View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF1580_low_6 (Length: 532)

Name: NF1580_low_6
Description: NF1580
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF1580_low_6
NF1580_low_6
[»] chr6 (2 HSPs)
chr6 (1-512)||(14591751-14592265)
chr6 (1-512)||(13309304-13309816)
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (2-482)||(13935724-13936202)
[»] chr3 (2 HSPs)
chr3 (1-482)||(49281642-49282122)
chr3 (1-45)||(13787307-13787350)
[»] chr7 (1 HSPs)
chr7 (183-495)||(21280290-21280600)
[»] chr5 (1 HSPs)
chr5 (317-512)||(4855270-4855466)


Alignment Details
Target: chr6 (Bit Score: 384; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 384; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 512
Target Start/End: Original strand, 14591751 - 14592265
Alignment:
Q  1 tataagtattataatatattacaatcatccaatatttgagtaaaagatgaaataaattccactggctttaaaagcacagattgcttgcaattgccaatgc 100  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||   ||||    
T  14591751 tataagtattataatatattacagtcatccaatatttgagtaaaatatgaaataaattccactggctttaaaagcacagactgcttgcaattgttgatgc 14591850  T
Q  101 tataacatggcgaatcatggagaatgatgttgtagttgatgctgcacaacaaaggaatgaatataactgttnnnnnnnnnnn---cctaaacaacaatat 197  Q
    || |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||              |||||||||||||||    
T  14591851 tacaacatggcgaatcatggagaataatgttgtagttgatgctgcacaacaaagaaatgaatataactgttcaaaaaaaaaaaaacctaaacaacaatat 14591950  T
Q  198 gtttaatgttctaaatttacaaatatgaatgaatgatattcgaaaacaaacctaaactgcagccctagaaatctataacagccagaatcccacttattaa 297  Q
    ||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  14591951 gttgaatgttataaatttacaaatatgaatgaatgatatttgaaaacaaacctaaactgcagccctagaagtctataacagccagaatcccacttattaa 14592050  T
Q  298 attgcagcaaccatttatgataaactgtaaattaaaaccagttagtaaatcataataatttcactagattaaagaaatttcattataacaaagaaagcaa 397  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14592051 attgcagcaaccatttatgataaactataaattaaaactagttagtaaatcataataattttactagattaaagaaatttcattataacaaagaaagcaa 14592150  T
Q  398 gttttattagattacctgcaaagggacatgtcatagataatacttcataactcttcattctctacttctctaatgtcatgggcataggttgatagcttct 497  Q
    ||||||||||||||| ||||||| |||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  14592151 gttttattagattacttgcaaagagacataccatagataatacttcataactcttcattctctacttctctaatggcatgggcataggttgatagcttct 14592250  T
Q  498 caacttaatcctaat 512  Q
    |||||||||||||||    
T  14592251 caacttaatcctaat 14592265  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 358; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 512
Target Start/End: Complemental strand, 13309816 - 13309304
Alignment:
Q  1 tataagtattataatatattacaatcatccaatatttgagtaaaagatgaaataaattccactggctttaaaagcacagattgcttgcaattgccaatgc 100  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||| |||||||||| ||||    
T  13309816 tataagtattataatatattacagtcatccaatatttgagtaaaagatgaaataaattccactggctttaaaagcacaggctgcctgcaattgccgatgc 13309717  T
Q  101 tataacatggcgaatcatggagaatgatgttgtagttgatgctgcacaacaaaggaatgaatataactgttnnnnnnnnnnn-cctaaacaacaatatgt 199  Q
    || ||||||  |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||            |||||||||||||||||    
T  13309716 tacaacatgttgaatcatggagaatgatgttgtagttgatgttgcacaacaaaggaatgaatataactgtttaaaaaaaaaaacctaaacaacaatatgt 13309617  T
Q  200 ttaatgttctaaatttacaaatatgaatgaatgatattcgaaaacaaacctaaactgcagccctagaaatctataacagccagaatcccacttattaaat 299  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||| |||| ||||||||| ||||||||||   |||    
T  13309616 ttaatgttctaaatttacaaatatgaatgaatgatatttgaaaacaaacctgaactgcagccctagaagtctacaacagccagtatcccactta---aat 13309520  T
Q  300 tgcagcaaccatttatgataaactgtaaattaaaaccagttagtaaatcataataattt--cactagattaaagaaa-tttcattataacaaagaaagca 396  Q
    ||||||||||||| |||||||| ||||||||||||  ||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  13309519 tgcagcaaccattaatgataaaatgtaaattaaaattagttagtaaatcataataatttttcactagattaaagaaaatttcattataacaaagaaagca 13309420  T
Q  397 agttttattagattacctgcaaagggacatgtcatagataatacttcataactcttcattctctacttctctaatgtcatgggcataggttgatagcttc 496  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  13309419 agttttattagattacctgcaaagggacatgccatagataataattcataactcttcattctctacttctctaatggcatgggcataggttgatagcttc 13309320  T
Q  497 tcaacttaatcctaat 512  Q
    ||||||||||||||||    
T  13309319 tcaacttaatcctaat 13309304  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 339; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 339; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 2 - 482
Target Start/End: Complemental strand, 13936202 - 13935724
Alignment:
Q  2 ataagtattataatatattacaatcatccaatatttgagtaaaagatgaaataaattccactggctttaaaagcacagattgcttgcaattgccaatgct 101  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||  |||||||||||||| |||||    
T  13936202 ataagtattataatatattacagtcatccaatatttgagtaaaagatgaaataaattccactagctttaaaagcacaggctgcttgcaattgccgatgct 13936103  T
Q  102 ataacatggcgaatcatggagaatgatgttgtagttgatgctgcacaacaaaggaatgaatataactgttnnnnnnnnnnncctaaacaacaatatgttt 201  Q
    | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||            ||||||||||||||||||    
T  13936102 acaacatggcgaatcatggagaatgatgttgtagttgatgctgcacaacaaaggaatgaatataactgtttaaaaaaaaaatctaaacaacaatatgttt 13936003  T
Q  202 aatgttctaaatttacaaatatgaatgaatgatattcgaaaacaaacctaaactgcagccctagaaatctataacagccagaatcccacttattaaattg 301  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||| ||||| |||||||||| ||||||||| | || ||||||||||   |||||    
T  13936002 aatgttctaaatttacaaatatgcatgaatgatatttgaaaacaaacctgaactggagccctagaagtctataacatctagtatcccactta---aattg 13935906  T
Q  302 cagcaaccatttatgataaactgtaaattaaaaccagttagtaaatcataataatttcactagattaaagaaa-tttcattataacaaagaaagcaagtt 400  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||    
T  13935905 cagcaaccatttatgataaactgtaaattacaatcagttagtaaatcataataatttcactagattaaagaaaatttcattataacaaagaaaacaagtt 13935806  T
Q  401 ttattagattacctgcaaagggacatgtcatagataatacttcataactcttcattctctacttctctaatgtcatgggcat 482  Q
    |||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||    
T  13935805 ttatcagattacctgcaaagggacatgccatagataatacttcataactctgcattctctacttctctaatggcatgggcat 13935724  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 323; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 323; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 482
Target Start/End: Original strand, 49281642 - 49282122
Alignment:
Q  1 tataagtattataatatattacaatcatccaatat--ttgagtaaaagatgaaataaattccactggctttaaaagcacagattgcttgcaattgccaat 98  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||| |||||||  ||    
T  49281642 tataagtattataatatattacagtcatccaatatatttgagtaaaagatgaaataaattccactggctttaaaagcacaggctgcttacaattgctgat 49281741  T
Q  99 gctataacatggcgaatcatggagaatgatgttgtagttgatgctgcacaacaaaggaatgaatataactgttnnnnnnnnnnncctaaacaacaatatg 198  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||           | ||||||||||||||    
T  49281742 gctacaacatggcgaatcatggagaatgatgttgtagttgatgctgcacaacaaaggaatgaatatagctatttaaaaaaaaaac-taaacaacaatatg 49281840  T
Q  199 tttaatgttctaaatttacaaatatgaatgaatgatattcgaaaacaaacctaaactgcagccctagaaatctataacagccagaatcccacttattaaa 298  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||| |||| ||||||||||   ||    
T  49281841 tttaatgttctaaatttacaaatatgcatgaatgatatttgaaaacaaacctgaactgcagccctagaagtctataacatccagtatcccactta---aa 49281937  T
Q  299 ttgcagcaaccatttatgataaactgtaaattaaaaccagttagtaaatcataataatttcactagattaaagaaa-tttcattataacaaagaaagcaa 397  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  49281938 ttgcagcaaccatttatgataaactgtaaattaaaatcagttagtaaatcataataatttcattagattaaagaaaatttcattataacaaagaaagcaa 49282037  T
Q  398 gttttattagattacctgcaaagggacatgtcatagataatacttcataactcttcattctctacttctctaatgtcatgggcat 482  Q
    ||||||| ||| ||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  49282038 gttttatcagaatacctccaaagggacatgccatagataatacttcataactcttcattctctacttctctaatggcatgggcat 49282122  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000003
Query Start/End: Original strand, 1 - 45
Target Start/End: Complemental strand, 13787350 - 13787307
Alignment:
Q  1 tataagtattataatatattacaatcatccaatatttgagtaaaa 45  Q
    |||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||    
T  13787350 tataagtattataatatattac-agcatccaatatttgagtaaaa 13787307  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 146; Significance: 1e-76; HSPs: 1)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 146; E-Value: 1e-76
Query Start/End: Original strand, 183 - 495
Target Start/End: Original strand, 21280290 - 21280600
Alignment:
Q  183 cctaaacaacaatatgtttaatgttctaaatttacaaatatgaatgaatgatattcgaaaacaaacctaaactgcagcc--ctagaaatctataacagcc 280  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||| || |||||| || |||||||||||| |||||||||   |||||| |||||||||| |    
T  21280290 cctaaacaacaatatgttcaatgttctaaatttaaaaatatgcataaatgatgtttgaaaacaaacctgaactgcagctttctagaagtctataacagtc 21280389  T
Q  281 agaatcccacttattaaattgcagcaaccatttatgataaactgtaaattaaaaccagttagtaaatcataataatttcactagattaaagaaatttcat 380  Q
      ||||||||| |   ||||||||||| ||||| | |||||||| ||| |||||  | ||||||||||||||||||| |||||||||||||| | |||||    
T  21280390 taaatcccactga---aattgcagcaatcattt-taataaactgcaaactaaaattacttagtaaatcataataattgcactagattaaagataattcat 21280485  T
Q  381 tataacaaagaaagcaagttttattagattacctgcaaagggacatgtcatagataatacttcataactcttcattctctacttctctaatgtcatgggc 480  Q
    |||||||||  ||||||||||||| ||||||| |||||| ||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||  ||||| |    
T  21280486 tataacaaaacaagcaagttttatcagattacttgcaaaaggacatgccatagataatacttcataattcttcattctctacatctctaatagcatggac 21280585  T
Q  481 ataggttgatagctt 495  Q
    |||||||||||||||    
T  21280586 ataggttgatagctt 21280600  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 58; Significance: 4e-24; HSPs: 1)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 58; E-Value: 4e-24
Query Start/End: Original strand, 317 - 512
Target Start/End: Original strand, 4855270 - 4855466
Alignment:
Q  317 ataaactgtaaattaaaaccagttag-taaatcataataatttcactagattaaagaaatttcattataacaaagaaagcaagttttattagattacctg 415  Q
    |||||||||||||||||| || |||  | |||  |||||||| |||||||||||||| | || |||||  ||||| || |||||||||| | ||||||||    
T  4855270 ataaactgtaaattaaaatcaattacatcaatgttaataattgcactagattaaagataatttattattccaaagcaa-caagttttatcaaattacctg 4855368  T
Q  416 caaa-gggacatgtcatagataatacttcataactcttcattctctacttctctaatgtcatgggcataggttgatagcttctcaacttaatcctaat 512  Q
    |||| |||||||| |||||| || ||| ||||  ||||||| |||||| ||||||||| || ||||||||| ||||| |||| |||||| ||||||||    
T  4855369 caaaggggacatgccatagaaaaaactccatagttcttcatcctctacgtctctaatggcacgggcatagggtgataacttcacaacttcatcctaat 4855466  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University