View Alignment
This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.
| Legend |
| | Query |
| | Query hiting target |
| Query hiting target's complemental strand |
| | Query's complemental strand hiting target |
| Query's complemental strand hiting target's complemental strand |
|
Alignment Overview
Query: NF1584-INSERTION-2 (Length: 664)
Name: NF1584-INSERTION-2
Description: NF1584
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)
| [»] NF1584-INSERTION-2 |
 | |
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| [»] chr1 (3 HSPs) |
| |
|
Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 450; Significance: 0; HSPs: 3)
Name: chr1
Description:
Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 450; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 8 - 664
Target Start/End: Complemental strand, 50281537 - 50280893
Alignment:
| Q |
8 |
tatgtgtgtatatttgatgtatgaagagtaggaatgtccttatttttcagtgtttatcaaccgtgtcttggtgcaatggtgttggaaatgaggctcttgt |
107 |
Q |
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| T |
50281537 |
tatgtgtatatatttgatgtatgaagagtgggaatgtccttatttttcagtgtttatcaaccgtgtcttggtgcaatggtgttggaaatgaggctcttgt |
50281438 |
T |
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| Q |
108 |
agttgttgaatccaacgatcaatgcaagactaagggtcaatctgatgagcacaaggttgttgannnnnnnctaccacttttattgtgactttgtgctatc |
207 |
Q |
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| T |
50281437 |
agttgttgaatccaaggatcaatgcaagactaagggtcaatctgatgagcacaaggttgtt-------------------tattgtgactttgtgctatc |
50281357 |
T |
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| Q |
208 |
taattcaaatttaaattatgttacatttctgctgctgatacatttatttatgtggttgcannnnnnnagactcttcgtcggctgatgcagaatcgcgagg |
307 |
Q |
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| T |
50281356 |
taattcaaatttaaattatgttacatttctgctgctgatacatttatttatgtggttgcatttttttagactcttcgtcggctgatgcagaatcgcgagg |
50281257 |
T |
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| Q |
308 |
ctgcaaggaaaagtagattaaggaaaaaggtaattgctttgatcccaacttatgatatgtct--tgcgtgtgttgtatttaaactaatttctgctttgat |
405 |
Q |
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| T |
50281256 |
ctgcaaggaaaagtaggttaaggaaaaaggtaattgctttgatcccaacttatgatatgtcttgtgtgtgtgttgtatttaaacaaatttctgctttgat |
50281157 |
T |
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| Q |
406 |
gtgtttagtcgagtatccgcg--nnnnnnnnnnnnngggttaatttaataagtccttacaaacttataaacatttattagtagtactgtaatacttaaat |
503 |
Q |
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| T |
50281156 |
gtgtttagtcgagtatccacgtttttttatttttttgggttaacttaataagtccttacaaacttataaacatttattagcagtactgtaatacttaaat |
50281057 |
T |
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| Q |
504 |
aagaaatcttctgaaaaattgttatgccttaggacataagagtttttgataacttattaagatgcaaaagttgatgtgagattctt---ataatactttc |
600 |
Q |
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| T |
50281056 |
aagaaaccttctgaaaaattgttatgccttaggacataagagtttttgataacttattaagatgcaaaagttaatgtaagattcttataataatactttc |
50280957 |
T |
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| Q |
601 |
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664 |
Q |
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| T |
50280956 |
atttttcataaatgatcatctaatttgacttttgggattggaagagctattctgatgcattgaa |
50280893 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 450; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 8 - 664
Target Start/End: Complemental strand, 50289181 - 50288537
Alignment:
| Q |
8 |
tatgtgtgtatatttgatgtatgaagagtaggaatgtccttatttttcagtgtttatcaaccgtgtcttggtgcaatggtgttggaaatgaggctcttgt |
107 |
Q |
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| T |
50289181 |
tatgtgtatatatttgatgtatgaagagtgggaatgtccttatttttcagtgtttatcaaccgtgtcttggtgcaatggtgttggaaatgaggctcttgt |
50289082 |
T |
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| Q |
108 |
agttgttgaatccaacgatcaatgcaagactaagggtcaatctgatgagcacaaggttgttgannnnnnnctaccacttttattgtgactttgtgctatc |
207 |
Q |
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| T |
50289081 |
agttgttgaatccaaggatcaatgcaagactaagggtcaatctgatgagcacaaggttgtt-------------------tattgtgactttgtgctatc |
50289001 |
T |
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| Q |
208 |
taattcaaatttaaattatgttacatttctgctgctgatacatttatttatgtggttgcannnnnnnagactcttcgtcggctgatgcagaatcgcgagg |
307 |
Q |
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| T |
50289000 |
taattcaaatttaaattatgttacatttctgctgctgatacatttatttatgtggttgcatttttttagactcttcgtcggctgatgcagaatcgcgagg |
50288901 |
T |
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| Q |
308 |
ctgcaaggaaaagtagattaaggaaaaaggtaattgctttgatcccaacttatgatatgtct--tgcgtgtgttgtatttaaactaatttctgctttgat |
405 |
Q |
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| T |
50288900 |
ctgcaaggaaaagtaggttaaggaaaaaggtaattgctttgatcccaacttatgatatgtcttgtgtgtgtgttgtatttaaacaaatttctgctttgat |
50288801 |
T |
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| Q |
406 |
gtgtttagtcgagtatccgcg--nnnnnnnnnnnnngggttaatttaataagtccttacaaacttataaacatttattagtagtactgtaatacttaaat |
503 |
Q |
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| T |
50288800 |
gtgtttagtcgagtatccacgtttttttatttttttgggttaacttaataagtccttacaaacttataaacatttattagcagtactgtaatacttaaat |
50288701 |
T |
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| Q |
504 |
aagaaatcttctgaaaaattgttatgccttaggacataagagtttttgataacttattaagatgcaaaagttgatgtgagattctt---ataatactttc |
600 |
Q |
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| T |
50288700 |
aagaaaccttctgaaaaattgttatgccttaggacataagagtttttgataacttattaagatgcaaaagttaatgtaagattcttataataatactttc |
50288601 |
T |
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| Q |
601 |
atttttcataaatgatcatctaatttgacttttgggaatggaagagctattctgttgcattgaa |
664 |
Q |
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| T |
50288600 |
atttttcataaatgatcatctaatttgacttttgggattggaagagctattctgatgcattgaa |
50288537 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 446; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 8 - 664
Target Start/End: Complemental strand, 50277513 - 50276869
Alignment:
| Q |
8 |
tatgtgtgtatatttgatgtatgaagagtaggaatgtccttatttttcagtgtttatcaaccgtgtcttggtgcaatggtgttggaaatgaggctcttgt |
107 |
Q |
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| T |
50277513 |
tatgtgtatatatttgatgtatgaagagtgggaatgtccttatttttctgtgtttatcaaccgtgtcttggtgcaatggtgttggaaatgaggctcttgt |
50277414 |
T |
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| Q |
108 |
agttgttgaatccaacgatcaatgcaagactaagggtcaatctgatgagcacaaggttgttgannnnnnnctaccacttttattgtgactttgtgctatc |
207 |
Q |
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| T |
50277413 |
agttgttgaatccaaggatcaatgcaagactaagggtcaatctgatgagcacaaggttgtt-------------------tattgtgactttgtgctatc |
50277333 |
T |
|
| Q |
208 |
taattcaaatttaaattatgttacatttctgctgctgatacatttatttatgtggttgcannnnnnnagactcttcgtcggctgatgcagaatcgcgagg |
307 |
Q |
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| T |
50277332 |
taattcaaatttaaattatgttacatttctgctgctgatacatttatttatgtggttgcatttttttagactcttcgtcggctgatgcagaatcgcgagg |
50277233 |
T |
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| Q |
308 |
ctgcaaggaaaagtagattaaggaaaaaggtaattgctttgatcccaacttatgatatgtct--tgcgtgtgttgtatttaaactaatttctgctttgat |
405 |
Q |
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| T |
50277232 |
ctgcaaggaaaagtaggttaaggaaaaaggtaattgctttgatcccaacttatgatatgtcttgtgtgtgtgttgtatttaaacaaatttctgctttgat |
50277133 |
T |
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| Q |
406 |
gtgtttagtcgagtatccgcg--nnnnnnnnnnnnngggttaatttaataagtccttacaaacttataaacatttattagtagtactgtaatacttaaat |
503 |
Q |
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| T |
50277132 |
gtgtttagtcgagtatccacgtttttttatttttttgggttaacttaataagtccttacaaacttataaacatttattagcagtactgtaatacttaaat |
50277033 |
T |
|
| Q |
504 |
aagaaatcttctgaaaaattgttatgccttaggacataagagtttttgataacttattaagatgcaaaagttgatgtgagattctt---ataatactttc |
600 |
Q |
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| T |
50277032 |
aagaaaccttctgaaaaattgttatgccttaggacataagagtttttgataacttattaagatgcaaaagttaatgtaagattcttataataatactttc |
50276933 |
T |
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| Q |
601 |
atttttcataaatgatcatctaatttgacttttgggaatggaagagctattctgttgcattgaa |
664 |
Q |
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| T |
50276932 |
atttttcataaatgatcatctaatttgacttttgggattggaagagctattctgatgcattgaa |
50276869 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr3 (Bit Score: 333; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:
Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 333; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 8 - 423
Target Start/End: Original strand, 14461328 - 14461745
Alignment:
| Q |
8 |
tatgtgtgtatatttgatgtatgaagagtaggaatgtccttatttttcagtgtttatcaaccgtgtcttggtgcaatggtgttggaaatgaggctcttgt |
107 |
Q |
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| T |
14461328 |
tatgtgtatatatttgatgtatgaagagtgggaatgtccttatttttcggtgtttatcaaccgtgtcttggtgcaatggtgttggaaatgaggctcttgt |
14461427 |
T |
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| Q |
108 |
agttgttgaatccaacgatcaatgcaagactaagggtcaatctgatgagcacaaggttgttgannnnnnnctaccacttttattgtgactttgtgctatc |
207 |
Q |
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| T |
14461428 |
agttgttgaatccaaggatcaatgcaagactaagggtcaatctgatgagcacaaggttgttgatttttttctaccacttttattgtgactttgtgctatc |
14461527 |
T |
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| Q |
208 |
taattcaaatttaaattatgttacatttctgctgctgatacatttatttatgtggttgcannnnnnnagactcttcgtcggctgatgcagaatcgcgagg |
307 |
Q |
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| T |
14461528 |
taattcaaatttaaattatgttacatttctgctgctgatacatttatttatgtggttgcatttttttagactcttcgtcggctgatgcagaatcgcgagg |
14461627 |
T |
|
| Q |
308 |
ctgcaaggaaaagtagattaaggaaaaaggtaattgctttgatcccaacttatgatatgtct--tgcgtgtgttgtatttaaactaatttctgctttgat |
405 |
Q |
| |
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|
| T |
14461628 |
ctgcaaggaaaagtaggttaaggaaaaaggtaattgatttgattccaacttatgatatgtcttgtgtgtgtgttgtatttaaactaatttctgctttgat |
14461727 |
T |
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| Q |
406 |
gtgtttagtcgagtatcc |
423 |
Q |
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| T |
14461728 |
gtgtttagtcgagtatcc |
14461745 |
T |
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Back To:
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