View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF15846_low_4 (Length: 501)

Name: NF15846_low_4
Description: NF15846
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF15846_low_4
NF15846_low_4
[»] chr4 (3 HSPs)
chr4 (13-483)||(9335749-9336219)
chr4 (20-477)||(30775099-30775556)
chr4 (15-452)||(35132299-35132727)
[»] chr7 (33 HSPs)
chr7 (14-483)||(8667260-8667729)
chr7 (13-479)||(10494236-10494702)
chr7 (13-479)||(13333318-13333784)
chr7 (13-477)||(8654290-8654754)
chr7 (17-477)||(8659207-8659667)
chr7 (21-477)||(1301308-1301768)
chr7 (23-477)||(17267789-17268243)
chr7 (15-477)||(8585570-8586032)
chr7 (23-452)||(17260091-17260520)
chr7 (361-483)||(8671488-8671610)
chr7 (250-477)||(8628609-8628836)
chr7 (19-477)||(27830739-27831197)
chr7 (53-477)||(8646757-8647181)
chr7 (22-478)||(3147113-3147577)
chr7 (17-477)||(6789356-6789816)
chr7 (248-477)||(8636207-8636436)
chr7 (144-465)||(8545604-8545924)
chr7 (144-477)||(8576297-8576630)
chr7 (144-477)||(8570282-8570615)
chr7 (235-477)||(8602036-8602278)
chr7 (144-477)||(8382740-8383073)
chr7 (248-477)||(8559408-8559637)
chr7 (322-465)||(8581849-8581992)
chr7 (149-478)||(29577532-29577864)
chr7 (144-474)||(29581708-29582038)
chr7 (137-371)||(8590602-8590836)
chr7 (245-473)||(8609989-8610217)
chr7 (132-270)||(7877804-7877942)
chr7 (403-477)||(8538266-8538340)
chr7 (37-84)||(8609781-8609828)
chr7 (412-476)||(7877598-7877662)
chr7 (38-74)||(8102532-8102568)
chr7 (227-303)||(39985700-39985776)
[»] chr2 (10 HSPs)
chr2 (17-474)||(16657384-16657841)
chr2 (134-477)||(16661856-16662199)
chr2 (50-477)||(7542103-7542530)
chr2 (17-478)||(14703252-14703713)
chr2 (49-425)||(12234565-12234941)
chr2 (17-452)||(43625256-43625691)
chr2 (49-477)||(12245270-12245698)
chr2 (49-447)||(12258475-12258873)
chr2 (49-477)||(11999283-11999698)
chr2 (227-279)||(17704117-17704169)
[»] chr1 (3 HSPs)
chr1 (19-477)||(4678422-4678879)
chr1 (17-477)||(15594878-15595345)
chr1 (249-483)||(34466651-34466885)
[»] chr5 (2 HSPs)
chr5 (17-300)||(28219762-28220045)
chr5 (332-485)||(28220110-28220263)
[»] chr8 (3 HSPs)
chr8 (97-314)||(43744740-43744957)
chr8 (321-454)||(43744997-43745130)
chr8 (144-477)||(12528475-12528808)
[»] chr6 (5 HSPs)
chr6 (242-468)||(28910651-28910877)
chr6 (410-479)||(11170807-11170876)
chr6 (418-467)||(11314610-11314659)
chr6 (410-478)||(11156507-11156575)
chr6 (410-478)||(11196960-11197028)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 451; Significance: 0; HSPs: 3)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 451; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 13 - 483
Target Start/End: Complemental strand, 9336219 - 9335749
Alignment:
Q  13 aatattcatacactcattgaaaaagtccatgttaagttcctcaaatttggcacgagtgattgatgaagaaaagtcgattcccataaataaagcatctacc 112  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9336219 aatattcatacactcattgaaaaagtccatgttaagttcctcaaatttggcacgagtgattgatgaagaaaagtcgattcccataaataaagcatctacc 9336120  T
Q  113 tcaacagtggtaacaaaagcaaaagacagtatcctttttgccctctcacaggcagttctcaacctccttaaggattttgggttccgactgatgtccactt 212  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |  ||||||||||||    
T  9336119 tcaacagtggtaacaaaagcaaaagacagtatcctttttgccctctcacaggcagttctcaacctccttaaggattttgggttctgcttgatgtccactt 9336020  T
Q  213 tattcttcttttttaactcttcaacaaaatagttaaccattctgttatcaaagtcctcgcctccaaggtgcgtgtttcctgcggtggcttttacttcgaa 312  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  9336019 tattcttcttttttaactcttccacaaaatagttaaccattctgttatcaaagtcctcgcctccaaggtgcgtgtttcctgcggtggcttttacttcaaa 9335920  T
Q  313 tagatcacccttaattgtgaggatagacacatcaaaagtaccgccacccagatcaaagacaaaaatatttcggttaccatcacagtcatttctcttatca 412  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9335919 tagatcacccttaattgtgaggatagacacatcaaaagtaccgccacccagatcaaagacaaaaatatttcggttaccatcacagtcatttctcttatca 9335820  T
Q  413 aggccatatgcaatagctgcagcagtaggttcattgattatccgaatgacattaaggccagcaatagtacc 483  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9335819 aggccatatgcaatagctgcagcagtaggttcattgattatccgaatgacattaaggccagcaatagtacc 9335749  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 70; E-Value: 2e-31
Query Start/End: Original strand, 20 - 477
Target Start/End: Original strand, 30775099 - 30775556
Alignment:
Q  20 atacactcattgaaaaagtccatgttaagttcctcaaatttggcacgagtgattgatgaagaaaagtcgattcccataaataaagcatctacctcaacag 119  Q
    ||||||||||| |||| |||||| || | ||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||| ||  |   |||||||  ||||| |||||||     
T  30775099 atacactcattaaaaaggtccatattgatttcctcaaacttgacacgagtgattgatgaagaaaagtcaatgtcttgaaataaattatctatctcaacaa 30775198  T
Q  120 tggtaacaaaagcaaaagacagtatcctttttgccctctcacaggcagttctcaacctccttaaggattttgggttccgactgatgtccactttattctt 219  Q
      || | |||    || || ||| ||||||||||| | ||||| ||||||||||||   || || | | |||| ||||   | |||||||| || |||||    
T  30775199 atgtgagaaacttgaaggagagtgtcctttttgccttttcacatgcagttctcaactgtctcaaagctcttggattcccggtaatgtccacgttgttctt 30775298  T
Q  220 cttttttaactcttcaacaaaatagttaaccattctgttatcaaagtcctcgcctccaaggtgcgtgtttcctgcggtggcttttacttcgaatagatca 319  Q
    | | || || || || ||||| || || | ||||||||||||||||||||| || || | ||| |||||||| || || ||||| ||||| || | ||||    
T  30775299 cgtcttaaattcctctacaaagtaattcaacattctgttatcaaagtcctctcccccgatgtgagtgtttccagcagttgctttaacttcaaacacatca 30775398  T
Q  320 cccttaattgtgaggatagacacatcaaaagtaccgccacccagatcaaagacaaaaatatttcggttaccatcacagtcatttctcttatcaaggccat 419  Q
     |  |||| ||||| | ||||||||||||||| || ||||| |||||||||||||||||||| |  | | |||||||   |  |||||| ||||| ||||    
T  30775399 tctctaatggtgagaagagacacatcaaaagtcccaccaccaagatcaaagacaaaaatattcctctcagcatcacacctacctctcttctcaagtccat 30775498  T
Q  420 atgcaatagctgcagcagtaggttcattgattatccgaatgacattaaggccagcaat 477  Q
    ||||||||||||| ||||| || ||||| ||||| |  || |||||||| ||||||||    
T  30775499 atgcaatagctgctgcagtgggctcattaattattctcataacattaagaccagcaat 30775556  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 70; E-Value: 2e-31
Query Start/End: Original strand, 15 - 452
Target Start/End: Original strand, 35132299 - 35132727
Alignment:
Q  15 tattcatacactcattgaaaaagtccatgttaagttcctcaaatttggcacgagtgattgatgaagaaaagtcgattcccataaataaagcatctacctc 114  Q
    |||||||||||||||| |||| |||    || | ||||||||| ||||| ||| |||||||||||||||| || || ||   |||||||| |||||| ||    
T  35132299 tattcatacactcattaaaaaggtctgcattcatttcctcaaacttggcgcgattgattgatgaagaaaaatcaatgccttgaaataaagaatctacttc 35132398  T
Q  115 aacagtggtaacaaaagcaaaagacagtatcctttttgccctctcacaggcagttctcaacctccttaaggattttgggttccgactgatgtccacttta 214  Q
    || | ||| ||||| |   ||||| |||   || ||||||||||  ||||||||||||||         || |||||  |||| ||| ||||| |||||     
T  35132399 aatattggcaacaacaaggaaagaaagtgatctctttgccctctagcaggcagttctcaa---------ggcttttgaattcccactaatgtctactttg 35132489  T
Q  215 ttcttcttttttaactcttcaacaaaatagttaaccattctgttatcaaagtcctcgcctccaaggtgcgtgtttcctgcggtggcttttacttcgaata 314  Q
    |||||  | || |||||||  ||||| ||||| ||||||||||||||||||||||| || || || || |||||||| || ||||| || |||| ||| |    
T  35132490 ttctttctcttgaactcttgtacaaagtagttcaccattctgttatcaaagtcctctccaccgagatgagtgtttccggcagtggccttaacttggaaga 35132589  T
Q  315 gatcacccttaattgtgaggatagacacatcaaaagtaccgccacccagatcaaagacaaaaatatttcggttaccatcacagtcatttctcttatcaag 414  Q
     || | ||||||| || || || || ||||||||||| || ||||| ||||| ||||||||||||||| | |  ||| |||| |||  |||||| |||||    
T  35132590 cattatccttaatagtaagtattgaaacatcaaaagtgccaccaccaagatcgaagacaaaaatattttgttctccagcacaatcagatctcttgtcaag 35132689  T
Q  415 gccatatgcaatagctgcagcagtaggttcattgatta 452  Q
    |||||||||||  ||||| |||||||||||||| ||||    
T  35132690 gccatatgcaaccgctgcggcagtaggttcattcatta 35132727  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 386; Significance: 0; HSPs: 33)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 386; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 14 - 483
Target Start/End: Original strand, 8667260 - 8667729
Alignment:
Q  14 atattcatacactcattgaaaaagtccatgttaagttcctcaaatttggcacgagtgattgatgaagaaaagtcgattcccataaataaagcatctacct 113  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  8667260 atattcatacactcattgaaaaagtccatgttaagttcctcaaatttagcacgagtaattgatgaacaaaagtcgattcccgtaaataaagcatctacct 8667359  T
Q  114 caacagtggtaacaaaagcaaaagacagtatcctttttgccctctcacaggcagttctcaacctccttaaggattttgggttccgactgatgtccacttt 213  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  8667360 caacagtggtaacaaaagcaaaagagagtatcctttttgccctctcacaggcagttctcaacctccttaaggattttgggttctgactgatgtccacttt 8667459  T
Q  214 attcttcttttttaactcttcaacaaaatagttaaccattctgttatcaaagtcctcgcctccaaggtgcgtgtttcctgcggtggcttttacttcgaat 313  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||| |||||||| ||||||||||| |||||||| ||||| ||     
T  8667460 attcttcttttttaactcctcaacaaaatagttcaccattctgttatcgaagtcctcgcccccaaggtgagtgtttcctgcagtggctttcacttcaaag 8667559  T
Q  314 agatcacccttaattgtgaggatagacacatcaaaagtaccgccacccagatcaaagacaaaaatatttcggttaccatcacagtcatttctcttatcaa 413  Q
    | |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||    
T  8667560 acatcacccttaattgtgaggatagacacatcaaaagtcccgccacccagatcaaagacaaaaatatttcggctaccatcacagtcatttctcttgtcaa 8667659  T
Q  414 ggccatatgcaatagctgcagcagtaggttcattgattatccgaatgacattaaggccagcaatagtacc 483  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  8667660 ggccatatgcaatagctgccgcagtaggttcattgattatccgaatgacattaagtccagcaatagtacc 8667729  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 343; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 13 - 479
Target Start/End: Complemental strand, 10494702 - 10494236
Alignment:
Q  13 aatattcatacactcattgaaaaagtccatgttaagttcctcaaatttggcacgagtgattgatgaagaaaagtcgattcccataaataaagcatctacc 112  Q
    |||||||||||||||  |||||||||| || |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  10494702 aatattcatacactcgatgaaaaagtctatattaatttcctcaaatttggcacgagtgattgatgaagaaaagtcgattcccataaataaagcatcgacc 10494603  T
Q  113 tcaacagtggtaacaaaagcaaaagacagtatcctttttgccctctcacaggcagttctcaacctccttaaggattttgggttccgactgatgtccactt 212  Q
    ||||| ||||| ||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||| |    
T  10494602 tcaacggtggtgacaaaagaaaaagagagtatcctttttgccctctcacaggcagttctcaacctccttaaggattttggattcccactgatgtccacgt 10494503  T
Q  213 tattcttcttttttaactcttcaacaaaatagttaaccattctgttatcaaagtcctcgcctccaaggtgcgtgtttcctgcggtggcttttacttcgaa 312  Q
    ||||||||||||| ||||| ||||||||||| || |||||||||||||| |||||||| || |||||||| ||||| ||||| |||||||||||||| ||    
T  10494502 tattcttctttttgaactcctcaacaaaataattcaccattctgttatcgaagtcctctcccccaaggtgagtgttacctgcagtggcttttacttcaaa 10494403  T
Q  313 tagatcacccttaattgtgaggatagacacatcaaaagtaccgccacccagatcaaagacaaaaatatttcggttaccatcacagtcatttctcttatca 412  Q
     | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||| ||||||| |||    
T  10494402 gacatcacccttaattgtgaggatagacacatcaaaagtaccaccacccagatcaaagacaaaaatatttcggttaccctcacaatcacttctcttgtca 10494303  T
Q  413 aggccatatgcaatagctgcagcagtaggttcattgattatccgaatgacattaaggccagcaatag 479  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10494302 aggccatatgcaatagctgcagcagtaggttcattgattatccgaatgacattaaggccagcaatag 10494236  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 323; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 13 - 479
Target Start/End: Complemental strand, 13333784 - 13333318
Alignment:
Q  13 aatattcatacactcattgaaaaagtccatgttaagttcctcaaatttggcacgagtgattgatgaagaaaagtcgattcccataaataaagcatctacc 112  Q
    |||||||||||||||  |||||||||| || |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  13333784 aatattcatacactcgatgaaaaagtctatattaatttcctcaaatttggcacgagtgattgatgaagaaaagtcgattcccataaataaagcatctact 13333685  T
Q  113 tcaacagtggtaacaaaagcaaaagacagtatcctttttgccctctcacaggcagttctcaacctccttaaggattttgggttccgactgatgtccactt 212  Q
    ||||||||||| ||||||| ||| || |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| || || |    
T  13333684 tcaacagtggtgacaaaagaaaaggagagtatccttttttccctctcacaggcagttctcaacctccttaaggattttgggttcccactgatatcgacgt 13333585  T
Q  213 tattcttcttttttaactcttcaacaaaatagttaaccattctgttatcaaagtcctcgcctccaaggtgcgtgtttcctgcggtggcttttacttcgaa 312  Q
    ||||||||||||| ||||| |||||||||||||| |||||||||||||| ||||| || || |||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||    
T  13333584 tattcttctttttgaactcctcaacaaaatagttcaccattctgttatcgaagtcttctcccccaaggtgagtgtttcctgcggtggcttttacttcaaa 13333485  T
Q  313 tagatcacccttaattgtgaggatagacacatcaaaagtaccgccacccagatcaaagacaaaaatatttcggttaccatcacagtcatttctcttatca 412  Q
     | ||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||  |||||| |||    
T  13333484 gacatcacccataattgtaaggatagacacatcaaaagtaccaccacccagatcaaagacaaaaatatttcgcttaccatcacaatcacgtctcttgtca 13333385  T
Q  413 aggccatatgcaatagctgcagcagtaggttcattgattatccgaatgacattaaggccagcaatag 479  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||    
T  13333384 aggccatatgcaatagctgcagcagtaggttcattgattattcgaatgatattaaggccagcaatag 13333318  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 289; E-Value: 1e-162
Query Start/End: Original strand, 13 - 477
Target Start/End: Original strand, 8654290 - 8654754
Alignment:
Q  13 aatattcatacactcattgaaaaagtccatgttaagttcctcaaatttggcacgagtgattgatgaagaaaagtcgattcccataaataaagcatctacc 112  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8654290 aatattgatacactcattgaaaaagtccatattaatttcctcaaatttagcacgagtgattgatgaagaaaagtcgattcccataaataaagcatctacc 8654389  T
Q  113 tcaacagtggtaacaaaagcaaaagacagtatcctttttgccctctcacaggcagttctcaacctccttaaggattttgggttccgactgatgtccactt 212  Q
    ||||||||||| ||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |  || || |||||||    
T  8654390 tcaacagtggtgacaaaagtaaaagagagtatcctttttgccctctcacaggcagttctcaacctccttaaggattttgggttaccgctaatttccactt 8654489  T
Q  213 tattcttcttttttaactcttcaacaaaatagttaaccattctgttatcaaagtcctcgcctccaaggtgcgtgtttcctgcggtggcttttacttcgaa 312  Q
    ||||||||||||| ||||| || ||||| ||||  |||||||||||||||||||| || || || |||||||||||||| || ||||||||||| || ||    
T  8654490 tattcttctttttgaactcctctacaaagtagtacaccattctgttatcaaagtcttctccccctaggtgcgtgtttccagcagtggcttttacgtcaaa 8654589  T
Q  313 tagatcacccttaattgtgaggatagacacatcaaaagtaccgccacccagatcaaagacaaaaatatttcggttaccatcacagtcatttctcttatca 412  Q
     | |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||| |||||||| || |||||||| || ||||||||| ||| | ||| ||| |||    
T  8654590 gacatcacccttaattgtgagtatagacacatcaaaagtaccaccaccaagatcaaataccaaaatattccgtttaccatcatagttacttcgcttgtca 8654689  T
Q  413 aggccatatgcaatagctgcagcagtaggttcattgattatccgaatgacattaaggccagcaat 477  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||| ||||| ||||||||    
T  8654690 aggccatatgcaatagctgcggcagtaggttcattgagtatccgaatgacgttaagtccagcaat 8654754  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 257; E-Value: 1e-143
Query Start/End: Original strand, 17 - 477
Target Start/End: Original strand, 8659207 - 8659667
Alignment:
Q  17 ttcatacactcattgaaaaagtccatgttaagttcctcaaatttggcacgagtgattgatgaagaaaagtcgattcccataaataaagcatctacctcaa 116  Q
    |||||||||||||| ||||  ||||| || | |||||||||  |||||||||||||| ||||| | ||||| ||||||  |||||||| ||| |||||||    
T  8659207 ttcatacactcattaaaaagatccatattcatttcctcaaacctggcacgagtgattaatgaacagaagtctattccctgaaataaagaatcgacctcaa 8659306  T
Q  117 cagtggtaacaaaagcaaaagacagtatcctttttgccctctcacaggcagttctcaacctccttaaggattttgggttccgactgatgtccactttatt 216  Q
    ||||||| |||||||||||||| ||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||| ||||||||||||||    
T  8659307 cagtggtgacaaaagcaaaagagagtgtcctctttgccctctcacaggcagttctcaacctccttaaggattttgggttaccactaatgtccactttatt 8659406  T
Q  217 cttcttttttaactcttcaacaaaatagttaaccattctgttatcaaagtcctcgcctccaaggtgcgtgtttcctgcggtggcttttacttcgaataga 316  Q
    ||||||||| ||||| || ||||| ||||| ||||||||| ||||||||||||| ||||||||||| |||||||| |  |||||||||||||| || | |    
T  8659407 cttctttttgaactcctctacaaagtagttcaccattctgctatcaaagtcctctcctccaaggtgagtgtttccagaagtggcttttacttcaaagaca 8659506  T
Q  317 tcacccttaattgtgaggatagacacatcaaaagtaccgccacccagatcaaagacaaaaatatttcggttaccatcacagtcatttctcttatcaaggc 416  Q
    |||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||| ||||||||| | |||||||||||||||  |||||| ||||  |    
T  8659507 tcacccttcattgtaaggatagacacatcaaaagtaccaccaccaagatcaaagaccaaaatattttgtttaccatcacagtcacctctcttgtcaaaac 8659606  T
Q  417 catatgcaatagctgcagcagtaggttcattgattatccgaatgacattaaggccagcaat 477  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||    
T  8659607 catatgcaatagctgcagcagtaggttcattaattatctgaatgacattaaggccagcaat 8659667  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 204; E-Value: 1e-111
Query Start/End: Original strand, 21 - 477
Target Start/End: Original strand, 1301308 - 1301768
Alignment:
Q  21 tacactcattgaaaaagtccatgttaagttcctcaaatttggcacgagtgattgatgaagaaaagtcgattcccataaataaagcatctacctcaacagt 120  Q
    |||||||||| ||||  ||||| |||| ||||||||| ||||||||||||||| ||||| | ||||||||||||  |||||||| ||| |||||||| ||    
T  1301308 tacactcattaaaaagatccatattaatttcctcaaacttggcacgagtgattaatgaacagaagtcgattccctgaaataaagaatcgacctcaacggt 1301407  T
Q  121 ggtaacaaaagcaaaagacagtatcctttttgccctctcacaggcagttctcaacctccttaaggattttgggttccgactgatgtccactttattcttc 220  Q
    ||| || ||||||||||| ||| ||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||  |||| | ||| ||||||||||||||||||    
T  1301408 ggtgactaaagcaaaagagagtgtcctttttgccctctcacacgcaattctcaacctccttaaggatttctggttaccactaatgtccactttattcttc 1301507  T
Q  221 ttttttaactcttcaacaaaatagttaaccattctgttatcaaagtcctcgcctccaaggtgcgtgtttcctgcggtggcttttacttcgaatagatcac 320  Q
    ||| | ||||| || ||||| ||| | |||||||| |||||||||||||| ||||||||||| || |||||  | |||||||||||||| || | ||| |    
T  1301508 tttctgaactcctctacaaagtagctcaccattctattatcaaagtcctctcctccaaggtgagtatttccaccagtggcttttacttcaaagacatcgc 1301607  T
Q  321 ccttaattgtgaggatagacacatcaaaagtaccgccacccagatcaaagacaaaaatatttcggttaccatcacagtcatttctcttatcaaggccata 420  Q
    |||| || || ||||||||||||||||||||||| || || || |||||||| |||||||| || ||||||||||||||| ||||||| ||||  |||||    
T  1301608 ccttgatggtaaggatagacacatcaaaagtaccaccgccaaggtcaaagaccaaaatattccgtttaccatcacagtcacttctcttgtcaaaaccata 1301707  T
Q  421 tgcaatagctgcagcag----taggttcattgattatccgaatgacattaaggccagcaat 477  Q
     ||||||||||||||||    |||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||    
T  1301708 cgcaatagctgcagcagtagctaggttcattaattatctgaatgacattaaggccagcaat 1301768  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 123; E-Value: 6e-63
Query Start/End: Original strand, 23 - 477
Target Start/End: Original strand, 17267789 - 17268243
Alignment:
Q  23 cactcattgaaaaagtccatgttaagttcctcaaatttggcacgagtgattgatgaagaaaagtcgattcccataaataaagcatctacctcaacagtgg 122  Q
    |||||||  |||| |||||| || | ||||||||| ||||||||||||||||| |||||||| || |  ||| |||||||||| |||||||||||| |||    
T  17267789 cactcatcaaaaaggtccatattgatttcctcaaacttggcacgagtgattgacgaagaaaaatcaacacccttaaataaagcgtctacctcaacattgg 17267888  T
Q  123 taacaaaagcaaaagacagtatcctttttgccctctcacaggcagttctcaacctccttaaggattttgggttccgactgatgtccactttattcttctt 222  Q
    | ||| | || ||||| ||| ||||||||||  | ||||| ||||||||||||||||| | || ||||||||||| |   || | || ||| || ||| |    
T  17267889 tcacagaggcgaaagaaagtgtcctttttgctttttcacatgcagttctcaacctcctcatggcttttgggttcccaacaattttcaatttttttttcct 17267988  T
Q  223 ttttaactcttcaacaaaatagttaaccattctgttatcaaagtcctcgcctccaaggtgcgtgtttcctgcggtggcttttacttcgaatagatcaccc 322  Q
    ||| |  || |||||||||||||  |||||||| |||||||||||||| || ||||| || |||| |||  ||||||| || |||||||| |  | | ||    
T  17267989 tttgatttcctcaacaaaatagtataccattctattatcaaagtcctcacccccaagatgagtgtctccaccggtggccttaacttcgaagaccttatcc 17268088  T
Q  323 ttaattgtgaggatagacacatcaaaagtaccgccacccagatcaaagacaaaaatatttcggttaccatcacagtcatttctcttatcaaggccatatg 422  Q
    |||||||| | || ||||||||||||||| || ||||| || ||||||||||||||||| || |   || |||||| | |||||||  ||||||||||||    
T  17268089 ttaattgtaacgagagacacatcaaaagtcccaccaccaaggtcaaagacaaaaatattccgttcttcaacacagttagttctcttgccaaggccatatg 17268188  T
Q  423 caatagctgcagcagtaggttcattgattatccgaatgacattaaggccagcaat 477  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||| |   |  |||||||||||||||||    
T  17268189 caatagctgcagcagttggttcattgattaccttcaatacattaaggccagcaat 17268243  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 119; E-Value: 1e-60
Query Start/End: Original strand, 15 - 477
Target Start/End: Complemental strand, 8586032 - 8585570
Alignment:
Q  15 tattcatacactcattgaaaaagtccatgttaagttcctcaaatttggcacgagtgattgatgaagaaaagtcgattcccataaataaagcatctacctc 114  Q
    |||| ||||||||||| |||| |||||| || | ||||||||| ||| |||| |||||||||||||| || ||||  |||  | |||||  ||| |  ||    
T  8586032 tatttatacactcattaaaaaggtccatattgatttcctcaaacttgacacgcgtgattgatgaagagaaatcgacgccctcacataaataatcaatttc 8585933  T
Q  115 aacagtggtaacaaaagcaaaagacagtatcctttttgccctctcacaggcagttctcaacctccttaaggattttgggttccgactgatgtccacttta 214  Q
    || ||| || || ||    ||||| ||| ||||||||||| | ||||| || ||||| |||| ||| || | | ||||||||  | | || ||||| ||     
T  8585932 aatagtagtgaccaatttgaaagaaagtgtcctttttgccttttcacatgccgttcttaaccgcctcaaagctcttgggttcttagtaatatccacattg 8585833  T
Q  215 ttcttcttttttaactcttcaacaaaatagttaaccattctgttatcaaagtcctcgcctccaaggtgcgtgtttcctgcggtggcttttacttcgaata 314  Q
    |||||  | || || || |||||||| ||||| | ||||||||||||||||||| | || |||||||| || ||||| ||||| ||||| ||||| || |    
T  8585832 ttctttctcttaaattcctcaacaaagtagttcaacattctgttatcaaagtcccctcccccaaggtgagtatttccagcggttgctttaacttcaaaga 8585733  T
Q  315 gatcacccttaattgtgaggatagacacatcaaaagtaccgccacccagatcaaagacaaaaatatttcggttaccatcacagtcatttctcttatcaag 414  Q
     |||||| ||||||||||||| ||||||||||||||| || ||||| |||||||| |||||||||||||| | ||||||||||| |  | | || |||||    
T  8585732 catcacctttaattgtgaggagagacacatcaaaagtcccaccaccaagatcaaacacaaaaatatttcgttcaccatcacagttacctttgttgtcaag 8585633  T
Q  415 gccatatgcaatagctgcagcagtaggttcattgattatccgaatgacattaaggccagcaat 477  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||  || |||||||||||||||||    
T  8585632 gccatatgcaatagctgcagcagtgggttcattgattatcctcataacattaaggccagcaat 8585570  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #9
Raw Score: 118; E-Value: 5e-60
Query Start/End: Original strand, 23 - 452
Target Start/End: Original strand, 17260091 - 17260520
Alignment:
Q  23 cactcattgaaaaagtccatgttaagttcctcaaatttggcacgagtgattgatgaagaaaagtcgattcccataaataaagcatctacctcaacagtgg 122  Q
    |||||||  |||| |||||| || | ||| ||||| ||||||||||||||||| |||||||| |  |  ||| |||||||||| |||||||||||| |||    
T  17260091 cactcataaaaaaggtccatattgatttcttcaaacttggcacgagtgattgacgaagaaaaattaacacccttaaataaagcgtctacctcaacattgg 17260190  T
Q  123 taacaaaagcaaaagacagtatcctttttgccctctcacaggcagttctcaacctccttaaggattttgggttccgactgatgtccactttattcttctt 222  Q
    | ||| | |||||||| ||| ||||||||||  | ||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||| | | ||||||| ||| ||| |  |    
T  17260191 tcacagaggcaaaagaaagtgtcctttttgctttttcacatgcagttctcaacctccttaaggcttttgggttcccaataatgtccaattttttcgttct 17260290  T
Q  223 ttttaactcttcaacaaaatagttaaccattctgttatcaaagtcctcgcctccaaggtgcgtgtttcctgcggtggcttttacttcgaatagatcaccc 322  Q
    ||| | ||| || ||||||||||  |||||||| |||||||||||||| || ||||| || |||| |||  ||||||| || |||||||| |  | | ||    
T  17260291 tttgatctcctctacaaaatagtacaccattctattatcaaagtcctcacccccaagatgagtgtctccaccggtggccttaacttcgaagaccttatcc 17260390  T
Q  323 ttaattgtgaggatagacacatcaaaagtaccgccacccagatcaaagacaaaaatatttcggttaccatcacagtcatttctcttatcaaggccatatg 422  Q
    |||||||| | || ||||||||||||||| || ||||| || ||||||||||||||||| ||      | |||| | | |||||||  ||||||||||||    
T  17260391 ttaattgtaacgagagacacatcaaaagtccccccaccaaggtcaaagacaaaaatattccgtacttaaacacaattagttctcttgacaaggccatatg 17260490  T
Q  423 caatagctgcagcagtaggttcattgatta 452  Q
    |||||||||||||| |||||||||| ||||    
T  17260491 caatagctgcagcaataggttcattaatta 17260520  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #10
Raw Score: 107; E-Value: 2e-53
Query Start/End: Original strand, 361 - 483
Target Start/End: Complemental strand, 8671610 - 8671488
Alignment:
Q  361 cagatcaaagacaaaaatatttcggttaccatcacagtcatttctcttatcaaggccatatgcaatagctgcagcagtaggttcattgattatccgaatg 460  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8671610 cagatcaaagacaaaaatatttcggttaccttcacggtcatttctcttgtcaaggccatatgcaatagctgcagcagtaggttcattgattatccgaatg 8671511  T
Q  461 acattaaggccagcaatagtacc 483  Q
    |||||||| ||||||||||||||    
T  8671510 acattaagtccagcaatagtacc 8671488  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #11
Raw Score: 104; E-Value: 1e-51
Query Start/End: Original strand, 250 - 477
Target Start/End: Original strand, 8628609 - 8628836
Alignment:
Q  250 cattctgttatcaaagtcctcgcctccaaggtgcgtgtttcctgcggtggcttttacttcgaatagatcacccttaattgtgaggatagacacatcaaaa 349  Q
    ||||||||||||||||||||| || |||||||| || ||||| || |||||||| ||||| || | |||||| ||||||||||||| |||||||||||||    
T  8628609 cattctgttatcaaagtcctctccaccaaggtgagtatttccagcagtggctttaacttcaaagacatcacctttaattgtgaggagagacacatcaaaa 8628708  T
Q  350 gtaccgccacccagatcaaagacaaaaatatttcggttaccatcacagtcatttctcttatcaaggccatatgcaatagctgcagcagtaggttcattga 449  Q
    || || ||||| |||||||| |||||||||||||| | |||||||||   |  | | || ||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||    
T  8628709 gtcccaccaccaagatcaaacacaaaaatatttcgttcaccatcacacctacctttgttgtcaaggccatatgcaatagctgcagcagtggggtcattga 8628808  T
Q  450 ttatccgaatgacattaaggccagcaat 477  Q
    ||||||  || |||||||||||||||||    
T  8628809 ttatcctcataacattaaggccagcaat 8628836  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #12
Raw Score: 99; E-Value: 1e-48
Query Start/End: Original strand, 19 - 477
Target Start/End: Complemental strand, 27831197 - 27830739
Alignment:
Q  19 catacactcattgaaaaagtccatgttaagttcctcaaatttggcacgagtgattgatgaagaaaagtcgattcccataaataaagcatctacctcaaca 118  Q
    |||||| |||||||||| |||||| || | ||||||||| || |||||||||||   |||| | ||||| || |||  |||||| ||||||| ||||| |    
T  27831197 catacattcattgaaaaggtccatattgatttcctcaaactttgcacgagtgatcattgaaaagaagtcaatgccctcaaataaggcatctatctcaata 27831098  T
Q  119 gtggtaacaaaagcaaaagacagtatcctttttgccctctcacaggcagttctcaacctccttaaggattttgggttccgactgatgtccactttattct 218  Q
    || ||  ||| || |||||| ||| ||||||||||| |||||||    ||||||| |||||| |||| | ||||||||| ||| ||||||||| | ||||    
T  27831097 gtagtgtcaacagaaaaagagagtgtcctttttgccttctcacattaggttctcagcctcctcaaggctcttgggttcccactaatgtccactcttttct 27830998  T
Q  219 tcttttttaactcttcaacaaaatagttaaccattctgttatcaaagtcctcgcctccaaggtgcgtgtttcctgcggtggcttttacttcgaatagatc 318  Q
    |||| || ||| | || ||||||||||| ||||| || |||||||||||||| || |||||||| |||||||| || || || || |||| ||| |  |     
T  27830997 tcttcttgaacacctccacaaaatagttcaccatcctattatcaaagtcctctccaccaaggtgagtgtttccagcagttgccttaacttggaagacctt 27830898  T
Q  319 acccttaattgtgaggatagacacatcaaaagtaccgccacccagatcaaagacaaaaatatttcggttaccatcacagtcatttctcttatcaaggcca 418  Q
    | |||||||||| |  | ||||||||||||||| || ||||| || ||||| ||||||||||| || |  |||  | | |   ||| | | |||||||||    
T  27830897 atccttaattgtaacaagagacacatcaaaagtcccaccaccaaggtcaaacacaaaaatattccgttctccagtatattttgttcccgtgtcaaggcca 27830798  T
Q  419 tatgcaatagctgcagcagtaggttcattgattatccgaatgacattaaggccagcaat 477  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||  | |||||||| || |||||||||||||||||    
T  27830797 tatgcaatagctgcagcagtaggctcgcttattatccgcataacattaaggccagcaat 27830739  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #13
Raw Score: 97; E-Value: 2e-47
Query Start/End: Original strand, 53 - 477
Target Start/End: Original strand, 8646757 - 8647181
Alignment:
Q  53 tcaaatttggcacgagtgattgatgaagaaaagtcgattcccataaataaagcatctacctcaacagtggtaacaaaagcaaaagacagtatcctttttg 152  Q
    |||||||||||||||||||||||||||  |||||| || ||  ||||||||| |||||  ||||  |||||   | |||||||||| ||| |||||||||    
T  8646757 tcaaatttggcacgagtgattgatgaaataaagtcaatgccattaaataaagaatctaattcaatggtggtgcaagaagcaaaagatagtgtcctttttg 8646856  T
Q  153 ccctctcacaggcagttctcaacctccttaaggattttgggttccgactgatgtccactttattcttcttttttaactcttcaacaaaatagttaaccat 252  Q
    | ||||| || || ||||||||||||||||||| | ||| ||| | | | |||||||| || |||||||| || || ||||   |||| | ||  |||||    
T  8646857 ctctctcgcatgccgttctcaacctccttaaggctcttgagtttccagtaatgtccaccttgttcttcttgttaaattcttgtgcaaagtggtccaccat 8646956  T
Q  253 tctgttatcaaagtcctcgcctccaaggtgcgtgtttcctgcggtggcttttacttcgaatagatcacccttaattgtgaggatagacacatcaaaagta 352  Q
    |||  ||||||||||||| ||||| ||||| |||||||| ||||||||||| || |  || |  | | |||||||||| |||| |||||||||||||||     
T  8646957 tctactatcaaagtcctctcctccgaggtgagtgtttccagcggtggctttaacatgaaagaccttatccttaattgtaaggagagacacatcaaaagtt 8647056  T
Q  353 ccgccacccagatcaaagacaaaaatatttcggttaccatcacagtcatttctcttatcaaggccatatgcaatagctgcagcagtaggttcattgatta 452  Q
    || ||||| || || ||||  || |||||||| |   || |||| |   ||||||| |||||||||||||| | ||| ||||| || |||||||||||||    
T  8647057 ccaccaccaaggtcgaagatgaatatatttcgttcttcagcacaatttgttctcttgtcaaggccatatgcgagagcagcagctgttggttcattgatta 8647156  T
Q  453 tccgaatgacattaaggccagcaat 477  Q
    |||| |||| |||||||||||||||    
T  8647157 tccggatgatattaaggccagcaat 8647181  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #14
Raw Score: 95; E-Value: 3e-46
Query Start/End: Original strand, 22 - 478
Target Start/End: Original strand, 3147113 - 3147577
Alignment:
Q  22 acactcattgaaaaagtccatgttaagttcctcaaatttggcacgagtgattgatgaagaaaagtcgattcccataaataaagcatctacctcaacagtg 121  Q
    ||||||| ||||||  ||||| || | ||||||||| ||||||||||||||||||||| | ||||| | ||||  |||||||| ||||| |||||  |||    
T  3147113 acactcagtgaaaagatccatattgatttcctcaaacttggcacgagtgattgatgaaaataagtcaaatccctgaaataaagaatctatctcaatggtg 3147212  T
Q  122 gtaacaaaagcaaaagacagtatcctttttgccctctcacaggcagttctcaacctccttaaggattttgggttccgactgatgtccactttattcttct 221  Q
    || |  | ||||||||| ||||| | |||||| || ||||| || ||| ||||||||||||||| | ||| ||||  ||| ||||| || || |||||||    
T  3147213 gtgatgacagcaaaagatagtattcgttttgctctttcacacgccgttttcaacctccttaaggctcttgagttctcactaatgtctaccttgttcttct 3147312  T
Q  222 tttttaactcttcaacaaaatagttaaccattctgttatcaaagtcctcgcctccaaggtgcgtgtttcctgcggtggcttttacttcgaatagatcacc 321  Q
    | || |||||     |||| ||||| ||||| || |||||||||||||| || |||||||| |||||||||||| |||| || ||||  || |  | | |    
T  3147313 tcttaaactcccgtgcaaagtagttcaccatcctattatcaaagtcctctcccccaaggtgggtgtttcctgcgatggccttaacttgaaagaccttatc 3147412  T
Q  322 cttaattgtgaggatagacacatcaaaagtaccgccacccagatcaaagacaaaaatatttcggt------taccat--cacagtcatttctcttatcaa 413  Q
    ||||||||| || | ||||||||||||||| || |||||||  ||||||| ||||||||| || |       || ||  |||| | | ||||||| || |    
T  3147413 cttaattgtaagaagagacacatcaaaagtcccaccacccaagtcaaagataaaaatattacgctcctctacacaattacacaattagttctcttgtcca 3147512  T
Q  414 ggccatatgcaatagctgcagcagtaggttcattgattatccgaatgacattaaggccagcaata 478  Q
    | ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| || | ||||||||||||||||    
T  3147513 gtccatacgcaatagctgcagcagtaggttcattgattatccgcataatattaaggccagcaata 3147577  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #15
Raw Score: 89; E-Value: 1e-42
Query Start/End: Original strand, 17 - 477
Target Start/End: Original strand, 6789356 - 6789816
Alignment:
Q  17 ttcatacactcattgaaaaagtccatgttaagttcctcaaatttggcacgagtgattgatgaagaaaagtcgattcccataaataaagcatctacctcaa 116  Q
    |||||||||||||| ||||  ||||| || | ||||||||| ||||| ||||| | |||||||   |||||||| |||  ||||||||  ||||||||||    
T  6789356 ttcatacactcattaaaaatatccatattgatttcctcaaacttggcccgagtaagtgatgaaatgaagtcgatgccctgaaataaagagtctacctcaa 6789455  T
Q  117 cagtggtaacaaaagcaaaagacagtatcctttttgccctctcacaggcagttctcaacctccttaaggattttgggttccgactgatgtccactttatt 216  Q
     ||| || || | | ||||||| |||| |||||| ||||| ||||| |||||||||||||| |||||||   ||| ||| | | | || |||||||| ||    
T  6789456 tagtagtgacgacaacaaaagagagtacccttttggccctttcacacgcagttctcaaccttcttaaggcccttgagtttccagtaatatccactttgtt 6789555  T
Q  217 cttcttttttaactcttcaacaaaatagttaaccattctgttatcaaagtcctcgcctccaaggtgcgtgtttcctgcggtggcttttacttcgaataga 316  Q
    |||| | || ||||| ||  |||| ||||| |||| || ||||||||||||||| ||||| ||||| ||||||||  ||||||| || |||| ||| |      
T  6789556 cttcctcttaaactcctctgcaaagtagtttaccaatcggttatcaaagtcctctcctccgaggtgagtgtttccaccggtggccttaacttggaagacc 6789655  T
Q  317 tcacccttaattgtgaggatagacacatcaaaagtaccgccacccagatcaaagacaaaaatatttcggttaccatcacagtcatttctcttatcaaggc 416  Q
    | | | || ||||| | |||||||||||| ||||| || ||||| || || ||||| |||||||||   |  ||| |  | | | |||||||||||||||    
T  6789656 ttatctttgattgttaagatagacacatcgaaagtgccaccaccaaggtcgaagacgaaaatatttttttctccaccgtaattagttctcttatcaaggc 6789755  T
Q  417 catatgcaatagctgcagcagtaggttcattgattatccgaatgacattaaggccagcaat 477  Q
    ||||||||| ||| ||||| || |||||||||||||| || || |||||||| ||||||||    
T  6789756 catatgcaagagcagcagctgttggttcattgattattcgtataacattaagaccagcaat 6789816  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #16
Raw Score: 74; E-Value: 1e-33
Query Start/End: Original strand, 248 - 477
Target Start/End: Complemental strand, 8636436 - 8636207
Alignment:
Q  248 accattctgttatcaaagtcctcgcctccaaggtgcgtgtttcctgcggtggcttttacttcgaatagatcacccttaattgtgaggatagacacatcaa 347  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||| ||| || |||||||| ||||| || |  ||||| |||||| |||| |||||||| || |    
T  8636436 accattctgttatcaaagtcctctcctccaaggtgtgtgtctccggcagtggctttaacttcaaagacttcacctttaattttgagtatagacacgtcga 8636337  T
Q  348 aagtaccgccacccagatcaaagacaaaaatatttcggttaccatcacagtcatttctcttatcaaggccatatgcaatagctgcagcagtaggttcatt 447  Q
    | ||||| ||||| |||||||| || ||||| ||||  |    | |||||| |  |||||| | ||| ||||| |||| |||||||||||| ||||||||    
T  8636336 atgtaccaccaccaagatcaaatacgaaaatgtttctctctttaacacagttacctctcttttgaagtccatacgcaaaagctgcagcagttggttcatt 8636237  T
Q  448 gattatccgaatgacattaaggccagcaat 477  Q
    |||||||||||| ||||||||||| |||||    
T  8636236 gattatccgaattacattaaggccggcaat 8636207  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #17
Raw Score: 70; E-Value: 2e-31
Query Start/End: Original strand, 144 - 465
Target Start/End: Original strand, 8545604 - 8545924
Alignment:
Q  144 tcctttttgccctctcacaggcagttctcaacctccttaaggattttgggttccgactgatgtccactttattcttcttttttaactcttcaacaaaata 243  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||| || |||||||||||| || ||| | || |||||| | || ||||| |  ||||| ||    
T  8545604 tcctttttgccttctcacaggcagttctcaacctcctcaaggcttctgggttccgactaatatcctcattgttcttcctcttgaactccttcacaaagta 8545703  T
Q  244 gttaaccattctgttatcaaagtcctcgcctccaaggtgcgtgtttcctgcggtggcttttacttcgaatagatcacccttaattgtgaggatagacaca 343  Q
     || |||||||||||||||||||| || || || ||||  |||| ||| || ||||| || || || || |  | |   |||||||| || |||||||||    
T  8545704 attcaccattctgttatcaaagtcttcaccgcctaggtaagtgtctccagcagtggccttgacatcaaagaccttatttttaattgtaagaatagacaca 8545803  T
Q  344 tcaaaagtaccgccacccagatcaaagacaaaaatatttcggttaccatcacagtcatttctcttatcaaggccatatgcaatagctgcagcagtaggtt 443  Q
    |||||||| || || || || ||||||| |||||||||||  ||| || | || | |  |||||| | |||||||||||||| ||| || ||||| ||||    
T  8545804 tcaaaagttccaccgccaaggtcaaagataaaaatatttctcttatcaac-caattagctctcttttgaaggccatatgcaagagccgccgcagtcggtt 8545902  T
Q  444 cattgattatccgaatgacatt 465  Q
    ||||||||||||| ||||||||    
T  8545903 cattgattatccgcatgacatt 8545924  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #18
Raw Score: 70; E-Value: 2e-31
Query Start/End: Original strand, 144 - 477
Target Start/End: Original strand, 8576297 - 8576630
Alignment:
Q  144 tcctttttgccctctcacaggcagttctcaacctccttaaggattttgggttccgactgatgtccactttattcttcttttttaactcttcaacaaaata 243  Q
    ||||||||||| | ||||| |||||||||||||||||||||| |||||  |||  ||| || ||| |||| | ||| ||  | ||||| | |||||| |     
T  8576297 tcctttttgccttttcacaagcagttctcaacctccttaaggcttttgaattctcactaatatcctctttgtacttgttcctgaactccttaacaaagtg 8576396  T
Q  244 gttaaccattctgttatcaaagtcctcgcctccaaggtgcgtgtttcctgcggtggcttttacttcgaatagatcacccttaattgtgaggatagacaca 343  Q
     |  |||||| ||||||||||||| | |||||| ||||| |||| ||| || ||||| || |||||||| | ||    ||||| |||||| |||||||||    
T  8576397 atccaccattatgttatcaaagtcttggcctcctaggtgagtgtctccggcagtggccttgacttcgaagacattgttcttaactgtgagaatagacaca 8576496  T
Q  344 tcaaaagtaccgccacccagatcaaagacaaaaatatttcggttaccatcacagtcatttctcttatcaaggccatatgcaatagctgcagcagtaggtt 443  Q
    |||||||| || || || || ||||||| |||||||||||  ||| || |||| | |  |||||| | ||||||||| |||| |||||| ||||| ||||    
T  8576497 tcaaaagttccaccgccaaggtcaaagataaaaatatttcttttatcaacacaattagctctcttttgaaggccatacgcaagagctgccgcagtcggtt 8576596  T
Q  444 cattgattatccgaatgacattaaggccagcaat 477  Q
    ||||||||||| | |||||||| || ||||||||    
T  8576597 cattgattatctgcatgacattgagaccagcaat 8576630  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #19
Raw Score: 68; E-Value: 4e-30
Query Start/End: Original strand, 144 - 477
Target Start/End: Original strand, 8570282 - 8570615
Alignment:
Q  144 tcctttttgccctctcacaggcagttctcaacctccttaaggattttgggttccgactgatgtccactttattcttcttttttaact-cttcaacaaaat 242  Q
    ||||||||||||||||||| || ||||| |||||||| |||| ||||||||||| ||| || ||| | || |||||||| || |||| ||||| |||| |    
T  8570282 tcctttttgccctctcacaagctgttcttaacctcctcaaggcttttgggttcctactaatatcctcgttgttcttcttcttgaacttcttca-caaagt 8570380  T
Q  243 -agttaaccattctgttatcaaagtcctcgcctccaaggtgcgtgtttcctgcggtggcttttacttcgaatagatcacccttaattgtgaggatagaca 341  Q
     ||| ||| |||||||||||||| || || ||||| ||||| |||| ||| || ||||| || |||||  |    | | |||||| |||||| |||||||    
T  8570381 gagtcaac-attctgttatcaaaatcttcacctcccaggtgagtgtctccagcagtggccttgacttcatagttgttatccttaactgtgagaatagaca 8570479  T
Q  342 catcaaaagtaccgccacccagatcaaagacaaaaatatttcggttaccatcacagtcatttctcttatcaaggccatatgcaatagctgcagcagtagg 441  Q
    |||||||||| || || || || ||||||| |||||||||||  ||| || || | | |  |||||| | |||||||||||||| |||||| ||||| ||    
T  8570480 catcaaaagttccaccgccaaggtcaaagataaaaatatttctcttatcaacaaaattagctctcttttgaaggccatatgcaagagctgccgcagtcgg 8570579  T
Q  442 ttcattgattatccgaatgacattaaggccagcaat 477  Q
    ||||||||||||||| || ||||| || ||||||||    
T  8570580 ttcattgattatccgcattacattgagaccagcaat 8570615  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #20
Raw Score: 55; E-Value: 2e-22
Query Start/End: Original strand, 235 - 477
Target Start/End: Original strand, 8602036 - 8602278
Alignment:
Q  235 aacaaaatagttaaccattctgttatcaaagtcctcgcctccaaggtgcgtgtttcctgcggtggcttttacttcgaatagatcacccttaattgtgagg 334  Q
    |||||| | ||| ||||||| ||||||||||||||| ||||||||||| |||| ||| |  ||||| || ||||| || |||| |  ||||||||||||     
T  8602036 aacaaagtggttcaccattcggttatcaaagtcctctcctccaaggtgtgtgtctccggaagtggccttgacttcaaagagattattcttaattgtgaga 8602135  T
Q  335 atagacacatcaaaagtaccgccacccagatcaaagacaaaaatatttcggttaccatcacagtcatttctcttatcaaggccatatgcaatagctgcag 434  Q
    | ||| ||||||||||| || ||||| |||||||| |  ||||||||||  |   || |||| | |  |||||| | |||||||||||||| ||| || |    
T  8602136 agagaaacatcaaaagttccaccaccaagatcaaatatgaaaatatttctctcttcaacacaattagctctcttttgaaggccatatgcaagagcagctg 8602235  T
Q  435 cagtaggttcattgattatccgaatgacattaaggccagcaat 477  Q
    |||| || |||||||||||||| || ||||| || ||||||||    
T  8602236 cagttggctcattgattatccgcattacattgagaccagcaat 8602278  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #21
Raw Score: 54; E-Value: 8e-22
Query Start/End: Original strand, 144 - 477
Target Start/End: Complemental strand, 8383073 - 8382740
Alignment:
Q  144 tcctttttgccctctcacaggcagttctcaacctccttaaggattttgggttccgactgatgtccactttattcttcttttttaactcttcaacaaaata 243  Q
    |||||||||||||||| || || ||||| ||||| || |  |  |||||||||| ||| ||||||   |||| |||| | || ||||| |||||||| ||    
T  8383073 tcctttttgccctctcgcaagccgttcttaaccttctaagagcctttgggttcccactaatgtccttattatgcttcctcttgaactcgtcaacaaagta 8382974  T
Q  244 gttaaccattctgttatcaaagtcctcgcctccaaggtgcgtgtttcctgcggtggcttttacttcgaatagatcacccttaattgtgaggatagacaca 343  Q
     || || ||||||||||| ||||| || ||||| || || |||| ||| || ||||| || ||  | || | || |  |||||||||||||| |||||||    
T  8382973 cttcacgattctgttatctaagtcttcacctcctagatgagtgtctccggcagtggccttcacaacaaagacattattcttaattgtgaggagagacaca 8382874  T
Q  344 tcaaaagtaccgccacccagatcaaagacaaaaatatttcggttaccatcacagtcatttctcttatcaaggccatatgcaatagctgcagcagtaggtt 443  Q
    |||||||| || ||||| ||||||||||  ||||||||||  |   ||  ||| | |  |||||| | |||||||||||||| ||| || ||||| || |    
T  8382873 tcaaaagttccaccaccaagatcaaagatgaaaatatttctctcttcaagacaattagctctcttctgaaggccatatgcaagagcagcggcagttggct 8382774  T
Q  444 cattgattatccgaatgacattaaggccagcaat 477  Q
    ||||||||||||| || ||||| |||||||||||    
T  8382773 cattgattatccgcattacattgaggccagcaat 8382740  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #22
Raw Score: 54; E-Value: 8e-22
Query Start/End: Original strand, 248 - 477
Target Start/End: Original strand, 8559408 - 8559637
Alignment:
Q  248 accattctgttatcaaagtcctcgcctccaaggtgcgtgtttcctgcggtggcttttacttcgaatagatcacccttaattgtgaggatagacacatcaa 347  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||| ||||| |||| ||| |  ||||| || ||||| || |||| |  |||||||||||| | ||| |||||||    
T  8559408 accattctgttatcaaagtcctctcctccgaggtgtgtgtctccggaagtggccttgacttcaaagagattattcttaattgtgagaagagaaacatcaa 8559507  T
Q  348 aagtaccgccacccagatcaaagacaaaaatatttcggttaccatcacagtcatttctcttatcaaggccatatgcaatagctgcagcagtaggttcatt 447  Q
    |||| || ||||| ||||||||||  ||||||||||  |    | |||| | |  |||||| | ||| |||||||||| ||| || ||||| ||||||||    
T  8559508 aagttccaccaccgagatcaaagatgaaaatatttctctctttaacacaattagatctcttttgaagtccatatgcaagagcagctgcagttggttcatt 8559607  T
Q  448 gattatccgaatgacattaaggccagcaat 477  Q
    ||||||| | || |||||||| ||||||||    
T  8559608 gattatctgcattacattaagaccagcaat 8559637  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #23
Raw Score: 52; E-Value: 1e-20
Query Start/End: Original strand, 322 - 465
Target Start/End: Original strand, 8581849 - 8581992
Alignment:
Q  322 cttaattgtgaggatagacacatcaaaagtaccgccacccagatcaaagacaaaaatatttcggttaccatcacagtcatttctcttatcaaggccatat 421  Q
    ||||| |||||| ||||||||||||||||| || || || || ||||||| |||||||||||  ||| || |||| | |  |||||| | ||||||||||    
T  8581849 cttaactgtgagaatagacacatcaaaagttccacctccaaggtcaaagataaaaatatttctcttatcaacacaattagctctcttttgaaggccatat 8581948  T
Q  422 gcaatagctgcagcagtaggttcattgattatccgaatgacatt 465  Q
    |||| |||||| ||||| ||||||||||||||||| || |||||    
T  8581949 gcaagagctgccgcagtcggttcattgattatccgcattacatt 8581992  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #24
Raw Score: 51; E-Value: 5e-20
Query Start/End: Original strand, 149 - 478
Target Start/End: Complemental strand, 29577864 - 29577532
Alignment:
Q  149 tttgccctctcacaggcagttctcaacctccttaaggattttgggttccgactgatgtccactttattcttcttttttaactcttcaacaaaatagttaa 248  Q
    |||||||||||||| |||||||||| | ||||||| | ||||||||||  ||| |||||||| || |||||| | || ||||| |  ||||| | | | |    
T  29577864 tttgccctctcacaagcagttctcagcttccttaaagcttttgggttcaaactaatgtccacattgttcttcctcttcaactcattcacaaagtggctca 29577765  T
Q  249 ccattctgttatcaaagtcctcgcctccaaggtgcgtgtttcctgcggtggcttttacttcgaatagatcacccttaattgtgaggatagacacatcaaa 348  Q
    ||||| | ||||| |||||||| ||||| ||||| || |  || || ||||| |||||||| ||   |||| |||||| |||||| | ||||||||||||    
T  29577764 ccattttattatcgaagtcctctcctcctaggtgagtatcaccagcagtggcctttacttcaaaactatcatccttaagtgtgagaagagacacatcaaa 29577665  T
Q  349 agtaccgccacccagatcaaagacaaaaatatttcggtt---accatcacagtcatttctcttatcaaggccatatgcaatagctgcagcagtaggttca 445  Q
     || || ||||| ||||||||||  || | |||||| ||   | || || | | |  |||||| | ||  ||||||||||  || |||||||| ||||||    
T  29577664 ggtgccaccaccaagatcaaagatgaatacatttcgctttccaacaacaaaattacctctcttttgaattccatatgcaagtgcagcagcagttggttca 29577565  T
Q  446 ttgattatccgaatgacattaaggccagcaata 478  Q
    ||||||||||| || ||||| ||||||||||||    
T  29577564 ttgattatccgcattacattgaggccagcaata 29577532  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #25
Raw Score: 51; E-Value: 5e-20
Query Start/End: Original strand, 144 - 474
Target Start/End: Complemental strand, 29582038 - 29581708
Alignment:
Q  144 tcctttttgccctctcacaggcagttctcaacctccttaaggattttgggttccgactgatgtccactttattcttcttttttaactcttcaacaaaata 243  Q
    |||| |||||||||||||| || ||||||| | ||||||| | ||||||||||| ||| |||||||  || |||||| | || ||||| |   |||| ||    
T  29582038 tcctctttgccctctcacaagctgttctcagcttccttaaagcttttgggttcccactaatgtccaaattgttcttcctcttcaactcattcgcaaagta 29581939  T
Q  244 gttaaccattctgttatcaaagtcctcgcctccaaggtgcgtgtttcctgcggtggcttttacttcgaatagatcacccttaattgtgaggatagacaca 343  Q
     || ||||||| ||||||||||||||| ||||| ||||| || |  || || ||||| || ||||| ||   |||| |||| | |||||| | |||||||    
T  29581938 attcaccattcggttatcaaagtcctctcctcctaggtgagtatcgccagcagtggccttcacttcaaacttatcatccttgagtgtgagaagagacaca 29581839  T
Q  344 tcaaaagtaccgccacccagatcaaagacaaaaatatttcggttaccatcacagtcatttctcttatcaaggccatatgcaatagctgcagcagtaggtt 443  Q
    |||||||| || ||||| ||||||||||  || |||||||| || ||| || | | |  || ||| | ||  ||||||||||  || |||||||| ||||    
T  29581838 tcaaaagtgccaccaccaagatcaaagatgaatatatttcgttttccaacaaaattacctcccttttgaataccatatgcaagtgcagcagcagttggtt 29581739  T
Q  444 cattgattatccgaatgacattaaggccagc 474  Q
    | ||||||||||  || ||||| ||||||||    
T  29581738 cgttgattatcctcattacattgaggccagc 29581708  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #26
Raw Score: 47; E-Value: 1e-17
Query Start/End: Original strand, 137 - 371
Target Start/End: Original strand, 8590602 - 8590836
Alignment:
Q  137 gacagtatcctttttgccctctcacaggcagttctcaacctccttaaggattttgggttccgactgatgtccactttattcttcttttttaactcttcaa 236  Q
    |||||| ||||||| ||||||||||| || ||| |||||||||| |  |   ||| ||||| ||| |  ||||||||||||||| |  | ||||| |  |    
T  8590602 gacagtgtccttttagccctctcacaagctgttttcaacctcctaagagcccttgcgttcccacttaaatccactttattcttcctcctaaactccttca 8590701  T
Q  237 caaaatagttaaccattctgttatcaaagtcctcgcctccaaggtgcgtgtttcctgcggtggcttttacttcgaatagatcacccttaattgtgaggat 336  Q
    | |||| || |||||||||||||||||||||||| ||||| ||||| || | ||| |  ||||||||||| || ||   |||||| || | |||||| |     
T  8590702 ccaaatggtgaaccattctgttatcaaagtcctctcctcctaggtgggtatctccggaagtggcttttacatcaaagctatcacctttgagtgtgagaag 8590801  T
Q  337 agacacatcaaaagtaccgccacccagatcaaaga 371  Q
    ||||||||||||||| || ||||| ||||||||||    
T  8590802 agacacatcaaaagtgccaccaccaagatcaaaga 8590836  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #27
Raw Score: 45; E-Value: 2e-16
Query Start/End: Original strand, 245 - 473
Target Start/End: Original strand, 8609989 - 8610217
Alignment:
Q  245 ttaaccattctgttatcaaagtcctcgcctccaaggtgcgtgtttcctgcggtggcttttacttcgaatagatcacccttaattgtgaggatagacacat 344  Q
    ||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||| || | ||| || || || || || |||||   ||     ||||||||||| | ||||||||    
T  8609989 ttaaccattctgtgatcaaagtcctctcctccaaggtgagtatctccagcagtagccttgacatcgaaagcattgtttttaattgtgagaacagacacat 8610088  T
Q  345 caaaagtaccgccacccagatcaaagacaaaaatatttcggttaccatcacagtcatttctcttatcaaggccatatgcaatagctgcagcagtaggttc 444  Q
    | ||||| || ||||| |||||||||| |||||||||||  ||  |  |||| | |  |||||| | ||| |||||||||| ||| ||||| || |||||    
T  8610089 cgaaagtcccaccaccaagatcaaagataaaaatatttctattttccacacaattagctctcttctgaagaccatatgcaagagccgcagccgttggttc 8610188  T
Q  445 attgattatccgaatgacattaaggccag 473  Q
    |||||| ||||| || |||||||||||||    
T  8610189 attgataatccggattacattaaggccag 8610217  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #28
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000008
Query Start/End: Original strand, 132 - 270
Target Start/End: Complemental strand, 7877942 - 7877804
Alignment:
Q  132 caaaagacagtatcctttttgccctctcacaggcagttctcaacctccttaaggattttgggttccgactgatgtccactttattcttcttttttaactc 231  Q
    |||| |||||| ||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||| | ||   | ||||| | ||  |||||||||||||||||| | || |||||    
T  7877942 caaatgacagtgtccttttagccctctcacatgcagttctcaacctcctaagggccctcgggtttccaccaatgtccactttattcttcctcttaaactc 7877843  T
Q  232 ttcaacaaaatagttaaccattctgttatcaaagtcctc 270  Q
        || |||| ||| | |||||||||||||||||||||    
T  7877842 catcactaaatggttcaacattctgttatcaaagtcctc 7877804  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #29
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000008
Query Start/End: Original strand, 403 - 477
Target Start/End: Original strand, 8538266 - 8538340
Alignment:
Q  403 tctcttatcaaggccatatgcaatagctgcagcagtaggttcattgattatccgaatgacattaaggccagcaat 477  Q
    |||||| | |||||| ||||||| ||| ||||| |||||||||||||||||||| || ||||| |||||||||||    
T  8538266 tctcttttgaaggccgtatgcaagagcagcagctgtaggttcattgattatccgcattacattgaggccagcaat 8538340  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #30
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 37 - 84
Target Start/End: Original strand, 8609781 - 8609828
Alignment:
Q  37 gtccatgttaagttcctcaaatttggcacgagtgattgatgaagaaaa 84  Q
    |||||||||||||| |||||| || |||||||||||||||||| ||||    
T  8609781 gtccatgttaagttgctcaaacttcgcacgagtgattgatgaacaaaa 8609828  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #31
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000007
Query Start/End: Original strand, 412 - 476
Target Start/End: Complemental strand, 7877662 - 7877598
Alignment:
Q  412 aaggccatatgcaatagctgcagcagtaggttcattgattatccgaatgacattaaggccagcaa 476  Q
    ||||||||||||||  || |||||||| |||||||| |||||||| || ||||| ||||| ||||    
T  7877662 aaggccatatgcaagggcagcagcagttggttcattaattatccgcataacattgaggccggcaa 7877598  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #32
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000007
Query Start/End: Original strand, 38 - 74
Target Start/End: Original strand, 8102532 - 8102568
Alignment:
Q  38 tccatgttaagttcctcaaatttggcacgagtgattg 74  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||    
T  8102532 tccatgttaagttcctcaaatctggcacgggtgattg 8102568  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #33
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000007
Query Start/End: Original strand, 227 - 303
Target Start/End: Original strand, 39985700 - 39985776
Alignment:
Q  227 aactcttcaacaaaatagttaaccattctgttatcaaagtcctcgcctccaaggtgcgtgtttcctgcggtggcttt 303  Q
    ||||||| |||||| | ||| ||||||||||| ||||| ||||| |||||||| || |||| ||| || ||||||||    
T  39985700 aactcttgaacaaagtggttcaccattctgttgtcaaaatcctcacctccaagatgggtgtctccggctgtggcttt 39985776  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 254; Significance: 1e-141; HSPs: 10)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 254; E-Value: 1e-141
Query Start/End: Original strand, 17 - 474
Target Start/End: Complemental strand, 16657841 - 16657384
Alignment:
Q  17 ttcatacactcattgaaaaagtccatgttaagttcctcaaatttggcacgagtgattgatgaagaaaagtcgattcccataaataaagcatctacctcaa 116  Q
    |||||||||||||||||||  ||||| |||| ||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||| ||||||  |||||||| |||||||||||    
T  16657841 ttcatacactcattgaaaagatccatattaatttcctcaaacttggcacgggtgattgatgaagaaaagtcaattccctgaaataaagaatctacctcaa 16657742  T
Q  117 cagtggtaacaaaagcaaaagacagtatcctttttgccctctcacaggcagttctcaacctccttaaggattttgggttccgactgatgtccactttatt 216  Q
    ||||||| |||||||||||||| ||| |||| |||||||||||||| ||||||||||||||||| |||| | ||| ||||| ||| |||||||| |||||    
T  16657741 cagtggtgacaaaagcaaaagagagtgtcctctttgccctctcacatgcagttctcaacctcctcaaggctcttgagttcccacttatgtccaccttatt 16657642  T
Q  217 cttcttttttaactcttcaacaaaatagttaaccattctgttatcaaagtcctcgcctccaaggtgcgtgtttcctgcggtggcttttacttcgaataga 316  Q
    ||||||||  ||||| || ||||| ||||| ||| ||||||||||||||||||| || |||||||| |||||||| || ||||||||||| || || | |    
T  16657641 cttcttttgaaactcctctacaaagtagttcaccgttctgttatcaaagtcctctcccccaaggtgagtgtttccggcagtggcttttacctcaaaaaca 16657542  T
Q  317 tcacccttaattgtgaggatagacacatcaaaagtaccgccacccagatcaaagacaaaaatatttcggttaccatcacagtcatttctcttatcaaggc 416  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| || || || ||||||||||||||||| || ||||||||||| ||| ||||||| ||||| |    
T  16657541 tcacccttaattgtaaggatagacacatcaaaagtaccaccgccaaggtcaaagacaaaaatattccgtttaccatcacaatcacttctcttgtcaagac 16657442  T
Q  417 catatgcaatagctgcagcagtaggttcattgattatccgaatgacattaaggccagc 474  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||    
T  16657441 catatgcaatagctgcagcagtaggttcattgataattcgaatgacattaaggccagc 16657384  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 124; E-Value: 1e-63
Query Start/End: Original strand, 134 - 477
Target Start/End: Complemental strand, 16662199 - 16661856
Alignment:
Q  134 aaagacagtatcctttttgccctctcacaggcagttctcaacctccttaaggattttgggttccgactgatgtccactttattcttcttttttaactctt 233  Q
    ||||| ||| ||||||| ||| | ||||| | ||||||||||||||| |||| | |||| |||| | |||| |||||||| |||||| | || || ||||    
T  16662199 aaagagagtgtccttttcgccttttcacaagaagttctcaacctcctcaaggctcttggattcctagtgatatccactttgttcttcctattaaattctt 16662100  T
Q  234 caacaaaatagttaaccattctgttatcaaagtcctcgcctccaaggtgcgtgtttcctgcggtggcttttacttcgaatagatcacccttaattgtgag 333  Q
      ||||| ||||| | ||||||||||||||||||||| || || ||||| |||||||| |  |||||||| ||||| || | |||||| |||||||||||    
T  16662099 tcacaaagtagttcaacattctgttatcaaagtcctctcccccgaggtgagtgtttccagaagtggctttaacttcaaagacatcacctttaattgtgag 16662000  T
Q  334 gatagacacatcaaaagtaccgccacccagatcaaagacaaaaatatttcggttaccatcacagtcatttctcttatcaaggccatatgcaatagctgca 433  Q
    || ||||||||||||||| || ||||| ||||||||||||||||||||||  | ||||||||| | | |||| || |||||||||||||||||||||||     
T  16661999 gagagacacatcaaaagtcccaccaccaagatcaaagacaaaaatatttctttcaccatcacaattacttcttttgtcaaggccatatgcaatagctgct 16661900  T
Q  434 gcagtaggttcattgattatccgaatgacattaaggccagcaat 477  Q
    ||||| ||||||||||||||||  |  || ||||||||||||||    
T  16661899 gcagtgggttcattgattatcctcacaacgttaaggccagcaat 16661856  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 112; E-Value: 2e-56
Query Start/End: Original strand, 50 - 477
Target Start/End: Original strand, 7542103 - 7542530
Alignment:
Q  50 tcctcaaatttggcacgagtgattgatgaagaaaagtcgattcccataaataaagcatctacctcaacagtggtaacaaaagcaaaagacagtatccttt 149  Q
    |||||||| ||||| | | |||| |||||||||||||| || ||   |||||||| ||||||||||| ||||| ||||| |   ||||| |||   ||||    
T  7542103 tcctcaaacttggccctattgatcgatgaagaaaagtcaatgccttgaaataaagaatctacctcaatagtggcaacaacaaggaaagaaagtgatcttt 7542202  T
Q  150 ttgccctctcacaggcagttctcaacctccttaaggattttgggttccgactgatgtccactttattcttcttttttaactcttcaacaaaatagttaac 249  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||| |||| |||||| |||| ||| ||||||||||| |||||  | || |||||||  ||||| |||||  |    
T  7542203 ttgccctctcacaagcagttctcaacctcctcaaggcttttggattcccactaatgtccactttgttctttctcttgaactcttgtacaaagtagttcgc 7542302  T
Q  250 cattctgttatcaaagtcctcgcctccaaggtgcgtgtttcctgcggtggcttttacttcgaatagatcacccttaattgtgaggatagacacatcaaaa 349  Q
    |||||| ||||||||||| || || |||||||| ||||| || || ||||| || |||| |||    |  |||||||| || || | |||||||||||||    
T  7542303 cattctattatcaaagtcttctccaccaaggtgagtgttgccagcagtggccttaacttggaagttgttgcccttaatcgttagtaaagacacatcaaaa 7542402  T
Q  350 gtaccgccacccagatcaaagacaaaaatatttcggttaccatcacagtcatttctcttatcaaggccatatgcaatagctgcagcagtaggttcattga 449  Q
    || || || || |||||||| |||||||||||||| |  |||||| | ||| ||||||| |||||||||||||||| |||||| |||||||||||||| |    
T  7542403 gtgccaccgccaagatcaaaaacaaaaatatttcgctctccatcataatcagttctcttgtcaaggccatatgcaacagctgcggcagtaggttcattca 7542502  T
Q  450 ttatccgaatgacattaaggccagcaat 477  Q
    ||  ||  || ||||| |||||||||||    
T  7542503 ttgccctcataacattgaggccagcaat 7542530  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 106; E-Value: 8e-53
Query Start/End: Original strand, 17 - 478
Target Start/End: Original strand, 14703252 - 14703713
Alignment:
Q  17 ttcatacactcattgaaaaagtccatgttaagttcctcaaatttggcacgagtgattgatgaagaaaagtcgattcccataaataaagcatctacctcaa 116  Q
    |||| ||||||||| ||||||||||| || | ||| ||||| ||||| | | |||| |||||||||||||| || |    ||||||||||||||||||||    
T  14703252 ttcacacactcattaaaaaagtccatattcatttcttcaaacttggccctattgatcgatgaagaaaagtcaatgcattgaaataaagcatctacctcaa 14703351  T
Q  117 cagtggtaacaaaagcaaaagacagtatcctttttgccctctcacaggcagttctcaacctccttaaggattttgggttccgactgatgtccactttatt 216  Q
     |||||  ||||     ||||| ||| | |||||||||||||| || || |||||||| |||||||||| |||||| || | ||| ||||||| | | ||    
T  14703352 tagtggcgacaacttggaaagaaagtgttctttttgccctctcgcaagcggttctcaagctccttaaggcttttggatttccactaatgtccaatctgtt 14703451  T
Q  217 cttcttttttaactcttcaacaaaatagttaaccattctgttatcaaagtcctcgcctccaaggtgcgtgtttcctgcggtggcttttacttcgaataga 316  Q
     ||  | || ||||||| |||||| ||||| |||||||||||||| |||||||| || || ||||| |||||||| || || || || | || ||| |      
T  14703452 ttttctcttgaactcttgaacaaagtagttcaccattctgttatcgaagtcctctcccccgaggtgagtgtttccagcagtagccttaatttggaagacg 14703551  T
Q  317 tcacccttaattgtgaggatagacacatcaaaagtaccgccacccagatcaaagacaaaaatatttcggttaccatcacagtcatttctcttatcaaggc 416  Q
       ||||||||||| |||| |||||| ||||||||||| ||||| |||||||||||||| ||||| || |  ||| || | ||| ||||||| |||||||    
T  14703552 gtgcccttaattgttaggagagacacgtcaaaagtaccaccaccaagatcaaagacaaatatattacgttctccaccataatcagttctcttgtcaaggc 14703651  T
Q  417 catatgcaatagctgcagcagtaggttcattgattatccgaatgacattaaggccagcaata 478  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||| |||| ||  || ||||| ||||| ||||||    
T  14703652 catatgcaatagctgcagctgtaggttcattcattaccctcataacattgaggccggcaata 14703713  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 97; E-Value: 2e-47
Query Start/End: Original strand, 49 - 425
Target Start/End: Original strand, 12234565 - 12234941
Alignment:
Q  49 ttcctcaaatttggcacgagtgattgatgaagaaaagtcgattcccataaataaagcatctacctcaacagtggtaacaaaagcaaaagacagtatcctt 148  Q
    ||||||||| ||||| | | |||| ||||||||||| || || ||   |||||||| |||||||||||  || | ||||| |   ||||||| |   |||    
T  12234565 ttcctcaaacttggccctattgatcgatgaagaaaaatcaatgccttcaaataaagaatctacctcaatggttgcaacaacaaggaaagacaatgatctt 12234664  T
Q  149 tttgccctctcacaggcagttctcaacctccttaaggattttgggttccgactgatgtccactttattcttcttttttaactcttcaacaaaatagttaa 248  Q
    |||||||||||||| |||||||| |||||||| |||| |||||| || | ||| ||||||||||| |||||  | || ||||||| | |||  ||||| |    
T  12234665 tttgccctctcacaagcagttcttaacctcctcaaggcttttggatttccactcatgtccacttttttctttctattgaactcttgagcaaggtagttta 12234764  T
Q  249 ccattctgttatcaaagtcctcgcctccaaggtgcgtgtttcctgcggtggcttttacttcgaatagatcacccttaattgtgaggatagacacatcaaa 348  Q
    |||||||||||||||||||||| || || ||||| |||||||| || |||||||| |||| ||| | || ||| || ||||| |||| ||||||||||||    
T  12234765 ccattctgttatcaaagtcctctcccccgaggtgagtgtttccggctgtggctttaacttggaagacattacctttgattgttaggagagacacatcaaa 12234864  T
Q  349 agtaccgccacccagatcaaagacaaaaatatttcggttaccatcacagtcatttctcttatcaaggccatatgcaa 425  Q
    ||| || || || |||||||| |||||||||||||| |  ||| |||| ||| ||||||| ||||| ||||||||||    
T  12234865 agtgccaccgccgagatcaaaaacaaaaatatttcgttctccaacacaatcagttctcttgtcaagaccatatgcaa 12234941  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #6
Raw Score: 88; E-Value: 4e-42
Query Start/End: Original strand, 17 - 452
Target Start/End: Original strand, 43625256 - 43625691
Alignment:
Q  17 ttcatacactcattgaaaaagtccatgttaagttcctcaaatttggcacgagtgattgatgaagaaaagtcgattcccataaataaagcatctacctcaa 116  Q
    |||| |||||| |||||||  ||||| || | ||| ||||||||||||||||||||||||||| | ||||| || ||    ||||||| |||||||||||    
T  43625256 ttcaaacactcgttgaaaagatccatatttatttcatcaaatttggcacgagtgattgatgaaaagaagtcaataccacggaataaagaatctacctcaa 43625355  T
Q  117 cagtggtaacaaaagcaaaagacagtatcctttttgccctctcacaggcagttctcaacctccttaaggattttgggttccgactgatgtccactttatt 216  Q
     |||| | |   |||||||||||||| |||||||| | ||||| || || ||||||||||| |||| || | ||| ||| | | | || ||||| || ||    
T  43625356 tagtgctgaacgaagcaaaagacagtgtcctttttcctctctcgcatgccgttctcaaccttcttatggctcttgagtttccaataatatccacattgtt 43625455  T
Q  217 cttcttttttaactcttcaacaaaatagttaaccattctgttatcaaagtcctcgcctccaaggtgcgtgtttcctgcggtggcttttacttcgaataga 316  Q
    |||||| |  || |||||  |||| ||||| |||||||| | |||||||||||| ||||||||||| |||||||| || |||||||| ||   ||| |      
T  43625456 cttcttctcaaattcttctgcaaagtagttcaccattctatcatcaaagtcctctcctccaaggtgagtgtttccagcagtggctttaacacggaagacc 43625555  T
Q  317 tcacccttaattgtgaggatagacacatcaaaagtaccgccacccagatcaaagacaaaaatatttcggttaccatcacagtcatttctcttatcaaggc 416  Q
    |   |||||||||| || |||||||||||||||||||| ||||| || |||||||  ||||||||||| |  ||| |||| | | ||||||| | |||||    
T  43625556 ttgtccttaattgtaagtatagacacatcaaaagtaccaccaccaaggtcaaagatgaaaatatttcgttctccaacacaattaattctcttgttaaggc 43625655  T
Q  417 catatgcaatagctgcagcagtaggttcattgatta 452  Q
    | ||||| | ||| ||||| || |||||||||||||    
T  43625656 cgtatgctagagcagcagctgttggttcattgatta 43625691  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #7
Raw Score: 85; E-Value: 3e-40
Query Start/End: Original strand, 49 - 477
Target Start/End: Complemental strand, 12245698 - 12245270
Alignment:
Q  49 ttcctcaaatttggcacgagtgattgatgaagaaaagtcgattcccataaataaagcatctacctcaacagtggtaacaaaagcaaaagacagtatcctt 148  Q
    ||||||||| || || ||| |||| ||||||||||| || || ||   |||||||| ||||||||||| ||| | ||||| |  ||| || ||||| |||    
T  12245698 ttcctcaaactttgcccgattgatggatgaagaaaaatcaatgccttgaaataaagaatctacctcaatagttgcaacaacaagaaacgaaagtattctt 12245599  T
Q  149 tttgccctctcacaggcagttctcaacctccttaaggattttgggttccgactgatgtccactttattcttcttttttaactcttcaacaaaatagttaa 248  Q
    |||||||||||||| ||||||||||| ||||| |||| |||||   |   ||| || |||| ||| |||||  | || ||||| |   |||| ||||| |    
T  12245598 tttgccctctcacaagcagttctcaatctcctcaaggcttttgaacttgcactaatatccaatttgttctttctcttgaactcctgtgcaaagtagttta 12245499  T
Q  249 ccattctgttatcaaagtcctcgcctccaaggtgcgtgtttcctgcggtggcttttacttcgaatagatcacccttaattgtgaggatagacacatcaaa 348  Q
    ||||||| |||||||| ||||| ||||||||||| |||||||| || ||||| || |||| ||| |  | | ||||||| || |||||||| || |||||    
T  12245498 ccattctattatcaaaatcctctcctccaaggtgagtgtttccagcagtggccttaacttggaagatgttatccttaatagttaggatagaaacgtcaaa 12245399  T
Q  349 agtaccgccacccagatcaaagacaaaaatatttcggttaccatcacagtcatttctcttatcaaggccatatgcaatagctgcagcagtaggttcattg 448  Q
    ||| || ||||| |||||||| |||||||| ||||  |  ||| |||| |||  |||||| |||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||     
T  12245398 agtgccaccaccaagatcaaacacaaaaatgtttctttctccaacacaatcagctctcttttcaaggccatatgcaacagctgcagcagtgggttcattc 12245299  T
Q  449 attatccgaatgacattaaggccagcaat 477  Q
    |||| ||  || ||||| || ||||||||    
T  12245298 attaccctcataacattgagaccagcaat 12245270  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #8
Raw Score: 79; E-Value: 1e-36
Query Start/End: Original strand, 49 - 447
Target Start/End: Complemental strand, 12258873 - 12258475
Alignment:
Q  49 ttcctcaaatttggcacgagtgattgatgaagaaaagtcgattcccataaataaagcatctacctcaacagtggtaacaaaagcaaaagacagtatcctt 148  Q
    ||||||||| ||||||||| ||||||||| |||||| || || ||   | |||||| ||||| ||||| ||| | ||||| |  | |||| |||   |||    
T  12258873 ttcctcaaacttggcacgattgattgatgcagaaaaatcaatgccatcacataaagaatctatctcaatagttgcaacaacaagataagaaagtgatctt 12258774  T
Q  149 tttgccctctcacaggcagttctcaacctccttaaggattttgggttccgactgatgtccactttattcttcttttttaactcttcaacaaaatagttaa 248  Q
    ||||| |||||||| || ||| |||| ||||| || | | |||| || | ||| || || ||||| |||||  | || |||||||| ||||| ||  | |    
T  12258773 tttgcactctcacaagctgttttcaatctcctcaaagctcttggatttccacttatatctactttgttctttctcttgaactcttctacaaagtaactca 12258674  T
Q  249 ccattctgttatcaaagtcctcgcctccaaggtgcgtgtttcctgcggtggcttttacttcgaatagatcacccttaattgtgaggatagacacatcaaa 348  Q
    ||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||| || || || || ||||  || | || | ||||||| || || | ||||||||||||    
T  12258673 ccattctattatcaaagtcctctcctccaaggtgcgtgtttccagctgtagccttaacttgaaagacattatccttaatggttagtagagacacatcaaa 12258574  T
Q  349 agtaccgccacccagatcaaagacaaaaatatttcggttaccatcacagtcatttctcttatcaaggccatatgcaatagctgcagcagtaggttcatt 447  Q
    ||| || ||||| |||||||||||||||||||| || ||  |  |||| | | |||| || |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  12258573 agtgccaccaccaagatcaaagacaaaaatattccgtttttcgacacaattaattcttttgtcaaggccatatgcaaaagctgcagcagtaggttcatt 12258475  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #9
Raw Score: 53; E-Value: 3e-21
Query Start/End: Original strand, 49 - 477
Target Start/End: Original strand, 11999283 - 11999698
Alignment:
Q  49 ttcctcaaatttggcacgagtgattgatgaagaaaagtcgattcccataaataaagcatctacctcaacagtggtaacaaaagcaaaagacagtatcctt 148  Q
    ||||||||| || || ||| |||| ||||||||||| || || ||   |||||||| ||||||||||| ||| | ||||| |  ||| || ||||| |||    
T  11999283 ttcctcaaactttgcccgattgatggatgaagaaaaatcaatgccttgaaataaagaatctacctcaatagttgcaacaacaagaaatgatagtattctt 11999382  T
Q  149 tttgccctctcacaggcagttctcaacctccttaaggattttgggttccgactgatgtccactttattcttcttttttaactcttcaacaaaatagttaa 248  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||| |||| |||||   | | ||| || |||||||  |||||  | || |||||||  ||||| ||         
T  11999383 tttgccctctcacaagcagttctcaacctcctcaaggcttttgaacttccactaatatccacttcgttctttatcttgaactcttgtacaaagta----- 11999477  T
Q  249 ccattctgttatcaaagtcctcgcctccaaggtgcgtgtttcctgcggtggcttttacttcgaatagatcacccttaattgtgaggatagacacatcaaa 348  Q
            |||||||| ||||| ||||| | ||| |||||||| || ||||| || |||| ||| | ||   |||||||||| || ||||||| ||||||    
T  11999478 --------ttatcaaaatcctctcctccgaagtgagtgtttccagctgtggccttaacttggaagacattgtccttaattgttagtatagacaaatcaaa 11999569  T
Q  349 agtaccgccacccagatcaaagacaaaaatatttcggttaccatcacagtcatttctcttatcaaggccatatgcaatagctgcagcagtaggttcattg 448  Q
    ||| || || || ||||||||||| ||||| ||||  |  ||| |||| |||  |||||| |||||||||||||||| || ||||||||| ||||||||     
T  11999570 agtgccaccgccaagatcaaagactaaaatgtttctttctccaacacaatcagctctcttgtcaaggccatatgcaacagttgcagcagtgggttcattc 11999669  T
Q  449 attatccgaatgacattaaggccagcaat 477  Q
    |||| ||  || ||||| | |||||||||    
T  11999670 attacccttataacattgatgccagcaat 11999698  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #10
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000007
Query Start/End: Original strand, 227 - 279
Target Start/End: Complemental strand, 17704169 - 17704117
Alignment:
Q  227 aactcttcaacaaaatagttaaccattctgttatcaaagtcctcgcctccaag 279  Q
    ||||||| |||||| ||||| ||||||||||||| ||| ||||| ||||||||    
T  17704169 aactcttgaacaaagtagttcaccattctgttattaaaatcctcacctccaag 17704117  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 215; Significance: 1e-118; HSPs: 3)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 215; E-Value: 1e-118
Query Start/End: Original strand, 19 - 477
Target Start/End: Complemental strand, 4678879 - 4678422
Alignment:
Q  19 catacactcattgaaaaagtccatgttaagttcctcaaatttggcacgagtgattgatgaagaaaagtcgattcccataaataaagcatctacctcaaca 118  Q
    ||||||||| ||||||| |||||| |||| ||||||||| ||||||||||| || |||||||||||||| ||||||  |||||||| |||||| ||||||    
T  4678879 catacactcgttgaaaaggtccatattaatttcctcaaacttggcacgagtaatagatgaagaaaagtctattccctgaaataaagaatctac-tcaaca 4678781  T
Q  119 gtggtaacaaaagcaaaagacagtatcctttttgccctctcacaggcagttctcaacctccttaaggattttgggttccgactgatgtccactttattct 218  Q
    ||||| ||||| || ||||| ||| |||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||  ||| |||||||| |||||||    
T  4678780 gtggtgacaaaggcgaaagagagtgtcctctttgccctctcgcaggcagttctcaacctccttaagggttttgcgttcttactaatgtccacattattct 4678681  T
Q  219 tcttttttaactcttcaacaaaatagttaaccattctgttatcaaagtcctcgcctccaaggtgcgtgtttcctgcggtggcttttacttcgaatagatc 318  Q
    ||||||| ||||| || ||||| ||||| ||||||||||||||||||||||| || || ||||| |||||||| || |||||||||||||| || | | |    
T  4678680 tctttttgaactcctctacaaagtagttcaccattctgttatcaaagtcctctccacctaggtgagtgtttccagcagtggcttttacttcaaagacacc 4678581  T
Q  319 acccttaattgtgaggatagacacatcaaaagtaccgccacccagatcaaagacaaaaatatttcggttaccatcacagtcatttctcttatcaaggcca 418  Q
    |||||| ||| | ||||||||||||||||||||||| ||||| || ||||||||||| |||||||| |||| |||||  ||| ||||||| ||||  |||    
T  4678580 acccttgattttaaggatagacacatcaaaagtaccaccaccaaggtcaaagacaaatatatttcgtttacaatcactttcacttctcttgtcaaaacca 4678481  T
Q  419 tatgcaatagctgcagcagtaggttcattgattatccgaatgacattaaggccagcaat 477  Q
    ||||||||||||||| |||||||||| ||||||||  ||||||||||||| ||||||||    
T  4678480 tatgcaatagctgcaacagtaggttcgttgattatttgaatgacattaagtccagcaat 4678422  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 110; E-Value: 3e-55
Query Start/End: Original strand, 17 - 477
Target Start/End: Original strand, 15594878 - 15595345
Alignment:
Q  17 ttcatacactcattgaaaaagtccatgttaagttcctcaaatttggcacgagtgattgatgaagaaaagtcgattcccataaataaagcatctacctcaa 116  Q
    |||||||| || || |||||||||||||| | ||| ||||| |||| |||||| |  |||||| | ||||| || ||  ||||||||  |||||||||||    
T  15594878 ttcatacaatccttaaaaaagtccatgttgatttcttcaaacttggaacgagtaaccgatgaaaagaagtcaataccgttaaataaacaatctacctcaa 15594977  T
Q  117 cagtggtaacaaaagcaaaagacagtatcctttttgccctctcacaggcagttctcaacctccttaaggattttgggttccgactgatgtccactttatt 216  Q
      || || |||  || |||||| |||| |||||||||||| || || ||||||||||| ||||| ||||   ||||||||| | | || |||||||| ||    
T  15594978 tggtagtgacagtagtaaaagagagtaccctttttgccctttcgcacgcagttctcaatctcctcaaggcccttgggttcccagtaatatccactttgtt 15595077  T
Q  217 cttcttttttaactcttcaacaaaatagttaaccattctgttatcaaagtcctcgcctccaaggtgcgtgtttcctgcggtggcttttacttcgaataga 316  Q
    |||| | || || || |   |||| ||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||  | ||||| || |||| ||| |      
T  15595078 cttcgtcttgaattcctgcgcaaagtagttgaccattctgttatcaaagtcctctcctccaaggtgagtgtttccgcctgtggccttaacttggaagacc 15595177  T
Q  317 tcacccttaattgtgaggatagacacatcaaaagtaccgccacccagatcaaagacaaaaatatttcggttaccatcacagtcatttctcttatcaaggc 416  Q
    |   |||||||||| |||||||||||||||||||| || ||||| ||||||||||||||||||||||  |  ||| |||||| | | ||||| |||||||    
T  15595178 ttgtccttaattgttaggatagacacatcaaaagtgccaccaccaagatcaaagacaaaaatatttctttctccaacacagttaatcctcttgtcaaggc 15595277  T
Q  417 catatgcaatagctg-------cagcagtaggttcattgattatccgaatgacattaaggccagcaat 477  Q
    |||||||||||||||       |||| || ||||||||||||| ||| || |||||||||||||||||    
T  15595278 catatgcaatagctgcagctgtcagctgtcggttcattgattacccgtataacattaaggccagcaat 15595345  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 72; E-Value: 2e-32
Query Start/End: Original strand, 249 - 483
Target Start/End: Complemental strand, 34466885 - 34466651
Alignment:
Q  249 ccattctgttatcaaagtcctcgcctccaaggtgcgtgtttcctgcggtggcttttacttcgaatagatcacccttaattgtgaggatagacacatcaaa 348  Q
    ||||||| |||||||||||||| | ||| ||||| ||||| || |  ||||| || ||||| || | || | |||||||||| |||| ||||||||||||    
T  34466885 ccattctattatcaaagtcctctcgtccgaggtgagtgttaccagaagtggccttaacttcaaagacattatccttaattgtaaggagagacacatcaaa 34466786  T
Q  349 agtaccgccacccagatcaaagacaaaaatatttcggt-taccatcacagtcatttctcttatcaaggccatatgcaatagctgcagcagtaggttcatt 447  Q
    ||| || ||||| || |||||||| ||||||||||  | | ||| || |||||  |||||| ||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  34466785 agtcccaccaccaaggtcaaagacgaaaatatttccttcttcca-caaagtcagctctcttgtcaagtccatatgcaatagctgcagcagtgggttcatt 34466687  T
Q  448 gattatccgaatgacattaaggccagcaatagtacc 483  Q
    ||||||  | |  |||||||||||||||||||||||    
T  34466686 gattatttgcaaaacattaaggccagcaatagtacc 34466651  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 64; Significance: 9e-28; HSPs: 2)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 64; E-Value: 9e-28
Query Start/End: Original strand, 17 - 300
Target Start/End: Original strand, 28219762 - 28220045
Alignment:
Q  17 ttcatacactcattgaaaaagtccatgttaagttcctcaaatttggcacgagtgattgatgaagaaaagtcgattcccataaataaagcatctacctcaa 116  Q
    |||| ||||||||||||||  ||||| || | ||||||||| || |||||||| ||||||||| | || || || ||   |||||||| |||||||||||    
T  28219762 ttcaaacactcattgaaaagatccatattgatttcctcaaacttagcacgagtaattgatgaaaagaaatcaatgccttcaaataaagaatctacctcaa 28219861  T
Q  117 cagtggtaacaaaagcaaaagacagtatcctttttgccctctcacaggcagttctcaacctccttaaggattttgggttccgactgatgtccactttatt 216  Q
      ||||  |||| ||||||||| ||| |||||||||| ||||  || || ||||||||||||||||||| | ||| ||| | | | |||||||| || ||    
T  28219862 tggtggcgacaacagcaaaagatagtgtcctttttgctctcttgcacgctgttctcaacctccttaaggctcttgagtttccagtaatgtccaccttgtt 28219961  T
Q  217 cttcttttttaactcttcaacaaaatagttaaccattctgttatcaaagtcctcgcctccaaggtgcgtgtttcctgcggtggc 300  Q
    |||||| || ||||| ||  | || ||||| ||||| ||  ||||||||||||| || || ||||| |||||||| ||||||||    
T  28219962 cttcttcttaaactcctctgcgaagtagttcaccatcctactatcaaagtcctctcccccgaggtgagtgtttccagcggtggc 28220045  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000002
Query Start/End: Original strand, 332 - 485
Target Start/End: Original strand, 28220110 - 28220263
Alignment:
Q  332 aggatagacacatcaaaagtaccgccacccagatcaaagacaaaaatatttcggt-taccatcacagtcatttctcttatcaaggccatatgcaatagct 430  Q
    |||| ||||||||||||||| || |||||||| |||||||  ||||||||||| | | ||||  |||| | |||| || || |  ||||||||||||||     
T  28220110 aggagagacacatcaaaagtcccaccacccaggtcaaagatgaaaatatttcgttctcccatg-cagttagttcttttgtccaatccatatgcaatagca 28220208  T
Q  431 gcagcagtaggttcattgattatccgaatgacattaaggccagcaatagtacctg 485  Q
    |||||||| |||||||||| |||||  |  ||||| || |||||||| |||||||    
T  28220209 gcagcagtgggttcattgactatccttagaacatttagaccagcaatggtacctg 28220263  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 58; Significance: 3e-24; HSPs: 3)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 58; E-Value: 3e-24
Query Start/End: Original strand, 97 - 314
Target Start/End: Original strand, 43744740 - 43744957
Alignment:
Q  97 aaataaagcatctacctcaacagtggtaacaaaagcaaaagacagtatcctttttgccctctcacaggcagttctcaacctccttaaggattttgggttc 196  Q
    |||||||| ||||||||||| |||||| |||| ||||||||| | | |||||||||| || || || || ||||||||||||||||| | | |||||||     
T  43744740 aaataaagaatctacctcaatagtggtgacaacagcaaaagataatgtcctttttgctctttcgcatgctgttctcaacctccttaatgctcttgggttt 43744839  T
Q  197 cgactgatgtccactttattcttcttttttaactcttcaacaaaatagttaaccattctgttatcaaagtcctcgcctccaaggtgcgtgtttcctgcgg 296  Q
    | | | |||||||| || |||||||| || ||||| ||  | || ||||| ||||| || |||||||| ||||| ||||| ||||| |||||||| | ||    
T  43744840 ccagtaatgtccaccttgttcttcttcttaaactcctctgcgaagtagttcaccatcctattatcaaaatcctctcctccgaggtgagtgtttccagagg 43744939  T
Q  297 tggcttttacttcgaata 314  Q
    |||| || |||| |||||    
T  43744940 tggccttcacttggaata 43744957  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 46; E-Value: 5e-17
Query Start/End: Original strand, 321 - 454
Target Start/End: Original strand, 43744997 - 43745130
Alignment:
Q  321 ccttaattgtgaggatagacacatcaaaagtaccgccacccagatcaaagacaaaaatatttcggttaccatcacagtcatttctcttatcaaggccata 420  Q
    |||||||||| |||| ||||||||||||||| || |||||||| |||||||  ||||||||||     |   || ||| | ||||||| || || |||||    
T  43744997 ccttaattgtaaggagagacacatcaaaagtcccaccacccaggtcaaagatgaaaatatttcttcctcgcacagagttagttctcttttccagaccata 43745096  T
Q  421 tgcaatagctgcagcagtaggttcattgattatc 454  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  43745097 tgcaatagctgcagcagtgggttcattgattatc 43745130  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000001
Query Start/End: Original strand, 144 - 477
Target Start/End: Original strand, 12528475 - 12528808
Alignment:
Q  144 tcctttttgccctctcacaggcagttctcaacctccttaaggattttgggttccgactgatgtccactttattcttcttttttaactcttcaacaaaata 243  Q
    ||||||| ||| |||| |||  ||||||||| ||||||| || ||||| ||||| | | ||||| ||||| |||||| | || |||||||  ||||| |     
T  12528475 tccttttcgccttctcgcagttagttctcaatctccttagggcttttgagttcccaataatgtcaactttgttcttcctcttaaactctttcacaaagtg 12528574  T
Q  244 gttaaccattctgttatcaaagtcctcgcctccaaggtgcgtgtttcctgcggtggcttttacttcgaatagatcacccttaattgtgaggatagacaca 343  Q
     || |||||||  |||||||||||||| ||||||||||| |||| ||| || ||||| || |||||||| | || |  ||| | ||| || | |||||||    
T  12528575 attcaccattcgattatcaaagtcctctcctccaaggtgagtgtctccggcagtggccttgacttcgaagacattattctttactgtaagaagagacaca 12528674  T
Q  344 tcaaaagtaccgccacccagatcaaagacaaaaatatttcggttaccatcacagtcatttctcttatcaaggccatatgcaatagctgcagcagtaggtt 443  Q
    |||||||| || || || || ||||| | ||||||  |||  |   ||  ||| | |  |||||| | || ||||||||||| ||| || ||||| ||||    
T  12528675 tcaaaagttccaccgccaaggtcaaaaataaaaatccttctctcttcaagacaattagctctcttttgaatgccatatgcaagagcagctgcagttggtt 12528774  T
Q  444 cattgattatccgaatgacattaaggccagcaat 477  Q
    | ||||||||||| || ||||| |||||||||||    
T  12528775 cgttgattatccgtattacattgaggccagcaat 12528808  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 47; Significance: 1e-17; HSPs: 5)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 47; E-Value: 1e-17
Query Start/End: Original strand, 242 - 468
Target Start/End: Original strand, 28910651 - 28910877
Alignment:
Q  242 tagttaaccattctgttatcaaagtcctcgcctccaaggtgcgtgtttcctgcggtggcttttacttcgaatagatcacccttaattgtgaggatagaca 341  Q
    ||||| ||||| || ||||||| ||||||| | || ||||| |||||||| |||||||| || |||| ||| |  | | ||| |||||| |||| ||| |    
T  28910651 tagttcaccatcctattatcaatgtcctcgaccccgaggtgagtgtttccagcggtggccttaacttggaagaccttatcctgaattgtaaggagagaaa 28910750  T
Q  342 catcaaaagtaccgccacccagatcaaagacaaaaatatttcggttaccatcacagtcatttctcttatcaaggccatatgcaatagctgcagcagtagg 441  Q
    |||||||||| || | |||||| || ||||  ||| ||||||| |  ||| |||| |||  |||||| || |||||||||| ||||||| |||||||  |    
T  28910751 catcaaaagtcccactacccaggtcgaagatgaaagtatttcgttctccagcacactcagctctcttgtcgaggccatatgaaatagctacagcagtgag 28910850  T
Q  442 ttcattgattatccgaatgacattaag 468  Q
     |||||||||||||| || ||||||||    
T  28910851 ctcattgattatccgcataacattaag 28910877  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 410 - 479
Target Start/End: Original strand, 11170807 - 11170876
Alignment:
Q  410 tcaaggccatatgcaatagctgcagcagtaggttcattgattatccgaatgacattaaggccagcaatag 479  Q
    ||||||||||||||||| || || |||||||| ||||||| ||| || |  ||||| |||||||||||||    
T  11170807 tcaaggccatatgcaattgcagctgcagtaggctcattgagtattcgcaaaacattgaggccagcaatag 11170876  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 418 - 467
Target Start/End: Complemental strand, 11314659 - 11314610
Alignment:
Q  418 atatgcaatagctgcagcagtaggttcattgattatccgaatgacattaa 467  Q
    ||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||  | ||||||||||    
T  11314659 atatgcaatggctgcagcactaggttcattgattatttgcatgacattaa 11314610  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000007
Query Start/End: Original strand, 410 - 478
Target Start/End: Original strand, 11156507 - 11156575
Alignment:
Q  410 tcaaggccatatgcaatagctgcagcagtaggttcattgattatccgaatgacattaaggccagcaata 478  Q
    ||||| ||||||||||| || || |||| ||| ||||||||||| || || ||||| ||||||||||||    
T  11156507 tcaagaccatatgcaattgcagctgcagaaggctcattgattattcgcataacattgaggccagcaata 11156575  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000007
Query Start/End: Original strand, 410 - 478
Target Start/End: Original strand, 11196960 - 11197028
Alignment:
Q  410 tcaaggccatatgcaatagctgcagcagtaggttcattgattatccgaatgacattaaggccagcaata 478  Q
    ||||| ||||||||||| || || |||| ||| ||||||||||| || || ||||| ||||||||||||    
T  11196960 tcaagaccatatgcaattgcagctgcagaaggctcattgattattcgcataacattgaggccagcaata 11197028  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University