View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF1580_low_25 (Length: 335)

Name: NF1580_low_25
Description: NF1580
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF1580_low_25
NF1580_low_25
[»] chr5 (5 HSPs)
chr5 (20-320)||(6399479-6399782)
chr5 (20-320)||(6412720-6413023)
chr5 (20-327)||(6409977-6410284)
chr5 (22-160)||(6405258-6405396)
chr5 (227-290)||(6403009-6403072)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 254; Significance: 1e-141; HSPs: 5)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 254; E-Value: 1e-141
Query Start/End: Original strand, 20 - 320
Target Start/End: Complemental strand, 6399782 - 6399479
Alignment:
Q  20 tctggaagagtataaagcagctgcaaaagctttggataaggggattg---gggatcctgatgcagtgaaagcatttaacgtgatggactctgacaaagat 116  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    | ||   ||||||||||||||||||||| |  ||||||||||||||||||    
T  6399782 tctggaagagtataaagcagctgcaaaagctttggataaggggattatttgtgacaatgatgcagtgaaagcatttaaagcaatggactctgacaaagat 6399683  T
Q  117 ggcttcatagactttaaagagtttatggaaatgttcaatggagagggtagtaagataaaagaagaagatattaagagtgcttttcaagtatttgatataa 216  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6399682 ggcttcatagactttaaagagtttatggaaatgttcaatggagaaggtagtaagataaaagaagaagatattaagagtgcttttcaagtatttgatataa 6399583  T
Q  217 atggtgatgggaaaattagtgctgaggaattgtctcaaatatttaagaggttaggagagagttgtagccttagtgcttgtaagaaaatggtgaaaggggt 316  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6399582 atggtgatgggaaaattagtgctgaggaattgtctcaaatatttaagaggttaggagagagttgtagccttagtgcttgtaagaaaatggtgaaaggggt 6399483  T
Q  317 tgat 320  Q
    ||||    
T  6399482 tgat 6399479  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 254; E-Value: 1e-141
Query Start/End: Original strand, 20 - 320
Target Start/End: Original strand, 6412720 - 6413023
Alignment:
Q  20 tctggaagagtataaagcagctgcaaaagctttggataaggggattg---gggatcctgatgcagtgaaagcatttaacgtgatggactctgacaaagat 116  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    | ||   ||||||||||||||||||||| |  ||||||||||||||||||    
T  6412720 tctggaagagtataaagcagctgcaaaagctttggataaggggattatttgtgacaatgatgcagtgaaagcatttaaagcaatggactctgacaaagat 6412819  T
Q  117 ggcttcatagactttaaagagtttatggaaatgttcaatggagagggtagtaagataaaagaagaagatattaagagtgcttttcaagtatttgatataa 216  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6412820 ggcttcatagactttaaagagtttatggaaatgttcaatggagaaggtagtaagataaaagaagaagatattaagagtgcttttcaagtatttgatataa 6412919  T
Q  217 atggtgatgggaaaattagtgctgaggaattgtctcaaatatttaagaggttaggagagagttgtagccttagtgcttgtaagaaaatggtgaaaggggt 316  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6412920 atggtgatgggaaaattagtgctgaggaattgtctcaaatatttaagaggttaggagagagttgtagccttagtgcttgtaagaaaatggtgaaaggggt 6413019  T
Q  317 tgat 320  Q
    ||||    
T  6413020 tgat 6413023  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 248; E-Value: 1e-138
Query Start/End: Original strand, 20 - 327
Target Start/End: Original strand, 6409977 - 6410284
Alignment:
Q  20 tctggaagagtataaagcagctgcaaaagctttggataaggggattggggatcctgatgcagtgaaagcatttaacgtgatggactctgacaaagatggc 119  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6409977 tctggaagagtataaagcagctgcaaaatctttggataaggggattggggatcctgatgcagtgaaagcatttaacgtgatggactctgacaaagatggc 6410076  T
Q  120 ttcatagactttaaagagtttatggaaatgttcaatggagagggtagtaagataaaagaagaagatattaagagtgcttttcaagtatttgatataaatg 219  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    | ||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6410077 ttcatagactttaaagagttcatggaaatgttcaatggagaaaacaataagataaaagaagaggagattaagagtgcttttcaagtatttgatataaatg 6410176  T
Q  220 gtgatgggaaaattagtgctgaggaattgtctcaaatatttaagaggttaggagagagttgtagccttagtgcttgtaagaaaatggtgaaaggggttga 319  Q
    | ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| || ||    
T  6410177 gagatgggaaaatcagtgctgaggaattgtctcaaatatttaagaggttaggagagagttgcagccttagtgcttgtaagaaaatggtgaaaggtgtcga 6410276  T
Q  320 tgatgatg 327  Q
    || |||||    
T  6410277 tggtgatg 6410284  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 103; E-Value: 3e-51
Query Start/End: Original strand, 22 - 160
Target Start/End: Complemental strand, 6405396 - 6405258
Alignment:
Q  22 tggaagagtataaagcagctgcaaaagctttggataaggggattggggatcctgatgcagtgaaagcatttaacgtgatggactctgacaaagatggctt 121  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||| |||||||||||||||||||||| |  ||||||| |||||||||||| ||    
T  6405396 tggaagagtataaagcagctgcaaaagctttggataagggggtaggggatactgatgcagtgaaagcatttaaggccatggactatgacaaagatggatt 6405297  T
Q  122 catagactttaaagagtttatggaaatgttcaatggaga 160  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  6405296 catagactttagagagtttatggaaatgttcaatggaga 6405258  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 60; E-Value: 1e-25
Query Start/End: Original strand, 227 - 290
Target Start/End: Complemental strand, 6403072 - 6403009
Alignment:
Q  227 gaaaattagtgctgaggaattgtctcaaatatttaagaggttaggagagagttgtagccttagt 290  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6403072 gaaaattagtgctgatgaattgtctcaaatatttaagaggttaggagagagttgtagccttagt 6403009  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University