View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF15911_low_1 (Length: 742)

Name: NF15911_low_1
Description: NF15911
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF15911_low_1
NF15911_low_1
[»] chr7 (9 HSPs)
chr7 (179-721)||(18412018-18412580)
chr7 (176-723)||(24262485-24263052)
chr7 (208-719)||(21987282-21987808)
chr7 (176-723)||(16883285-16883852)
chr7 (179-721)||(21644397-21644959)
chr7 (237-721)||(49090048-49090548)
chr7 (179-721)||(9186310-9186872)
chr7 (244-532)||(5818420-5818723)
chr7 (463-545)||(25352865-25352947)
[»] chr8 (10 HSPs)
chr8 (179-723)||(18866835-18867399)
chr8 (176-723)||(10685426-10685993)
chr8 (176-723)||(35743747-35744315)
chr8 (179-595)||(26299836-26300272)
chr8 (179-573)||(18856440-18856854)
chr8 (454-720)||(454383-454649)
chr8 (179-301)||(23800683-23800813)
chr8 (633-721)||(26299733-26299821)
chr8 (463-544)||(21038943-21039024)
chr8 (463-544)||(33034154-33034235)
[»] scaffold0197 (1 HSPs)
scaffold0197 (176-723)||(15471-16038)
[»] chr3 (13 HSPs)
chr3 (176-723)||(32478698-32479265)
chr3 (243-723)||(8515452-8515947)
chr3 (243-721)||(2673454-2673947)
chr3 (179-721)||(3324701-3325265)
chr3 (176-723)||(28490335-28490902)
chr3 (179-721)||(16262722-16263284)
chr3 (311-721)||(1309231-1309653)
chr3 (179-508)||(9603012-9603361)
chr3 (463-544)||(10898518-10898599)
chr3 (463-545)||(10611363-10611445)
chr3 (482-544)||(47881475-47881537)
chr3 (463-544)||(16458978-16459059)
chr3 (463-544)||(29912542-29912623)
[»] chr2 (5 HSPs)
chr2 (176-723)||(19347636-19348203)
chr2 (390-721)||(25394246-25394577)
chr2 (179-295)||(10446590-10446714)
chr2 (463-544)||(17933634-17933715)
chr2 (463-544)||(20053347-20053428)
[»] chr6 (9 HSPs)
chr6 (176-721)||(14738734-14739299)
chr6 (176-723)||(33332238-33332805)
chr6 (243-721)||(24432555-24433048)
chr6 (208-723)||(24077283-24077818)
chr6 (179-501)||(29485167-29485496)
chr6 (35-125)||(24077946-24078036)
chr6 (35-105)||(21198113-21198182)
chr6 (463-544)||(22349558-22349639)
chr6 (38-103)||(9035339-9035404)
[»] chr5 (15 HSPs)
chr5 (176-723)||(27448181-27448747)
chr5 (176-723)||(31398154-31398721)
chr5 (176-723)||(43595479-43596046)
chr5 (176-723)||(43628273-43628840)
chr5 (243-709)||(24556818-24557299)
chr5 (243-709)||(24597850-24598331)
chr5 (243-721)||(28836652-28837145)
chr5 (243-637)||(37557858-37558267)
chr5 (495-723)||(33789714-33789942)
chr5 (176-384)||(33790024-33790240)
chr5 (579-708)||(31302642-31302771)
chr5 (37-122)||(34841634-34841719)
chr5 (582-708)||(31334953-31335079)
chr5 (663-721)||(37558271-37558329)
chr5 (463-544)||(10628872-10628953)
[»] chr4 (4 HSPs)
chr4 (176-723)||(9225566-9226133)
chr4 (179-721)||(16625158-16625720)
chr4 (208-721)||(5146268-5146789)
chr4 (495-721)||(18860132-18860358)
[»] chr1 (6 HSPs)
chr1 (176-723)||(41396597-41397164)
chr1 (244-721)||(47100053-47100545)
chr1 (243-589)||(9025032-9025393)
chr1 (179-305)||(19360003-19360137)
chr1 (463-544)||(2399811-2399892)
chr1 (13-166)||(47099777-47099930)
[»] scaffold0078 (2 HSPs)
scaffold0078 (208-709)||(35382-35898)
scaffold0078 (22-121)||(42294-42393)
[»] scaffold0006 (2 HSPs)
scaffold0006 (179-721)||(868-1429)
scaffold0006 (390-721)||(9024-9354)
[»] scaffold0777 (1 HSPs)
scaffold0777 (622-724)||(184-286)
[»] scaffold0842 (1 HSPs)
scaffold0842 (179-302)||(4359-4490)
[»] scaffold0184 (1 HSPs)
scaffold0184 (22-121)||(30451-30550)
[»] scaffold0256 (1 HSPs)
scaffold0256 (463-544)||(17838-17919)
[»] scaffold0028 (1 HSPs)
scaffold0028 (176-295)||(150117-150244)


Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 187; Significance: 1e-101; HSPs: 9)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 187; E-Value: 1e-101
Query Start/End: Original strand, 179 - 721
Target Start/End: Complemental strand, 18412580 - 18412018
Alignment:
Q  179 acaagttggaaaccggagaagatttgggt-----actcagggtgctcttatcaaatgtcttcgaggaaagaatattttgagactttggctctaaaagaag 273  Q
    |||||||||||| ||||||||| ||||||     |||| || ||||||||||| |||| | | || || |||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  18412580 acaagttggaaatcggagaagagttgggttttggactcgggatgctcttatcacatgtgtcctagaaaggaatattttgagactttgactctaaaagaag 18412481  T
Q  274 gag---ttgttcgactcggaaataaaaaagcttgcgaggcccaaggcgtgggcaatgttcgtctaaagatgattgatggccatgaattccttctatggaa 370  Q
    |||   ||||||||||||||||||| ||||||||| | | ||||||| ||||||| ||||||||||||||| ||||||||| |||||||||| || || |    
T  18412480 gaggagttgttcgactcggaaataacaaagcttgcaaagtccaaggcatgggcaacgttcgtctaaagatgtttgatggccgtgaattccttttaaggga 18412381  T
Q  371 tgtgaggtatgttct-gaacttaa-----------ttttcataagcatgtttgatatttcaggttaatgcactaggtttgaacttggagtttgtaaaatt 458  Q
    |||||||| |||||  ||||||||           ||| | ||||||||||||||  |  |||||| ||||||||  |||| | ||| ||||||||||||    
T  18412380 tgtgaggtttgttcccgaacttaagcgaaatttaatttccctaagcatgtttgatggtctaggttattgcactagaattgagcatggggtttgtaaaatt 18412281  T
Q  459 tcgtatggtgcattaattacagttaaaaggtctaagatgaatgatttatatattttagatggttccattgtaatagatcatgcatcattagctattatat 558  Q
    ||| |||||||||| ||||| |||||  ||||||| ||||||| |||||| ||||||||||||||||| ||||| | | |||||||  |||||| | |      
T  18412280 tcgcatggtgcattgattacggttaaggggtctaaaatgaatggtttatacattttagatggttccatagtaattggtaatgcatcggtagctagtgttg 18412181  T
Q  559 catctcataataattcagaattgtggcatttaaggttaggacatgtgaatgaaagaggtttagtaaaactaactaaacaaggtttgctaggaaaagatga 658  Q
     | ||||||||||||| |||||||||||||| ||||| || ||||| | |||||||||||||||  ||||| |||||||||||||||||||||||||| |    
T  18412180 tacctcataataattctgaattgtggcatttgaggttggggcatgttagtgaaagaggtttagttgaactagctaaacaaggtttgctaggaaaagataa 18412081  T
Q  659 atcagacaagctagaattttgtgatcattgcattataggcaaacaacatagattgaagtttgg 721  Q
    ||  |||||||||||||||||||| ||||||||  ||||||| ||||||||| | ||||||||    
T  18412080 attggacaagctagaattttgtgagcattgcatactaggcaagcaacatagagtaaagtttgg 18412018  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 176; E-Value: 2e-94
Query Start/End: Original strand, 176 - 723
Target Start/End: Original strand, 24262485 - 24263052
Alignment:
Q  176 gtaacaagttggaaaccggagaagatttgggt-----actcagggtgctcttatcaaatgtcttcgaggaaagaatattttgagactttggctctaaaag 270  Q
    |||||||||||| |||||||||||| ||||||     |||| || ||||||||||| |||    | || || ||||||||||||||||||  ||||||||    
T  24262485 gtaacaagttgggaaccggagaagagttgggttttggactcgggatgctcttatcacatgagccctagaaaggaatattttgagactttgattctaaaag 24262584  T
Q  271 aaggag---ttgttcgactcggaaataaaaaagcttgcgaggcccaaggcgtgggcaatgttcgtctaaagatgattgatggccatgaattccttctatg 367  Q
    ||||||   ||||||||||||||||||| ||||||||| | | ||||||| ||||||| ||||||||||||||| ||||||||| |||||||||| || |    
T  24262585 aaggaggagttgttcgactcggaaataacaaagcttgcaaagtccaaggcatgggcaacgttcgtctaaagatgtttgatggccgtgaattccttttaag 24262684  T
Q  368 gaatgtgaggtatgttct-gaacttaa-----------ttttcataagcatgtttgatatttcaggttaatgcactaggtttgaacttggagtttgtaaa 455  Q
    | |||||||||||||||  ||||||||           ||| ||||||||||||||||| |  |||||| ||||||||  | || | ||| |||||||||    
T  24262685 ggatgtgaggtatgttcccgaacttaagcgaaatttaatttccataagcatgtttgataatctaggttattgcactagaatagagcatggggtttgtaaa 24262784  T
Q  456 atttcgtatggtgcattaattacagttaaaaggtctaagatgaatgatttatatattttagatggttccattgtaatagatcatgcatcattagctatta 555  Q
    |||||| |||||||||| ||||| || ||  ||||||  ||||||| |||||| ||||||||||||||||| ||||| | | |||||||  |||||| |     
T  24262785 atttcgcatggtgcattgattacggtaaaggggtctagaatgaatggtttatacattttagatggttccatagtaattggtaatgcatcggtagctagtg 24262884  T
Q  556 tatcatctcataataattcagaattgtggcatttaaggttaggacatgtgaatgaaagaggtttagtaaaactaactaaacaaggtttgctaggaaaaga 655  Q
    |  |||||||||||||||| |||||||||||||| || || || ||||| | ||| || ||||||||  ||||| ||||||||||||||||||| |||||    
T  24262885 ttgcatctcataataattctgaattgtggcatttgagattggggcatgttagtgagaggggtttagttgaactagctaaacaaggtttgctagggaaaga 24262984  T
Q  656 tgaatcagacaagctagaattttgtgatcattgcattataggcaaacaacatagattgaagtttggaa 723  Q
    | |||  |||||||||||||||||||| ||||||||  ||||||||||||||||  ||||||||||||    
T  24262985 taaattggacaagctagaattttgtgaacattgcatactaggcaaacaacatagggtgaagtttggaa 24263052  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 175; E-Value: 8e-94
Query Start/End: Original strand, 208 - 719
Target Start/End: Complemental strand, 21987808 - 21987282
Alignment:
Q  208 actcagggtgctcttatcaaatgtcttcgaggaaagaatattttgagactttggctctaaaagaaggag---ttgttcgactcggaaataaaaaagcttg 304  Q
    ||||||| ||||||||||| |||| | | ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||   ||||||||||||||||||| ||||| ||    
T  21987808 actcaggatgctcttatcacatgtgtcctaggaaggaatattttgagactttggctctaaaagaaggaggagttgttcgactcggaaataacaaagcgtg 21987709  T
Q  305 cgaggcccaaggcgtgggcaatgttcgtctaaagatgattgatggccatgaattccttctatggaatgtgaggtatgtt-ctgaac-----------tta 392  Q
    | | | ||||||| ||||||| ||||||||||||||| ||||||||| |||||||||| || || ||||||||| |||| | ||||           |||    
T  21987708 caaagtccaaggcatgggcaacgttcgtctaaagatgtttgatggccgtgaattccttttaagggatgtgaggtttgttcccgaacttaaacgaaattta 21987609  T
Q  393 attttcataagcatgtttgatatttcaggttaatgcactaggtttgaacttggagtttgtaaaatttcgtatggtgcattaattacagttaaaaggtcta 492  Q
    |||| | |||| |||||||||| |  |||||| ||||||||  |||| | ||| ||||||||||||||| |||||||||| ||||| |||||| | ||||    
T  21987608 atttccctaagaatgtttgatagtctaggttattgcactagaattgagcatggggtttgtaaaatttcgcatggtgcattgattacggttaaaggatcta 21987509  T
Q  493 agatgaatgatttatatattttagatggttccattgtaatagatcatgcatcattagctattatatcatctcataataattcagaattgtggcatttaag 592  Q
    | ||||||| |||||| ||||||||||||||||| ||||| | | |||||||  | |||| | |   | ||||||||||||| |||||||||||||| ||    
T  21987508 aaatgaatggtttatacattttagatggttccatagtaattggtaatgcatcggtggctagtgttatacctcataataattctgaattgtggcatttgag 21987409  T
Q  593 gttaggacatgtgaatgaaagaggtttagtaaaactaactaaacaaggtttgctaggaaaagatgaatcagacaagctagaattttgtgatcattgcatt 692  Q
     || || ||||| | ||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||  ||  |||||||||||||||||| | ||||||||     
T  21987408 attggggcatgttagtgaaagaggtttagttaaactagctaaacaaggtttgctaggaaaagatacattggacaagctagaattttgtaagcattgcata 21987309  T
Q  693 ataggcaaacaacatagattgaagttt 719  Q
     |||||||||||| |||| | ||||||    
T  21987308 ctaggcaaacaacgtagagtaaagttt 21987282  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 172; E-Value: 5e-92
Query Start/End: Original strand, 176 - 723
Target Start/End: Complemental strand, 16883852 - 16883285
Alignment:
Q  176 gtaacaagttggaaaccggagaagatttgggt-----actcagggtgctcttatcaaatgtcttcgaggaaagaatattttgagactttggctctaaaag 270  Q
    |||||||||||| |||||||||||| ||||||     |||| || ||||||||||| |||    | || || ||||||||||||||||||  ||||||||    
T  16883852 gtaacaagttgggaaccggagaagagttgggttttggactcgggatgctcttatcacatgagccctagaaaggaatattttgagactttgattctaaaag 16883753  T
Q  271 aaggag---ttgttcgactcggaaataaaaaagcttgcgaggcccaaggcgtgggcaatgttcgtctaaagatgattgatggccatgaattccttctatg 367  Q
    ||||||   ||||||||||||||||||| ||||||||| | | ||||||| ||||||| ||||||||||||||| ||||||||| |||||||||| || |    
T  16883752 aaggaggagttgttcgactcggaaataacaaagcttgcaaagtccaaggcatgggcaacgttcgtctaaagatgtttgatggccgtgaattccttttaag 16883653  T
Q  368 gaatgtgaggtatgttct-gaacttaa-----------ttttcataagcatgtttgatatttcaggttaatgcactaggtttgaacttggagtttgtaaa 455  Q
    | |||||||||||||||  ||||||||           ||| ||||||||||||||||| |  |||||| ||||||||  | || | ||| |||||||||    
T  16883652 ggatgtgaggtatgttcccgaacttaagcgaaatttaatttccataagcatgtttgataatctaggttattgcactagaatagagcatggggtttgtaaa 16883553  T
Q  456 atttcgtatggtgcattaattacagttaaaaggtctaagatgaatgatttatatattttagatggttccattgtaatagatcatgcatcattagctatta 555  Q
    |||||| |||||||||| ||||| || ||  ||||||  ||||||| |||||| ||||||||||||||||| ||||| | | |||||||  |||||| |     
T  16883552 atttcgcatggtgcattgattacggtaaaggggtctagaatgaatggtttatacattttagatggttccatagtaattggtaatgcatcggtagctagtg 16883453  T
Q  556 tatcatctcataataattcagaattgtggcatttaaggttaggacatgtgaatgaaagaggtttagtaaaactaactaaacaaggtttgctaggaaaaga 655  Q
    |  |||||||||||||||| |||||||||||||| || || || ||||| | ||| || ||||||||  ||||| ||||||||||||||||||| |||||    
T  16883452 ttgcatctcataataattctgaattgtggcatttgagattggggcatgttagtgagaggggtttagttgaactagctaaacaaggtttgctagggaaaga 16883353  T
Q  656 tgaatcagacaagctagaattttgtgatcattgcattataggcaaacaacatagattgaagtttggaa 723  Q
    | |||  || ||||||||||||||||| ||||||||  ||||||||||||||||  ||||||||||||    
T  16883352 taaattggataagctagaattttgtgaacattgcatactaggcaaacaacatagggtgaagtttggaa 16883285  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 171; E-Value: 2e-91
Query Start/End: Original strand, 179 - 721
Target Start/End: Complemental strand, 21644959 - 21644397
Alignment:
Q  179 acaagttggaaaccggagaagatttgggt-----actcagggtgctcttatcaaatgtcttcgaggaaagaatattttgagactttggctctaaaagaag 273  Q
    ||||||||| ||| |||||||| ||||||     |||| || |||||||| || |||| | | || || |||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  21644959 acaagttgggaactggagaagagttgggttttggactcgggatgctcttaccacatgtgtcctagaaaggaatattttgagactttgactctaaaagaag 21644860  T
Q  274 gag---ttgttcgactcggaaataaaaaagcttgcgaggcccaaggcgtgggcaatgttcgtctaaagatgattgatggccatgaattccttctatggaa 370  Q
    |||   ||||||||||||||||||| ||||||||| | | ||||||| ||||||| ||||||||||||||| ||||||||| |||||||||| || || |    
T  21644859 gaggagttgttcgactcggaaataacaaagcttgcaaagtccaaggcatgggcaacgttcgtctaaagatgtttgatggccgtgaattccttttaaggga 21644760  T
Q  371 tgtgaggtatgttct-gaacttaa-----------ttttcataagcatgtttgatatttcaggttaatgcactaggtttgaacttggagtttgtaaaatt 458  Q
    |||||||| |||||  ||||||||           ||| | ||||||||||||||| |  |||||| ||||||||  |||| | ||| ||||||||||||    
T  21644759 tgtgaggtttgttcccgaacttaagcgaaatttaatttccctaagcatgtttgatagtctaggttattgcactagaattgagcatggggtttgtaaaatt 21644660  T
Q  459 tcgtatggtgcattaattacagttaaaaggtctaagatgaatgatttatatattttagatggttccattgtaatagatcatgcatcattagctattatat 558  Q
    ||| |||||||||| ||||| ||| |  ||||||| ||||||| |||||| ||||||||||||||||| ||||| | | |||||||  |||||| | |      
T  21644659 tcgcatggtgcattgattacggttgaggggtctaaaatgaatggtttatacattttagatggttccatagtaattggtaatgcatcggtagctaatgttg 21644560  T
Q  559 catctcataataattcagaattgtggcatttaaggttaggacatgtgaatgaaagaggtttagtaaaactaactaaacaaggtttgctaggaaaagatga 658  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||| ||||| || ||||| | |||||||| ||||||  ||||| ||||||||| ||||||||| |||||| |    
T  21644559 catctcataataattctgaattgtggcatttgaggttggggcatgttagtgaaagagatttagttgaactagctaaacaagatttgctagggaaagataa 21644460  T
Q  659 atcagacaagctagaattttgtgatcattgcattataggcaaacaacatagattgaagtttgg 721  Q
    ||  |||||||||||||||||||| || |||||  ||||||| ||||||| | ||||||||||    
T  21644459 attggacaagctagaattttgtgagcaatgcatactaggcaagcaacatatagtgaagtttgg 21644397  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 165; E-Value: 7e-88
Query Start/End: Original strand, 237 - 721
Target Start/End: Complemental strand, 49090548 - 49090048
Alignment:
Q  237 aggaaagaatattttgagactttggctctaaaagaaggag---ttgttcgactcggaaataaaaaa-gcttgcgaggcccaaggcgtgggcaatgttcgt 332  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||   ||| ||||||||||||||||||| || ||| | | ||||||| ||||||| ||||||    
T  49090548 aggaaggaatattttgagactttggctctaaaagaaggaggagttgctcgactcggaaataaaaaaagcgtgcaaagtccaaggcatgggcaacgttcgt 49090449  T
Q  333 ctaaagatgattgatggccatgaattccttctatggaatgtgaggtatgttct-gaacttaa-----------ttttcataagcatgtttgatatttcag 420  Q
    ||||||||| ||||||||  |||||||||| || || ||||||||| |||||  ||||||||           ||| | ||||||||||||||| |  ||    
T  49090448 ctaaagatgtttgatggctgtgaattccttttaagggatgtgaggtttgttcccgaacttaagcgaaatttaatttccttaagcatgtttgatagtctag 49090349  T
Q  421 gttaatgcactaggtttgaacttggagtttgtaaaatttcgtatggtgcattaattacagttaaaaggtctaagatgaatgatttatatattttagatgg 520  Q
    |||| ||||||||  || | | ||| ||||||||||||||| |||||||||| ||||| |||||| ||||||| ||||||| |||||| |||||||||||    
T  49090348 gttattgcactagaattaagcatggggtttgtaaaatttcgcatggtgcattgattacggttaaagggtctaaaatgaatggtttatacattttagatgg 49090249  T
Q  521 ttccattgtaatagatcatgcatcattagctattatatcatctcataataattcagaattgtggcatttaaggttaggacatgtgaatgaaagaggttta 620  Q
    |||||| ||||| | | |||||||  |||||| | |   | ||||||||||||| |||||||||||||| || || |  ||||| | |||||||||||||    
T  49090248 ttccatagtaattggtaatgcatcggtagctagtgttgtacctcataataattctgaattgtggcatttgagattggagcatgttagtgaaagaggttta 49090149  T
Q  621 gtaaaactaactaaacaaggtttgctaggaaaagatgaatcagacaagctagaattttgtgatcattgcattataggcaaacaacatagattgaagtttg 720  Q
    ||  |||||||||||||||||||||||||||||||| |||  |||||||||||||||||| | ||||||||  ||||||| ||||||||| | |||||||    
T  49090148 gttgaactaactaaacaaggtttgctaggaaaagataaattggacaagctagaattttgtaagcattgcatactaggcaagcaacatagagtaaagtttg 49090049  T
Q  721 g 721  Q
    |    
T  49090048 g 49090048  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 163; E-Value: 1e-86
Query Start/End: Original strand, 179 - 721
Target Start/End: Original strand, 9186310 - 9186872
Alignment:
Q  179 acaagttggaaaccggagaagatttgggt-----actcagggtgctcttatcaaatgtcttcgaggaaagaatattttgagactttggctctaaaagaag 273  Q
    ||||||||| |||||||||||| ||||||     |||| || ||||||||||| |||| | | || ||  ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9186310 acaagttgggaaccggagaagagttgggttttggactcgggatgctcttatcacatgtgtcctagaaagaaatattttgagactttggctctaaaagaag 9186409  T
Q  274 gag---ttgttcgactcggaaataaaaaagcttgcgaggcccaaggcgtgggcaatgttcgtctaaagatgattgatggccatgaattccttctatggaa 370  Q
    |||   ||||| ||||||||||||| ||||| ||| | | ||||||| ||||||  ||||||||||||||| ||||||||| |||||||||| ||  | |    
T  9186410 gaggagttgtttgactcggaaataacaaagcgtgcaaagtccaaggcatgggcatcgttcgtctaaagatgtttgatggccgtgaattccttttaaagga 9186509  T
Q  371 tgtgaggtatgttct-gaacttaa-----------ttttcataagcatgtttgatatttcaggttaatgcactaggtttgaacttggagtttgtaaaatt 458  Q
    ||||| || |||||  ||||||||           ||| | ||||||||||||||| |  |||||| ||||||||  |||| | ||| ||||||||||||    
T  9186510 tgtgaagtttgttcccgaacttaagcgaaatttaatttccctaagcatgtttgatagtataggttattgcactagaattgagcatggggtttgtaaaatt 9186609  T
Q  459 tcgtatggtgcattaattacagttaaaaggtctaagatgaatgatttatatattttagatggttccattgtaatagatcatgcatcattagctattatat 558  Q
    ||| |||||||||| ||||| |||||| ||||||| ||||||| |||||| ||||||||||||||||| ||||| | | ||||||| || |||| | |      
T  9186610 tcgcatggtgcattgattacggttaaagggtctaaaatgaatggtttatacattttagatggttccatagtaattggtaatgcatcgtttgctagtgttg 9186709  T
Q  559 catctcataataattcagaattgtggcatttaaggttaggacatgtgaatgaaagaggtttagtaaaactaactaaacaaggtttgctaggaaaagatga 658  Q
     | ||||||||||||| |||||||||||||| || || || ||||| | |||||||||||||||  ||||| ||||||||||||| |||| ||||||| |    
T  9186710 tacctcataataattctgaattgtggcatttgagtttggggcatgttagtgaaagaggtttagttgaactagctaaacaaggttttctagtaaaagataa 9186809  T
Q  659 atcagacaagctagaattttgtgatcattgcattataggcaaacaacatagattgaagtttgg 721  Q
    ||  |||||||||||||||||||| ||||||||  ||||||| ||||||||| | ||||||||    
T  9186810 attggacaagctagaattttgtgagcattgcatactaggcaagcaacatagagtaaagtttgg 9186872  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 92; E-Value: 3e-44
Query Start/End: Original strand, 244 - 532
Target Start/End: Original strand, 5818420 - 5818723
Alignment:
Q  244 aatattttgagactttggctctaaaagaagga---gttgttcgactcggaaataaaaaagcttgcgaggcccaaggcgtgggcaatgttcgtctaaagat 340  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||   |||||||||||||||||||| ||| ||||| | | ||||||| |||| || ||||||||||||||    
T  5818420 aatattttgagactttggctctaaaagaaggaggagttgttcgactcggaaataacaaaacttgcaaagtccaaggcatgggaaacgttcgtctaaagat 5818519  T
Q  341 gattgatggccatgaattccttctatggaatgtgaggtatgttc-------tgaac-----ttaattttcataagcatgtttgatatttcaggttaatgc 428  Q
    | ||||||| | |||||||||||||  | |||||| || |||||       |||||     ||||||||| |||||||||| |||| |  |||||| |||    
T  5818520 gtttgatggtcgtgaattccttctaacggatgtgacgtttgttcccgaacttgaacgaaatttaattttcctaagcatgttagatagtataggttattgc 5818619  T
Q  429 actaggtttgaacttggagtttgtaaaatttcgtatggtgcattaattacagttaaaaggtctaagatgaatgatttatatattttagatggttccattg 528  Q
    ||||   |||| | |||||||||| |||||| | ||| |||||| |||||||||||| ||||||||||||||| |||||| |||||||||| || ||| |    
T  5818620 actaaaattgagcatggagtttgtcaaattttgcatgatgcattcattacagttaaagggtctaagatgaatggtttatacattttagatgatttcatag 5818719  T
Q  529 taat 532  Q
    ||||    
T  5818720 taat 5818723  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #9
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000003
Query Start/End: Original strand, 463 - 545
Target Start/End: Original strand, 25352865 - 25352947
Alignment:
Q  463 atggtgcattaattacagttaaaaggtctaagatgaatgatttatatattttagatggttccattgtaatagatcatgcatca 545  Q
    ||||||||||  ||| || |||||||||||| ||  ||| ||||||||||||||| |||||||  ||||||| ||||||||||    
T  25352865 atggtgcattggttatagctaaaaggtctaaaatacatggtttatatattttagaaggttccaccgtaatagctcatgcatca 25352947  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 185; Significance: 1e-100; HSPs: 10)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 185; E-Value: 1e-100
Query Start/End: Original strand, 179 - 723
Target Start/End: Original strand, 18866835 - 18867399
Alignment:
Q  179 acaagttggaaaccggagaagatttgggt-----actcagggtgctcttatcaaatgtcttcgaggaaagaatattttgagactttggctctaaaagaag 273  Q
    ||||||||| ||||||||||||  |||||     |||| || ||||||||||| |||| | | || || ||||||||||||||||||  |||||||||||    
T  18866835 acaagttgggaaccggagaagagctgggttttggactcgggatgctcttatcacatgtgtcctagaaaggaatattttgagactttgattctaaaagaag 18866934  T
Q  274 gag---ttgttcgactcggaaataaaaaagcttgcgaggcccaaggcgtgggcaatgttcgtctaaagatgattgatggccatgaattccttctatggaa 370  Q
    |||   ||||||||||||||||||| ||||||||| | | ||||||| ||||||| ||||||||||||||| ||||||||| |||||||||| || || |    
T  18866935 gaggagttgttcgactcggaaataacaaagcttgcaaagtccaaggcatgggcaacgttcgtctaaagatgtttgatggccgtgaattccttttaaggga 18867034  T
Q  371 tgtgaggtatgttct-gaacttaa-----------ttttcataagcatgtttgatatttcaggttaatgcactaggtttgaacttggagtttgtaaaatt 458  Q
    |||||||| |||||  ||||||||           ||| | ||||||||||||||| |  |||||| ||||||||  |||| | ||| ||||||||||||    
T  18867035 tgtgaggtttgttcccgaacttaagcgtaatttaatttccctaagcatgtttgataatctaggttattgcactagaattgagcatggggtttgtaaaatt 18867134  T
Q  459 tcgtatggtgcattaattacagttaaaaggtctaagatgaatgatttatatattttagatggttccattgtaatagatcatgcatcattagctattatat 558  Q
    ||| |||||||||| ||||| |||||  ||||||  ||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||| | | |||||||  |||||| | |      
T  18867135 tcgcatggtgcattgattacggttaaggggtctagaatgaatggtttatatattttagatggttccatagtaattggtaatgcatcggtagctagtgttg 18867234  T
Q  559 catctcataataattcagaattgtggcatttaaggttaggacatgtgaatgaaagaggtttagtaaaactaactaaacaaggtttgctaggaaaagatga 658  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||| ||||| || ||||| | |||||| ||||||||  ||||| ||||||||||||||||||| |||||| |    
T  18867235 catctcataataattctgaattgtggcatttgaggttggggcatgttagtgaaaggggtttagttgaactagctaaacaaggtttgctagggaaagataa 18867334  T
Q  659 atcagacaagctagaattttgtgatcattgcattataggcaaacaacatagattgaagtttggaa 723  Q
    ||  |||||||||||||||||||| ||||||||  |||| |||||||||||  ||||||||||||    
T  18867335 attggacaagctagaattttgtgagcattgcatactaggaaaacaacatagggtgaagtttggaa 18867399  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 176; E-Value: 2e-94
Query Start/End: Original strand, 176 - 723
Target Start/End: Original strand, 10685426 - 10685993
Alignment:
Q  176 gtaacaagttggaaaccggagaagatttgggt-----actcagggtgctcttatcaaatgtcttcgaggaaagaatattttgagactttggctctaaaag 270  Q
    |||||||||||| |||||||||||| ||||||     |||| || ||||||||||| |||    | || || ||||||||||||||||||  ||||||||    
T  10685426 gtaacaagttgggaaccggagaagagttgggttttggactcgggatgctcttatcacatgagccctagaaaggaatattttgagactttgattctaaaag 10685525  T
Q  271 aaggag---ttgttcgactcggaaataaaaaagcttgcgaggcccaaggcgtgggcaatgttcgtctaaagatgattgatggccatgaattccttctatg 367  Q
    ||||||   ||||||||||||||||||| ||||||||| | | ||||||| ||||||| ||||||||||||||| ||||||||| |||||||||| || |    
T  10685526 aaggaggagttgttcgactcggaaataacaaagcttgcaaagtccaaggcatgggcaacgttcgtctaaagatgtttgatggccgtgaattccttttaag 10685625  T
Q  368 gaatgtgaggtatgttct-gaacttaa-----------ttttcataagcatgtttgatatttcaggttaatgcactaggtttgaacttggagtttgtaaa 455  Q
    | |||||||||||||||  ||||||||           ||| ||||||||||||||||| |  |||||| ||||||||  | || | ||| |||||||||    
T  10685626 ggatgtgaggtatgttcccgaacttaagcgaaatttaatttccataagcatgtttgataatctaggttattgcactagaatagagcatggggtttgtaaa 10685725  T
Q  456 atttcgtatggtgcattaattacagttaaaaggtctaagatgaatgatttatatattttagatggttccattgtaatagatcatgcatcattagctatta 555  Q
    |||||| |||||||||| ||||| || ||  ||||||  ||||||| |||||| ||||||||||||||||| ||||| | | |||||||  |||||| |     
T  10685726 atttcgcatggtgcattgattacggtaaaggggtctagaatgaatggtttatacattttagatggttccatagtaattggtaatgcatcggtagctagtg 10685825  T
Q  556 tatcatctcataataattcagaattgtggcatttaaggttaggacatgtgaatgaaagaggtttagtaaaactaactaaacaaggtttgctaggaaaaga 655  Q
    |  |||||||||||||||| |||||||||||||| || || || ||||| | ||| || ||||||||  ||||| ||||||||||||||||||| |||||    
T  10685826 ttgcatctcataataattctgaattgtggcatttgagattggggcatgttagtgagaggggtttagttgaactagctaaacaaggtttgctagggaaaga 10685925  T
Q  656 tgaatcagacaagctagaattttgtgatcattgcattataggcaaacaacatagattgaagtttggaa 723  Q
    | |||  |||||||||||||||||||| ||||||||  ||||||||||||||||  ||||||||||||    
T  10685926 taaattggacaagctagaattttgtgaacattgcatactaggcaaacaacatagggtgaagtttggaa 10685993  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 166; E-Value: 2e-88
Query Start/End: Original strand, 176 - 723
Target Start/End: Complemental strand, 35744315 - 35743747
Alignment:
Q  176 gtaacaagttggaaaccggagaagatttgggt-----actcagggtgctcttatcaaatgtcttcgaggaaagaatattttgagactttggctctaaaag 270  Q
    |||||||||||| |||||||||||| ||||||     |||| || ||||| ||||| |||| | | || || ||||||||||||||||||  ||||||||    
T  35744315 gtaacaagttgggaaccggagaagagttgggttttggactcgggatgctcatatcacatgtgtcctagaaaggaatattttgagactttgattctaaaag 35744216  T
Q  271 aagga----gttgttcgactcggaaataaaaaagcttgcgaggcccaaggcgtgggcaatgttcgtctaaagatgattgatggccatgaattccttctat 366  Q
    |||||    |||||||||||||||||||| ||||||||| | | ||||||| ||||||| ||||||||||||||| ||||||||| |||||||||| ||     
T  35744215 aaggaaggagttgttcgactcggaaataacaaagcttgcaaagtccaaggcatgggcaacgttcgtctaaagatgtttgatggccgtgaattccttttaa 35744116  T
Q  367 ggaatgtgaggtatgttct-gaacttaa-----------ttttcataagcatgtttgatatttcaggttaatgcactaggtttgaacttggagtttgtaa 454  Q
    || ||||||||| |||||  ||||||||           ||| ||||||||||||||||| |  |||||| ||||||||  | || | ||| ||||||||    
T  35744115 gggatgtgaggtttgttcccgaacttaagcgaaatttaatttccataagcatgtttgataatctaggttattgcactagaatagagcatggggtttgtaa 35744016  T
Q  455 aatttcgtatggtgcattaattacagttaaaaggtctaagatgaatgatttatatattttagatggttccattgtaatagatcatgcatcattagctatt 554  Q
    ||||||| |||||||||| |||||  ||||  ||||||  ||||||| |||||| ||||||||||||||||| ||||| | | |||||||  |||| | |    
T  35744015 aatttcgcatggtgcattgattacgattaaggggtctagaatgaatggtttatacattttagatggttccatagtaattggtaatgcatcggtagcaagt 35743916  T
Q  555 atatcatctcataataattcagaattgtggcatttaaggttaggacatgtgaatgaaagaggtttagtaaaactaactaaacaaggtttgctaggaaaag 654  Q
     |  |||||||||||||||| |||||||||||||| || || || ||||| | ||| || ||||||||  ||||| ||||||||||||||||||| ||||    
T  35743915 gttgcatctcataataattctgaattgtggcatttgagattggggcatgttagtgagaggggtttagttgaactagctaaacaaggtttgctagggaaag 35743816  T
Q  655 atgaatcagacaagctagaattttgtgatcattgcattataggcaaacaacatagattgaagtttggaa 723  Q
    || |||  || ||||||||||||||||| ||||||||  ||||||||||||||||  ||||||||||||    
T  35743815 ataaattggataagctagaattttgtgaacattgcatactaggcaaacaacatagggtgaagtttggaa 35743747  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 121; E-Value: 1e-61
Query Start/End: Original strand, 179 - 595
Target Start/End: Complemental strand, 26300272 - 26299836
Alignment:
Q  179 acaagttggaaaccggagaagatttgggt-----actcagggtgctcttatcaaatgtcttcgaggaaagaatattttgagactttggctctaaaagaag 273  Q
    ||||||||| |||||||||||| ||||||     |||  || ||||||||||| |||| |   || || |||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  26300272 acaagttgggaaccggagaagagttgggttttggacttgggatgctcttatcacatgtgtcatagaaaggaatattttgagactttgactctaaaagaag 26300173  T
Q  274 gag---ttgttcgactcggaaataaaaaagcttgcgaggcccaaggcgtgggcaatgttcgtctaaagatgattgatggccatgaattccttctatggaa 370  Q
    |||   ||||||||||||||||||| ||||||||| | | ||||||| ||||||| |||||| |||||||| ||||||||| |||||||||| || || |    
T  26300172 gaggagttgttcgactcggaaataacaaagcttgcaaagtccaaggcatgggcaacgttcgtgtaaagatgtttgatggccgtgaattccttttaaggga 26300073  T
Q  371 tgtgaggtatgtt-ctgaac-----------ttaattttcataagcatgtttgatatttcaggttaatgcactaggtttgaacttggagtttgtaaaatt 458  Q
    |||||||| |||| | ||||           ||||||| ||||| ||||||||||| |  |||||| ||||||||  |||||| ||| ||||||||||||    
T  26300072 tgtgaggtttgttcccgaacttaagcgtaatttaatttccataaccatgtttgatagtctaggttattgcactagaattgaacatggggtttgtaaaatt 26299973  T
Q  459 tcgtatggtgcattaattacagttaaaaggtctaagatgaatgatttatatattttagatggttccattgtaatagatcatgcatcattagctattatat 558  Q
    |||||||||||||| ||||| |||||  ||||||| ||||||| |||||| ||||||||||||||||| ||||| | | |||||||  ||||||   |      
T  26299972 tcgtatggtgcattgattacggttaaggggtctaaaatgaatggtttatacattttagatggttccatagtaattggtaatgcatcgatagctagcgttg 26299873  T
Q  559 catctcataataattcagaattgtggcatttaaggtt 595  Q
     | ||||||||||||| |||||||||||||| |||||    
T  26299872 tacctcataataattctgaattgtggcatttgaggtt 26299836  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 103; E-Value: 7e-51
Query Start/End: Original strand, 179 - 573
Target Start/End: Original strand, 18856440 - 18856854
Alignment:
Q  179 acaagttggaaaccggagaagatttgggt-----actcagggtgctcttatcaaatgtcttcgaggaaagaatattttgagactttggctctaaaagaag 273  Q
    ||||||||| ||||||||||||  |||||     |||| || ||||||||||| |||| | | || || ||||||||||||||||||  |||||||||||    
T  18856440 acaagttgggaaccggagaagagctgggttttggactcgggatgctcttatcacatgtgtcctagaaaggaatattttgagactttgattctaaaagaag 18856539  T
Q  274 ga---gttgttcgactcggaaataaaaaagcttgcgaggcccaaggcgtgggcaatgttcgtctaaagatgattgatggccatgaattccttctatggaa 370  Q
    ||   |||||||||||||||||||| ||||||||| | | ||||||| ||||||| ||||||||||||||| ||||||||| |||||||||| || || |    
T  18856540 gaggagttgttcgactcggaaataacaaagcttgcaaagtccaaggcatgggcaacgttcgtctaaagatgtttgatggccgtgaattccttttaaggga 18856639  T
Q  371 tgtgaggtatgtt-ctgaac-----------ttaattttcataagcatgtttgatatttcaggttaatgcactaggtttgaacttggagtttgtaaaatt 458  Q
    |||||||| |||| | ||||           ||||||| | || | |||||||||| |  |||||| ||||||||  |||| | ||| ||||||||||||    
T  18856640 tgtgaggtttgttcccgaacttaagcgtaatttaatttccctatgtatgtttgataatctaggttattgcactagaattgagcatggggtttgtaaaatt 18856739  T
Q  459 tcgtatggtgcattaattacagttaaaaggtctaagatgaatgatttatatattttagatggttccattgtaatagatcatgcatcattagctattatat 558  Q
    | | |||||||||| ||||| |||||  ||||||  ||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||| | | |||||||  |||||| | |      
T  18856740 ttgcatggtgcattgattacggttaaggggtctagaatgaatggtttatatattttagatggttccatagtaattggtaatgcatcggtagctagtgttg 18856839  T
Q  559 catctcataataatt 573  Q
    |||||||||||||||    
T  18856840 catctcataataatt 18856854  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 87; E-Value: 3e-41
Query Start/End: Original strand, 454 - 720
Target Start/End: Original strand, 454383 - 454649
Alignment:
Q  454 aaatttcgtatggtgcattaattacagttaaaaggtctaagatgaatgatttatatattttagatggttccattgtaatagatcatgcatcattagctat 553  Q
    |||||||| ||||||||||||||||  ||||| | | |||||||  ||||||||| |||||||||||||  |||||||| ||||||| ||| |||||||     
T  454383 aaatttcgaatggtgcattaattactcttaaatgttttaagatgtttgatttatacattttagatggttttattgtaattgatcatgtatcgttagctag 454482  T
Q  554 tatatcatctcataataattcagaattgtggcatttaaggttaggacatgtgaatgaaagaggtttagtaaaactaactaaacaaggtttgctaggaaaa 653  Q
    |  | ||||||||||||| |  ||||||||||||||||||| |  |||||| | |||||||||||||||| ||||| | |||||||||||  |||||| |    
T  454483 tgcagcatctcataataaatttgaattgtggcatttaaggtgacaacatgttagtgaaagaggtttagtagaactagccaaacaaggttttttaggaaga 454582  T
Q  654 gatgaatcagacaagctagaattttgtgatcattgcattataggcaaacaacatagattgaagtttg 720  Q
    ||  | |  || |||||||||||| |  ||||||||||  ||| ||||||||||||| |||||||||    
T  454583 gaaaatttggataagctagaatttcgcaatcattgcatactagacaaacaacatagagtgaagtttg 454649  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 49; E-Value: 1e-18
Query Start/End: Original strand, 179 - 301
Target Start/End: Original strand, 23800683 - 23800813
Alignment:
Q  179 acaagttggaaaccggagaagatttgggt-----actcagggtgctcttatcaaatgtcttcgaggaaagaatattttgagactttggctctaaaagaag 273  Q
    ||||||||| |||||||||||| ||||||     |||| || ||||||||||| |||| |   ||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  23800683 acaagttgggaaccggagaagagttgggttttgaactcgggatgctcttatcacatgtgtcttaggaaggaatattttgagactttggttctaaaagaag 23800782  T
Q  274 ---gagttgttcgactcggaaataaaaaagc 301  Q
       |||||||||||||||||||||| |||||    
T  23800783 gaagagttgttcgactcggaaataacaaagc 23800813  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #8
Raw Score: 45; E-Value: 3e-16
Query Start/End: Original strand, 633 - 721
Target Start/End: Complemental strand, 26299821 - 26299733
Alignment:
Q  633 aaacaaggtttgctaggaaaagatgaatcagacaagctagaattttgtgatcattgcattataggcaaacaacatagattgaagtttgg 721  Q
    |||||||||||| ||||||||||| |||  |||||||||||||||||||| ||||||||  ||||||| ||||||| | | ||||||||    
T  26299821 aaacaaggtttgataggaaaagataaattggacaagctagaattttgtgagcattgcatactaggcaagcaacataaagtaaagtttgg 26299733  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #9
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000004
Query Start/End: Original strand, 463 - 544
Target Start/End: Original strand, 21038943 - 21039024
Alignment:
Q  463 atggtgcattaattacagttaaaaggtctaagatgaatgatttatatattttagatggttccattgtaatagatcatgcatc 544  Q
    ||||||||||| ||| || |||| ||||||| ||  ||| ||||||||||||||| ||||||| |||||||| |||||||||    
T  21038943 atggtgcattagttatagctaaagggtctaaaatacatggtttatatattttagaaggttccactgtaatagctcatgcatc 21039024  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #10
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000004
Query Start/End: Original strand, 463 - 544
Target Start/End: Original strand, 33034154 - 33034235
Alignment:
Q  463 atggtgcattaattacagttaaaaggtctaagatgaatgatttatatattttagatggttccattgtaatagatcatgcatc 544  Q
    ||||||||||| ||| || |||| ||||||| ||  ||| ||||||||||||||| ||||||| |||||||| |||||||||    
T  33034154 atggtgcattagttatagctaaagggtctaaaatacatggtttatatattttagaaggttccactgtaatagctcatgcatc 33034235  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0197 (Bit Score: 180; Significance: 8e-97; HSPs: 1)
Name: scaffold0197
Description:

Target: scaffold0197; HSP #1
Raw Score: 180; E-Value: 8e-97
Query Start/End: Original strand, 176 - 723
Target Start/End: Original strand, 15471 - 16038
Alignment:
Q  176 gtaacaagttggaaaccggagaagatttgggt-----actcagggtgctcttatcaaatgtcttcgaggaaagaatattttgagactttggctctaaaag 270  Q
    |||||||||||| |||||||||||| ||||||     |||| || ||||||||||| |||| | | || || ||||||||||||||||||  ||||||||    
T  15471 gtaacaagttgggaaccggagaagagttgggttttggactcgggatgctcttatcacatgtgtcctagaaaggaatattttgagactttgattctaaaag 15570  T
Q  271 aaggag---ttgttcgactcggaaataaaaaagcttgcgaggcccaaggcgtgggcaatgttcgtctaaagatgattgatggccatgaattccttctatg 367  Q
    ||||||   ||||||||||||||||||| ||||||||| | | ||||||| ||||||| ||||||||||||||| ||||||||| |||||||||| || |    
T  15571 aaggaggagttgttcgactcggaaataacaaagcttgcaaagtccaaggcatgggcaacgttcgtctaaagatgtttgatggccgtgaattccttttaag 15670  T
Q  368 gaatgtgaggtatgttct-gaacttaa-----------ttttcataagcatgtttgatatttcaggttaatgcactaggtttgaacttggagtttgtaaa 455  Q
    | ||||||||| |||||  ||||||||           ||| ||||||||||||||||| |  |||||| ||||||||  | || | ||| |||||||||    
T  15671 ggatgtgaggtttgttcccgaacttaagcgaaatttaatttccataagcatgtttgataatctaggttattgcactagaatagagcatggggtttgtaaa 15770  T
Q  456 atttcgtatggtgcattaattacagttaaaaggtctaagatgaatgatttatatattttagatggttccattgtaatagatcatgcatcattagctatta 555  Q
    |||||| |||||||||| ||||| || ||  ||||||  ||||||| |||||| ||||||||||||||||| ||||| | | |||||||  |||||| |     
T  15771 atttcgcatggtgcattgattacggtaaaggggtctagaatgaatggtttatacattttagatggttccatagtaattggtaatgcatcggtagctagtg 15870  T
Q  556 tatcatctcataataattcagaattgtggcatttaaggttaggacatgtgaatgaaagaggtttagtaaaactaactaaacaaggtttgctaggaaaaga 655  Q
    |  |||||||||||||||| |||||||||||||| || || || ||||| | ||| || ||||||||  ||||| ||||||||||||||||||| |||||    
T  15871 ttgcatctcataataattctgaattgtggcatttgagattggggcatgttagtgagaggggtttagttgaactagctaaacaaggtttgctagggaaaga 15970  T
Q  656 tgaatcagacaagctagaattttgtgatcattgcattataggcaaacaacatagattgaagtttggaa 723  Q
    | |||  |||||||||||||||||||| ||||||||  ||||||||||||||||  ||||||||||||    
T  15971 taaattggacaagctagaattttgtgaacattgcatactaggcaaacaacatagggtgaagtttggaa 16038  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 176; Significance: 2e-94; HSPs: 13)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 176; E-Value: 2e-94
Query Start/End: Original strand, 176 - 723
Target Start/End: Complemental strand, 32479265 - 32478698
Alignment:
Q  176 gtaacaagttggaaaccggagaagatttgggt-----actcagggtgctcttatcaaatgtcttcgaggaaagaatattttgagactttggctctaaaag 270  Q
    |||||||||||| |||||||||||| ||||||     |||| || ||||||||||| |||    | || || ||||||||||||||||||  ||||||||    
T  32479265 gtaacaagttgggaaccggagaagagttgggttttggactcgggatgctcttatcacatgagccctagaaaggaatattttgagactttgattctaaaag 32479166  T
Q  271 aaggag---ttgttcgactcggaaataaaaaagcttgcgaggcccaaggcgtgggcaatgttcgtctaaagatgattgatggccatgaattccttctatg 367  Q
    ||||||   ||||||||||||||||||| ||||||||| | | ||||||| ||||||| ||||||||||||||| ||||||||| |||||||||| || |    
T  32479165 aaggaggagttgttcgactcggaaataacaaagcttgcaaagtccaaggcatgggcaacgttcgtctaaagatgtttgatggccgtgaattccttttaag 32479066  T
Q  368 gaatgtgaggtatgttct-gaacttaa-----------ttttcataagcatgtttgatatttcaggttaatgcactaggtttgaacttggagtttgtaaa 455  Q
    | |||||||||||||||  ||||||||           ||| ||||||||||||||||| |  |||||| ||||||||  | || | ||| |||||||||    
T  32479065 ggatgtgaggtatgttcccgaacttaagcgaaatttaatttccataagcatgtttgataatctaggttattgcactagaatagagcatggggtttgtaaa 32478966  T
Q  456 atttcgtatggtgcattaattacagttaaaaggtctaagatgaatgatttatatattttagatggttccattgtaatagatcatgcatcattagctatta 555  Q
    |||||| |||||||||| ||||| || ||  ||||||  ||||||| |||||| ||||||||||||||||| ||||| | | |||||||  |||||| |     
T  32478965 atttcgcatggtgcattgattacggtaaaggggtctagaatgaatggtttatacattttagatggttccatagtaattggtaatgcatcggtagctagtg 32478866  T
Q  556 tatcatctcataataattcagaattgtggcatttaaggttaggacatgtgaatgaaagaggtttagtaaaactaactaaacaaggtttgctaggaaaaga 655  Q
    |  |||||||||||||||| |||||||||||||| || || || ||||| | ||| || ||||||||  ||||| ||||||||||||||||||| |||||    
T  32478865 ttgcatctcataataattctgaattgtggcatttgagattggggcatgttagtgagaggggtttagttgaactagctaaacaaggtttgctagggaaaga 32478766  T
Q  656 tgaatcagacaagctagaattttgtgatcattgcattataggcaaacaacatagattgaagtttggaa 723  Q
    | |||  |||||||||||||||||||| ||||||||  ||||||||||||||||  ||||||||||||    
T  32478765 taaattggacaagctagaattttgtgaacattgcatactaggcaaacaacatagggtgaagtttggaa 32478698  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 168; E-Value: 1e-89
Query Start/End: Original strand, 243 - 723
Target Start/End: Complemental strand, 8515947 - 8515452
Alignment:
Q  243 gaatattttgagactttggctctaaaagaaggag---ttgttcgactcggaaataaaaaagcttgcgaggcccaaggcgtgggcaatgttcgtctaaaga 339  Q
    ||||||||||||||||||  ||||||||||||||   ||||||||||||||||||| ||||||||| | | ||||||| |||| || |||||||||||||    
T  8515947 gaatattttgagactttgattctaaaagaaggaggagttgttcgactcggaaataacaaagcttgcaaagtccaaggcatgggaaacgttcgtctaaaga 8515848  T
Q  340 tgattgatggccatgaattccttctatggaatgtgaggtatgttct-gaacttaa-----------ttttcataagcatgtttgatatttcaggttaatg 427  Q
    || ||||||||| |||||||||| || || |||||||||||||||  ||||||||           ||| ||||||||||||||||| |  |||||| ||    
T  8515847 tgtttgatggccgtgaattccttttaagggatgtgaggtatgttcccgaacttaagcgaaatttaatttccataagcatgtttgataatctaggttattg 8515748  T
Q  428 cactaggtttgaacttggagtttgtaaaatttcgtatggtgcattaattacagttaaaaggtctaagatgaatgatttatatattttagatggttccatt 527  Q
    ||||||  | || | ||| ||||||||||||||| |||||||||| ||||| || ||  ||||||  ||||||| |||||| |||||||||||||||||     
T  8515747 cactagaatagagcatggggtttgtaaaatttcgcatggtgcattgattacggtaaaggggtctagaatgaatggtttatacattttagatggttccata 8515648  T
Q  528 gtaatagatcatgcatcattagctattatatcatctcataataattcagaattgtggcatttaaggttaggacatgtgaatgaaagaggtttagtaaaac 627  Q
    ||||| | | |||||||  |||||| | |  |||||||||||||||| |||||||||||||| || || || ||||| | ||| || ||||||||  |||    
T  8515647 gtaattggtaatgcatcggtagctagtgttgcatctcataataattctgaattgtggcatttgagattggggcatgttagtgagaggggtttagttgaac 8515548  T
Q  628 taactaaacaaggtttgctaggaaaagatgaatcagacaagctagaattttgtgatcattgcattataggcaaacaacatagattgaagtttggaa 723  Q
    || ||||||||||||||||||| |||||| |||  |||||||||||||||||||| ||||||||  ||||||||||||||||  ||||||||||||    
T  8515547 tagctaaacaaggtttgctagggaaagataaattggacaagctagaattttgtgaacattgcatactaggcaaacaacatagggtgaagtttggaa 8515452  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 162; E-Value: 4e-86
Query Start/End: Original strand, 243 - 721
Target Start/End: Original strand, 2673454 - 2673947
Alignment:
Q  243 gaatattttgagactttggctctaaaagaaggag---ttgttcgactcggaaataaaaaagcttgcgaggcccaaggcgtgggcaatgttcgtctaaaga 339  Q
    ||||||||||||||||||  ||||||||||||||   ||||||||||||||||||| ||||||||| | | ||||||| ||||||| |||||||||||||    
T  2673454 gaatattttgagactttgattctaaaagaaggaggagttgttcgactcggaaataacaaagcttgcaaagtccaaggcatgggcaacgttcgtctaaaga 2673553  T
Q  340 tgattgatggccatgaattccttctatggaatgtgaggtatgttct-gaacttaa-----------ttttcataagcatgtttgatatttcaggttaatg 427  Q
    || ||||||||| |||||||||| || || ||||||||| | |||  ||||||||           ||| ||||||||||||||||| |  |||||| ||    
T  2673554 tgtttgatggccgtgaattccttttaagggatgtgaggttttttcccgaacttaagcgaaatttaatttccataagcatgtttgataatctaggttattg 2673653  T
Q  428 cactaggtttgaacttggagtttgtaaaatttcgtatggtgcattaattacagttaaaaggtctaagatgaatgatttatatattttagatggttccatt 527  Q
    ||||||  | || | ||| ||||||||||||||| |||||||||| ||||| || ||  ||||||  ||||||| |||||| |||||||||||||||||     
T  2673654 cactagaatagagcatggggtttgtaaaatttcgcatggtgcattgattacggtaaaggggtctagaatgaatggtttatacattttagatggttccata 2673753  T
Q  528 gtaatagatcatgcatcattagctattatatcatctcataataattcagaattgtggcatttaaggttaggacatgtgaatgaaagaggtttagtaaaac 627  Q
    ||||| | | |||||||  |||||| | |  |||||||||||||||| |||||||||||||| || || || ||||| | ||| || ||||||||  |||    
T  2673754 gtaattggtaatgcatcggtagctagtgttgcatctcataataattctgaattgtggcatttgagattggggcatgttagtgagaggggtttagttgaac 2673853  T
Q  628 taactaaacaaggtttgctaggaaaagatgaatcagacaagctagaattttgtgatcattgcattataggcaaacaacatagattgaagtttgg 721  Q
    || ||||||||||||||||||| |||||| |||  |||||||||||||||||||| ||||||||  ||||||||||||||||  ||||||||||    
T  2673854 tagctaaacaaggtttgctagggaaagataaattggacaagctagaattttgtgaacattgcatactaggcaaacaacatagggtgaagtttgg 2673947  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 146; E-Value: 2e-76
Query Start/End: Original strand, 179 - 721
Target Start/End: Original strand, 3324701 - 3325265
Alignment:
Q  179 acaagttggaaaccggagaagatttgggt-----actcagggtgctcttatcaaatgtcttcgaggaaagaatattttgagactttggctctaaaagaag 273  Q
    ||||||||| |||||||||||| ||||||     |||| || ||||||||| | |||| | | ||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  3324701 acaagttgggaaccggagaagagttgggtgttggactcgggatgctcttattacatgtgtcctaggaaggaatattttgatactttggctctaaaagaag 3324800  T
Q  274 gag---ttgttcgactcggaaataaaaaagcttgcgaggcccaaggcgtgggcaatgttcgtctaaagatgattgatggccatgaattccttctatggaa 370  Q
    |||   ||||| ||||||||||||||||||| ||| | ||||||||| ||||||  ||||||||||||||| ||||||||| |||||||||| ||  | |    
T  3324801 gaggagttgtttgactcggaaataaaaaagcatgcaaagcccaaggcatgggcaccgttcgtctaaagatgtttgatggccgtgaattccttttaaagga 3324900  T
Q  371 tgtgaggtatgttct-gaacttaa-----------ttttcataagcatgtttgatatttcaggttaatgcactaggtttgaacttggagtttgtaaaatt 458  Q
    |||||||| |||||  ||||||||           ||| | ||||||||||||||| |  |||||| || |||||  |||| | ||| |||||||||||     
T  3324901 tgtgaggtttgttcccgaacttaagcgaaatttaatttccctaagcatgtttgatagtataggttattgtactagaattgagcatggggtttgtaaaatc 3325000  T
Q  459 tcgtatggtgcattaattacagttaaaaggtctaagatgaatgatttatatattttagatggttccattgtaatagatcatgcatcattagctattatat 558  Q
    ||  |||||||||| ||||| |||||| ||||||| ||||||| |||||| |||||||||||||| || ||||| | | |||||||  |||||| | |      
T  3325001 tcacatggtgcattgattacggttaaagggtctaaaatgaatggtttatacattttagatggttctatagtaattggtaatgcatcggtagctagtgttg 3325100  T
Q  559 catctcataataattcagaattgtggcatttaaggttaggacatgtgaatgaaagaggtt--tagtaaaactaactaaacaaggtttgctaggaaaagat 656  Q
     | |||||||||||||  ||||||||||||| || || || ||||| | |||||||||||  ||||  ||||| ||||||||| |||| |||||||||||    
T  3325101 tacctcataataattctaaattgtggcatttgagattggggcatgttagtgaaagaggtttatagttgaactagctaaacaagatttgttaggaaaagat 3325200  T
Q  657 gaatcagacaagctagaattttgtgatcattgcattataggcaaacaacatagattgaagtttgg 721  Q
     |||  |||||||||||||||||||| ||||||||  ||||||| ||||||||| | ||||||||    
T  3325201 aaattggacaagctagaattttgtgagcattgcatactaggcaagcaacatagagtaaagtttgg 3325265  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 144; E-Value: 2e-75
Query Start/End: Original strand, 176 - 723
Target Start/End: Original strand, 28490335 - 28490902
Alignment:
Q  176 gtaacaagttggaaaccggagaagatttgggt-----actcagggtgctcttatcaaatgtcttcgaggaaagaatattttgagactttggctctaaaag 270  Q
    |||||||||||| ||||||||||||  || ||     |||| || ||||||||||| |||| | | || || ||||||||||||||||||  ||| ||||    
T  28490335 gtaacaagttgggaaccggagaagagctgagttttggactcgggatgctcttatcacatgtgtcctagaaatgaatattttgagactttgattcttaaag 28490434  T
Q  271 aaggag---ttgttcgactcggaaataaaaaagcttgcgaggcccaaggcgtgggcaatgttcgtctaaagatgattgatggccatgaattccttctatg 367  Q
    ||||||   |||||||||| |||||||| ||||||||| | | ||||||  ||||||| ||||||||||||||| ||||||||| |||||||||| || |    
T  28490435 aaggaggagttgttcgacttggaaataacaaagcttgcaaagtccaaggtatgggcaacgttcgtctaaagatgtttgatggccgtgaattccttttaag 28490534  T
Q  368 gaatgtgaggtatgttct-gaacttaa-----------ttttcataagcatgtttgatatttcaggttaatgcactaggtttgaacttggagtttgtaaa 455  Q
    | ||||||||| | |||  ||||||||           ||| | ||||||||||||||| |  |||||| ||||||||  | || | ||| |||||||||    
T  28490535 ggatgtgaggttttttcccgaacttaagcgtaatttaatttccctaagcatgtttgataatctaggttattgcactagaatagagcatggggtttgtaaa 28490634  T
Q  456 atttcgtatggtgcattaattacagttaaaaggtctaagatgaatgatttatatattttagatggttccattgtaatagatcatgcatcattagctatta 555  Q
    |||||| |||||||||| ||||| |||||  ||||||  ||||||| |||||| ||||||||||||||| | ||||| | | |||||||  |||||| |     
T  28490635 atttcgcatggtgcattgattacggttaaggggtctagaatgaatggtttatacattttagatggttccttagtaattggtaatgcatcggtagctagtg 28490734  T
Q  556 tatcatctcataataattcagaattgtggcatttaaggttaggacatgtgaatgaaagaggtttagtaaaactaactaaacaaggtttgctaggaaaaga 655  Q
    |  |||||||||||||||| |||||||||||||| || || ||  |||| | ||| || ||||||||  ||||| ||||||||||||||||||| |||||    
T  28490735 ttgcatctcataataattctgaattgtggcatttgagattggggtatgttagtgagaggggtttagttgaactagctaaacaaggtttgctagggaaaga 28490834  T
Q  656 tgaatcagacaagctagaattttgtgatcattgcattataggcaaacaacatagattgaagtttggaa 723  Q
    | |||   ||||||||||||||||||| ||||||||  ||||||||||||||||  ||||||||||||    
T  28490835 taaattgtacaagctagaattttgtgagcattgcatactaggcaaacaacatagggtgaagtttggaa 28490902  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 143; E-Value: 1e-74
Query Start/End: Original strand, 179 - 721
Target Start/End: Complemental strand, 16263284 - 16262722
Alignment:
Q  179 acaagttggaaaccggagaagatttgggt-----actcagggtgctcttatcaaatgtcttcgaggaaagaatattttgagactttggctctaaaagaag 273  Q
    ||||||||| || ||||||||| ||||||     |||| || ||||||||||| |||| | | |||||  |||||||||||||||||||||||||| |||    
T  16263284 acaagttgggaatcggagaagagttgggttttggactcgggatgctcttatcacatgtgtcctaggaagaaatattttgagactttggctctaaaataag 16263185  T
Q  274 gag---ttgttcgactcggaaataaaaaagcttgcgaggcccaaggcgtgggcaatgttcgtctaaagatgattgatggccatgaattccttctatggaa 370  Q
    |||   ||||||||||| ||||||| ||||| ||| | | ||||||| ||||||| ||||||||||||||| ||||||||| |||||||||| || || |    
T  16263184 gaggagttgttcgactcagaaataacaaagcgtgcaaagtccaaggcatgggcaacgttcgtctaaagatgtttgatggccgtgaattccttttaaggga 16263085  T
Q  371 tgtgaggtatgttct-gaacttaa-----------ttttcataagcatgtttgatatttcaggttaatgcactaggtttgaacttggagtttgtaaaatt 458  Q
    |||||||| |||||  ||||||||           ||| | ||||||||||||||| |  |||||| |||||||   ||   | ||| ||||||||||||    
T  16263084 tgtgaggtttgttcccgaacttaagcgaaatttaatttccctaagcatgtttgatagtctaggttattgcactaaaatttggcatggggtttgtaaaatt 16262985  T
Q  459 tcgtatggtgcattaattacagttaaaaggtctaagatgaatgatttatatattttagatggttccattgtaatagatcatgcatcattagctattatat 558  Q
    ||| |||||||||| || ||  ||||| ||||||| ||||||| |||||| ||||||||||||||||| ||||| | | |||||||| |||||| | |      
T  16262984 tcgaatggtgcattgataacgattaaagggtctaaaatgaatggtttatacattttagatggttccatagtaattggtaatgcatcagtagctagtgttg 16262885  T
Q  559 catctcataataattcagaattgtggcatttaaggttaggacatgtgaatgaaagaggtttagtaaaactaactaaacaaggtttgctaggaaaagatga 658  Q
     | ||||||||| ||| |||||||||||||| || || || ||||| | |||||||||||||||  ||||| | ||||||||||| ||||||||| || |    
T  16262884 tacctcataatagttctgaattgtggcatttgagattggggcatgttagtgaaagaggtttagttgaactagccaaacaaggttttctaggaaaaaataa 16262785  T
Q  659 atcagacaagctagaattttgtgatcattgcattataggcaaacaacatagattgaagtttgg 721  Q
    ||  |||||||||||||||||||| ||||||||  ||||||  ||||||||| | ||||||||    
T  16262784 attggacaagctagaattttgtgagcattgcatactaggcaggcaacatagagtaaagtttgg 16262722  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 125; E-Value: 5e-64
Query Start/End: Original strand, 311 - 721
Target Start/End: Complemental strand, 1309653 - 1309231
Alignment:
Q  311 ccaaggcgtgggcaatgttcgtctaaagatgattgatggccatgaattccttctatggaatgtgaggtatgttct-gaacttaa-----------ttttc 398  Q
    ||||||| ||||||| ||||||||||||||| ||||||||| |||||||||| || || ||||||||| |||||  ||||||||           ||| |    
T  1309653 ccaaggcatgggcaacgttcgtctaaagatgtttgatggccgtgaattccttttaagggatgtgaggtttgttcccgaacttaagcgtaatttaatttcc 1309554  T
Q  399 ataagcatgtttgatatttcaggttaatgcactaggtttgaacttggagtttgtaaaatttcgtatggtgcattaattacagttaaaaggtctaagatga 498  Q
     |||||||||||||||    |||||| ||||||||  |||| | |||  |||||||||||||| |||||||||| ||||| |||||  | ||||| ||||    
T  1309553 ctaagcatgtttgatagcctaggttattgcactagaattgagcatgggatttgtaaaatttcgcatggtgcattgattacggttaagggatctaaaatga 1309454  T
Q  499 atgatttatatattttagatggttccattgtaatagatcatgcatcattagctattatatcatctcataataattcagaattgtggcatttaaggttagg 598  Q
    ||| |||||| ||||||||||||||||| ||||| | | |||||||  |||||| | |   | ||||||||||||| |||||||||||||| |||||  |    
T  1309453 atggtttatacattttagatggttccatagtaattggtaatgcatcggtagctagtgttgtacctcataataattctgaattgtggcatttgaggttgag 1309354  T
Q  599 acatgtgaatgaaagaggtttagtaaaactaactaaacaaggtttgctaggaaaagatgaatcagacaagctagaattttgtgatcattgcattataggc 698  Q
     ||||| | |||||||||||||||  ||||| |||||||||||||||||||||||||| |||  |||||||||||||||||||| ||||||||  ||||     
T  1309353 gcatgttagtgaaagaggtttagttgaactagctaaacaaggtttgctaggaaaagataaattggacaagctagaattttgtgagcattgcatactagga 1309254  T
Q  699 aaacaacatagattgaagtttgg 721  Q
    || ||||||||| | ||||||||    
T  1309253 aagcaacatagagtaaagtttgg 1309231  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 67; E-Value: 2e-29
Query Start/End: Original strand, 179 - 508
Target Start/End: Original strand, 9603012 - 9603361
Alignment:
Q  179 acaagttggaaaccggagaagatttgggt-----actcagggtgctcttatcaaatgtcttcgaggaaagaatattttgagactttggctctaaaagaag 273  Q
    ||||||||| |||||||||||| ||||||     |||| || ||||||||||| |||| | | || || ||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  9603012 acaagttgggaaccggagaagagttgggttttggactcgggatgctcttatcatatgtgtcctagaaaggaatattttgagactttggctctaagagaag 9603111  T
Q  274 gag---ttgttcgactcggaaataaaaaagcttgcgaggcccaaggcgtgggcaatgttcgtctaaagatgattgatggccatgaattccttctatggaa 370  Q
    |||   ||||||||||| ||||||| ||||| ||| | | |||| || ||| |||| |||||||| ||||| ||||||||| |||||||||| ||  | |    
T  9603112 gagaagttgttcgactcagaaataacaaagcgtgcaaagtccaaagcatggacaatattcgtctatagatgtttgatggccgtgaattccttttaaagga 9603211  T
Q  371 tgtgaggtatgtt------------ctgaacttaattttcataagcatgtttgatatttcaggttaatgcactaggtttgaacttggagtttgtaaaatt 458  Q
    |||||||| || |            |  || ||||||| | ||||||||||||||| |  |||||| ||||||||  |||| | ||| ||||||||||||    
T  9603212 tgtgaggtttgctcccaaacttaagcgaaatttaatttccctaagcatgtttgatagtctaggttattgcactagaattgagcatggggtttgtaaaatt 9603311  T
Q  459 tcgtatggtgcattaattacagttaaaaggtctaagatgaatgatttata 508  Q
    ||  |||||||||| ||||  |||||| ||||||| ||||||| ||||||    
T  9603312 tcacatggtgcattgattatggttaaatggtctaaaatgaatggtttata 9603361  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #9
Raw Score: 34; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 463 - 544
Target Start/End: Original strand, 10898518 - 10898599
Alignment:
Q  463 atggtgcattaattacagttaaaaggtctaagatgaatgatttatatattttagatggttccattgtaatagatcatgcatc 544  Q
    ||||||||||  ||| || |||| ||||||| ||  ||| ||||||||||||||| |||||||| ||||||| |||||||||    
T  10898518 atggtgcattggttatagctaaagggtctaaaatatatggtttatatattttagaaggttccatcgtaatagctcatgcatc 10898599  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #10
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000007
Query Start/End: Original strand, 463 - 545
Target Start/End: Complemental strand, 10611445 - 10611363
Alignment:
Q  463 atggtgcattaattacagttaaaaggtctaagatgaatgatttatatattttagatggttccattgtaatagatcatgcatca 545  Q
    ||||||||||  ||| || |||| ||||||| ||  |||  |||||||||||||| ||||||| |||||||| ||||||||||    
T  10611445 atggtgcattggttatagctaaagggtctaaaatacatggcttatatattttagaaggttccactgtaatagctcatgcatca 10611363  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #11
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000007
Query Start/End: Original strand, 482 - 544
Target Start/End: Complemental strand, 47881537 - 47881475
Alignment:
Q  482 taaaaggtctaagatgaatgatttatatattttagatggttccattgtaatagatcatgcatc 544  Q
    |||| ||||||| ||  ||| ||||||||||||||| ||||||| |||||||| |||||||||    
T  47881537 taaagggtctaaaatacatggtttatatattttagaaggttccactgtaatagctcatgcatc 47881475  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #12
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 463 - 544
Target Start/End: Original strand, 16458978 - 16459059
Alignment:
Q  463 atggtgcattaattacagttaaaaggtctaagatgaatgatttatatattttagatggttccattgtaatagatcatgcatc 544  Q
    ||||||||||  ||| || |||| ||||||| ||  ||| ||||||||||||||| |||||||  ||||||| |||||||||    
T  16458978 atggtgcattggttatagctaaagggtctaaaatacatggtttatatattttagaaggttccaccgtaatagctcatgcatc 16459059  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #13
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 463 - 544
Target Start/End: Complemental strand, 29912623 - 29912542
Alignment:
Q  463 atggtgcattaattacagttaaaaggtctaagatgaatgatttatatattttagatggttccattgtaatagatcatgcatc 544  Q
    |||||||||| |||| || |||| ||||||| ||  ||| ||||||||||||||| |||||||  ||||||| | |||||||    
T  29912623 atggtgcattgattatagctaaagggtctaaaatacatggtttatatattttagaaggttccaccgtaatagctgatgcatc 29912542  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 172; Significance: 5e-92; HSPs: 5)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 172; E-Value: 5e-92
Query Start/End: Original strand, 176 - 723
Target Start/End: Complemental strand, 19348203 - 19347636
Alignment:
Q  176 gtaacaagttggaaaccggagaagatttgggt-----actcagggtgctcttatcaaatgtcttcgaggaaagaatattttgagactttggctctaaaag 270  Q
    |||||||||||| |||||||||||| ||||||     |||| || ||||||||||| |||| | | || || ||||||||||||||||||  ||||||||    
T  19348203 gtaacaagttgggaaccggagaagagttgggttttggactcgggatgctcttatcacatgtgtcctagaaaggaatattttgagactttgattctaaaag 19348104  T
Q  271 aaggag---ttgttcgactcggaaataaaaaagcttgcgaggcccaaggcgtgggcaatgttcgtctaaagatgattgatggccatgaattccttctatg 367  Q
    ||||||   ||||||||||| ||||||| ||||||||| | | ||||||| ||||||| ||||||||||||||| ||||||||| |||||||||| || |    
T  19348103 aaggaggagttgttcgactcagaaataacaaagcttgcaaagtccaaggcatgggcaacgttcgtctaaagatgtttgatggccgtgaattccttttaag 19348004  T
Q  368 gaatgtgaggtatgttct-gaacttaa-----------ttttcataagcatgtttgatatttcaggttaatgcactaggtttgaacttggagtttgtaaa 455  Q
    | ||||||||| |||||  ||||||||           ||| ||||||||||||||||| |  |||||| ||||||||  | || | ||| |||||||||    
T  19348003 ggatgtgaggtttgttcccgaacttaagcgaaatttaatttccataagcatgtttgataatctaggttattgcactagaatagagcatggggtttgtaaa 19347904  T
Q  456 atttcgtatggtgcattaattacagttaaaaggtctaagatgaatgatttatatattttagatggttccattgtaatagatcatgcatcattagctatta 555  Q
    |||||| |||||||||| |||||  ||||  ||||||  ||||||| |||||| ||||||||||||||||| ||||| | | |||||||  |||||| |     
T  19347903 atttcgcatggtgcattgattacgattaaggggtctagaatgaatggtttatacattttagatggttccatagtaattggtaatgcatcggtagctagtg 19347804  T
Q  556 tatcatctcataataattcagaattgtggcatttaaggttaggacatgtgaatgaaagaggtttagtaaaactaactaaacaaggtttgctaggaaaaga 655  Q
    |  |||||||||||||||| |||||||||||||| || || || ||||| | ||| || ||||||||  ||||| ||||||||||||||||||| |||||    
T  19347803 ttgcatctcataataattctgaattgtggcatttgagattggggcatgttagtgagaggggtttagttgaactagctaaacaaggtttgctagggaaaga 19347704  T
Q  656 tgaatcagacaagctagaattttgtgatcattgcattataggcaaacaacatagattgaagtttggaa 723  Q
    | |||  || ||||||||||||||||| ||||||||  ||||||||||||||||  ||||||||||||    
T  19347703 taaattggataagctagaattttgtgaacattgcatactaggcaaacaacatagggtgaagtttggaa 19347636  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 112; E-Value: 3e-56
Query Start/End: Original strand, 390 - 721
Target Start/End: Complemental strand, 25394577 - 25394246
Alignment:
Q  390 ttaattttcataagcatgtttgatatttcaggttaatgcactaggtttgaacttggagtttgtaaaatttcgtatggtgcattaattacagttaaaaggt 489  Q
    ||||||| | ||||||||||||||| |  |||||| ||||||||  |||| |  || ||||||||||||| | |||||||||| ||||| |||||  |||    
T  25394577 ttaatttccctaagcatgtttgatagtctaggttattgcactagaattgagcacggggtttgtaaaattttgcatggtgcattgattacggttaaggggt 25394478  T
Q  490 ctaagatgaatgatttatatattttagatggttccattgtaatagatcatgcatcattagctattatatcatctcataataattcagaattgtggcattt 589  Q
    || | ||||||| |||||| ||||||||||||||||| ||||| | | |||||||  || ||| | |   | ||||||||||||| ||||||||||||||    
T  25394477 cttaaatgaatggtttatacattttagatggttccatagtaattggtaatgcatcggtaactagtgttgtacctcataataattctgaattgtggcattt 25394378  T
Q  590 aaggttaggacatgtgaatgaaagaggtttagtaaaactaactaaacaaggtttgctaggaaaagatgaatcagacaagctagaattttgtgatcattgc 689  Q
     || || || ||||| | |||||||||||||||  ||||| |||||||||||||||||||||||||| |||  ||||||||||||||||| || ||||||    
T  25394377 gagattggggcatgttagtgaaagaggtttagttgaactagctaaacaaggtttgctaggaaaagataaattggacaagctagaattttgcgagcattgc 25394278  T
Q  690 attataggcaaacaacatagattgaagtttgg 721  Q
    ||  ||||||| ||||||||| | ||||||||    
T  25394277 atgctaggcaagcaacatagagtaaagtttgg 25394246  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 51; E-Value: 8e-20
Query Start/End: Original strand, 179 - 295
Target Start/End: Original strand, 10446590 - 10446714
Alignment:
Q  179 acaagttggaaaccggagaagatttgggt-----actcagggtgctcttatcaaatgtcttcgaggaaagaatattttgagactttggctctaaaaga-- 271  Q
    ||||||||| |||||||||||| ||||||     |||| || ||||||||||| |||| | | ||||| ||||||||||| |||||||||||||||||      
T  10446590 acaagttgggaaccggagaagagttgggttttggactcgggatgctcttatcacatgtgtcccaggaaggaatattttgatactttggctctaaaagaaa 10446689  T
Q  272 -aggagttgttcgactcggaaataa 295  Q
     ||||||||||||||||||||||||    
T  10446690 gaggagttgttcgactcggaaataa 10446714  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 463 - 544
Target Start/End: Original strand, 17933634 - 17933715
Alignment:
Q  463 atggtgcattaattacagttaaaaggtctaagatgaatgatttatatattttagatggttccattgtaatagatcatgcatc 544  Q
    ||||||||||  ||| || |||| ||||||| ||  ||| ||||||||||||||| |||||||  ||||||| |||||||||    
T  17933634 atggtgcattggttatagctaaagggtctaaaatacatggtttatatattttagaaggttccaccgtaatagctcatgcatc 17933715  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 463 - 544
Target Start/End: Complemental strand, 20053428 - 20053347
Alignment:
Q  463 atggtgcattaattacagttaaaaggtctaagatgaatgatttatatattttagatggttccattgtaatagatcatgcatc 544  Q
    ||||||||||| ||| || |||| ||||||| ||  |||  |||||||||||||| |||||||  ||||||| |||||||||    
T  20053428 atggtgcattagttatagctaaagggtctaaaatacatggcttatatattttagaaggttccaccgtaatagctcatgcatc 20053347  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 170; Significance: 8e-91; HSPs: 9)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 170; E-Value: 8e-91
Query Start/End: Original strand, 176 - 721
Target Start/End: Original strand, 14738734 - 14739299
Alignment:
Q  176 gtaacaagttggaaaccggagaagatttgggt-----actcagggtgctcttatcaaatgtcttcgaggaaagaatattttgagactttggctctaaaag 270  Q
    |||||||||||| ||||||||||||  |||||     |||| || ||||||||||| |||| | | || || ||||||||||||||||||  ||||||||    
T  14738734 gtaacaagttgggaaccggagaagagctgggttttggactcgggatgctcttatcacatgtgtcctagaaaggaatattttgagactttgattctaaaag 14738833  T
Q  271 aaggag---ttgttcgactcggaaataaaaaagcttgcgaggcccaaggcgtgggcaatgttcgtctaaagatgattgatggccatgaattccttctatg 367  Q
    ||||||   ||||||||||||||||||| ||||||||| | | ||||||| ||||||| ||||||||||||||| ||||||||| |||||||||| || |    
T  14738834 aaggaggagttgttcgactcggaaataacaaagcttgcaaagtccaaggcatgggcaacgttcgtctaaagatgtttgatggccgtgaattccttttaag 14738933  T
Q  368 gaatgtgaggtatgttct-gaacttaa-----------ttttcataagcatgtttgatatttcaggttaatgcactaggtttgaacttggagtttgtaaa 455  Q
    | ||||||||| |||||  ||||||||           ||| | ||||||||||||||| |  |||||| ||||||||  | || | ||| |||||||||    
T  14738934 ggatgtgaggtttgttcccgaacttaagcgtaatttaatttccctaagcatgtttgataatctaggttattgcactagaatagagcatggggtttgtaaa 14739033  T
Q  456 atttcgtatggtgcattaattacagttaaaaggtctaagatgaatgatttatatattttagatggttccattgtaatagatcatgcatcattagctatta 555  Q
    |||||| |||||||||| ||||| || ||  ||||||  ||||||| |||||| ||||||||||||||||| ||||| | | |||||||  |||||| |     
T  14739034 atttcgcatggtgcattgattacggtaaaggggtctagaatgaatggtttatacattttagatggttccatagtaattggtaatgcatcggtagctagtg 14739133  T
Q  556 tatcatctcataataattcagaattgtggcatttaaggttaggacatgtgaatgaaagaggtttagtaaaactaactaaacaaggtttgctaggaaaaga 655  Q
    |  |||||||||||||||| |||||||||||||| || || || ||||| | ||| || ||||||||  ||||| ||||||||||||||||||| |||||    
T  14739134 ttgcatctcataataattctgaattgtggcatttgagattggggcatgttagtgagaggggtttagttgaactagctaaacaaggtttgctagggaaaga 14739233  T
Q  656 tgaatcagacaagctagaattttgtgatcattgcattataggcaaacaacatagattgaagtttgg 721  Q
    | |||  |||||||||||||||||||| ||||||||  ||||||||||||||||  ||||||||||    
T  14739234 taaattggacaagctagaattttgtgagcattgcatactaggcaaacaacatagggtgaagtttgg 14739299  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 164; E-Value: 3e-87
Query Start/End: Original strand, 176 - 723
Target Start/End: Original strand, 33332238 - 33332805
Alignment:
Q  176 gtaacaagttggaaaccggagaagatttgggt-----actcagggtgctcttatcaaatgtcttcgaggaaagaatattttgagactttggctctaaaag 270  Q
    |||||||||||| |||||||||||| ||||||     |||| || ||||||||||| |||| | | || || ||||||||||||||||||  ||||||||    
T  33332238 gtaacaagttgggaaccggagaagagttgggttttggactcgggatgctcttatcacatgtgtcctagaaaggaatattttgagactttgattctaaaag 33332337  T
Q  271 aaggag---ttgttcgactcggaaataaaaaagcttgcgaggcccaaggcgtgggcaatgttcgtctaaagatgattgatggccatgaattccttctatg 367  Q
    ||||||   ||||||||||| ||||||| ||||||||| | | |||||||  |||||| ||||||||||||||| ||||||||| |||||||||| || |    
T  33332338 aaggaggagttgttcgactcagaaataacaaagcttgcaaagtccaaggcacgggcaacgttcgtctaaagatgtttgatggccgtgaattccttttaag 33332437  T
Q  368 gaatgtgaggtatgttct-gaacttaa-----------ttttcataagcatgtttgatatttcaggttaatgcactaggtttgaacttggagtttgtaaa 455  Q
    | ||||||||| |||||  ||||||||           ||| ||||||||||||||||| |  |||||| ||||||||  | || | ||| |||||||||    
T  33332438 ggatgtgaggtttgttcccgaacttaagcgaaatttaatttccataagcatgtttgataatctaggttattgcactagaatagagcatggggtttgtaaa 33332537  T
Q  456 atttcgtatggtgcattaattacagttaaaaggtctaagatgaatgatttatatattttagatggttccattgtaatagatcatgcatcattagctatta 555  Q
    |||||| |||||||||| ||||| || ||  ||||||  ||||||| |||||| ||||||||||||||||| ||||| | | |||||||  |||| | |     
T  33332538 atttcgcatggtgcattgattacggtaaaggggtctagaatgaatggtttatacattttagatggttccatagtaattggtaatgcatcggtagccagtg 33332637  T
Q  556 tatcatctcataataattcagaattgtggcatttaaggttaggacatgtgaatgaaagaggtttagtaaaactaactaaacaaggtttgctaggaaaaga 655  Q
    |  ||| |||||||||||| |||||||||||||| ||||| || ||||| | ||| || ||||||||  ||||| ||||||||||||||||||| |||||    
T  33332638 ttgcatatcataataattctgaattgtggcatttgaggttggggcatgttagtgagaggggtttagttgaactagctaaacaaggtttgctagggaaaga 33332737  T
Q  656 tgaatcagacaagctagaattttgtgatcattgcattataggcaaacaacatagattgaagtttggaa 723  Q
    | |||  |||||||| ||||||||||| ||||||||  ||||||||||||||||  ||||||||||||    
T  33332738 taaattggacaagcttgaattttgtgaacattgcatactaggcaaacaacatagggtgaagtttggaa 33332805  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 150; E-Value: 7e-79
Query Start/End: Original strand, 243 - 721
Target Start/End: Original strand, 24432555 - 24433048
Alignment:
Q  243 gaatattttgagactttggctctaaaagaa---ggagttgttcgactcggaaataaaaaagcttgcgaggcccaaggcgtgggcaatgttcgtctaaaga 339  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||   ||||||||||||||||||||||| ||||| |||   | ||||||||||||||  |||||||||||||    
T  24432555 gaatattttgagactttggctctaaaagaatgaggagttgttcgactcggaaataacaaagcgtgcacagtccaaggcgtgggcaccgttcgtctaaaga 24432654  T
Q  340 tgattgatggccatgaattccttctatggaatgtgaggtatgttct-gaacttaa-----------ttttcataagcatgtttgatatttcaggttaatg 427  Q
    || ||||||||| |||||||||| || || ||||||||| |||||  ||||||||           ||| ||||||||| ||||||| |  |||||| ||    
T  24432655 tgtttgatggccgtgaattccttttaagggatgtgaggtttgttcccgaacttaagcgaaatttaatttccataagcatatttgatagtctaggttattg 24432754  T
Q  428 cactaggtttgaacttggagtttgtaaaatttcgtatggtgcattaattacagttaaaaggtctaagatgaatgatttatatattttagatggttccatt 527  Q
     |||||  |||| | ||| ||||||||||||||| |||||||||| ||||| |||||| ||||||| |||| || |||||| |||||||||||||||||     
T  24432755 tactagaattgagcatggggtttgtaaaatttcgcatggtgcattgattacggttaaagggtctaaaatgattggtttatacattttagatggttccata 24432854  T
Q  528 gtaatagatcatgcatcattagctattatatcatctcataataattcagaattgtggcatttaaggttaggacatgtgaatgaaagaggtttagtaaaac 627  Q
    ||||| | | |||||||| |||||| | ||  | |||||||||||||  ||||||||||||| |  || || ||||| | |||||||| ||||||  |||    
T  24432855 gtaattggtaatgcatcagtagctagtgtagtacctcataataattccaaattgtggcatttgaaattgggtcatgttagtgaaagagttttagttgaac 24432954  T
Q  628 taactaaacaaggtttgctaggaaaagatgaatcagacaagctagaattttgtgatcattgcattataggcaaacaacatagattgaagtttgg 721  Q
    || ||||||||||||||||||||||| ||  ||  ||||||||||||||||||||   ||||||  ||||||| ||||||||| | ||||||||    
T  24432955 tatctaaacaaggtttgctaggaaaatatagattggacaagctagaattttgtgagagttgcatactaggcaagcaacatagagtaaagtttgg 24433048  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 115; E-Value: 5e-58
Query Start/End: Original strand, 208 - 723
Target Start/End: Complemental strand, 24077818 - 24077283
Alignment:
Q  208 actcagggtgctcttatcaaatgtcttcgaggaaagaatattttgagactttggctctaaaagaagg---agttgttcgactcggaaataaaaaagcttg 304  Q
    ||||||||||||||||||| |||| || | | || ||||||||||||||||||| ||||||||||||   |||||||||||||  |||||| || |||||    
T  24077818 actcagggtgctcttatcacatgtttttgggaaaggaatattttgagactttggatctaaaagaaggtggagttgttcgactcaaaaataacaaggcttg 24077719  T
Q  305 cgaggcccaaggcgtgggcaatgttcgtctaaagatgattgatggccatgaattccttctatggaatgtgaggtatgttct-----------gaactt-a 392  Q
    | | | |||| || ||   |  |||||| |||| ||| |||||  |||||||||| ||||| || ||||||| || |||||           |||||| |    
T  24077718 caaagtccaacgcatgtctaccgttcgtttaaatatgtttgatatccatgaattcattctaagggatgtgagataggttcttgaacataagcgaacttta 24077619  T
Q  393 attttcataagcatgtttgatatttcaggttaatgcactaggtttgaacttggagtttgtaaaatttc-gtatggtgcattaattacagt----taaaag 487  Q
    |||| ||||||||||||||||| |  |||||| || |||||| |||| | ||  ||||||||| |||  | ||||| |||||||||   |    ||||||    
T  24077618 atttccataagcatgtttgatagtctaggttattgtactaggattgagcatgaggtttgtaaattttttgcatggtacattaattaggttattgtaaaag 24077519  T
Q  488 gtctaagatgaatgatttatatattttagatggttccattgtaatagatcatgcatcattagctattatatcatctcataataattcagaattgtggcat 587  Q
    |||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||| ||| | || |||| ||||  |||||  |||||||||||    
T  24077518 gtctaagatgaatggtttatacattttagatggttccattgtaattggtcatgcatcattaactactgtagcatcacatacaaattctaaattgtggcat 24077419  T
Q  588 ttaaggttaggacatgtgaatgaaagaggtttagtaaaactaactaaacaaggtttgctaggaaaagatgaatcagacaagctagaattttgtgatcatt 687  Q
    |||||||||||  ||||   |||| |||||||| || ||  | ||||||||||||||| |||||||||| |||  || ||| ||||||||||||||||||    
T  24077418 ttaaggttagggaatgtcggtgaacgaggtttaatataatgagctaaacaaggtttgcaaggaaaagataaattggataagttagaattttgtgatcatt 24077319  T
Q  688 gcattataggcaaacaacatagattgaagtttggaa 723  Q
    ||||  |||| |||||||||| | ||||||||||||    
T  24077318 gcatactaggtaaacaacataaagtgaagtttggaa 24077283  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 55; E-Value: 3e-22
Query Start/End: Original strand, 179 - 501
Target Start/End: Complemental strand, 29485496 - 29485167
Alignment:
Q  179 acaagttggaaaccggagaagatttgggt-----actcagggtgctcttatcaaatgtcttcgaggaaagaatattttgagactttggctctaaaagaag 273  Q
    ||||||||| |||||||||||| ||||||     |||| || ||||||||||| |||| | | ||||| |||||||||| |||||||| |||||||||||    
T  29485496 acaagttgggaaccggagaagagttgggttttggactcgggatgctcttatcacatgtgtcctaggaaggaatattttgggactttggttctaaaagaag 29485397  T
Q  274 gagttgttcgactcggaaataaaaaagcttgcgaggcccaaggcgtgggcaatgttcgtctaaagatgattgatggccatgaattccttctatggaatgt 373  Q
    |||           |||||||| ||||| ||| | | ||||||| |||||||  |||||||||||||| ||||||||| |||||||||| || || ||||    
T  29485396 gagg----------ggaaataataaagcgtgcaaagtccaaggcatgggcaacattcgtctaaagatgtttgatggccgtgaattccttttaagggatgt 29485307  T
Q  374 gaggtatgtt-ctgaac-----------ttaattttcataagcatgtttgatatttcaggttaatgcactaggtttgaacttggagtttgtaaaatttcg 461  Q
    ||||| |||| | ||||           ||||||| | ||||||||||| ||| |  |||||| ||||||||  |||| | ||  |||||||||||||||    
T  29485306 gaggtttgttcccgaacttaagcgaaatttaatttccctaagcatgtttaatagtctaggttattgcactagaattgagcatgaggtttgtaaaatttcg 29485207  T
Q  462 tatggtgcattaattacagttaaaaggtctaagatgaatg 501  Q
     | |||||||| ||||| |||||| ||||||| |||||||    
T  29485206 cagggtgcattgattacggttaaagggtctaaaatgaatg 29485167  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 47; E-Value: 2e-17
Query Start/End: Original strand, 35 - 125
Target Start/End: Complemental strand, 24078036 - 24077946
Alignment:
Q  35 gaagtcgagggctaagtctaagtccaaggggtttgataaattgaagtatcgatgcttcatttgtcataaattcggtcacttcaagaaggat 125  Q
    |||||||| | || ||||||||| |||||||||||||||||  ||||||||||  |||||||||||||||   ||||||||||||||||||    
T  24078036 gaagtcgaagtcttagtctaagttcaaggggtttgataaatcaaagtatcgatatttcatttgtcataaacatggtcacttcaagaaggat 24077946  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #7
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000003
Query Start/End: Original strand, 35 - 105
Target Start/End: Complemental strand, 21198182 - 21198113
Alignment:
Q  35 gaagtcgagggctaagtctaagtccaaggggtttgataaattgaagtatcgatgcttcatttgtcataaat 105  Q
    |||||| ||| |||||||||| |||||| | |||||||||| ||| |||||||| ||||||||||||||||    
T  21198182 gaagtcaaggtctaagtctaaatccaagtg-tttgataaatcgaaatatcgatgtttcatttgtcataaat 21198113  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #8
Raw Score: 34; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 463 - 544
Target Start/End: Complemental strand, 22349639 - 22349558
Alignment:
Q  463 atggtgcattaattacagttaaaaggtctaagatgaatgatttatatattttagatggttccattgtaatagatcatgcatc 544  Q
    ||||||||||| ||| || |||| ||||||| ||  ||| |||||||||| |||| ||||||| |||||||| |||||||||    
T  22349639 atggtgcattagttatagctaaagggtctaaaatacatggtttatatattgtagaaggttccactgtaatagctcatgcatc 22349558  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #9
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 38 - 103
Target Start/End: Complemental strand, 9035404 - 9035339
Alignment:
Q  38 gtcgagggctaagtctaagtccaaggggtttgataaattgaagtatcgatgcttcatttgtcataa 103  Q
    |||||||  |||||||||||||||||  ||||||||||  || |||||||| |||||||| |||||    
T  9035404 gtcgaggtttaagtctaagtccaaggcatttgataaatcaaattatcgatgtttcatttgccataa 9035339  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 168; Significance: 1e-89; HSPs: 15)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 168; E-Value: 1e-89
Query Start/End: Original strand, 176 - 723
Target Start/End: Complemental strand, 27448747 - 27448181
Alignment:
Q  176 gtaacaagttggaaaccggagaagatttgggt-----actcagggtgctcttatcaaatgtcttcgaggaaagaatattttgagactttggctctaaaag 270  Q
    |||||||||||| ||||||||||||  |||||     |||| || ||||||||||| |||| | | || || ||||||||||||||||||  ||||||||    
T  27448747 gtaacaagttgggaaccggagaagagctgggttttggactcgggatgctcttatcacatgtgtcctagaaatgaatattttgagactttgattctaaaag 27448648  T
Q  271 aaggag---ttgttcgactcggaaataaaaaagcttgcgaggcccaaggcgtgggcaatgttcgtctaaagatgattgatggccatgaattccttctatg 367  Q
    ||||||   ||||||||||||||||||| ||||||||| | | ||||||| ||||||| ||||||||||||||| ||||||||| |||||||||| || |    
T  27448647 aaggaggagttgttcgactcggaaataacaaagcttgcaaagtccaaggcatgggcaacgttcgtctaaagatgtttgatggccgtgaattccttttaag 27448548  T
Q  368 gaatgtgaggtatgttct-gaacttaa-----------ttttcataagcatgtttgatatttcaggttaatgcactaggtttgaacttggagtttgtaaa 455  Q
    | ||||||||| |||||  ||||||||           ||| | ||||||||||||||| |  |||||| ||||||||  | || | ||| |||||||||    
T  27448547 ggatgtgaggtttgttcccgaacttaagcgtaatttaatttccctaagcatgtttgataatctaggttattgcactagaatagagcatggggtttgtaaa 27448448  T
Q  456 atttcgtatggtgcattaattacagttaaaaggtctaagatgaatgatttatatattttagatggttccattgtaatagatcatgcatcattagctatta 555  Q
    |||||| |||||||||| ||||| |||||  ||| ||  ||||||| |||||| ||||||||||||||||| ||||| | | |||||||  |||||| |     
T  27448447 atttcgcatggtgcattgattacggttaaggggtatagaatgaatggtttatacattttagatggttccatagtaattggtaatgcatcggtagctagtg 27448348  T
Q  556 tatcatctcataataattcagaattgtggcatttaaggttaggacatgtgaatgaaagaggtttagtaaaactaactaaacaaggtttgctaggaaaaga 655  Q
    |  |||||||||||||||| |||||||||||||| || || || ||||| | ||| || ||||||||  ||||| ||||||||||||||||||| |||||    
T  27448347 ttgcatctcataataattctgaattgtggcatttgagatt-gggcatgttagtgagaggggtttagttgaactagctaaacaaggtttgctagggaaaga 27448249  T
Q  656 tgaatcagacaagctagaattttgtgatcattgcattataggcaaacaacatagattgaagtttggaa 723  Q
    | |||  |||||||||||||||||||| ||||||||  ||||||||||||||||  ||||||||||||    
T  27448248 taaattggacaagctagaattttgtgagcattgcatactaggcaaacaacatagggtgaagtttggaa 27448181  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 164; E-Value: 3e-87
Query Start/End: Original strand, 176 - 723
Target Start/End: Original strand, 31398154 - 31398721
Alignment:
Q  176 gtaacaagttggaaaccggagaagatttgggt-----actcagggtgctcttatcaaatgtcttcgaggaaagaatattttgagactttggctctaaaag 270  Q
    |||||||||||| |||||||||||| ||||||     |||| || ||||||||||| |||    | || || ||| ||||||||||||||  ||||||||    
T  31398154 gtaacaagttgggaaccggagaagagttgggttttggactcgggatgctcttatcacatgagccctagaaaggaacattttgagactttgattctaaaag 31398253  T
Q  271 aaggag---ttgttcgactcggaaataaaaaagcttgcgaggcccaaggcgtgggcaatgttcgtctaaagatgattgatggccatgaattccttctatg 367  Q
    ||||||   ||||||||||||||||||| ||||||||| | | ||||||| ||||||| ||||||||||||||| ||||||||| |||||||||| || |    
T  31398254 aaggaggagttgttcgactcggaaataacaaagcttgcaaagtccaaggcatgggcaacgttcgtctaaagatgtttgatggccgtgaattccttttaag 31398353  T
Q  368 gaatgtgaggtatgttct-gaacttaa-----------ttttcataagcatgtttgatatttcaggttaatgcactaggtttgaacttggagtttgtaaa 455  Q
    | |||||||||||||||  ||||||||           ||| ||||||||||||||||| |  |||||| |||| |||  | || | ||| |||||||||    
T  31398354 ggatgtgaggtatgttcccgaacttaagcgaaatttaatttccataagcatgtttgataatctaggttattgcagtagaatagagcatggggtttgtaaa 31398453  T
Q  456 atttcgtatggtgcattaattacagttaaaaggtctaagatgaatgatttatatattttagatggttccattgtaatagatcatgcatcattagctatta 555  Q
    |||||| |||||||||| ||||| || ||  ||||||  ||||||| |||||| |||||||||||||| || ||||| | | |||||||  |||||| |     
T  31398454 atttcgcatggtgcattgattacggtaaaggggtctagaatgaatggtttatacattttagatggttctatagtaattggtaatgcatcggtagctagtg 31398553  T
Q  556 tatcatctcataataattcagaattgtggcatttaaggttaggacatgtgaatgaaagaggtttagtaaaactaactaaacaaggtttgctaggaaaaga 655  Q
    |  |||||||||||||||| |||||||||||||| || || || ||||| | ||| || ||||||||  ||||| ||||||||||||||||||| |||||    
T  31398554 ttgcatctcataataattctgaattgtggcatttgagattggggcatgttagtgagaggggtttagttgaactagctaaacaaggtttgctagggaaaga 31398653  T
Q  656 tgaatcagacaagctagaattttgtgatcattgcattataggcaaacaacatagattgaagtttggaa 723  Q
    | |||  |||||||||||||||||||| ||||||||  ||||||||||||||||  ||||||||||||    
T  31398654 taaattggacaagctagaattttgtgaacattgcatactaggcaaacaacatagggtgaagtttggaa 31398721  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 156; E-Value: 2e-82
Query Start/End: Original strand, 176 - 723
Target Start/End: Complemental strand, 43596046 - 43595479
Alignment:
Q  176 gtaacaagttggaaaccggagaagatttgggt-----actcagggtgctcttatcaaatgtcttcgaggaaagaatattttgagactttggctctaaaag 270  Q
    |||||||||||| ||||||||||||  |||||     |||| || ||||||||||| |||| | | || || ||||||||||||||||||  ||||||||    
T  43596046 gtaacaagttgggaaccggagaagagctgggttttggactcgggatgctcttatcacatgtgtcctagaaaggaatattttgagactttgattctaaaag 43595947  T
Q  271 aaggag---ttgttcgactcggaaataaaaaagcttgcgaggcccaaggcgtgggcaatgttcgtctaaagatgattgatggccatgaattccttctatg 367  Q
    ||||||   ||||||||||||||||||| ||||||||| | | ||||||| ||||||| ||||||||||| ||| ||||||||| |||||||||| || |    
T  43595946 aaggaggagttgttcgactcggaaataacaaagcttgcaaagtccaaggcatgggcaacgttcgtctaaatatgtttgatggccgtgaattccttttaag 43595847  T
Q  368 gaatgtgaggtatgttct-gaacttaa-----------ttttcataagcatgtttgatatttcaggttaatgcactaggtttgaacttggagtttgtaaa 455  Q
    | |||| |||| |||||  ||||||||           ||| | ||||||||||||||| |  |||||| ||||||||  | || | ||| |||||||||    
T  43595846 ggatgtaaggtttgttcccgaacttaagcgtaatttaatttccctaagcatgtttgataatctaggttattgcactagaatagagcatggggtttgtaaa 43595747  T
Q  456 atttcgtatggtgcattaattacagttaaaaggtctaagatgaatgatttatatattttagatggttccattgtaatagatcatgcatcattagctatta 555  Q
    |||||| |||||||| | ||||| |||||  ||||||  ||||||| |||||| ||||||||||||||||| ||||| | | |||||||  |||||| |     
T  43595746 atttcgcatggtgcactgattacggttaaggggtctagaatgaatggtttatacattttagatggttccatagtaattggtaatgcatcggtagctagtg 43595647  T
Q  556 tatcatctcataataattcagaattgtggcatttaaggttaggacatgtgaatgaaagaggtttagtaaaactaactaaacaaggtttgctaggaaaaga 655  Q
    |  |||||||||||||||| |||||||||||||| || || || |||||   ||| || ||||||||  ||||| ||||||||||||||||||| |||||    
T  43595646 ttgcatctcataataattctgaattgtggcatttgagattggggcatgttcgtgagaggggtttagttgaactagctaaacaaggtttgctagggaaaga 43595547  T
Q  656 tgaatcagacaagctagaattttgtgatcattgcattataggcaaacaacatagattgaagtttggaa 723  Q
    | |||  |||||||||||||||||||| ||||||||  || |||||||||||||  ||||||||||||    
T  43595546 taaattggacaagctagaattttgtgagcattgcatactaagcaaacaacatagggtgaagtttggaa 43595479  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 156; E-Value: 2e-82
Query Start/End: Original strand, 176 - 723
Target Start/End: Complemental strand, 43628840 - 43628273
Alignment:
Q  176 gtaacaagttggaaaccggagaagatttgggt-----actcagggtgctcttatcaaatgtcttcgaggaaagaatattttgagactttggctctaaaag 270  Q
    |||||||||||| ||||||||||||  |||||     |||| || ||||||||||| |||| | | || || ||||||||||||||||||  ||||||||    
T  43628840 gtaacaagttgggaaccggagaagagctgggttttggactcgggatgctcttatcacatgtgtcctagaaaggaatattttgagactttgattctaaaag 43628741  T
Q  271 aaggag---ttgttcgactcggaaataaaaaagcttgcgaggcccaaggcgtgggcaatgttcgtctaaagatgattgatggccatgaattccttctatg 367  Q
    ||||||   ||||||||||||||||||| ||||||||| | | ||||||| ||||||| ||||||||||| ||| ||||||||| |||||||||| || |    
T  43628740 aaggaggagttgttcgactcggaaataacaaagcttgcaaagtccaaggcatgggcaacgttcgtctaaatatgtttgatggccgtgaattccttttaag 43628641  T
Q  368 gaatgtgaggtatgttct-gaacttaa-----------ttttcataagcatgtttgatatttcaggttaatgcactaggtttgaacttggagtttgtaaa 455  Q
    | |||| |||| |||||  ||||||||           ||| | ||||||||||||||| |  |||||| ||||||||  | || | ||| |||||||||    
T  43628640 ggatgtaaggtttgttcccgaacttaagcgtaatttaatttccctaagcatgtttgataatctaggttattgcactagaatagagcatggggtttgtaaa 43628541  T
Q  456 atttcgtatggtgcattaattacagttaaaaggtctaagatgaatgatttatatattttagatggttccattgtaatagatcatgcatcattagctatta 555  Q
    |||||| |||||||| | ||||| |||||  ||||||  ||||||| |||||| ||||||||||||||||| ||||| | | |||||||  |||||| |     
T  43628540 atttcgcatggtgcactgattacggttaaggggtctagaatgaatggtttatacattttagatggttccatagtaattggtaatgcatcggtagctagtg 43628441  T
Q  556 tatcatctcataataattcagaattgtggcatttaaggttaggacatgtgaatgaaagaggtttagtaaaactaactaaacaaggtttgctaggaaaaga 655  Q
    |  |||||||||||||||| |||||||||||||| || || || |||||   ||| || ||||||||  ||||| ||||||||||||||||||| |||||    
T  43628440 ttgcatctcataataattctgaattgtggcatttgagattggggcatgttcgtgagaggggtttagttgaactagctaaacaaggtttgctagggaaaga 43628341  T
Q  656 tgaatcagacaagctagaattttgtgatcattgcattataggcaaacaacatagattgaagtttggaa 723  Q
    | |||  |||||||||||||||||||| ||||||||  || |||||||||||||  ||||||||||||    
T  43628340 taaattggacaagctagaattttgtgagcattgcatactaagcaaacaacatagggtgaagtttggaa 43628273  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 150; E-Value: 7e-79
Query Start/End: Original strand, 243 - 709
Target Start/End: Original strand, 24556818 - 24557299
Alignment:
Q  243 gaatattttgagactttggctctaaaagaaggag---ttgttcgactcggaaataaaaaagcttgcgaggcccaaggcgtgggcaatgttcgtctaaaga 339  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||   ||||||||||||||||||| ||||| ||| | | ||||||| ||||||  |||||||||||||    
T  24556818 gaatattttgagactttggctctaaaagaaggaggagttgttcgactcggaaataacaaagcgtgcaaagtccaaggcatgggcaccgttcgtctaaaga 24556917  T
Q  340 tgattgatggccatgaattccttctatggaatgtgaggtatgttct-gaacttaa-----------ttttcataagcatgtttgatatttcaggttaatg 427  Q
    || ||||| ||| |||||||||| ||  | ||||||||| |||||  ||||||||           ||| | | ||||||||||||| || ||| || ||    
T  24556918 tgtttgatagccgtgaattccttttaaaggatgtgaggtttgttcccgaacttaagcgaaatttaatttcccttagcatgtttgatagtttaggatattg 24557017  T
Q  428 cactaggtttgaacttggagtttgtaaaatttcgtatggtgcattaattacagttaaaaggtctaagatgaatgatttatatattttagatggttccatt 527  Q
    ||||||  |||| | ||| ||||||||||||||| |||||||||| ||||| |||||| ||||||| ||||||| |||||| |||| ||||||||||||     
T  24557018 cactagaattgagcatggggtttgtaaaatttcgcatggtgcattgattacggttaaagggtctaaaatgaatggtttatacatttcagatggttccata 24557117  T
Q  528 gtaatagatcatgcatcattagctattatatcatctcataataattcagaattgtggcatttaaggttaggacatgtgaatgaaagaggtttagtaaaac 627  Q
    ||||| | | |||||||  |||||| | |   | ||||||||||||  |||||||||||||| || || || ||||| | |||||||| ||||||  |||    
T  24557118 gtaattggtaatgcatcggtagctagtgttgtacctcataataattatgaattgtggcatttgagattggggcatgttagtgaaagagatttagttgaac 24557217  T
Q  628 taactaaacaaggtttgctaggaaaagatgaatcagacaagctagaattttgtgatcattgcattataggcaaacaacatag 709  Q
    || |||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||| ||||||||  |||| || ||||||||    
T  24557218 tagctaaacaaggtttgctaggaaaagataaattagacaagctagaattttgtgagcattgcatactaggaaagcaacatag 24557299  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 150; E-Value: 7e-79
Query Start/End: Original strand, 243 - 709
Target Start/End: Original strand, 24597850 - 24598331
Alignment:
Q  243 gaatattttgagactttggctctaaaagaaggag---ttgttcgactcggaaataaaaaagcttgcgaggcccaaggcgtgggcaatgttcgtctaaaga 339  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||   ||||||||||||||||||| ||||| ||| | | ||||||| ||||||  |||||||||||||    
T  24597850 gaatattttgagactttggctctaaaagaaggaggagttgttcgactcggaaataacaaagcgtgcaaagtccaaggcatgggcaccgttcgtctaaaga 24597949  T
Q  340 tgattgatggccatgaattccttctatggaatgtgaggtatgttct-gaacttaa-----------ttttcataagcatgtttgatatttcaggttaatg 427  Q
    || ||||| ||| |||||||||| ||  | ||||||||| |||||  ||||||||           ||| | | ||||||||||||| || ||| || ||    
T  24597950 tgtttgatagccgtgaattccttttaaaggatgtgaggtttgttcccgaacttaagcgaaatttaatttcccttagcatgtttgatagtttaggatattg 24598049  T
Q  428 cactaggtttgaacttggagtttgtaaaatttcgtatggtgcattaattacagttaaaaggtctaagatgaatgatttatatattttagatggttccatt 527  Q
    ||||||  |||| | ||| ||||||||||||||| |||||||||| ||||| |||||| ||||||| ||||||| |||||| |||| ||||||||||||     
T  24598050 cactagaattgagcatggggtttgtaaaatttcgcatggtgcattgattacggttaaagggtctaaaatgaatggtttatacatttcagatggttccata 24598149  T
Q  528 gtaatagatcatgcatcattagctattatatcatctcataataattcagaattgtggcatttaaggttaggacatgtgaatgaaagaggtttagtaaaac 627  Q
    ||||| | | |||||||  |||||| | |   | ||||||||||||  |||||||||||||| || || || ||||| | |||||||| ||||||  |||    
T  24598150 gtaattggtaatgcatcggtagctagtgttgtacctcataataattatgaattgtggcatttgagattggggcatgttagtgaaagagatttagttgaac 24598249  T
Q  628 taactaaacaaggtttgctaggaaaagatgaatcagacaagctagaattttgtgatcattgcattataggcaaacaacatag 709  Q
    || |||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||| ||||||||  |||| || ||||||||    
T  24598250 tagctaaacaaggtttgctaggaaaagataaattagacaagctagaattttgtgagcattgcatactaggaaagcaacatag 24598331  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 134; E-Value: 2e-69
Query Start/End: Original strand, 243 - 721
Target Start/End: Complemental strand, 28837145 - 28836652
Alignment:
Q  243 gaatattttgagactttggctctaaaagaaggag---ttgttcgactcggaaataaaaaagcttgcgaggcccaaggcgtgggcaatgttcgtctaaaga 339  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||||||||   |||||||||| |||||||| ||||| ||| | | ||||||| ||||||  ||| |||||||||    
T  28837145 gaatattttgagactttggctttaaaagaaggaggagttgttcgacttggaaataacaaagcatgcaaagtccaaggcatgggcaccgtttgtctaaaga 28837046  T
Q  340 tgattgatggccatgaattccttctatggaatgtgaggtatgttct-gaacttaa-----------ttttcataagcatgtttgatatttcaggttaatg 427  Q
    || ||||||||| |||||||||| ||  | ||||||| | |||||  ||||||||           ||| | ||||||||||||||| |  |||||| ||    
T  28837045 tgtttgatggccgtgaattccttttaaaggatgtgagatttgttcccgaacttaagcgaaatttaatttccctaagcatgtttgatagtctaggttattg 28836946  T
Q  428 cactaggtttgaacttggagtttgtaaaatttcgtatggtgcattaattacagttaaaaggtctaagatgaatgatttatatattttagatggttccatt 527  Q
    ||||||  |||| | ||  ||||||||||||||| |||||||||| ||||| |||||| ||||||| ||||||| |||||| |||||||||||||||||     
T  28836945 cactagaattgagcatgaggtttgtaaaatttcgcatggtgcattgattacggttaaagggtctaaaatgaatggtttatacattttagatggttccata 28836846  T
Q  528 gtaatagatcatgcatcattagctattatatcatctcataataattcagaattgtggcatttaaggttaggacatgtgaatgaaagaggtttagtaaaac 627  Q
    ||||| | | ||||| |  |||||| | |   | ||||||||||||| |||||||||||||| || || |  ||||| | |||||||||||||||  |||    
T  28836845 gtaattggtaatgcaccggtagctagtgttgtacctcataataattctgaattgtggcatttgagattggagcatgttagtgaaagaggtttagttgaac 28836746  T
Q  628 taactaaacaaggtttgctaggaaaagatgaatcagacaagctagaattttgtgatcattgcattataggcaaacaacatagattgaagtttgg 721  Q
    ||  ||||||||||||||| |||||||||||||  |||||| ||||||||||||| ||||||||  |||| || ||||||||| | ||||||||    
T  28836745 tagttaaacaaggtttgctgggaaaagatgaattggacaagatagaattttgtgagcattgcatactaggaaagcaacatagagtaaagtttgg 28836652  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 118; E-Value: 8e-60
Query Start/End: Original strand, 243 - 637
Target Start/End: Original strand, 37557858 - 37558267
Alignment:
Q  243 gaatattttgagactttggctctaaaagaaggag---ttgttcgactcggaaataaaaaagcttgcgaggcccaaggcgtgggcaatgttcgtctaaaga 339  Q
    ||||||||||||||||||  ||||||||||||||   ||||||||||||||||||| ||||||||| | | ||||||| ||||||| |||||||||||||    
T  37557858 gaatattttgagactttgattctaaaagaaggaggaattgttcgactcggaaataacaaagcttgcaaagtccaaggcatgggcaacgttcgtctaaaga 37557957  T
Q  340 tgattgatggccatgaattccttctatggaatgtgaggtatgttct-gaacttaa-----------ttttcataagcatgtttgatatttcaggttaatg 427  Q
    || ||||||||| |||||||||| || || ||||||||| |||||  ||||||||           ||| ||||||||||||||||| |  |||||| ||    
T  37557958 tgtttgatggccgtgaattccttttaagggatgtgaggtttgttcccgaacttaagcgaaatttaatttccataagcatgtttgataatctaggttattg 37558057  T
Q  428 cactaggtttgaacttggagtttgtaaaatttcgtatggtgcattaattacagttaaaaggtctaagatgaatgatttatatattttagatggttccatt 527  Q
    ||||||  | || | ||| ||||||||||||||| |||||||||| |||||  ||||  ||||||  ||||||| |||||| |||||||||||||||||     
T  37558058 cactagaatagagcatggggtttgtaaaatttcgcatggtgcattgattactattaaggggtctagaatgaatggtttatacattttagatggttccata 37558157  T
Q  528 gtaatagatcatgcatcattagctattatatcatctcataataattcagaattgtggcatttaaggttaggacatgtgaatgaaagaggtttagtaaaac 627  Q
    ||||| | | |||||||  |||||| | |  |||||||||||||||| |||||||||||||| || || || ||||| | ||| || ||||||||  |||    
T  37558158 gtaattggtaatgcatcggtagctagtgttgcatctcataataattctgaattgtggcatttgagattggggcatgttagtgagaggggtttagttgaac 37558257  T
Q  628 taactaaaca 637  Q
    || |||||||    
T  37558258 tagctaaaca 37558267  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #9
Raw Score: 89; E-Value: 2e-42
Query Start/End: Original strand, 495 - 723
Target Start/End: Complemental strand, 33789942 - 33789714
Alignment:
Q  495 atgaatgatttatatattttagatggttccattgtaatagatcatgcatcattagctattatatcatctcataataattcagaattgtggcatttaaggt 594  Q
    ||||||| |||||| ||||||||||||||||| ||||| | | |||||||  |||||| | |  |||||||||||||||| |||||||||||||| || |    
T  33789942 atgaatggtttatacattttagatggttccatagtaattggtaatgcatcggtagctagtgttgcatctcataataattctgaattgtggcatttgagat 33789843  T
Q  595 taggacatgtgaatgaaagaggtttagtaaaactaactaaacaaggtttgctaggaaaagatgaatcagacaagctagaattttgtgatcattgcattat 694  Q
    | || ||||| | ||| || ||||||||  ||||| ||||||||||||||||||| |||||| |||  || ||||||||||||||| | ||||||||  |    
T  33789842 tggggcatgttagtgagaggggtttagttgaactagctaaacaaggtttgctagggaaagataaattggataagctagaattttgtaaacattgcatact 33789743  T
Q  695 aggcaaacaacatagattgaagtttggaa 723  Q
    |||||||||||||||  ||||||||||||    
T  33789742 aggcaaacaacatagggtgaagtttggaa 33789714  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #10
Raw Score: 83; E-Value: 6e-39
Query Start/End: Original strand, 176 - 384
Target Start/End: Complemental strand, 33790240 - 33790024
Alignment:
Q  176 gtaacaagttggaaaccggagaagatttgggt-----actcagggtgctcttatcaaatgtcttcgaggaaagaatattttgagactttggctctaaaag 270  Q
    |||||||||||| |||||||||||| ||||||     |||| || ||||||||||| |||| | | || || ||||||||||||||||||  ||||||||    
T  33790240 gtaacaagttgggaaccggagaagagttgggttttggactcgggatgctcttatcacatgtgtcctagaaaggaatattttgagactttgattctaaaag 33790141  T
Q  271 aaggag---ttgttcgactcggaaataaaaaagcttgcgaggcccaaggcgtgggcaatgttcgtctaaagatgattgatggccatgaattccttctatg 367  Q
    ||||||   ||||||||||||||||||| ||||||||| | | ||||||| ||||||| |||| |||||||||| ||||||||| |||||||||| || |    
T  33790140 aaggaggagttgttcgactcggaaataacaaagcttgcaaagtccaaggcatgggcaacgttcatctaaagatgtttgatggccgtgaattccttttaag 33790041  T
Q  368 gaatgtgaggtatgttc 384  Q
    | ||||||||| |||||    
T  33790040 ggatgtgaggtttgttc 33790024  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #11
Raw Score: 46; E-Value: 7e-17
Query Start/End: Original strand, 579 - 708
Target Start/End: Complemental strand, 31302771 - 31302642
Alignment:
Q  579 ttgtggcatttaaggttaggacatgtgaatgaaagaggtttagtaaaactaactaaacaaggtttgctaggaaaagatgaatcagacaagctagaatttt 678  Q
    ||||||||||||||||||||  |||  | |||||| | ||||||| ||||| ||||||||||||| ||||||||| || |||  || |||||||||||||    
T  31302771 ttgtggcatttaaggttagggaatgctagtgaaagtgatttagtagaactagctaaacaaggttttctaggaaaatataaattggaaaagctagaatttt 31302672  T
Q  679 gtgatcattgcattataggcaaacaacata 708  Q
     |||| |||||||   ||| ||||||||||    
T  31302671 atgatgattgcatacaaggaaaacaacata 31302642  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #12
Raw Score: 46; E-Value: 7e-17
Query Start/End: Original strand, 37 - 122
Target Start/End: Complemental strand, 34841719 - 34841634
Alignment:
Q  37 agtcgagggctaagtctaagtccaaggggtttgataaattgaagtatcgatgcttcatttgtcataaattcggtcacttcaagaag 122  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||| |||| | ||||||| |||||||| ||||||||||||||   || |||||||||||||    
T  34841719 agtcgaggtctaagtctaagtccaagggatttgtttaattgaaatatcgatgtttcatttgtcataagcccgatcacttcaagaag 34841634  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #13
Raw Score: 39; E-Value: 0.000000000001
Query Start/End: Original strand, 582 - 708
Target Start/End: Complemental strand, 31335079 - 31334953
Alignment:
Q  582 tggcatttaaggttaggacatgtgaatgaaagaggtttagtaaaactaactaaacaaggtttgctaggaaaagatgaatcagacaagctagaattttgtg 681  Q
    |||||||||||||||||  |||  | |||||| | ||||||| ||||| ||||||||| ||| ||||||||| || |||  || ||||||||||||| ||    
T  31335079 tggcatttaaggttagggaatgctagtgaaagtgatttagtagaactagctaaacaagatttcctaggaaaatataaattggaaaagctagaattttatg 31334980  T
Q  682 atcattgcattataggcaaacaacata 708  Q
    || |||||||   ||| ||||||||||    
T  31334979 atgattgcatacaaggaaaacaacata 31334953  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #14
Raw Score: 39; E-Value: 0.000000000001
Query Start/End: Original strand, 663 - 721
Target Start/End: Original strand, 37558271 - 37558329
Alignment:
Q  663 gacaagctagaattttgtgatcattgcattataggcaaacaacatagattgaagtttgg 721  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||  ||||||||||||||||  ||||||||||    
T  37558271 gacaagctagaattttgtgaacattgcatactaggcaaacaacatagggtgaagtttgg 37558329  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #15
Raw Score: 34; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 463 - 544
Target Start/End: Original strand, 10628872 - 10628953
Alignment:
Q  463 atggtgcattaattacagttaaaaggtctaagatgaatgatttatatattttagatggttccattgtaatagatcatgcatc 544  Q
    ||||| ||||| ||| || |||| ||||||| ||  ||| ||||||||||||||| ||||||||||| |||| |||||||||    
T  10628872 atggtacattagttatagctaaagggtctaaaatacatggtttatatattttagacggttccattgttatagctcatgcatc 10628953  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 168; Significance: 1e-89; HSPs: 4)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 168; E-Value: 1e-89
Query Start/End: Original strand, 176 - 723
Target Start/End: Original strand, 9225566 - 9226133
Alignment:
Q  176 gtaacaagttggaaaccggagaagatttgggt-----actcagggtgctcttatcaaatgtcttcgaggaaagaatattttgagactttggctctaaaag 270  Q
    |||||||||||| ||||||||||||  |||||     |||| || ||||||||||| |||| | | || || ||||||||||||||||||  ||||||||    
T  9225566 gtaacaagttgggaaccggagaagagctgggttttggactcgggatgctcttatcacatgtgtcctagaaaggaatattttgagactttgattctaaaag 9225665  T
Q  271 aaggag---ttgttcgactcggaaataaaaaagcttgcgaggcccaaggcgtgggcaatgttcgtctaaagatgattgatggccatgaattccttctatg 367  Q
    ||||||   ||||| ||||||||||||| ||||||||| | | ||||||| ||||||| ||||||||||||||| ||||||||| |||||||||| || |    
T  9225666 aaggaggagttgtttgactcggaaataacaaagcttgcaaagtccaaggcatgggcaacgttcgtctaaagatgtttgatggccgtgaattccttttaag 9225765  T
Q  368 gaatgtgaggtatgttct-gaacttaa-----------ttttcataagcatgtttgatatttcaggttaatgcactaggtttgaacttggagtttgtaaa 455  Q
    | ||||||||| |||||  ||||||||           ||| | ||||||||||||||| |  |||||| ||||||||  | || | ||| |||||||||    
T  9225766 ggatgtgaggtttgttcccgaacttaagcgtaatttaatttccctaagcatgtttgataatctaggttattgcactagaatagagcatggggtttgtaaa 9225865  T
Q  456 atttcgtatggtgcattaattacagttaaaaggtctaagatgaatgatttatatattttagatggttccattgtaatagatcatgcatcattagctatta 555  Q
    |||||| |||||||||| ||||| |||||  ||||||  ||||||| |||||| ||||||||||||||||| ||||| | | |||||||  |||||| |     
T  9225866 atttcgcatggtgcattgattacggttaaggggtctagaatgaatggtttatacattttagatggttccatagtaattggtaatgcatcggtagctagtg 9225965  T
Q  556 tatcatctcataataattcagaattgtggcatttaaggttaggacatgtgaatgaaagaggtttagtaaaactaactaaacaaggtttgctaggaaaaga 655  Q
    |  |||||||||||||||| |||||||||||||| || || || ||||| | ||| || ||||||||  ||||| ||||||||||||||||||| |||||    
T  9225966 ttgcatctcataataattctgaattgtggcatttgagattggggcatgttagtgagaggggtttagttgaactagctaaacaaggtttgctagggaaaga 9226065  T
Q  656 tgaatcagacaagctagaattttgtgatcattgcattataggcaaacaacatagattgaagtttggaa 723  Q
    | |||   ||||||||||||||||||| ||||||||  ||||||||||||||||  ||||||||||||    
T  9226066 taaattgaacaagctagaattttgtgagcattgcatactaggcaaacaacatagggtgaagtttggaa 9226133  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 151; E-Value: 2e-79
Query Start/End: Original strand, 179 - 721
Target Start/End: Original strand, 16625158 - 16625720
Alignment:
Q  179 acaagttggaaaccggagaagatttgggt-----actcagggtgctcttatcaaatgtcttcgaggaaagaatattttgagactttggctctaaaagaag 273  Q
    ||||||||| |||||||||||| ||||||     |||| || ||||||||||| |||| | | ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  16625158 acaagttgggaaccggagaagagttgggttttggactcgggatgctcttatcacatgtgtcctaggaaggaatattttgagactttggctctaaaagaag 16625257  T
Q  274 gag---ttgttcgactcggaaataaaaaagcttgcgaggcccaaggcgtgggcaatgttcgtctaaagatgattgatggccatgaattccttctatggaa 370  Q
    |||   |||||||| |||||||||| ||||| ||| | | ||||||| ||||||| ||||||||||||||| |||||| || ||||||  || || || |    
T  16625258 gaggagttgttcgaatcggaaataacaaagcgtgcaaagtccaaggcatgggcaacgttcgtctaaagatgtttgatgaccgtgaatttattttaaggga 16625357  T
Q  371 tgtgaggtatgttct-gaacttaa-----------ttttcataagcatgtttgatatttcaggttaatgcactaggtttgaacttggagtttgtaaaatt 458  Q
    | |||||| |||||  ||||||||           ||| | ||||||||||||||| |  |||||| ||||||||  |||| | ||  ||||||||| ||    
T  16625358 tttgaggtttgttcccgaacttaagcgaaatttaatttccctaagcatgtttgatagtctaggttattgcactagaattgagcatgaggtttgtaaagtt 16625457  T
Q  459 tcgtatggtgcattaattacagttaaaaggtctaagatgaatgatttatatattttagatggttccattgtaatagatcatgcatcattagctattatat 558  Q
    ||| |||||||||| |||||  |||||  |||||| ||||||| | |||| ||||||||||||||||| ||||| | | ||||| |  |||||| | |      
T  16625458 tcgcatggtgcattgattacgattaaagagtctaaaatgaatggtctatacattttagatggttccatagtaattggtaatgcaacggtagctagtgttg 16625557  T
Q  559 catctcataataattcagaattgtggcatttaaggttaggacatgtgaatgaaagaggtttagtaaaactaactaaacaaggtttgctaggaaaagatga 658  Q
     | ||||||||||||  ||||||||||||||||| || || ||||| | |||||||||||||||  ||||| |||||||||||||||||||||||||| |    
T  16625558 tacctcataataattttgaattgtggcatttaagattggggcatgttagtgaaagaggtttagttgaactagctaaacaaggtttgctaggaaaagataa 16625657  T
Q  659 atcagacaagctagaattttgtgatcattgcattataggcaaacaacatagattgaagtttgg 721  Q
    ||  |||||||||||||||||||| ||||||||  ||||||| ||||||||| | ||||||||    
T  16625658 attggacaagctagaattttgtgagcattgcatactaggcaagcaacatagagtaaagtttgg 16625720  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 94; E-Value: 2e-45
Query Start/End: Original strand, 208 - 721
Target Start/End: Complemental strand, 5146789 - 5146268
Alignment:
Q  208 actcagggtgctcttatcaaatgtcttcgaggaaagaatattttgagactttggctctaaa---agaaggagttgttcgactcggaaataaaaaagcttg 304  Q
    ||||||| ||||||||||  |||| | | ||||| |||||||||||   ||||||||||||   || |||||||||||||||||||||||| ||||  ||    
T  5146789 actcaggatgctcttatcgcatgtgtcctaggaaggaatattttga---tttggctctaaattaaggaggagttgttcgactcggaaataacaaagtgtg 5146693  T
Q  305 cgaggcccaaggcgtgggcaatgttcgtctaaagatgattgatggccatgaattccttctatggaatgtgaggtatgttctg------------aactta 392  Q
    | | | |||||||  | |||| |||||| |||||||| ||||||||| |||| ||||| || || |||||||||  ||||              || |||    
T  5146692 caaagtccaaggcacgagcaacgttcgtataaagatgtttgatggccgtgaaatccttttaagggatgtgaggttggttcccgcacttaagcaaaattta 5146593  T
Q  393 attttcataagcatgtttgatatttcaggttaatgcactaggtttgaacttggagtttgtaaaatttcgtatggtgcattaattacagttaaaaggtcta 492  Q
    |||| | ||||||||||||||| |  |||||| ||||||||  |||| | ||| ||||||||||||  | ||| |||||| ||||| ||||   ||||||    
T  5146592 atttccctaagcatgtttgatagtctaggttattgcactagaattgagcatggggtttgtaaaattgagcatgatgcattgattacggttag--ggtcta 5146495  T
Q  493 agatgaatgatttatatattttagatggttccattgtaatagatcatgcatcattagctattatatcatctcataataattcagaattgtggcatttaag 592  Q
    | ||||||| |||||| ||||||||||||||||| ||||| | | |||||||  | |||| | |   ||||||  ||||||| |||||||||||||| ||    
T  5146494 aaatgaatggtttatacattttagatggttccatagtaattggtaatgcatcggtggctagtgttgtatctca--ataattctgaattgtggcatttgag 5146397  T
Q  593 gttaggacatgtgaatgaaagaggtttagtaaaactaactaaacaaggtttgctaggaaaagatgaatcagacaagctagaattttgtgatcattgcatt 692  Q
     || || ||||| | |||||||||||||||  ||||| ||||||||| |||||||  ||||||| |||  |||||| ||||||||||||| ||||||||     
T  5146396 attggggcatgttagtgaaagaggtttagttgaactagctaaacaagatttgctaaaaaaagataaattggacaagttagaattttgtgagcattgcata 5146297  T
Q  693 ataggcaaacaacatagattgaagtttgg 721  Q
     ||||||| ||||||||| | ||||||||    
T  5146296 ctaggcaagcaacatagagtaaagtttgg 5146268  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 83; E-Value: 6e-39
Query Start/End: Original strand, 495 - 721
Target Start/End: Complemental strand, 18860358 - 18860132
Alignment:
Q  495 atgaatgatttatatattttagatggttccattgtaatagatcatgcatcattagctattatatcatctcataataattcagaattgtggcatttaaggt 594  Q
    ||||||| |||||| ||||||||||||||||| ||||| | | |||||||  |||||| | |  |||||||||||||||| |||||||||||||| || |    
T  18860358 atgaatggtttatacattttagatggttccatagtaattggtaatgcatcggtagctagtgttgcatctcataataattctgaattgtggcatttgagat 18860259  T
Q  595 taggacatgtgaatgaaagaggtttagtaaaactaactaaacaaggtttgctaggaaaagatgaatcagacaagctagaattttgtgatcattgcattat 694  Q
    | || ||||| | ||| || ||||||||  ||||| | ||||||||||||||||| |||||| |||  || || |||||||||||||| ||||||||  |    
T  18860258 tggggcatgttagtgagaggggtttagttgaactagccaaacaaggtttgctagggaaagataaattggataaactagaattttgtgagcattgcatact 18860159  T
Q  695 aggcaaacaacatagattgaagtttgg 721  Q
    |||||||||||||||  ||||||||||    
T  18860158 aggcaaacaacatagggtgaagtttgg 18860132  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 168; Significance: 1e-89; HSPs: 6)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 168; E-Value: 1e-89
Query Start/End: Original strand, 176 - 723
Target Start/End: Complemental strand, 41397164 - 41396597
Alignment:
Q  176 gtaacaagttggaaaccggagaagatttgggt-----actcagggtgctcttatcaaatgtcttcgaggaaagaatattttgagactttggctctaaaag 270  Q
    |||||||||||| |||||||||||| ||||||     |||| || ||||||||||| |||| | | || || ||||||||||||||||||  ||||||||    
T  41397164 gtaacaagttgggaaccggagaagagttgggttttggactcgggatgctcttatcacatgtgtcctagaaaggaatattttgagactttgattctaaaag 41397065  T
Q  271 aaggag---ttgttcgactcggaaataaaaaagcttgcgaggcccaaggcgtgggcaatgttcgtctaaagatgattgatggccatgaattccttctatg 367  Q
    ||||||   ||||||||||||||||||| ||||||||| | | ||||||| ||||||| ||| ||||||||||| ||||||||| |||||||||| || |    
T  41397064 aaggaggagttgttcgactcggaaataacaaagcttgcaaagtccaaggcatgggcaacgtttgtctaaagatgtttgatggccgtgaattccttttaag 41396965  T
Q  368 gaatgtgaggtatgttct-gaacttaa-----------ttttcataagcatgtttgatatttcaggttaatgcactaggtttgaacttggagtttgtaaa 455  Q
    | ||||||||| |||||  ||||||||           ||| ||||||||||||||| | |  |||||| ||||||||  | || | ||| |||||||||    
T  41396964 ggatgtgaggtttgttcccgaacttaagcgaaatttaatttccataagcatgtttgacaatctaggttattgcactagaatagagcatggggtttgtaaa 41396865  T
Q  456 atttcgtatggtgcattaattacagttaaaaggtctaagatgaatgatttatatattttagatggttccattgtaatagatcatgcatcattagctatta 555  Q
    |||||| |||||||||| ||||| || ||  ||||||  ||||| | |||||| ||||||||||||||||| ||||| | | |||||||  |||||| |     
T  41396864 atttcgcatggtgcattgattacggtaaaggggtctagaatgaacggtttatacattttagatggttccatagtaattggtaatgcatcgatagctagtg 41396765  T
Q  556 tatcatctcataataattcagaattgtggcatttaaggttaggacatgtgaatgaaagaggtttagtaaaactaactaaacaaggtttgctaggaaaaga 655  Q
    |  |||||||||||||||| |||||||||||||| || || || ||||| | ||| || ||||||||  ||||| ||||||||||||||||||| |||||    
T  41396764 ttgcatctcataataattctgaattgtggcatttgagattggggcatgttagtgagaggggtttagttgaactagctaaacaaggtttgctagggaaaga 41396665  T
Q  656 tgaatcagacaagctagaattttgtgatcattgcattataggcaaacaacatagattgaagtttggaa 723  Q
    | |||  |||||||||||||||||||| ||||||||  ||||||||||||||||  ||||||||||||    
T  41396664 taaattggacaagctagaattttgtgagcattgcatactaggcaaacaacatagggtgaagtttggaa 41396597  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 149; E-Value: 3e-78
Query Start/End: Original strand, 244 - 721
Target Start/End: Original strand, 47100053 - 47100545
Alignment:
Q  244 aatattttgagactttggctctaaaagaaggag---ttgttcgactcggaaataaaaaagcttgcgaggcccaaggcgtgggcaatgttcgtctaaagat 340  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||   ||||| |||||| |||||| ||||| ||| | | ||||||| |||||| |||||||||||||||    
T  47100053 aatattttgagactttggctctaaaagaaggaggagttgtttgactcgaaaataacaaagcgtgcaaagtccaaggcatgggcactgttcgtctaaagat 47100152  T
Q  341 gattgatggccatgaattccttctatggaatgtgaggtatgttct-gaacttaa-----------ttttcataagcatgtttgatatttcaggttaatgc 428  Q
    | |||||| || |||||||||  ||  | ||||||||| |||||  ||||||||           ||| | ||||||||||||||| |  |||||| |||    
T  47100153 gtttgatgaccgtgaattcctattaaaggatgtgaggtttgttcccgaacttaagcgaaatttaatttccctaagcatgtttgatagtctaggttattgc 47100252  T
Q  429 actaggtttgaacttggagtttgtaaaatttcgtatggtgcattaattacagttaaaaggtctaagatgaatgatttatatattttagatggttccattg 528  Q
    |||||  |||| | ||| ||||||||||||||| |||||| ||| |||||  ||||| ||||||| ||||||| |||||| ||||||||||||||||| |    
T  47100253 actagaattgagcatggggtttgtaaaatttcgcatggtgtattgattacgattaaagggtctaaaatgaatggtttatacattttagatggttccatag 47100352  T
Q  529 taatagatcatgcatcattagctattatatcatctcataataattcagaattgtggcatttaaggttaggacatgtgaatgaaagaggtttagtaaaact 628  Q
    |||| | | |||||||  |||||| | |   | |||||||||||||  ||||||||||||| || || || ||||| | |||||||||||||||  ||||    
T  47100353 taattggtaatgcatcggtagctagtgttgtacctcataataattctaaattgtggcatttgagattggggcatgttagtgaaagaggtttagttgaact 47100452  T
Q  629 aactaaacaaggtttgctaggaaaagatgaatcagacaagctagaattttgtgatcattgcattataggcaaacaacatagattgaagtttgg 721  Q
    | |||||||||||||||||||||||||| |||  |||||||||||||||||||| ||||||||  ||||||| ||||||||| | ||||||||    
T  47100453 agctaaacaaggtttgctaggaaaagataaattggacaagctagaattttgtgaacattgcatattaggcaagcaacatagagtaaagtttgg 47100545  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 59; E-Value: 1e-24
Query Start/End: Original strand, 243 - 589
Target Start/End: Original strand, 9025032 - 9025393
Alignment:
Q  243 gaatattttgagacttt-ggctctaaaagaag---gagttgttcgactcggaaataaaaaagcttgcgaggcccaaggcgtgggcaatgttcgtctaaag 338  Q
    ||||||||| ||||||| ||||||||||||||   |||||||||||||||||| ||| ||||||||| | | ||||||| ||||||  ||||||||||||    
T  9025032 gaatattttaagacttttggctctaaaagaagaaggagttgttcgactcggaa-taacaaagcttgcaaagtccaaggcatgggcaccgttcgtctaaag 9025130  T
Q  339 atgattgatggccatgaattccttctatggaatgtgaggtatgttc---------tg---aacttaattttcataagcatgtttgatatttcaggttaat 426  Q
    ||| ||||| |   ||||||||||||| || ||||||||| |||||         ||   || ||||||| | ||| ||||||||||| |  || ||| |    
T  9025131 atgtttgattgttgtgaattccttctaaggtatgtgaggtttgttcccgaacttatgcgaaatttaatttccctaaacatgtttgatagtctagattatt 9025230  T
Q  427 gcactaggtttgaacttggagtttgtaaaatttcgtatggtgcattaattacagttaaaaggtctaagatgaatgatttatatattttagatggttccat 526  Q
    ||| |||  |||||  ||| |||| | |||||||| ||||||| ||||||||  ||||| ||||||| ||||||| |||||| |||||||||||||| ||    
T  9025231 gcattagaattgaatatggggtttatgaaatttcgcatggtgctttaattactcttaaagggtctaaaatgaatggtttatacattttagatggttctat 9025330  T
Q  527 tgtaatagatcatgcatcattagctattatatcatctcataataattcagaattgtggcattt 589  Q
     ||||| | | ||| |||   ||||| | ||  | ||||||||||||| ||||| ||||||||    
T  9025331 agtaattggtaatgtatcggcagctagtgtagtacctcataataattctgaattatggcattt 9025393  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 49; E-Value: 1e-18
Query Start/End: Original strand, 179 - 305
Target Start/End: Original strand, 19360003 - 19360137
Alignment:
Q  179 acaagttggaaaccggagaagatttgggt-----actcagggtgctcttatcaaatgtcttcgaggaaagaatattttgagactttggctctaaaagaag 273  Q
    ||||||||| |||||||||||| ||||||     |||| || ||||||||||| |||| | | || || |||||||||||| ||||| ||||||||||||    
T  19360003 acaagttgggaaccggagaagagttgggttttggactcgggatgctcttatcacatgtgtcctagaaaggaatattttgaggctttgactctaaaagaag 19360102  T
Q  274 ga---gttgttcgactcggaaataaaaaagcttgc 305  Q
    ||   |||||||||||||||||||| |||||||||    
T  19360103 gaggagttgttcgactcggaaataacaaagcttgc 19360137  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000002
Query Start/End: Original strand, 463 - 544
Target Start/End: Complemental strand, 2399892 - 2399811
Alignment:
Q  463 atggtgcattaattacagttaaaaggtctaagatgaatgatttatatattttagatggttccattgtaatagatcatgcatc 544  Q
    ||||||||||| ||| || |||| ||||||| ||  ||||||||||||||||||| ||||||| |||||||| |||||||||    
T  2399892 atggtgcattagttatagctaaagggtctaaaatacatgatttatatattttagaaggttccactgtaatagctcatgcatc 2399811  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000004
Query Start/End: Original strand, 13 - 166
Target Start/End: Original strand, 47099777 - 47099930
Alignment:
Q  13 agcataggagaaaaggcaaagtgaagtcgagggctaagtctaagtccaaggggtttgataaattgaagtatcgatgcttcatttgtcataaattcggtca 112  Q
    |||||||  |||||||| | | |||||||||| | ||||||| ||||||||||||||| ||||  ||||||  ||||||  ||||||||||    |||||    
T  47099777 agcatagaggaaaaggcgaggggaagtcgaggtccaagtctaggtccaaggggtttgacaaatcaaagtataaatgctttctttgtcataagcaaggtca 47099876  T
Q  113 cttcaagaaggatcatcttaacaaagggggtaatgatagttcttccgtgcaagt 166  Q
    ||||||||||||| | |   | |||||||| |||| |||| ||||||| |||||    
T  47099877 cttcaagaaggattacccggataaagggggcaatggtagtccttccgttcaagt 47099930  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0078 (Bit Score: 141; Significance: 2e-73; HSPs: 2)
Name: scaffold0078
Description:

Target: scaffold0078; HSP #1
Raw Score: 141; E-Value: 2e-73
Query Start/End: Original strand, 208 - 709
Target Start/End: Complemental strand, 35898 - 35382
Alignment:
Q  208 actcagggtgctcttatcaaatgtcttcgaggaaagaatattttgagactttggctctaaaagaaggag---ttgttcgactcggaaataaaaaagcttg 304  Q
    |||| |||||||||||||| |||| |   | ||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||   ||||||||||||||||||||||||||||    
T  35898 actcggggtgctcttatcacatgtgtcttatgaaggaatattttgagaatttggctctaaaagaaggaggagttgttcgactcggaaataaaaaagcttg 35799  T
Q  305 cgaggcccaaggcgtgggcaatgttcgtctaaagatgattgatggccatgaattccttctatggaatgtgaggtatgttct-gaacttaa---------- 393  Q
    | |   ||||| | ||||||  ||||||||||||||  ||||||||| ||||||||||||| |  ||||||||| |||||  ||||||||              
T  35798 caaaatccaagtcatgggcaccgttcgtctaaagatctttgatggccgtgaattccttctaagagatgtgaggtttgttcccgaacttaagcgaaattta 35699  T
Q  394 -ttttcataagcatgtttgatatttcaggttaatgcactaggtttgaacttggagtttgtaaaatttcgtatggtgcattaattacagttaaaaggtcta 492  Q
     ||| || |||||||||| |||    |||||| |||||||   |||| | ||| ||||||||||||| | ||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  35698 atttccagaagcatgttttataggctaggttattgcactataattgagcatggggtttgtaaaattttgcatggtgcattaattacagttataaggtcta 35599  T
Q  493 agatgaatgatttatatattttagatggttccattgtaatagatcatgcatcattagctattatatcatctcataataattcagaattgtggcatttaag 592  Q
    | || |||| ||||||||||||| |||||||||| ||||| | | |||||||  ||| || | || || || |||||||||  |||||||||||||| ||    
T  35598 aaattaatggtttatatattttaaatggttccatagtaattggtaatgcatcggtaggtagtgtagcaccttataataattatgaattgtggcatttgag 35499  T
Q  593 gttaggacatgtgaatgaaagaggtttagtaaaactaactaaacaaggtttgctaggaaaagatgaatcagacaagctagaattttgtgatcattgcatt 692  Q
     || ||| |||| | |||||||||||||||  ||| | ||||||| |||||||||||||||||| |||  |||||||||||||||||||| ||||||||     
T  35498 attgggaaatgttagtgaaagaggtttagttgaacaagctaaacacggtttgctaggaaaagataaattggacaagctagaattttgtgagcattgcata 35399  T
Q  693 ataggcaaacaacatag 709  Q
     |||| || ||||||||    
T  35398 ctaggaaagcaacatag 35382  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0078; HSP #2
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000003
Query Start/End: Original strand, 22 - 121
Target Start/End: Complemental strand, 42393 - 42294
Alignment:
Q  22 gaaaaggcaaagtgaagtcgagggctaagtctaagtccaaggggtttgataaattgaagtatcgatgcttcatttgtcataaattcggtcacttcaagaa 121  Q
    |||||||||||| |||||||||| | | ||||||||||||||| ||||| ||||  ||||  |||| |||  |||||||||||  |||||||||||||||    
T  42393 gaaaaggcaaagggaagtcgaggtccatgtctaagtccaagggttttgacaaatcaaagttacgatactttctttgtcataaacgcggtcacttcaagaa 42294  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0006 (Bit Score: 139; Significance: 2e-72; HSPs: 2)
Name: scaffold0006
Description:

Target: scaffold0006; HSP #1
Raw Score: 139; E-Value: 2e-72
Query Start/End: Original strand, 179 - 721
Target Start/End: Complemental strand, 1429 - 868
Alignment:
Q  179 acaagttggaaaccggagaagatttgggt-----actcagggtgctcttatcaaatgtcttcgaggaaagaatattttgagactttggctctaaaagaag 273  Q
    ||||||||| |||||||||||| ||||||     |||| || ||||||||||| |||| |   || || |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1429 acaagttgggaaccggagaagagttgggttttggactcgggatgctcttatcacatgtgtcttagaaatgaatattttgagactttggctctaaaagaag 1330  T
Q  274 gagttgt---tcgactcggaaataaaaaagcttgcgaggcccaaggcgtgggcaatgttcgtctaaagatgattgatggccatgaattccttctatggaa 370  Q
    |||  ||   ||||||||||||||| || || ||| | | ||||||| ||||||| ||||||||||||||| ||||||| | |||||||||| || || |    
T  1329 gaggagtagctcgactcggaaataacaaggcgtgcaaagtccaaggcatgggcaacgttcgtctaaagatgtttgatggtcttgaattccttttaaggga 1230  T
Q  371 tgtgaggtatgttct-gaacttaa-----------ttttcataagcatgtttgatatttcaggttaatgcactaggtttgaacttggagtttgtaaaatt 458  Q
    |||||||| |||||  ||||||||           ||| | ||||||||||||||| |  |||||| ||||||||  |||| | ||  ||| ||||||||    
T  1229 tgtgaggtttgttcccgaacttaagcgaaatttaatttccctaagcatgtttgatagtctaggttattgcactagaattgagcatgcggtt-gtaaaatt 1131  T
Q  459 tcgtatggtgcattaattacagttaaaaggtctaagatgaatgatttatatattttagatggttccattgtaatagatcatgcatcattagctattatat 558  Q
    ||| |||||||||| ||||| |||||| ||||||| ||||||| |||||| ||||||||||||||||| ||||| | | |||||||  | ||||   |      
T  1130 tcgcatggtgcattgattacggttaaagggtctaaaatgaatggtttatacattttagatggttccatagtaattggtaatgcatcggtggctagcgttg 1031  T
Q  559 catctcataataattcagaattgtggcatttaaggttaggacatgtgaatgaaagaggtttagtaaaactaactaaacaaggtttgctaggaaaagatga 658  Q
     | ||||||||||||| |||||||||||||| || || || ||||| | |||||||||||||||  ||||| ||||||| |||||||||||||||||| |    
T  1030 tacctcataataattctgaattgtggcatttgagattggggcatgttagtgaaagaggtttagttgaactagctaaacagggtttgctaggaaaagataa 931  T
Q  659 atcagacaagctagaattttgtgatcattgcattataggcaaacaacatagattgaagtttgg 721  Q
    ||  |||||||||||||||||||| ||||||||  || ||||  |||||||| | ||||||||    
T  930 attggacaagctagaattttgtgagcattgcatactaagcaagaaacatagagtaaagtttgg 868  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0006; HSP #2
Raw Score: 108; E-Value: 8e-54
Query Start/End: Original strand, 390 - 721
Target Start/End: Complemental strand, 9354 - 9024
Alignment:
Q  390 ttaattttcataagcatgtttgatatttcaggttaatgcactaggtttgaacttggagtttgtaaaatttcgtatggtgcattaattacagttaaaaggt 489  Q
    ||||||| | ||||||||||||||| |  |||||| ||||||||  |||| | ||  ||| ||||||||||| |||||||||| ||||| |||||| |||    
T  9354 ttaatttccctaagcatgtttgatagtctaggttattgcactagaattgagcatgcggtt-gtaaaatttcgcatggtgcattgattacggttaaagggt 9256  T
Q  490 ctaagatgaatgatttatatattttagatggttccattgtaatagatcatgcatcattagctattatatcatctcataataattcagaattgtggcattt 589  Q
    |||| ||||||| |||||| ||||||||||||||||| ||||| | | |||||||  ||||||   |   | ||||||||||||| ||||||||||||||    
T  9255 ctaaaatgaatggtttatacattttagatggttccatagtaattggtaatgcatcggtagctagagttaaaactcataataattctgaattgtggcattt 9156  T
Q  590 aaggttaggacatgtgaatgaaagaggtttagtaaaactaactaaacaaggtttgctaggaaaagatgaatcagacaagctagaattttgtgatcattgc 689  Q
     || || || ||||| | |||||||||||||||  ||||| ||||||| |||||||||||||||||| |||  |||||||||||||||||||| ||||||    
T  9155 gagattggggcatgttagtgaaagaggtttagttgaactagctaaacagggtttgctaggaaaagataaattggacaagctagaattttgtgagcattgc 9056  T
Q  690 attataggcaaacaacatagattgaagtttgg 721  Q
    ||  || ||||  |||||||| | ||||||||    
T  9055 atactaagcaagaaacatagagtaaagtttgg 9024  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0777 (Bit Score: 95; Significance: 4e-46; HSPs: 1)
Name: scaffold0777
Description:

Target: scaffold0777; HSP #1
Raw Score: 95; E-Value: 4e-46
Query Start/End: Original strand, 622 - 724
Target Start/End: Original strand, 184 - 286
Alignment:
Q  622 taaaactaactaaacaaggtttgctaggaaaagatgaatcagacaagctagaattttgtgatcattgcattataggcaaacaacatagattgaagtttgg 721  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  184 taaaactaactaaacaaggtttgctagaaaaagatgaatcagacaagctagaattttgtgatcattgcattctaggcaaacaacatagattgaagtttgg 283  T
Q  722 aac 724  Q
    |||    
T  284 aac 286  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0842 (Bit Score: 50; Significance: 3e-19; HSPs: 1)
Name: scaffold0842
Description:

Target: scaffold0842; HSP #1
Raw Score: 50; E-Value: 3e-19
Query Start/End: Original strand, 179 - 302
Target Start/End: Original strand, 4359 - 4490
Alignment:
Q  179 acaagttggaaaccggagaagatttgggt-----actcagggtgctcttatcaaatgtcttcgaggaaagaatattttgagactttggctctaaaaga-- 271  Q
    |||||||||||| ||||||||| ||||||     |||| || ||||||||||| |||| | | |||||  |||||||||||||||||||| |||||||      
T  4359 acaagttggaaatcggagaagagttgggttttggactcgggatgctcttatcacatgtgtcctaggaagaaatattttgagactttggctttaaaagaag 4458  T
Q  272 -aggagttgttcgactcggaaataaaaaagct 302  Q
     |||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  4459 gaggagttgttcgactcggaaataacaaagct 4490  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0184 (Bit Score: 40; Significance: 0.0000000000003; HSPs: 1)
Name: scaffold0184
Description:

Target: scaffold0184; HSP #1
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000003
Query Start/End: Original strand, 22 - 121
Target Start/End: Original strand, 30451 - 30550
Alignment:
Q  22 gaaaaggcaaagtgaagtcgagggctaagtctaagtccaaggggtttgataaattgaagtatcgatgcttcatttgtcataaattcggtcacttcaagaa 121  Q
    |||||||||||| |||||||||| | | ||||||||||||||| ||||| ||||  ||||  |||| |||  |||||||||||  |||||||||||||||    
T  30451 gaaaaggcaaagggaagtcgaggtccatgtctaagtccaagggttttgacaaatcaaagttacgatactttctttgtcataaacgcggtcacttcaagaa 30550  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0256 (Bit Score: 38; Significance: 0.000000000004; HSPs: 1)
Name: scaffold0256
Description:

Target: scaffold0256; HSP #1
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000004
Query Start/End: Original strand, 463 - 544
Target Start/End: Original strand, 17838 - 17919
Alignment:
Q  463 atggtgcattaattacagttaaaaggtctaagatgaatgatttatatattttagatggttccattgtaatagatcatgcatc 544  Q
    ||||||||||| ||| || |||| ||||||| ||  ||| ||||||||||||||| ||||||| |||||||| |||||||||    
T  17838 atggtgcattagttatagctaaagggtctaaaatacatggtttatatattttagaaggttccactgtaatagctcatgcatc 17919  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0028 (Bit Score: 38; Significance: 0.000000000004; HSPs: 1)
Name: scaffold0028
Description:

Target: scaffold0028; HSP #1
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000004
Query Start/End: Original strand, 176 - 295
Target Start/End: Original strand, 150117 - 150244
Alignment:
Q  176 gtaacaagttggaaaccggagaagatttgggt-----actcagggtgctcttatcaaatgtcttcgaggaaagaatattttgagactttggctctaaaag 270  Q
    |||||||||||| |||||||||||| ||||||     |||| || ||||||||||| |||    | || || ||||||||||||||||||  ||||||||    
T  150117 gtaacaagttgggaaccggagaagagttgggttttggactcgggatgctcttatcacatgagccctagaaaggaatattttgagactttgattctaaaag 150216  T
Q  271 a---aggagttgttcgactcggaaataa 295  Q
    |   ||||||||||||||||||||||||    
T  150217 aaggaggagttgttcgactcggaaataa 150244  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University