View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF1580_low_30 (Length: 288)

Name: NF1580_low_30
Description: NF1580
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF1580_low_30
NF1580_low_30
[»] scaffold0277 (2 HSPs)
scaffold0277 (1-278)||(3543-3820)
scaffold0277 (1-280)||(12504-12783)
[»] scaffold0419 (1 HSPs)
scaffold0419 (1-280)||(8561-8840)
[»] chr6 (51 HSPs)
chr6 (1-280)||(28787312-28787591)
chr6 (1-280)||(28793433-28793712)
chr6 (3-280)||(26647555-26647832)
chr6 (3-280)||(26753523-26753800)
chr6 (1-280)||(26803520-26803799)
chr6 (1-280)||(27603533-27603812)
chr6 (1-277)||(26624345-26624621)
chr6 (1-277)||(26730322-26730598)
chr6 (1-277)||(26824893-26825169)
chr6 (1-277)||(31285633-31285909)
chr6 (3-274)||(27336930-27337201)
chr6 (3-274)||(27397670-27397941)
chr6 (1-277)||(27609952-27610228)
chr6 (1-277)||(27717331-27717607)
chr6 (1-277)||(27680024-27680300)
chr6 (3-277)||(27426444-27426718)
chr6 (54-274)||(26657092-26657309)
chr6 (54-274)||(26763063-26763280)
chr6 (26-277)||(27697418-27697669)
chr6 (55-277)||(27705086-27705308)
chr6 (112-277)||(26885252-26885417)
chr6 (1-277)||(26862654-26862930)
chr6 (1-277)||(25492151-25492427)
chr6 (3-216)||(27591914-27592127)
chr6 (3-216)||(27676513-27676726)
chr6 (1-277)||(27530136-27530409)
chr6 (139-229)||(26849924-26850014)
chr6 (68-269)||(25484200-25484401)
chr6 (25-269)||(25539641-25539885)
chr6 (1-49)||(28782175-28782223)
chr6 (122-229)||(26636841-26636948)
chr6 (122-229)||(26742807-26742914)
chr6 (96-269)||(25512060-25512233)
chr6 (68-180)||(26144009-26144121)
chr6 (122-213)||(25075062-25075153)
chr6 (122-229)||(26960320-26960427)
chr6 (139-229)||(26950955-26951045)
chr6 (159-277)||(28186626-28186744)
chr6 (139-216)||(27664107-27664184)
chr6 (71-215)||(28140679-28140823)
chr6 (122-277)||(29827181-29827336)
chr6 (122-216)||(26812723-26812817)
chr6 (115-277)||(27215640-27215802)
chr6 (159-277)||(28326710-28326828)
chr6 (159-277)||(28504346-28504464)
chr6 (68-269)||(25580863-25581064)
chr6 (122-278)||(29842823-29842979)
chr6 (38-180)||(26057033-26057175)
chr6 (38-180)||(26077003-26077145)
chr6 (159-216)||(28296633-28296690)
chr6 (159-216)||(28515383-28515440)
[»] chr8 (1 HSPs)
chr8 (1-278)||(29272669-29272946)
[»] chr1 (5 HSPs)
chr1 (1-277)||(28126507-28126783)
chr1 (1-277)||(267172-267448)
chr1 (1-187)||(28163298-28163484)
chr1 (184-277)||(28132333-28132426)
chr1 (123-215)||(26137084-26137176)
[»] scaffold0349 (1 HSPs)
scaffold0349 (1-277)||(2371-2647)
[»] scaffold1870 (1 HSPs)
scaffold1870 (159-280)||(1-122)
[»] scaffold0003 (1 HSPs)
scaffold0003 (3-277)||(60645-60919)
[»] chr4 (8 HSPs)
chr4 (3-277)||(18074837-18075111)
chr4 (7-216)||(18654366-18654575)
chr4 (7-216)||(18678449-18678658)
chr4 (7-216)||(18698289-18698498)
chr4 (75-216)||(18722974-18723115)
chr4 (7-216)||(18730393-18730602)
chr4 (26-216)||(18688515-18688705)
chr4 (159-232)||(5089827-5089900)
[»] chr5 (1 HSPs)
chr5 (159-254)||(16692099-16692194)
[»] scaffold0019 (1 HSPs)
scaffold0019 (159-277)||(57126-57244)
[»] chr2 (1 HSPs)
chr2 (139-215)||(17992109-17992185)


Alignment Details
Target: scaffold0277 (Bit Score: 266; Significance: 1e-148; HSPs: 2)
Name: scaffold0277
Description:

Target: scaffold0277; HSP #1
Raw Score: 266; E-Value: 1e-148
Query Start/End: Original strand, 1 - 278
Target Start/End: Complemental strand, 3820 - 3543
Alignment:
Q  1 ctcgagacaaacacttactaagaagtcatgggatagaaagtacgcatgaagtgaaagggctgtatgggacagaagctctcgagttgttgagatggatggc 100  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  3820 ctcgagacaaacacttgctaagaagtcatgggatagaaagtacgcatgaagtgaaagggctgtatgggacagaagctcttgagttgttgagatggatggc 3721  T
Q  101 ttttaagaataacaaagtaccttcaagttatgaagacgttttaaatcgtgcagtttcatatgcttcgggccttcccttagttttagaaattgtgggttcc 200  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  3720 ttttaagaataacaaagtaccttcaagttatgaagacgttttaaatcgtgcagtttcatatgcttcgggccttcccttagttttagaaatagtgggttcc 3621  T
Q  201 aacttgtttggaaagacgatagaagaatggaagggtacattagatggatatgaaaagattcccaataaaaagatccac 278  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3620 aacttgtttggaaagacgatagaagaatggaagggtacattagatggatatgaaaagattcccaataaaaagatccac 3543  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0277; HSP #2
Raw Score: 264; E-Value: 1e-147
Query Start/End: Original strand, 1 - 280
Target Start/End: Complemental strand, 12783 - 12504
Alignment:
Q  1 ctcgagacaaacacttactaagaagtcatgggatagaaagtacgcatgaagtgaaagggctgtatgggacagaagctctcgagttgttgagatggatggc 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  12783 ctcgagacaaacacttactaagaagtcatgggataaaaagtacgcatgaagtgaaagggctgtatggaacagaagctcttgagttgttgagatggatggc 12684  T
Q  101 ttttaagaataacaaagtaccttcaagttatgaagacgttttaaatcgtgcagtttcatatgcttcgggccttcccttagttttagaaattgtgggttcc 200  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  12683 ttttaagaataacaaagtaccttcaagttatgaagacgttttaaatcgtgcagtttcatatgcttcgggccttcccttagttttagaaatagtgggttcc 12584  T
Q  201 aacttgtttggaaagacgatagaagaatggaagggtacattagatggatatgaaaagattcccaataaaaagatccacga 280  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  12583 aacttgtttggaaagacgatagaagaatggaagggtacattagatggatatgaaaagattcccaataaaaagatccacga 12504  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0419 (Bit Score: 264; Significance: 1e-147; HSPs: 1)
Name: scaffold0419
Description:

Target: scaffold0419; HSP #1
Raw Score: 264; E-Value: 1e-147
Query Start/End: Original strand, 1 - 280
Target Start/End: Original strand, 8561 - 8840
Alignment:
Q  1 ctcgagacaaacacttactaagaagtcatgggatagaaagtacgcatgaagtgaaagggctgtatgggacagaagctctcgagttgttgagatggatggc 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  8561 ctcgagacaaacacttactaagaagtcatgggataaaaagtacgcatgaagtgaaagggctgtatggaacagaagctcttgagttgttgagatggatggc 8660  T
Q  101 ttttaagaataacaaagtaccttcaagttatgaagacgttttaaatcgtgcagtttcatatgcttcgggccttcccttagttttagaaattgtgggttcc 200  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  8661 ttttaagaataacaaagtaccttcaagttatgaagacgttttaaatcgtgcagtttcatatgcttcgggccttcccttagttttagaaatagtgggttcc 8760  T
Q  201 aacttgtttggaaagacgatagaagaatggaagggtacattagatggatatgaaaagattcccaataaaaagatccacga 280  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8761 aacttgtttggaaagacgatagaagaatggaagggtacattagatggatatgaaaagattcccaataaaaagatccacga 8840  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 260; Significance: 1e-145; HSPs: 51)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 260; E-Value: 1e-145
Query Start/End: Original strand, 1 - 280
Target Start/End: Original strand, 28787312 - 28787591
Alignment:
Q  1 ctcgagacaaacacttactaagaagtcatgggatagaaagtacgcatgaagtgaaagggctgtatgggacagaagctctcgagttgttgagatggatggc 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  28787312 ctcgagacaaacacttactaagaagtcatgggatagaaagtacacatgaagtgaaagggctgtatgggacagaagctcttgagttgttgagatggatggc 28787411  T
Q  101 ttttaagaataacaaagtaccttcaagttatgaagacgttttaaatcgtgcagtttcatatgcttcgggccttcccttagttttagaaattgtgggttcc 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  28787412 ttttaagaataacaaagtaccttcaagttatgaagacgttttaaatcgtgcagtttcttatgcttcgggccttcccttagttttagaaatagtgggttcc 28787511  T
Q  201 aacttgtttggaaagacgatagaagaatggaagggtacattagatggatatgaaaagattcccaataaaaagatccacga 280  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28787512 aacttgtttggaaagacgatagaagaatggaagggtactttagatggatatgaaaagattcccaataaaaagatccacga 28787591  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 260; E-Value: 1e-145
Query Start/End: Original strand, 1 - 280
Target Start/End: Original strand, 28793433 - 28793712
Alignment:
Q  1 ctcgagacaaacacttactaagaagtcatgggatagaaagtacgcatgaagtgaaagggctgtatgggacagaagctctcgagttgttgagatggatggc 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  28793433 ctcgagacaaacacttactaagaagtcatgggatagaaagtacacatgaagtgaaagggctgtatgggacagaagctcttgagttgttgagatggatggc 28793532  T
Q  101 ttttaagaataacaaagtaccttcaagttatgaagacgttttaaatcgtgcagtttcatatgcttcgggccttcccttagttttagaaattgtgggttcc 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  28793533 ttttaagaataacaaagtaccttcaagttatgaagacgttttaaatcgtgcagtttcgtatgcttcgggccttcccttagttttagaaatagtgggttcc 28793632  T
Q  201 aacttgtttggaaagacgatagaagaatggaagggtacattagatggatatgaaaagattcccaataaaaagatccacga 280  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28793633 aacttgtttggaaagacgatagaagaatggaagggtactttagatggatatgaaaagattcccaataaaaagatccacga 28793712  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 182; E-Value: 2e-98
Query Start/End: Original strand, 3 - 280
Target Start/End: Original strand, 26647555 - 26647832
Alignment:
Q  3 cgagacaaacacttactaagaagtcatgggatagaaagtacgcatgaagtgaaagggctgtatgggacagaagctctcgagttgttgagatggatggctt 102  Q
    ||||| |||||||||||||   |||||||||||||||| ||  ||| ||| | |||||| ||||||||||||||||| || |||||||| |||||||| |    
T  26647555 cgagataaacacttactaacctgtcatgggatagaaagaacatatgcagtaagagggctatatgggacagaagctcttgaattgttgaggtggatggcgt 26647654  T
Q  103 ttaagaataacaaagtaccttcaagttatgaagacgttttaaatcgtgcagtttcatatgcttcgggccttcccttagttttagaaattgtgggttccaa 202  Q
    |||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  26647655 ttaagaataacaaagtaccgccaagttatgaagacgttttaaaccgtgcagtttcatatgcttcaggccttcccttagttttagaaatagtgggttccaa 26647754  T
Q  203 cttgtttggaaagacgatagaagaatggaagggtacattagatggatatgaaaagattcccaataaaaagatccacga 280  Q
    ||| | ||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26647755 cttatatggaaagagcatagaagaatggaagggtacattagatggatatgaaaagattcccaataaaaagatccacga 26647832  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 182; E-Value: 2e-98
Query Start/End: Original strand, 3 - 280
Target Start/End: Original strand, 26753523 - 26753800
Alignment:
Q  3 cgagacaaacacttactaagaagtcatgggatagaaagtacgcatgaagtgaaagggctgtatgggacagaagctctcgagttgttgagatggatggctt 102  Q
    ||||| |||||||||||||   |||||||||||||||| ||  ||| ||| | |||||| ||||||||||||||||| || |||||||| |||||||| |    
T  26753523 cgagataaacacttactaacctgtcatgggatagaaagaacatatgcagtaagagggctatatgggacagaagctcttgaattgttgaggtggatggcgt 26753622  T
Q  103 ttaagaataacaaagtaccttcaagttatgaagacgttttaaatcgtgcagtttcatatgcttcgggccttcccttagttttagaaattgtgggttccaa 202  Q
    |||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  26753623 ttaagaataacaaagtaccgccaagttatgaagacgttttaaaccgtgcagtttcatatgcttcaggccttcccttagttttagaaatagtgggttccaa 26753722  T
Q  203 cttgtttggaaagacgatagaagaatggaagggtacattagatggatatgaaaagattcccaataaaaagatccacga 280  Q
    ||| | ||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26753723 cttatatggaaagagcatagaagaatggaagggtacattagatggatatgaaaagattcccaataaaaagatccacga 26753800  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 176; E-Value: 7e-95
Query Start/End: Original strand, 1 - 280
Target Start/End: Original strand, 26803520 - 26803799
Alignment:
Q  1 ctcgagacaaacacttactaagaagtcatgggatagaaagtacgcatgaagtgaaagggctgtatgggacagaagctctcgagttgttgagatggatggc 100  Q
    ||||||||||||| ||||| |  |||||||  |||||||| ||  ||| |||  | ||| ||||||||||||||||||| || |||||||| ||||||||    
T  26803520 ctcgagacaaacatttactgaccagtcatgatatagaaagaacatatgcagtagaggggttgtatgggacagaagctcttgaattgttgaggtggatggc 26803619  T
Q  101 ttttaagaataacaaagtaccttcaagttatgaagacgttttaaatcgtgcagtttcatatgcttcgggccttcccttagttttagaaattgtgggttcc 200  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||| || |||||||||    
T  26803620 ttttaaaaataacaaagtaccttcaagttatgaagacattttaaatcgtgcagtttcatatgcttcaggtcttcccttagttttagagatagtgggttcc 26803719  T
Q  201 aacttgtttggaaagacgatagaagaatggaagggtacattagatggatatgaaaagattcccaataaaaagatccacga 280  Q
    ||||||||||||||||  ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26803720 aacttgtttggaaagagcataaaagaatggaagggtacattagatggatatgaaaagattcccaataaaaagatccacga 26803799  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 160; E-Value: 3e-85
Query Start/End: Original strand, 1 - 280
Target Start/End: Complemental strand, 27603812 - 27603533
Alignment:
Q  1 ctcgagacaaacacttactaagaagtcatgggatagaaagtacgcatgaagtgaaagggctgtatgggacagaagctctcgagttgttgagatggatggc 100  Q
    ||||||||| |||||||||||  |||||||  |||||||| | | ||| | |  ||||| ||| | ||||||||||||| || |||||||| ||||||||    
T  27603812 ctcgagacagacacttactaaccagtcatgatatagaaagaaagtatgcattagaagggttgtgtaggacagaagctcttgaattgttgaggtggatggc 27603713  T
Q  101 ttttaagaataacaaagtaccttcaagttatgaagacgttttaaatcgtgcagtttcatatgcttcgggccttcccttagttttagaaattgtgggttcc 200  Q
    |||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| || |||||||||||||| ||| | |||||||||    
T  27603712 ttttaagaataacaaagtaccttcagtttatgaagacgttttaaaccgtgcagtttcatatgcttcaggacttcccttagttttggaagtagtgggttcc 27603613  T
Q  201 aacttgtttggaaagacgatagaagaatggaagggtacattagatggatatgaaaagattcccaataaaaagatccacga 280  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  27603612 aacttgtttggaaagaggatagaagaatggaagggtacgttagaaggatatgagaagattcccaataaaaagatccacga 27603533  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #7
Raw Score: 137; E-Value: 1e-71
Query Start/End: Original strand, 1 - 277
Target Start/End: Original strand, 26624345 - 26624621
Alignment:
Q  1 ctcgagacaaacacttactaagaagtcatgggatagaaagtacgcatgaagtgaaagggctgtatgggacagaagctctcgagttgttgagatggatggc 100  Q
    ||||| |||||||| ||||||| | |||||||||| |||| || |||| |||  ||||| ||||||||||||| | ||  || |||||||| ||||||||    
T  26624345 ctcgaaacaaacacctactaagcactcatgggataaaaagcacacatgcagtagaagggttgtatgggacagacggtcatgaattgttgaggtggatggc 26624444  T
Q  101 ttttaagaataacaaagtaccttcaagttatgaagacgttttaaatcgtgcagtttcatatgcttcgggccttcccttagttttagaaattgtgggttcc 200  Q
    |||||| | | ||||||| |||||| ||||||||||| ||||||| ||||||||| |||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  26624445 ttttaaaagtgacaaagttccttcaggttatgaagacattttaaaccgtgcagttgcatatgcttctggccttccgttagttttagaaattgtgggttcc 26624544  T
Q  201 aacttgtttggaaagacgatagaagaatggaagggtacattagatggatatgaaaagattcccaataaaaagatcca 277  Q
    ||||||||||||||||  |||||||||||||||  |||||||||||| ||||| | ||||||||||||| |||||||    
T  26624545 aacttgtttggaaagagcatagaagaatggaagtatacattagatgggtatgacaggattcccaataaagagatcca 26624621  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #8
Raw Score: 137; E-Value: 1e-71
Query Start/End: Original strand, 1 - 277
Target Start/End: Original strand, 26730322 - 26730598
Alignment:
Q  1 ctcgagacaaacacttactaagaagtcatgggatagaaagtacgcatgaagtgaaagggctgtatgggacagaagctctcgagttgttgagatggatggc 100  Q
    ||||| |||||||| ||||||| | |||||||||| |||| || |||| |||  ||||| ||||||||||||| | ||  || |||||||| ||||||||    
T  26730322 ctcgaaacaaacacctactaagcactcatgggataaaaagcacacatgcagtagaagggttgtatgggacagacggtcatgaattgttgaggtggatggc 26730421  T
Q  101 ttttaagaataacaaagtaccttcaagttatgaagacgttttaaatcgtgcagtttcatatgcttcgggccttcccttagttttagaaattgtgggttcc 200  Q
    |||||| | | ||||||| |||||| ||||||||||| ||||||| ||||||||| |||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  26730422 ttttaaaagtgacaaagttccttcaggttatgaagacattttaaaccgtgcagttgcatatgcttctggccttccgttagttttagaaattgtgggttcc 26730521  T
Q  201 aacttgtttggaaagacgatagaagaatggaagggtacattagatggatatgaaaagattcccaataaaaagatcca 277  Q
    ||||||||||||||||  |||||||||||||||  |||||||||||| ||||| | ||||||||||||| |||||||    
T  26730522 aacttgtttggaaagagcatagaagaatggaagtatacattagatgggtatgacaggattcccaataaagagatcca 26730598  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #9
Raw Score: 133; E-Value: 3e-69
Query Start/End: Original strand, 1 - 277
Target Start/End: Original strand, 26824893 - 26825169
Alignment:
Q  1 ctcgagacaaacacttactaagaagtcatgggatagaaagtacgcatgaagtgaaagggctgtatgggacagaagctctcgagttgttgagatggatggc 100  Q
    ||||||||||||| ||||| |  | ||||| |||||||   | | |||||||  ||||| ||||||||||||||||||| || ||||| || ||||||||    
T  26824893 ctcgagacaaacaattacttaccaatcatgagatagaattaatgtatgaagtagaagggttgtatgggacagaagctcttgaattgttaaggtggatggc 26824992  T
Q  101 ttttaagaataacaaagtaccttcaagttatgaagacgttttaaatcgtgcagtttcatatgcttcgggccttcccttagttttagaaattgtgggttcc 200  Q
    |||||| |||||||||||||| |||||||||||| || ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||    
T  26824993 ttttaaaaataacaaagtaccgtcaagttatgaacacattttaaaccgtgcagtttcatatgcttcgggccttcccttagtattagaaatagtgggttcc 26825092  T
Q  201 aacttgtttggaaagacgatagaagaatggaagggtacattagatggatatgaaaagattcccaataaaaagatcca 277  Q
    || |||||||||||||  ||| ||  |||||||||| |||||||||||||||||| ||||||  | |||||||||||    
T  26825093 aatttgtttggaaagagcatacaaatatggaagggtgcattagatggatatgaaaggattcctgacaaaaagatcca 26825169  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #10
Raw Score: 133; E-Value: 3e-69
Query Start/End: Original strand, 1 - 277
Target Start/End: Original strand, 31285633 - 31285909
Alignment:
Q  1 ctcgagacaaacacttactaagaagtcatgggatagaaagtacgcatgaagtgaaagggctgtatgggacagaagctctcgagttgttgagatggatggc 100  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||| |||| |||  ||||| || ||||||| |||||||| || ||||| || ||||||||    
T  31285633 ctcgagacaaacacttactaagtagtcatgggataaaaagtacacatgcagtagaagggttgaatgggactgaagctcttgaattgttaaggtggatggc 31285732  T
Q  101 ttttaagaataacaaagtaccttcaagttatgaagacgttttaaatcgtgcagtttcatatgcttcgggccttcccttagttttagaaattgtgggttcc 200  Q
    |||||| | | ||||||| |||||| |||| |||||| ||||||| ||||||||| ||||| |||| |||||||| |||||| ||||| | ||||||||     
T  31285733 ttttaaaagtgacaaagttccttcaggttacgaagacattttaaaccgtgcagttgcatattcttctggccttccattagttatagaagtagtgggttca 31285832  T
Q  201 aacttgtttggaaagacgatagaagaatggaagggtacattagatggatatgaaaagattcccaataaaaagatcca 277  Q
    ||||||||||||||||  |||||| |||||||| ||||||||||||| ||||| ||||||||||||||| |||||||    
T  31285833 aacttgtttggaaagagcatagaaaaatggaagagtacattagatgggtatgacaagattcccaataaagagatcca 31285909  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #11
Raw Score: 132; E-Value: 1e-68
Query Start/End: Original strand, 3 - 274
Target Start/End: Complemental strand, 27337201 - 27336930
Alignment:
Q  3 cgagacaaacacttactaagaagtcatgggatagaaagtacgcatgaagtgaaagggctgtatgggacagaagctctcgagttgttgagatggatggctt 102  Q
    ||||| |||||||||||||   |||||||||||||||| ||  ||| ||| | |||||| |||||||  |||||||| || |||||||| |||| |||||    
T  27337201 cgagataaacacttactaacctgtcatgggatagaaagaacatatgcagtaagagggctatatgggaaggaagctcttgaattgttgaggtggacggctt 27337102  T
Q  103 ttaagaataacaaagtaccttcaagttatgaagacgttttaaatcgtgcagtttcatatgcttcgggccttcccttagttttagaaattgtgggttccaa 202  Q
    |||||||||||||||||||  ||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||| |||||||| ||    
T  27337101 ttaagaataacaaagtaccgccaagttatgaagatgttttaaaccgtgcagtttcatatggttcgggcattcccttagttttagaaatagtgggttctaa 27337002  T
Q  203 cttgtttggaaagacgatagaagaatggaagggtacattagatggatatgaaaagattcccaataaaaagat 274  Q
    ||||||||||||||  ||||||| |||||||   ||||||||||| ||||| | ||||||||||||| ||||    
T  27337001 cttgtttggaaagaacatagaagtatggaagaacacattagatgggtatgacaggattcccaataaagagat 27336930  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #12
Raw Score: 132; E-Value: 1e-68
Query Start/End: Original strand, 3 - 274
Target Start/End: Complemental strand, 27397941 - 27397670
Alignment:
Q  3 cgagacaaacacttactaagaagtcatgggatagaaagtacgcatgaagtgaaagggctgtatgggacagaagctctcgagttgttgagatggatggctt 102  Q
    ||||| |||||||||||||   |||||||||||||||| ||  ||| ||| | |||||| |||||||  |||||||| || |||||||| |||| |||||    
T  27397941 cgagataaacacttactaacctgtcatgggatagaaagaacatatgcagtaagagggctatatgggaaggaagctcttgaattgttgaggtggacggctt 27397842  T
Q  103 ttaagaataacaaagtaccttcaagttatgaagacgttttaaatcgtgcagtttcatatgcttcgggccttcccttagttttagaaattgtgggttccaa 202  Q
    |||||||||||||||||||  ||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||| |||||||| ||    
T  27397841 ttaagaataacaaagtaccgccaagttatgaagatgttttaaaccgtgcagtttcatatggttcgggcattcccttagttttagaaatagtgggttctaa 27397742  T
Q  203 cttgtttggaaagacgatagaagaatggaagggtacattagatggatatgaaaagattcccaataaaaagat 274  Q
    ||||||||||||||  ||||||| |||||||   ||||||||||| ||||| | ||||||||||||| ||||    
T  27397741 cttgtttggaaagaacatagaagtatggaagaacacattagatgggtatgacaggattcccaataaagagat 27397670  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #13
Raw Score: 129; E-Value: 8e-67
Query Start/End: Original strand, 1 - 277
Target Start/End: Complemental strand, 27610228 - 27609952
Alignment:
Q  1 ctcgagacaaacacttactaagaagtcatgggatagaaagtacgcatgaagtgaaagggctgtatgggacagaagctctcgagttgttgagatggatggc 100  Q
    |||||||||||||||| ||||   ||||||||||| |||||| |||| ||||| ||||||||||||||||||||||||| || |||||||| ||||||||    
T  27610228 ctcgagacaaacacttgctaacctgtcatgggataaaaagtatgcataaagtggaagggctgtatgggacagaagctcttgaattgttgaggtggatggc 27610129  T
Q  101 ttttaagaataacaaagtaccttcaagttatgaagacgttttaaatcgtgcagtttcatatgcttcgggccttcccttagttttagaaattgtgggttcc 200  Q
    |||||| | | |||| || |||||| |||| |||||  ||||||| ||||| ||| |||||||||| |||||||| |||||| ||||||| ||||||||     
T  27610128 ttttaaaagtgacaatgttccttcaggttacgaagagattttaaaccgtgctgttgcatatgcttctggccttccgttagttatagaaatagtgggttct 27610029  T
Q  201 aacttgtttggaaagacgatagaagaatggaagggtacattagatggatatgaaaagattcccaataaaaagatcca 277  Q
    ||||||||||||||||  ||||| |||||||||  |||||||||||| ||||| | ||||||||||||| |||||||    
T  27610028 aacttgtttggaaagaacatagaggaatggaagtatacattagatgggtatgacaggattcccaataaagagatcca 27609952  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #14
Raw Score: 125; E-Value: 2e-64
Query Start/End: Original strand, 1 - 277
Target Start/End: Complemental strand, 27717607 - 27717331
Alignment:
Q  1 ctcgagacaaacacttactaagaagtcatgggatagaaagtacgcatgaagtgaaagggctgtatgggacagaagctctcgagttgttgagatggatggc 100  Q
    |||||||||||||||||||||   ||||||||||| |||||| |||||||||  ||||| ||||||||||||||||||| || |||||||| ||||||||    
T  27717607 ctcgagacaaacacttactaacctgtcatgggataaaaagtatgcatgaagtagaagggttgtatgggacagaagctcttgaattgttgaggtggatggc 27717508  T
Q  101 ttttaagaataacaaagtaccttcaagttatgaagacgttttaaatcgtgcagtttcatatgcttcgggccttcccttagttttagaaattgtgggttcc 200  Q
    |||||| | | |||| || |||||| |||| |||||  ||||||| ||||||||| |||||||||| |||||||| |||||| ||||||| ||||||||     
T  27717507 ttttaaaagtgacaatgttccttcaggttacgaagagattttaaaccgtgcagttgcatatgcttctggccttccgttagttatagaaatagtgggttct 27717408  T
Q  201 aacttgtttggaaagacgatagaagaatggaagggtacattagatggatatgaaaagattcccaataaaaagatcca 277  Q
    ||||| | ||||||||  ||||| |||||||||  |||||||||||| ||||| | ||||||||||||| |||||||    
T  27717407 aacttatctggaaagaacatagaggaatggaagaatacattagatgggtatgacaggattcccaataaagagatcca 27717331  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #15
Raw Score: 121; E-Value: 5e-62
Query Start/End: Original strand, 1 - 277
Target Start/End: Original strand, 27680024 - 27680300
Alignment:
Q  1 ctcgagacaaacacttactaagaagtcatgggatagaaagtacgcatgaagtgaaagggctgtatgggacagaagctctcgagttgttgagatggatggc 100  Q
    ||||| ||||| |||||||||| |||||||| ||||||||||| |||| |||  ||||| || ||| |||||||||||| || |||||||| ||||||||    
T  27680024 ctcgaaacaaagacttactaagcagtcatggcatagaaagtacacatgcagtagaagggttgaatgagacagaagctcttgaattgttgaggtggatggc 27680123  T
Q  101 ttttaagaataacaaagtaccttcaagttatgaagacgttttaaatcgtgcagtttcatatgcttcgggccttcccttagttttagaaattgtgggttcc 200  Q
    |||||| | | | ||||| |||||| |||| |||||| ||||||| ||||||||| |||||||||  |||||||| |||||||||||| | ||||||||     
T  27680124 ttttaaaagtgataaagttccttcaggttacgaagacattttaaaccgtgcagttgcatatgcttttggccttccgttagttttagaagtagtgggttct 27680223  T
Q  201 aacttgtttggaaagacgatagaagaatggaagggtacattagatggatatgaaaagattcccaataaaaagatcca 277  Q
    ||||||||||||||||  |||||||| ||||||  |||||||||||| ||||| | ||||||||||||| |||||||    
T  27680224 aacttgtttggaaagagcatagaagattggaagcatacattagatgggtatgacaggattcccaataaagagatcca 27680300  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #16
Raw Score: 107; E-Value: 1e-53
Query Start/End: Original strand, 3 - 277
Target Start/End: Complemental strand, 27426718 - 27426444
Alignment:
Q  3 cgagacaaacacttactaagaagtcatgggatagaaagtacgcatgaagtgaaagggctgtatgggacagaagctctcgagttgttgagatggatggctt 102  Q
    ||||| ||||||||||||    |||||| ||||||||  ||  ||| ||| |||||| || ||| |||||||||||| || |||||||| ||||||||||    
T  27426718 cgagataaacacttactagcctgtcatgagatagaaaaaacatatgcagtaaaagggttgaatgtgacagaagctcttgaattgttgaggtggatggctt 27426619  T
Q  103 ttaagaataacaaagtaccttcaagttatgaagacgttttaaatcgtgcagtttcatatgcttcgggccttcccttagttttagaaattgtgggttccaa 202  Q
    |||| ||| ||||||| ||||||||||||||| |  |||| ||||||| |||| | |||||||| ||||||||  ||||| ||||||| |||||||| ||    
T  27426618 ttaaaaatgacaaagttccttcaagttatgaaaagattttgaatcgtgtagttgcttatgcttctggccttccggtagttatagaaatagtgggttctaa 27426519  T
Q  203 cttgtttggaaagacgatagaagaatggaagggtacattagatggatatgaaaagattcccaataaaaagatcca 277  Q
    ||||||||||||||  ||||||||||| |||  |||||||||| | ||||||||||||||||||||| |||||||    
T  27426518 cttgtttggaaagaacatagaagaatgcaagaatacattagattggtatgaaaagattcccaataaagagatcca 27426444  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #17
Raw Score: 106; E-Value: 4e-53
Query Start/End: Original strand, 54 - 274
Target Start/End: Original strand, 26657092 - 26657309
Alignment:
Q  54 aaagggctgtatgggacagaagctctcgagttgttgagatggatggcttttaagaataacaaagtaccttcaagttatgaagacgttttaaatcgtgcag 153  Q
    |||||||| |||||||||||||| || || |||||||||||||||||||||| ||   |||| || |||||| ||||||||||  ||||||  |||||||    
T  26657092 aaagggctatatgggacagaagcacttgaattgttgagatggatggctttta-gag--acaatgttccttcaggttatgaagaaattttaagccgtgcag 26657188  T
Q  154 tttcatatgcttcgggccttcccttagttttagaaattgtgggttccaacttgtttggaaagacgatagaagaatggaagggtacattagatggatatga 253  Q
    ||||||||||||| || |||||||||||| ||||| | |||| ||| ||||||||||||||||  || ||| |||||||| |||||||||||||||||||    
T  26657189 tttcatatgcttcaggacttcccttagttatagaagtagtggcttcaaacttgtttggaaagagcatcgaaaaatggaagagtacattagatggatatga 26657288  T
Q  254 aaagattcccaataaaaagat 274  Q
    |||||||||||||||||||||    
T  26657289 aaagattcccaataaaaagat 26657309  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #18
Raw Score: 106; E-Value: 4e-53
Query Start/End: Original strand, 54 - 274
Target Start/End: Original strand, 26763063 - 26763280
Alignment:
Q  54 aaagggctgtatgggacagaagctctcgagttgttgagatggatggcttttaagaataacaaagtaccttcaagttatgaagacgttttaaatcgtgcag 153  Q
    |||||||| |||||||||||||| || || |||||||||||||||||||||| ||   |||| || |||||| ||||||||||  ||||||  |||||||    
T  26763063 aaagggctatatgggacagaagcacttgaattgttgagatggatggctttta-gag--acaatgttccttcaggttatgaagaaattttaagccgtgcag 26763159  T
Q  154 tttcatatgcttcgggccttcccttagttttagaaattgtgggttccaacttgtttggaaagacgatagaagaatggaagggtacattagatggatatga 253  Q
    ||||||||||||| || |||||||||||| ||||| | |||| ||| ||||||||||||||||  || ||| |||||||| |||||||||||||||||||    
T  26763160 tttcatatgcttcaggacttcccttagttatagaagtagtggcttcaaacttgtttggaaagagcatcgaaaaatggaagagtacattagatggatatga 26763259  T
Q  254 aaagattcccaataaaaagat 274  Q
    |||||||||||||||||||||    
T  26763260 aaagattcccaataaaaagat 26763280  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #19
Raw Score: 104; E-Value: 7e-52
Query Start/End: Original strand, 26 - 277
Target Start/End: Complemental strand, 27697669 - 27697418
Alignment:
Q  26 tcatgggatagaaagtacgcatgaagtgaaagggctgtatgggacagaagctctcgagttgttgagatggatggcttttaagaataacaaagtaccttca 125  Q
    ||||||||||||||  ||| ||| ||| |||||| || |||||||||||||||| || |||||||| |||||||||||||| | | |||| || || |||    
T  27697669 tcatgggatagaaaaaacgtatgcagtaaaagggttgaatgggacagaagctcttgaattgttgaggtggatggcttttaaaagtgacaatgttccatca 27697570  T
Q  126 agttatgaagacgttttaaatcgtgcagtttcatatgcttcgggccttcccttagttttagaaattgtgggttccaacttgtttggaaagacgatagaag 225  Q
    || ||  ||||  |||||| ||||||||||||||||| ||| |||||||| |||||| ||||||| |||||||| ||||||||||||||||  |||||||    
T  27697569 aggtacaaagagattttaagtcgtgcagtttcatatgtttctggccttccgttagttatagaaatagtgggttctaacttgtttggaaagaacatagaag 27697470  T
Q  226 aatggaagggtacattagatggatatgaaaagattcccaataaaaagatcca 277  Q
    ||||||||  || ||||||||| ||||| | ||||||||||||| |||||||    
T  27697469 aatggaagtatatattagatgggtatgacaggattcccaataaagagatcca 27697418  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #20
Raw Score: 103; E-Value: 3e-51
Query Start/End: Original strand, 55 - 277
Target Start/End: Complemental strand, 27705308 - 27705086
Alignment:
Q  55 aagggctgtatgggacagaagctctcgagttgttgagatggatggcttttaagaataacaaagtaccttcaagttatgaagacgttttaaatcgtgcagt 154  Q
    ||||| || |||||| ||| ||||| || |||||||| |||||||||||||| ||| |||| || |||||| ||||||||||| ||||||| ||||||||    
T  27705308 aagggttgaatgggatagatgctcttgaattgttgaggtggatggcttttaaaaatgacaacgttccttcaggttatgaagacattttaaaccgtgcagt 27705209  T
Q  155 ttcatatgcttcgggccttcccttagttttagaaattgtgggttccaacttgtttggaaagacgatagaagaatggaagggtacattagatggatatgaa 254  Q
    | |||||||||| |||||||| |||||||||||| |  ||||||| ||||||||||| ||||  |||||||||||||||  |||||||||||| |||||     
T  27705208 tgcatatgcttctggccttccgttagttttagaagtaatgggttctaacttgtttggcaagaacatagaagaatggaagaatacattagatgggtatgac 27705109  T
Q  255 aagattcccaataaaaagatcca 277  Q
    | ||||||||||||| |||||||    
T  27705108 aggattcccaataaagagatcca 27705086  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #21
Raw Score: 98; E-Value: 3e-48
Query Start/End: Original strand, 112 - 277
Target Start/End: Original strand, 26885252 - 26885417
Alignment:
Q  112 acaaagtaccttcaagttatgaagacgttttaaatcgtgcagtttcatatgcttcgggccttcccttagttttagaaattgtgggttccaacttgtttgg 211  Q
    ||||||| |||| | ||||||||||  ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||| ||||||||||||||||||||    
T  26885252 acaaagttcctttaggttatgaagagattttaaaccgtgcagtttcatatgcttcgggccttcctttagttatagaaatagtgggttccaacttgtttgg 26885351  T
Q  212 aaagacgatagaagaatggaagggtacattagatggatatgaaaagattcccaataaaaagatcca 277  Q
    |||||  ||||||  ||||||| ||||| |||||||||||||||||||||| |||| |||||||||    
T  26885352 aaagagcatagaaacatggaagagtacactagatggatatgaaaagattcctaatacaaagatcca 26885417  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #22
Raw Score: 97; E-Value: 1e-47
Query Start/End: Original strand, 1 - 277
Target Start/End: Original strand, 26862654 - 26862930
Alignment:
Q  1 ctcgagacaaacacttactaagaagtcatgggatagaaagtacgcatgaagtgaaagggctgtatgggacagaagctctcgagttgttgagatggatggc 100  Q
    ||||||| ||||||||||||| | | |||||||||||||| ||  |||  || || |||||  ||| |||||||||| | || |||||||| ||||||||    
T  26862654 ctcgagataaacacttactaacatgccatgggatagaaagaacatatgcggtaaacgggctacatgagacagaagcttttgaattgttgaggtggatggc 26862753  T
Q  101 ttttaagaataacaaagtaccttcaagttatgaagacgttttaaatcgtgcagtttcatatgcttcgggccttcccttagttttagaaattgtgggttcc 200  Q
    |||||| |||    |||| ||||| |||||| | || |||||||| ||||||||| |||||||||| |||||||| |||||| | ||||| ||||||||     
T  26862754 ttttaaaaatggtgaagttccttcgagttataacgatgttttaaaccgtgcagttgcatatgcttccggccttccgttagttctcgaaatagtgggttct 26862853  T
Q  201 aacttgtttggaaagacgatagaagaatggaagggtacattagatggatatgaaaagattcccaataaaaagatcca 277  Q
    ||||||||||||||||  || ||||||||| |  | ||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||    
T  26862854 aacttgtttggaaagagcatggaagaatggcaatgcacattagatgggtatgaaaagattcccaataaagagatcca 26862930  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #23
Raw Score: 81; E-Value: 4e-38
Query Start/End: Original strand, 1 - 277
Target Start/End: Complemental strand, 25492427 - 25492151
Alignment:
Q  1 ctcgagacaaacacttactaagaagtcatgggatagaaagtacgcatgaagtgaaagggctgtatgggacagaagctctcgagttgttgagatggatggc 100  Q
    |||||||||||||| ||||||  ||||||||||||||||||| ||||| |||  ||| | || |||||  ||||||||| || ||| | |  ||||||||    
T  25492427 ctcgagacaaacacatactaaccagtcatgggatagaaagtatgcatgcagtagaagagttgcatggggaagaagctcttgaattgcttatgtggatggc 25492328  T
Q  101 ttttaagaataacaaagtaccttcaagttatgaagacgttttaaatcgtgcagtttcatatgcttcgggccttcccttagttttagaaattgtgggttcc 200  Q
    |||||| ||| ||| ||| ||||||| |||||||||| ||||||  | |||| || | |||||||| |||||||| |||| ||||| |||  | || ||     
T  25492327 ttttaaaaatgacagagttccttcaatttatgaagacattttaacacttgcaattacctatgcttctggccttccattagctttagtaataatagggtca 25492228  T
Q  201 aacttgtttggaaagacgatagaagaatggaagggtacattagatggatatgaaaagattcccaataaaaagatcca 277  Q
    || ||||||||||| |  ||||||||||||||| ||||||||||||  ||||||||||||  ||||||| |||||||    
T  25492227 aatttgtttggaaatagcatagaagaatggaagtgtacattagatgagtatgaaaagattttcaataaagagatcca 25492151  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #24
Raw Score: 74; E-Value: 5e-34
Query Start/End: Original strand, 3 - 216
Target Start/End: Complemental strand, 27592127 - 27591914
Alignment:
Q  3 cgagacaaacacttactaagaagtcatgggatagaaagtacgcatgaagtgaaagggctgtatgggacagaagctctcgagttgttgagatggatggctt 102  Q
    ||||| ||||||||||||    |||||||||||||||  ||  ||| |||  ||| | || |||||||||||||||| || |||||||| |||| |||||    
T  27592127 cgagataaacacttactagactgtcatgggatagaaaaaacatatgcagtagaagagttgaatgggacagaagctcttgaattgttgaggtggaaggctt 27592028  T
Q  103 ttaagaataacaaagtaccttcaagttatgaagacgttttaaatcgtgcagtttcatatgcttcgggccttcccttagttttagaaattgtgggttccaa 202  Q
    |||| ||| | ||||| |||||||||||||||||| ||||||| |||||||||  ||||||||| |||||||| ||||   ||||| | |||||||| ||    
T  27592027 ttaaaaatgagaaagttccttcaagttatgaagacattttaaagcgtgcagttgtatatgcttctggccttccattagcgatagaagtagtgggttctaa 27591928  T
Q  203 cttgtttggaaaga 216  Q
    ||||||||||||||    
T  27591927 cttgtttggaaaga 27591914  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #25
Raw Score: 70; E-Value: 1e-31
Query Start/End: Original strand, 3 - 216
Target Start/End: Complemental strand, 27676726 - 27676513
Alignment:
Q  3 cgagacaaacacttactaagaagtcatgggatagaaagtacgcatgaagtgaaagggctgtatgggacagaagctctcgagttgttgagatggatggctt 102  Q
    ||||| ||||||||||||    |||||||||||||||  ||  ||| |||  ||| | || ||| |||||||||||| || |||||||| |||| |||||    
T  27676726 cgagataaacacttactagactgtcatgggatagaaaaaacatatgcagtagaagagttgaatgagacagaagctcttgaattgttgaggtggaaggctt 27676627  T
Q  103 ttaagaataacaaagtaccttcaagttatgaagacgttttaaatcgtgcagtttcatatgcttcgggccttcccttagttttagaaattgtgggttccaa 202  Q
    |||| ||| | ||||| |||||||||||||||||| ||||||| |||||||||  ||||||||| |||||||| ||||   ||||| | |||||||| ||    
T  27676626 ttaaaaatgagaaagttccttcaagttatgaagacattttaaagcgtgcagttgtatatgcttctggccttccattagcgatagaagtagtgggttctaa 27676527  T
Q  203 cttgtttggaaaga 216  Q
    ||||||||||||||    
T  27676526 cttgtttggaaaga 27676513  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #26
Raw Score: 62; E-Value: 8e-27
Query Start/End: Original strand, 1 - 277
Target Start/End: Complemental strand, 27530409 - 27530136
Alignment:
Q  1 ctcgagacaaacacttactaagaagtcatgggatagaaagtacgcatgaagtgaaagggctgtatgggacagaagctctcgagttgttgagatggatggc 100  Q
    ||||| |||||||||||||||  | |||||||||||||||||| |||| |||  ||||| || ||| ||||||||||||||| |||||||| ||||||||    
T  27530409 ctcgaaacaaacacttactaaagattcatgggatagaaagtacacatgcagtagaagggttgaatgcgacagaagctctcgaattgttgaggtggatggc 27530310  T
Q  101 ttttaagaataacaaagtaccttcaagttatgaagacgttttaaatcgtgcagtttcatatgcttcgggccttcccttagttttagaaattgtgggttcc 200  Q
    ||| |  || || || || ||||||||| |||||||| ||||||| |||||| || | |||||||| |||||||| |||| | | | |||  | || |||    
T  27530309 tttca--aagaa-aatgttccttcaagtcatgaagacattttaaaccgtgcacttacttatgcttctggccttccattagctattgtaataatagggtcc 27530213  T
Q  201 aacttgtttggaaagacgatagaagaatggaagggtacattagatggatatgaaaagattcccaataaaaagatcca 277  Q
    || ||| |||||| ||   || |||| |  | | ||||||||||||| |||||| | |||||||||||| |||||||    
T  27530212 aatttggttggaaggagcgtacaagattcaatgagtacattagatgggtatgaagaaattcccaataaagagatcca 27530136  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #27
Raw Score: 55; E-Value: 1e-22
Query Start/End: Original strand, 139 - 229
Target Start/End: Original strand, 26849924 - 26850014
Alignment:
Q  139 ttttaaatcgtgcagtttcatatgcttcgggccttcccttagttttagaaattgtgggttccaacttgtttggaaagacgatagaagaatg 229  Q
    |||||||||||||||||  ||||||||| |||||||| |||| ||||||| | |||||||||||||||||||||||||  |||||||||||    
T  26849924 ttttaaatcgtgcagttaaatatgcttctggccttccattagctttagaagtagtgggttccaacttgtttggaaagagtatagaagaatg 26850014  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #28
Raw Score: 50; E-Value: 1e-19
Query Start/End: Original strand, 68 - 269
Target Start/End: Original strand, 25484200 - 25484401
Alignment:
Q  68 gacagaagctctcgagttgttgagatggatggcttttaagaataacaaagtaccttcaagttatgaagacgttttaaatcgtgcagtttcatatgcttcg 167  Q
    |||||||||||| || ||||||||  | ||||||||||| ||| ||||||| |||||||||||||||||  ||||||| |||| |||| | ||||| ||     
T  25484200 gacagaagctcttgaattgttgaggcgaatggcttttaaaaatgacaaagttccttcaagttatgaagagattttaaaccgtgtagttacttatgcatct 25484299  T
Q  168 ggccttcccttagttttagaaattgtgggttccaacttgtttggaaagacgatagaagaatggaagggtacattagatggatatgaaaagattcccaata 267  Q
    ||||| |||||||   ||| ||   | ||   ||| |||||||||| || | ||||||| |||||| ||||||||||||  |||||||| |||||| |||    
T  25484300 ggcctgcccttagcaatagtaacaatagggggcaatttgtttggaaggaaggtagaagattggaagcgtacattagatgagtatgaaaatattcccgata 25484399  T
Q  268 aa 269  Q
    ||    
T  25484400 aa 25484401  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #29
Raw Score: 49; E-Value: 5e-19
Query Start/End: Original strand, 25 - 269
Target Start/End: Original strand, 25539641 - 25539885
Alignment:
Q  25 gtcatgggatagaaagtacgcatgaagtgaaagggctgtatgggacagaagctctcgagttgttgagatggatggcttttaagaataacaaagtaccttc 124  Q
    ||||||||||   |||||| |||| ||| |||||| || ||| |||||||||||| || ||||||||  | ||||| ||||| ||| ||||||| |||||    
T  25539641 gtcatgggattacaagtacacatgtagtaaaagggttgaatgagacagaagctcttgaattgttgaggcgaatggcgtttaaaaatgacaaagttccttc 25539740  T
Q  125 aagttatgaagacgttttaaatcgtgcagtttcatatgcttcgggccttcccttagttttagaaattgtgggttccaacttgtttggaaagacgatagaa 224  Q
     |||||||||||  ||||||| |||| |||| | ||||| || ||||| |||||||   ||| ||   | ||   ||| |||||||||| || | |||||    
T  25539741 gagttatgaagagattttaaaccgtgtagttacttatgcatctggcctacccttagcaatagtaacaatagggggcaatttgtttggaaggaaggtagaa 25539840  T
Q  225 gaatggaagggtacattagatggatatgaaaagattcccaataaa 269  Q
    || |||||| ||||||||||||  |||||||| |||||| |||||    
T  25539841 gattggaagcgtacattagatgagtatgaaaatattcccgataaa 25539885  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #30
Raw Score: 49; E-Value: 5e-19
Query Start/End: Original strand, 1 - 49
Target Start/End: Original strand, 28782175 - 28782223
Alignment:
Q  1 ctcgagacaaacacttactaagaagtcatgggatagaaagtacgcatga 49  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28782175 ctcgagacaaacacttactaagaagtcatgggatagaaagtacgcatga 28782223  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #31
Raw Score: 48; E-Value: 2e-18
Query Start/End: Original strand, 122 - 229
Target Start/End: Original strand, 26636841 - 26636948
Alignment:
Q  122 ttcaagttatgaagacgttttaaatcgtgcagtttcatatgcttcgggccttcccttagttttagaaattgtgggttccaacttgtttggaaagacgata 221  Q
    |||||| |||||  || ||||||| |||||||||  ||||||||| |||||||| |||| ||||||| | |||||||||||||||||||||||||  |||    
T  26636841 ttcaagctatgattacattttaaaccgtgcagttaaatatgcttctggccttccattagctttagaagtagtgggttccaacttgtttggaaagagtata 26636940  T
Q  222 gaagaatg 229  Q
    | ||||||    
T  26636941 gcagaatg 26636948  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #32
Raw Score: 48; E-Value: 2e-18
Query Start/End: Original strand, 122 - 229
Target Start/End: Original strand, 26742807 - 26742914
Alignment:
Q  122 ttcaagttatgaagacgttttaaatcgtgcagtttcatatgcttcgggccttcccttagttttagaaattgtgggttccaacttgtttggaaagacgata 221  Q
    |||||| |||||  || ||||||| |||||||||  ||||||||| |||||||| |||| ||||||| | |||||||||||||||||||||||||  |||    
T  26742807 ttcaagctatgattacattttaaaccgtgcagttaaatatgcttctggccttccattagctttagaagtagtgggttccaacttgtttggaaagagtata 26742906  T
Q  222 gaagaatg 229  Q
    | ||||||    
T  26742907 gcagaatg 26742914  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #33
Raw Score: 46; E-Value: 3e-17
Query Start/End: Original strand, 96 - 269
Target Start/End: Original strand, 25512060 - 25512233
Alignment:
Q  96 atggcttttaagaataacaaagtaccttcaagttatgaagacgttttaaatcgtgcagtttcatatgcttcgggccttcccttagttttagaaattgtgg 195  Q
    |||||||||||  || ||||||| |||||||||||||||||  ||||||| |||| |||| | ||||| || |||||||| |||| | ||| ||   | |    
T  25512060 atggcttttaaacatgacaaagttccttcaagttatgaagagattttaaaccgtgtagttacttatgcatctggccttccgttagctatagtaacaatag 25512159  T
Q  196 gttccaacttgtttggaaagacgatagaagaatggaagggtacattagatggatatgaaaagattcccaataaa 269  Q
    |  |||| |||||||||| || | ||||||| |||||| ||||||||||||  |||||||| |||||| |||||    
T  25512160 gggccaatttgtttggaaggaaggtagaagattggaagcgtacattagatgagtatgaaaatattcccgataaa 25512233  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #34
Raw Score: 45; E-Value: 1e-16
Query Start/End: Original strand, 68 - 180
Target Start/End: Original strand, 26144009 - 26144121
Alignment:
Q  68 gacagaagctctcgagttgttgagatggatggcttttaagaataacaaagtaccttcaagttatgaagacgttttaaatcgtgcagtttcatatgcttcg 167  Q
    |||||||||||| || ||||||||  | ||||||||||| ||| ||||||| |||||||||||||||||  ||||||| |||| |||| | ||||| ||     
T  26144009 gacagaagctcttgaattgttgaggcgaatggcttttaaaaatgacaaagttccttcaagttatgaagaaattttaaaccgtgtagttacttatgcatct 26144108  T
Q  168 ggccttcccttag 180  Q
    ||||| |||||||    
T  26144109 ggcctgcccttag 26144121  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #35
Raw Score: 44; E-Value: 4e-16
Query Start/End: Original strand, 122 - 213
Target Start/End: Original strand, 25075062 - 25075153
Alignment:
Q  122 ttcaagttatgaagacgttttaaatcgtgcagtttcatatgcttcgggccttcccttagttttagaaattgtgggttccaacttgtttggaa 213  Q
    |||||| |||||  || ||||||| |||||| ||  ||||||||| |||||||| |||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  25075062 ttcaagctatgattacattttaaaccgtgcaattaaatatgcttctggccttccattagctttagaagttgtgggttccaacttgtttggaa 25075153  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #36
Raw Score: 44; E-Value: 4e-16
Query Start/End: Original strand, 122 - 229
Target Start/End: Original strand, 26960320 - 26960427
Alignment:
Q  122 ttcaagttatgaagacgttttaaatcgtgcagtttcatatgcttcgggccttcccttagttttagaaattgtgggttccaacttgtttggaaagacgata 221  Q
    |||||| |||||  || ||||||| |||||||||  ||||||||| |||||||| |||| ||||||| | |||||||||||||||||||| ||||  |||    
T  26960320 ttcaagctatgattacattttaaaccgtgcagttaaatatgcttctggccttccattagctttagaagtagtgggttccaacttgtttggcaagagtata 26960419  T
Q  222 gaagaatg 229  Q
    | ||||||    
T  26960420 gcagaatg 26960427  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #37
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000002
Query Start/End: Original strand, 139 - 229
Target Start/End: Original strand, 26950955 - 26951045
Alignment:
Q  139 ttttaaatcgtgcagtttcatatgcttcgggccttcccttagttttagaaattgtgggttccaacttgtttggaaagacgatagaagaatg 229  Q
    ||||||| |||||||||  ||||||| | |||||||| |||| ||||||| | |||||||| ||||||||||||||||| |||| ||||||    
T  26950955 ttttaaaccgtgcagttaaatatgctgctggccttccattagctttagaagtagtgggttctaacttgtttggaaagactatagcagaatg 26951045  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #38
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000002
Query Start/End: Original strand, 159 - 277
Target Start/End: Original strand, 28186626 - 28186744
Alignment:
Q  159 tatgcttcgggccttcccttagttttagaaattgtgggttccaacttgtttggaaagacgatagaagaatggaagggtacattagatggatatgaaaaga 258  Q
    |||||||| |||||||| || | ||||||| | |||||||||||||||||||||||||  |||| |||||||||   | ||||| ||   ||||||| ||    
T  28186626 tatgcttctggccttccattggctttagaagtagtgggttccaacttgtttggaaagaatataggagaatggaaatctgcattaaatcagtatgaaagga 28186725  T
Q  259 ttcccaataaaaagatcca 277  Q
    ||||| |||||||||||||    
T  28186726 ttcccgataaaaagatcca 28186744  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #39
Raw Score: 42; E-Value: 0.000000000000007
Query Start/End: Original strand, 139 - 216
Target Start/End: Complemental strand, 27664184 - 27664107
Alignment:
Q  139 ttttaaatcgtgcagtttcatatgcttcgggccttcccttagttttagaaattgtgggttccaacttgtttggaaaga 216  Q
    ||||||| |||||||||  ||||||||| |||||||| |||| |||| || | |||||||||||||||||||||||||    
T  27664184 ttttaaaccgtgcagttgaatatgcttctggccttccattagctttaaaagtagtgggttccaacttgtttggaaaga 27664107  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #40
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000003
Query Start/End: Original strand, 71 - 215
Target Start/End: Original strand, 28140679 - 28140823
Alignment:
Q  71 agaagctctcgagttgttgagatggatggcttttaagaataacaaagtaccttcaagttatgaagacgttttaaatcgtgcagtttcatatgcttcgggc 170  Q
    ||||||||| |||||| ||| ||||| ||| ||||| ||||| |||||   ||||||||||||  || ||||||| ||||||||| | ||||| || |||    
T  28140679 agaagctctagagttgctgaaatggaaggcatttaaaaataataaagttgattcaagttatgagcacattttaaaccgtgcagttacttatgcctctggc 28140778  T
Q  171 cttcccttagttttagaaattgtgggttccaacttgtttggaaag 215  Q
    ||||| || | ||||||| | || ||||| | |||||||||||||    
T  28140779 cttccattggctttagaagtagttggttctagcttgtttggaaag 28140823  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #41
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000001
Query Start/End: Original strand, 122 - 277
Target Start/End: Original strand, 29827181 - 29827336
Alignment:
Q  122 ttcaagttatgaagacgttttaaatcgtgcagtttcatatgcttcgggccttcccttagttttagaaattgtgggttccaacttgtttggaaagacgata 221  Q
    |||||| ||||| ||| ||||| | |||||| |  | |||||||| |||||||| || ||||||||| | || ||| ||   |||||||||||||  |||    
T  29827181 ttcaagatatgatgacattttagaccgtgcaatagcttatgcttctggccttccgttggttttagaattagtaggtcccgcgttgtttggaaagaatata 29827280  T
Q  222 gaagaatggaagggtacattagatggatatgaaaagattcccaataaaaagatcca 277  Q
    |||||||||||   || ||||||| ||||||||| |||||| |||||| |||||||    
T  29827281 gaagaatggaaatctatattagatagatatgaaaggattcctaataaagagatcca 29827336  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #42
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000004
Query Start/End: Original strand, 122 - 216
Target Start/End: Original strand, 26812723 - 26812817
Alignment:
Q  122 ttcaagttatgaagacgttttaaatcgtgcagtttcatatgcttcgggccttcccttagttttagaaattgtgggttccaacttgtttggaaaga 216  Q
    ||||||||||||  || |||||||||| |||||   |||| |||| |||||||| |||| | ||||| | |||||||||||||||||||||||||    
T  26812723 ttcaagttatgattacattttaaatcgcgcagtaaaatatacttctggccttccattagctatagaagtagtgggttccaacttgtttggaaaga 26812817  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #43
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000004
Query Start/End: Original strand, 115 - 277
Target Start/End: Original strand, 27215640 - 27215802
Alignment:
Q  115 aagtaccttcaagttatgaagacgttttaaatcgtgcagtttcatatgcttcgggccttcccttagttttagaaattgtgggttccaacttgtttggaaa 214  Q
    |||| |||||||||||||||| | |||| ||||||||| || | |||| ||| |||||||| |||| | ||| ||   | || ||||| ||||||||||     
T  27215640 aagttccttcaagttatgaaggcatttttaatcgtgcacttacttatgtttctggccttccattagctatagtaacaatagggtccaatttgtttggaag 27215739  T
Q  215 gacgatagaagaatggaagggtacattagatggatatgaaaagattcccaataaaaagatcca 277  Q
    ||   ||||||| ||| |  ||| ||||||||  ||||||||||||||||||||| |||||||    
T  27215740 gagtgtagaagattgggaacgtatattagatgagtatgaaaagattcccaataaagagatcca 27215802  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #44
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000004
Query Start/End: Original strand, 159 - 277
Target Start/End: Original strand, 28326710 - 28326828
Alignment:
Q  159 tatgcttcgggccttcccttagttttagaaattgtgggttccaacttgtttggaaagacgatagaagaatggaagggtacattagatggatatgaaaaga 258  Q
    |||||||| |||||||| || | ||||||| | |||||||||||||||||||||||||  |||| |||||| ||   | ||||| ||   ||||||| ||    
T  28326710 tatgcttctggccttccattggctttagaagtagtgggttccaacttgtttggaaagaatatagtagaatgtaaatctgcattatatcagtatgaaagga 28326809  T
Q  259 ttcccaataaaaagatcca 277  Q
    |||||| ||||||||||||    
T  28326810 ttcccattaaaaagatcca 28326828  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #45
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000004
Query Start/End: Original strand, 159 - 277
Target Start/End: Original strand, 28504346 - 28504464
Alignment:
Q  159 tatgcttcgggccttcccttagttttagaaattgtgggttccaacttgtttggaaagacgatagaagaatggaagggtacattagatggatatgaaaaga 258  Q
    |||||||| |||||||| || | ||||||| | |||||||||||||||||||||||||  |||| |||||| ||   | ||||| ||   ||||||| ||    
T  28504346 tatgcttctggccttccattggctttagaagtagtgggttccaacttgtttggaaagaatatagtagaatgtaaatctgcattatatcagtatgaaagga 28504445  T
Q  259 ttcccaataaaaagatcca 277  Q
    |||||| ||||||||||||    
T  28504446 ttcccattaaaaagatcca 28504464  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #46
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000002
Query Start/End: Original strand, 68 - 269
Target Start/End: Original strand, 25580863 - 25581064
Alignment:
Q  68 gacagaagctctcgagttgttgagatggatggcttttaagaataacaaagtaccttcaagttatgaagacgttttaaatcgtgcagtttcatatgcttcg 167  Q
    |||||||||||| || ||||||||  | ||||||||||| ||| ||||||| ||||||| |||||||||  ||||||| |||| |||| | ||||| ||     
T  25580863 gacagaagctcttgaattgttgaggcgaatggcttttaaaaatgacaaagttccttcaatttatgaagagattttaaaccgtgtagttacttatgcatct 25580962  T
Q  168 ggccttcccttagttttagaaattgtgggttccaacttgtttggaaagacgatagaagaatggaagggtacattagatggatatgaaaagattcccaata 267  Q
    || || |||||||   ||| ||   | ||    || |||||||||| || | ||||||| |||||| ||| ||||||||  |||||||| ||||||||||    
T  25580963 gggctgcccttagcaatagtaacaataggggataatttgtttggaaggaaggtagaagattggaagcgtatattagatgagtatgaaaatattcccaata 25581062  T
Q  268 aa 269  Q
    ||    
T  25581063 aa 25581064  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #47
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000002
Query Start/End: Original strand, 122 - 278
Target Start/End: Complemental strand, 29842979 - 29842823
Alignment:
Q  122 ttcaagttatgaagacgttttaaatcgtgcagtttcatatgcttcgggccttcccttagttttagaaattgtgggttccaactt-gtttggaaagacgat 220  Q
    |||||| ||||| ||| ||||| | |||||| |  | |||||||| |||||||| || ||||||||| | || ||| ||| ||| |||||||||||  ||    
T  29842979 ttcaagctatgatgacattttagaccgtgcaatagcttatgcttctggccttccgttggttttagaattagtaggt-ccagctttgtttggaaagaatat 29842881  T
Q  221 agaagaatggaagggtacattagatggatatgaaaagattcccaataaaaagatccac 278  Q
    ||||||||||||   |||||||||| | ||||||| |||||| |||||| ||||||||    
T  29842880 agaagaatggaaatctacattagataggtatgaaaggattcctaataaagagatccac 29842823  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #48
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000001
Query Start/End: Original strand, 38 - 180
Target Start/End: Original strand, 26057033 - 26057175
Alignment:
Q  38 aagtacgcatgaagtgaaagggctgtatgggacagaagctctcgagttgttgagatggatggcttttaagaataacaaagtaccttcaagttatgaagac 137  Q
    |||||| |||| |||  ||||| || ||| |||||||||||| || || |||||  | |  |||||||| ||| ||||||| |||||||||||||||||     
T  26057033 aagtacacatgcagtagaagggttgaatgagacagaagctcttgaattattgagccgaaatgcttttaaaaatgacaaagttccttcaagttatgaagat 26057132  T
Q  138 gttttaaatcgtgcagtttcatatgcttcgggccttcccttag 180  Q
     ||||||| |||| |||| | ||||| || |||||||| ||||    
T  26057133 attttaaaccgtgtagttacttatgcatctggccttccgttag 26057175  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #49
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000001
Query Start/End: Original strand, 38 - 180
Target Start/End: Original strand, 26077003 - 26077145
Alignment:
Q  38 aagtacgcatgaagtgaaagggctgtatgggacagaagctctcgagttgttgagatggatggcttttaagaataacaaagtaccttcaagttatgaagac 137  Q
    |||||| |||| |||  ||||| || ||| |||||||||||| || || |||||  | |  |||||||| ||| ||||||| |||||||||||||||||     
T  26077003 aagtacacatgcagtagaagggttgaatgagacagaagctcttgaattattgagccgaaatgcttttaaaaatgacaaagttccttcaagttatgaagat 26077102  T
Q  138 gttttaaatcgtgcagtttcatatgcttcgggccttcccttag 180  Q
     ||||||| |||| |||| | ||||| || |||||||| ||||    
T  26077103 attttaaaccgtgtagttacttatgcatctggccttccgttag 26077145  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #50
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000004
Query Start/End: Original strand, 159 - 216
Target Start/End: Complemental strand, 28296690 - 28296633
Alignment:
Q  159 tatgcttcgggccttcccttagttttagaaattgtgggttccaacttgtttggaaaga 216  Q
    |||||||| |||||||| || | ||||||| | |||||||||||||||||||||||||    
T  28296690 tatgcttctggccttccattggctttagaagtagtgggttccaacttgtttggaaaga 28296633  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #51
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000004
Query Start/End: Original strand, 159 - 216
Target Start/End: Original strand, 28515383 - 28515440
Alignment:
Q  159 tatgcttcgggccttcccttagttttagaaattgtgggttccaacttgtttggaaaga 216  Q
    |||||||| |||||||| || | ||||||| | |||||||||||||||||||||||||    
T  28515383 tatgcttctggccttccattggctttagaagtagtgggttccaacttgtttggaaaga 28515440  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 214; Significance: 1e-117; HSPs: 1)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 214; E-Value: 1e-117
Query Start/End: Original strand, 1 - 278
Target Start/End: Complemental strand, 29272946 - 29272669
Alignment:
Q  1 ctcgagacaaacacttactaagaagtcatgggatagaaagtacgcatgaagtgaaagggctgtatgggacagaagctctcgagttgttgagatggatggc 100  Q
    |||||||||||||||| ||||   ||||||||||| |||||| |||||||||  ||||||||||||||||| ||||||| || |||||||| ||||||||    
T  29272946 ctcgagacaaacacttgctaacttgtcatgggataaaaagtatgcatgaagtagaagggctgtatgggacaaaagctcttgaattgttgaggtggatggc 29272847  T
Q  101 ttttaagaataacaaagtaccttcaagttatgaagacgttttaaatcgtgcagtttcatatgcttcgggccttcccttagttttagaaattgtgggttcc 200  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  29272846 ttttaagaataacaaagtaccttcaatttatgaagacgttttaaatcgtgcagtttcatatgcttcgggccttcccttagttttagaaatagtgggttcc 29272747  T
Q  201 aacttgtttggaaagacgatagaagaatggaagggtacattagatggatatgaaaagattcccaataaaaagatccac 278  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  29272746 aacttgtttggaaagaggatagaagaatggaagggtacattagatggatatgaaaagattcccaataaaaggatccac 29272669  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 161; Significance: 7e-86; HSPs: 5)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 161; E-Value: 7e-86
Query Start/End: Original strand, 1 - 277
Target Start/End: Complemental strand, 28126783 - 28126507
Alignment:
Q  1 ctcgagacaaacacttactaagaagtcatgggatagaaagtacgcatgaagtgaaagggctgtatgggacagaagctctcgagttgttgagatggatggc 100  Q
    ||||||| |||||||||||||   ||||||||||||||||||||||||  || |||||| ||||||  ||| |||| || || |||||||| ||||||||    
T  28126783 ctcgagagaaacacttactaacctgtcatgggatagaaagtacgcatgcggtaaaagggttgtatgtaacaaaagcacttgaattgttgaggtggatggc 28126684  T
Q  101 ttttaagaataacaaagtaccttcaagttatgaagacgttttaaatcgtgcagtttcatatgcttcgggccttcccttagttttagaaattgtgggttcc 200  Q
    ||||||  |||||||||| |||||||||||||| || |||||||| || ||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||| |||||||||    
T  28126683 ttttaaacataacaaagttccttcaagttatgatgatgttttaaaccgggcagtttcatatgcttcaggccttcccttagttatagaaatagtgggttcc 28126584  T
Q  201 aacttgtttggaaagacgatagaagaatggaagggtacattagatggatatgaaaagattcccaataaaaagatcca 277  Q
    ||||| ||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  28126583 aacttatttggaaagagcatagaagaatggaagggtacattagatggatatgaaaagattccaaataaaaagatcca 28126507  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 133; E-Value: 3e-69
Query Start/End: Original strand, 1 - 277
Target Start/End: Complemental strand, 267448 - 267172
Alignment:
Q  1 ctcgagacaaacacttactaagaagtcatgggatagaaagtacgcatgaagtgaaagggctgtatgggacagaagctctcgagttgttgagatggatggc 100  Q
    |||||||||| || |||||||   ||||||||||||||||||||||||||||  ||||| |||||||||| |||||||| || |||||||| ||||||||    
T  267448 ctcgagacaagcaattactaacctgtcatgggatagaaagtacgcatgaagtagaagggttgtatgggaccgaagctcttgaattgttgagttggatggc 267349  T
Q  101 ttttaagaataacaaagtaccttcaagttatgaagacgttttaaatcgtgcagtttcatatgcttcgggccttcccttagttttagaaattgtgggttcc 200  Q
    |||||| ||| |   ||| || |||| |||  | ||  |||||| |||||||||| | |||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||     
T  267348 ttttaaaaatgatccagttccatcaatttacaatgagattttaattcgtgcagttgcttatgcttctggccttccgttagttttagaaattgtgggttct 267249  T
Q  201 aacttgtttggaaagacgatagaagaatggaagggtacattagatggatatgaaaagattcccaataaaaagatcca 277  Q
    ||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||| |||||||    
T  267248 aacttgtttggaaagagcatagaagaatggaagggtacattagatgggtatgataagattcccaataaagagatcca 267172  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 103; E-Value: 3e-51
Query Start/End: Original strand, 1 - 187
Target Start/End: Complemental strand, 28163484 - 28163298
Alignment:
Q  1 ctcgagacaaacacttactaagaagtcatgggatagaaagtacgcatgaagtgaaagggctgtatgggacagaagctctcgagttgttgagatggatggc 100  Q
    |||||||||||||||||||||   |||||||||||||||||| ||||   ||  ||||| |||||||||| ||||| || || |||||||  ||||||||    
T  28163484 ctcgagacaaacacttactaacctgtcatgggatagaaagtatgcattcggtagaagggttgtatgggacggaagcgcttgaattgttgacgtggatggc 28163385  T
Q  101 ttttaagaataacaaagtaccttcaagttatgaagacgttttaaatcgtgcagtttcatatgcttcgggccttcccttagttttaga 187  Q
    |||||| ||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||    
T  28163384 ttttaaaaataacaaagttccttcaagttatgaagatgttttaaatcgtgcagtttcatatgcttcaggccttcccttagttataga 28163298  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 66; E-Value: 3e-29
Query Start/End: Original strand, 184 - 277
Target Start/End: Complemental strand, 28132426 - 28132333
Alignment:
Q  184 tagaaattgtgggttccaacttgtttggaaagacgatagaagaatggaagggtacattagatggatatgaaaagattcccaataaaaagatcca 277  Q
    ||||||| |||||||| ||||| ||||||||||  ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  28132426 tagaaatagtgggttcaaacttatttggaaagagcatagaagaatggaagtgtacattagatggatatgaaaagattcctaataaaaagatcca 28132333  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 37; E-Value: 0.000000000007
Query Start/End: Original strand, 123 - 215
Target Start/End: Original strand, 26137084 - 26137176
Alignment:
Q  123 tcaagttatgaagacgttttaaatcgtgcagtttcatatgcttcgggccttcccttagttttagaaattgtgggttccaacttgtttggaaag 215  Q
    |||||||||||  |  |||||||  ||||||||  ||||||||| |||||||| |||| ||||||| | |||||||||| |||||||||||||    
T  26137084 tcaagttatgattatattttaaacagtgcagttaaatatgcttctggccttccgttagctttagaagtagtgggttccagcttgtttggaaag 26137176  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0349 (Bit Score: 125; Significance: 2e-64; HSPs: 1)
Name: scaffold0349
Description:

Target: scaffold0349; HSP #1
Raw Score: 125; E-Value: 2e-64
Query Start/End: Original strand, 1 - 277
Target Start/End: Complemental strand, 2647 - 2371
Alignment:
Q  1 ctcgagacaaacacttactaagaagtcatgggatagaaagtacgcatgaagtgaaagggctgtatgggacagaagctctcgagttgttgagatggatggc 100  Q
    |||||||||||||||||||||   ||||||||||| |||||| |||||||||  ||||| ||||||||||||||||||| || |||||||| ||||||||    
T  2647 ctcgagacaaacacttactaacctgtcatgggataaaaagtatgcatgaagtagaagggttgtatgggacagaagctcttgaattgttgaggtggatggc 2548  T
Q  101 ttttaagaataacaaagtaccttcaagttatgaagacgttttaaatcgtgcagtttcatatgcttcgggccttcccttagttttagaaattgtgggttcc 200  Q
    |||||| | | |||| || |||||| |||| |||||  ||||||| ||||||||| |||||||||| |||||||| |||||| ||||||| ||||||||     
T  2547 ttttaaaagtgacaatgttccttcaggttacgaagagattttaaaccgtgcagttgcatatgcttctggccttccgttagttatagaaatagtgggttct 2448  T
Q  201 aacttgtttggaaagacgatagaagaatggaagggtacattagatggatatgaaaagattcccaataaaaagatcca 277  Q
    ||||| | ||||||||  ||||| |||||||||  |||||||||||| ||||| | ||||||||||||| |||||||    
T  2447 aacttatctggaaagaacatagaggaatggaagaatacattagatgggtatgacaggattcccaataaagagatcca 2371  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold1870 (Bit Score: 118; Significance: 3e-60; HSPs: 1)
Name: scaffold1870
Description:

Target: scaffold1870; HSP #1
Raw Score: 118; E-Value: 3e-60
Query Start/End: Original strand, 159 - 280
Target Start/End: Original strand, 1 - 122
Alignment:
Q  159 tatgcttcgggccttcccttagttttagaaattgtgggttccaacttgtttggaaagacgatagaagaatggaagggtacattagatggatatgaaaaga 258  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1 tatgcttcgggccttcccttagttttagaaatagtgggttccaacttgtttggaaagacgatagaagaatggaagggtacattagatggatatgaaaaga 100  T
Q  259 ttcccaataaaaagatccacga 280  Q
    ||||||||||||||||||||||    
T  101 ttcccaataaaaagatccacga 122  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0003 (Bit Score: 107; Significance: 1e-53; HSPs: 1)
Name: scaffold0003
Description:

Target: scaffold0003; HSP #1
Raw Score: 107; E-Value: 1e-53
Query Start/End: Original strand, 3 - 277
Target Start/End: Original strand, 60645 - 60919
Alignment:
Q  3 cgagacaaacacttactaagaagtcatgggatagaaagtacgcatgaagtgaaagggctgtatgggacagaagctctcgagttgttgagatggatggctt 102  Q
    ||||| ||||||||||||    |||||| ||||||||  ||  ||| ||| |||||| || ||| |||||||||||| || |||||||| ||||||||||    
T  60645 cgagataaacacttactagcctgtcatgagatagaaaaaacatatgcagtaaaagggttgaatgtgacagaagctcttgaattgttgaggtggatggctt 60744  T
Q  103 ttaagaataacaaagtaccttcaagttatgaagacgttttaaatcgtgcagtttcatatgcttcgggccttcccttagttttagaaattgtgggttccaa 202  Q
    |||| ||| ||||||| ||||||||||||||| |  |||| ||||||| |||| | |||||||| ||||||||  ||||| ||||||| |||||||| ||    
T  60745 ttaaaaatgacaaagttccttcaagttatgaaaagattttgaatcgtgtagttgcttatgcttctggccttccggtagttatagaaatagtgggttctaa 60844  T
Q  203 cttgtttggaaagacgatagaagaatggaagggtacattagatggatatgaaaagattcccaataaaaagatcca 277  Q
    ||||||||||||||  ||||||||||| |||  |||||||||| | ||||||||||||||||||||| |||||||    
T  60845 cttgtttggaaagaacatagaagaatgcaagaatacattagattggtatgaaaagattcccaataaagagatcca 60919  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 107; Significance: 1e-53; HSPs: 8)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 107; E-Value: 1e-53
Query Start/End: Original strand, 3 - 277
Target Start/End: Original strand, 18074837 - 18075111
Alignment:
Q  3 cgagacaaacacttactaagaagtcatgggatagaaagtacgcatgaagtgaaagggctgtatgggacagaagctctcgagttgttgagatggatggctt 102  Q
    ||||| ||||||||||||    |||||| ||||||||  ||  ||| ||| |||||| || ||| |||||||||||| || |||||||| ||||||||||    
T  18074837 cgagataaacacttactagcctgtcatgagatagaaaaaacatatgcagtaaaagggttgaatgtgacagaagctcttgaattgttgaggtggatggctt 18074936  T
Q  103 ttaagaataacaaagtaccttcaagttatgaagacgttttaaatcgtgcagtttcatatgcttcgggccttcccttagttttagaaattgtgggttccaa 202  Q
    |||| ||| ||||||| ||||||||||||||| |  |||| ||||||| |||| | |||||||| ||||||||  ||||| ||||||| |||||||| ||    
T  18074937 ttaaaaatgacaaagttccttcaagttatgaaaagattttgaatcgtgtagttgcttatgcttctggccttccggtagttatagaaatagtgggttctaa 18075036  T
Q  203 cttgtttggaaagacgatagaagaatggaagggtacattagatggatatgaaaagattcccaataaaaagatcca 277  Q
    ||||||||||||||  ||||||||||| |||  |||||||||| | ||||||||||||||||||||| |||||||    
T  18075037 cttgtttggaaagaacatagaagaatgcaagaatacattagattggtatgaaaagattcccaataaagagatcca 18075111  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 82; E-Value: 9e-39
Query Start/End: Original strand, 7 - 216
Target Start/End: Complemental strand, 18654575 - 18654366
Alignment:
Q  7 acaaacacttactaagaagtcatgggatagaaagtacgcatgaagtgaaagggctgtatgggacagaagctctcgagttgttgagatggatggcttttaa 106  Q
    |||||||||||||||| | ||||| |||||||| || ||||||||| |||||| ||| |  |  | | ||||| || |||||||| ||||||||||||||    
T  18654575 acaaacacttactaagcaatcatgagatagaaattatgcatgaagtaaaagggatgtctacggaaaatgctcttgaattgttgaggtggatggcttttaa 18654476  T
Q  107 gaataacaaagtaccttcaagttatgaagacgttttaaatcgtgcagtttcatatgcttcgggccttcccttagttttagaaattgtgggttccaacttg 206  Q
     | | ||||||| |||||||||||||||||  ||||||| ||||||||| | |||||||| |||||||| |||| | ||||| | |||||||||||||||    
T  18654475 aatttacaaagttccttcaagttatgaagagattttaaaccgtgcagttgcgtatgcttctggccttccattagctatagaagtcgtgggttccaacttg 18654376  T
Q  207 tttggaaaga 216  Q
    ||||||||||    
T  18654375 tttggaaaga 18654366  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 82; E-Value: 9e-39
Query Start/End: Original strand, 7 - 216
Target Start/End: Complemental strand, 18678658 - 18678449
Alignment:
Q  7 acaaacacttactaagaagtcatgggatagaaagtacgcatgaagtgaaagggctgtatgggacagaagctctcgagttgttgagatggatggcttttaa 106  Q
    |||||||||||||||| | ||||| |||||||| || ||||||||| |||||| ||| | ||  | | ||||| || |||||||| ||||||||||||||    
T  18678658 acaaacacttactaagcaatcatgagatagaaattatgcatgaagtaaaagggatgtctagggaaaatgctcttgaattgttgaggtggatggcttttaa 18678559  T
Q  107 gaataacaaagtaccttcaagttatgaagacgttttaaatcgtgcagtttcatatgcttcgggccttcccttagttttagaaattgtgggttccaacttg 206  Q
     | | ||||||| |||||||||||||||||  ||||||| |||||||||   |||||||| |||||||| |||| | ||||| | |||||||||||||||    
T  18678558 aagttacaaagttccttcaagttatgaagagattttaaaacgtgcagttgtgtatgcttctggccttccattagctatagaagtagtgggttccaacttg 18678459  T
Q  207 tttggaaaga 216  Q
    ||||||||||    
T  18678458 tttggaaaga 18678449  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 66; E-Value: 3e-29
Query Start/End: Original strand, 7 - 216
Target Start/End: Complemental strand, 18698498 - 18698289
Alignment:
Q  7 acaaacacttactaagaagtcatgggatagaaagtacgcatgaagtgaaagggctgtatgggacagaagctctcgagttgttgagatggatggcttttaa 106  Q
    |||||||||||||||  | ||||| |||||||| ||  |||||||| |||||| ||| |  |  | | ||||| || |||||||| ||||||||||||||    
T  18698498 acaaacacttactaaccaatcatgagatagaaattatccatgaagtaaaagggatgtctacggaaaatgctcttgaattgttgaggtggatggcttttaa 18698399  T
Q  107 gaataacaaagtaccttcaagttatgaagacgttttaaatcgtgcagtttcatatgcttcgggccttcccttagttttagaaattgtgggttccaacttg 206  Q
     ||| ||||||| |||||||||||||||||  |||| || | |||||||   |||||||| |||||||| |||| | ||||| | |||||||||||||||    
T  18698398 aaattacaaagttccttcaagttatgaagagatttttaaccatgcagttgtgtatgcttctggccttccattagctctagaagtagtgggttccaacttg 18698299  T
Q  207 tttggaaaga 216  Q
    ||||||||||    
T  18698298 tttggaaaga 18698289  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 66; E-Value: 3e-29
Query Start/End: Original strand, 75 - 216
Target Start/End: Complemental strand, 18723115 - 18722974
Alignment:
Q  75 gctctcgagttgttgagatggatggcttttaagaataacaaagtaccttcaagttatgaagacgttttaaatcgtgcagtttcatatgcttcgggccttc 174  Q
    ||||| || |||||||| |||||||||||||| | | ||||||| |||||||||||||||||  ||||||| || |||||| | |||||||| |||||||    
T  18723115 gctcttgaattgttgaggtggatggcttttaaaagttacaaagttccttcaagttatgaagagattttaaaccgagcagttgcgtatgcttctggccttc 18723016  T
Q  175 ccttagttttagaaattgtgggttccaacttgtttggaaaga 216  Q
    | |||| | ||||| | |||||||||||||||||||||||||    
T  18723015 cattagctatagaagtagtgggttccaacttgtttggaaaga 18722974  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 66; E-Value: 3e-29
Query Start/End: Original strand, 7 - 216
Target Start/End: Complemental strand, 18730602 - 18730393
Alignment:
Q  7 acaaacacttactaagaagtcatgggatagaaagtacgcatgaagtgaaagggctgtatgggacagaagctctcgagttgttgagatggatggcttttaa 106  Q
    |||||||||||||||  | ||||| |||||||| ||  |||||||| |||||| ||| |  |  | | ||||| || |||||||| ||||||||||||||    
T  18730602 acaaacacttactaaccaatcatgagatagaaattatccatgaagtaaaagggatgtctacggaaaatgctcttgaattgttgaggtggatggcttttaa 18730503  T
Q  107 gaataacaaagtaccttcaagttatgaagacgttttaaatcgtgcagtttcatatgcttcgggccttcccttagttttagaaattgtgggttccaacttg 206  Q
     ||| ||||||| |||||||||||||||||  |||| || | |||||||   |||||||| |||||||| |||| | ||||| | |||||||||||||||    
T  18730502 aaattacaaagttccttcaagttatgaagagatttttaaccatgcagttgtgtatgcttctggccttccattagctctagaagtagtgggttccaacttg 18730403  T
Q  207 tttggaaaga 216  Q
    ||||||||||    
T  18730402 tttggaaaga 18730393  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 63; E-Value: 2e-27
Query Start/End: Original strand, 26 - 216
Target Start/End: Complemental strand, 18688705 - 18688515
Alignment:
Q  26 tcatgggatagaaagtacgcatgaagtgaaagggctgtatgggacagaagctctcgagttgttgagatggatggcttttaagaataacaaagtaccttca 125  Q
    ||||| |||||||| || ||||||||| |||||| ||| | ||  | | ||||| || |||||||| |||||||||||||| | | | ||||| ||||||    
T  18688705 tcatgagatagaaattatgcatgaagtaaaagggatgtctagggaaaatgctcttgaattgttgaggtggatggcttttaaaagttataaagttccttca 18688606  T
Q  126 agttatgaagacgttttaaatcgtgcagtttcatatgcttcgggccttcccttagttttagaaattgtgggttccaacttgtttggaaaga 216  Q
    |||||||||||  ||||||| ||||||||    |||||||| |||||||| |||| | ||||| | |||||||||||||||||||||||||    
T  18688605 agttatgaagagattttaaaccgtgcagtcgtgtatgcttctggccttccattagctatagaagtagtgggttccaacttgtttggaaaga 18688515  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000004
Query Start/End: Original strand, 159 - 232
Target Start/End: Complemental strand, 5089900 - 5089827
Alignment:
Q  159 tatgcttcgggccttcccttagttttagaaattgtgggttccaacttgtttggaaagacgatagaagaatggaa 232  Q
    |||||||| |||||||| || | ||||||| ||||||||||||| ||||||||||||   |||||| |||||||    
T  5089900 tatgcttctggccttccattggctttagaagttgtgggttccaatttgtttggaaaggatatagaaaaatggaa 5089827  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 36; Significance: 0.00000000003; HSPs: 1)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000003
Query Start/End: Original strand, 159 - 254
Target Start/End: Original strand, 16692099 - 16692194
Alignment:
Q  159 tatgcttcgggccttcccttagttttagaaattgtgggttccaacttgtttggaaagacgatagaagaatggaagggtacattagatggatatgaa 254  Q
    |||||||| |||||||| |||| ||||||| | || || || ||||||||||||||||  ||||||||||||||   |||||| ||| ||||||||    
T  16692099 tatgcttctggccttccattagctttagaagtagtaggatctaacttgtttggaaagaatatagaagaatggaaatctacatttgatcgatatgaa 16692194  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0019 (Bit Score: 35; Significance: 0.0000000001; HSPs: 1)
Name: scaffold0019
Description:

Target: scaffold0019; HSP #1
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000001
Query Start/End: Original strand, 159 - 277
Target Start/End: Complemental strand, 57244 - 57126
Alignment:
Q  159 tatgcttcgggccttcccttagttttagaaattgtgggttccaacttgtttggaaagacgatagaagaatggaagggtacattagatggatatgaaaaga 258  Q
    |||||||| |||||||| || |  |||||| | |||||||| ||||||||||||||||  |||| |||||||||   | ||||| ||   ||||||| ||    
T  57244 tatgcttcaggccttccattggccttagaagtagtgggttcgaacttgtttggaaagaatataggagaatggaaatctgcattaaatcagtatgaaagga 57145  T
Q  259 ttcccaataaaaagatcca 277  Q
    |||||| ||||||||||||    
T  57144 ttcccattaaaaagatcca 57126  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 33; Significance: 0.000000002; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 139 - 215
Target Start/End: Complemental strand, 17992185 - 17992109
Alignment:
Q  139 ttttaaatcgtgcagtttcatatgcttcgggccttcccttagttttagaaattgtgggttccaacttgtttggaaag 215  Q
    ||||||| |||| ||||  ||||||| | ||||| || |||| ||||||| | ||||||||||||||||||||||||    
T  17992185 ttttaaaccgtgtagttaaatatgctgctggcctcccattagctttagaagtagtgggttccaacttgtttggaaag 17992109  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University