View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF15819_high_3 (Length: 384)

Name: NF15819_high_3
Description: NF15819
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF15819_high_3
NF15819_high_3
[»] chr4 (8 HSPs)
chr4 (1-365)||(7521308-7521672)
chr4 (1-362)||(7127523-7127884)
chr4 (1-362)||(7495650-7496011)
chr4 (1-362)||(7529373-7529734)
chr4 (3-362)||(7720798-7721157)
chr4 (3-362)||(7716968-7717326)
chr4 (1-362)||(7483251-7483612)
chr4 (217-261)||(7130267-7130311)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 329; Significance: 0; HSPs: 8)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 329; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 365
Target Start/End: Original strand, 7521308 - 7521672
Alignment:
Q  1 ttgtattggtagaatgaaacagctaaggtatcttgatctttcttgttgttttaaggttgaagagctcccaaggtctataactgaattagttaacttggag 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7521308 ttgtattggtagaatgaaacagctaaggtatcttgatctttcttgttgttttaaggttgaagagctcccaaggtctataactgaattagttaacttggag 7521407  T
Q  101 actcttttactcaattggtgttctaaattgagagagttgcccaaagatctttggaagttggtaagtcttagacatcttgagttggatggttgtgataact 200  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  7521408 actcttttactcaataggtgttctaaattgagagagttgcccaaagatctttggaagttggtaattcttagacatcttgagttggatgattgtgataact 7521507  T
Q  201 taacttctatgccacttggaataggaaagatgactaatcttcaaacactgacacagtttgtgttagatacaacttatagagacagtgctaaaactagtga 300  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||    
T  7521508 taacttctatgccacttggaataggaaagatgactaatcttcaaacactgacacactttgtgttagatacaacttctaaagacagtgctaaaactagtga 7521607  T
Q  301 gctaggaggattacataatctgaggggacaactcgtgataaaaggcttggaacatctgaggcctt 365  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  7521608 gctaggaggattacataatttgaggggacgactcgagataaaaggcttggaacatctgaggcctt 7521672  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 298; E-Value: 1e-167
Query Start/End: Original strand, 1 - 362
Target Start/End: Complemental strand, 7127884 - 7127523
Alignment:
Q  1 ttgtattggtagaatgaaacagctaaggtatcttgatctttcttgttgttttaaggttgaagagctcccaaggtctataactgaattagttaacttggag 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7127884 ttgtattggtagaatgaaacagctaaggtatcttgatctttcttgttgttttatggttgaagagctcccaaggtctataactgaattagttaacttggag 7127785  T
Q  101 actcttttactcaattggtgttctaaattgagagagttgcccaaagatctttggaagttggtaagtcttagacatcttgagttggatggttgtgataact 200  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  7127784 actcttttactcaataggtgttctaaattgaaagagttgcccaaagatctttggaagttggtaagccttagacatcttgagttggatgattgtgataact 7127685  T
Q  201 taacttctatgccacttggaataggaaagatgactaatcttcaaacactgacacagtttgtgttagatacaacttatagagacagtgctaaaactagtga 300  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||    
T  7127684 taacttctatgccacgtggaataggaaagatgactaatcttcaaacattgacacactttgtgttagatacaacttctaaagacagtgctaaaactagtga 7127585  T
Q  301 gctaggaggattacataatctgaggggacaactcgtgataaaaggcttggaacatctgaggc 362  Q
     ||||| |||||||||||  ||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  7127584 actagggggattacataacttgaggggacgactcgtgataaaaggcttggaacatttgaggc 7127523  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 294; E-Value: 1e-165
Query Start/End: Original strand, 1 - 362
Target Start/End: Original strand, 7495650 - 7496011
Alignment:
Q  1 ttgtattggtagaatgaaacagctaaggtatcttgatctttcttgttgttttaaggttgaagagctcccaaggtctataactgaattagttaacttggag 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7495650 ttgtattggtagaatgaaacagctaaggtatcttgatctttcttgttgttttatggttgaagagctcccaaggtctataactgaattagttaacttggag 7495749  T
Q  101 actcttttactcaattggtgttctaaattgagagagttgcccaaagatctttggaagttggtaagtcttagacatcttgagttggatggttgtgataact 200  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||| ||||||    
T  7495750 actcttttactcaataggtgttctaaattgagagagttgcccaaagatctttggaagttggtaagtcttagacatcttgagttggatctttgtcataact 7495849  T
Q  201 taacttctatgccacttggaataggaaagatgactaatcttcaaacactgacacagtttgtgttagatacaacttatagagacagtgctaaaactagtga 300  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||| ||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||    
T  7495850 taacttctatgccacgtggaataggaaagatgactaatcttcaaagattgacacactttgtgttagatacaacttctaaagacagtgctaaaactagtga 7495949  T
Q  301 gctaggaggattacataatctgaggggacaactcgtgataaaaggcttggaacatctgaggc 362  Q
     ||||| |||||||||||  ||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  7495950 actagggggattacataacttgaggggacgactcgtgataaaaggcttggaacatttgaggc 7496011  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 294; E-Value: 1e-165
Query Start/End: Original strand, 1 - 362
Target Start/End: Original strand, 7529373 - 7529734
Alignment:
Q  1 ttgtattggtagaatgaaacagctaaggtatcttgatctttcttgttgttttaaggttgaagagctcccaaggtctataactgaattagttaacttggag 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7529373 ttgtattggtagaatgaaacagctaaggtatcttgatctttcttgttgttttatggttgaagagctcccaaggtctataactgaattagttaacttggag 7529472  T
Q  101 actcttttactcaattggtgttctaaattgagagagttgcccaaagatctttggaagttggtaagtcttagacatcttgagttggatggttgtgataact 200  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||  |||| ||||||    
T  7529473 actcttttactcaataggtgttctaaattgagagagttgcccaaagatctttggaagttagtaagtcttagacatcttgagttggattattgtcataact 7529572  T
Q  201 taacttctatgccacttggaataggaaagatgactaatcttcaaacactgacacagtttgtgttagatacaacttatagagacagtgctaaaactagtga 300  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||| |||||||||||||||||    
T  7529573 taacttctatgccacgtggaataggaaagatgactaatcttcaaacactgacacagtttgtgttagatacaacttctaaagatagtgctaaaactagtga 7529672  T
Q  301 gctaggaggattacataatctgaggggacaactcgtgataaaaggcttggaacatctgaggc 362  Q
    ||||||||||||||||||  ||||||||| ||||| |||||  |||||||||||| ||||||    
T  7529673 gctaggaggattacataacttgaggggactactcgagataactggcttggaacatttgaggc 7529734  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 240; E-Value: 1e-133
Query Start/End: Original strand, 3 - 362
Target Start/End: Complemental strand, 7721157 - 7720798
Alignment:
Q  3 gtattggtagaatgaaacagctaaggtatcttgatctttcttgttgttttaaggttgaagagctcccaaggtctataactgaattagttaacttggagac 102  Q
    ||||||| || |||||||| ||||| |||||||| ||||||||||||  || |||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  7721157 gtattggaaggatgaaacatctaagatatcttgacctttcttgttgtgatatggttgaggagctcccaaggtctataactgaattaattaacttggagac 7721058  T
Q  103 tcttttactcaattggtgttctaaattgagagagttgcccaaagatctttggaagttggtaagtcttagacatcttgagttggatggttgtgataactta 202  Q
    ||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||  |||  || |||||    
T  7721057 tcttttactcaatttttgttctaaattgagagagttgcccaaagatctttagaagttggtaagtcttcgacatcttgagttggattattgccatgactta 7720958  T
Q  203 acttctatgccacttggaataggaaagatgactaatcttcaaacactgacacagtttgtgttagatacaacttatagagacagtgctaaaactagtgagc 302  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||   ||||||| |||||||    
T  7720957 acttctatgccaattggaataggaaagatgactaatcttcaaacactgacacagtttgtgttagatacgacttctagagacaaatctaaaacaagtgagc 7720858  T
Q  303 taggaggattacataatctgaggggacaactcgtgataaaaggcttggaacatctgaggc 362  Q
    ||||||||||| ||||| ||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||    
T  7720857 taggaggattaaataatttgaggggacaactcgagataaatggcttggaacatctgaggc 7720798  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 220; E-Value: 1e-121
Query Start/End: Original strand, 3 - 362
Target Start/End: Complemental strand, 7717326 - 7716968
Alignment:
Q  3 gtattggtagaatgaaacagctaaggtatcttgatctttcttgttgttttaaggttgaagagctcccaaggtctataactgaattagttaacttggagac 102  Q
    ||||||| || |||||||| ||||| |||  ||||||||||  ||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||| |||||||||||||    
T  7717326 gtattggaaggatgaaacatctaagatattgtgatctttctcattgttataaggttgaagagctcc-aaggtctataactcaattatttaacttggagac 7717228  T
Q  103 tcttttactcaattggtgttctaaattgagagagttgcccaaagatctttggaagttggtaagtcttagacatcttgagttggatggttgtgataactta 202  Q
    |||||| ||||||| ||||  | | ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||    
T  7717227 tcttttgctcaattcgtgtagtcacttgagagagttgcccaaagatatttggaagttggtaagtcttagacatcttgagttggatgattgtaataactta 7717128  T
Q  203 acttctatgccacttggaataggaaagatgactaatcttcaaacactgacacagtttgtgttagatacaacttatagagacagtgctaaaactagtgagc 302  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||| || |  ||||||||||||||||||||||| |    
T  7717127 acttctatgccacttggaataggaaagatgactaagcttcaaacactgacacagtttgtgttcgatacgacctccagagacagtgctaaaactagtgaac 7717028  T
Q  303 taggaggattacataatctgaggggacaactcgtgataaaaggcttggaacatctgaggc 362  Q
    ||||||||||||||||  ||||||||| |||||||||||| ||||||||| || ||||||    
T  7717027 taggaggattacataacttgaggggacgactcgtgataaatggcttggaaaatttgaggc 7716968  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 218; E-Value: 1e-120
Query Start/End: Original strand, 1 - 362
Target Start/End: Original strand, 7483251 - 7483612
Alignment:
Q  1 ttgtattggtagaatgaaacagctaaggtatcttgatctttcttgttgttttaaggttgaagagctcccaaggtctataactgaattagttaacttggag 100  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||| ||||   | |||||| |||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||    
T  7483251 ttgtattggtagaatgaaacatctaaggtatcttgacctttcttattgtagaatggttgaggagctcccaaggtcaataactgatttagttaacttggag 7483350  T
Q  101 actcttttactcaattggtgttctaaattgagagagttgcccaaagatctttggaagttggtaagtcttagacatcttgagttggatggttgtgataact 200  Q
    ||||||||||| ||||||||| || | |||| |||||||||||||||||||||||| | |||||| ||||| |||||||||||||||  ||||||| |||    
T  7483351 actcttttacttaattggtgtactcacttgaaagagttgcccaaagatctttggaaatgggtaagacttaggcatcttgagttggattattgtgatgact 7483450  T
Q  201 taacttctatgccacttggaataggaaagatgactaatcttcaaacactgacacagtttgtgttagatacaacttatagagacagtgctaaaactagtga 300  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||| |||| || ||| |||||||||||||||||    
T  7483451 taacttctatgccacgtggaataggaaagatgactaatcttcaaacacttacacaatttgtgttagatacgacttctaaagatagtgctaaaactagtga 7483550  T
Q  301 gctaggaggattacataatctgaggggacaactcgtgataaaaggcttggaacatctgaggc 362  Q
    ||||||||||||||||||  ||||||||| ||||| |||||  |||||||||||| ||||||    
T  7483551 gctaggaggattacataacttgaggggactactcgagataactggcttggaacatttgaggc 7483612  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000004
Query Start/End: Original strand, 217 - 261
Target Start/End: Complemental strand, 7130311 - 7130267
Alignment:
Q  217 tggaataggaaagatgactaatcttcaaacactgacacagtttgt 261  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7130311 tggaataggaaaaatgactaatcttcaaacactgacacagtttgt 7130267  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University