View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF1583_high_68 (Length: 226)

Name: NF1583_high_68
Description: NF1583
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF1583_high_68
NF1583_high_68
[»] chr1 (1 HSPs)
chr1 (1-208)||(36314676-36314883)
[»] chr8 (19 HSPs)
chr8 (1-208)||(19345054-19345261)
chr8 (6-210)||(19390473-19390677)
chr8 (1-208)||(19504082-19504289)
chr8 (1-210)||(19337338-19337547)
chr8 (29-208)||(19468616-19468795)
chr8 (29-208)||(19555537-19555716)
chr8 (26-205)||(19376527-19376706)
chr8 (1-210)||(19355358-19355567)
chr8 (37-208)||(19410701-19410872)
chr8 (37-208)||(19457720-19457891)
chr8 (37-208)||(19523187-19523358)
chr8 (1-202)||(19287599-19287800)
chr8 (1-202)||(19172846-19173047)
chr8 (37-208)||(19469552-19469723)
chr8 (37-208)||(19540476-19540647)
chr8 (37-208)||(19592051-19592222)
chr8 (3-208)||(19404635-19404840)
chr8 (69-202)||(19370913-19371046)
chr8 (69-202)||(19341133-19341266)
[»] chr6 (1 HSPs)
chr6 (1-205)||(19542951-19543155)


Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 196; Significance: 1e-107; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 196; E-Value: 1e-107
Query Start/End: Original strand, 1 - 208
Target Start/End: Complemental strand, 36314883 - 36314676
Alignment:
Q  1 tttcatggttgactcctttgctacaaacttcaggtgaatttagtcttgaatgggaaccaaaacaaggtgaattgaacatcaaaaaacgcggcaaagtgta 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  36314883 tttcatggttgactcctttgctacaaacgtcaggtgaatttagtcttgaatgggaaccaaaacaaggtgaattgaacatcaaaaaacgcgggaaagtgta 36314784  T
Q  101 ttggaaaagtggaaaacttaaaagcaatggaatgttcgagaacattccaatgaatgttcaacatatgtatcagtacattattgtttctaacaagaatgaa 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36314783 ttggaaaagtggaaaacttaaaagcaatggaatgttcgagaacattccagtgaatgttcaacatatgtatcagtacattattgtttctaacaagaatgaa 36314684  T
Q  201 gattcttt 208  Q
    ||||||||    
T  36314683 gattcttt 36314676  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 136; Significance: 4e-71; HSPs: 19)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 136; E-Value: 4e-71
Query Start/End: Original strand, 1 - 208
Target Start/End: Original strand, 19345054 - 19345261
Alignment:
Q  1 tttcatggttgactcctttgctacaaacttcaggtgaatttagtcttgaatgggaaccaaaacaaggtgaattgaacatcaaaaaacgcggcaaagtgta 100  Q
    |||||||| ||||||||| ||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||| |||||| || |||    
T  19345054 tttcatggatgactccttcgctaccaactccaggtgaatttagtcttgaatgggaaccaaaagaaggtgaattgaacatcaagaaaagcggcatagcgta 19345153  T
Q  101 ttggaaaagtggaaaacttaaaagcaatggaatgttcgagaacattccaatgaatgttcaacatatgtatcagtacattattgtttctaacaagaatgaa 200  Q
    ||||||||| ||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||| | ||| ||||||| ||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  19345154 ttggaaaagcggaaaacttaatagcaatggaatattcgagaacattcccacgaaagttcaacgtatatatcagtacattattgtctctaacaagaatgaa 19345253  T
Q  201 gattcttt 208  Q
    ||||||||    
T  19345254 gattcttt 19345261  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 133; E-Value: 3e-69
Query Start/End: Original strand, 6 - 210
Target Start/End: Original strand, 19390473 - 19390677
Alignment:
Q  6 tggttgactcctttgctacaaacttcaggtgaatttagtcttgaatgggaaccaaaacaaggtgaattgaacatcaaaaaacgcggcaaagtgtattgga 105  Q
    |||||| || ||| ||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  19390473 tggttggcttcttcgctaccaactccaggtgaatttagtcttgaatgggaaccaaaacaaggggaattgaacatcaagaaacgcggcaaagtgtattgga 19390572  T
Q  106 aaagtggaaaacttaaaagcaatggaatgttcgagaacattccaatgaatgttcaacatatgtatcagtacattattgtttctaacaagaatgaagattc 205  Q
    |||| ||||||||||||||||||||  | ||||||||||||||  |||||||||||| ||| ||||| ||||||||||| ||||||||| ||||||||||    
T  19390573 aaagcggaaaacttaaaagcaatggtttattcgagaacattccggtgaatgttcaacgtatatatcaatacattattgtctctaacaaggatgaagattc 19390672  T
Q  206 ttttg 210  Q
    |||||    
T  19390673 ttttg 19390677  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 124; E-Value: 6e-64
Query Start/End: Original strand, 1 - 208
Target Start/End: Complemental strand, 19504289 - 19504082
Alignment:
Q  1 tttcatggttgactcctttgctacaaacttcaggtgaatttagtcttgaatgggaaccaaaacaaggtgaattgaacatcaaaaaacgcggcaaagtgta 100  Q
    |||||||||||||||||| ||||| |||| ||||| |||||||||||| ||||||||||||| || ||||||||||||| |  ||| ||||||||||| |    
T  19504289 tttcatggttgactccttcgctaccaactccaggtaaatttagtcttgtatgggaaccaaaagaacgtgaattgaacataaggaaaagcggcaaagtgca 19504190  T
Q  101 ttggaaaagtggaaaacttaaaagcaatggaatgttcgagaacattccaatgaatgttcaacatatgtatcagtacattattgtttctaacaagaatgaa 200  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |  || ||||||| ||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  19504189 ttggaaaagcggaaaacttaaaagcaatggaatattcgagaacattcccacaaaagttcaacgtatatatcagtacattattgtctctaacaagaatgaa 19504090  T
Q  201 gattcttt 208  Q
    ||||||||    
T  19504089 gattcttt 19504082  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 118; E-Value: 2e-60
Query Start/End: Original strand, 1 - 210
Target Start/End: Original strand, 19337338 - 19337547
Alignment:
Q  1 tttcatggttgactcctttgctacaaacttcaggtgaatttagtcttgaatgggaaccaaaacaaggtgaattgaacatcaaaaaacgcggcaaagtgta 100  Q
    ||||| ||||| ||| || ||||| |||| |||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||  ||| | ||||||||| |    
T  19337338 tttcacggttggctcattcgctaccaactccaggtgaacttagtcttgaatgggaaccaaaagaaggtgaattgaacatcaggaaaagtggcaaagtgca 19337437  T
Q  101 ttggaaaagtggaaaacttaaaagcaatggaatgttcgagaacattccaatgaatgttcaacatatgtatcagtacattattgtttctaacaagaatgaa 200  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||   ||| ||||||| ||| || |||||||||||||| ||||||||| |||||    
T  19337438 ttggaaaagtggaaaactcaaaagcaatggaatgttcgagaacattcctgcgaaagttcaacgtatataccagtacattattgtgtctaacaaggatgaa 19337537  T
Q  201 gattcttttg 210  Q
    ||||||||||    
T  19337538 gattcttttg 19337547  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 116; E-Value: 4e-59
Query Start/End: Original strand, 29 - 208
Target Start/End: Complemental strand, 19468795 - 19468616
Alignment:
Q  29 ttcaggtgaatttagtcttgaatgggaaccaaaacaaggtgaattgaacatcaaaaaacgcggcaaagtgtattggaaaagtggaaaacttaaaagcaat 128  Q
    |||||||||||||| ||| || ||||||||||||||||||||||||| |||||| ||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  19468795 ttcaggtgaatttaatctagattgggaaccaaaacaaggtgaattgatcatcaagaaaagcggcaaagtgtattggaaaagcggaaaacttaaaagcaat 19468696  T
Q  129 ggaatgttcgagaacattccaatgaatgttcaacatatgtatcagtacattattgtttctaacaagaatgaagattcttt 208  Q
    ||| | |||||||| |||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||  | |||||||||||    
T  19468695 ggattattcgagaatattccggtgaatgttcaacatatgtatcagtacattattgtctctaacaaagacgaagattcttt 19468616  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 116; E-Value: 4e-59
Query Start/End: Original strand, 29 - 208
Target Start/End: Complemental strand, 19555716 - 19555537
Alignment:
Q  29 ttcaggtgaatttagtcttgaatgggaaccaaaacaaggtgaattgaacatcaaaaaacgcggcaaagtgtattggaaaagtggaaaacttaaaagcaat 128  Q
    |||||||||||||| ||| || ||||||||||||||||||||||||| |||||| ||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  19555716 ttcaggtgaatttaatctagattgggaaccaaaacaaggtgaattgatcatcaagaaaagcggcaaagtgtattggaaaagcggaaaacttaaaagcaat 19555617  T
Q  129 ggaatgttcgagaacattccaatgaatgttcaacatatgtatcagtacattattgtttctaacaagaatgaagattcttt 208  Q
    ||| | |||||||| |||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||  | |||||||||||    
T  19555616 ggattattcgagaatattccggtgaatgttcaacatatgtatcagtacattattgtctctaacaaagacgaagattcttt 19555537  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 112; E-Value: 9e-57
Query Start/End: Original strand, 26 - 205
Target Start/End: Original strand, 19376527 - 19376706
Alignment:
Q  26 aacttcaggtgaatttagtcttgaatgggaaccaaaacaaggtgaattgaacatcaaaaaacgcggcaaagtgtattggaaaagtggaaaacttaaaagc 125  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||| ||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  19376527 aacttcaggtgaatttagtcttgagtgggaaccaaaacaaggtgaactgaacatcaagaaaagcggcaaagtgtattggaaaagcggaaaacttaaaagc 19376626  T
Q  126 aatggaatgttcgagaacattccaatgaatgttcaacatatgtatcagtacattattgtttctaacaagaatgaagattc 205  Q
    |||||| | |||||||| |||||    ||||||||| ||||||||| |||||| ||||| ||||||||| ||||||||||    
T  19376627 aatggattattcgagaatattccggccaatgttcaaaatatgtatcggtacatcattgtctctaacaaggatgaagattc 19376706  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #8
Raw Score: 110; E-Value: 1e-55
Query Start/End: Original strand, 1 - 210
Target Start/End: Original strand, 19355358 - 19355567
Alignment:
Q  1 tttcatggttgactcctttgctacaaacttcaggtgaatttagtcttgaatgggaaccaaaacaaggtgaattgaacatcaaaaaacgcggcaaagtgta 100  Q
    ||||| ||||| ||| || || || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |  ||| ||||||||||| |    
T  19355358 tttcacggttggctcattcgcgaccaacttcaggtgaatttagtcttgaatgggaaccaaaagaaggtgaattgaacataaggaaaagcggcaaagtgca 19355457  T
Q  101 ttggaaaagtggaaaacttaaaagcaatggaatgttcgagaacattccaatgaatgttcaacatatgtatcagtacattattgtttctaacaagaatgaa 200  Q
    ||||||||| |||||||||| ||| |||||||| |||||||||||||||  ||| ||||||  ||| |||| |||||||||||| ||||||||| |||||    
T  19355458 ttggaaaagcggaaaacttagaagtaatggaatattcgagaacattccagcgaaagttcaaagtatatatcggtacattattgtgtctaacaaggatgaa 19355557  T
Q  201 gattcttttg 210  Q
    ||||||||||    
T  19355558 gattcttttg 19355567  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #9
Raw Score: 108; E-Value: 2e-54
Query Start/End: Original strand, 37 - 208
Target Start/End: Original strand, 19410701 - 19410872
Alignment:
Q  37 aatttagtcttgaatgggaaccaaaacaaggtgaattgaacatcaaaaaacgcggcaaagtgtattggaaaagtggaaaacttaaaagcaatggaatgtt 136  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| | ||    
T  19410701 aatttaatcttgaatgggaaccaaaacaaggtgaattgaacatcaagaaaagcggcaaagtgtattggaaaagcggaaaacttaaaagcaatggattatt 19410800  T
Q  137 cgagaacattccaatgaatgttcaacatatgtatcagtacattattgtttctaacaagaatgaagattcttt 208  Q
    |||||| |||||    |||||||||  || |||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||    
T  19410801 cgagaatattccggccaatgttcaaagtaggtatcagtacattattgtctctaacaaggatgaagattcttt 19410872  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #10
Raw Score: 108; E-Value: 2e-54
Query Start/End: Original strand, 37 - 208
Target Start/End: Original strand, 19457720 - 19457891
Alignment:
Q  37 aatttagtcttgaatgggaaccaaaacaaggtgaattgaacatcaaaaaacgcggcaaagtgtattggaaaagtggaaaacttaaaagcaatggaatgtt 136  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| | ||    
T  19457720 aatttaatcttgaatgggaaccaaaacaaggtgaattgaacatcaagaaaagcggcaaagtgtattggaaaagcggaaaacttaaaagcaatggattatt 19457819  T
Q  137 cgagaacattccaatgaatgttcaacatatgtatcagtacattattgtttctaacaagaatgaagattcttt 208  Q
    |||||| |||||    |||||||||  || |||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||    
T  19457820 cgagaatattccggccaatgttcaaagtaggtatcagtacattattgtctctaacaaggatgaagattcttt 19457891  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #11
Raw Score: 108; E-Value: 2e-54
Query Start/End: Original strand, 37 - 208
Target Start/End: Complemental strand, 19523358 - 19523187
Alignment:
Q  37 aatttagtcttgaatgggaaccaaaacaaggtgaattgaacatcaaaaaacgcggcaaagtgtattggaaaagtggaaaacttaaaagcaatggaatgtt 136  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| | ||    
T  19523358 aatttaatcttgaatgggaaccaaaacaaggtgaattgaacatcaagaaaagcggcaaagtgtattggaaaagcggaaaacttaaaagcaatggattatt 19523259  T
Q  137 cgagaacattccaatgaatgttcaacatatgtatcagtacattattgtttctaacaagaatgaagattcttt 208  Q
    |||||| |||||    |||||||||  || |||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||    
T  19523258 cgagaatattccggccaatgttcaaagtaggtatcagtacattattgtctctaacaaggatgaagattcttt 19523187  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #12
Raw Score: 106; E-Value: 3e-53
Query Start/End: Original strand, 1 - 202
Target Start/End: Original strand, 19287599 - 19287800
Alignment:
Q  1 tttcatggttgactcctttgctacaaacttcaggtgaatttagtcttgaatgggaaccaaaacaaggtgaattgaacatcaaaaaacgcggcaaagtgta 100  Q
    ||||||||||| ||| || ||||| || |||||||| ||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||  ||||||||||||||||    
T  19287599 tttcatggttggctcattcgctaccaaattcaggtggatttagtcttgaatgggaacctaaagaaggtgaattgaacatcaagcaacgcggcaaagtgta 19287698  T
Q  101 ttggaaaagtggaaaacttaaaagcaatggaatgttcgagaacattccaatgaatgttcaacatatgtatcagtacattattgtttctaacaagaatgaa 200  Q
    ||||||||| ||||||| || | |||||||  | ||||||||||||||| |||| ||||||| | ||||||| ||||||||||| ||||||||| |||||    
T  19287699 ttggaaaagcggaaaacgtagacgcaatggtttattcgagaacattccagtgaaagttcaacgtgtgtatcaatacattattgtctctaacaaggatgaa 19287798  T
Q  201 ga 202  Q
    ||    
T  19287799 ga 19287800  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #13
Raw Score: 102; E-Value: 8e-51
Query Start/End: Original strand, 1 - 202
Target Start/End: Complemental strand, 19173047 - 19172846
Alignment:
Q  1 tttcatggttgactcctttgctacaaacttcaggtgaatttagtcttgaatgggaaccaaaacaaggtgaattgaacatcaaaaaacgcggcaaagtgta 100  Q
    |||| |||||| |||||| |||||  | |||||||| ||||||| |||||||||||||||   |||||||||||||||||||  ||||||||||||||||    
T  19173047 tttcgtggttggctccttcgctaccgaattcaggtggatttagtgttgaatgggaaccaatggaaggtgaattgaacatcaagcaacgcggcaaagtgta 19172948  T
Q  101 ttggaaaagtggaaaacttaaaagcaatggaatgttcgagaacattccaatgaatgttcaacatatgtatcagtacattattgtttctaacaagaatgaa 200  Q
    ||||||||| ||||||||||| ||||||||| | ||| ||||||||| | |||| ||||||||| ||||||| ||||||||||| ||||||||| |||||    
T  19172947 ttggaaaagcggaaaacttaacagcaatggattattcaagaacattctagtgaaagttcaacatgtgtatcaatacattattgtctctaacaaggatgaa 19172848  T
Q  201 ga 202  Q
    ||    
T  19172847 ga 19172846  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #14
Raw Score: 100; E-Value: 1e-49
Query Start/End: Original strand, 37 - 208
Target Start/End: Complemental strand, 19469723 - 19469552
Alignment:
Q  37 aatttagtcttgaatgggaaccaaaacaaggtgaattgaacatcaaaaaacgcggcaaagtgtattggaaaagtggaaaacttaaaagcaatggaatgtt 136  Q
    |||||| ||||||||||| ||||||| |||| |||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| | ||    
T  19469723 aatttaatcttgaatggggaccaaaagaaggagaattgaacatcaagaaaagcggcaaagtgtattggaaaagcggaaaacttaaaagcaatggattatt 19469624  T
Q  137 cgagaacattccaatgaatgttcaacatatgtatcagtacattattgtttctaacaagaatgaagattcttt 208  Q
    |||||| |||||    ||||||||| ||| |||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||    
T  19469623 cgagaatattccggccaatgttcaaaataggtatcagtacattattgtctctaacaaggatgaagattcttt 19469552  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #15
Raw Score: 100; E-Value: 1e-49
Query Start/End: Original strand, 37 - 208
Target Start/End: Complemental strand, 19540647 - 19540476
Alignment:
Q  37 aatttagtcttgaatgggaaccaaaacaaggtgaattgaacatcaaaaaacgcggcaaagtgtattggaaaagtggaaaacttaaaagcaatggaatgtt 136  Q
    |||||| ||||||||||| ||||||| |||| |||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| | ||    
T  19540647 aatttaatcttgaatggggaccaaaagaaggagaattgaacatcaagaaaagcggcaaagtgtattggaaaagcggaaaacttaaaagcaatggattatt 19540548  T
Q  137 cgagaacattccaatgaatgttcaacatatgtatcagtacattattgtttctaacaagaatgaagattcttt 208  Q
    |||||| |||||    ||||||||| ||| |||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||    
T  19540547 cgagaatattccggccaatgttcaaaataggtatcagtacattattgtctctaacaaggatgaagattcttt 19540476  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #16
Raw Score: 100; E-Value: 1e-49
Query Start/End: Original strand, 37 - 208
Target Start/End: Original strand, 19592051 - 19592222
Alignment:
Q  37 aatttagtcttgaatgggaaccaaaacaaggtgaattgaacatcaaaaaacgcggcaaagtgtattggaaaagtggaaaacttaaaagcaatggaatgtt 136  Q
    |||||| ||||||||||| ||||||| |||| |||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| | ||    
T  19592051 aatttaatcttgaatggggaccaaaagaaggagaattgaacatcaagaaaagcggcaaagtgtattggaaaagcggaaaacttaaaagcaatggattatt 19592150  T
Q  137 cgagaacattccaatgaatgttcaacatatgtatcagtacattattgtttctaacaagaatgaagattcttt 208  Q
    |||||| |||||    ||||||||| ||| |||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||    
T  19592151 cgagaatattccggccaatgttcaaaataggtatcagtacattattgtctctaacaaggatgaagattcttt 19592222  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #17
Raw Score: 98; E-Value: 2e-48
Query Start/End: Original strand, 3 - 208
Target Start/End: Original strand, 19404635 - 19404840
Alignment:
Q  3 tcatggttgactcctttgctacaaacttcaggtgaatttagtcttgaatgggaaccaaaacaaggtgaattgaacatcaaaaaacgcggcaaagtgtatt 102  Q
    |||||||| ||||||| ||  | || ||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||| ||| | |||||||||||||    
T  19404635 tcatggttaactccttcgcggccaaattcaggtaaatttagtcttgagtgggaaccaaaacaaggtgaactgaacatcaagaaaagaggcaaagtgtatt 19404734  T
Q  103 ggaaaagtggaaaacttaaaagcaatggaatgttcgagaacattccaatgaatgttcaacatatgtatcagtacattattgtttctaacaagaatgaaga 202  Q
    ||||||| ||||||||||||||| ||||| | |||||||| |||||    |||||||||  ||||||||| |||| |||||| ||||||||| |||||||    
T  19404735 ggaaaagcggaaaacttaaaagcgatggattattcgagaatattccggccaatgttcaaactatgtatcaatacactattgtctctaacaaggatgaaga 19404834  T
Q  203 ttcttt 208  Q
    ||||||    
T  19404835 ttcttt 19404840  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #18
Raw Score: 62; E-Value: 6e-27
Query Start/End: Original strand, 69 - 202
Target Start/End: Original strand, 19370913 - 19371046
Alignment:
Q  69 gaattgaacatcaaaaaacgcggcaaagtgtattggaaaagtggaaaacttaaaagcaatggaatgttcgagaacattccaatgaatgttcaacatatgt 168  Q
    ||||||||||| || ||||  ||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||| | |||||||||||||||  |||||| |||||| |||    
T  19370913 gaattgaacattaagaaacaaggcaaagtgcattggaaaagtggaaaacttagaagcaatggattattcgagaacattccagagaatgtccaacatgtgt 19371012  T
Q  169 atcagtacattattgtttctaacaagaatgaaga 202  Q
    |||  ||||| ||||| ||||||||  |||||||    
T  19371013 atcgatacatgattgtctctaacaaagatgaaga 19371046  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #19
Raw Score: 54; E-Value: 4e-22
Query Start/End: Original strand, 69 - 202
Target Start/End: Original strand, 19341133 - 19341266
Alignment:
Q  69 gaattgaacatcaaaaaacgcggcaaagtgtattggaaaagtggaaaacttaaaagcaatggaatgttcgagaacattccaatgaatgttcaacatatgt 168  Q
    ||||||||||| || ||||  ||||||||| ||||||||||||||||||||  |||||||||| | ||||||||||||| |  |||||| |||||| |||    
T  19341133 gaattgaacattaagaaacaaggcaaagtgcattggaaaagtggaaaacttggaagcaatggattattcgagaacattctagagaatgtccaacatgtgt 19341232  T
Q  169 atcagtacattattgtttctaacaagaatgaaga 202  Q
    |||  ||||| ||||| ||||||||  |||||||    
T  19341233 atcgatacatgattgtctctaacaaagatgaaga 19341266  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 93; Significance: 2e-45; HSPs: 1)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 93; E-Value: 2e-45
Query Start/End: Original strand, 1 - 205
Target Start/End: Original strand, 19542951 - 19543155
Alignment:
Q  1 tttcatggttgactcctttgctacaaacttcaggtgaatttagtcttgaatgggaaccaaaacaaggtgaattgaacatcaaaaaacgcggcaaagtgta 100  Q
    |||||||| ||||||||| ||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||| | ||||| ||| |||||||||||||    
T  19542951 tttcatggatgactccttcgctatcaacttcaggtgaatttagtcttgaatgggaaccaaagcaacgtgaattggaaatcaagaaaagcggcaaagtgta 19543050  T
Q  101 ttggaaaagtggaaaacttaaaagcaatggaatgttcgagaacattccaatgaatgttcaacatatgtatcagtacattattgtttctaacaagaatgaa 200  Q
    ||||||||| |||||||||| ||| |||||  | |||| |||||| ||   ||||||||||| | ||||| | ||||||||||||||||| ||  |||||    
T  19543051 ttggaaaagcggaaaacttagaagaaatgggttattcgtgaacataccggcgaatgttcaacgtgtgtatgaatacattattgtttctaagaaagatgaa 19543150  T
Q  201 gattc 205  Q
    |||||    
T  19543151 gattc 19543155  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University