View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF15821_low_6 (Length: 461)

Name: NF15821_low_6
Description: NF15821
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF15821_low_6
NF15821_low_6
[»] chr8 (7 HSPs)
chr8 (1-455)||(38321143-38321597)
chr8 (1-455)||(38317048-38317502)
chr8 (1-436)||(38300398-38300833)
chr8 (1-454)||(38309045-38309498)
chr8 (2-455)||(38325894-38326347)
chr8 (1-453)||(38313639-38314089)
chr8 (3-436)||(38306309-38306730)
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (1-454)||(38849835-38850297)


Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 451; Significance: 0; HSPs: 7)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 451; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 455
Target Start/End: Original strand, 38321143 - 38321597
Alignment:
Q  1 ggaaaagagttgaaaagatttgtgcgttcttgttgcctttaagggaaactgctaacatgattaatggcacagcacatcctacttcaaacatgtatttttt 100  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38321143 ggaaaagagttgaaaagatttgtgtgttcttgttgcctttaagggaaactgctaacatgattaatggcacagcacatcctacttcaaacatgtatttttt 38321242  T
Q  101 gcaagtttggaaagttcaatgtgttttagctgatagtttgagagatgaagatgaagctataaagagaatggctgaaaggatgatgagcaagtttgagaaa 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38321243 gcaagtttggaaagttcaatgtgttttagctgatagtttgagagatgaagatgaagctataaagagaatggctgaaaggatgatgagcaagtttgagaaa 38321342  T
Q  201 tattgggatgagtatagtgttgttcttgcattgggagcggttcttgacccacggatgaagttttctacattggctcattgttactcaaaacttgatgttt 300  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38321343 tattgggatgagtatagtgttgttcttgcattgggagcggttcttgacccacggatgaagttttctacattggctcattgttactcaaaacttgatgttt 38321442  T
Q  301 cggcctgtgaaaggaagttgcaagaagtaaagagtaagttgtacatgctatttgacaagtattctagcaaaagtatttcttctggggtgcaaagaactat 400  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38321443 cggcctgtgaaaggaagttgcaagaagtaaagagtaagttgtacatgctatttgacaagtattctagcaaaagtatttcttctggggtgcaaagaactat 38321542  T
Q  401 tcaggacgaatcttctagcatgccattgcaaaagaaattgaagtcttcatctcac 455  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38321543 tcaggacgaatcttctagcatgccattgcaaaagaaattgaagtcttcatctcac 38321597  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 267; E-Value: 1e-149
Query Start/End: Original strand, 1 - 455
Target Start/End: Original strand, 38317048 - 38317502
Alignment:
Q  1 ggaaaagagttgaaaagatttgtgcgttcttgttgcctttaagggaaactgctaacatgattaatggcacagcacatcctacttcaaacatgtatttttt 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    |||||||| ||||||||||||| |||| | ||||||||||||||| ||| ||||||    
T  38317048 ggaaaagagttgaaaagatttgtgcgttcttgctgcctttttatgaaactgccaacatgattaatgacacaacgcatcctacttcaaacttgtgtttttt 38317147  T
Q  101 gcaagtttggaaagttcaatgtgttttagctgatagtttgagagatgaagatgaagctataaagagaatggctgaaaggatgatgagcaagtttgagaaa 200  Q
    ||||||||||||||| ||||||||| ||| |||||||||| ||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||    
T  38317148 gcaagtttggaaagtccaatgtgttctagttgatagtttgggagatgaagataaagttataaagagaatggctgaaaggatgatgagcgagtttgacaaa 38317247  T
Q  201 tattgggatgagtatagtgttgttcttgcattgggagcggttcttgacccacggatgaagttttctacattggctcattgttactcaaaacttgatgttt 300  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||| || |||||| ||||||||||||||||||||   |    
T  38317248 tattgggatgagtatagtgttgttcttgcactgggagcagttcttgacccacggatgaagttttcgacgttggcttattgttactcaaaacttgatccat 38317347  T
Q  301 cggcctgtgaaaggaagttgcaagaagtaaagagtaagttgtacatgctatttgacaagtattctagcaaaagtatttcttctggggtgcaaagaactat 400  Q
    |  |||| ||   ||||||||||  ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||  |  |||||||||     
T  38317348 caacctgcgagcagaagttgcaactagtaaagagaaagttgtacatgctatttgacaagtattctagcaaaagcacttcttctggcctaaaaagaactac 38317447  T
Q  401 tcaggacgaatcttctagcatgccattgcaaaagaaattgaagtcttcatctcac 455  Q
    ||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||    
T  38317448 tcaggaccaatcttctaccatgccattgcaaaagaaattaaagtctttatctcac 38317502  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 264; E-Value: 1e-147
Query Start/End: Original strand, 1 - 436
Target Start/End: Original strand, 38300398 - 38300833
Alignment:
Q  1 ggaaaagagttgaaaagatttgtgcgttcttgttgcctttaagggaaactgctaacatgattaatggcacagcacatcctacttcaaacatgtatttttt 100  Q
    ||||||||||  |||||||||||| ||||||||||||||| || |||||||| ||||||||||||| |||| ||||||||||||| ||| ||||||||||    
T  38300398 ggaaaagagtacaaaagatttgtgtgttcttgttgccttttagtgaaactgccaacatgattaatgccacaacacatcctacttccaacttgtatttttt 38300497  T
Q  101 gcaagtttggaaagttcaatgtgttttagctgatagtttgagagatgaagatgaagctataaagagaatggctgaaaggatgatgagcaagtttgagaaa 200  Q
    ||||||||||||||| |||||  |||||| |||| ||||| ||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||    
T  38300498 gcaagtttggaaagtccaatgccttttagttgattgtttgggagatcaagatgaagatataaagagaatggctgaaaggatgctgaccaagtttgagaaa 38300597  T
Q  201 tattgggatgagtatagtgttgttcttgcattgggagcggttcttgacccacggatgaagttttctacattggctcattgttactcaaaacttgatgttt 300  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||| ||| |||| ||||||||| |||||||||||||||||||||  |    
T  38300598 tattgggatgagtatagtgttgttcttgcaatgggagcggttcttgacccaaggattaagctttcaacattggctaattgttactcaaaacttgatgcat 38300697  T
Q  301 cggcctgtgaaaggaagttgcaagaagtaaagagtaagttgtacatgctatttgacaagtattctagcaaaagtatttcttctggggtgcaaagaactat 400  Q
    |  |  ||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||| | |||||||||| |||    
T  38300698 caacacgtgaaaggaagttgcaacaagtaaagagcaagttgtacatgctatttgacaagtattctagcaaaagtactccttcttgcgtgcaaagaattat 38300797  T
Q  401 tcaggacgaatcttctagcatgccattgcaaaagaa 436  Q
     |||||| ||||||||||||||||||| ||| ||||    
T  38300798 ccaggaccaatcttctagcatgccatttcaagagaa 38300833  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 258; E-Value: 1e-143
Query Start/End: Original strand, 1 - 454
Target Start/End: Original strand, 38309045 - 38309498
Alignment:
Q  1 ggaaaagagttgaaaagatttgtgcgttcttgttgcctttaagggaaactgctaacatgattaatggcacagcacatcctacttcaaacatgtatttttt 100  Q
    |||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||| || |||||||| |||| ||| |||||  || |||||| |||||| ||| ||||||||||    
T  38309045 ggaaaagagtagaaaagatttgtgcattcttgttgccttttagcgaaactgccaacacgataaatggtgcaacacatcgtacttccaacttgtatttttt 38309144  T
Q  101 gcaagtttggaaagttcaatgtgttttagctgatagtttgagagatgaagatgaagctataaagagaatggctgaaaggatgatgagcaagtttgagaaa 200  Q
    ||||||||||||||| ||||||||| ||| ||||| |||| ||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||| ||| |||||||||||||    
T  38309145 gcaagtttggaaagtccaatgtgttctagttgataatttgggagatgaagatgaagatataaagagaatggttgaaaggatgttgaccaagtttgagaaa 38309244  T
Q  201 tattgggatgagtatagtgttgttcttgcattgggagcggttcttgacccacggatgaagttttctacattggctcattgttactcaaaacttgatgttt 300  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||| |||| ||||||||| ||||||||||||||||| |||  |    
T  38309245 tattgggaagagtatagtgttgttcttgcattgggagcggttcttgacccaaggataaagctttccacattggcttattgttactcaaaacttaatgcat 38309344  T
Q  301 cggcctgtgaaaggaagttgcaagaagtaaagagtaagttgtacatgctatttgacaagtattctagcaaaagtatttcttctggggtgcaaagaactat 400  Q
    |  |||| ||||||||||||||  |||||||||| |||||||||||||||||| ||||| ||||| ||||||||| ||||||||| ||||||||||| ||    
T  38309345 caacctgcgaaaggaagttgcagcaagtaaagagcaagttgtacatgctatttcacaagaattcttgcaaaagtacttcttctggcgtgcaaagaacaat 38309444  T
Q  401 tcaggacgaatcttctagcatgccattgcaaaagaaattgaagtcttcatctca 454  Q
    ||||||| ||||||||||  |||||||||||||||| || ||||||| ||||||    
T  38309445 tcaggaccaatcttctagtgtgccattgcaaaagaagttaaagtctttatctca 38309498  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 246; E-Value: 1e-136
Query Start/End: Original strand, 2 - 455
Target Start/End: Original strand, 38325894 - 38326347
Alignment:
Q  2 gaaaagagttgaaaagatttgtgcgttcttgttgcctttaagggaaactgctaacatgattaatggcacagcacatcctacttcaaacatgtattttttg 101  Q
    ||||||||| |||||||| ||||| ||||||||||||||  | |||||||||||||||||||||| |||| | ||||||||||| ||  |||| ||||||    
T  38325894 gaaaagagtagaaaagatctgtgcattcttgttgcctttttgtgaaactgctaacatgattaatgacacaacgcatcctacttccaatttgtaatttttg 38325993  T
Q  102 caagtttggaaagttcaatgtgttttagctgatagtttgagagatgaagatgaagctataaagagaatggctgaaaggatgatgagcaagtttgagaaat 201  Q
    |||||||||||||| ||||||||| ||| || || |||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  38325994 caagtttggaaagtccaatgtgttctagttgctactttgggagatgaagatgaagttataaagagaatggctgaaaggatgatgagcaagtttgacaaat 38326093  T
Q  202 attgggatgagtatagtgttgttcttgcattgggagcggttcttgacccacggatgaagttttctacattggctcattgttactcaaaacttgatgtttc 301  Q
     |||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||  ||    
T  38326094 tttggaatgagtacagtgttgttcttgcattgggagcggttcttgacccacggattaaattttcaacattggcttattgttactcaaaacttgatgcatc 38326193  T
Q  302 ggcctgtgaaaggaagttgcaagaagtaaagagtaagttgtacatgctatttgacaagtattctagcaaaagtatttcttctggggtgcaaagaactatt 401  Q
      |||||||||||||||||||| |||||| ||  ||||||||||||||||||| ||||||||||||| || ||| |||||||||  ||||||||||| ||    
T  38326194 aacctgtgaaaggaagttgcaacaagtaaggacgaagttgtacatgctatttggcaagtattctagccaacgtacttcttctggcatgcaaagaactgtt 38326293  T
Q  402 caggacgaatcttctagcatgccattgcaaaagaaattgaagtcttcatctcac 455  Q
    |||| | ||||||| | |||| ||||||||||||| |  ||||||| |||||||    
T  38326294 cagggccaatcttcgaccatgtcattgcaaaagaactccaagtctttatctcac 38326347  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 222; E-Value: 1e-122
Query Start/End: Original strand, 1 - 453
Target Start/End: Original strand, 38313639 - 38314089
Alignment:
Q  1 ggaaaagagttgaaaagatttgtgcgttcttgttgcctttaagggaaactgctaacatgattaatggcacagcacatcctacttcaaacatgtatttttt 100  Q
    |||||||||| |||||||||||||| |||||||| |||||  | |||||||| ||||||||||||||| || ||||||||||||| ||| |||||||||     
T  38313639 ggaaaagagtagaaaagatttgtgcattcttgttacctttttgtgaaactgccaacatgattaatggcgcaacacatcctacttccaacttgtatttttc 38313738  T
Q  101 gcaagtttggaaagttcaatgtgttttagctgatagtttgagagatgaagatgaagctataaagagaatggctgaaaggatgatgagcaagtttgagaaa 200  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||  | ||  |||||||||| |||| |||||| |||||||| |||||    
T  38313739 gcaagtttggaaacttcaatgtgttttagttgatagtttgggagatgaagatgaatttgtagcgagaatggctaaaagtatgatgggcaagtttaagaaa 38313838  T
Q  201 tattgggatgagtatagtgttgttcttgcattgggagcggttcttgacccacggatgaagttttctacattggctcattgttactcaaaacttgatgttt 300  Q
    ||||||||||||  |||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||| ||||| | |||||||  ||||||||||||||| |||   |    
T  38313839 tattgggatgag--tagtgttgttcttgcaatgggagcagttcttgacccacggatgaaattttcaagattggctgcttgttactcaaaactagatccat 38313936  T
Q  301 cggcctgtgaaaggaagttgcaagaagtaaagagtaagttgtacatgctatttgacaagtattctagcaaaagtatttcttctggggtgcaaagaactat 400  Q
    |  | |||||| ||||||||||| |||||||||  ||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||| ||||||| ||||||||| ||||||    
T  38313937 caacttgtgaacggaagttgcaaaaagtaaagacaaagttgtacatgctatttgccaagtactctagcaaaagtacttcttctagggtgcaaacaactat 38314036  T
Q  401 tcaggacgaatcttctagcatgccattgcaaaagaaattgaagtcttcatctc 453  Q
    | ||| | ||||||||| |||||||||||||||||| |   ||||||||||||    
T  38314037 ttagggccaatcttctaccatgccattgcaaaagaactctgagtcttcatctc 38314089  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 185; E-Value: 1e-100
Query Start/End: Original strand, 3 - 436
Target Start/End: Original strand, 38306309 - 38306730
Alignment:
Q  3 aaaagagttgaaaagatttgtgcgttcttgttgcctttaagggaaactgctaacatgattaatggcacagcacatcctacttcaaacatgtattttttgc 102  Q
    |||||||| |||||||||||||| ||| ||||||||||  | |||||||| |||||||| |||||  || ||||||| ||||| ||| ||||||||||||    
T  38306309 aaaagagtggaaaagatttgtgcattcatgttgccttttcgtgaaactgccaacatgatcaatggtgcaacacatcccacttccaacttgtattttttgc 38306408  T
Q  103 aagtttggaaagttcaatgtgttttagctgatagtttgagagatgaagatgaagctataaagagaatggctgaaaggatgatgagcaagtttgagaaata 202  Q
    ||||||||||||| ||||||||| | | |||||||||| ||||||||||||||| ||||  |||||||||| ||||||||||| |||||||| |||||||    
T  38306409 aagtttggaaagtccaatgtgttcttgttgatagtttgggagatgaagatgaagttatagcgagaatggctaaaaggatgatgggcaagtttaagaaata 38306508  T
Q  203 ttgggatgagtatagtgttgttcttgcattgggagcggttcttgacccacggatgaagttttctacattggctcattgttactcaaaacttgatgtttcg 302  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||| ||            |||||||||||||| || || |  |||||| |||||||||||||||| |||   ||     
T  38306509 ttgggatgagcatagtgttgttcttgcaatg------------gacccacggatgaaattctcaaggttggctgattgttactcaaaactcgatccatca 38306596  T
Q  303 gcctgtgaaaggaagttgcaagaagtaaagagtaagttgtacatgctatttgacaagtattctagcaaaagtatttcttctggggtgcaaagaactattc 402  Q
     | |||||| ||||||||||| |||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||  |||||| |||| |||    
T  38306597 acttgtgaacggaagttgcaaaaagtaaagacaaagttgtacatgctatttgacaagtattctagcaaaagtacttcttctggtatgcaaacaactgttc 38306696  T
Q  403 aggacgaatcttctagcatgccattgcaaaagaa 436  Q
    ||| | ||||||||| ||||||||||||||||||    
T  38306697 agggccaatcttctaccatgccattgcaaaagaa 38306730  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 243; Significance: 1e-134; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 243; E-Value: 1e-134
Query Start/End: Original strand, 1 - 454
Target Start/End: Complemental strand, 38850297 - 38849835
Alignment:
Q  1 ggaaaagagttgaaaagatttgtgcgttcttgttgcctttaagggaaactgctaacatgattaatggcacagcacatcctacttcaaacatgtatttttt 100  Q
    |||||||||| |||||||||||||| ||| ||||||||||  | |||||||| |||||||||||| ||||| ||||||||||||| ||| ||||||||||    
T  38850297 ggaaaagagtagaaaagatttgtgcattcctgttgcctttttgtgaaactgccaacatgattaatagcacaacacatcctacttccaacttgtatttttt 38850198  T
Q  101 gcaagtttggaaagttcaatgtgttttagctgatagtttgagagatgaagatgaagctataaagagaatggctgaaaggatgatgagcaagtttgagaaa 200  Q
     |||||||||||||| ||||||||| ||| |||||||||| ||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38850197 acaagtttggaaagtccaatgtgttctagttgatagtttgggagatgaagatgaagatataaagaaaatggctgaaaggatgatgagcaagtttgagaaa 38850098  T
Q  201 tattgggatgagtatagtgttgttcttgcattgggagcggttcttgacccacggatgaagttttctacattggctcattgttactcaaaacttgatgttt 300  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | || |||||| ||||||| |||||||| ||||  |    
T  38850097 tattgggatgagtatagtgttgttcttgcattgggagcggttcttgacccacggatgaagtttacaaccttggcttattgttattcaaaactggatgcat 38849998  T
Q  301 cggcctgtgaaaggaagttgcaagaagtaaagagtaagttgtacatgctatttgacaagtattctagcaaaagtatttcttctggggtgcaaagaactat 400  Q
    |  |||||||||||||| | ||  |||||||||| ||||||| |||||||||||| ||| ||||| |||| || | | || ||||||| |||||||||||    
T  38849997 caacctgtgaaaggaagctacagcaagtaaagagaaagttgtgcatgctatttgagaagcattctggcaacagcactactgctggggttcaaagaactat 38849898  T
Q  401 ---------tcaggacgaatcttctagcatgccattgcaaaagaaattgaagtcttcatctca 454  Q
             ||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||| ||||||    
T  38849897 taaggagaatcaggaccaatcttctagcatgccattacaaaagaaattaaagtctttatctca 38849835  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University