View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF15916_low_2 (Length: 837)

Name: NF15916_low_2
Description: NF15916
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF15916_low_2
NF15916_low_2
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (15-799)||(42042071-42042841)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 589; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 589; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 15 - 799
Target Start/End: Complemental strand, 42042841 - 42042071
Alignment:
Q  15 acctgtgtatgaagactttttcctctgtctcgctaacgcatgctttgcttcctcttagtacacatatatatcctacttgcatgccgattaagaaatcgat 114  Q
    ||||||| ||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||| | |||||||| |||||||||||  ||||||||||| |||    
T  42042841 acctgtgcatgaagaatttttcctctgtctagctaacgcatgctttgcttcctcttggtaaaaatatatatactacttgcatgaagattaagaaatagat 42042742  T
Q  115 gccctcattccaagtgtcaacacgtgacgtgtgttttcacatgttaaattggtttatatacatatatatactattgaagaaagtcttaattaaacaacca 214  Q
    ||  |||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42042741 gcgttcattcaaagtgtcaacaagtgacgtgtgttttcacatgttaaattggtttatatacatatatatactattgaagaaagtcttaattaaacaacca 42042642  T
Q  215 atcatggatgagaaaatcttatttttgtgtcatttgataaggacaaatgaagttcctatgtcgggggagtcaagaaccaaagttccatt---------at 305  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||         ||    
T  42042641 atcatggatgagaaaatcttatttttgtgtcatttgataaggacaaatgaagttcctatgtcgggggagtcaagaaccaaagttccattcaagtagttat 42042542  T
Q  306 aatgacatgacaaaatgattaggcgtgctggttcagataaactattaatcatgatgagtgtttcaactcatagtcattgaagcaagctcatttcatcaca 405  Q
    |||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||           
T  42042541 aatggcatgacacaatgattaggcgtgctggttcagataaactattaatcatgatgaatgtttcaactcatagtcattgaagcaagctcattt------- 42042449  T
Q  406 ttttcacagaaattaaagagaggactaggagtgtagtacatgtgaaagagctagacaacatgcttgctacttgacagaaacagaatttgattttcatata 505  Q
       |||||||||     ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  42042448 ---tcacagaaa-----gagaggactaggagtgtagtacatgtgaaagagctagacaacatgcttgctacttgacagaaacagaatttgattttcatatg 42042357  T
Q  506 tgagaagacaaaagtactttctagcacatgccacctttgactttcatggtttgaaatgaaagccaaaacaagcaaacatatatatgcatgcgcatttatg 605  Q
       || |||||     ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42042356 ---gatgacaa-----ctttctagcacatgccacctttgactttcatggtttgaaatgaaagccaaaacaagcaaacatatatatgcatgcgcatttatg 42042265  T
Q  606 tataagcatatgttagtgaataattaagtggtgtttattaaaagtgttatgcaatttcatttgatcaattgacaaacattcctcactcactttgttcggt 705  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42042264 tataagcatatgttagtgaataattaagtggggtttattaaaagtgttatgcaatttcatttgatcaattgacaaacattcctcactcactttgttcggt 42042165  T
Q  706 tgccaaaaattggattataattctctaacatctactgctagttataaagacattatttgatctgtgaaatgacaatacgacaatccaaatacat 799  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42042164 tgccaaaaattggattataattctctaacatctactactagttataaagacattatttgatctgtgaaatgacaatacgacaatccaaatacat 42042071  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University