View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF15809_low_2 (Length: 288)

Name: NF15809_low_2
Description: NF15809
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF15809_low_2
NF15809_low_2
[»] chr1 (10 HSPs)
chr1 (18-276)||(924411-924669)
chr1 (30-269)||(916372-916611)
chr1 (37-275)||(909897-910135)
chr1 (68-251)||(936684-936867)
chr1 (37-246)||(419496-419705)
chr1 (37-246)||(975456-975665)
chr1 (74-251)||(949599-949776)
chr1 (68-251)||(942604-942787)
chr1 (68-251)||(960565-960748)
chr1 (68-251)||(971874-972057)
[»] scaffold0312 (1 HSPs)
scaffold0312 (37-246)||(10866-11075)


Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 255; Significance: 1e-142; HSPs: 10)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 255; E-Value: 1e-142
Query Start/End: Original strand, 18 - 276
Target Start/End: Original strand, 924411 - 924669
Alignment:
Q  18 ccatccaatggattatccatatgcagtgttttattgtcacaaactacgtgcaactaaagtttactatttgcctatggaaggtgttgatggaaccaaagtt 117  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  924411 ccatccaatggattatccatatacagtgttttattgtcacaaactacgtgcaactaaagtttactatttgcctatggaaggtgttgatggaaccaaagtt 924510  T
Q  118 aaagctgttgctatttgccactctgatacttcacaatggagtcctaaacatttggcttttcaagtactcaaaattcaacctggaactgttccagtttgcc 217  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  924511 aaagctgttgctatttgccactctgatacttcacaatggagtcctaaacatttggcttttcaagtactcaaaattcaacctggaactgttccagtttgcc 924610  T
Q  218 acttcttaccacagggtcatgttgtttggttttcaaaataaaaccaccaatttcatctc 276  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  924611 acttcttaccacagggtcatgttgtttggttttcaaaataaaaccaccaatttcatctc 924669  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 172; E-Value: 2e-92
Query Start/End: Original strand, 30 - 269
Target Start/End: Original strand, 916372 - 916611
Alignment:
Q  30 ttatccatatgcagtgttttattgtcacaaactacgtgcaactaaagtttactatttgcctatggaaggtgttgatggaaccaaagttaaagctgttgct 129  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||| ||| ||||    
T  916372 ttatccatatgcagtgttttattgtcacaaattacgggcaactaaagtttactatttgcctatggaaggtattgatggtaccaaagttaaaactgctgct 916471  T
Q  130 atttgccactctgatacttcacaatggagtcctaaacatttggcttttcaagtactcaaaattcaacctggaactgttccagtttgccacttcttaccac 229  Q
    |||||||||  ||||||||||||||||||||| || |||||||||||||| ||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||    
T  916472 atttgccacaatgatacttcacaatggagtcccaagcatttggcttttcatgtactcaaggttcaacctggaactgttccagtttgccacttcctacaac 916571  T
Q  230 agggtcatgttgtttggttttcaaaataaaaccaccaatt 269  Q
    | ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  916572 atggtcatgttatttggttttcaaaataaaaccaccaatt 916611  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 127; E-Value: 1e-65
Query Start/End: Original strand, 37 - 275
Target Start/End: Original strand, 909897 - 910135
Alignment:
Q  37 tatgcagtgttttattgtcacaaactacgtgcaactaaagtttactatttgcctatggaaggtgttgatggaaccaaagttaaagctgttgctatttgcc 136  Q
    |||||||| ||||| |||||||||  |  ||||||||||||||||| | ||||| ||||||||| ||||||||  | |||||||||||||||||||||||    
T  909897 tatgcagttttttactgtcacaaaacagatgcaactaaagtttactctgtgcctttggaaggtgctgatggaagtagagttaaagctgttgctatttgcc 909996  T
Q  137 actctgatacttcacaatggagtcctaaacatttggcttttcaagtactcaaaattcaacctggaactgttccagtttgccacttcttaccacagggtca 236  Q
    |||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||| |||||| ||||||  |||||| |||||||||||||| || ||| |||||||||    
T  909997 actctgatacttcacaatggagccttaaacatttggcttttcaagtgctcaaagttcaacaaggaacttttccagtttgccacatcctacaacagggtca 910096  T
Q  237 tgttgtttggttttcaaaataaaaccaccaatttcatct 275  Q
     |||||||||||||| || ||||| |||||||| |||||    
T  910097 agttgtttggttttccaagtaaaaacaccaattccatct 910135  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 104; E-Value: 7e-52
Query Start/End: Original strand, 68 - 251
Target Start/End: Original strand, 936684 - 936867
Alignment:
Q  68 caactaaagtttactatttgcctatggaaggtgttgatggaaccaaagttaaagctgttgctatttgccactctgatacttcacaatggagtcctaaaca 167  Q
    ||||||||||||||| | ||||| ||||||||||||||||||  | |||||||||||||||| | || ||| |||||||||||||||||| |||||||||    
T  936684 caactaaagtttactctgtgcctttggaaggtgttgatggaagtagagttaaagctgttgctgtgtgtcacactgatacttcacaatggaatcctaaaca 936783  T
Q  168 tttggcttttcaagtactcaaaattcaacctggaactgttccagtttgccacttcttaccacagggtcatgttgtttggttttc 251  Q
    ||||||||||||||| |||||  ||||||||||||||||||||||||| |||||| | || |||| ||||||||||||| ||||    
T  936784 tttggcttttcaagtgctcaatgttcaacctggaactgttccagtttgtcacttccttcctcaggatcatgttgtttgggtttc 936867  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 78; E-Value: 2e-36
Query Start/End: Original strand, 37 - 246
Target Start/End: Complemental strand, 419705 - 419496
Alignment:
Q  37 tatgcagtgttttattgtcacaaactacgtgcaactaaagtttactatttgcctatggaaggtgttgatggaaccaaagttaaagctgttgctatttgcc 136  Q
    |||||||||||||| |||||||||  |  | ||||||||| ||||| | ||||| |||| |||| |||||||| || |||||||||| ||||| | || |    
T  419705 tatgcagtgttttactgtcacaaaacagatacaactaaagcttactctgtgcctttggagggtgctgatggaagcagagttaaagctattgctgtgtgtc 419606  T
Q  137 actctgatacttcacaatggagtcctaaacatttggcttttcaagtactcaaaattcaacctggaactgttccagtttgccacttcttaccacagggtca 236  Q
    || ||||||| ||| ||||||  || ||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||| ||| || ||||  ||| |||    
T  419605 acactgatacatcagaatggaacccaaaacatttggcatttcaagtactcaaagttcaacctgggactgttccagtttgtcacctcctacctgaggatca 419506  T
Q  237 tgttgtttgg 246  Q
    ||||||||||    
T  419505 tgttgtttgg 419496  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 78; E-Value: 2e-36
Query Start/End: Original strand, 37 - 246
Target Start/End: Original strand, 975456 - 975665
Alignment:
Q  37 tatgcagtgttttattgtcacaaactacgtgcaactaaagtttactatttgcctatggaaggtgttgatggaaccaaagttaaagctgttgctatttgcc 136  Q
    |||||||||||||| |||||||||  |  | ||||||||| ||||| | ||||| |||| |||| |||||||| || |||||||||| ||||| | || |    
T  975456 tatgcagtgttttactgtcacaaaacagatacaactaaagcttactctgtgcctttggagggtgctgatggaagcagagttaaagctattgctgtgtgtc 975555  T
Q  137 actctgatacttcacaatggagtcctaaacatttggcttttcaagtactcaaaattcaacctggaactgttccagtttgccacttcttaccacagggtca 236  Q
    || ||||||| ||| ||||||  || ||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||| ||| || ||||  ||| |||    
T  975556 acactgatacatcagaatggaacccaaaacatttggcatttcaagtactcaaagttcaacctgggactgttccagtttgtcacctcctacctgaggatca 975655  T
Q  237 tgttgtttgg 246  Q
    ||||||||||    
T  975656 tgttgtttgg 975665  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #7
Raw Score: 62; E-Value: 8e-27
Query Start/End: Original strand, 74 - 251
Target Start/End: Original strand, 949599 - 949776
Alignment:
Q  74 aagtttactatttgcctatggaaggtgttgatggaaccaaagttaaagctgttgctatttgccactctgatacttcacaatggagtcctaaacatttggc 173  Q
    ||||||||| | ||||  |||||||||||||||||| ||  |||||| || ||| | |||| ||| ||||||| ||| ||||||  ||||||||||||||    
T  949599 aagtttactctgtgcccttggaaggtgttgatggaaacatggttaaaactattgttgtttgtcacactgatacatcagaatggaaccctaaacatttggc 949698  T
Q  174 ttttcaagtactcaaaattcaacctggaactgttccagtttgccacttcttaccacagggtcatgttgtttggttttc 251  Q
    ||||||||| |||||| ||||||| || ||||||||  |||| ||| || | ||||||| ||||||||||||| ||||    
T  949699 ttttcaagtgctcaaagttcaaccagggactgttcctatttgtcacatcctcccacaggatcatgttgtttgggtttc 949776  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #8
Raw Score: 60; E-Value: 1e-25
Query Start/End: Original strand, 68 - 251
Target Start/End: Original strand, 942604 - 942787
Alignment:
Q  68 caactaaagtttactatttgcctatggaaggtgttgatggaaccaaagttaaagctgttgctatttgccactctgatacttcacaatggagtcctaaaca 167  Q
    ||||| ||||||||| | ||||  |||||||||||||||||| ||  |||||| || ||||| |||| ||| ||||||| ||| |||||| |||||||||    
T  942604 caactgaagtttactctgtgccattggaaggtgttgatggaaacatggttaaaactattgctgtttgtcacactgatacatcagaatggaatcctaaaca 942703  T
Q  168 tttggcttttcaagtactcaaaattcaacctggaactgttccagtttgccacttcttaccacagggtcatgttgtttggttttc 251  Q
    |||||||||| | || || ||| ||||||| || ||||||||  |||| ||| || | ||||||| ||||||||||||| ||||    
T  942704 tttggctttttatgtgcttaaagttcaaccagggactgttcctatttgtcacatcctcccacaggatcatgttgtttgggtttc 942787  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #9
Raw Score: 60; E-Value: 1e-25
Query Start/End: Original strand, 68 - 251
Target Start/End: Original strand, 960565 - 960748
Alignment:
Q  68 caactaaagtttactatttgcctatggaaggtgttgatggaaccaaagttaaagctgttgctatttgccactctgatacttcacaatggagtcctaaaca 167  Q
    ||||| ||||||||| | ||||  |||||||||||||||||| ||  |||||| || ||||| |||| ||| ||||||| ||| |||||| |||||||||    
T  960565 caactgaagtttactctgtgccattggaaggtgttgatggaaacatggttaaaactattgctgtttgtcacactgatacatcagaatggaatcctaaaca 960664  T
Q  168 tttggcttttcaagtactcaaaattcaacctggaactgttccagtttgccacttcttaccacagggtcatgttgtttggttttc 251  Q
    |||||||||| | || || ||| ||||||| || ||||||||  |||| ||| || | ||||||| ||||||||||||| ||||    
T  960665 tttggctttttatgtgcttaaagttcaaccagggactgttcctatttgtcacatcctcccacaggatcatgttgtttgggtttc 960748  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #10
Raw Score: 60; E-Value: 1e-25
Query Start/End: Original strand, 68 - 251
Target Start/End: Original strand, 971874 - 972057
Alignment:
Q  68 caactaaagtttactatttgcctatggaaggtgttgatggaaccaaagttaaagctgttgctatttgccactctgatacttcacaatggagtcctaaaca 167  Q
    ||||| ||||||||| | ||||  |||||||||||||||||| ||  |||||| || ||||| |||| ||| ||||||| ||| |||||| |||||||||    
T  971874 caactgaagtttactctgtgccattggaaggtgttgatggaaacatggttaaaactattgctgtttgtcacactgatacatcagaatggaatcctaaaca 971973  T
Q  168 tttggcttttcaagtactcaaaattcaacctggaactgttccagtttgccacttcttaccacagggtcatgttgtttggttttc 251  Q
    |||||||||| | || || ||| ||||||| || ||||||||  |||| ||| || | ||||||| ||||||||||||| ||||    
T  971974 tttggctttttatgtgcttaaagttcaaccagggactgttcctatttgtcacatcctcccacaggatcatgttgtttgggtttc 972057  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0312 (Bit Score: 78; Significance: 2e-36; HSPs: 1)
Name: scaffold0312
Description:

Target: scaffold0312; HSP #1
Raw Score: 78; E-Value: 2e-36
Query Start/End: Original strand, 37 - 246
Target Start/End: Original strand, 10866 - 11075
Alignment:
Q  37 tatgcagtgttttattgtcacaaactacgtgcaactaaagtttactatttgcctatggaaggtgttgatggaaccaaagttaaagctgttgctatttgcc 136  Q
    |||||||||||||| |||||||||  |  | ||||||||| ||||| | ||||| |||| |||| |||||||| || |||||||||| ||||| | || |    
T  10866 tatgcagtgttttactgtcacaaaacagatacaactaaagcttactctgtgcctttggagggtgctgatggaagcagagttaaagctattgctgtgtgtc 10965  T
Q  137 actctgatacttcacaatggagtcctaaacatttggcttttcaagtactcaaaattcaacctggaactgttccagtttgccacttcttaccacagggtca 236  Q
    || ||||||| ||| ||||||  || ||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||| ||| || ||||  ||| |||    
T  10966 acactgatacatcagaatggaacccaaaacatttggcatttcaagtactcaaagttcaacctgggactgttccagtttgtcacctcctacctgaggatca 11065  T
Q  237 tgttgtttgg 246  Q
    ||||||||||    
T  11066 tgttgtttgg 11075  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University