View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF15815_high_1_N (Length: 873)

Name: NF15815_high_1_N
Description: NF15815
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF15815_high_1_N
NF15815_high_1_N
[»] chr1 (1 HSPs)
chr1 (53-844)||(52511842-52512657)


Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 591; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 591; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 53 - 844
Target Start/End: Complemental strand, 52512657 - 52511842
Alignment:
Q  53 ctctattcttcatatctcaatggattgcaatttgcaggcgtctgttattcctcgatgccttcctccaacttccatcaaacaaacaggaaggacgcgttgt 152  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  52512657 ctctattcttcatatctcaatggattgcaatttgcaggcgtctgttattcctcgatgccttcctccaacttccatcaaacaaacaggaaggacgcgttgt 52512558  T
Q  153 tttattgttaaatccactcttcctcaaaatcaaggatatcattcttcctccaaggtatgtatgtatgtttatatacgagtttcaattcaatttcaattac 252  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  52512557 tttattgttaaatccactcttcctcaaaatcaaggatatcattcttcctccaaggtatgtatgtatgtttatatatgagtttcaattcaatttcaattac 52512458  T
Q  253 tcactca----ctcatcattaacttaattaattgcattcatatagnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnttgtttcgaggcgtcaatgtcttaaatgtt 348  Q
    |||||||    ||||||||||||||||||||||||||||||||||                         ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  52512457 tcactcactcactcatcattaacttaattaattgcattcatataggaagaagaagaagaagaagaagaagttgtttcgaggcgtcaatgtcttaaatgtt 52512358  T
Q  349 tgtgttcaactccatttttaattaatgcaaccaactcagcagcaaccgctcttgataagcctcctggttgcagaaattgtggtggaagtggtaacatcat 448  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  52512357 tgtgttcaactccatttttaattaatgcaaccaactcagcagcaaccgctcttgataagcctcctggttgcagaaattgtggtggaagtggtaacatcat 52512258  T
Q  449 ttgtgagtcctcttctcttttctcctcattcttttt-----------taataataatattcttcttccttattataatactact----------tttcat 527  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||||||| |           ||||||||||| | |||||||||||||||||||||||          ||||||    
T  52512257 ttgtgagtcctcttctcttttctcttcattctttgttataataataataataataataatattcttccttattataatactacttttcatttcatttcat 52512158  T
Q  528 ttaggtgatatgtgtggtggtacaggaaaatggaaagctcttaacaggaagcgagcacaagatgtttatgaatttactgaatgtcctaattgttatggta 627  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  52512157 ttaggtgatatgtgtggtggtacaggaaaatggaaagctcttaacaggaagcgagcacaagatgtttatgaatttactgaatgtcctaattgttatggta 52512058  T
Q  628 tcattcattcttctactttgctcatttcnnnnnnnncttagtaaacgactaaattgacagattttccgtaggtcgaggaaagcttgtctgccctgtttgt 727  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||        |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  52512057 tcattcattcttctaatttgctcatttc-tttttttcttagtaaacgactaaattgactgattttccgtaggtcgaggaaagcttgtctgccctgtttgt 52511959  T
Q  728 ttaggaactggtgtgccaaacaataaaggtcttctcaggaggcctgacgcaaagaaactgcttgataagatgtataatggacgcctacttccaaattctt 827  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  52511958 ttaggaactggtgtgccaaacaataaaggtcttctcaggaggcctgacgcaaagaaactgcttgataagatgtataatggacgcctacttcccaattctt 52511859  T
Q  828 agaaggtatgtatacta 844  Q
    |||||||||||||||||    
T  52511858 agaaggtatgtatacta 52511842  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University