View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF1590_low_4 (Length: 594)

Name: NF1590_low_4
Description: NF1590
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF1590_low_4
NF1590_low_4
[»] chr5 (5 HSPs)
chr5 (17-574)||(37841979-37842536)
chr5 (17-571)||(37830656-37831210)
chr5 (15-573)||(37836358-37836916)
chr5 (15-501)||(37849733-37850217)
chr5 (528-573)||(37850250-37850295)
[»] chr7 (1 HSPs)
chr7 (14-573)||(36865108-36865663)
[»] chr1 (1 HSPs)
chr1 (179-273)||(40541159-40541253)
[»] chr2 (1 HSPs)
chr2 (28-292)||(45560971-45561235)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 434; Significance: 0; HSPs: 5)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 434; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 17 - 574
Target Start/End: Original strand, 37841979 - 37842536
Alignment:
Q  17 aacctgaaatacatggacataagcaagaacaatatcagcgggccaattccatcgagtttgggaaattgcacaaatctcacatacataaatttatcatgga 116  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||| | ||| |||    
T  37841979 aacctgaaatacatggacataagcaagaacaatatcagcgggccaattccatcgagtttgggaaattgcacaaatctgacatacattaatctgtcaagga 37842078  T
Q  117 acaaatttgcacgacatataccatcagagttgggaaacctattgaatattgtgattttggaactttctcacaataacttggaaggtcctctgccacatca 216  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  37842079 acaaatttgcacgacttataccatcagagttgggaaacctattgaatcttgtgattttggaactttctcacaacaacttggaaggtcctctgccacatca 37842178  T
Q  217 gctgtcaaattgtactaaaatgaatcgttttgatgtgggattcaatttcctaaatggatcactcccatcaagtttgagaagttggacaaacataaccaca 316  Q
    ||||||||| |||| | | ||| ||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  37842179 gctgtcaaactgtagtcacatggatcgttttgatataggattcaatttcctaaatggatcactcccatcaaatttgagaagttggacaaacataaccaca 37842278  T
Q  317 ttgattttaagagaaaattacttcacaggaggtatcccagagtttttggctaaatttagcaaccttcgggagttacaacttggtgaaaatttgcttggag 416  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  37842279 ttgattttaagagaaaattacttcacaggaggtatcccagagtttttagctaaatttagaaaccttcgtgagttacaacttggtggaaatttgcttggag 37842378  T
Q  417 gaaaaattcctcaatcgattgtaacaatgcgtaatttgttctatgggttgaatttgagtgctaatggattgacaggtgccattccagcagaaatcgggaa 516  Q
    |||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||| | ||||||   |||    
T  37842379 gaaaaattcctcgatcgattgtaacattgcgtaatttgttctatgggttgaatttgagtgctaatggattgataggtggcattcctgtagaaattcagaa 37842478  T
Q  517 actaaaaatgctgcaaagtctggatatatccttgaacaacttgacaggaagcatagac 574  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||    
T  37842479 actaaaaatgctgcaaagtctggatatatccttgaacaatttgacgggaagcatagac 37842536  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 259; E-Value: 1e-144
Query Start/End: Original strand, 17 - 571
Target Start/End: Original strand, 37830656 - 37831210
Alignment:
Q  17 aacctgaaatacatggacataagcaagaacaatatcagcgggccaattccatcgagtttgggaaattgcacaaatctcacatacataaatttatcatgga 116  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||||||||  | || |||||| |||| |||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||| ||| | |    
T  37830656 aacctgaaatacatggacataagcaaaaacaatattggtggaccaattacatcaagtttgggaaattgcacaaatctcgcatacattaatttgtcaagaa 37830755  T
Q  117 acaaatttgcacgacatataccatcagagttgggaaacctattgaatattgtgattttggaactttctcacaataacttggaaggtcctctgccacatca 216  Q
    ||||||||||| |||  ||||||| | || | ||||||||  ||||| ||||||||||||| ||| |||||||||| |||||||||||| |||||| |      
T  37830756 acaaatttgcaggactcataccattacagcttggaaaccttgtgaatcttgtgattttggatcttgctcacaataatttggaaggtcctttgccacttag 37830855  T
Q  217 gctgtcaaattgtactaaaatgaatcgttttgatgtgggattcaatttcctaaatggatcactcccatcaagtttgagaagttggacaaacataaccaca 316  Q
    ||| ||||| ||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||  |||||| |||    
T  37830856 gctttcaaactgtgctaaaatggatcgttttgatgtgggattcaatttcttaaatggatcactcccatcaagtttgagaagttgggcacgcataactaca 37830955  T
Q  317 ttgattttaagagaaaattacttcacaggaggtatcccagagtttttggctaaatttagcaaccttcgggagttacaacttggtgaaaatttgcttggag 416  Q
    |||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||| |  |||||||||||||||| ||||||||||| |||| ||||||||||||||    
T  37830956 ttgattttcagagaaaattacttcactggaggtatcccagggtttttgacagaatttagcaaccttcgtgagttacaactaggtggaaatttgcttggag 37831055  T
Q  417 gaaaaattcctcaatcgattgtaacaatgcgtaatttgttctatgggttgaatttgagtgctaatggattgacaggtgccattccagcagaaatcgggaa 516  Q
    |  ||||||||| || | | |  ||| ||| |||| |||||||||| |||||| ||||| |||||||||| |||||   ||||||  ||||||| |||||    
T  37831056 gcgaaattcctcgatggttggggacattgcataatctgttctatggattgaatctgagttctaatggattaacaggcagcattccttcagaaattgggaa 37831155  T
Q  517 actaaaaatgctgcaaagtctggatatatccttgaacaacttgacaggaagcata 571  Q
     |||  | ||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||    
T  37831156 gctaggactgctgcaaagtctggatatatccttgaacaatttaacaggaagcata 37831210  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 251; E-Value: 1e-139
Query Start/End: Original strand, 15 - 573
Target Start/End: Original strand, 37836358 - 37836916
Alignment:
Q  15 tgaacctgaaatacatggacataagcaagaacaatatcagcgggccaattccatcgagtttgggaaattgcacaaatctcacatacataaatttatcatg 114  Q
    |||||||||| ||||||||| | ||||||||||||||||| || ||| ||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||  ||||| ||  |    
T  37836358 tgaacctgaactacatggacttgagcaagaacaatatcagtggaccagttccatcaagtttgggaaattgcaaaaatctcacatacagtaatttgtcgag 37836457  T
Q  115 gaacaaatttgcacgacatataccatcagagttgggaaacctattgaatattgtgattttggaactttctcacaataacttggaaggtcctctgccacat 214  Q
    |||||| |||||| | |  ||| |  ||||||| || || ||  ||| | ||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||| | ||||      
T  37836458 gaacaattttgcagggctcatatcgacagagttaggtaagcttgtgagtcttgtgattttggatctttctcacaacaacttggaaggtcctttaccactc 37836557  T
Q  215 cagctgtcaaattgtactaaaatgaatcgttttgatgtgggattcaatttcctaaatggatcactcccatcaagtttgagaagttggacaaacataacca 314  Q
    || |||||||||||| |||||||| |||  |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||    
T  37836558 caactgtcaaattgttctaaaatggatcagtttgatgtgggattcaatttcctaaatggaacactcccatcaagtttgagaagttggagaaatataacca 37836657  T
Q  315 cattgattttaagagaaaattacttcacaggaggtatcccagagtttttggctaaatttagcaaccttcgggagttacaacttggtgaaaatttgcttgg 414  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||  |||||| |||||| || |||||||| ||||||| ||||||| ||||    
T  37836658 cattgattttaagagaaaattacttcactggaggtatcccagagtttttggcagaatttaccaacctccgcgagttacatcttggtggaaatttgtttgg 37836757  T
Q  415 aggaaaaattcctcaatcgattgtaacaatgcgtaatttgttctatgggttgaatttgagtgctaatggattgacaggtgccattccagcagaaatcggg 514  Q
    ||| |||||||||| |||||| | |||| ||| |||||||||||||||  ||||| |||||| ||||||||||||||||| ||||||  | ||||| ||     
T  37836758 aggcaaaattcctcgatcgatgggaacattgcataatttgttctatggactgaatctgagtggtaatggattgacaggtggcattccttcggaaattggt 37836857  T
Q  515 aaactaaaaatgctgcaaagtctggatatatccttgaacaacttgacaggaagcataga 573  Q
      |||   | ||||||||||||| ||||||||||| ||||| || ||||||||||||||    
T  37836858 ttactcggactgctgcaaagtctagatatatccttaaacaatttaacaggaagcataga 37836916  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 242; E-Value: 1e-134
Query Start/End: Original strand, 15 - 501
Target Start/End: Original strand, 37849733 - 37850217
Alignment:
Q  15 tgaacctgaaatacatggacataagcaagaacaatatcagcgggccaattccatcgagtttgggaaattgcacaaatctcacatacataaatttatcatg 114  Q
    |||||||||||||||||||||| || |||||||| ||||| || |  |||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||| ||| |    
T  37849733 tgaacctgaaatacatggacatgagtaagaacaaaatcagtggacggattccatcaagtttgggaaattgcacaaatcttacatacattaatttgtcaag 37849832  T
Q  115 gaacaaatttgcacgacatataccatcagagttgggaaacctattgaatattgtgattttggaactttctcacaataacttggaaggtcctctgccacat 214  Q
    ||||||||||||||| |  ||||||||| || ||||||||||  | ||  ||||||||||||| |||||| ||||   ||||||||||||  |||| | |    
T  37849833 gaacaaatttgcacggctcataccatcacagctgggaaaccttgtaaaccttgtgattttggatctttctaacaa---cttggaaggtccattgcctctt 37849929  T
Q  215 cagctgtcaaattgtactaaaatgaatcgttttgatgtgggattcaatttcctaaatggatcactcccatcaagtttgagaagttggacaaacataacca 314  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||| |||||||||||    
T  37849930 cagctgtcaaattgtactaaaatggatcattttgatgtgggattcaatttcctaaatggatcagtcccatcaagtttgggaagttggagaaacataacca 37850029  T
Q  315 cattgattttaagagaaaattacttcacaggaggtatcccagagtttttggctaaatttagcaaccttcgggagttacaacttggtgaaaatttgcttgg 414  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||| | || |||| |||||| || |||||||||||||||| ||||||| ||||    
T  37850030 cattgattttaagagaaaattacttcactggaggtatcccagggtttttgccaaattttaacaacctccgcgagttacaacttggtggaaatttgtttgg 37850129  T
Q  415 aggaaaaattcct-caatcgattgtaacaatgcgtaatttgttctatgggttgaatttgagtgctaatggattgacaggtgccattcc 501  Q
    ||| ||||||||| | ||||||| ||  | |||| ||| |||||||||| |||||| | |||||||||||||||| ||||| ||||||    
T  37850130 aggcaaaattcctgcgatcgattttattattgcgcaatctgttctatggattgaatcttagtgctaatggattgaaaggtgacattcc 37850217  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000009
Query Start/End: Original strand, 528 - 573
Target Start/End: Original strand, 37850250 - 37850295
Alignment:
Q  528 tgcaaagtctggatatatccttgaacaacttgacaggaagcataga 573  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||| || ||||||||||||||    
T  37850250 tgcaaagtctagatatatccttgaacaatttaacaggaagcataga 37850295  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 219; Significance: 1e-120; HSPs: 1)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 219; E-Value: 1e-120
Query Start/End: Original strand, 14 - 573
Target Start/End: Original strand, 36865108 - 36865663
Alignment:
Q  14 atgaacctgaaatacatggacataagcaagaacaatatcagcgggccaattccatcgagtttgggaaattgcacaaatctcacatacataaatttatcat 113  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||| | || || || ||||| ||||||||||||| ||| ||||| |||||||| ||||| |||     
T  36865108 atgaacctgaaatacatggacatgagcaagaacagtatcggtggaccgataccatcaagtttgggaaattacactaatcttacatacattaatttgtcaa 36865207  T
Q  114 ggaacaaatttgcacgacatataccatcagagttgggaaacctattgaatattgtgattttggaactttctcacaataacttggaaggtcctctgccaca 213  Q
    | |||||||||||| | |  ||||||| |||| ||||||||||  ||||| ||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||  |||| |     
T  36865208 gcaacaaatttgcagggctcataccattagagctgggaaaccttgtgaatcttgtgattttggatctttctcacaacaacttggaaggtccattgcctct 36865307  T
Q  214 tcagctgtcaaattgtactaaaatgaatcgttttgatgtgggattcaatttcctaaatggatcactcccatcaagtttgagaagttggacaaacataacc 313  Q
    |    | |||||||||||||| ||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||| |  ||||| |    
T  36865308 t----tttcaaattgtactaacatggatcgttttgacgtgggattcaatttcctaaatggatcattcccatcaagtttgataagttggagaggcataagc 36865403  T
Q  314 acattgattttaagagaaaattacttcacaggaggtatcccagagtttttggctaaatttagcaaccttcgggagttacaacttggtgaaaatttgcttg 413  Q
    |||||| | || ||||| ||| | |||||||| |||||||||| |||||||||  |||||||||||||| | |||||||||||||||| ||||| | | |    
T  36865404 acattggtcttgagagataatcatttcacagggggtatcccagggtttttggcagaatttagcaaccttagtgagttacaacttggtggaaattcgttcg 36865503  T
Q  414 gaggaaaaattcctcaatcgattgtaacaatgcgtaatttgttctatgggttgaatttgagtgctaatggattgacaggtgccattccagcagaaatcgg 513  Q
    |||| |||||||||| ||| || | |||| ||| |||| |||| ||||| |||||| |||||| |||||||||||||||||  |||||  ||||||| ||    
T  36865504 gaggcaaaattcctcgatcaatgggaacattgcataatctgttttatggattgaatctgagtgataatggattgacaggtggtattccttcagaaattgg 36865603  T
Q  514 gaaactaaaaatgctgcaaagtctggatatatccttgaacaacttgacaggaagcataga 573  Q
    ||  |||  | ||||||||||  ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  36865604 gatgctaggactgctgcaaagcttggatatatccttgaacaatttgacaggaagcataga 36865663  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 47; Significance: 2e-17; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 47; E-Value: 2e-17
Query Start/End: Original strand, 179 - 273
Target Start/End: Original strand, 40541159 - 40541253
Alignment:
Q  179 ctttctcacaataacttggaaggtcctctgccacatcagctgtcaaattgtactaaaatgaatcgttttgatgtgggattcaatttcctaaatgg 273  Q
    |||||| |||||||||| ||||||||| |||||||||| || ||||| ||||| ||||||| |   ||||||||||||||||||||||| |||||    
T  40541159 ctttcttacaataacttagaaggtcctttgccacatcaactttcaaagtgtaccaaaatgagtgtatttgatgtgggattcaatttccttaatgg 40541253  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 45; Significance: 2e-16; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 45; E-Value: 2e-16
Query Start/End: Original strand, 28 - 292
Target Start/End: Original strand, 45560971 - 45561235
Alignment:
Q  28 catggacataagcaagaacaatatcagcgggccaattccatcgagtttgggaaattgcacaaatctcacatacataaatttatcatggaacaaatttgca 127  Q
    |||||| || ||||| ||||| |||| |||  |||||||||| ||||| ||||| ||||||||||| ||| |  ||| ||| |||  ||||||||||       
T  45560971 catggagatcagcaacaacaaaatcaacggaacaattccatcaagtttaggaaactgcacaaatctaacagatttaattttgtcaacgaacaaatttagt 45561070  T
Q  128 cgacatataccatcagagttgggaaacctattgaatattgtgattttggaactttctcacaataacttggaaggtcctctgccacatcagctgtcaaatt 227  Q
     | | |||||||  |||||| ||||||||  ||||| ||  || ||||   |||  |||||| ||||| ||||| ||| |||||  ||||||||||||||    
T  45561071 gggcttataccacaagagttaggaaaccttgtgaatcttcggactttgattcttgatcacaacaacttagaaggacctttgccatttcagctgtcaaatt 45561170  T
Q  228 gtactaaaatgaatcgttttgatgtgggattcaatttcctaaatggatcactcccatcaagtttg 292  Q
    ||||||||||| |    |||||||||||||| || ||| ||||||| ||| | ||||||||||||    
T  45561171 gtactaaaatggacaagtttgatgtgggatttaacttcttaaatggttcattgccatcaagtttg 45561235  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University