View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF15838_low_1 (Length: 834)

Name: NF15838_low_1
Description: NF15838
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF15838_low_1
NF15838_low_1
[»] chr8 (5 HSPs)
chr8 (18-827)||(37359888-37360697)
chr8 (18-827)||(37367365-37368176)
chr8 (71-737)||(37374763-37375424)
chr8 (41-763)||(37382067-37382789)
chr8 (593-700)||(37386342-37386450)
[»] chr2 (2 HSPs)
chr2 (43-351)||(41230223-41230531)
chr2 (527-700)||(41229855-41230028)
[»] chr3 (2 HSPs)
chr3 (83-349)||(39243279-39243545)
chr3 (535-701)||(39243756-39243922)


Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 794; Significance: 0; HSPs: 5)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 794; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 18 - 827
Target Start/End: Original strand, 37359888 - 37360697
Alignment:
Q  18 gcttttactttccgtgttagcaatacttttgttatagatatagattgatttatttgtttctacatttgtagtatgttgtcgtcgattacctctggtatag 117  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37359888 gcttttactttccgtgttagcaatacttttgttatagatatagattgatttatttgtttctacatttgtagtatgttgtcgtcgattacctctggtatag 37359987  T
Q  118 gaagaaagtcccgggtgctcatagtaattctcttggattcgacgtgatcgatcaatggggaaggatggcccctgatccagtaaggtggccttcatccaaa 217  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37359988 gaagaaagtcccgggtgctcatagtaattctcttggattcgacgtgatcgatcaatggggaaggatggcccctgatccagtaaggtggccttcatccaaa 37360087  T
Q  218 agtgggaatggattcactgaaatagctaagaaagtacatagcttaggtttgaagtttggaattcatattatggcagggattagcacacaagctgtgaatg 317  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37360088 agtgggaatggattcaccgaaatagctaagaaagtacatagcttaggtttgaagtttggaattcatattatggcagggattagcacacaagctgtgaatg 37360187  T
Q  318 caaacacccctatcctagatacaacaacggtattattttgattttctgctataactttatcttctatatatatttatgcattatacattcacaagtatat 417  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37360188 caaacacccctatcctagatacaacaacggtattattttgattttctgctataactttatcttctatatatatttatgcattatacattcacaagtatat 37360287  T
Q  418 cagtagataaactcgaataagcaatttcaaaataaggcaattcaaagagacacataatctaattttctttttatccttattgaccttttcttgcgatatc 517  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37360288 cagtagataaactcgaataagcaatttcaaaataaggcaattcaaagagacacataatctatttttttttttatccttattgaccttttcttgcgatatc 37360387  T
Q  518 acagggtgctgcttatcaagaatctggtcgagtatggcatgcaaaagacatagcaatccaagaaaggcgttgtggatggatgacaaatggtttcatgagt 617  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37360388 acagggtgctgcttatcaagaatctggtcgagtatggcatgcaaaagacatagcaatccaagaaaggcgttgtggatggatgacaaatggtttcatgagt 37360487  T
Q  618 gtaaatacaacgttaggagccgggaaagcatttttgagatcccttcatgagcagtatgctgcttggggtgttgatcttggtactcgcacaactaactaac 717  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37360488 gtaaatacaacgttaggagccgggaaagcatttttgagatcccttcatgagcagtatgctgcttggggtgttgatcttggtactcgcacaactaactaac 37360587  T
Q  718 tgtctcaacatttttatcatgttattgacaacaatcatgatgatttgaaatctataaagtatttatttgtaattgccttatcatgttatatacacggttc 817  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37360588 tgtctcaacatttttatcatgttattgacaacaatcatgatgatttgaaatctacaaagtatttatttgtaattgccttatcatgttatatacacggttc 37360687  T
Q  818 tgcctatgct 827  Q
    ||||||||||    
T  37360688 tgcctatgct 37360697  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 777; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 18 - 827
Target Start/End: Complemental strand, 37368176 - 37367365
Alignment:
Q  18 gcttttactttccgtgttagcaatacttttgttatagatatagattgatttatttgtttctacatttgtagtatgttgtcgtcgattacctctggtatag 117  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37368176 gcttttactttccgtgttagcaatacttttgttatagatatagattgatttatttgtttctacatttgtagtatgttgtcgtcgattacctctggtatag 37368077  T
Q  118 gaagaaagtcccgggtgctcatagtaattctcttggattcgacgtgatcgatcaatggggaaggatggcccctgatccagtaaggtggccttcatccaaa 217  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37368076 gaagaaagtcccgggtgctcatagtaattctcttggattcgacgtgatcgatcaatggggaaggatggcccctgatccagtaaggtggccttcatccaaa 37367977  T
Q  218 agtgggaatggattcactgaaatagctaagaaagtacatagcttaggtttgaagtttggaattcatattatggcagggattagcacacaagctgtgaatg 317  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37367976 agtgggaatggattcacagaaatagctaagaaagtacatagcttaggtttgaagtttggaattcatattatggcagggattagcacacaagctgtgaatg 37367877  T
Q  318 caaacacccctatcctagatacaacaacggtattattttgattttctgctataactttatcttctatatatatttatgcattatacattcacaagtatat 417  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  37367876 caaacacccctatcctagatacaacaacggtattattttgattttctgctataactttatcttctatatatatttatgcattatacatacacaagtatat 37367777  T
Q  418 cagtagataaactcgaataagcaatttcaaaataaggcaattcaaagagacacataatctaa--ttttctttttatccttattgaccttttcttgcgata 515  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||  |||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37367776 cagtagataaactcgaataagcaatttcaaaataaggcaattcaaagagacacatattctaattttttttttttatccttattgaccttttcttgcgata 37367677  T
Q  516 tcacagggtgctgcttatcaagaatctggtcgagtatggcatgcaaaagacatagcaatccaagaaaggcgttgtggatggatgacaaatggtttcatga 615  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37367676 tcacagggtgctgcttatcaagaatcaggtcgagtatggcatgcaaaagacatagcaatccaagaaaggcgttgtggatggatgacaaatggtttcatga 37367577  T
Q  616 gtgtaaatacaacgttaggagccgggaaagcatttttgagatcccttcatgagcagtatgctgcttggggtgttgatcttggtactcgcacaactaacta 715  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37367576 gtgtaaatacaacgttaggagccgggaaagcatttttgagatcccttcatgagcagtatgctgcttggggtgttgatcttggtactcgcacaactaacta 37367477  T
Q  716 actgtctcaacatttttatcatgttattgacaacaatcatgatgatttgaaatctataaagtatttatttgtaattgccttatcatgttatatacacggt 815  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37367476 actgtctcaacatttttatcatgttattgacaacaatcatgatgatttgaaatctaaaaagtatttatttgtaattgccttatcatgttatatacacggt 37367377  T
Q  816 tctgcctatgct 827  Q
    ||||||||||||    
T  37367376 tctgcctatgct 37367365  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 403; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 71 - 737
Target Start/End: Original strand, 37374763 - 37375424
Alignment:
Q  71 ttgtttctacatttgtagtatgttgtcgtcgattacctctggtataggaagaaagtcccgggtgctcatagtaattctcttggattcgacgtgatcgatc 170  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||  ||||||||||||||||||||||| ||||    
T  37374763 ttgtttctacctttgtagtatgttgtcgtcgattacctctggtataggaagaatgtcccgggtgctaatatgaattctcttggattcgacgtgattgatc 37374862  T
Q  171 aatggggaaggatggcccctgatccagtaaggtggccttcatccaaaagtgggaatggattcactgaaatagctaagaaagtacatagcttaggtttgaa 270  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||| |||||  |||| |||||||||| |||| ||||||||||||| |||||||||||||| ||    
T  37374863 aatggggaaggatggtccctgatccagtcaggtggccttcttccaatggtggaaatggattcagtgaagtagctaagaaagtgcatagcttaggtttaaa 37374962  T
Q  271 gtttggaattcatattatggcagggattagcacacaagctgtgaatgcaaacacccctatcctagatacaacaacggtattattttgattttctgctata 370  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  37374963 gtttggaattcatattatggcagggattagcacacaagctgtgaatgcaaacacccctatcctagatacagcaacggtattattttgattttctgctata 37375062  T
Q  371 actttatcttctatata--tatttatgcattatacattcacaagtatatcagtagataaactcgaataagcaatttcaaaataaggcaattcaaagagac 468  Q
    |||||||| ||||||||  |||||||| |||||| |||||||||||| ||||||||| ||||| ||||||||| || ||||||||  |||||| ||||||    
T  37375063 actttatcatctatatatttatttatgtattataaattcacaagtatgtcagtagattaactcaaataagcaactttaaaataagcaaattcagagagac 37375162  T
Q  469 acataatctaattttctttttatccttattgaccttttcttgcgatatcacagggtgctgcttatcaagaatctggtcgagtatggcatgcaaaagacat 568  Q
        |||||||        ||   |||||||||||||||||| |||||   ||||||||||||||||||||  ||||||||||||| |||||||||||||    
T  37375163 ----aatctaaaacaaaagtt---cttattgaccttttcttgtgatatactagggtgctgcttatcaagaacttggtcgagtatggtatgcaaaagacat 37375255  T
Q  569 agcaatccaagaaaggcgttgtggatggatgacaaatggtttcatgagtgtaaatacaacgttaggagccgggaaagcatttttgagatcccttcatgag 668  Q
    |||||||||| |||||||||||  ||||||| | ||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||| ||| ||||||||||| |||||||||    
T  37375256 agcaatccaacaaaggcgttgttcatggatgtctaatggtttcatgagtgtaaatacaaggttaggagcagggagagcttttttgagatctcttcatgag 37375355  T
Q  669 cagtatgctgcttggggtgttgatcttggtactcgcacaactaactaactgtctcaacatttttatcat 737  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  37375356 cagtatgctgcttggggtgttgatcttggtactggcactactaacttactgtctcaacatttttatcat 37375424  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 371; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 41 - 763
Target Start/End: Original strand, 37382067 - 37382789
Alignment:
Q  41 tacttttgttatagatatagattgatttatttgtttctacattt--------gtagtatgttgtcgtcgattacctctggtataggaagaaagtcccggg 132  Q
    |||||| |||||| ||||||||||||||||||| ||||||  ||        |||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37382067 tactttggttatatatatagattgatttatttgcttctactgttctacccttgtagtatgttgtggtggattacctctggtataggaagaaagtcccggg 37382166  T
Q  133 tgctcatagtaattctcttggattcgacgtgatcgatcaatggggaaggatggcccctgatccagtaaggtggccttcatccaaaagtgggaatggattc 232  Q
    |||| ||||| |||| ||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||  |||||||||| |||||||||||| |||||| ||||||||||||||    
T  37382167 tgcttatagtgattcccttggattcgacgtgattgataaatggggaaggatggttcctgatccaggaaggtggccttcttccaaaggtgggaatggattc 37382266  T
Q  233 actgaaatagctaagaaagtacatagcttaggtttgaagtttggaattcatattatggcagggattagcacacaagctgtgaatgcaaacacccctatcc 332  Q
    | |||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37382267 agtgaagtagctaagaaagtacatagcttaggtttgaaatttggaattcatgttatgagagggattagcacacaagctgtgaatgcaaacacccctatcc 37382366  T
Q  333 tagatacaacaacggtattattttgattttctgctataactttatcttctatatatatttatgcattatacattcacaagtatatcagtagataaactcg 432  Q
    |||||   |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||   || || || || |||||| ||||||| |||| | ||| |||||||||     
T  37382367 tagat---acaacggtattattttgattctctgctataactttatcttc--aatttaattctgtattataaattcacatgtatgtaagtggataaactca 37382461  T
Q  433 aataagcaatttcaaaataaggcaattcaaagagacacataatctaattttctttttatccttattgaccttttcttgcgatatcacagggtgctgctta 532  Q
    ||||||| | ||||||||||| |||||||||||||||| ||| ||||        ||   |||||||||||||||  | ||| ||  |||||||||||||    
T  37382462 aataagcgaattcaaaataagccaattcaaagagacacgtaacctaaaacaaaagtt---cttattgaccttttcacgtgatttcctagggtgctgctta 37382558  T
Q  533 tcaagaatctggtcgagtatggcatgcaaaagacatagcaatccaagaaaggcgttgtggatggatgacaaatggtttcatgagtgtaaatacaacgtta 632  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| | ||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  37382559 tcaagaatctggtcgagtatggtatgcaaaagacatagcaatccaagaaaggcgttgtgcatggatgtctaatggtttcatgagtgtaaatacaaagtta 37382658  T
Q  633 ggagccgggaaagcatttttgagatcccttcatgagcagtatgctgcttggggtgttgatcttggtactcgcacaactaactaactgtctcaacattttt 732  Q
    ||||| || | ||| ||||||||||| ||| |||  ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||| |||||| ||||||||||    
T  37382659 ggagcaggaagagcttttttgagatctctttatgcacagtatgctgcttggggtgttgatcttggtactggcactactaacttactgtcacaacattttt 37382758  T
Q  733 atcatgttattgacaacaatcatgatgattt 763  Q
    ||||| | |||||||||||||||||||||||    
T  37382759 atcatatcattgacaacaatcatgatgattt 37382789  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 61; E-Value: 9e-26
Query Start/End: Original strand, 593 - 700
Target Start/End: Complemental strand, 37386450 - 37386342
Alignment:
Q  593 atggatgacaaatggtttcatgagtgtaaatacaacgttaggagccgggaaagcatttttgagatcccttcatgagcagtatgctgctt-ggggtgttga 691  Q
    |||||||  ||| ||||||||||| |||||| |||||||||| || |||| ||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||    
T  37386450 atggatgcaaaacggtttcatgagagtaaatgcaacgttaggtgcagggagagcttttttgagatccctttatgagcagtatgctgcttgggggtgttga 37386351  T
Q  692 tcttggtac 700  Q
    |||||||||    
T  37386350 tcttggtac 37386342  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 153; Significance: 1e-80; HSPs: 2)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 153; E-Value: 1e-80
Query Start/End: Original strand, 43 - 351
Target Start/End: Complemental strand, 41230531 - 41230223
Alignment:
Q  43 cttttgttatagatatagattgatttatttgtttctacatttgtagtatgttgtcgtcgattacctctggtataggaagaaagtcccgggtgctcatagt 142  Q
    |||| |||||||||||| |||||||| |||||||||||  ||||||| |||||| || |||| |||||||||||||||||||||  | |||||| ||  |    
T  41230531 ctttggttatagatatatattgatttctttgtttctacccttgtagtttgttgtggtggatttcctctggtataggaagaaagttgcaggtgctaatgtt 41230432  T
Q  143 aattctcttggattcgacgtgatcgatcaatggggaaggatggcccctgatccagtaaggtggccttcatccaaaagtgggaatggattcactgaaatag 242  Q
     |||||| |||||| |||||||| ||| ||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||| ||| |  |||||||||| || | |||| |||    
T  41230431 gattctcgtggatttgacgtgattgatgaatggggaaggatggtccctgatccaggaaggtggccttcttcccatggtgggaatgggttaagtgaagtag 41230332  T
Q  243 ctaagaaagtacatagcttaggtttgaagtttggaattcatattatggcagggattagcacacaagctgtgaatgcaaacacccctatcctagatacaac 342  Q
    ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||  |||||| ||||||||||||||| ||||||| |||||||| ||||||||| |    
T  41230331 ctaagaaagtacatagcttaggtttaaagtttggaattcatattatgagagggataagcacacaagctgtggatgcaaatacccctattctagatacatc 41230232  T
Q  343 aacggtatt 351  Q
    || ||||||    
T  41230231 aaaggtatt 41230223  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 106; E-Value: 1e-52
Query Start/End: Original strand, 527 - 700
Target Start/End: Complemental strand, 41230028 - 41229855
Alignment:
Q  527 tgcttatcaagaatctggtcgagtatggcatgcaaaagacatagcaatccaagaaaggcgttgtggatggatgacaaatggtttcatgagtgtaaataca 626  Q
    ||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||| | ||||   |||||||||||||   |||||||||||||||||| |||||    
T  41230028 tgcttatcaagaatctggtcgtgtgtggcatgcaaaagacatagcaatcccaaaaagagcttgtggatggatgcagaatggtttcatgagtgtagataca 41229929  T
Q  627 acgttaggagccgggaaagcatttttgagatcccttcatgagcagtatgctgcttggggtgttgatcttggtac 700  Q
    || ||||| || |||| ||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  41229928 acattaggggcagggagagcgtttttgagatccctttatgagcagtatgctgcttggggtgttgatcttggtac 41229855  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 87; Significance: 3e-41; HSPs: 2)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 87; E-Value: 3e-41
Query Start/End: Original strand, 83 - 349
Target Start/End: Original strand, 39243279 - 39243545
Alignment:
Q  83 ttgtagtatgttgtcgtcgattacctctggtataggaagaaagtcccgggtgctcatagtaattctcttggattcgacgtgatcgatcaatggggaagga 182  Q
    |||||||||||||| || ||||| ||||||||||| | |||||| | ||||||| ||  | |||||||||||||||| ||||| ||| ||||||| ||||    
T  39243279 ttgtagtatgttgtggtggattatctctggtatagaaggaaagttcagggtgcttatcatgattctcttggattcgatgtgattgatgaatgggggagga 39243378  T
Q  183 tggcccctgatccagtaaggtggccttcatccaaaagtgggaatggattcactgaaatagctaagaaagtacatagcttaggtttgaagtttggaattca 282  Q
    ||   ||||| |||| |||||||||||| ||  ||  |||||| || ||||  ||| |||||||   ||| |||| | | ||||| |||||||| |||||    
T  39243379 tgattcctgacccagaaaggtggccttcttcacaagatgggaaagggttcagcgaagtagctaatcgagtgcataacatgggtttaaagtttgggattca 39243478  T
Q  283 tattatggcagggattagcacacaagctgtgaatgcaaacacccctatcctagatacaacaacggta 349  Q
    | |||||  |||||| |||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  39243479 tgttatgagagggataagcacacaagctgtcaatgcaaacacgcctatcctagatacaacaacggta 39243545  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 67; E-Value: 2e-29
Query Start/End: Original strand, 535 - 701
Target Start/End: Original strand, 39243756 - 39243922
Alignment:
Q  535 aagaatctggtcgagtatggcatgcaaaagacatagcaatccaagaaaggcgttgtggatggatgacaaatggtttcatgagtgtaaatacaacgttagg 634  Q
    |||||||||| ||| | ||| |||||||||||||||  ||||  ||||||  |||||| ||||||||  |||||||||||||||||||||| ||||| ||    
T  39243756 aagaatctggccgattgtggtatgcaaaagacatagggatccctgaaagggcttgtggctggatgactcatggtttcatgagtgtaaatactacgttggg 39243855  T
Q  635 agccgggaaagcatttttgagatcccttcatgagcagtatgctgcttggggtgttgatcttggtact 701  Q
     || || ||||| |||||||| |||||| ||| |||||||||||  |||||||||||| ||||||||    
T  39243856 tgctggcaaagcctttttgaggtccctttatgtgcagtatgctgaatggggtgttgattttggtact 39243922  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University