View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF15883_high_1 (Length: 1028)

Name: NF15883_high_1
Description: NF15883
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF15883_high_1
NF15883_high_1
[»] chr8 (1 HSPs)
chr8 (16-1011)||(45025161-45026156)


Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 937; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 937; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 16 - 1011
Target Start/End: Complemental strand, 45026156 - 45025161
Alignment:
Q  16 atacttaaaaccataaataaggctgcaatgaaggatatcgataacgccacacgaactgctagacttgcactatttggatttccacctcccagttcattcg 115  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  45026156 atacttaaaaccataaataaggctgcaatgaaggatatcgataacgccacacgaactgctagacttgcaccatttggatttccacctcccagttcattcg 45026057  T
Q  116 acacccgtatgctatcaaacaaatccatcaaaactaataataaactacacaacatttgcattgcagtgtgcttttgatttttattaactttcagagataa 215  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  45026056 acacccgtatgctatcaaacaaatccatcaaaactaatattaaactacacaacatttgcattgcagtgtgcttttgatttttattaactttcagagataa 45025957  T
Q  216 ataagctcaagtatgtaattnnnnnnnnnnnnntaattccagcaagtgactgtagaatacctgacagcacaactgcacccaaaagggatcatccaagcta 315  Q
    ||||||||||||||||||||             ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  45025956 ataagctcaagtatgtaattaaaaaaggaaaaataattccagcaagtgactgtaaaatacctgacagcacaactgcacccaaaagggatcatccaagcta 45025857  T
Q  316 gaccaaatgtattaaggctgcaaataaatgatttttagttttacatccacaattagacactttaatgtgcattgaagaatgttgtcaatatttgagcttg 415  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  45025856 gaccaaatgtattaaggctgcaaataaatgatttttagttttacatccacaattagacactttaatgtgcattgaagaatgttgtcaatatttgagcttg 45025757  T
Q  416 agatatattactaaccatattgaaagcactgaagtttctattactggattaggaagaagaccagacatgagaaccatcaattcaaaagtccacactttca 515  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  45025756 agatatattactaaccatattgaaagcactgaagtttctattactggattaggaagaagaccagacatgagaaccatcaattcaaaagtccacactttca 45025657  T
Q  516 agctgtcacaaaatatccagcatcaaaagaactctgaaaaatctagttttgtgtaaatttataggcaaagttgcatttactatcctttaaatgatgtgtt 615  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  45025656 agctgtcacaaaatatccagcatcaaaagaactctgaaaaatctagttttgtgtaaatttataggcaaagttgcatttactatcctttaaatgatgtgtt 45025557  T
Q  616 tgtatcatattgatcttttaagttatgtggcccgtccttaaaagacaaatgcagtacaaacatataacttaaaggacgtcagatgcaatttttcccaaat 715  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  45025556 tgtatcatattgatcttttaagttatgtggcccgtccttaaaagacaaatgcagtacaaacatataacttaaaggacgtcagatgcaatttttcccaaat 45025457  T
Q  716 tatactattgtttggcagttcaaagaaattattaccagaccatgagagctgaaggtatagcaagcctaaggaaaacaaagagatcctgcagagctctctt 815  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  45025456 tatactattgtttggcagttcaaagaagttattaccagaccatgagagctgaaggtatagcaagtctaaggaaaacaaagagatcctgcagagctctctt 45025357  T
Q  816 tgaaaaccctgtccatgtttgtttacaagtagaagaaaattttacatagagtgaaatcaacaacacattgacccaataacatatagaattggatatagct 915  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  45025356 tgaaaaccctgtccatgtttgtttacaagtagaagaaaattttacatagagtgaaatcaacaacacattgacccaataacatatagaattggatatagct 45025257  T
Q  916 gcccctttacttccaagcttaaattcaaaaaccaaaagccaacacaaaagggtatgaagcaaagctgcaatcccagaagttatcaccattgggagg 1011  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  45025256 gcccctttacttccaagcttaaattcaaaaaccaaaagccaacacaaaagggtatgaagcaaagctgcaatcccagaagttatcaccattgggagg 45025161  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University