View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF1583_high_18 (Length: 360)

Name: NF1583_high_18
Description: NF1583
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF1583_high_18
NF1583_high_18
[»] chr3 (9 HSPs)
chr3 (1-344)||(36810414-36810757)
chr3 (4-325)||(36875948-36876269)
chr3 (3-344)||(27005166-27005507)
chr3 (5-344)||(33708419-33708758)
chr3 (154-344)||(33714403-33714593)
chr3 (5-338)||(33396875-33397214)
chr3 (68-344)||(37580285-37580561)
chr3 (80-212)||(33093407-33093539)
chr3 (5-81)||(33714285-33714361)
[»] chr7 (1 HSPs)
chr7 (5-275)||(18723738-18724010)
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (5-46)||(3438040-3438081)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 328; Significance: 0; HSPs: 9)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 328; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 344
Target Start/End: Original strand, 36810414 - 36810757
Alignment:
Q  1 tggggagtttgaagggattaacttgtcttgatttgtctttttcatgcatttctgatttcttgctttgctctctagcacttgaagctcttcctttgaggga 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36810414 tggggagtttgaagggattaacttgtcatgatttgtctttttcatgcatttctgatttcttgctttgctctctagcacttgaagctcttcctttgaggga 36810513  T
Q  101 acttatcctccaagattgcttcaattatacatatcatgggatctcttatctactgtcaaagtgtcgatttctacagcttctagatcttcaagatgcaaag 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36810514 acttatcctccaagattgcttcaattatacatatcatgggatctcttatctactgtcaaagtgtcgatttctacagcttctagatcttcaagatgcaaag 36810613  T
Q  201 tttttgaatgatcagcgtatcaatgagttgtctgtatatcttgctgatttggtgtctataaacgtcagcggttgttaccagctcacctattcagccttct 300  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  36810614 tttttgaatgatcagcgtatcaatgagttgtctgtatatcttgctgatttggtgtctataaacgtcagcggttgttaccagctcacctattcatccttct 36810713  T
Q  301 ttgcactccttaggaactgtcctttgctcgctgagatcagaatg 344  Q
    |||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||    
T  36810714 ttgcactccttaggaactttcatttgctcgctgagatcagaatg 36810757  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 174; E-Value: 1e-93
Query Start/End: Original strand, 4 - 325
Target Start/End: Complemental strand, 36876269 - 36875948
Alignment:
Q  4 ggagtttgaagggattaacttgtcttgatttgtctttttcatgcatttctgatttcttgctttgctctctagcacttgaagctcttcctttgagggaact 103  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||   ||||    
T  36876269 ggagtttgaagggattaacttgtcttgatttgtctttttcatgcatttctgatttcttgctttgctctctagcacttgacgctcttcctttgaccaaact 36876170  T
Q  104 tatcctccaagattgcttcaattatacatatcatgggatctcttatctactgtcaaagtgtcgatttctacagcttctagatcttcaagatgcaaagttt 203  Q
    | | ||||| | ||||||| ||||||||||| || |||||| |  |||  ||||||||| |  ||||||||| | |||||||||||||| ||||| ||||    
T  36876169 tgttctccatggttgcttccattatacatattataggatctatcgtctgttgtcaaagtcttcatttctacaacatctagatcttcaagctgcaatgttt 36876070  T
Q  204 ttgaatgatcagcgtatcaatgagttgtctgtatatcttgctgatttggtgtctataaacgtcagcggttgttaccagctcacctattcagccttctttg 303  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||| || || |||||  ||||||||||||||||||||||  |||||| || |||||||| || ||||||||||||    
T  36876069 ttgaatgatcatcgtatcaatgagttgtgtgcatttcttggcgatttggtgtctataaacgtcaatggttgtgacaagctcaccaatgcagccttctttg 36875970  T
Q  304 cactccttaggaactgtccttt 325  Q
    |||| |||||||| ||||||||    
T  36875969 cacttcttaggaattgtccttt 36875948  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 166; E-Value: 9e-89
Query Start/End: Original strand, 3 - 344
Target Start/End: Original strand, 27005166 - 27005507
Alignment:
Q  3 gggagtttgaagggattaacttgtcttgatttgtctttttcatgcatttctgatttcttgctttgctctctagcacttgaagctcttcctttgagggaac 102  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||| | ||||||||| || ||||||||||| ||||||||||| |||||||| | |   |||    
T  27005166 gggactttgaagggattaacttgtcttgatttctctttctcacgtatttctgatctcatgctttgctctttagcacttgaatctcttcctctaaacaaac 27005265  T
Q  103 ttatcctccaagattgcttcaattatacatatcatgggatctcttatctactgtcaaagtgtcgatttctacagcttctagatcttcaagatgcaaagtt 202  Q
    |  | ||||| | ||| ||  ||||||||||| |||| |||| ||||||||| |||| || ||| |||||||||| |||||||||||||  |||||  ||    
T  27005266 tcgttctccatggttgtttggattatacatattatggtatctattatctactatcaaggtctcgttttctacagcatctagatcttcaatttgcaacttt 27005365  T
Q  203 tttgaatgatcagcgtatcaatgagttgtctgtatatcttgctgatttggtgtctataaacgtcagcggttgttaccagctcacctattcagccttcttt 302  Q
    ||||||||||||| |||||| ||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||| | ||||||||||||    
T  27005366 tttgaatgatcagggtatcactgacttgtctgtttatcttgctgatttggtgtctataaacctcagcggttgtcaccagctcaccaactcagccttcttt 27005465  T
Q  303 gcactccttaggaactgtcctttgctcgctgagatcagaatg 344  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||    
T  27005466 gcactccttaggaactgtcctttgctcacagagatcagaatg 27005507  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 144; E-Value: 1e-75
Query Start/End: Original strand, 5 - 344
Target Start/End: Original strand, 33708419 - 33708758
Alignment:
Q  5 gagtttgaagggattaacttgtcttgatttgtctttttcatgcatttctgatttcttgctttgctctctagcacttgaagctcttcctttgagggaactt 104  Q
    |||||||||| | |||||||||||||||||||| | |||||||||| ||||||  ||||||| ||||||| |||||| |||||||||||||||| |||||    
T  33708419 gagtttgaagcgcttaacttgtcttgatttgtcctattcatgcattactgattcgttgctttactctctaacacttgcagctcttcctttgaggaaactt 33708518  T
Q  105 atcctccaagattgcttcaattatacatatcatgggatctcttatctactgtcaaagtgtcgatttctacagcttctagatcttcaagatgcaaagtttt 204  Q
     ||||||||| | ||| | | ||||| |||   || ||||||| | |  ||||||||||||||| ||| |||| ||||||| |||||  |||||||||||    
T  33708519 gtcctccaaggtcgctgccaatatacttataccggtatctcttgtttcttgtcaaagtgtcgatctctgcagcatctagatattcaacgtgcaaagtttt 33708618  T
Q  205 tgaatgatcagcgtatcaatgagttgtctgtatatcttgctgatttggtgtctataaacgtcagcggttgttaccagctcacctattcagccttctttgc 304  Q
    |||||||||  ||| |||||| | ||| || || ||||| |||||| ||||||||||| || || |||||| || |||||||| ||||||||||||||||    
T  33708619 tgaatgatcgtcgtttcaatgtgctgtgtgcatttcttggtgatttagtgtctataaatgtgagtggttgtgacaagctcaccaattcagccttctttgc 33708718  T
Q  305 actccttaggaactgtcctttgctcgctgagatcagaatg 344  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  33708719 actccttaggaactgtcctttgctcactgagatcagaatg 33708758  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 103; E-Value: 3e-51
Query Start/End: Original strand, 154 - 344
Target Start/End: Original strand, 33714403 - 33714593
Alignment:
Q  154 tgtcaaagtgtcgatttctacagcttctagatcttcaagatgcaaagtttttgaatgatcagcgtatcaatgagttgtctgtatatcttgctgatttggt 253  Q
    ||||||| ||||||| ||| |||| |||||||||||||  ||||||||||||||||||||||| | |||||||| ||| || || ||||| |||||| ||    
T  33714403 tgtcaaattgtcgatctctgcagcatctagatcttcaatgtgcaaagtttttgaatgatcagcatttcaatgagctgtgtgcatttcttggtgatttagt 33714502  T
Q  254 gtctataaacgtcagcggttgttaccagctcacctattcagccttctttgcactccttaggaactgtcctttgctcgctgagatcagaatg 344  Q
    ||||||||| || || |||||| || | |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  33714503 gtctataaatgtgagtggttgtgacgacctcaccaattcagccttctttgcactccttaggaactgtcctttgctcactgagatcagaatg 33714593  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 77; E-Value: 1e-35
Query Start/End: Original strand, 5 - 338
Target Start/End: Complemental strand, 33397214 - 33396875
Alignment:
Q  5 gagtttgaagggattaacttgtcttgatttgtctttttcatgcatttctgatttcttgctttgctctctagcacttgaagctcttcctttgagggaactt 104  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||  |||  ||||     |||||||||  ||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  33397214 gagtttgaagagattaacttgtcttgatttgtccttttcactcatcactgacgagctgctttgcttactagcacttgaagctcttcctttgaggaaactt 33397115  T
Q  105 atcctccaagattgcttcaattatacatatcatgggatctcttatctactgtcaaagtgtcgatttctacagcttctagatcttcaagatg------caa 198  Q
     ||||||   | ||||||    ||||| ||  |||||||||||| ||  |||||| |||||||| ||| |||| ||||||||||||| ||       |||    
T  33397114 gtcctccgcaaatgcttcggacatacaaatgctgggatctcttacctcttgtcaaggtgtcgatctctgcagcatctagatcttcaaaattttgagtcaa 33397015  T
Q  199 agtttttgaatgatcagcgtatcaatgagttgtctgtatatcttgctgatttggtgtctataaacgtcagcggttgttaccagctcacctattcagcctt 298  Q
    | | |||||||| |||  || |||  || |||| ||||| ||||| ||||||||||||||||||| |||  |||||| || |||||| | || |||||||    
T  33397014 aatatttgaatgttcaaagtttcatggacttgtgtgtatttcttggtgatttggtgtctataaacctcaatggttgtgacaagctcaacaatgcagcctt 33396915  T
Q  299 ctttgcactccttaggaactgtcctttgctcgctgagatc 338  Q
     ||||||||||||| ||| |||||||||||  ||||||||    
T  33396914 atttgcactccttaagaattgtcctttgctgactgagatc 33396875  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 57; E-Value: 1e-23
Query Start/End: Original strand, 68 - 344
Target Start/End: Original strand, 37580285 - 37580561
Alignment:
Q  68 ctctctagcacttgaagctcttcctttgagggaacttatcctccaagattgcttcaattatacatatcatgggatctcttatctactgtcaaagtgtcga 167  Q
    |||| ||||||||||  ||| |||||||||| ||||| ||||| ||||||||| ||| || ||||||  |||||| | |||| || |||||||||||| |    
T  37580285 ctctttagcacttgaccctcctcctttgaggaaacttgtcctcaaagattgctccaactacacatattctgggatatattatttattgtcaaagtgtcaa 37580384  T
Q  168 tttctacagcttctagatcttcaagatgcaaagtttttgaatgatcagcgtatcaatgagttgtctgtatatcttgctgatttggtgtctataaacgtca 267  Q
    |  ||  ||| ||||||| ||||| | |||| ||||||||||||||  | | ||||| || |||  |  | ||||| ||||||||||| ||| || || |    
T  37580385 tcactgaagcatctagatattcaaaaagcaacgtttttgaatgatccacttttcaataagctgtgcgcttttcttggtgatttggtgtttattaatgtga 37580484  T
Q  268 gcggttgttaccagctcacctattcagccttctttgcactccttaggaactgtcctttgctcgctgagatcagaatg 344  Q
    | |||||| |   ||||||| |||  ||||| ||||||||||||| |||||||||||| ||| ||||||||| ||||    
T  37580485 gtggttgtgaattgctcaccaattttgccttgtttgcactccttaagaactgtcctttactcactgagatcaaaatg 37580561  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 49; E-Value: 6e-19
Query Start/End: Original strand, 80 - 212
Target Start/End: Original strand, 33093407 - 33093539
Alignment:
Q  80 tgaagctcttcctttgagggaacttatcctccaagattgcttcaattatacatatcatgggatctcttatctactgtcaaagtgtcgatttctacagctt 179  Q
    ||||| ||||||||| ||| | ||| |||| |||||||||| | | |||||||||   |||||||||||| |  ||||||||||| ||||| | |||| |    
T  33093407 tgaagatcttcctttaaggaaccttgtccttcaagattgctgcgaatatacatatttcgggatctcttatttcttgtcaaagtgtagatttgtgcagcat 33093506  T
Q  180 ctagatcttcaagatgcaaagtttttgaatgat 212  Q
    ||| |||||||| ||||||||||||||||||||    
T  33093507 ctaaatcttcaaaatgcaaagtttttgaatgat 33093539  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #9
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000003
Query Start/End: Original strand, 5 - 81
Target Start/End: Original strand, 33714285 - 33714361
Alignment:
Q  5 gagtttgaagggattaacttgtcttgatttgtctttttcatgcatttctgatttcttgctttgctctctagcacttg 81  Q
    |||||| ||| | |||||||||||||||||||| | |||||||||| ||||||  ||||||| ||||||||||||||    
T  33714285 gagtttaaagcgcttaacttgtcttgatttgtcctattcatgcattactgattcgttgctttactctctagcacttg 33714361  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 102; Significance: 1e-50; HSPs: 1)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 102; E-Value: 1e-50
Query Start/End: Original strand, 5 - 275
Target Start/End: Original strand, 18723738 - 18724010
Alignment:
Q  5 gagtttgaagggattaacttgtcttgatttgtctttttcatgcatttctgatttcttgctttgctctctagcacttgaagctcttcctttgagggaactt 104  Q
    |||||||||| | ||||||||||||||   ||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||    
T  18723738 gagtttgaagcgcttaacttgtcttgaccagtccttttcatgcattactgatttcttgctttgctctctagcacttgaagctcttcctttgagcaaactt 18723837  T
Q  105 atcctccaagattgcttcaattat--acatatcatgggatctcttatctactgtcaaagtgtcgatttctacagcttctagatcttcaagatgcaaagtt 202  Q
     ||  |||||||| || ||  |||  ||||||   ||||||||||||||  ||||||||||||||||||| || | |||||||||| || ||||||  ||    
T  18723838 gtctcccaagattactgcacatatacacatataccgggatctcttatctcttgtcaaagtgtcgatttctgcaacatctagatctttaaaatgcaatctt 18723937  T
Q  203 tttgaatgatcagcgtatcaatgagttgtctgtatatcttgctgatttggtgtctataaacgtcagcggttgt 275  Q
    ||||||| ||   ||| |||||||||||| ||||| ||||| |||||| ||||||||||| || || ||||||    
T  18723938 tttgaataattgtcgtttcaatgagttgtatgtatttcttgatgatttcgtgtctataaatgtgagtggttgt 18724010  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 30; Significance: 0.0000001; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 5 - 46
Target Start/End: Original strand, 3438040 - 3438081
Alignment:
Q  5 gagtttgaagggattaacttgtcttgatttgtctttttcatg 46  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||| | ||||||    
T  3438040 gagtctgaagggattaacttgtcttgatttgtcgtcttcatg 3438081  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University