View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF15856_high_5 (Length: 457)

Name: NF15856_high_5
Description: NF15856
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF15856_high_5
NF15856_high_5
[»] chr1 (3 HSPs)
chr1 (10-438)||(10415483-10415911)
chr1 (10-410)||(10420398-10420798)
chr1 (20-438)||(10409786-10410210)
[»] chr5 (8 HSPs)
chr5 (20-438)||(35410649-35411067)
chr5 (10-438)||(35385978-35386406)
chr5 (22-438)||(35754792-35755208)
chr5 (10-438)||(35366826-35367254)
chr5 (10-438)||(35376372-35376806)
chr5 (10-438)||(35423631-35424065)
chr5 (10-159)||(35370210-35370362)
chr5 (80-161)||(35437049-35437130)
[»] chr7 (1 HSPs)
chr7 (10-438)||(29622924-29623352)
[»] chr2 (3 HSPs)
chr2 (20-438)||(30662998-30663416)
chr2 (20-438)||(30671678-30672096)
chr2 (20-438)||(30626047-30626465)
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (85-354)||(1153787-1154056)
[»] chr8 (3 HSPs)
chr8 (20-321)||(13564606-13564895)
chr8 (341-438)||(15294046-15294143)
chr8 (341-438)||(15474415-15474512)


Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 389; Significance: 0; HSPs: 3)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 389; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 10 - 438
Target Start/End: Complemental strand, 10415911 - 10415483
Alignment:
Q  10 ggaggagcagagagtttcatggcggaatgcaatgctttaggaaagatgaagcaccgtaatcttgtcaaaatcctaacttgttgttcaagtgttgattata 109  Q
    |||| |||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10415911 ggagcagcaaagagtttcatggaggaatgcaatgctttaggaaagatgaagcaccgtaatcttgtcaaaatcctaacttgttgttcaagtgttgattata 10415812  T
Q  110 atggtgaagatttcaaggctattgtttttgagttcatgcctaaggggagtctggaaaagattctgcacgataacgaagggtctggaattcataatctcag 209  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10415811 atggtgaagatttcaaggctattgtttttgagttcatgcctaaggggagtctggaaaagattctgcacgataacgaagggtctggaattcataatctcag 10415712  T
Q  210 cctcacacaaaggttagacatcgctcttgatgtagctcatgcacttgattatcttcacaatgatacagagcaagccgtagttcactgtgatgttaagtcg 309  Q
    |||  |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  10415711 cctggcacaaaggttagacatcgctcttgatctagctcatgcacttgattatcttcacaatgatacagagcaagccgtagttcactgtgatgttaagtca 10415612  T
Q  310 agcaacattcttcttgacgatgatgttgtagcccacttgggagactttggcttatctaggctcattcttggagccacagagcattcaagtaaagatcaag 409  Q
    |||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10415611 agcaacgttcttcttgacgatgacgttgtagcccacttgggagactttggcttagctaggctcattcttggagccacagagcattcaagtaaagatcaag 10415512  T
Q  410 tcatttcctctactattaaaggaactata 438  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||    
T  10415511 tcatttcctctactattaaaggaactata 10415483  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 257; E-Value: 1e-143
Query Start/End: Original strand, 10 - 410
Target Start/End: Complemental strand, 10420798 - 10420398
Alignment:
Q  10 ggaggagcagagagtttcatggcggaatgcaatgctttaggaaagatgaagcaccgtaatcttgtcaaaatcctaacttgttgttcaagtgttgattata 109  Q
    ||||||||| |||||||||  || ||| || | ||| ||||||||||||| ||||| || |||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  10420798 ggaggagcaaagagtttcaaagcagaacgcgaagctctaggaaagatgaaacaccgaaaccttgtcaagatcctaacttgttgttcaagcgttgattata 10420699  T
Q  110 atggtgaagatttcaaggctattgtttttgagttcatgcctaaggggagtctggaaaagattctgcacgataacgaagggtctggaattcataatctcag 209  Q
    | |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  10420698 agggtgaagagttcaaggctattgtttttgagttcatgcctaaggggagtctagaaaagcttctgcacgataaagaagggtctggaattcataatctcag 10420599  T
Q  210 cctcacacaaaggttagacatcgctcttgatgtagctcatgcacttgattatcttcacaatgatacagagcaagccgtagttcactgtgatgttaagtcg 309  Q
    ||||| ||||||| | ||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||| ||||| ||    
T  10420598 cctcagacaaagggttgacattgctcttgatgtagctcatgcacttaattatcttcacaatggtacagagcaagccatagttcactgtgatattaagccg 10420499  T
Q  310 agcaacattcttcttgacgatgatgttgtagcccacttgggagactttggcttatctaggctcattcttggagccacagagcattcaagtaaagatcaag 409  Q
    |||||| ||||||| ||||||||  ||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||| ||| |||||||||||||||||||    
T  10420498 agcaacgttcttctggacgatgacattgtagctcacttgggagactttggcttagctaggctcattcttggaaccagagaccattcaagtaaagatcaag 10420399  T
Q  410 t 410  Q
    |    
T  10420398 t 10420398  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 153; E-Value: 6e-81
Query Start/End: Original strand, 20 - 438
Target Start/End: Complemental strand, 10410210 - 10409786
Alignment:
Q  20 agagtttcatggcggaatgcaatgctttaggaaagatgaagcaccgtaatcttgtcaaaatcctaacttgttgttcaagtgttgattataatggtgaaga 119  Q
    |||||||| ||| ||||||||| ||| | ||||| ||||||||||| |||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  10410210 agagtttcgtggtggaatgcaaagctctgggaaacatgaagcaccggaatcttgttaagatcctaacttgttgttcaagtgttgattataaaggtgaaga 10410111  T
Q  120 tttcaaggctattgtttttgagttcatgcctaaggggagtctggaaaagattctgcacg---ataacgaa---gggtctggaattcataatctcagcctc 213  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||  || |||| |   |||| |||   | |||| ||| ||  |||||||   ||    
T  10410110 tttcaaggctattgtttttgagttcatgcctaatgggagtttggaaaaccttttgcatggtaataaagaacacgagtctagaaatctgaatctcaatttc 10410011  T
Q  214 acacaaaggttagacatcgctcttgatgtagctcatgcacttgattatcttcacaatgatacagagcaagccgtagttcactgtgatgttaagtcgagca 313  Q
    ||||||||||||||||| | |||  | |||||||||||| | ||||||||||||| |||| |||||||||  || |||||  |||  |||||  | ||||    
T  10410010 acacaaaggttagacattgttctcaacgtagctcatgcattggattatcttcacattgatgcagagcaagtggtggttcatagtggcgttaaaccaagca 10409911  T
Q  314 acattcttcttgacgatgatgttgtagcccacttgggagactttggcttatctaggctcattcttggagccacagagcattcaagtaaagatcaagtcat 413  Q
    |  ||||||| || |||||   |||||| ||||| ||||||||||||||| ||||||| |||| |||||| ||||| |||||||||||||||||||| ||    
T  10409910 atgttcttctcgatgatgacaatgtagctcacttaggagactttggcttagctaggctaattcgtggagctacagaacattcaagtaaagatcaagttat 10409811  T
Q  414 ttcctctactattaaaggaactata 438  Q
    ||||||||| ||||| |||||||||    
T  10409810 ttcctctacaattaagggaactata 10409786  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 303; Significance: 1e-170; HSPs: 8)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 303; E-Value: 1e-170
Query Start/End: Original strand, 20 - 438
Target Start/End: Original strand, 35410649 - 35411067
Alignment:
Q  20 agagtttcatggcggaatgcaatgctttaggaaagatgaagcaccgtaatcttgtcaaaatcctaacttgttgttcaagtgttgattataatggtgaaga 119  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35410649 agagtttcatggcggaatgcaatgctttaagaaagatgaggcaccgtaatcttgtcaaaatcctaacgtgttgttcaagtgttgattataatggtgaaga 35410748  T
Q  120 tttcaaggctattgtttttgagttcatgcctaaggggagtctggaaaagattctgcacgataacgaagggtctggaattcataatctcagcctcacacaa 219  Q
     ||||||||||||||||||||||| |||||||| |||| ||| |||||| || |||| |||||||||||||||| || ||||||||||| ||||||||||    
T  35410749 gttcaaggctattgtttttgagttaatgcctaatgggaatctagaaaagtttttgcatgataacgaagggtctgaaaatcataatctcaacctcacacaa 35410848  T
Q  220 aggttagacatcgctcttgatgtagctcatgcacttgattatcttcacaatgatacagagcaagccgtagttcactgtgatgttaagtcgagcaacattc 319  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||| ||||| |||||||| |||    
T  35410849 aggttagacattgctcttgatgtagctcatgcacttgattatcttcacaatgagacagagcaagctgtagttcactgtgatcttaagccgagcaacgttc 35410948  T
Q  320 ttcttgacgatgatgttgtagcccacttgggagactttggcttatctaggctcattcttggagccacagagcattcaagtaaagatcaagtcatttcctc 419  Q
    |||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||  ||    
T  35410949 ttcttgacgatgactttgtagcccacttgggagactttggcttggctaggctcattcttggaaccacagagcattcaagtaaagatcaagttattttttc 35411048  T
Q  420 tactattaaaggaactata 438  Q
    ||| |||||||||||||||    
T  35411049 tacaattaaaggaactata 35411067  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 285; E-Value: 1e-159
Query Start/End: Original strand, 10 - 438
Target Start/End: Original strand, 35385978 - 35386406
Alignment:
Q  10 ggaggagcagagagtttcatggcggaatgcaatgctttaggaaagatgaagcaccgtaatcttgtcaaaatcctaacttgttgttcaagtgttgattata 109  Q
    |||| |||| ||||||||||||| |||||||||||| | ||||||||||||||||  |||||||||||  ||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  35385978 ggagcagcaaagagtttcatggcagaatgcaatgctctgggaaagatgaagcaccagaatcttgtcaaggtcctaacctgttgttcaagtgttgattata 35386077  T
Q  110 atggtgaagatttcaaggctattgtttttgagttcatgcctaaggggagtctggaaaagattctgcacgataacgaagggtctggaattcataatctcag 209  Q
    | |||||||||||||||||||||||||||||||||||| | || | |||||| |||||| || ||||| |||| |||||||||| || |||||||||||     
T  35386078 agggtgaagatttcaaggctattgtttttgagttcatgtcaaatgagagtcttgaaaagtttttgcacaataatgaagggtctgaaaatcataatctcaa 35386177  T
Q  210 cctcacacaaaggttagacatcgctcttgatgtagctcatgcacttgattatcttcacaatgatacagagcaagccgtagttcactgtgatgttaagtcg 309  Q
    ||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |     
T  35386178 cctcacataaaggttagacattgctcttgatgtagctcatgcacttgattatcttcacaatgatacagagcaagccgtagttcactgtgatcttaagcca 35386277  T
Q  310 agcaacattcttcttgacgatgatgttgtagcccacttgggagactttggcttatctaggctcattcttggagccacagagcattcaagtaaagatcaag 409  Q
    |||||| ||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||  ||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  35386278 agcaacgttcttcttgacgatgactttgtagcccacttgggagactttggcttggctaggatcattcttggaaccacagagcattcaagtaaagatcaag 35386377  T
Q  410 tcatttcctctactattaaaggaactata 438  Q
    | |||||||||||||||||||||||||||    
T  35386378 ttatttcctctactattaaaggaactata 35386406  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 245; E-Value: 1e-136
Query Start/End: Original strand, 22 - 438
Target Start/End: Original strand, 35754792 - 35755208
Alignment:
Q  22 agtttcatggcggaatgcaatgctttaggaaagatgaagcaccgtaatcttgtcaaaatcctaacttgttgttcaagtgttgattataatggtgaagatt 121  Q
    |||||||| |||||||||||||| || ||||||||||||||||| ||||||||||| ||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35754792 agtttcatagcggaatgcaatgcattgggaaagatgaagcaccggaatcttgtcaagattttaacttgttgttcaagtgttgattataatggtgaagatt 35754891  T
Q  122 tcaaggctattgtttttgagttcatgcctaaggggagtctggaaaagattctgcacgataacgaagggtctggaattcataatctcagcctcacacaaag 221  Q
    |||| ||||||||||||||||||||| | || |||||||| |||||| |  |||||||||| |||||||| |||| |  |||||||| ||||||||||||    
T  35754892 tcaaagctattgtttttgagttcatgtcaaatgggagtcttgaaaagttgttgcacgataatgaagggtcaggaaattttaatctcaacctcacacaaag 35754991  T
Q  222 gttagacatcgctcttgatgtagctcatgcacttgattatcttcacaatgatacagagcaagccgtagttcactgtgatgttaagtcgagcaacattctt 321  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||| ||||| | |||||  |||||    
T  35754992 gttagacattgctcttgatgtagctcatgcattggattatcttcacaatgatacagaacaagtcgtagttcactgtgatattaagccaagcaatgttctt 35755091  T
Q  322 cttgacgatgatgttgtagcccacttgggagactttggcttatctaggctcattcttggagccacagagcattcaagtaaagatcaagtcatttcctcta 421  Q
    ||||| |||||  |||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||| |||||| ||||| |||||||||||||||||||| | ||||||||    
T  35755092 cttgatgatgaaattgtagcccacttgggagactttggcctagctaggctcattcatggagctacagaacattcaagtaaagatcaagttaattcctcta 35755191  T
Q  422 ctattaaaggaactata 438  Q
    | ||||| |||||||||    
T  35755192 caattaagggaactata 35755208  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 237; E-Value: 1e-131
Query Start/End: Original strand, 10 - 438
Target Start/End: Original strand, 35366826 - 35367254
Alignment:
Q  10 ggaggagcagagagtttcatggcggaatgcaatgctttaggaaagatgaagcaccgtaatcttgtcaaaatcctaacttgttgttcaagtgttgattata 109  Q
    |||| |||| |||||||||  || |||||  | ||| ||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||  |||||||||    
T  35366826 ggagcagcaaagagtttcaaagcagaatgtgaagctctaggaaagatgaagcaccgaaatcttgtcaagatcctaacttgttgttcaagcattgattata 35366925  T
Q  110 atggtgaagatttcaaggctattgtttttgagttcatgcctaaggggagtctggaaaagattctgcacgataacgaagggtctggaattcataatctcag 209  Q
    | |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||| ||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  35366926 agggtgaagagttcaaggctattgtttttgagttcatgcctaagggaagtctagaaaagcttctgcatgataacgaagggtctggaaatcataatctcag 35367025  T
Q  210 cctcacacaaaggttagacatcgctcttgatgtagctcatgcacttgattatcttcacaatgatacagagcaagccgtagttcactgtgatgttaagtcg 309  Q
    ||||| ||| ||  | ||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||| || || |||||||||||||| ||||| ||    
T  35367026 cctcagacacagagttgacattgctcttgatgtagctcatgcactcgattatcttcacaatggtacagagaaatccatagttcactgtgatattaagccg 35367125  T
Q  310 agcaacattcttcttgacgatgatgttgtagcccacttgggagactttggcttatctaggctcattcttggagccacagagcattcaagtaaagatcaag 409  Q
    |||||| ||||||| ||||||||   |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||| ||| |||||||||||||||||||    
T  35367126 agcaacgttcttctggacgatgacactgtagcccacttgggagactttggcttagctaggctcattcttggaaccagagaccattcaagtaaagatcaag 35367225  T
Q  410 tcatttcctctactattaaaggaactata 438  Q
    | | ||| || || ||||| |||||||||    
T  35367226 ttaattcttccacaattaagggaactata 35367254  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 208; E-Value: 1e-113
Query Start/End: Original strand, 10 - 438
Target Start/End: Original strand, 35376372 - 35376806
Alignment:
Q  10 ggaggagcagagagtttcatggcggaatgcaatgctttaggaaagatgaagcaccgtaatcttgtcaaaatcctaacttgttgttcaagtgttgattata 109  Q
    |||| |||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35376372 ggagcagcaaagagtttcattgcggaatgcaatgctttaggaaagatgaagcaccgtaatcttgtcaaaatcctaacttgttgttcaagtgttgattata 35376471  T
Q  110 atggtgaagatttcaaggctattgtttttgagttcatgcctaaggggagtctggaaaagattctgcacgataacgaa------gggtctggaattcataa 203  Q
    ||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||  |||| |||||||||  |  |||| | |||||||      | |||| ||| ||  ||    
T  35376472 atggtgaagattttaaggccattgtttttgagttcatgcctagtgggaatctggaaaacctgttgcatggtaacgaagatcatgagtctagaaatctgaa 35376571  T
Q  204 tctcagcctcacacaaaggttagacatcgctcttgatgtagctcatgcacttgattatcttcacaatgatacagagcaagccgtagttcactgtgatgtt 303  Q
    |||||   ||||||||||||||||||| ||||| || |||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||  |||||||| |||||||||    
T  35376572 tctcaatttcacacaaaggttagacattgctctcgacgtagctcatgcattggattatcttcacaatgatacagagcaagttgtagttcattgtgatgtt 35376671  T
Q  304 aagtcgagcaacattcttcttgacgatgatgttgtagcccacttgggagactttggcttatctaggctcattcttggagccacagagcattcaagtaaag 403  Q
    ||| | |||||  |||||||||| ||||| | ||| |||||||| ||||||||||||||| ||||| || | | |||||| |||||  |||||||||||     
T  35376672 aagccaagcaatgttcttcttgatgatgacggtgtggcccacttaggagactttggcttagctaggttcctccatggagctacagaatattcaagtaaaa 35376771  T
Q  404 atcaagtcatttcctctactattaaaggaactata 438  Q
    ||||||| |||||||| || |||||||||||||||    
T  35376772 atcaagttatttcctccacaattaaaggaactata 35376806  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 184; E-Value: 2e-99
Query Start/End: Original strand, 10 - 438
Target Start/End: Original strand, 35423631 - 35424065
Alignment:
Q  10 ggaggagcagagagtttcatggcggaatgcaatgctttaggaaagatgaagcaccgtaatcttgtcaaaatcctaacttgttgttcaagtgttgattata 109  Q
    |||| |||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  35423631 ggagcagcaaagagtttcatggtggaatgcaatgctttaggaaagatgaagcaccgtaatcttgtgaaaatcctaacttgctgttcaagtgttgattata 35423730  T
Q  110 atggtgaagatttcaaggctattgtttttgagttcatgcctaaggggagtctggaaaagattctgcacgataacgaa------gggtctggaattcataa 203  Q
    ||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||  |||| ||| |||||  |  |||| | |||||||      | |||| ||| ||  ||    
T  35423731 atggtgaagattttaaggccattgtttttgagttcatgcctagtgggaatctagaaaacctgttgcatggtaacgaagatcatgagtctagaaatctgaa 35423830  T
Q  204 tctcagcctcacacaaaggttagacatcgctcttgatgtagctcatgcacttgattatcttcacaatgatacagagcaagccgtagttcactgtgatgtt 303  Q
    |||||   ||||||||||||||||||| ||||| || |||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||  |||||||| |||||||||    
T  35423831 tctcaatttcacacaaaggttagacattgctctcgacgtagctcatgcattggattatcttcacaatgatacagagcaagttgtagttcattgtgatgtt 35423930  T
Q  304 aagtcgagcaacattcttcttgacgatgatgttgtagcccacttgggagactttggcttatctaggctcattcttggagccacagagcattcaagtaaag 403  Q
    ||  | |||||  |||||||||| ||||| | |||  ||||||| |||||||||||| || ||||| || | | |||||| |||||  |||||||||||     
T  35423931 aaaccaagcaatgttcttcttgatgatgacggtgtgacccacttaggagactttggcgtagctaggttcctccatggagctacagaatattcaagtaaaa 35424030  T
Q  404 atcaagtcatttcctctactattaaaggaactata 438  Q
    ||||||| |||||||| || |||||||||||||||    
T  35424031 atcaagttatttcctccacaattaaaggaactata 35424065  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 98; E-Value: 4e-48
Query Start/End: Original strand, 10 - 159
Target Start/End: Original strand, 35370210 - 35370362
Alignment:
Q  10 ggaggagcagagagtttcatggcggaat--gcaatgctttaggaaagatgaagcaccgtaatcttgtcaaaatcctaacttgttgttcaagtgttgatta 107  Q
    |||| |||| |||||||||| |||||||  ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||    
T  35370210 ggagcagcaaagagtttcattgcggaatatgcaatgctttaggaaagatgaggcaccgtaatcttgtcaaaatcctaacgtgttgctcaagtgttgatta 35370309  T
Q  108 taatggtgaaga-tttcaaggctattgtttttgagttcatgcctaaggggagt 159  Q
    |||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||| || ||||||    
T  35370310 taatggtgaagagttccaaggctattgtttttgagttcatgcccaatgggagt 35370362  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 54; E-Value: 8e-22
Query Start/End: Original strand, 80 - 161
Target Start/End: Original strand, 35437049 - 35437130
Alignment:
Q  80 tcctaacttgttgttcaagtgttgattataatggtgaagatttcaaggctattgtttttgagttcatgcctaaggggagtct 161  Q
    |||||||||  ||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||| |||||||||| |||||||||    
T  35437049 tcctaactttctgttcaagtattgattataatggtgaagttttcaaggctatagtttttgaattcatgcctatggggagtct 35437130  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 217; Significance: 1e-119; HSPs: 1)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 217; E-Value: 1e-119
Query Start/End: Original strand, 10 - 438
Target Start/End: Complemental strand, 29623352 - 29622924
Alignment:
Q  10 ggaggagcagagagtttcatggcggaatgcaatgctttaggaaagatgaagcaccgtaatcttgtcaaaatcctaacttgttgttcaagtgttgattata 109  Q
    |||| |||| |||||||||| || ||||| ||  || ||||||||||||| ||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  29623352 ggagcagcaaagagtttcattgcagaatgtaaatctctaggaaagatgaaacaccggaatcttgtcaagatcctaacttgttgttcaagtgttgattata 29623253  T
Q  110 atggtgaagatttcaaggctattgtttttgagttcatgcctaaggggagtctggaaaagattctgcacgataacgaagggtctggaattcataatctcag 209  Q
    | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||   |||||| ||||||||  |||||||||| ||||| |||||||  ||||||||||     
T  29623252 aaggtgaagatttcaaggctattgtttttgagttcatgcctaatatgagtctagaaaagatgttgcacgataatgaaggatctggaagccataatctcaa 29623153  T
Q  210 cctcacacaaaggttagacatcgctcttgatgtagctcatgcacttgattatcttcacaatgatacagagcaagccgtagttcactgtgatgttaagtcg 309  Q
    ||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||| ||| ||||| ||||||||||||||||||||| |     
T  29623152 cctcacacaaaggatagacattgctcttgatgtagctcatgcattggattatcttcacaatgatatagaacaagctgtagttcactgtgatgttaagcca 29623053  T
Q  310 agcaacattcttcttgacgatgatgttgtagcccacttgggagactttggcttatctaggctcattcttggagccacagagcattcaagtaaagatcaag 409  Q
    |||||  |||||||||| |||||  ||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||  |||| || || | ||||||||||| ||||||     
T  29623052 agcaatgttcttcttgatgatgacattgtagcccacttgggagactttggattagctaggctcattaatggatcctcaaaccattcaagtaatgatcaaa 29622953  T
Q  410 tcatttcctctactattaaaggaactata 438  Q
    | | ||| || || ||||| |||||||||    
T  29622952 ttacttcttccacaattaagggaactata 29622924  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 187; Significance: 1e-101; HSPs: 3)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 187; E-Value: 1e-101
Query Start/End: Original strand, 20 - 438
Target Start/End: Original strand, 30662998 - 30663416
Alignment:
Q  20 agagtttcatggcggaatgcaatgctttaggaaagatgaagcaccgtaatcttgtcaaaatcctaacttgttgttcaagtgttgattataatggtgaaga 119  Q
    |||||||||  || |||||||| ||||| ||||||||||||||||| ||||||||||| || || || ||||||||||| || |||||||| ||||| ||    
T  30662998 agagtttcacagctgaatgcaaagctttgggaaagatgaagcaccgaaatcttgtcaagattcttacatgttgttcaagcgtagattataagggtgacga 30663097  T
Q  120 tttcaaggctattgtttttgagttcatgcctaaggggagtctggaaaagattctgcacgataacgaagggtctggaattcataatctcagcctcacacaa 219  Q
     ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30663098 gttcaaggctattgtttttgagttcatgcctaaggggagtctagaaaagcttctgcacgataacgaagagtctggaattcataatctcagcctcacacaa 30663197  T
Q  220 aggttagacatcgctcttgatgtagctcatgcacttgattatcttcacaatgatacagagcaagccgtagttcactgtgatgttaagtcgagcaacattc 319  Q
    ||| | ||||| ||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||| ||| ||| | |  ||||||||||||||||| ||  | | |||  |||    
T  30663198 agggttgacattgctcttgatgtagctcatgcattggattatcttcacaatggtactgagaatgttgtagttcactgtgatgtgaaaccaaacaatgttc 30663297  T
Q  320 ttcttgacgatgatgttgtagcccacttgggagactttggcttatctaggctcattcttggagccacagagcattcaagtaaagatcaagtcatttcctc 419  Q
    ||||||| |||||  | ||||||||||||||||||||||| ||  | ||| | |||| |||||||||||   ||||||||  ||||||||| | ||| ||    
T  30663298 ttcttgatgatgacatggtagcccacttgggagactttggattggcaaggttaattcatggagccacagcatattcaagtgtagatcaagttaattcgtc 30663397  T
Q  420 tactattaaaggaactata 438  Q
     || ||||| |||||||||    
T  30663398 cacaattaagggaactata 30663416  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 187; E-Value: 1e-101
Query Start/End: Original strand, 20 - 438
Target Start/End: Original strand, 30671678 - 30672096
Alignment:
Q  20 agagtttcatggcggaatgcaatgctttaggaaagatgaagcaccgtaatcttgtcaaaatcctaacttgttgttcaagtgttgattataatggtgaaga 119  Q
    |||||||||  || |||||||| ||||| ||||||||||||||||| ||||||||||| || || || ||||||||||| || |||||||| ||||| ||    
T  30671678 agagtttcacagctgaatgcaaagctttgggaaagatgaagcaccgaaatcttgtcaagattcttacatgttgttcaagcgtagattataagggtgacga 30671777  T
Q  120 tttcaaggctattgtttttgagttcatgcctaaggggagtctggaaaagattctgcacgataacgaagggtctggaattcataatctcagcctcacacaa 219  Q
     ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30671778 gttcaaggctattgtttttgagttcatgcctaaggggagtctagaaaagcttctgcacgataacgaagagtctggaattcataatctcagcctcacacaa 30671877  T
Q  220 aggttagacatcgctcttgatgtagctcatgcacttgattatcttcacaatgatacagagcaagccgtagttcactgtgatgttaagtcgagcaacattc 319  Q
    ||| | ||||| ||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||| ||| ||| | |  ||||||||||||||||| ||  | | |||  |||    
T  30671878 agggttgacattgctcttgatgtagctcatgcattggattatcttcacaatggtactgagaatgttgtagttcactgtgatgtgaaaccaaacaatgttc 30671977  T
Q  320 ttcttgacgatgatgttgtagcccacttgggagactttggcttatctaggctcattcttggagccacagagcattcaagtaaagatcaagtcatttcctc 419  Q
    ||||||| |||||  | ||||||||||||||||||||||| ||  | ||| | |||| |||||||||||   ||||||||  ||||||||| | ||| ||    
T  30671978 ttcttgatgatgacatggtagcccacttgggagactttggattggcaaggttaattcatggagccacagcatattcaagtgtagatcaagttaattcgtc 30672077  T
Q  420 tactattaaaggaactata 438  Q
     || ||||| |||||||||    
T  30672078 cacaattaagggaactata 30672096  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 179; E-Value: 2e-96
Query Start/End: Original strand, 20 - 438
Target Start/End: Original strand, 30626047 - 30626465
Alignment:
Q  20 agagtttcatggcggaatgcaatgctttaggaaagatgaagcaccgtaatcttgtcaaaatcctaacttgttgttcaagtgttgattataatggtgaaga 119  Q
    |||||||||  || |||||||| ||||| ||||||||||||||||| ||||||||||| || || || |||||||||||  | |||||||| ||||| ||    
T  30626047 agagtttcacagctgaatgcaaagctttgggaaagatgaagcaccgaaatcttgtcaagattcttacatgttgttcaagaatagattataagggtgacga 30626146  T
Q  120 tttcaaggctattgtttttgagttcatgcctaaggggagtctggaaaagattctgcacgataacgaagggtctggaattcataatctcagcctcacacaa 219  Q
     ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30626147 gttcaaggctattgtttttgagttcatgcctaaggggagtctagaaaagcttctgcacgataacgaagagtctggaattcataatctcagcctcacacaa 30626246  T
Q  220 aggttagacatcgctcttgatgtagctcatgcacttgattatcttcacaatgatacagagcaagccgtagttcactgtgatgttaagtcgagcaacattc 319  Q
    ||| | ||||| ||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||| ||| ||| | |  |||||||| |||||||| ||  | | |||  |||    
T  30626247 agggttgacattgctcttgatgtagctcatgcattggattatcttcacaatggtactgagaatgttgtagttcaatgtgatgtgaaaccaaacaatgttc 30626346  T
Q  320 ttcttgacgatgatgttgtagcccacttgggagactttggcttatctaggctcattcttggagccacagagcattcaagtaaagatcaagtcatttcctc 419  Q
    ||||||| |||||  | ||||||||||||||||||||||| ||  | ||| | |||| |||||||||||   ||||||||  ||||||||| | ||| ||    
T  30626347 ttcttgatgatgacatggtagcccacttgggagactttggattggcaaggttaattcatggagccacagcatattcaagtgtagatcaagttaattcgtc 30626446  T
Q  420 tactattaaaggaactata 438  Q
     || ||||| |||||||||    
T  30626447 cacaattaagggaactata 30626465  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 118; Significance: 5e-60; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 118; E-Value: 5e-60
Query Start/End: Original strand, 85 - 354
Target Start/End: Original strand, 1153787 - 1154056
Alignment:
Q  85 acttgttgttcaagtgttgattataatggtgaagatttcaaggctattgtttttgagttcatgcctaaggggagtctggaaaagattctgcacgataacg 184  Q
    |||||||| |||||| ||||||  || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||  |||| ||||  |    
T  1153787 acttgttgctcaagtattgattgcaaaggtgaagatttcaaggctattgtttttgagttcatgcctaacgggagtctagaaaagatgttgcatgatattg 1153886  T
Q  185 aagggtctggaattcataatctcagcctcacacaaaggttagacatcgctcttgatgtagctcatgcacttgattatcttcacaatgatacagagcaagc 284  Q
    ||||||||| || ||| |||||||  |||||| ||||| ||||  | ||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||     
T  1153887 aagggtctgaaaatcacaatctcaagctcacaaaaagggtagattttgctcttgatatagctcatgcacttgattttcttcacaatgatacaaagcaagt 1153986  T
Q  285 cgtagttcactgtgatgttaagtcgagcaacattcttcttgacgatgatgttgtagcccacttgggagac 354  Q
       ||||||||||||| ||||| | |||||  |||||||||| |||||   |||||||||||||||||||    
T  1153987 tacagttcactgtgatattaagccaagcaatgttcttcttgatgatgacaatgtagcccacttgggagac 1154056  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 81; Significance: 6e-38; HSPs: 3)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 81; E-Value: 6e-38
Query Start/End: Original strand, 20 - 321
Target Start/End: Original strand, 13564606 - 13564895
Alignment:
Q  20 agagtttcatggcggaatgcaatgctttaggaaagatgaagcaccgtaatcttgtcaaaatcctaacttgttgttcaagtgttgattataatggtgaaga 119  Q
    ||||||| | ||| |||||||| ||||||||||||||||||||||| |||| ||| || || ||  |||  ||||||||| ||||| |||| ||||| ||    
T  13564606 agagttttacggctgaatgcaaagctttaggaaagatgaagcaccgaaatcgtgttaagattcttccttaatgttcaagtattgataataagggtgacga 13564705  T
Q  120 tttcaaggctattgtttttgagttcatgcctaaggggagtctggaaaagattctgcacgataacgaagggtctggaattcataatctcagcctcacacaa 219  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |||| || ||||| ||||||||  ||||| ||||||||||  ||| || |||| |||||||| |  | |||    
T  13564706 tttcaaggctattgtttttgagttcatgtctaatggtagtctagaaaagatgttgcacaataacgaaggaactgaaaatcattatctcagcttttctcaa 13564805  T
Q  220 aggttagacatcgctcttgatgtagctcatgcacttgattatcttcacaatgatacagagcaagccgtagttcactgtgatgttaagtcgagcaacattc 319  Q
    ||| | ||||            ||||| ||||| | ||||||||||||||||||  |||||||||| ||| ||| |||||||||||| |||||||| |||    
T  13564806 agggtggaca------------tagcttatgcattggattatcttcacaatgatgtagagcaagccttaggtcattgtgatgttaagccgagcaacgttc 13564893  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 58; E-Value: 3e-24
Query Start/End: Original strand, 341 - 438
Target Start/End: Original strand, 15294046 - 15294143
Alignment:
Q  341 cccacttgggagactttggcttatctaggctcattcttggagccacagagcattcaagtaaagatcaagtcatttcctctactattaaaggaactata 438  Q
    ||||||||||||||||||||||  |||||||||||| |||| ||| ||||||||||||||||||| |||| ||| ||||||  |||||||||||||||    
T  15294046 cccacttgggagactttggcttggctaggctcattcatggaaccatagagcattcaagtaaagataaagttattgcctctaagattaaaggaactata 15294143  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 58; E-Value: 3e-24
Query Start/End: Original strand, 341 - 438
Target Start/End: Original strand, 15474415 - 15474512
Alignment:
Q  341 cccacttgggagactttggcttatctaggctcattcttggagccacagagcattcaagtaaagatcaagtcatttcctctactattaaaggaactata 438  Q
    ||||||||||||||||||||||  |||||||||||| |||| ||| ||||||||||||||||||| |||| ||| ||||||  |||||||||||||||    
T  15474415 cccacttgggagactttggcttggctaggctcattcatggaaccatagagcattcaagtaaagataaagttattgcctctaagattaaaggaactata 15474512  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University