View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF15911_low_2 (Length: 670)

Name: NF15911_low_2
Description: NF15911
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF15911_low_2
NF15911_low_2
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (1-654)||(29679183-29679838)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 609; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 609; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 654
Target Start/End: Original strand, 29679183 - 29679838
Alignment:
Q  1 ttctggcttatggagtgtctgcagcttgtatctgttgtctataaggtggagaggatctgatattgtgtcccttgctgctgcaatcagtgattcacagcaa 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  29679183 ttctggcttatggagtgtctgcagcttgtatatgttgtctgtaagttggaggggatctgatattgtgtcccttgctgctgcaatcagtgattcacagcaa 29679282  T
Q  101 gtgtgtagtaaaaaagtgagcacctctgtgttacaactagcaggtcgagtgaagtttcgatcggacaattgggttttgggtaacattagcaatataggtg 200  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  29679283 gtgtgtagtaaaacagtgagcacctctgtgttacaactagcaggtcgagtgaagtttcgatcggacaattgggttttgggtgacattagcaatataggtg 29679382  T
Q  201 ttgggaggggtatcaatttgtgatgaatggtactcagccacaaatatgataatatagagcaaatctgtcactttgaatggaatgtctagtattaattgga 300  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  29679383 ttgggaggggtatcaatttgtgatgaatggtactcagccacaaatatgataatatagagcaaatctgtcactttgaatggaatgtctagtattaattgga 29679482  T
Q  301 ttataggttggtgtcaattgtaaaaatctcagcttgtgtgatcataaacttgtatgtattggtgttgatc--agccttgcacactttgtgcttggtttag 398  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||    
T  29679483 ttataggttggtgtcaattgtaaaaatctcagcttgtgtgatcataaacttgtatttattggtgttgatctaagccttgcacactttgtgcttggtttag 29679582  T
Q  399 tttgtttaataagttttgccttttcaaaaaagaagctaggactaaattactgatggaaaatatgtaggtgcaaaagcttgaacacaatttttgcagacac 498  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  29679583 tttgtttaataagttttgccttttcaaaaaagaagctaggactaaattactgatggaaaatatgtaggtgcaaaagcttgaacacaatttttgcagacac 29679682  T
Q  499 caaaaactaaagttgatatatttataaagtttataaaaattaatggattattggcataagagatggaagagccagacattaagaaacacaactcataacg 598  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  29679683 caaaaactaaagttgatatatttataaagtttataaaaactaatggattattggcataagagatggaagagccagacattaagaaacacaactcataacg 29679782  T
Q  599 aggacactatcaccactaacagaaggtgggtattatgggagcatataagaccatta 654  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  29679783 aggacactatcaccactaacagaaggtgggtattatgggagcatatgagaccatta 29679838  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University