View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF15906_high_7 (Length: 546)

Name: NF15906_high_7
Description: NF15906
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF15906_high_7
NF15906_high_7
[»] chr7 (5 HSPs)
chr7 (17-534)||(7731139-7731659)
chr7 (21-534)||(7726979-7727495)
chr7 (19-534)||(7713462-7713977)
chr7 (17-534)||(7739297-7739817)
chr7 (19-534)||(7699117-7699632)
[»] chr3 (2 HSPs)
chr3 (247-534)||(12908070-12908357)
chr3 (21-58)||(12907826-12907863)


Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 367; Significance: 0; HSPs: 5)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 367; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 17 - 534
Target Start/End: Complemental strand, 7731659 - 7731139
Alignment:
Q  17 caccctcctcaaaatcagagaccattttggcggccctaacggccgtcttgacgactgggacaacaacactgaatgttgt---gactggaacttcgtcggt 113  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||| |||  ||| |||||||||   || || ||||||   ||||||| |||||||||     
T  7731659 caccctcctcaaaatcagagaccatttcggcggccccaacggccgcctttccgattgggacaacggtacagactgttgtagcgactggagcttcgtcggg 7731560  T
Q  114 tgcggcagaccttatcctggccgagtcaccgtcgtcaccatcagccgtggctggggtctttccggtacgcttccagcagagtttggcgacctcccttatc 213  Q
    || || | |||    ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  7731559 tgtggtaaacccctacctggccgaatcaccgtcgtcaccatcagccgtggctggggtctttccggtacgcttccagtagagtttggcgacctcccttatc 7731460  T
Q  214 ttaacttcctctcattggccgaaatgccgaaagtaactgggccaattcctaactctttcagcaaactgaaaagactacaaaaacttgaccttggttccaa 313  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7731459 ttaacttcctctcattagccgaaatgccgaaagtaactgggccaatccctaactcttttagcaaactcaaaagactacaaaaacttgaccttggttccaa 7731360  T
Q  314 cagtcttagtggtccgatccccacttttctaggccagttggagggcttacaggagtttgatttgtctaacaaccagttatccggtgttattccggcgtcg 413  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7731359 cagtcttagtgggccgatccccacttttctaggccagttgaagggcttacaggagtttgatttgtctaacaaccagttatccggtgttattccggcgtcg 7731260  T
Q  414 tttggctccataccgtctctttcgcagtttaatgtcagctttaaccagctgtgtggtgcgatccctactgggctgaacaagtttgcaaagagttcgtttg 513  Q
    || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||  ||| |||||||||||||||||||||||    
T  7731259 ttcggctccataccgtctctttcgcagtttaatgtcagctttaaccaactgtgtggtgctatccctactggattgagcaagtttgcaaagagttcgtttg 7731160  T
Q  514 atcataataaatgcctctgtg 534  Q
    |||||||||||||||| ||||    
T  7731159 atcataataaatgcctttgtg 7731139  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 359; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 21 - 534
Target Start/End: Complemental strand, 7727495 - 7726979
Alignment:
Q  21 ctcctcaaaatcagagaccattttggcggccctaacggccgtcttgacgactgggacaacaacactgaatgttgt---gactggaacttcgtcggttgcg 117  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||| ||   ||| ||||||||||  || || ||||||   ||||||| ||||||||| || |    
T  7727495 ctcctcaaaatcagagaccatttcggcggccccaacggccgcctctccgattgggacaacagtacagactgttgtagcgactggagcttcgtcgggtgtg 7727396  T
Q  118 gcagaccttatcctggccgagtcaccgtcgtcaccatcagccgtggctggggtctttccggtacgcttccagcagagtttggcgacctcccttatcttaa 217  Q
    ||| |||    ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  7727395 gcaaacccctacctggccgaatcaccgtcgtcaccatcagccgtggctggggtctttctggtacgcttccagcagagtttggcgacctcccatatcttaa 7727296  T
Q  218 cttcctctcattggccgaaatgccgaaagtaactgggccaattcctaactctttcagcaaactgaaaagactacaaaaacttgaccttggttccaacagt 317  Q
    ||||||||||||||| |||||||| |||||||| || ||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7727295 cttcctctcattggctgaaatgcccaaagtaaccggaccaatccctaactctttcagcaaactcaaaagactacaaaaacttgaccttggttccaacagt 7727196  T
Q  318 cttagtggtccgatccccacttttctaggccagttggagggcttacaggagtttgatttgtctaacaaccagttatccggtgttattccggcgtcgtttg 417  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |    
T  7727195 cttagtgggccgatccccacttttctaggccagttgaagggcttacaggagtttgatttgtctaacaaccagttatccggtgttattcccgcgtcgttcg 7727096  T
Q  418 gctccataccgtctctttcgcagtttaatgtcagctttaaccagctgtgtggtgcgatccctactgggctgaacaagtttgcaaagagttcgtttgatca 517  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7727095 gctccataccgtctctttcgcagtttaatgtcagctttaaccaactgtgtggtgcgatacctactgggttgaacaagtttgcaaagagttcgtttgatca 7726996  T
Q  518 taataaatgcctctgtg 534  Q
    |||||||||||| ||||    
T  7726995 taataaatgcctttgtg 7726979  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 332; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 19 - 534
Target Start/End: Complemental strand, 7713977 - 7713462
Alignment:
Q  19 ccctcctcaaaatcagagaccattttggcggccctaacggccgtcttgacgactgggacaacaacactgaatgttgtgactggaacttcgtcggttgcgg 118  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  7713977 ccctcctcaaaatcagagaccattttggcggccctaacggccgtcttgacgactgggacaacaacactgaatgttgtgactggaacttcgtaggttgcgg 7713878  T
Q  119 cagaccttatcctggccgagtcaccgtcgtcaccatcagccgtggctggggtctttccggtacgcttccagcagagtttggcgacctcccttatcttaac 218  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||| |    
T  7713877 cagaccttatcctggccgagtcaccggcgtcaccatcggccgtggctggggtctttccggtacacttccagcggagtttggcgacctcccttatcttagc 7713778  T
Q  219 ttcctctcattggccgaaatgccgaaagtaactgggccaattcctaactctttcagcaaactgaaaagactacaaaaacttgaccttggttccaacagtc 318  Q
     | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||| |||| || |||||||| |||||||| |    
T  7713777 atgctctcattggccgaaatgccgaaagtaactgggccaatccctaactctttcagcaaactcaaaagactagaaaatctcgaccttggctccaacagcc 7713678  T
Q  319 ttagtggtccgatccccacttttctaggccagttggagggcttacaggagtttgatttgtctaacaaccagttatccggtgttattccggcgtcgtttgg 418  Q
    ||||||| || |||||    ||||| ||| ||||| || || | || ||| |||||||||| |||||| |||||||||||| ||||||||||||| | |     
T  7713677 ttagtgggccaatccctgaatttctgggcaagttgaagcgcctccaagaggttgatttgtccaacaacaagttatccggtgctattccggcgtcgctcga 7713578  T
Q  419 ctccataccgtctctttcgcagtttaatgtcagctttaaccagctgtgtggtgcgatccctactgggctgaacaagtttgcaaagagttcgtttgatcat 518  Q
    |  | ||| ||||||||||||||| ||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||| |||    
T  7713577 caacctacagtctctttcgcagttcaatgttagctttaaccagctctgtggtgcgatccctactgggttgagcaagtttgcaaagagttcgtttgagcat 7713478  T
Q  519 aataaatgcctctgtg 534  Q
    ||||||||||| ||||    
T  7713477 aataaatgcctttgtg 7713462  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 319; E-Value: 1e-180
Query Start/End: Original strand, 17 - 534
Target Start/End: Complemental strand, 7739817 - 7739297
Alignment:
Q  17 caccctcctcaaaatcagagaccattttggcggccctaacggccgtcttgacgactgggacaacaacactgaatgttgt---gactggaacttcgtcggt 113  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||| |||  ||| |||||||||   || || ||||||   ||||||| |||||||||     
T  7739817 caccctcctcaaaatcagagaccatttcggcggccccaacggccgcctttccgattgggacaacggtacagactgttgtagcgactggagcttcgtcggg 7739718  T
Q  114 tgcggcagaccttatcctggccgagtcaccgtcgtcaccatcagccgtggctggggtctttccggtacgcttccagcagagtttggcgacctcccttatc 213  Q
    || || | |||    ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||| || ||||    
T  7739717 tgtggtaaacccctacctggccgaatcaccgtcgtcaccatcagccgtggctggggtctttccggtacgctaccagcggagtttggcgaccttccatatc 7739618  T
Q  214 ttaacttcctctcattggccgaaatgccgaaagtaactgggccaattcctaactctttcagcaaactgaaaagactacaaaaacttgaccttggttccaa 313  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  7739617 ttaacttcctctcattggccgaaatgcccaaagtaactgggccaattcctaactctttcagcaaactccaaagactacaaaaactcgaccttggttccaa 7739518  T
Q  314 cagtcttagtggtccgatccccacttttctaggccagttggagggcttacaggagtttgatttgtctaacaaccagttatccggtgttattccggcgtcg 413  Q
    ||||||||||||  ||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||  ||||| ||||||||||||||||||||    
T  7739517 cagtcttagtgggtcgatccccactttcctaggccagttgaagggcttacaggagtttgatttgtctaacaataagttaaccggtgttattccggcgtcg 7739418  T
Q  414 tttggctccataccgtctctttcgcagtttaatgtcagctttaaccagctgtgtggtgcgatccctactgggctgaacaagtttgcaaagagttcgtttg 513  Q
    || |||||| ||||||||||||| |||||||| |||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||  ||| ||| |||||||||||||||||||    
T  7739417 ttcggctccctaccgtctctttcccagtttaacgtcagctttaaccaactgtgtggtgctatccctactggattgagcaaatttgcaaagagttcgtttg 7739318  T
Q  514 atcataataaatgcctctgtg 534  Q
    |||||||||||||||| ||||    
T  7739317 atcataataaatgcctttgtg 7739297  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 284; E-Value: 1e-159
Query Start/End: Original strand, 19 - 534
Target Start/End: Complemental strand, 7699632 - 7699117
Alignment:
Q  19 ccctcctcaaaatcagagaccattttggcggccctaacggccgtcttgacgactgggacaacaacactgaatgttgtgactggaacttcgtcggttgcgg 118  Q
    ||||||||||||||||||||||||| || || || || ||||| || |||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  7699632 ccctcctcaaaatcagagaccatttcggtggtcccaaaggccgcctcgacgactgggacaacaacaccgaatgttgtgactggagcttcgtcggttgcgg 7699533  T
Q  119 cagaccttatcctggccgagtcaccgtcgtcaccatcagccgtggctggggtctttccggtacgcttccagcagagtttggcgacctcccttatcttaac 218  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||| |    
T  7699532 cagaccttatcctggccgagtcaccgtcgtcaccatcagccgtggctggggtctttccggtacgcttccagcggagtttggcaacctcccttatcttagc 7699433  T
Q  219 ttcctctcattggccgaaatgccgaaagtaactgggccaattcctaactctttcagcaaactgaaaagactacaaaaacttgaccttggttccaacagtc 318  Q
     | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||  ||||||||||||| || ||||||||||||||||| |    
T  7699432 atgctctcattggccgaaatgccgaaagtaactgggccaatccctaactcttttagcaaactccaaagactacaaaatctagaccttggttccaacagcc 7699333  T
Q  319 ttagtggtccgatccccacttttctaggccagttggagggcttacaggagtttgatttgtctaacaaccagttatccggtgttattccggcgtcgtttgg 418  Q
    ||||||| || |||||| | ||||||||| ||||| || || || ||||| ||||||||||||||||| ||||||||||   ||||||||||||  | ||    
T  7699332 ttagtgggccaatcccctcctttctaggcaagttgaagcgcctaaaggaggttgatttgtctaacaacaagttatccggcactattccggcgtcactcgg 7699233  T
Q  419 ctccataccgtctctttcgcagtttaatgtcagctttaaccagctgtgtggtgcgatccctactgggctgaacaagtttgcaaagagttcgtttgatcat 518  Q
    |  | |||  |||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||| || ||| ||||| |||| ||||||   |||| |  |||||| |||    
T  7699232 caacctacaatctctttcgcagtttaatgttagctttaaccagctctgtggtgcaattcctgctgggttgaagaagtttaacaagaatgtgtttgagcat 7699133  T
Q  519 aataaatgcctctgtg 534  Q
    ||||||||||| ||||    
T  7699132 aataaatgcctttgtg 7699117  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 96; Significance: 8e-47; HSPs: 2)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 96; E-Value: 8e-47
Query Start/End: Original strand, 247 - 534
Target Start/End: Original strand, 12908070 - 12908357
Alignment:
Q  247 taactgggccaattcctaactctttcagcaaactgaaaagactacaaaaacttgaccttggttccaacagtcttagtggtccgatccccacttttctagg 346  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||| | | | ||  ||  | |||   |||||||  |||||||| ||||||||||| || |||||    
T  12908070 taactgggccaatccctaactctttcagcaaactcaaaaaattgcgaagcctcaaacttaactccaacaaccttagtggcccgatccccaccttcctagg 12908169  T
Q  347 ccagttggagggcttacaggagtttgatttgtctaacaaccagttatccggtgttattccggcgtcgtttggctccataccgtctctttcgcagtttaat 446  Q
    || |||| || ||||| | ||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||| | | | || |||||||||| || ||||| |||    
T  12908170 ccggttgaagcgcttagaagaggttgatttgtctaacaacaagttatccggtgttattccagcgtcgctcgccaccctaccgtctctctcccagttgaat 12908269  T
Q  447 gtcagctttaaccagctgtgtggtgcgatccctactgggctgaacaagtttgcaaagagttcgtttgatcataataaatgcctctgtg 534  Q
    || |||| |||||| |||||||||||||| ||||||||| |||| ||||| |  ||||||  |||||| |||||||||||||| ||||    
T  12908270 gttagctctaaccatctgtgtggtgcgatacctactgggttgaagaagttggagaagagtatgtttgagcataataaatgcctttgtg 12908357  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 21 - 58
Target Start/End: Original strand, 12907826 - 12907863
Alignment:
Q  21 ctcctcaaaatcagagaccattttggcggccctaacgg 58  Q
    ||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||    
T  12907826 ctcctcaaaataagagaccatttcggcggccctaacgg 12907863  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University