View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF15834_high_1 (Length: 705)

Name: NF15834_high_1
Description: NF15834
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF15834_high_1
NF15834_high_1
[»] chr7 (1 HSPs)
chr7 (1-688)||(48486347-48487038)


Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 662; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 662; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 688
Target Start/End: Complemental strand, 48487038 - 48486347
Alignment:
Q  1 cttctcaacacacctttatgtaaaggtttgagttgttgttattgttgaaatctaatgaatttgtgatgggcacttggcaggactatgcatgggcgaagca 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  48487038 cttctcaacacacctttatgtaaaggtttgagttgttgttattgttgaaatctaatgaatttgtgatgggcacttggcaggactatgcatgggcgaagca 48486939  T
Q  101 ggggatggtattccccttcttggaattcatggataggtttgtgtttgtgtgtg--attttggttgttgttctgcctgcaagaatatttggcttgtattcg 198  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  48486938 ggggatggtattccccttcttggaattcatggataggtttgtgtttgtgtgtgtgattttggttgttgttctgcctgcaagaatatttggcttgtactcg 48486839  T
Q  199 ctcatattaagaataatcttgttcagattccaggggcagacccgattgtacaagaccaaaggaagtgactttcacgaggcaatggaggaggcaatgttgg 298  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  48486838 ctcatattaagaataatcttgttcagattccaggggcagacccgattgtacaagaccaaaggaagtgactttcacgaggcaatggaggaggcaatgttgg 48486739  T
Q  299 cagataatggcattctggatccacattatagagctaagcaaattgtggagggtgcgacttcctgtgctgaacaggaatatcactgccaaggccaggtgat 398  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  48486738 cagataatggcattctggatccacattatagagctaagcaaattgtggagggtgcgacttcctgtgctgaacaggaatatcactgccaaggccaggtgat 48486639  T
Q  399 tttaatttttccacttcgtgttgtgtatgatcatgattcatgactgatgatgctgtgaatctataagttaagtttagcataaaatatagagatctaattg 498  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  48486638 tttaatttttccacttcgtgttgtgtatgatcatgattcatgactgatgatgctgtgaatctataagttaagtttagcataaaatatagagatctaattg 48486539  T
Q  499 tgtgtgaacttgtaatttagatgacataggctacatgcattagtcggcattcttcttagtaggaagggttaagggctatatatgctctagcatctgattt 598  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  48486538 tgtgtgaacttgtaatttagatgacataggctacatgcattagtcggcattcttcttagtaggaagggttaagggctatatatgctctagcatctgattt 48486439  T
Q  599 ggttatagcatacttcttggtctttgatgtcataaatcatgtttgaacatgactcatgaattgaaatatataac--aaattaatcacctatg 688  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||    
T  48486438 ggttatagcatacttcttggtctttgatgtcataaatcatgtttgagcatgactcatgaattgaaatatataacaaaaattaatcacctatg 48486347  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University