View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF15894_low_2 (Length: 697)

Name: NF15894_low_2
Description: NF15894
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF15894_low_2
NF15894_low_2
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (1-681)||(4031095-4031809)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 559; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 559; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 681
Target Start/End: Original strand, 4031095 - 4031809
Alignment:
Q  1 ggagaaatggaaatcaagagaactgaaattattgctaatacacaacttgaaattgctaggatctttgcaaatgttaataataaagataaagataaagat- 99  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  4031095 ggagaaatggaaatcaagagaactgaaattattgctaatacacaacttgaaattgctaggatctttgcaaatgttaataataaagataaagataaagata 4031194  T
Q  100 -----gttgatgttgattcatcattgagaattggaagaagctaatgatat-------------atagagatttatgtgtatcacatctttgtaattcacc 181  Q
         |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||             |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4031195 aagatgttgatgttgattcatcattgagaattggaagaagctaatgatatgtggtgaatgtgtatagagatttatgtgtatcacatctttgtaattcacc 4031294  T
Q  182 taactagtgaagagatgaccatatgatatgacaataattataatctctcctaattgactttaattgtagatggttgattttaaccttctcttcaattaat 281  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4031295 taactagtgaagagatgaccatatgatatgacaataattataatctctcctaattgactttaattgtagatggttgattttaaccttctcttcaattaat 4031394  T
Q  282 taacaaat---------------gaagggatatgcttgttttttgtttctttgtaattgtcttcatagttctataaatatgttaatcatagatatataag 366  Q
    ||||||||               |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4031395 taacaaataaagggatatcaaatgaagggatatgcttgttttttgtttctt-gtaattgtcttcatagttctataaatatgttaatcatagatatataag 4031493  T
Q  367 attatagtaacatatttgttggggaagttcaaggaactttgga-aaataggtcatctcttttatatgttattcatttaagtcattcatagtcaaataacc 465  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  4031494 attatagtaacatatttgttggggaagttcaaggaactttggacaaataggtcatctcttttatatgttattcatttaactcattcatagtcaaataacc 4031593  T
Q  466 gacatttgaacttcaacgatatttctcataagtgtgcgtctttcactcacatcacctttgcacttcaattatcaatcagtggaacatattgtctcccaca 565  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  4031594 gacatttgaacttcaaccatatttctcataagtgtgcgtctttaactcacatcacctttgcacttcaattatcaatcaatggaacatattgtctcccaca 4031693  T
Q  566 tcagtataggtttattgtcaatccccatcaagccgaaccatgacttcgatacatttgttagggtgattggtgaagcatcgagagcggcaatgaactaaaa 665  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||    
T  4031694 tcagtataggtttattgtcaatccccatcaagccgaaccatgacttcgatacatttgttagggtgattggtgtagcatcgagagcagcaatgaactaaaa 4031793  T
Q  666 ataaggaccaccaaga 681  Q
    ||||||||||||||||    
T  4031794 ataaggaccaccaaga 4031809  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University