View Alignment
This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.
| Legend |
| | Query |
| | Query hiting target |
| Query hiting target's complemental strand |
| | Query's complemental strand hiting target |
| Query's complemental strand hiting target's complemental strand |
|
Alignment Overview
Query: NF1583-INSERTION-1 (Length: 840)
Name: NF1583-INSERTION-1
Description: NF1583
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)
| [»] NF1583-INSERTION-1 |
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| [»] chr7 (2 HSPs) |
| |
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| [»] scaffold1234 (1 HSPs) |
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Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 655; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr7
Description:
Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 655; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 6 - 840
Target Start/End: Complemental strand, 33867529 - 33866694
Alignment:
| Q |
6 |
cagccatcagcggataggtagaagcacatacacaacaaattggtctacactctcttgtggcagctaatctttctgcaggtcccgtgttttcatatggacc |
105 |
Q |
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| T |
33867529 |
cagccatcagcggataggtagaagcacatacacaacaaattggtctacactctcttgtggcagctaatctttctacaggtcccgtgtttttatatggacc |
33867430 |
T |
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| Q |
106 |
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203 |
Q |
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| T |
33867429 |
aattagtactattaacatgaactttgaacacaatgacaacaaactaagtcaactttacaacattaccatgctcaaatatgcaaaatggaccaattagtgc |
33867330 |
T |
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| Q |
204 |
tattaacatgaactttgaaccctgctaatatttattctatctccctcctaaaagcaatgaaaacaaatggaccaggcatgtgttgatgtataaacacgaa |
303 |
Q |
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| T |
33867329 |
tattaacatgaactttgaaccctgctaatatttattctatctccctcctaaaagcaatgaaaacaaatggatcaggcatgcgttgatgtataaacaggaa |
33867230 |
T |
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| Q |
304 |
aacaaatgaaccacaattagcctctgcatannnnnnnaaaaagagtaagaaagaaagatagatcatacatcggtaacttttatgcacagtttaaccccaa |
403 |
Q |
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| T |
33867229 |
aacaaatgaaccacaattagactctgcatatttttttaaaaagagtaagaaagaaagatacatcatacatcagtaacttttatgcacagtttaacaccaa |
33867130 |
T |
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| Q |
404 |
tttatgtacataattacagaacatatggtaaaagagatnnnnnnnnnncattcaaattatcaaaagagacagaaagatacatcatgcatcagcctttttt |
503 |
Q |
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| T |
33867129 |
tttgtgtacataattacagaacatatggtaaaagagat-aaaaaaaaactttcaaattatcaaaagagacagaaagatacatcatgcatcagccttttct |
33867031 |
T |
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| Q |
504 |
agggagtacatgagcaactttatgttatttatgatgcagcaaggttattatttcaatgccaatgaaccaaaatactacactatactcataatggatgnnn |
603 |
Q |
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| T |
33867030 |
agggagtacatgagcaactttatgttatttatgatgcagcaagattattatttcaatgccaatgaaccaaaatactacactatactcataatgaatgaaa |
33866931 |
T |
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| Q |
604 |
nnnnnnttaaaccatgtaaatcaccaatttaagaaagataagaatacacaactaaattattgaagattttgtccaataacttctaattataaaaatgtta |
703 |
Q |
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| T |
33866930 |
aaaaaattaaaacatgtaaatcaccaatttaagaaagataagaatacacaactaaattattaaagattttgtccaataacttctaattataaaaatgtta |
33866831 |
T |
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| Q |
704 |
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803 |
Q |
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| T |
33866830 |
cctctcattgaaggatttacctcctctatgcatgtcagcagttggtaatgcacattcttttcttgagagaagtgaactcttaagtgaaatacaaatcaaa |
33866731 |
T |
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| Q |
804 |
cttctatgattgtgcatcatcatgatgtatgtcaaaa |
840 |
Q |
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| T |
33866730 |
cttttatgattctgcatcatcatgatgtatgtcaaaa |
33866694 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 49; E-Value: 1e-18
Query Start/End: Original strand, 137 - 201
Target Start/End: Complemental strand, 43904725 - 43904661
Alignment:
| Q |
137 |
agacaacaaactaagtcaactttacaacattaccatgctcaaatatgcaaaatggacaaattagt |
201 |
Q |
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| T |
43904725 |
agactacaaaccaagtcaactttacaacattaccatactcaaatatgcaaaatggaccaattagt |
43904661 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr8 (Bit Score: 653; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr8
Description:
Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 653; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 6 - 838
Target Start/End: Original strand, 5770520 - 5771356
Alignment:
| Q |
6 |
cagccatcagcggataggtagaagcacatacacaacaaattggtctacactctcttgtggcagctaatctttctgcaggtcccgtgttttcatatggacc |
105 |
Q |
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| T |
5770520 |
cagccatcagcggataggtagaagcacatacacaacaaattggtctacactctcttgtggcagctaatctttctacaggtcccgtgtttttatatggacc |
5770619 |
T |
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| Q |
106 |
aattagtattattaacatgaactttgaacaca--gacaacaaactaagtcaactttacaacattaccatgctcaaatatgcaaaatggacaaattagtgc |
203 |
Q |
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| T |
5770620 |
aattagtactattaacatgaactttgaacacaatgacaacaaactaagtcaactttacaacattaccatgctcaaatatgcaaaatggaccaattagtgc |
5770719 |
T |
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| Q |
204 |
tattaacatgaactttgaaccctgctaatatttattctatctccctcctaaaagcaatgaaaacaaatggaccaggcatgtgttgatgtataaacacgaa |
303 |
Q |
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| T |
5770720 |
tattaacatgaactttgaaccctgctaatattttttctatctccctcctaaaagcaatgaaaacaaatggaccaggcatgtgttgatgtataaacacgaa |
5770819 |
T |
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| Q |
304 |
aacaaatgaaccacaattagcctctgcatannnnnnnaaaaagagtaagaaagaaagatagatcatacatcggtaacttttatgcacagtttaaccccaa |
403 |
Q |
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| T |
5770820 |
aacaaatgaaccacaattagtctctgcatatttttttaaaaagagtaagaaagaaagatacatcatacatcagtaacttttatgcacagtttaaccccaa |
5770919 |
T |
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| Q |
404 |
tttatgtacataattacagaacatatggtaaaagagat--nnnnnnnnnncattcaaattatcaaaagagacagaaagatacatcatgcatcagcctttt |
501 |
Q |
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| T |
5770920 |
tttgtgtacataattacagaacatgtggtaaaagagataaaaaaaaaaaactttcaaattatcaaaagagacagaaagatacatcatgcatcagcctttt |
5771019 |
T |
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| Q |
502 |
ttagggagtacatgagcaactttatgttatttatgatgcagcaaggttattatttcaatgccaatgaaccaaaatactacactatactcataatggatgn |
601 |
Q |
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| T |
5771020 |
ctagggagtacatgagcaactttatgttatttatgatgcagcaaggttattatttcaatgccaatgaaccaaaatactacactatactcataatgaatga |
5771119 |
T |
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| Q |
602 |
nnnnnnnnttaaaccatgtaaatcaccaatttaagaaagataagaatacacaactaaattattgaagattttgtccaataacttctaattataaaaatgt |
701 |
Q |
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| T |
5771120 |
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5771219 |
T |
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| Q |
702 |
tacctctcattgaaggatttacctcctctatgcatgtcagcagttggtaatgcacattcttttcttgagagaagtgaactcttaagtgaaacaaaaatca |
801 |
Q |
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| T |
5771220 |
tacctctcattgaaggatttacctcctctatgcatgtcagcagttggtaatgcacattcttttcttgagagaagtgaactcttaagtgaaatacaaatca |
5771319 |
T |
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| Q |
802 |
aacttctatgattgtgcatcatcatgatgtatgtcaa |
838 |
Q |
| |
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||||| ||||||| ||||| ||||||||||||||||| |
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| T |
5771320 |
aacttttatgattctgcataatcatgatgtatgtcaa |
5771356 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr3 (Bit Score: 88; Significance: 7e-42; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:
Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 88; E-Value: 7e-42
Query Start/End: Original strand, 6 - 93
Target Start/End: Original strand, 23214209 - 23214296
Alignment:
| Q |
6 |
cagccatcagcggataggtagaagcacatacacaacaaattggtctacactctcttgtggcagctaatctttctgcaggtcccgtgtt |
93 |
Q |
| |
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|
|
| T |
23214209 |
cagccatcagcggataggtagaagcacatacacaacaaattggtctacactctcttgtggcagctaatctttctgcaggtcccgtgtt |
23214296 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: scaffold1234 (Bit Score: 74; Significance: 2e-33; HSPs: 1)
Name: scaffold1234
Description:
Target: scaffold1234; HSP #1
Raw Score: 74; E-Value: 2e-33
Query Start/End: Original strand, 6 - 79
Target Start/End: Complemental strand, 74 - 1
Alignment:
| Q |
6 |
cagccatcagcggataggtagaagcacatacacaacaaattggtctacactctcttgtggcagctaatctttct |
79 |
Q |
| |
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|
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| T |
74 |
cagccatcagcggataggtagaagcacatacacaacaaattggtctacactctcttgtggcagctaatctttct |
1 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr6 (Bit Score: 65; Significance: 4e-28; HSPs: 4)
Name: chr6
Description:
Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 65; E-Value: 4e-28
Query Start/End: Original strand, 511 - 587
Target Start/End: Original strand, 5894390 - 5894466
Alignment:
| Q |
511 |
acatgagcaactttatgttatttatgatgcagcaaggttattatttcaatgccaatgaaccaaaatactacactata |
587 |
Q |
| |
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|
|
| T |
5894390 |
acatgagcaagtttatgttatttatgatggagcaaggttattatctcaatgccaatgaaccaaaatactacactata |
5894466 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 51; E-Value: 9e-20
Query Start/End: Original strand, 345 - 520
Target Start/End: Original strand, 5894049 - 5894221
Alignment:
| Q |
345 |
agagtaagaaagaaagatagatcatacatcggtaacttttatgcacagtttaaccccaatttatgtacataattacagaacatatggtaaaagagatnnn |
444 |
Q |
| |
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||||||| ||||||||||| | ||||| || | |||||||||||||| ||||||| ||||| ||| |||||||||| ||||| ||||||||||||| |
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| T |
5894049 |
agagtaaaaaagaaagatacagcatacgtcagcaacttttatgcacaaattaaccctaatttgtgtgcataattacaaaacatgtggtaaaagagataca |
5894148 |
T |
|
| Q |
445 |
nnnnnnncattcaaattatcaaaagagacagaaagatacatcatgcatcagccttttttagggagtacatgagcaa |
520 |
Q |
| |
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||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||| ||| || ||||||||||| |
|
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| T |
5894149 |
aagagt---ttccaattatcaaaagagacagaaagatacatcataattcagacttttctagtgaatacatgagcaa |
5894221 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 34; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 610 - 668
Target Start/End: Original strand, 5894501 - 5894561
Alignment:
| Q |
610 |
ttaaaccatgtaaatcaccaatttaagaaaga--taagaatacacaactaaattattgaag |
668 |
Q |
| |
|
||||||| |||| ||||||||||||||| ||| |||||||||||| |||||||||||||| |
|
|
| T |
5894501 |
ttaaaccgtgtatatcaccaatttaagagagagataagaatacacacctaaattattgaag |
5894561 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 710 - 769
Target Start/End: Original strand, 5894555 - 5894614
Alignment:
| Q |
710 |
attgaaggatttacctcctctatgcatgtcagcagttggtaatgcacattcttttcttga |
769 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||| |||| || ||| ||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
5894555 |
attgaaggatttacctcctttatgttggttagcgattggtaatgcacattcttttcttga |
5894614 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
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