View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF15914_low_4 (Length: 454)

Name: NF15914_low_4
Description: NF15914
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF15914_low_4
NF15914_low_4
[»] chr5 (4 HSPs)
chr5 (31-436)||(37704454-37704859)
chr5 (72-435)||(37698974-37699349)
chr5 (132-436)||(37437520-37437823)
chr5 (188-436)||(37698636-37698864)
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (72-308)||(16840857-16841109)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 402; Significance: 0; HSPs: 4)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 402; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 31 - 436
Target Start/End: Complemental strand, 37704859 - 37704454
Alignment:
Q  31 ccgatttgttataattaaataacttaaaagtatcgtaatttgctctttaaagtatgtacatttgaagaagtctaagtctccgattctaaatacaattaat 130  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37704859 ccgatttgttataattaaataacttaaaagtctcgtaatttgctctttaaagtatgtacatttgaagaagtctaagtctccgattctaaatacaattaat 37704760  T
Q  131 gttattttcttcatttcaggtgtatttttaagcacattactcactgtgattgctacttaaatgaatttgttatcttatcacaacttgaaataagattcca 230  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37704759 gttattttcttcatttcaggtgtatttttaagcacattactcactgtgattgctacttaaatgaatttgttatcttatcacaacttgaaataagattcca 37704660  T
Q  231 actttcgtgctaattacgttcaaaaagtctggtcttcgaagatattatttagtttaatgaacaccaaacttttctatgatggttactgaattaatattgt 330  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37704659 actttcgtgctaattacgttcaaaaagtctggtcttcgaagatattatttagtttaatgaacaccaaacttttctatgatggttactgaattaatattgt 37704560  T
Q  331 tgccaaatgtcatatcagtatatgtttatgaaaagcacccccaaaacaaaataagggaatacgtagactcaatttgcaaacaatctaataagtcaacctt 430  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37704559 tgccaaatgtcatatcagtatatgtttatgaaaagcacccccaaaacaaaataagggaatacgtagactcaatttgcaaacaatctaataagtcaacctt 37704460  T
Q  431 tttggt 436  Q
    ||||||    
T  37704459 tttggt 37704454  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 228; E-Value: 1e-125
Query Start/End: Original strand, 72 - 435
Target Start/End: Complemental strand, 37699349 - 37698974
Alignment:
Q  72 gctctttaaagtatgtacatttgaagaagtctaagtctccgattctaaatacaattaatgtt------attttcttcatttcaggtgtatttttaagcac 165  Q
    |||||||||||| ||| || ||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||      ||||||||||||| |||||||||||||||||     
T  37699349 gctctttaaagtctgttcagttgaagaagtctaagtctccgttgctaaatacaattaatgttgttattattttcttcattttaggtgtatttttaagcaa 37699250  T
Q  166 attactcactgtgattgctacttaaatgaatttgttatcttat---cacaacttgaaataagattccaactttcgtgctaattacgttcaaaaagtct-g 261  Q
    |||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||   ||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||| |    
T  37699249 attactcattctgattgctacttaaatgaatttgttatcttattatcacaacttgcaataagattccaactttagtgctaattacgttcgaaaagtcttg 37699150  T
Q  262 gtcttcgaagatattatttagtttaatgaacaccaaacttttctatgatggttactgaattaatattgttgccaaatgtcatatcagtatatgtttatga 361  Q
    || ||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||    
T  37699149 gttttccaagatgttatttagtttaatgaacaccaaacttttctatgattgttactgaattaatattgttgccaaatgtcatatcagtatacggttatga 37699050  T
Q  362 aaagcacccccaaaacaaaataagggaatacgtagactcaa--tttgcaaacaatctaataagtcaacctttttgg 435  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||  |||| |||||||||||||| |||| ||||||||    
T  37699049 aaagcacccccaacacaaaataagggaatacctagactcaatgtttgtaaacaatctaataactcaaactttttgg 37698974  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 166; E-Value: 1e-88
Query Start/End: Original strand, 132 - 436
Target Start/End: Complemental strand, 37437823 - 37437520
Alignment:
Q  132 ttattttcttcatttcaggtgtatttttaagcacattactcactgtgattgctacttaaatgaatttgttatcttat---cacaacttgaaataagattc 228  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||   ||||||||| ||||||||||    
T  37437823 ttattttcttcatttcaggtgtatttttaagcaaattactcattctgattgctacttaaatgaatttgttatcttattatcacaacttgcaataagattc 37437724  T
Q  229 caactttcgtgctaattacgttcaaaaagtct-ggtcttcgaagatattatttagtttaatgaacaccaaacttttctatgatggttactgaattaatat 327  Q
    ||||||    ||||||||||||| |||||||| ||||||| || || |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||    
T  37437723 caactt----gctaattacgttcgaaaagtcttggtcttccaatatgttatttagtttaatgaacaccaaacttttctatgattgttattgaattaatat 37437628  T
Q  328 tgttgccaaatgtcatatcagtatatgtttatgaaaagcacccccaaaacaaaataagggaatacgtagactcaatttgcaaacaatctaataagtcaac 427  Q
    ||||||||| |||||||||| |||| | |||||||||||| ||||| |  |||| |||||||||  |||||| |||||| ||||||||||||||||||      
T  37437627 tgttgccaattgtcatatcactatacggttatgaaaagca-ccccacattaaaacaagggaatagctagactgaatttgtaaacaatctaataagtcaga 37437529  T
Q  428 ctttttggt 436  Q
    |||||||||    
T  37437528 ctttttggt 37437520  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 80; E-Value: 2e-37
Query Start/End: Original strand, 188 - 436
Target Start/End: Complemental strand, 37698864 - 37698636
Alignment:
Q  188 taaatgaatttgttatcttatcacaacttgaaataagattccaactttcgtgc----taattacgttcaaaaagtc-tggtcttcgaagatattatttag 282  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||    |||||||||| |||||||| |||||||| ||||| ||||||||    
T  37698864 taaatgaatttgttatcttatcacaacttgcaataagattccaactttagtgctaattaattacgttaaaaaagtcttggtcttccaagatgttatttag 37698765  T
Q  283 tttaatgaacaccaaacttttctatgatggttactgaattaatattgttgccaaatgtcatatcagtatatgtttatgaaaagcacccccaaaacaaaat 382  Q
    ||||| ||||||||||||||| |||||| |        |||||||||||||||| |||||||||| |||| | |                  ||||||||    
T  37698764 tttaacgaacaccaaacttttgtatgattg--------ttaatattgttgccaattgtcatatcactatacggt-----------------caacaaaat 37698690  T
Q  383 aagggaatacgtagactcaatttgcaaacaatctaataagtcaacctttttggt 436  Q
    |||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||    
T  37698689 aagggaatacttagactcaatttgtaaacaatctaataagtcaaactttttggt 37698636  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 107; Significance: 2e-53; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 107; E-Value: 2e-53
Query Start/End: Original strand, 72 - 308
Target Start/End: Original strand, 16840857 - 16841109
Alignment:
Q  72 gctctttaaagtatgtacatttgaagaagtctaagtctccgattctaaatacaattaatgtt------attttcttcatttcaggtgtat----ttttaa 161  Q
    ||||||||||||||| | | |||| |||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||      ||||||||||||||||||||||    ||||||    
T  16840857 gctctttaaagtatggatagttgacgaagtctaagtctccgcttctaaatacatttaatgttgttattattttcttcatttcaggtgtatatatttttaa 16840956  T
Q  162 gcacattactcactgtgattgctacttaaatgaatttgttatcttat------cacaacttgaaataagattccaactttcgtgctaattacgttcaaaa 255  Q
    ||| |||| ||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||      ||||||||| ||||||||||||||||  |||||||||||||||||||    
T  16840957 gcaaattattcattgtgattggtacttaaatgaatttgttatcttattaatatcacaacttgcaataagattccaactta-gtgctaattacgttcaaaa 16841055  T
Q  256 agtct-ggtcttcgaagatattatttagtttaatgaacaccaaacttttctatg 308  Q
    ||||| ||||||| ||||| |||||||||||| | |||||||||||||| ||||    
T  16841056 agtcttggtcttccaagattttatttagtttattaaacaccaaacttttgtatg 16841109  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University