View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF15856_high_12 (Length: 352)

Name: NF15856_high_12
Description: NF15856
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF15856_high_12
NF15856_high_12
[»] chr2 (16 HSPs)
chr2 (1-344)||(32310361-32310704)
chr2 (1-344)||(32564116-32564459)
chr2 (1-344)||(32813779-32814122)
chr2 (1-344)||(32786568-32786914)
chr2 (1-344)||(28214132-28214475)
chr2 (1-344)||(28221809-28222152)
chr2 (1-344)||(32306228-32306574)
chr2 (104-296)||(32317376-32317567)
chr2 (1-62)||(32792951-32793012)
chr2 (248-342)||(28174609-28174704)
chr2 (248-328)||(28171417-28171497)
chr2 (248-326)||(28183014-28183094)
chr2 (104-168)||(28158724-28158788)
chr2 (104-168)||(28169293-28169357)
chr2 (5-168)||(28177383-28177551)
chr2 (130-181)||(28183155-28183206)


Alignment Details
Target: chr2 (Bit Score: 308; Significance: 1e-173; HSPs: 16)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 308; E-Value: 1e-173
Query Start/End: Original strand, 1 - 344
Target Start/End: Complemental strand, 32310704 - 32310361
Alignment:
Q  1 atctgaagcataagcagaaaccaatctggcagtcttctcttgagccatcagctgttgatcagcaaacaataaccctcttcctctcaacaaactctgatag 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  32310704 atctgaagcataagcagaaaccaatctggcagtcttctcttgagccatcagctgttgatcagcaaacaataaccctcttcctctcaacaaactctgatag 32310605  T
Q  101 tagtgagtgtcaaaagatgctccagatggcactgcagatgacaatgcttgcatgtatgacatccctttgtcattagagtgatgaacatttactggctttg 200  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || | ||||||||    
T  32310604 tagtgagtgtcaaaagatgctccagatggcactgcagatgacaatgcttgcatgtatgacatccctttgtcattagagtgatgaacgttcattggctttg 32310505  T
Q  201 aaactgtaaacgtcgaaaacgtgccattgctgctggaattattcttattgttgtcaggacagtttagcctcatctgactgagaaaatcgagaggtatact 300  Q
    || ||||||||| |||||||||||| ||||||||| |||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  32310504 aagctgtaaacgacgaaaacgtgccgttgctgctgaaattgttcttactgttgtcaggacagtttagcctcatctgactgagaaaatcgagaggtatact 32310405  T
Q  301 cggatctggttgccctgttccttgaaagtcgtacagcctttgct 344  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  32310404 cggatctggttgccctgttccttgaaagtcgtacagcctttgct 32310361  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 296; E-Value: 1e-166
Query Start/End: Original strand, 1 - 344
Target Start/End: Original strand, 32564116 - 32564459
Alignment:
Q  1 atctgaagcataagcagaaaccaatctggcagtcttctcttgagccatcagctgttgatcagcaaacaataaccctcttcctctcaacaaactctgatag 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  32564116 atctgaagcataagcagaaaccaatctggcagtcttctcttgagccatcagctgttgatcagcaaacaataaccctcttcctctcaacaaactctgatag 32564215  T
Q  101 tagtgagtgtcaaaagatgctccagatggcactgcagatgacaatgcttgcatgtatgacatccctttgtcattagagtgatgaacatttactggctttg 200  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || | ||||||||    
T  32564216 tagtgagtgtcaaaaaatgctccagatggaactgcagatgacaatgcttgcatgtatgacatccctttgtcattagagtgatgaacgttcattggctttg 32564315  T
Q  201 aaactgtaaacgtcgaaaacgtgccattgctgctggaattattcttattgttgtcaggacagtttagcctcatctgactgagaaaatcgagaggtatact 300  Q
    || ||||||||| |||||||||||| ||||||||| |||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  32564316 aagctgtaaacgacgaaaacgtgccgttgctgctgaaattgttcttactgttgtcaggacagtttagcctcatctgactgagaaaatcgagaggtatact 32564415  T
Q  301 cggatctggttgccctgttccttgaaagtcgtacagcctttgct 344  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  32564416 cggatctggttgccctgttccttgaaagtcgtacaacctttgct 32564459  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 296; E-Value: 1e-166
Query Start/End: Original strand, 1 - 344
Target Start/End: Original strand, 32813779 - 32814122
Alignment:
Q  1 atctgaagcataagcagaaaccaatctggcagtcttctcttgagccatcagctgttgatcagcaaacaataaccctcttcctctcaacaaactctgatag 100  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  32813779 atctgaagcataagcaaaaaccaatctggcagtcttctcttgagccatcagctgttgatcagcaaacaataaccctcttcctctcaacaaactctgatag 32813878  T
Q  101 tagtgagtgtcaaaagatgctccagatggcactgcagatgacaatgcttgcatgtatgacatccctttgtcattagagtgatgaacatttactggctttg 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||| | ||||||||    
T  32813879 tagtgagtgtcaaaagatgctccagatggtactgcagatgacaatgcttgcatgtatgacatccctttgtcattagagagttgaacattcattggctttg 32813978  T
Q  201 aaactgtaaacgtcgaaaacgtgccattgctgctggaattattcttattgttgtcaggacagtttagcctcatctgactgagaaaatcgagaggtatact 300  Q
    || |||||||||||||||||||||| ||||||||| |||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  32813979 aagctgtaaacgtcgaaaacgtgccgttgctgctgaaattgttcttactgttgtcaggacagtttagcctcatctgactgagaaaatcgagaggtatact 32814078  T
Q  301 cggatctggttgccctgttccttgaaagtcgtacagcctttgct 344  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  32814079 cggatctggttgccctgttccttgaaagtcgtacaacctttgct 32814122  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 285; E-Value: 1e-160
Query Start/End: Original strand, 1 - 344
Target Start/End: Original strand, 32786568 - 32786914
Alignment:
Q  1 atctgaagcataagcagaaaccaatctggcagtcttctcttgagccatcagctgttgatcagcaaacaataaccctcttcctctcaacaaactctgatag 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  32786568 atctgaagcataagcagaaaccaatctggcagtcttctcttgagccatcagctgttgatcagcaaacaataaccctcttcctctcaacaaactctgatag 32786667  T
Q  101 tagtgagtgtcaaaagatgctccagatggcactgcagatgacaatgcttgcatgtatgacatccctttgtc---attagagtgatgaacatttactggct 197  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||   | |||||||||||||||| | |  ||    
T  32786668 tagtgagtgtcaaaagatgctccagatggcactgcagatgacaatgcttgcatgtatgacatccctttgtcactactagagtgatgaacattcattttct 32786767  T
Q  198 ttgaaactgtaaacgtcgaaaacgtgccattgctgctggaattattcttattgttgtcaggacagtttagcctcatctgactgagaaaatcgagaggtat 297  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||  |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  32786768 ttgaaattgtaaacgtcgaaaacgtgccgttgctgctgatattattcttactgttgtcaggacagtttagcctcatctgactgagaaaatcgagaggtat 32786867  T
Q  298 actcggatctggttgccctgttccttgaaagtcgtacagcctttgct 344  Q
    ||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  32786868 acttgggtctggttgccctgttccttgaaagtcgtacagcctttgct 32786914  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 272; E-Value: 1e-152
Query Start/End: Original strand, 1 - 344
Target Start/End: Original strand, 28214132 - 28214475
Alignment:
Q  1 atctgaagcataagcagaaaccaatctggcagtcttctcttgagccatcagctgttgatcagcaaacaataaccctcttcctctcaacaaactctgatag 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  28214132 atctgaagcataagcagaaaccaatttggctgtcttctcttcagccatcagctgttgatcagcaaacaataaccctcttcctctcaacaatctctgatag 28214231  T
Q  101 tagtgagtgtcaaaagatgctccagatggcactgcagatgacaatgcttgcatgtatgacatccctttgtcattagagtgatgaacatttactggctttg 200  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||| | ||||||||    
T  28214232 tagtgagtgtcaaaagatgctccagatgacactgcagatgacaatgcttgcttgtatgacatccctttgttattagagtgatgaacattcattggctttg 28214331  T
Q  201 aaactgtaaacgtcgaaaacgtgccattgctgctggaattattcttattgttgtcaggacagtttagcctcatctgactgagaaaatcgagaggtatact 300  Q
    |||||||||||||||||||| | || |||||||||  |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| || |||||||||||||||||    
T  28214332 aaactgtaaacgtcgaaaacattccgttgctgctgacattattcttattgttgtcaggacagttttgcctcatctgactaaggaaatcgagaggtatact 28214431  T
Q  301 cggatctggttgccctgttccttgaaagtcgtacagcctttgct 344  Q
    ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28214432 cgggtctggttgccctgttccttgaaagtcgtacagcctttgct 28214475  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #6
Raw Score: 272; E-Value: 1e-152
Query Start/End: Original strand, 1 - 344
Target Start/End: Complemental strand, 28222152 - 28221809
Alignment:
Q  1 atctgaagcataagcagaaaccaatctggcagtcttctcttgagccatcagctgttgatcagcaaacaataaccctcttcctctcaacaaactctgatag 100  Q
    |||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28222152 atctgaagcataagcaaaaaccaatatggcagtcttctcttaagccatcagctgttgatcagcaaacaataaccctcttcctctcaacaaactctgatag 28222053  T
Q  101 tagtgagtgtcaaaagatgctccagatggcactgcagatgacaatgcttgcatgtatgacatccctttgtcattagagtgatgaacatttactggctttg 200  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||| | ||||||||    
T  28222052 tagtgagtgtcaaaagatgctccagatgacactgcagatgacaatgcttgcttgtatgacatccctttgttattagagtgatgaacattcattggctttg 28221953  T
Q  201 aaactgtaaacgtcgaaaacgtgccattgctgctggaattattcttattgttgtcaggacagtttagcctcatctgactgagaaaatcgagaggtatact 300  Q
    |||||||||||||||||||| | || |||||| ||  |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  28221952 aaactgtaaacgtcgaaaacattccgttgctgatgacattattcttattgttgtcaggacagttttgcctcatctgactgaggaaatcgagaggtatact 28221853  T
Q  301 cggatctggttgccctgttccttgaaagtcgtacagcctttgct 344  Q
    ||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  28221852 cgggtctggttgccctgttccttgaaagtcgtagagcctttgct 28221809  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #7
Raw Score: 269; E-Value: 1e-150
Query Start/End: Original strand, 1 - 344
Target Start/End: Complemental strand, 32306574 - 32306228
Alignment:
Q  1 atctgaagcataagcagaaaccaatctggcagtcttctcttgagccatcagctgttgatcagcaaacaataaccctcttcctctcaacaaactctgatag 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  32306574 atctgaagcataagcagaaaccaatctggcagtcttctcttgagccatcagctgttgatcagaaaacaataaccctcttcctctcaacaaactctgatag 32306475  T
Q  101 tagtgagtgtcaaaagatgctccagatggcactgcagatgacaatgcttgcatgtatgacatccctttgtc---attagagtgatgaacatttactggct 197  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||   | ||||||||||| ||||||||||||    
T  32306474 tagtgagtgtcaaaatatgctccagatggcactgcagatgacaatgcttgcatgtatgacatccctttgtcactactagagtgatgagcatttactggct 32306375  T
Q  198 ttgaaactgtaaacgtcgaaaacgtgccattgctgctggaattattcttattgttgtcaggacagtttagcctcatctgactgagaaaatcgagaggtat 297  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||  ||| |||||| ||| ||||||||||||||| |||||| |||||| |||||||||||||||    
T  32306374 ttgaaactgtaaacgtcgaaaacgtgccgttgctgttgatattgttcttactgtagtcaggacagtttagtctcatcagactgaaaaaatcgagaggtat 32306275  T
Q  298 actcggatctggttgccctgttccttgaaagtcgtacagcctttgct 344  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  32306274 actcgggtctggttgccctgttccttgaaagtcgtacaacctttgct 32306228  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #8
Raw Score: 81; E-Value: 4e-38
Query Start/End: Original strand, 104 - 296
Target Start/End: Complemental strand, 32317567 - 32317376
Alignment:
Q  104 tgagtgtcaaaagatgctccagatggcactgcagatgacaatgcttgcatgtatgacatccctttgtcattagagtgatgaacatttactggctttgaaa 203  Q
    |||||||||||||||| |  ||||||||||||| ||||||| ||||||  |||||| |||||||| | |||||||||||| ||||| | |||||||||||    
T  32317567 tgagtgtcaaaagatgtta-agatggcactgcatatgacaaagcttgcgcgtatgatatccctttattattagagtgatggacattaattggctttgaaa 32317469  T
Q  204 ctgtaaacgtcgaaaacgtgccattgctgctggaattattcttattgttgtcaggacagtttagcctcatctgactgagaaaatcgagaggta 296  Q
    || ||| ||||||||| || |  ||| |||||  |||||||| ||||||||||||||| ||| ||||||| ||||| ||||||||||||||||    
T  32317468 ctataaccgtcgaaaatgtactgttgttgctgatattattctaattgttgtcaggacaattttgcctcatatgacttagaaaatcgagaggta 32317376  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #9
Raw Score: 62; E-Value: 1e-26
Query Start/End: Original strand, 1 - 62
Target Start/End: Original strand, 32792951 - 32793012
Alignment:
Q  1 atctgaagcataagcagaaaccaatctggcagtcttctcttgagccatcagctgttgatcag 62  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  32792951 atctgaagcataagcagaaaccaatctggcagtcttctcttgagccatcagctgttgatcag 32793012  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #10
Raw Score: 44; E-Value: 5e-16
Query Start/End: Original strand, 248 - 342
Target Start/End: Complemental strand, 28174704 - 28174609
Alignment:
Q  248 ttgttgtcaggacagtttagcctcatctgactgagaaaatcgagaggtatac-tcggatctggttgccctgttccttgaaagtcgtacagcctttg 342  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||| |||| |||||  | | ||||||||| ||||||||| ||||| |||||| |||||    
T  28174704 ttgttgtctggacagtttagcctcatctgactaagaaaatcaagagctatacgacaggtctggttgcgctgttcctttaaagttgtacagactttg 28174609  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #11
Raw Score: 37; E-Value: 0.000000000008
Query Start/End: Original strand, 248 - 328
Target Start/End: Complemental strand, 28171497 - 28171417
Alignment:
Q  248 ttgttgtcaggacagtttagcctcatctgactgagaaaatcgagaggtatactcggatctggttgccctgttccttgaaag 328  Q
    ||||||||  |||||||| ||||||||| ||| || ||||| ||| |||||||| | ||||||||| ||||||||||||||    
T  28171497 ttgttgtcttgacagttttgcctcatcttactaagcaaatcaagaagtatactcaggtctggttgcgctgttccttgaaag 28171417  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #12
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000005
Query Start/End: Original strand, 248 - 326
Target Start/End: Complemental strand, 28183094 - 28183014
Alignment:
Q  248 ttgttgtcaggacagtttagcctcatctgactgagaaaatcgagagg--tatactcggatctggttgccctgttccttgaa 326  Q
    |||||||| ||||||||| ||||||||||||| || ||||| ||| |  ||||||| |||| ||||||| |||||||||||    
T  28183094 ttgttgtctggacagttttgcctcatctgactaaggaaatcaagaagtatatactcagatccggttgccttgttccttgaa 28183014  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #13
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 104 - 168
Target Start/End: Complemental strand, 28158788 - 28158724
Alignment:
Q  104 tgagtgtcaaaagatgctccagatggcactgcagatgacaatgcttgcatgtatgacatcccttt 168  Q
    ||||||||||| |||||| |||||| ||||||||| |||||  |||||||| |||||||| ||||    
T  28158788 tgagtgtcaaatgatgcttcagatgacactgcagacgacaactcttgcatgcatgacatcacttt 28158724  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #14
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 104 - 168
Target Start/End: Complemental strand, 28169357 - 28169293
Alignment:
Q  104 tgagtgtcaaaagatgctccagatggcactgcagatgacaatgcttgcatgtatgacatcccttt 168  Q
    ||||||||||| |||||| |||||| ||||||||| |||||  |||||||| |||||||| ||||    
T  28169357 tgagtgtcaaatgatgcttcagatgacactgcagacgacaactcttgcatgcatgacatcacttt 28169293  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #15
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 5 - 168
Target Start/End: Complemental strand, 28177551 - 28177383
Alignment:
Q  5 gaagcataagcagaaaccaatctggcagtcttctcttgagccatcagctgttgatcagcaaacaataaccctc-----ttcctctcaacaaactctgata 99  Q
    ||||||| |||||||| ||| || ||| |  |||||  ||||||||||||||||| ||| |||| || |||||     ||||||| || |||||| ||||    
T  28177551 gaagcattagcagaaatcaacctagcactgctctctccagccatcagctgttgattagcgaacagtagccctcccctcttcctcttaataaactcggata 28177452  T
Q  100 gtagtgagtgtcaaaagatgctccagatggcactgcagatgacaatgcttgcatgtatgacatcccttt 168  Q
      |   ||||||||| ||||||  ||||| ||||||||||||||| |||||||||  ||||||| ||||    
T  28177451 tcatcaagtgtcaaatgatgcttaagatgacactgcagatgacaacgcttgcatgcctgacatcacttt 28177383  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #16
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000008
Query Start/End: Original strand, 130 - 181
Target Start/End: Complemental strand, 28183206 - 28183155
Alignment:
Q  130 cactgcagatgacaatgcttgcatgtatgacatccctttgtcattagagtga 181  Q
    ||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||| |  |||||||||    
T  28183206 cactgcagatgacaacgcttccatgtatgacatcccttttttgttagagtga 28183155  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University