View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF15878_low_6 (Length: 508)

Name: NF15878_low_6
Description: NF15878
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF15878_low_6
NF15878_low_6
[»] chr7 (12 HSPs)
chr7 (19-489)||(2245059-2245529)
chr7 (18-489)||(2098974-2099445)
chr7 (20-470)||(2056868-2057318)
chr7 (22-489)||(2135613-2136079)
chr7 (20-430)||(2114367-2114777)
chr7 (21-491)||(2691232-2691702)
chr7 (18-430)||(2066162-2066574)
chr7 (20-430)||(2138860-2139270)
chr7 (20-430)||(2126257-2126667)
chr7 (18-430)||(2073269-2073681)
chr7 (244-435)||(1696156-1696347)
chr7 (318-431)||(2054550-2054663)


Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 306; Significance: 1e-172; HSPs: 12)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 306; E-Value: 1e-172
Query Start/End: Original strand, 19 - 489
Target Start/End: Complemental strand, 2245529 - 2245059
Alignment:
Q  19 atgagttgtgtgaggttgccaagtgaaaaaggaatatatccnnnnnnntggcaatctggaattgataaaataattaaagaactaagctttccaaaggata 118  Q
    ||||| ||||||||||| ||||| ||| |||||||||||||       ||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||| |||||||| |||||    
T  2245529 atgagctgtgtgaggttaccaagagaagaaggaatatatccaaaaaaatggcaatctggaattgatagaataactaaagaactaaactttccaatggata 2245430  T
Q  119 ccgggagtgtgccatagaaacctgtcttgtcaagtagtaacttggtgagtgaactagattgaatatcaggcaaacgaccattgagatatggattatatcc 218  Q
    | || ||||| |||||||||||||||| | |||||||||| | ||||||||||||||||||||  |||||||||| ||||||||||| || |||||||||    
T  2245429 ctggcagtgtaccatagaaacctgtctggccaagtagtaaataggtgagtgaactagattgaaactcaggcaaactaccattgagatttgaattatatcc 2245330  T
Q  219 caaatccagaagttccaagtttggaagatgaaatactccaactggaaattcaccatacgattcagaactgtaaagagatagttttttcaacgaagttata 318  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||| |||||||| |||| ||||| |||  |||||||||||||| |    
T  2245329 caaatccagaagttccaagtttggaagatgaaatactccaactggaaactctccatacaattcagaattgtatagagacagtgctttcaacgaagttaga 2245230  T
Q  319 tttgtgagtgtgtctggtaaagtagatgaaatagtcacaaaactaagtaaaaggatctcaagttttgttgagttttgaattatgcttctaagactagaca 418  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  2245229 tttgtgagtgtgtctggtaaagtagatgaaatagtcacataactaagaaaaaggatctcaatttttgttgagttttgaattatgcttctgagactagaca 2245130  T
Q  419 atttgagttgcaacaaattggaggtactacctttaggacgtactatagctctgtagcctagatcaagagac 489  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||    
T  2245129 atttgagttgcaacaaattggatgtactacctttaggacgtactatagctctgaaacctagatcaagagac 2245059  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 291; E-Value: 1e-163
Query Start/End: Original strand, 18 - 489
Target Start/End: Original strand, 2098974 - 2099445
Alignment:
Q  18 catgagttgtgtgaggttgccaagtgaaaaaggaatatatccnnnnnnntggcaatctggaattgataaaataattaaagaactaagctttccaaaggat 117  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||       |||||||||| |||||||| || |||||||||||||||||| |||| ||||    
T  2098974 catgagttgtgtgaggttgccaagcgaagaaggaatatatccaaaaaaatggcaatctgaaattgatagaagaattaaagaactaagcttcccaatggat 2099073  T
Q  118 accgggagtgtgccatagaaacctgtcttgtcaagtagtaacttggtgagtgaactagattgaatatcaggcaaacgaccattgagatatggattatatc 217  Q
    || || ||||| |||||||||||||| |  ||||||  |||| |||||||||||||||| ||||  ||||||||||  |||||||||| |||||||||||    
T  2099074 actggcagtgtaccatagaaacctgtttgatcaagtcctaacctggtgagtgaactagactgaaactcaggcaaacttccattgagatttggattatatc 2099173  T
Q  218 ccaaatccagaagttccaagtttggaagatgaaatactccaactggaaattcaccatacgattcagaactgtaaagagatagttttttcaacgaagttat 317  Q
     |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||  | |||||| |||||||| |||| |||||||||  ||||||||||||||     
T  2099174 tcaaatccagaagttccaagtttggaagatgaaatactccaaccggaaacgctccatacaattcagaattgtatagagatagtgctttcaacgaagttag 2099273  T
Q  318 atttgtgagtgtgtctggtaaagtagatgaaatagtcacaaaactaagtaaaaggatctcaagttttgttgagttttgaattatgcttctaagactagac 417  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  2099274 atttgtgagtgtctctggtaaagtagatgaaattgtcacaaaactaagaaaaaggatctcaatttttgttgagttttgaattatgcttctgagactagac 2099373  T
Q  418 aatttgagttgcaacaaattggaggtactacctttaggacgtactatagctctgtagcctagatcaagagac 489  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2099374 aatttgagttgcaacaaattggatgtactacctttaggatgtactatagctctgtagcctagatcaagagac 2099445  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 254; E-Value: 1e-141
Query Start/End: Original strand, 20 - 470
Target Start/End: Original strand, 2056868 - 2057318
Alignment:
Q  20 tgagttgtgtgaggttgccaagtgaaaaaggaatatatccnnnnnnntggcaatctggaattgataaaataattaaagaactaagctttccaaaggatac 119  Q
    |||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||       ||||||||| |||||  ||  | ||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  2056868 tgagttgtgtgaggtttccaagtgaagaaggaatatatccaaaaaaatggcaatctcgaatttttaggacaattaaagaactaagctttccaatggatac 2056967  T
Q  120 cgggagtgtgccatagaaacctgtcttgtcaagtagtaacttggtgagtgaactagattgaatatcaggcaaacgaccattgagatatggattatatccc 219  Q
     || ||||  ||||||||||| || |  ||||||||||||| |||||||||||||||||||| || ||| |||| ||||||||||| | |||||||||||    
T  2056968 aggcagtgcaccatagaaacccgtatcatcaagtagtaactgggtgagtgaactagattgaaaattaggaaaactaccattgagattttgattatatccc 2057067  T
Q  220 aaatccagaagttccaagtttggaagatgaaatactccaactggaaattcaccatacgattcagaactgtaaagagatagttttttcaacgaagttatat 319  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  2057068 aaatccagaagttccaagtttggaagacgaaatactccaacaggaaattcaccatacaattcagaattgtaaagagatagttttttcaacgaagttagat 2057167  T
Q  320 ttgtgagtgtgtctggtaaagtagatgaaatagtcacaaaactaagtaaaaggatctcaagttttgttgagttttgaattatgcttctaagactagacaa 419  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||  | ||| |||||||||||||||||||||||||| | || || |||||    
T  2057168 ttgtgagtgtgtctggtaaagtagatgaaatagtcacaaaactaagtagaagagtttcatgttttgttgagttttgaattatgcttttgaggctggacaa 2057267  T
Q  420 tttgagttgcaacaaattggaggtactacctttaggacgtactatagctct 470  Q
    ||| | |||||||| |||||| ||||||||||||||| |||||| ||||||    
T  2057268 ttttaattgcaacagattggatgtactacctttaggatgtactacagctct 2057318  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 247; E-Value: 1e-137
Query Start/End: Original strand, 22 - 489
Target Start/End: Original strand, 2135613 - 2136079
Alignment:
Q  22 agttgtgtgaggttgccaagtgaaaaaggaatatatccnnnnnnntggcaatctggaattgataaaataattaaagaactaagctttccaaaggataccg 121  Q
    |||||||||||||| ||||| ||| |||||||| ||||        ||||||||||||||  ||  | |||||||||||||| |||||||| |||||| |    
T  2135613 agttgtgtgaggtttccaagcgaagaaggaataaatccaaagaaacggcaatctggaattcctaggacaattaaagaactaacctttccaatggatactg 2135712  T
Q  122 ggagtgtgccatagaaacctgtcttgtcaagtagtaacttggtgagtgaactagattgaatatcaggcaaacgaccattgagatatggattatatcccaa 221  Q
    | ||||| ||| |||||||||||    |||||  ||| |  |||||||||||||| | ||  |||||||| | ||||||||||| ||||||||||| |||    
T  2135713 gtagtgtaccagagaaacctgtcccaccaagtgctaattcagtgagtgaactagactcaaactcaggcaatctaccattgagatttggattatatctcaa 2135812  T
Q  222 atccagaagttccaagtttggaagatgaaatactccaactggaaattcaccatacgattcagaactgtaaagagatagttttttcaacgaagttatattt 321  Q
    ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||| ||||||||||||||||||| |  ||||||| |||     
T  2135813 atctagaagttccaagtttggaagatgaaatactccaactggaaatgcaccatacaattcagaattgtaaagagatagtttttttat-gaagttagattc 2135911  T
Q  322 gtgagtgtgtctggtaaagtagatgaaatagtcacaaaactaagtaaaaggatctcaagttttgttgagttttgaattatgcttctaagactagacaatt 421  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  2135912 gtgagtgtgtctggtaaagtagatgaaatagttacaaaactaagaaaaaggatctcaatttttgttgagttttgaattatgcttctgagactagacaatt 2136011  T
Q  422 tgagttgcaacaaattggaggtactacctttaggacgtactatagctctgtagcctagatcaagagac 489  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||    
T  2136012 tgagttgcaacaaattggatgtactacctttaggacgtactatagctctgaaacctagatcaagagac 2136079  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 246; E-Value: 1e-136
Query Start/End: Original strand, 20 - 430
Target Start/End: Original strand, 2114367 - 2114777
Alignment:
Q  20 tgagttgtgtgaggttgccaagtgaaaaaggaatatatccnnnnnnntggcaatctggaattgataaaataattaaagaactaagctttccaaaggatac 119  Q
    |||||||||||||||| |||| |||| |||||||||| ||       ||||||| ||||| |||||  ||||| ||||||||||| |||| || ||||||    
T  2114367 tgagttgtgtgaggtttccaattgaagaaggaatatacccagaaaaatggcaatgtggaactgataggataatcaaagaactaagatttcgaatggatac 2114466  T
Q  120 cgggagtgtgccatagaaacctgtcttgtcaagtagtaacttggtgagtgaactagattgaatatcaggcaaacgaccattgagatatggattatatccc 219  Q
     ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||  |||||||||| ||||||||||| |||||||||||||    
T  2114467 tgggagtgtgccatagaaacctgttttgtcaagtagtaagttggtgagtgaactagattgaaactcaggcaaactaccattgagatttggattatatccc 2114566  T
Q  220 aaatccagaagttccaagtttggaagatgaaatactccaactggaaattcaccatacgattcagaactgtaaagagatagttttttcaacgaagttatat 319  Q
    ||||||| || || ||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||   |||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  2114567 aaatccaaaattttcaagtttggaagatgtaatactccaactggaaattcgccatacagctcagaattgtaaagagatagttttttcaacgaagttagat 2114666  T
Q  320 ttgtgagtgtgtctggtaaagtagatgaaatagtcacaaaactaagtaaaaggatctcaagttttgttgagttttgaattatgcttctaagactagacaa 419  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| | ||| | |||||    
T  2114667 ttgtgagtgtgtttggtaaagtagatgaaatagtcacaaaactaagaaaaaggatctcgagttttgttgagttttgaattatgcttttgagaatggacaa 2114766  T
Q  420 tttgagttgca 430  Q
    |||||||||||    
T  2114767 tttgagttgca 2114777  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 230; E-Value: 1e-127
Query Start/End: Original strand, 21 - 491
Target Start/End: Complemental strand, 2691702 - 2691232
Alignment:
Q  21 gagttgtgtgaggttgccaagtgaaaaaggaatatatccnnnnnnntggcaatctggaattgataaaataattaaagaactaagctttccaaaggatacc 120  Q
    ||||||||||||||| ||||| ||| |||||||||||||       |||||||||||||||||||    ||||||||||| ||||||||||| ||||||     
T  2691702 gagttgtgtgaggtttccaagcgaagaaggaatatatccaaagaaatggcaatctggaattgatagggaaattaaagaacgaagctttccaatggatact 2691603  T
Q  121 gggagtgtgccatagaaacctgtcttgtcaagtagtaacttggtgagtgaactagattgaatatcaggcaaacgaccattgagatatggattatatccca 220  Q
    || ||||| |||||||||||||||| |||||||||||| |||| |||||||||||||||||  |||||||||| ||||||||||| | ||||||||| ||    
T  2691602 ggcagtgtaccatagaaacctgtctcgtcaagtagtaaattggagagtgaactagattgaaactcaggcaaactaccattgagattttgattatatctca 2691503  T
Q  221 aatccagaagttccaagtttggaagatgaaatactccaactggaaattcaccatacgattcagaactgtaaagagatagttttttcaacgaagttatatt 320  Q
    |||| |||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | || ||| |||| |||||||||| |||||| || |||| |||    
T  2691502 aatctagaactttcaagtttggaagatgaaatactccaactggaaattcaccatacaaatccgaattgtatagagatagttctttcaatgatgttaaatt 2691403  T
Q  321 tgtgagtgtgtctggtaaagtagatgaaatagtcacaaaactaagtaaaaggatctcaagttttgttgagttttgaattatgcttctaagactagacaat 420  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||  |||||| |||||||||||||||||||| || |||| |||||||||| | || || ||||||    
T  2691402 tgtgagtgtgtctggtaaagtagatgaaattgtcacatcactaagaaaaaggatctcaagttttgtggaatttttaattatgcttttgaggctggacaat 2691303  T
Q  421 ttgagttgcaacaaattggaggtactacctttaggacgtactatagctctgtagcctagatcaagagactg 491  Q
    ||||||||||||| |||    | |||||||||||||| | ||||| ||||  |||||||||||||||||||    
T  2691302 ttgagttgcaacagattaactgcactacctttaggacttgctatatctcttaagcctagatcaagagactg 2691232  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 220; E-Value: 1e-121
Query Start/End: Original strand, 18 - 430
Target Start/End: Original strand, 2066162 - 2066574
Alignment:
Q  18 catgagttgtgtgaggttgccaagtgaaaaaggaatatatccnnnnnnntggcaatctggaattgataaaataattaaagaactaagctttccaaaggat 117  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||       |||||||||||||||| || ||||| ||||||||||||||||||||  |||    
T  2066162 catgagttgtgtgaggttgccaagtgaagaaggaatatatccaaaaaaatggcaatctggaattgttagaataactaaagaactaagctttccaatagat 2066261  T
Q  118 accgggagtgtgccatagaaacctgtcttgtcaagtagtaacttggtgagtgaactagattgaatatcaggcaaacgaccattgagatatggattatatc 217  Q
    || || ||||| ||| ||||||||||||  ||||||  ||||||||||||||||||||||||||  || || |||| ||||||||||| | ||||| |||    
T  2066262 actggcagtgtaccagagaaacctgtctgatcaagtgctaacttggtgagtgaactagattgaaactcgggaaaactaccattgagatttagattaaatc 2066361  T
Q  218 ccaaatccagaagttccaagtttggaagatgaaatactccaactggaaattcaccatacgattcagaactgtaaagagatagttttttcaacgaagttat 317  Q
     ||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||| |||  ||||||||||||||||| |||||||     
T  2066362 tcaaatccagatattccaagtttggaagatgaaatactccaacaggaaattcaccatacaattcagaattgtgtagagatagttttttcaatgaagttag 2066461  T
Q  318 atttgtgagtgtgtctggtaaagtagatgaaatagtcacaaaactaagtaaaaggatctcaagttttgttgagttttgaattatgcttctaagactagac 417  Q
    ||||| |||||| |||||||||||||||||||| || ||| ||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||| ||     
T  2066462 atttgcgagtgtatctggtaaagtagatgaaattgttacataactaagaaaaagggtctcaagttttgttgagttttgaattatgcttttgagactggat 2066561  T
Q  418 aatttgagttgca 430  Q
    |||||||||||||    
T  2066562 aatttgagttgca 2066574  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 218; E-Value: 1e-119
Query Start/End: Original strand, 20 - 430
Target Start/End: Original strand, 2138860 - 2139270
Alignment:
Q  20 tgagttgtgtgaggttgccaagtgaaaaaggaatatatccnnnnnnntggcaatctggaattgataaaataattaaagaactaagctttccaaaggatac 119  Q
    |||| |||||||||||| |||| ||| |||||||||||||       |||||||||||||||||||     |||||||||| |||| |||||| |||||     
T  2138860 tgagctgtgtgaggttggcaagcgaagaaggaatatatccaaagaaatggcaatctggaattgatagggagattaaagaaccaagccttccaatggatat 2138959  T
Q  120 cgggagtgtgccatagaaacctgtcttgtcaagtagtaacttggtgagtgaactagattgaatatcaggcaaacgaccattgagatatggattatatccc 219  Q
     |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  || || ||||  |||||||||| ||||||||||| |    
T  2138960 tgggagtgtgccatagaaacctgtcttgtcaagtagtaacttggtgagtgaactagattgaaactcgggtaaacttccattgagatttggattatatctc 2139059  T
Q  220 aaatccagaagttccaagtttggaagatgaaatactccaactggaaattcaccatacgattcagaactgtaaagagatagttttttcaacgaagttatat 319  Q
    |||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||| |||  |||| |||||||||||| ||||||| ||    
T  2139060 aaatccagatattccaagtttggaagatgaaatactccaacaggaaattcaccatacaattcagaattgtgtagagttagttttttcaatgaagttagat 2139159  T
Q  320 ttgtgagtgtgtctggtaaagtagatgaaatagtcacaaaactaagtaaaaggatctcaagttttgttgagttttgaattatgcttctaagactagacaa 419  Q
    ||| |||||| |||||||||||||||||||| || ||| ||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||| || ||    
T  2139160 ttgcgagtgtatctggtaaagtagatgaaattgttacataactaagaaaaagggtctcaagttttgttgagttttgaattatgcttttgagactggataa 2139259  T
Q  420 tttgagttgca 430  Q
    |||||||||||    
T  2139260 tttgagttgca 2139270  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #9
Raw Score: 202; E-Value: 1e-110
Query Start/End: Original strand, 20 - 430
Target Start/End: Original strand, 2126257 - 2126667
Alignment:
Q  20 tgagttgtgtgaggttgccaagtgaaaaaggaatatatccnnnnnnntggcaatctggaattgataaaataattaaagaactaagctttccaaaggatac 119  Q
    ||||||||||||||||||||||||||  |||||||| |||       ||||| ||||||||||||| ||||| ||||||| |||||||||||| ||||||    
T  2126257 tgagttgtgtgaggttgccaagtgaagtaggaatatttccaaaaaaatggcattctggaattgatagaataactaaagaattaagctttccaatggatac 2126356  T
Q  120 cgggagtgtgccatagaaacctgtcttgtcaagtagtaacttggtgagtgaactagattgaatatcaggcaaacgaccattgagatatggattatatccc 219  Q
     || ||||  ||| |||||||||| |  ||||||  |||| |||||||||||||||| ||||  |||||||||| ||||||||||| ||||||||||| |    
T  2126357 tggcagtgcaccagagaaacctgtatgatcaagtgctaacctggtgagtgaactagactgaaactcaggcaaactaccattgagatttggattatatctc 2126456  T
Q  220 aaatccagaagttccaagtttggaagatgaaatactccaactggaaattcaccatacgattcagaactgtaaagagatagttttttcaacgaagttatat 319  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||| |||||||| |||| ||||| |||  |||||||||||||| ||    
T  2126457 aaatccagaagttccaagtttggaagatgaaatactccaactggaaactctccatacaattcagaattgtatagagacagtgctttcaacgaagttagat 2126556  T
Q  320 ttgtgagtgtgtctggtaaagtagatgaaatagtcacaaaactaagtaaaaggatctcaagttttgttgagttttgaattatgcttctaagactagacaa 419  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||| || |||  ||||||   |||| |||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||| || ||    
T  2126557 ttgtgagtgtatctggtaaagtagatgaaattgttacatgactaagatgaagggtctcaagttttgttgagttttgaattatgcttttgagactggataa 2126656  T
Q  420 tttgagttgca 430  Q
    |||||||||||    
T  2126657 tttgagttgca 2126667  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #10
Raw Score: 192; E-Value: 1e-104
Query Start/End: Original strand, 18 - 430
Target Start/End: Original strand, 2073269 - 2073681
Alignment:
Q  18 catgagttgtgtgaggttgccaagtgaaaaaggaatatatccnnnnnnntggcaatctggaattgataaaataattaaagaactaagctttccaaaggat 117  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||       |||||||||||||||| || | ||  ||||||| ||||||||||||  ||     
T  2073269 catgagttgtgtgaggttgccaagtgaagaaggaatatatccaaaaaaatggcaatctggaattgttagagtatctaaagaagtaagctttccaatagac 2073368  T
Q  118 accgggagtgtgccatagaaacctgtcttgtcaagtagtaacttggtgagtgaactagattgaatatcaggcaaacgaccattgagatatggattatatc 217  Q
    || || ||||| ||| ||||||||||||  ||||||  ||||||||||||||||||||| ||||  ||||| ||||  || ||||||| ||||||| |||    
T  2073369 actggcagtgtaccagagaaacctgtctgatcaagtcctaacttggtgagtgaactagactgaaactcaggtaaacttcctttgagatttggattagatc 2073468  T
Q  218 ccaaatccagaagttccaagtttggaagatgaaatactccaactggaaattcaccatacgattcagaactgtaaagagatagttttttcaacgaagttat 317  Q
     ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||| |||| ||||| |||  |||||| |||||||     
T  2073469 tcaaatccagaacttccaagtttggaagatgaaatactccaacaggaaattcaccatacaattcagaattgtatagagacagtgctttcaatgaagttag 2073568  T
Q  318 atttgtgagtgtgtctggtaaagtagatgaaatagtcacaaaactaagtaaaaggatctcaagttttgttgagttttgaattatgcttctaagactagac 417  Q
    |||||||||||| ||||||||| |||||||||| || ||| |||||||  ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||| ||     
T  2073569 atttgtgagtgtatctggtaaattagatgaaattgttacagaactaagataaagggtctcaagttttgttgagttttgaattatgcttttgagactggat 2073668  T
Q  418 aatttgagttgca 430  Q
    |||||||||||||    
T  2073669 aatttgagttgca 2073681  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #11
Raw Score: 100; E-Value: 3e-49
Query Start/End: Original strand, 244 - 435
Target Start/End: Complemental strand, 1696347 - 1696156
Alignment:
Q  244 agatgaaatactccaactggaaattcaccatacgattcagaactgtaaagagatagttttttcaacgaagttatatttgtgagtgtgtctggtaaagtag 343  Q
    |||||||| | |||||||||||||||||||||| ||||| || ||||||||||||||  |||||||||||||| ||||| ||||||||  |||||||| |    
T  1696347 agatgaaaaattccaactggaaattcaccatacaattcacaattgtaaagagatagtactttcaacgaagttagatttgagagtgtgttcggtaaagttg 1696248  T
Q  344 atgaaatagtcacaaaactaagtaaaaggatctcaagttttgttgagttttgaattatgcttctaagactagacaatttgagttgcaacaaa 435  Q
    |||||||||||||| |||||||  |||| ||||| ||||||||  |||||||||| |||||||| ||||||||||||| ||| |||||||||    
T  1696247 atgaaatagtcacataactaagataaagtatctcgagttttgtcaagttttgaatgatgcttctgagactagacaattcgagctgcaacaaa 1696156  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #12
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000008
Query Start/End: Original strand, 318 - 431
Target Start/End: Original strand, 2054550 - 2054663
Alignment:
Q  318 atttgtgagtgtgtctggtaaagtagatgaaatagtcacaaaactaagtaaaaggatctcaagttttgttgagttttgaattatgc-ttctaagactaga 416  Q
    |||| ||||||||||| ||||| |||||||||| |||||| ||||   | || | |||||||||||||||||| |||||||||||| ||  |||||||||    
T  2054550 atttttgagtgtgtctcgtaaaatagatgaaattgtcacataactttttgaa-gcatctcaagttttgttgagctttgaattatgctttacaagactaga 2054648  T
Q  417 caatttgagttgcaa 431  Q
     ||||| ||||||||    
T  2054649 aaatttcagttgcaa 2054663  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University