View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF15828_low_3 (Length: 530)

Name: NF15828_low_3
Description: NF15828
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF15828_low_3
NF15828_low_3
[»] chr4 (19 HSPs)
chr4 (123-484)||(51315941-51316305)
chr4 (17-422)||(54861162-54861547)
chr4 (208-454)||(52984751-52985000)
chr4 (208-437)||(54628043-54628269)
chr4 (212-456)||(55664495-55664742)
chr4 (234-444)||(55619941-55620151)
chr4 (234-444)||(55627245-55627455)
chr4 (234-444)||(55658291-55658501)
chr4 (35-186)||(55636885-55637036)
chr4 (72-211)||(52983319-52983454)
chr4 (232-462)||(55636258-55636488)
chr4 (35-202)||(55663989-55664156)
chr4 (55-173)||(3671371-3671489)
chr4 (17-174)||(54629890-54630047)
chr4 (35-186)||(55619402-55619553)
chr4 (35-186)||(55626706-55626857)
chr4 (35-186)||(55657752-55657903)
chr4 (85-176)||(50190413-50190504)
chr4 (273-388)||(3671490-3671602)
[»] chr8 (2 HSPs)
chr8 (245-490)||(9890560-9890800)
chr8 (35-202)||(9891158-9891323)
[»] chr2 (2 HSPs)
chr2 (22-187)||(13403291-13403456)
chr2 (266-456)||(13402641-13402832)
[»] chr1 (1 HSPs)
chr1 (40-144)||(37308980-37309084)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 267; Significance: 1e-149; HSPs: 19)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 267; E-Value: 1e-149
Query Start/End: Original strand, 123 - 484
Target Start/End: Complemental strand, 51316305 - 51315941
Alignment:
Q  123 ttgaagaagattgaccagaggagcaatcagaccagcctcaataacagcctgcatcgtacataaataaaaggtagagttcactgcgctttattaaccatga 222  Q
    ||||||||||| |||||| |||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||| ||||||  |||    
T  51316305 ttgaagaagatcgaccaggggagcaatgagaccagcttcaataacagcctgcatcgtacataaataaaaggtaaagttcactgcacttcattaacattga 51316206  T
Q  223 tatttgacgtcatttgagtataaaaaagatgggatttatttgcttacctttatctgctctctgttaccagctgtaatgtttgatacagtcctgcaagctg 322  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  51316205 tatttaacgtcatttgagtataaaaaagatgggaattatttgtttacctgtatctgctctctgttaccagctgtaatgtttgatacagtcctgcaagctt 51316106  T
Q  323 cttgcttaatacttttgttgtgatcatgggtcaacaggctcaaaaggcattggagcgaaccatgattgataacaacctgacaaaaagagccccaccaaat 422  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  51316105 cttgcttaatacttttgttgtgatcatgggtcaacaggctcaaaaggcattggagtgaaccatgattgataacaacctgacaaaaagagccccaccaaat 51316006  T
Q  423 caggtaattctcacaggtgacatatgagatgac---atgatacttatacaaggggcgagaagaga 484  Q
    ||||| ||||  |||||||||| ||||||||||   || |||||||||||||||| |||||||||    
T  51316005 caggttattcaaacaggtgacacatgagatgacataataatacttatacaaggggtgagaagaga 51315941  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 152; E-Value: 3e-80
Query Start/End: Original strand, 17 - 422
Target Start/End: Original strand, 54861162 - 54861547
Alignment:
Q  17 taacaattaaaaacgacgtcacgtacttgatttgtgcgtgggtaccgccagatgcagcattagagagagcccatccagcttctttttgaatgtcaaactc 116  Q
    |||||||||||||  || |||| |||||||||||  |||||||||| || |||| |||||||| ||| |||||| |||||||||||| ||||||||||||    
T  54861162 taacaattaaaaataacttcacctacttgatttgctcgtgggtaccacctgatgtagcattagtgagtgcccatgcagcttcttttttaatgtcaaactc 54861261  T
Q  117 ggcattttgaagaagattgaccagaggagcaatcagaccagcctcaataacagcctgcatcgtacataaataaaaggtagagttcactgcgctttattaa 216  Q
     |||||||||||||||||||| || |||||||||| |||||| ||||| |||||||||| |||||||| |    ||||||||||||  |||||||         
T  54861262 agcattttgaagaagattgactaggggagcaatcaaaccagcttcaatgacagcctgcaccgtacatata----aggtagagttcagagcgctttt---- 54861353  T
Q  217 ccatgatatttgacgtcatttgagtataaaaaagatgggatttatttgcttacctttatctgctctctgttaccagctgtaatgtttgatacagtcctgc 316  Q
                || |||||||||||| ||||  |||||||||||| |||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||| ||    
T  54861354 ------------acatcatttgagtatcaaaataatgggatttattagcttacctgtatctgctctctgtttccagctgtaatgtttgacacagtccagc 54861441  T
Q  317 aagctgcttgcttaatacttttgttgtgatcatgggtcaacaggctcaaaaggcattggagcgaaccatgattgataacaacctgacaaaaagagcccca 416  Q
    || || ||| |||||||||||| ||||||  |  |||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||| | |||||||||||||| ||||    
T  54861442 aaacttctttcttaatacttttcttgtgactactggtcaacaggctcaaaaggcatgggagtgaaccatgattgataatagcctgacaaaaagagtccca 54861541  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 112; E-Value: 2e-56
Query Start/End: Original strand, 208 - 454
Target Start/End: Original strand, 52984751 - 52985000
Alignment:
Q  208 ctttattaaccatgatatttgacgtcatttgagtataaaaaagatgggatttatttgcttacctttatctgctctctgttaccagctgtaatgtttgata 307  Q
    ||||||||| |||||||||| || |||||||||||| ||||||||||||||| || |||||||| ||||  |||||| || |||||||| ||||||||||    
T  52984751 ctttattaaacatgatatttaacatcatttgagtatcaaaaagatgggatttgttagcttacctgtatcatctctcttttcccagctgttatgtttgata 52984850  T
Q  308 cagtcctgcaagctgcttgcttaatacttttgtt---gtgatcatgggtcaacaggctcaaaaggcattggagcgaaccatgattgataacaacctgaca 404  Q
     ||||| |||| ||  |   |||||||| || ||   ||||| |||||||| ||||||||||||||||  ||| |||||||||||||||| | |||||||    
T  52984851 tagtccagcaaacttttcttttaatactattattattgtgattatgggtcagcaggctcaaaaggcatgagagtgaaccatgattgataatagcctgaca 52984950  T
Q  405 aaaagagccccaccaaatcaggtaattctcacaggtgacatatgagatga 454  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  52984951 aaaagagtcccaccaaatcaggtaattctcacaggtgacacatgagatga 52985000  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 112; E-Value: 2e-56
Query Start/End: Original strand, 208 - 437
Target Start/End: Complemental strand, 54628269 - 54628043
Alignment:
Q  208 ctttattaaccatgatatttgacgtcatttgagtataaaaaagatgggatttatttgcttacctttatctgctctctgttaccagctgtaatgtttgata 307  Q
    ||||||||| ||||| ||||  | |||||||||||| |||||||||||||||||  |||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||| |    
T  54628269 ctttattaagcatgaaatttagcatcatttgagtatcaaaaagatgggatttataagcttacctgtatctgctctctgtttccagctgtaatgtttgaca 54628170  T
Q  308 cagtcctgcaagctgcttgcttaatacttttgttgtgatcatgggtcaacaggctcaaaaggcattggagcgaaccatgattgataacaacctgacaaaa 407  Q
     ||||||||||||| ||| |||||||||||| ||| |   ||||||||||||||||||||| ||| ||||  |||||||||||| || | ||||||||||    
T  54628169 aagtcctgcaagcttctttcttaatacttttcttggg---atgggtcaacaggctcaaaagacatgggagtaaaccatgattgacaatagcctgacaaaa 54628073  T
Q  408 agagccccaccaaatcaggtaattctcaca 437  Q
    |||  || ||||||||||||||||||||||    
T  54628072 agaatcctaccaaatcaggtaattctcaca 54628043  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 91; E-Value: 7e-44
Query Start/End: Original strand, 212 - 456
Target Start/End: Original strand, 55664495 - 55664742
Alignment:
Q  212 attaaccatgatatttgacgtcatttgagtata-----aaaaagatgggatttatttgcttacctttatctgctctctgttaccagctgtaatgtttgat 306  Q
    ||||| |||||||||| || |||||||||||||     ||||||||| |||||| |  | ||| | ||||||||||||||| |||||||||||||| |||    
T  55664495 attaaacatgatatttaacatcatttgagtatataataaaaaagatgagatttagtaacctacttgtatctgctctctgtttccagctgtaatgttggat 55664594  T
Q  307 acagtcctgcaagctgcttgcttaatacttttgttgtgatcatgggtcaacaggctcaaaaggcattggagcgaaccatgattgataacaacctgacaaa 406  Q
    | ||||  ||||||| ||| |||||||||||| | ||||  ||| |||||||| |||||||||||| |||| |||||||||||||||| | |||||||||    
T  55664595 atagtcaagcaagcttctttcttaatacttttatcgtgaaaatgtgtcaacagactcaaaaggcatgggagtgaaccatgattgataatagcctgacaaa 55664694  T
Q  407 aagagccccaccaaatcaggtaattctcacaggtgacatatgagatgaca 456  Q
    ||||| | |||||||||| || ||||||||  |||||| |||||||||||    
T  55664695 aagagtctcaccaaatcaagttattctcac--gtgacacatgagatgaca 55664742  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 83; E-Value: 4e-39
Query Start/End: Original strand, 234 - 444
Target Start/End: Original strand, 55619941 - 55620151
Alignment:
Q  234 atttgagtataaaaaagatgggatttatttgcttacctttatctgctctctgttaccagctgtaatgtttgatacagtcctgcaagctgcttgcttaata 333  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| |||||| | |||| |||| ||||| ||| ||  ||||||||||| | ||| ||||||  | | |||||||    
T  55619941 atttgagtataaaaaagatgggatttattagcttacttgtatccgctccctgtttccaactacaatgtttgatataatccagcaagcgtccttcttaata 55620040  T
Q  334 cttttgttgtgatcatgggtcaacaggctcaaaaggcattggagcgaaccatgattgataacaacctgacaaaaagagccccaccaaatcaggtaattct 433  Q
    ||||  ||||| |  ||| ||||||||||||||||| || ||||  ||||||||||||||| | ||||||||| |||| || ||||||||| ||||||||    
T  55620041 ctttccttgtggttttggatcaacaggctcaaaaggaatgggagtaaaccatgattgataatagcctgacaaatagagtcctaccaaatcaagtaattct 55620140  T
Q  434 cacaggtgaca 444  Q
    |||||||||||    
T  55620141 cacaggtgaca 55620151  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 83; E-Value: 4e-39
Query Start/End: Original strand, 234 - 444
Target Start/End: Original strand, 55627245 - 55627455
Alignment:
Q  234 atttgagtataaaaaagatgggatttatttgcttacctttatctgctctctgttaccagctgtaatgtttgatacagtcctgcaagctgcttgcttaata 333  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| |||||| | |||| |||| ||||| ||| ||  ||||||||||| | ||| ||||||  | | |||||||    
T  55627245 atttgagtataaaaaagatgggatttattagcttacttgtatccgctccctgtttccaactacaatgtttgatataatccagcaagcgtccttcttaata 55627344  T
Q  334 cttttgttgtgatcatgggtcaacaggctcaaaaggcattggagcgaaccatgattgataacaacctgacaaaaagagccccaccaaatcaggtaattct 433  Q
    ||||  ||||| |  ||| ||||||||||||||||| || ||||  ||||||||||||||| | ||||||||| |||| || ||||||||| ||||||||    
T  55627345 ctttccttgtggttttggatcaacaggctcaaaaggaatgggagtaaaccatgattgataatagcctgacaaatagagtcctaccaaatcaagtaattct 55627444  T
Q  434 cacaggtgaca 444  Q
    |||||||||||    
T  55627445 cacaggtgaca 55627455  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 83; E-Value: 4e-39
Query Start/End: Original strand, 234 - 444
Target Start/End: Original strand, 55658291 - 55658501
Alignment:
Q  234 atttgagtataaaaaagatgggatttatttgcttacctttatctgctctctgttaccagctgtaatgtttgatacagtcctgcaagctgcttgcttaata 333  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| |||||| | |||| |||| ||||| ||| ||  ||||||||||| | ||| ||||||  | | |||||||    
T  55658291 atttgagtataaaaaagatgggatttattagcttacttgtatccgctccctgtttccaactacaatgtttgatataatccagcaagcgtccttcttaata 55658390  T
Q  334 cttttgttgtgatcatgggtcaacaggctcaaaaggcattggagcgaaccatgattgataacaacctgacaaaaagagccccaccaaatcaggtaattct 433  Q
    ||||  ||||| |  ||| ||||||||||||||||| || ||||  ||||||||||||||| | ||||||||| |||| || ||||||||| ||||||||    
T  55658391 ctttccttgtggttttggatcaacaggctcaaaaggaatgggagtaaaccatgattgataatagcctgacaaatagagtcctaccaaatcaagtaattct 55658490  T
Q  434 cacaggtgaca 444  Q
    |||||||||||    
T  55658491 cacaggtgaca 55658501  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #9
Raw Score: 80; E-Value: 3e-37
Query Start/End: Original strand, 35 - 186
Target Start/End: Complemental strand, 55637036 - 55636885
Alignment:
Q  35 tcacgtacttgatttgtgcgtgggtaccgccagatgcagcattagagagagcccatccagcttctttttgaatgtcaaactcggcattttgaagaagatt 134  Q
    |||| |||||||||||  | |||||||| ||||||| | ||||| |||| |||||| |||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  55637036 tcacatacttgatttgctcatgggtaccaccagatgtaacattaaagagtgcccatgcagcttcttttgcaatgtcaaactcggcattttgaagaagatt 55636937  T
Q  135 gaccagaggagcaatcagaccagcctcaataacagcctgcatcgtacataaa 186  Q
    ||| || || |||||||||| ||| |||||||||||||||||| ||||||||    
T  55636936 gactaggggggcaatcagactagcttcaataacagcctgcatcatacataaa 55636885  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #10
Raw Score: 79; E-Value: 1e-36
Query Start/End: Original strand, 72 - 211
Target Start/End: Original strand, 52983319 - 52983454
Alignment:
Q  72 agcattagagagagcccatccagcttctttttgaatgtcaaactcggcattttgaagaagattgaccagaggagcaatcagaccagcctcaataacagcc 171  Q
    |||||||||||| |||||| |||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||| || ||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  52983319 agcattagagagtgcccatgcagcttcttttttaatgtcaaactcggcatattgaagaagattgactaggggagcaatcagaccagcttcaataacagcc 52983418  T
Q  172 tgcatcgtacataaataaaaggtagagttcactgcgcttt 211  Q
    || ||| |||||||    |||||||||||||  |||||||    
T  52983419 tgtatcatacataa----aaggtagagttcatagcgcttt 52983454  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #11
Raw Score: 79; E-Value: 1e-36
Query Start/End: Original strand, 232 - 462
Target Start/End: Complemental strand, 55636488 - 55636258
Alignment:
Q  232 tcatttgagtataaaaaagatgggatttatttgcttacctttatctgctctctgttaccagctgtaatgtttgatacagtcctgcaagctgcttgcttaa 331  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||| | || ||| ||| ||||||||||  ||||||||||||  ||||| ||| |  |||||| ||| ||| |    
T  55636488 tcatttgagtttaaaaaagatgggatttattagattgcctgtatttgctctctgtgtccagctgtaatgcatgatatagtacgacaagcttctttcttga 55636389  T
Q  332 tacttttgttgtgatcatgggtcaacaggctcaaaaggcattggagcgaaccatgattgataacaacctgacaaaaagagccccaccaaatcaggtaatt 431  Q
    |  | ||  |||||| ||  |||||||||||||||| |||  |||| |||||||||||||||| | |||||||||||||| ||||| |||||| || |||    
T  55636388 tgatattcgtgtgattatttgtcaacaggctcaaaatgcacgggagtgaaccatgattgataatagcctgacaaaaagagtcccacaaaatcaagttatt 55636289  T
Q  432 ctcacaggtgacatatgagatgacatgatac 462  Q
    |||||||||| || |||||||||||| ||||    
T  55636288 ctcacaggtggcacatgagatgacataatac 55636258  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #12
Raw Score: 76; E-Value: 7e-35
Query Start/End: Original strand, 35 - 202
Target Start/End: Original strand, 55663989 - 55664156
Alignment:
Q  35 tcacgtacttgatttgtgcgtgggtaccgccagatgcagcattagagagagcccatccagcttctttttgaatgtcaaactcggcattttgaagaagatt 134  Q
    |||| |||||||||||  | |||||||||||||||| ||||||| | |  |||||| |||||||||||||||  ||||| ||||||||||||||||||||    
T  55663989 tcacatacttgatttgctcatgggtaccgccagatgtagcattaaataatgcccatgcagcttctttttgaacttcaaaatcggcattttgaagaagatt 55664088  T
Q  135 gaccagaggagcaatcagaccagcctcaataacagcctgcatcgtacataaataaaaggtagagttca 202  Q
     || || |||||||| |||||||| |||||||||||||||| | || ||| ||||||| |||||||||    
T  55664089 tactaggggagcaattagaccagcttcaataacagcctgcaacatatatacataaaagctagagttca 55664156  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #13
Raw Score: 71; E-Value: 6e-32
Query Start/End: Original strand, 55 - 173
Target Start/End: Original strand, 3671371 - 3671489
Alignment:
Q  55 tgggtaccgccagatgcagcattagagagagcccatccagcttctttttgaatgtcaaactcggcattttgaagaagattgaccagaggagcaatcagac 154  Q
    ||||||| |||||||| |||||||||||| |||||| | ||||| |||  | |||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  3671371 tgggtactgccagatgtagcattagagagtgcccatgctgcttcctttaaagtgtcaaactccgcattttgaagaagattgaccagaggggcaatcagac 3671470  T
Q  155 cagcctcaataacagcctg 173  Q
    |||| ||||||||||||||    
T  3671471 cagcttcaataacagcctg 3671489  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #14
Raw Score: 66; E-Value: 6e-29
Query Start/End: Original strand, 17 - 174
Target Start/End: Complemental strand, 54630047 - 54629890
Alignment:
Q  17 taacaattaaaaacgacgtcacgtacttgatttgtgcgtgggtaccgccagatgcagcattagagagagcccatccagcttctttttgaatgtcaaactc 116  Q
    |||||||||||||  || |||| |||||||| ||  |||||||||| ||||||| | |||||| ||| |||  | || |||| |||  ||||||||||||    
T  54630047 taacaattaaaaataacatcacctacttgatatgctcgtgggtaccaccagatgtaacattagtgagtgcctgtgcaacttcctttgtaatgtcaaactc 54629948  T
Q  117 ggcattttgaagaagattgaccagaggagcaatcagaccagcctcaataacagcctgc 174  Q
     |||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  54629947 tgcattttgaagaagattgactaggggagcaatcagaccagcttcaataacagcctgc 54629890  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #15
Raw Score: 60; E-Value: 2e-25
Query Start/End: Original strand, 35 - 186
Target Start/End: Original strand, 55619402 - 55619553
Alignment:
Q  35 tcacgtacttgatttgtgcgtgggtaccgccagatgcagcattagagagagcccatccagcttctttttgaatgtcaaactcggcattttgaagaagatt 134  Q
    |||| |||||||||||  | || |||||  |||||| |||||||  ||| |||||| |||||||||||| |||  ||| |||||||||||||||||||||    
T  55619402 tcacatacttgatttgctcatgagtaccatcagatgtagcattacggagtgcccatgcagcttcttttttaatcgcaagctcggcattttgaagaagatt 55619501  T
Q  135 gaccagaggagcaatcagaccagcctcaataacagcctgcatcgtacataaa 186  Q
    ||| || ||||||||||||||||| |  ||||||||||||||  ||||||||    
T  55619502 gactaggggagcaatcagaccagctttgataacagcctgcattatacataaa 55619553  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #16
Raw Score: 60; E-Value: 2e-25
Query Start/End: Original strand, 35 - 186
Target Start/End: Original strand, 55626706 - 55626857
Alignment:
Q  35 tcacgtacttgatttgtgcgtgggtaccgccagatgcagcattagagagagcccatccagcttctttttgaatgtcaaactcggcattttgaagaagatt 134  Q
    |||| |||||||||||  | || |||||  |||||| |||||||  ||| || ||| |||||||||||| |||  ||| |||||||||||||||||||||    
T  55626706 tcacatacttgatttgctcatgagtaccatcagatgtagcattacggagtgcacatgcagcttcttttttaatcgcaagctcggcattttgaagaagatt 55626805  T
Q  135 gaccagaggagcaatcagaccagcctcaataacagcctgcatcgtacataaa 186  Q
    ||| || ||||||||||||||||| || ||||||||||||||  ||||||||    
T  55626806 gactaggggagcaatcagaccagcttcgataacagcctgcattatacataaa 55626857  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #17
Raw Score: 60; E-Value: 2e-25
Query Start/End: Original strand, 35 - 186
Target Start/End: Original strand, 55657752 - 55657903
Alignment:
Q  35 tcacgtacttgatttgtgcgtgggtaccgccagatgcagcattagagagagcccatccagcttctttttgaatgtcaaactcggcattttgaagaagatt 134  Q
    |||| |||||||||||  | || |||||  |||||| |||||||  ||| |||||| |||||||||||| |||  ||| |||||||||||||||||||||    
T  55657752 tcacatacttgatttgctcatgagtaccatcagatgtagcattacggagtgcccatgcagcttcttttttaatcgcaagctcggcattttgaagaagatt 55657851  T
Q  135 gaccagaggagcaatcagaccagcctcaataacagcctgcatcgtacataaa 186  Q
    ||| || ||||||||||||||||| |  ||||||||||||||  ||||||||    
T  55657852 gactaggggagcaatcagaccagctttgataacagcctgcattatacataaa 55657903  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #18
Raw Score: 52; E-Value: 1e-20
Query Start/End: Original strand, 85 - 176
Target Start/End: Original strand, 50190413 - 50190504
Alignment:
Q  85 gcccatccagcttctttttgaatgtcaaactcggcattttgaagaagattgaccagaggagcaatcagaccagcctcaataacagcctgcat 176  Q
    |||||| |||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||  |||| || |||||||| ||||| || |||||||||||||||||    
T  50190413 gcccatgcagcttcttttttaatgtcaaactctgcattttgaagaagtctgacaagtggagcaataagaccggcatcaataacagcctgcat 50190504  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #19
Raw Score: 46; E-Value: 5e-17
Query Start/End: Original strand, 273 - 388
Target Start/End: Original strand, 3671490 - 3671602
Alignment:
Q  273 tatctgctctctgttaccagctgtaatgtttgatacagtcctgcaagctgcttgcttaatacttttgttgtgatcatgggtcaacaggctcaaaaggcat 372  Q
    ||||| ||||||||| ||||||||||||||||||| ||||| ||||||| ||| | || |   ||  | ||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  3671490 tatctactctctgtttccagctgtaatgtttgatatagtccagcaagcttctttcctagt---ttcctcgtgattatgggtcaacaggctcaaaaggcat 3671586  T
Q  373 tggagcgaaccatgat 388  Q
     |||| ||||||||||    
T  3671587 gggagtgaaccatgat 3671602  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 113; Significance: 6e-57; HSPs: 2)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 113; E-Value: 6e-57
Query Start/End: Original strand, 245 - 490
Target Start/End: Complemental strand, 9890800 - 9890560
Alignment:
Q  245 aaaaagatgggatttatttgcttacctttatctgctctctgttaccagctgtaatgtttgatacagtcctgcaagctgcttgcttaatacttttgttgtg 344  Q
    |||||||||||||||||| | |||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||| ||||||| ||| | ||||| |||  | |||    
T  9890800 aaaaagatgggatttattagattacctgtatctgctctctgtttccagctgtaatgtttgatatagtccagcaagcttctttcctaatagtttcctcgtg 9890701  T
Q  345 atcatgggtcaacaggctcaaaaggcattggagcgaaccatgattgataacaacctgacaaaaagagccccaccaaatcaggtaattctcacaggtgaca 444  Q
    || ||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||| || || | |||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||| ||||||    
T  9890700 attatgggtcaacaggctcaaaaggcatgggagtgaaccatgatcgagaatagcctgacaaaaagagtcccacaaaatcaggtaattctcacaagtgaca 9890601  T
Q  445 tatgagatgacatgatacttatacaaggggcgagaagagactagaa 490  Q
     |||||||    ||| | | |||||||||| |||||||||||||||    
T  9890600 catgagat----tgaca-taatacaaggggtgagaagagactagaa 9890560  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 85; E-Value: 3e-40
Query Start/End: Original strand, 35 - 202
Target Start/End: Complemental strand, 9891323 - 9891158
Alignment:
Q  35 tcacgtacttgatttgtgcgtgggtaccgccagatgcagcattagagagagcccatccagcttctttttgaatgtcaaactcggcattttgaagaagatt 134  Q
    ||||||||| ||||||  | ||||||| |||||||| |||||||||||| |||||| | ||||| |||  | |||||||||| |||||||||||||||||    
T  9891323 tcacgtactcgatttgctcatgggtactgccagatgtagcattagagagtgcccatgctgcttcctttaaagtgtcaaactccgcattttgaagaagatt 9891224  T
Q  135 gaccagaggagcaatcagaccagcctcaataacagcctgcatcgtacataaataaaaggtagagttca 202  Q
    ||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||| |||  | |||||||||||||||||    
T  9891223 gaccagaggggcaatcagaccagcttcaataacagcctgcatcatac--acataaaaggtagagttca 9891158  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 94; Significance: 1e-45; HSPs: 2)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 94; E-Value: 1e-45
Query Start/End: Original strand, 22 - 187
Target Start/End: Complemental strand, 13403456 - 13403291
Alignment:
Q  22 attaaaaacgacgtcacgtacttgatttgtgcgtgggtaccgccagatgcagcattagagagagcccatccagcttctttttgaatgtcaaactcggcat 121  Q
    ||||||||  || |||| |||||||||||  | |||||||||||||||| |||||| ||||| |||||| |||||||||||| ||||||||| |||||||    
T  13403456 attaaaaatcacttcacatacttgatttgctcatgggtaccgccagatgtagcattggagagtgcccatgcagcttcttttttaatgtcaaattcggcat 13403357  T
Q  122 tttgaagaagattgaccagaggagcaatcagaccagcctcaataacagcctgcatcgtacataaat 187  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| || || ||||||||||||| |||| |||||||||    
T  13403356 tttgaagaagattgaccagaggagcaatcagtccggcttcaataacagcctacatcatacataaat 13403291  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 84; E-Value: 1e-39
Query Start/End: Original strand, 266 - 456
Target Start/End: Complemental strand, 13402832 - 13402641
Alignment:
Q  266 ttacctttatctgctctctgttaccagctgtaatgtttgatacagtcctgcaagctgcttgcttaatacttttgttgtgatcatgggtcaacaggctcaa 365  Q
    |||||| |||||||||| |||| ||||||||||||||||||| ||||| ||||||| ||| |||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||    
T  13402832 ttacctgtatctgctctttgtttccagctgtaatgtttgatatagtccagcaagcttctttcttaatacttttcttgtgattatgggtcaacaggctcaa 13402733  T
Q  366 aaggcattggagcgaaccatgattgataacaacctgacaaaaagag-ccccaccaaatcaggtaattctcacaggtgacatatgagatgaca 456  Q
    ||| ||| |||| |||||||||   |||| | |||||||||||||| ||| || ||||||| ||| ||||| ||||||   |||||||||||    
T  13402732 aagacatgggagtgaaccatgaccaataatagcctgacaaaaagagtcccaacaaaatcagataactctcaaaggtgatgcatgagatgaca 13402641  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 29; Significance: 0.0000007; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000007
Query Start/End: Original strand, 40 - 144
Target Start/End: Original strand, 37308980 - 37309084
Alignment:
Q  40 tacttgatttgtgcgtgggtaccgccagatgcagcattagagagagcccatccagcttctttttgaatgtcaaactcggcattttgaagaagattgacca 139  Q
    |||||||||||| |||| |  || ||||||| ||||||||| | ||||||  |||| ||||| |  || |||||||| ||||||||||| ||| | ||||    
T  37308980 tacttgatttgttcgtgagatccaccagatgtagcattagaaatagcccaagcagcctctttcttgatatcaaactcagcattttgaagcagactcacca 37309079  T
Q  140 gagga 144  Q
    |||||    
T  37309080 gagga 37309084  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University