View Alignment
This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.
| Legend |
| | Query |
| | Query hiting target |
| Query hiting target's complemental strand |
| | Query's complemental strand hiting target |
| Query's complemental strand hiting target's complemental strand |
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Alignment Overview
Query: NF15864_low_2 (Length: 747)
Name: NF15864_low_2
Description: NF15864
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)
| [»] NF15864_low_2 |
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| [»] scaffold0635 (2 HSPs) |
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Alignment Details
Target: chr2 (Bit Score: 281; Significance: 1e-157; HSPs: 3)
Name: chr2
Description:
Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 281; E-Value: 1e-157
Query Start/End: Original strand, 73 - 501
Target Start/End: Original strand, 10043595 - 10044018
Alignment:
| Q |
73 |
taagagttgcttctttcaactttggttattctcatttcataaatgttaaaatttcataagatacatgtgttctttaggtgtgaagcaccatatgcatgat |
172 |
Q |
| |
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||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
10043595 |
taagaattgcttctttcaactttggttattctcatttcataaatgttaaaatttcataagatacatgtgttctttaggtgtgaagcaccatatgcatgat |
10043694 |
T |
|
| Q |
173 |
tcacttataatatcatgtaattcctatcaaaccatataatgaaatgatgtgatattcaattgttcgaatattttnnnnnnnttatgtaatagaatggaag |
272 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||| |||||||||||||||||| |
|
|
| T |
10043695 |
tcacttataatatcatgtaattcctatcaaaccatataatgaaatgatgtgatattcaactgtttgaatatttt-aaaaaattatgtaatagaatggaaa |
10043793 |
T |
|
| Q |
273 |
tgatgacattattccatctcatactatttttcattaaaatttcaccataannnnnnnnatagaatatagagtctgatctatgtttcatttcactcaacta |
372 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || || | ||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
10043794 |
tgatgacattattccatctcatactatttttcattaaaatttcaccataatttat----taaaaga-agagtctgatctatgtttcatttcactcaacta |
10043888 |
T |
|
| Q |
373 |
ttctcattttattttataaatttccatttcattgcattacataccaatccaaatatatatattcctaaagctaaacaattaatttgacaaatacatcaaa |
472 |
Q |
| |
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| |||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| | |||||||| ||||| | || |
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|
| T |
10043889 |
tgctcattctattttataaattttcatttcattgcattacataccaatccaaaaatatatattcctaaagctaaacattaaatttgac--atacaactaa |
10043986 |
T |
|
| Q |
473 |
---aagaagaagaagaaaaattggaaaataca |
501 |
Q |
| |
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|| |||||||||||||||||||||||||| |
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| T |
10043987 |
atcaaaaagaagaagaaaaattggaaaataca |
10044018 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 251; E-Value: 1e-139
Query Start/End: Original strand, 73 - 425
Target Start/End: Original strand, 10105309 - 10105655
Alignment:
| Q |
73 |
taagagttgcttctttcaactttggttattctcatttcataaatgttaaaatttcataagatacatgtgttctttaggtgtgaagcaccatatgcatgat |
172 |
Q |
| |
|
||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
10105309 |
taagaattgcttctttcaactttggttattctcatttcataaatgttaaaatttcataagatacatgtgttctttaggtgtgaagcaccatatgcatgat |
10105408 |
T |
|
| Q |
173 |
tcacttataatatcatgtaattcctatcaaaccatataatgaaatgatgtgatattcaattgttcgaatattttnnnnnnnttatgtaatagaatggaag |
272 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||| |||||||||||||||||| |
|
|
| T |
10105409 |
tcacttataatatcatgtaattcctatcaaaccatataatgaaatgatgtgatattcaactgtttgaatatttt-aaaaaattatgtaatagaatggaaa |
10105507 |
T |
|
| Q |
273 |
tgatgacattattccatctcatactatttttcattaaaatttcaccataannnnnnnnatagaatatagagtctgatctatgtttcatttcactcaacta |
372 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || || | ||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
10105508 |
tgatgacattattccatctcatactatttttcattaaaatttcaccataatttat----taaaaga-agagtctgatctatgtttcatttcactcaacta |
10105602 |
T |
|
| Q |
373 |
ttctcattttattttataaatttccatttcattgcattacataccaatccaaa |
425 |
Q |
| |
|
| |||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
10105603 |
tgctcattctattttataaattttcatttcattgcattacataccaatccaaa |
10105655 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 206; E-Value: 1e-112
Query Start/End: Original strand, 494 - 715
Target Start/End: Original strand, 10105693 - 10105913
Alignment:
| Q |
494 |
aaaatacatctttcctctcttgttttctttgagtttttcaactggctttaacttctcctaagctgacaatttcagtttgtccaacttttttcctcaaaca |
593 |
Q |
| |
|
|||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
10105693 |
aaaatacatcttgc-tctcttgttttctttgagtttttcaactggctttaacttctcctaagctgacaatttcagtttgtccaacttttttcctcaaaca |
10105791 |
T |
|
| Q |
594 |
ttttgtcaacgtgacagcatctacaccatctccaataactactatcttgtctttctcatctccctctaatcccacaaaattcacacctgcatttaccaaa |
693 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
10105792 |
ttttgtcaacgtgacagcatctacaccatctccaataactactatcttgtctttctcatctccctctaatcccacaaaattcacacctgcatttaccaaa |
10105891 |
T |
|
| Q |
694 |
tcacaaaactttagtaacataa |
715 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
10105892 |
ccacaaaactttagtaacataa |
10105913 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: scaffold0635 (Bit Score: 251; Significance: 1e-139; HSPs: 2)
Name: scaffold0635
Description:
Target: scaffold0635; HSP #1
Raw Score: 251; E-Value: 1e-139
Query Start/End: Original strand, 73 - 425
Target Start/End: Complemental strand, 3475 - 3129
Alignment:
| Q |
73 |
taagagttgcttctttcaactttggttattctcatttcataaatgttaaaatttcataagatacatgtgttctttaggtgtgaagcaccatatgcatgat |
172 |
Q |
| |
|
||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
3475 |
taagaattgcttctttcaactttggttattctcatttcataaatgttaaaatttcataagatacatgtgttctttaggtgtgaagcaccatatgcatgat |
3376 |
T |
|
| Q |
173 |
tcacttataatatcatgtaattcctatcaaaccatataatgaaatgatgtgatattcaattgttcgaatattttnnnnnnnttatgtaatagaatggaag |
272 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||| |||||||||||||||||| |
|
|
| T |
3375 |
tcacttataatatcatgtaattcctatcaaaccatataatgaaatgatgtgatattcaactgtttgaatatttt-aaaaaattatgtaatagaatggaaa |
3277 |
T |
|
| Q |
273 |
tgatgacattattccatctcatactatttttcattaaaatttcaccataannnnnnnnatagaatatagagtctgatctatgtttcatttcactcaacta |
372 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || || | ||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
3276 |
tgatgacattattccatctcatactatttttcattaaaatttcaccataatttat----taaaaga-agagtctgatctatgtttcatttcactcaacta |
3182 |
T |
|
| Q |
373 |
ttctcattttattttataaatttccatttcattgcattacataccaatccaaa |
425 |
Q |
| |
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| |||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
3181 |
tgctcattctattttataaattttcatttcattgcattacataccaatccaaa |
3129 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: scaffold0635; HSP #2
Raw Score: 206; E-Value: 1e-112
Query Start/End: Original strand, 494 - 715
Target Start/End: Complemental strand, 3091 - 2871
Alignment:
| Q |
494 |
aaaatacatctttcctctcttgttttctttgagtttttcaactggctttaacttctcctaagctgacaatttcagtttgtccaacttttttcctcaaaca |
593 |
Q |
| |
|
|||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
3091 |
aaaatacatcttgc-tctcttgttttctttgagtttttcaactggctttaacttctcctaagctgacaatttcagtttgtccaacttttttcctcaaaca |
2993 |
T |
|
| Q |
594 |
ttttgtcaacgtgacagcatctacaccatctccaataactactatcttgtctttctcatctccctctaatcccacaaaattcacacctgcatttaccaaa |
693 |
Q |
| |
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|
|
| T |
2992 |
ttttgtcaacgtgacagcatctacaccatctccaataactactatcttgtctttctcatctccctctaatcccacaaaattcacacctgcatttaccaaa |
2893 |
T |
|
| Q |
694 |
tcacaaaactttagtaacataa |
715 |
Q |
| |
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||||||||||||||||||||| |
|
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| T |
2892 |
ccacaaaactttagtaacataa |
2871 |
T |
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