View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF15916_low_3 (Length: 817)

Name: NF15916_low_3
Description: NF15916
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF15916_low_3
NF15916_low_3
[»] chr7 (1 HSPs)
chr7 (17-808)||(40034466-40035257)


Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 570; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 570; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 17 - 808
Target Start/End: Complemental strand, 40035257 - 40034466
Alignment:
Q  17 attgatgttgttgctggaaatatagatgatatttacaattatgacttttattatttgtgtttatgatgttatttttaccatgagagtcgtacgtcaaatt 116  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||   |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  40035257 attgatgttgttgctggaaatatagatgatatttacaattatgact---attatttgtgtttatgatgttatttttaccatgagagtcgtacgtcaaatt 40035161  T
Q  117 taataaggatgaatagaatctttttccttatnnnnnnntttgcaaataatgttgacagttcttgttttcacttctgtttggtgacttttgaatatagaga 216  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||||       ||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  40035160 taataaggatgaacagaatctttttccttataaaaaaatttgcaaataatgttgacagttcttgtgttcacgtctgtttggtgacttttgaatatagaga 40035061  T
Q  217 agctagcagnnnnnnnnnnnncataattgcaacctttgaacaaataaacataattgtgaggattaagatnnnnnnnnccatggtgttttactaatactta 316  Q
    |||||||||            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||          ||  |       |||||||||    
T  40035060 agctagcagaaaaacaaaaaacataattgcaacctttgaacaaataaacataattgtgaggattaagataaaaaaaaaaatcat-------taatactta 40034968  T
Q  317 cactcaagctacatccactttcaaactgatcaacaactacaaaaaatttaaacttaattaacattcatattctaattgatcaacaactcaaaaatcctaa 416  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  40034967 cactcaagctacatccacattcaaactgatcaacaactacaaaaaatttaaacttaattaacattcatattctaattgatcaacaactcaaaaatcctaa 40034868  T
Q  417 cctttaacagcaatataattagatgaagttaacacttgcttgtttctaaattgaagaaaagtggcaacaaatgaaaaatctttgactctgttagatgaaa 516  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  40034867 cctttaatagcaatataattagatgaagttaacacttgcttgtttcttaattgaagaaaagtggcaataaatgaaaaatctttgactctgttagatgaaa 40034768  T
Q  517 atcaacggttgactccggtaatgaaaagtctttagacaagttggccaatgctacaaagcttcgtgaggttgggattttagttgagttattgattgtgtga 616  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||| |||||    
T  40034767 atcaacggttgactccggtaatgaaaagtctttagacaagttggccaatgctacaaagcttcgcgaggttgggattttagttgagttgttgattttgtga 40034668  T
Q  617 cctacatttggatttatgtaatagtcaactttgtataatgtgactgactattt----------tactctttaagattttatgacattccgtaatttgatt 706  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||          |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  40034667 cctacatttggatttatgtaatagtcaactttgtataatgtgactgactattttagcttgtactactctttaagattttatgacattccgtaatttgatt 40034568  T
Q  707 aatgttatttcgcaagtttacaatgtgaatatttttaaaatgaaaaataatcctataattttactggatttttctaacctatgcaacattacatagtata 806  Q
     ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||| |||    
T  40034567 tatgttatttcgcaagtttacaatgtgaatgtttttaaaatgaaaaataatcctataattttactggatttttttaacctatgcaacattgcataggata 40034468  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University