View Alignment
This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.
| Legend |
| | Query |
| | Query hiting target |
| Query hiting target's complemental strand |
| | Query's complemental strand hiting target |
| Query's complemental strand hiting target's complemental strand |
|
Alignment Overview
Query: NF15853_low_1 (Length: 845)
Name: NF15853_low_1
Description: NF15853
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)
| [»] NF15853_low_1 |
 | |
|
Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 638; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr5
Description:
Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 638; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 15 - 828
Target Start/End: Complemental strand, 7265026 - 7264205
Alignment:
| Q |
15 |
cataggcaggtatgttatggattggtatgaaaaggatagtatgtgaatatgtcaaagtgatgctttaagtcatgatgtttctgctgtctggccaaagcca |
114 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |
|
|
| T |
7265026 |
cataggcaggtatgttatggattggtatgaaaaggatagtatgtgaatatgtcaaagtgatgctttaagtcatgatgtttctgttgtctggccaaagcca |
7264927 |
T |
|
| Q |
115 |
aacattacttttggagattttatcataatgataatgatacttatgtcttctttttagtaatccataatttcgttgctaatttgaataggactgtgtctta |
214 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
7264926 |
aacattacttttggagattttatcataatgataatgatccttatgtcttctttttagtaatccataatttcgttgctaatttgaataggactgtgtctta |
7264827 |
T |
|
| Q |
215 |
ac-nnnnnnnnacccaagaagtttatttcccacgataatatattcaactttggaata---aaccaatgcttctgctaaaacctatacacacggtgaaatg |
310 |
Q |
| |
|
|| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
7264826 |
actttttttttacccaagaagtttatttcccacgataatatattcaactttggaataaacaaccaatgcttctgctaaaacctatacacacggtgaaatg |
7264727 |
T |
|
| Q |
311 |
tattggaaaatatagaagcatgcatatgagtcaaggtt----tgaatgaatgnnnnnnnnnnnntgtggtgtacaagtagctacagtctgaactttgaat |
406 |
Q |
| |
|
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
7264726 |
tcttggaaaatatagaagcatgcatatgagtcaaggtttgaatgaatgaatgaaaaacaaaaaatgtggtgtacaagtagctacagtctgaactttgaat |
7264627 |
T |
|
| Q |
407 |
gcagatatttcatatttgagtaatcaatgtcagaatgtacgttctcattaattcgtcgttgataagacatgcatcctccaacatccacttactagtatca |
506 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
7264626 |
gcagatatttcatatttgagtaatcaatgtcagaatgtacgttctcattaattcgtcgttgataagacatgcatcctccaacatccacttactagtatca |
7264527 |
T |
|
| Q |
507 |
ttttcttttgtcannnnnnnncaataagtcaaatttattaaaacgtttcaggtcaggtggaccaaaacaagcagtacaagcatgtaagtatgattttatt |
606 |
Q |
| |
|
||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
7264526 |
ttttcttttgtca-tatttttcaataagtcaaatttattaaaacgtttcaggtcaggtggaccaaaacaagcagtacaagcatgtaagtatgattttatt |
7264428 |
T |
|
| Q |
607 |
ttatcaaaagaaattcattattatgattatctagcaaaaataataatgattatatga-atatannnnnnngaatttaaaaaataagatatataatttact |
705 |
Q |
| |
|
|||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| | |||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
7264427 |
ttatcaaaggaaattcattattatgattatctagcaaaaataataatgattatatgatatagatttttttgaatttaaaaaataagatatataatttact |
7264328 |
T |
|
| Q |
706 |
tcgtaaaacgtataaaatgatatagtcacactcttagtagaaactaaatcaacaataagcctagctaaaaatcttatagctcatgcgagaagtaaacata |
805 |
Q |
| |
|
||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |
|
|
| T |
7264327 |
tcgtaaaacgtattaaatgatatagtcacactcttagtagaaactaaatcaacaataagcctagctaaaaatcttatagctcatgtgagaagtaaacata |
7264228 |
T |
|
| Q |
806 |
tatatagagatcaagttacattt |
828 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
7264227 |
tatatagagatcaagttacattt |
7264205 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 55; E-Value: 4e-22
Query Start/End: Original strand, 733 - 828
Target Start/End: Complemental strand, 7248056 - 7247965
Alignment:
| Q |
733 |
acactcttagtagaaactaaatcaacaataagcctagctaaaaatcttatagctcatgcgagaagtaaacatatatatagagatcaagttacattt |
828 |
Q |
| |
|
||||||||||| || | |||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
7248056 |
acactcttagtggacaataaatcaacaataagcctagctaaaattctcatagctcatgcaagaagtaaaca----tatagagatcaagttacattt |
7247965 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
© Oklahoma State University