View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF1584_high_1 (Length: 683)

Name: NF1584_high_1
Description: NF1584
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF1584_high_1
NF1584_high_1
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (1-673)||(23324449-23325121)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 657; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 657; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 673
Target Start/End: Complemental strand, 23325121 - 23324449
Alignment:
Q  1 ctggcaccaatgacactgatcttgcacctagtagctcaatcggagatactgtatacatatttatatatgtatacataatcgccctttgtgctcattctgt 100  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  23325121 ctggcaccaatgacgctgatcttgcacctagtagctcaatcggagatactgtatacatatttatatatgtatacataatcgccctttgtgctcattctgt 23325022  T
Q  101 tttcgagggcttagcaattggtgtttccgtgacaaaagcagacgcatggaaagctttatggacaatctgtttgcacaaaatattcgcagccattgccatg 200  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  23325021 tttcgagggcttagcaattggtgtttccgtgacaaaagcagacgcatggaaagctttatggacaatctgtttgcacaaaatatttgcagccattgccatg 23324922  T
Q  201 ggcatagcactccttaggatggttcctaatcgacctctactatcatgcgcagcctacgcttttgcattcgcaatctctagtccaattggtgtggccattg 300  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  23324921 ggcatagcactccttaggatggttcctaatcgacctctactatcatgcgcagcctacgcttttgcatttgcaatctctagtccaattggtgtggccattg 23324822  T
Q  301 gaattgtattagattccacaactcaaggtcatgtggccgattggattttcgccatttctatgggtctagcttgtggtgtgtttatctatgtttcaataaa 400  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  23324821 gaattgtattagattccacaactcaaggtcatgtggccgattggattttcgccatttctatgggtctagcttgtggtgtgtttatctatgtttcaataaa 23324722  T
Q  401 ccatctatttgctaagggttatgtgcctcataaacattcaaaggccgactcagcctatatgaagtttcttgcggtatcgctgggaataggagttatagct 500  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  23324721 ccatctatttgctaagggttatgtgcctcataaacattcaaaggccgactcagcctatatgaagtttcttgcggtatcgctgggaataggagttatagct 23324622  T
Q  501 gttgttatgatatgggatacctaagatgcttcagaagcaagaagaaattttagtcttttatttataattgtttataatacttttgatttaataatatcat 600  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  23324621 gttgttatgatatgggatacctaagatgcttcagaagcaagaagaaattttagtcttttatttttaattgtttataatacttttgatttaataatatcat 23324522  T
Q  601 accttttgttagttagccaagttgatttgttttataaggatgatatttatattttgtagttcaatgatgatgt 673  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  23324521 accttttgttagttagccaagttgatttgttttataaggatgatatttatattttgtagttcaatgatgatgt 23324449  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University