View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF15810_low_1 (Length: 624)

Name: NF15810_low_1
Description: NF15810
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF15810_low_1
NF15810_low_1
[»] chr5 (2 HSPs)
chr5 (1-606)||(42798497-42799100)
chr5 (415-605)||(28762528-28762717)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 571; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 571; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 606
Target Start/End: Original strand, 42798497 - 42799100
Alignment:
Q  1 cgtagcagaattaggaaaatcttgatccatgacaggcagggaagtgtagagcaagagggttcagacgtatatatggagctaatagactttgaatgtaatc 100  Q
    |||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42798497 cgtagcagaattaggaaaatcaagatccatgacaggcagggaagtgtagagcaagagggttcagacgtatatatggagctaatagactttgaatgtaatc 42798596  T
Q  101 cagttgtgatggctaactttgggataatcacagtaactggatctgttgcttttcaaaatgtttaacatgggccgttgagtggagcttgaggcagaattgt 200  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42798597 cagttgcgatggctaactttgggataatcacagtaactggatctgttgcttttcaaaatgtttaacatgggccgttgagtggagcttgaggcagaattgt 42798696  T
Q  201 ggggagttttagaagggttgcgacttgcaaagagtacaggttttaaagcagtggagttatgtgtggattgtgagagagactgttgttaattatgttacgc 300  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42798697 ggggagttttagaagggttgcgacttgcaaagagtacaggttttaaagcagtggagttatgtgtggattgtgagagagactgttgttaattatgttacgc 42798796  T
Q  301 agagtaatgtatgaacattgttggaaaggagtcttatcgagtgtattcaaagacttgtagaaatggactgggaggtgaagatatgccactcatatcatga 400  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  42798797 agagtaatgtatgaacattgttggaaaggagtcttatcgagtgtattcaaagacttgtagaaatggactgggaggtgaagatatgccactcgtatcatga 42798896  T
Q  401 agcaaagaatataatgatgctttgactgtttatgagttgtgtctgactcagttggtccagttgctcaattctgatagtagacgagtttctactcctctat 500  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  42798897 agcaaagaatataatgatgctttgattgtt--tgagttgtgtctgactcagttggtccagttgctcaattctgatagtagacgagtttcttctcctctat 42798994  T
Q  501 tagtttcggtgcaatttctctttttgtttggacttagaccctttctgtattgaaaaaattgtgcactgtacaaacattttagcacaatcattggtcatgc 600  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42798995 tagtttcggtgcaatttctctttttgtttggacttagaccctttctgtattgaaaaaattgtgcactgtacaaacattttagcacaatcattggtcatgc 42799094  T
Q  601 acttcg 606  Q
    ||||||    
T  42799095 acttcg 42799100  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 93; E-Value: 6e-45
Query Start/End: Original strand, 415 - 605
Target Start/End: Original strand, 28762528 - 28762717
Alignment:
Q  415 tgatgctttgactgtttatgagttgtgtctgactcagttggtccagttgctcaattctgatagtagacgagtttctactcctctattagtttcggtgcaa 514  Q
    |||||||||||||||||  |||||||||| |||||| ||||||||||| ||||||||||||| | | |||||| ||||||||||||||| |||| || ||    
T  28762528 tgatgctttgactgttt--gagttgtgtccgactcaattggtccagtttctcaattctgatattcgtcgagttcctactcctctattagattcgatgtaa 28762625  T
Q  515 tttctctttttgtttggacttagaccct-ttctgtattgaaaaaattgtgcactgtacaaacattttagcacaatcattggtcatgcacttc 605  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| || ||||   |||| |   || |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  28762626 tttctctttttgtttggacttagaccctcttttgtacccaaaacaccatgaactgtacaaacattttagcacaatcattggtcattcacttc 28762717  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University