strand, 33 - 482
Target Start/End: Complemental strand, 14528992 - 14528537
Alignment:
Q  33 atcagaaactccaaaatcagtcatcaaattgatattagccgcaacaaggtgataggaattaaaagtaacataagtcgaatgtcgaagtaagcaaagaatg 132  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| | ||| ||||||||||| ||||  || ||    |||| ||| ||||| |||||||||||||    
T  14528992 atcagaaactccaaaatcagacatcaaattgatattagacacaataaggtgatagggattagtagcaaatgcagtccaatatcgaattaagcaaagaatg 14528893  T
Q  133 acatccttgttggttttcaagaagctacttaacaattgaaaaagagggataattcgttcctccaag------ctacttcgcaaaattcgagggtttgctg 226  Q
    | ||||||||||||||||||||| |||||||| |||| |||||||||||| ||| ||| |||||||      |||||||| ||||||| ||||||||  |    
T  14528892 atatccttgttggttttcaagaacctacttaataattcaaaaagagggattatttgtttctccaagtccaggctacttcgtaaaattctagggtttgtag 14528793  T
Q  227 ttatgaatgaaacaatatcagatgaagtagcacctttggatagaaaaaattcaaacttgggcaaaattatatagtggggttgtaatgaaagtaaccatgg 326  Q
    |||  |||| |||||||||||| |||| |||| | |||||||||||||||| |||||| |||||||   | | |||||||||| ||||||||||||||||    
T  14528792 ttaacaatggaacaatatcagaggaagaagcagcattggatagaaaaaattgaaactttggcaaaaaccttttgtggggttgtgatgaaagtaaccatgg 14528693  T
Q  327 tgcttttctaatgatgattcgtatatcagagtgtgaaaaatcacgatttttgaagaaattgataactgaattaggattttctgcggatttgaaaagaacc 426  Q
    |||| |||| || ||||| ||||| |    |||||||||  || ||||||  |||||  |||| ||||||| ||| || |||||||  |||||| ||||     
T  14528692 tgctcttctgatcatgatgcgtatgttgtcgtgtgaaaagccatgattttgaaagaaggtgatgactgaatcaggtttatctgcggtattgaaacgaact 14528593  T
Q  427 tgattgttgttgaaagccttgagagcagatagaggtgagaaaccgaaattgttgat 482  Q
    || |||  ||||||||| ||||||||||||  | ||||||| || |||||||||||    
T  14528592 tgcttgaggttgaaagctttgagagcagattcatgtgagaacccaaaattgttgat 14528537  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #6
Raw Score: 137; E-Value: 3e-71
Query Start/End: Original strand, 33 - 482
Target Start/End: Complemental strand, 14543218 - 14542763
Alignment:
Q  33 atcagaaactccaaaatcagtcatcaaattgatattagccgcaacaaggtgataggaattaaaagtaacataagtcgaatgtcgaagtaagcaaagaatg 132  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| | ||| ||||||||||| ||||  || ||    |||| ||| ||||| |||||||||||||    
T  14543218 atcagaaactccaaaatcagacatcaaattgatattagacacaataaggtgatagggattagtagcaaatgcagtccaatatcgaattaagcaaagaatg 14543119  T
Q  133 acatccttgttggttttcaagaagctacttaacaattgaaaaagagggataattcgttcctccaag------ctacttcgcaaaattcgagggtttgctg 226  Q
    | ||||||||||||||||||||| |||||||| |||| |||||||||||| ||| ||| |||||||      |||||||| ||||||| ||||||||  |    
T  14543118 atatccttgttggttttcaagaacctacttaataattcaaaaagagggattatttgtttctccaagtccaggctacttcgtaaaattctagggtttgtag 14543019  T
Q  227 ttatgaatgaaacaatatcagatgaagtagcacctttggatagaaaaaattcaaacttgggcaaaattatatagtggggttgtaatgaaagtaaccatgg 326  Q
    |||  |||| |||||||||||| |||| |||| | |||||||||||||||| |||||| |||||||   | | |||||||||| ||||||||||||||||    
T  14543018 ttaacaatggaacaatatcagaggaagaagcagcattggatagaaaaaattgaaactttggcaaaaaccttttgtggggttgtgatgaaagtaaccatgg 14542919  T
Q  327 tgcttttctaatgatgattcgtatatcagagtgtgaaaaatcacgatttttgaagaaattgataactgaattaggattttctgcggatttgaaaagaacc 426  Q
    |||| |||| || ||||| ||||| |    |||||||||  || ||||||  |||||  |||| ||||||| ||| || |||||||  |||||| ||||     
T  14542918 tgctcttctgatcatgatgcgtatgttgtcgtgtgaaaagccatgattttgaaagaaggtgatgactgaatcaggtttatctgcggtattgaaacgaact 14542819  T
Q  427 tgattgttgttgaaagccttgagagcagatagaggtgagaaaccgaaattgttgat 482  Q
    || |||  ||||||||| ||||||||||||  | ||||||| || |||||||||||    
T  14542818 tgcttgaggttgaaagctttgagagcagattcatgtgagaacccaaaattgttgat 14542763  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #7
Raw Score: 135; E-Value: 4e-70
Query Start/End: Original strand, 11 - 485
Target Start/End: Complemental strand, 31969407 - 31968933
Alignment:
Q  11 gaagcaagctagcaatgtcagaatcagaaactccaaaatcagtcatcaaattgatattagccgcaacaaggtgataggaattaaaagtaacataagtcga 110  Q
    ||||||| ||||||||| |||||||| ||||||||||||||  ||||||||||||||||||| | | ||||| |  || || || | |||   |  | ||    
T  31969407 gaagcaatctagcaatggcagaatcataaactccaaaatcaaccatcaaattgatattagcctctagaaggttaaggggataaacaataaacgaccttga 31969308  T
Q  111 atgtcgaagtaagcaaagaatgacatccttgttggttttcaagaagctacttaacaattgaaaaagagggataattcgttcctccaagctacttcgcaaa 210  Q
    |||||||| |||| ||| |||   |||||||||||||||| | || ||| |||||||||||||||||||||| |||||||  |||||||||||| | |||    
T  31969307 atgtcgaattaagtaaacaatagtatccttgttggttttcgaaaacctatttaacaattgaaaaagagggattattcgtttgtccaagctactttgtaaa 31969208  T
Q  211 attcgagggtttgctgttatgaatgaaacaatatcagatgaagtagcacctttggatagaaaaaattcaaacttgggcaaaattatatagtggggttgta 310  Q
    ||  |||||||||| ||||  |||| ||||||||||||| ||| |||||| ||||||| |||||||| |||||| ||||| |   | | ||||||||||     
T  31969207 atgtgagggtttgcagttaacaatggaacaatatcagataaagaagcaccattggatataaaaaattgaaacttaggcaataaccttttgtggggttgtg 31969108  T
Q  311 atgaaagtaaccatggtgcttttctaatgatgattcgtatatcagagtgtgaaaaatcacgatttttgaagaaattgataactgaattaggattttctgc 410  Q
    ||||||||||||||||||||||| | |||| ||| ||||| ||||||| ||||||| || | ||||  |||||  ||||||| |||| |||||| ||||     
T  31969107 atgaaagtaaccatggtgcttttttgatgaagatgcgtatgtcagagtttgaaaaaccatggttttgaaagaaggtgataacagaatcaggattatctga 31969008  T
Q  411 ggatttgaaaagaacctgattgttgttgaaagccttgagagcagatagaggtgagaaaccgaaattgttgataag 485  Q
    ||  |||||| ||||||| |||  ||||||||| |||||||| |||  || ||||||| | ||||||||||||||    
T  31969007 ggtattgaaacgaacctgcttgaggttgaaagctttgagagctgattcagttgagaaatcaaaattgttgataag 31968933  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #8
Raw Score: 133; E-Value: 6e-69
Query Start/End: Original strand, 33 - 482
Target Start/End: Complemental strand, 14512542 - 14512087
Alignment:
Q  33 atcagaaactccaaaatcagtcatcaaattgatattagccgcaacaaggtgataggaattaaaagtaacataagtcgaatgtcgaagtaagcaaagaatg 132  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| | ||| ||||||||||| ||||  || ||    |||| ||| ||||| |||||||||||||    
T  14512542 atcagaaactccaaaatcagacatcaaattgatattagacacaataaggtgatagggattagtagcaaatgcagtccaatatcgaattaagcaaagaatg 14512443  T
Q  133 acatccttgttggttttcaagaagctacttaacaattgaaaaagagggataattcgttcctccaag------ctacttcgcaaaattcgagggtttgctg 226  Q
    | ||||||||||||||||||||| |||||||| |||| |||||||||||| ||| ||| |||||||      |||||||| ||||||| ||||||||  |    
T  14512442 atatccttgttggttttcaagaacctacttaataattcaaaaagagggattatttgtttctccaagtccaagctacttcgtaaaattctagggtttgtag 14512343  T
Q  227 ttatgaatgaaacaatatcagatgaagtagcacctttggatagaaaaaattcaaacttgggcaaaattatatagtggggttgtaatgaaagtaaccatgg 326  Q
    |||  |||| |||||||||||| |||| |||| | |||||||||||||||| |||||| |||||||   | | |||||||||| ||||||||||||||||    
T  14512342 ttaacaatggaacaatatcagaggaagaagcagcattggatagaaaaaattgaaactttggcaaaaaccttttgtggggttgtgatgaaagtaaccatgg 14512243  T
Q  327 tgcttttctaatgatgattcgtatatcagagtgtgaaaaatcacgatttttgaagaaattgataactgaattaggattttctgcggatttgaaaagaacc 426  Q
    |||| |||| || ||||| ||||| |    |||||||||  || ||||||  |||||  |||| ||||||| ||| || |||||||  |||||| ||||     
T  14512242 tgctcttctgatcatgatgcgtatgttgtcgtgtgaaaagccatgattttgaaagaaggtgatgactgaatcaggtttatctgcggtattgaaacgaaca 14512143  T
Q  427 tgattgttgttgaaagccttgagagcagatagaggtgagaaaccgaaattgttgat 482  Q
    || |||| ||||||||  |||||||| |||  | ||| |||||| |||||||||||    
T  14512142 tgcttgtagttgaaagatttgagagctgattcatgtgtgaaaccaaaattgttgat 14512087  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #9
Raw Score: 125; E-Value: 4e-64
Query Start/End: Original strand, 3 - 490
Target Start/End: Complemental strand, 14520406 - 14519919
Alignment:
Q  3 ccttttttgaagcaagctagcaatgtcagaatcagaaactccaaaatcagtcatcaaattgatattagccgcaacaaggtgataggaattaaaagtaaca 102  Q
    |||| |||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||| | | ||  ||||||| || || | |||      
T  14520406 ccttgtttgaagcaatctagcaatgttagaatcagaaactccaaattcaatcatcaaattgatattagcctctagaacatgatagggataaataataaac 14520307  T
Q  103 ta-agtcgaatgtcgaagtaagcaaagaatgacatccttgttggttttcaagaagctacttaacaattgaaaaagagggataattcgttcctccaagcta 201  Q
     | ||| |||| ||||| |||||||| ||||  |||||||||||||||| | || ||| |||||||||||||||||||||| ||||||| |||||| |||    
T  14520306 gatagt-gaatttcgaattaagcaaacaatggtatccttgttggttttcgaaaacctatttaacaattgaaaaagagggattattcgtttctccaaacta 14520208  T
Q  202 cttcgcaaaattcgagggtttgctgttatgaatgaaacaatatcagatgaagtagcacctttggatagaaaaaattcaaacttgggcaaaattatatagt 301  Q
    ||| | ||||||  ||| ||||| ||||  |    || ||||||||| |||| |||||||||||| || ||||||| |||||| ||||| |  || | ||    
T  14520207 ctttgtaaaattttaggatttgcagttaacaggcgaataatatcagaggaagaagcacctttggagagtaaaaattgaaactttggcaataccattttgt 14520108  T
Q  302 ggggttgtaatgaaagtaaccatggtgcttttctaatgatgattcgtatatcagagtgtgaaaaatcacgatttttgaagaaattgataactgaattagg 401  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||||| | |||||||| ||||| | |  |||||||||  || | ||||  |||||  ||||||| |||| |||    
T  14520107 ggggttgtgatgaaagtaaccatggtgcttttgtgatgatgatgcgtatgttatcgtgtgaaaagccatggttttgaaagaaggtgataacagaatcagg 14520008  T
Q  402 attttctgcggatttgaaaagaacctgattgttgttgaaagccttgagagcagatagaggtgagaaaccgaaattgttgataaggtatg 490  Q
    ||| |||| ||  |||||| |||||||  ||||||||||||| |||||||| |||  | |||||||||| || |||||||  |||||||    
T  14520007 attatctggggtattgaaacgaacctgtctgttgttgaaagctttgagagccgattcatgtgagaaaccaaatttgttgacgaggtatg 14519919  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #10
Raw Score: 117; E-Value: 2e-59
Query Start/End: Original strand, 11 - 485
Target Start/End: Complemental strand, 15013487 - 15013016
Alignment:
Q  11 gaagcaagctagcaatgtcagaatcagaaactccaaaatcagtcatcaaattgatattagccgcaacaaggtgataggaattaaaagtaacataagtcga 110  Q
    ||||||| ||||||||| |||||||| ||||||||||||||  ||||||||||||||||||| | | |||||||  || | | |   |||   |  | ||    
T  15013487 gaagcaatctagcaatggcagaatcacaaactccaaaatcaaccatcaaattgatattagcctctagaaggtgaaggggagtta---taaacgaccttga 15013391  T
Q  111 atgtcgaagtaagcaaagaatgacatccttgttggttttcaagaagctacttaacaattgaaaaagagggataattcgttcctccaagctacttcgcaaa 210  Q
    || | ||| |||| ||| |||   |||||||||||||||||| || ||| |||| ||||||||||||||||| || ||||  |||||||||||| | |||    
T  15013390 atttagaattaagtaaacaatagtatccttgttggttttcaaaaacctatttaataattgaaaaagagggattatccgtttgtccaagctactttgtaaa 15013291  T
Q  211 attcgagggtttgctgttatgaatgaaacaatatcagatgaagtagcacctttggatagaaaaaattcaaacttgggcaaaattatatagtggggttgta 310  Q
    ||  |||||||||| ||||  |||| ||||||||||||| ||| |||||| ||||||| |||||||| |||||| ||||| |   | | ||||||||||     
T  15013290 atgtgagggtttgcagttaacaatggaacaatatcagataaagaagcaccgttggatataaaaaattgaaacttaggcaataaccttttgtggggttgtg 15013191  T
Q  311 atgaaagtaaccatggtgcttttctaatgatgattcgtatatcagagtgtgaaaaatcacgatttttgaagaaattgataactgaattaggattttctgc 410  Q
    ||||||||||||||||||||||| | |||||||| ||||| ||||||||||||||| || | ||||  ||||| ||||| ||||| | |||||| ||||     
T  15013190 atgaaagtaaccatggtgcttttttgatgatgatgcgtatgtcagagtgtgaaaaaccatggttttgaaagaagttgatgactgagtcaggattatctgg 15013091  T
Q  411 ggatttgaaaagaacctgattgttgttgaaagccttgagagcagatagaggtgagaaaccgaaattgttgataag 485  Q
    ||  |||||| |||| ||  ||  ||||||||| |||||||| |||  || ||||||| | ||||||||||||||    
T  15013090 ggtattgaaacgaacttgcctgaggttgaaagctttgagagctgattcagttgagaaatcaaaattgttgataag 15013016  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #11
Raw Score: 102; E-Value: 2e-50
Query Start/End: Original strand, 10 - 275
Target Start/End: Complemental strand, 14567631 - 14567366
Alignment:
Q  10 tgaagcaagctagcaatgtcagaatcagaaactccaaaatcagtcatcaaattgatattagccgcaacaaggtgataggaattaaaagtaacataagtcg 109  Q
    |||||||| ||||||||| ||  |||||||||||||||||||| ||||||||||| |||| ||  || ||||||||||||||| | || ||    ||| |    
T  14567631 tgaagcaaactagcaatgacattatcagaaactccaaaatcagacatcaaattgacattatccataataaggtgataggaattcatagaaaatgcagttg 14567532  T
Q  110 aatgtcgaagtaagcaaagaatgacatccttgttggttttcaagaagctacttaacaattgaaaaagagggataattcgttcctccaagctacttcgcaa 209  Q
    |||| |||| |||||||| ||||| ||| |||||||||||||||||  |||||||||||| |||||||||||| ||||||| |||||| ||| |  ||||    
T  14567531 aatgccgaattaagcaaataatgatatctttgttggttttcaagaacttacttaacaattcaaaaagagggattattcgtttctccaaactaatatgcaa 14567432  T
Q  210 aattcgagggtttgctgttatgaatgaaacaatatcagatgaagtagcacctttggatagaaaaaa 275  Q
    ||||  ||||||||  ||||  ||||||||||| ||||| |||| |||||||||||||||||||||    
T  14567431 aattatagggtttgaagttaacaatgaaacaatctcagaggaagaagcacctttggatagaaaaaa 14567366  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #12
Raw Score: 98; E-Value: 5e-48
Query Start/End: Original strand, 7 - 284
Target Start/End: Complemental strand, 15024021 - 15023744
Alignment:
Q  7 ttttgaagcaagctagcaatgtcagaatcagaaactccaaaatcagtcatcaaattgatattagccgcaacaaggtgataggaattaaaagtaacataag 106  Q
    ||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||  |||| ||||||| ||||| ||| |||||||| || || |  ||||||  |      
T  15024021 ttttgaagcaatctagcaatgacagaatcagaaactccaaaatcagaaatcagattgatactagccacaataaggtgatggggatgactagtaacccatt 15023922  T
Q  107 tcgaatgtcgaagtaagcaaagaatgacatccttgttggttttcaagaagctacttaacaattgaaaaagagggataattcgttcctccaagctacttcg 206  Q
    |||||||| ||| |||||||| |||   ||||||||| ||||| ||||| ||  ||| ||||| |||||||||||| ||||| | ||| |||||| || |    
T  15023921 tcgaatgttgaattaagcaaacaatagtatccttgttagttttaaagaaccttgttagcaatttaaaaagagggattattcgattctcaaagctagtttg 15023822  T
Q  207 caaaattcgagggtttgctgttatgaatgaaacaatatcagatgaagtagcacctttggatagaaaaaattcaaactt 284  Q
     |||||| |||||| ||  ||||  ||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  15023821 taaaatttgagggtatgtagttaacaatgaaacaatatgagatgaagaagcacctttggatagaaaaaattcaaactt 15023744  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #13
Raw Score: 93; E-Value: 5e-45
Query Start/End: Original strand, 8 - 284
Target Start/End: Complemental strand, 14552594 - 14552318
Alignment:
Q  8 tttgaagcaagctagcaatgtcagaatcagaaactccaaaatcagtcatcaaattgatattagccgcaacaaggtgataggaattaaaagtaacataagt 107  Q
    |||||||||| ||||||||| |||||| ||| || |||||||||| ||||| ||| ||||||||| ||| |||||||| || || |  || |||  |  |    
T  14552594 tttgaagcaatctagcaatgacagaatgagacacgccaaaatcagacatcagattaatattagccacaataaggtgatggggataactagcaacccattt 14552495  T
Q  108 cgaatgtcgaagtaagcaaagaatgacatccttgttggttttcaagaagctacttaacaattgaaaaagagggataattcgttcctccaagctacttcgc 207  Q
    ||||||||||| |||||||| |||   ||||||||| ||||| |||||  | |||||||||| |||||||||||| |||||||  |||| ||||||| |     
T  14552494 cgaatgtcgaattaagcaaacaattgtatccttgttagttttaaagaacattcttaacaattcaaaaagagggattattcgtttgtccaggctactttgt 14552395  T
Q  208 aaaattcgagggtttgctgttatgaatgaaacaatatcagatgaagtagcacctttggatagaaaaaattcaaactt 284  Q
    |||||| |||||||||  ||||  ||||||| ||||| |||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  14552394 aaaatttgagggtttgaagttaacaatgaaataatatgagatgaagaagcacctttggatagaaaatattcaaactt 14552318  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #14
Raw Score: 91; E-Value: 7e-44
Query Start/End: Original strand, 10 - 284
Target Start/End: Original strand, 14850409 - 14850683
Alignment:
Q  10 tgaagcaagctagcaatgtcagaatcagaaactccaaaatcagtcatcaaattgatattagccgcaacaaggtgataggaattaaaagtaacataagtcg 109  Q
    |||||||  ||||||||| ||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| || | |||||| ||| | |||||    ||| |    
T  14850409 tgaagcatactagcaatgacattatcagaaactccaaaatcagtcatcaaattgatattagccacaataatgcgatagggatttatagtaaatgcagtgg 14850508  T
Q  110 aatgtcgaagtaagcaaagaatgacatccttgttggttttcaagaagctacttaacaattgaaaaagagggataattcgttcctccaagctacttcgcaa 209  Q
    ||  ||||| |||||| ||||||  ||||||| ||| ||||||||| |||||||| |||| |||||||||||| |||||||  || ||||||  | | ||    
T  14850509 aacatcgaattaagcagagaatggtatccttgctggatttcaagaacctacttaataattcaaaaagagggattattcgtttgtctaagctatattgtaa 14850608  T
Q  210 aattcgagggtttgctgttatgaatgaaacaatatcagatgaagtagcacctttggatagaaaaaattcaaactt 284  Q
    |||| |||||||||  ||||  ||||||| ||||| ||| |||| ||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  14850609 aatttgagggtttgaagttaacaatgaaataatatgagaggaagaagcacctttggatagaaaatattcaaactt 14850683  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #15
Raw Score: 84; E-Value: 1e-39
Query Start/End: Original strand, 1 - 344
Target Start/End: Complemental strand, 15019992 - 15019649
Alignment:
Q  1 ggccttttttgaagcaagctagcaatgtcagaatcagaaactccaaaatcagtcatcaaattgatattagccgcaacaaggtgataggaattaaaagtaa 100  Q
    |||||| || ||||||| |||||||||  ||||||||||| ||||||||||  ||||||||||||||||| | ||| | ||| || || ||||  || ||    
T  15019992 ggccttgttcgaagcaatctagcaatggtagaatcagaaaatccaaaatcaaccatcaaattgatattagacacaatacggtcatggggattagtagaaa 15019893  T
Q  101 cataagtcgaatgtcgaagtaagcaaagaatgacatccttgttggttttcaagaagctacttaacaattgaaaaagagggataattcgttcctccaagct 200  Q
        |||| ||| ||||| |||||||| ||||| ||||||||||||||||||| | |||||||| |||| ||||| |||||| ||||||  |||||||||    
T  15019892 atgcagtccaatatcgaattaagcaaacaatgatatccttgttggttttcaagtacctacttaataattcaaaaaaagggattattcgtctctccaagct 15019793  T
Q  201 acttcgcaaaattcgagggtttgctgttatgaatgaaacaatatcagatgaagtagcacctttggatagaaaaaattcaaacttgggcaaaattatatag 300  Q
    || | | ||||||| ||||| ||| ||||  |||| || ||||||||| |||  || | | |  |||||||| |||| |||||| ||||| |  || | |    
T  15019792 accttgtaaaattctagggtgtgcagttaacaatggaataatatcagaggaataagaagcatcagatagaaagaattgaaactttggcaataacattttg 15019693  T
Q  301 tggggttgtaatgaaagtaaccatggtgcttttctaatgatgat 344  Q
    ||||||||| ||||||||||||| ||||||||| | ||||||||    
T  15019692 tggggttgtgatgaaagtaaccaaggtgcttttttgatgatgat 15019649  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #16
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000003
Query Start/End: Original strand, 3 - 71
Target Start/End: Original strand, 14847692 - 14847760
Alignment:
Q  3 ccttttttgaagcaagctagcaatgtcagaatcagaaactccaaaatcagtcatcaaattgatattagc 71  Q
    ||||||||||||||| ||| |||||  ||||||  ||||||||||||||||| | ||||||||| ||||    
T  14847692 ccttttttgaagcaatctatcaatggtagaatcgcaaactccaaaatcagtcctaaaattgataatagc 14847760  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #17
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 237 - 292
Target Start/End: Original strand, 14476142 - 14476197
Alignment:
Q  237 aacaatatcagatgaagtagcacctttggatagaaaaaattcaaacttgggcaaaa 292  Q
    |||||| ||||||| || |||||||||||| |||||||||| |||||| |||||||    
T  14476142 aacaatgtcagatgtagaagcacctttggagagaaaaaattgaaactttggcaaaa 14476197  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 163; Significance: 8e-87; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 163; E-Value: 8e-87
Query Start/End: Original strand, 206 - 456
Target Start/End: Original strand, 17357017 - 17357266
Alignment:
Q  206 gcaaaattcgagggtttgctgttatgaatgaaacaatatcagatgaagtagcacctttggatagaaaaaattcaaacttgggcaaaattatatagtgggg 305  Q
    ||||||||  ||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||     
T  17357017 gcaaaattgtagggtttgcagttacgaatgaaacaatatcagatgaagtagcacctttggatagaaaaaattcaaactttggcaaaattatattgtggga 17357116  T
Q  306 ttgtaatgaaagtaaccatggtgcttttctaatgatgattcgtatatcagagtgtgaaaaatcacgatttttgaagaaattgataactgaattaggattt 405  Q
    |||||||||||  |||||||||||||||||| |||||||||| || || ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  17357117 ttgtaatgaaacaaaccatggtgcttttctattgatgattcgaatgtcggagtgtgcaaaatcacgatttttgaagaaattgataactgaattagg-ttt 17357215  T
Q  406 tctgcggatttgaaaagaacctgattgttgttgaaagccttgagagcagat 456  Q
    |||||  ||||||||||||| || |||||||||||||| |||| |||||||    
T  17357216 tctgcaaatttgaaaagaacatgtttgttgttgaaagctttgaaagcagat 17357266  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 31; Significance: 0.00000005; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000005
Query Start/End: Original strand, 120 - 182
Target Start/End: Original strand, 38524890 - 38524952
Alignment:
Q  120 taagcaaagaatgacatccttgttggttttcaagaagctacttaacaattgaaaaagagggat 182  Q
    ||||||||||||| ||| ||| ||||||||||  || ||||||||| ||| ||||||||||||    
T  38524890 taagcaaagaatggcattcttcttggttttcagaaacctacttaacgattcaaaaagagggat 38524952  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University