View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF1591_low_2 (Length: 677)

Name: NF1591_low_2
Description: NF1591
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF1591_low_2
NF1591_low_2
[»] chr2 (3 HSPs)
chr2 (17-670)||(1355027-1355680)
chr2 (17-569)||(1361913-1362465)
chr2 (30-501)||(20492711-20493182)
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (30-550)||(11531889-11532409)
[»] chr4 (2 HSPs)
chr4 (30-542)||(29954576-29955088)
chr4 (30-547)||(51369360-51369877)
[»] chr6 (3 HSPs)
chr6 (30-542)||(12846554-12847066)
chr6 (17-501)||(14622644-14623128)
chr6 (17-501)||(14588986-14589470)


Alignment Details
Target: chr2 (Bit Score: 610; Significance: 0; HSPs: 3)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 610; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 17 - 670
Target Start/End: Original strand, 1355027 - 1355680
Alignment:
Q  17 aagttgagtcaggaagatttaactgagttggcttatggaattgagctttctgggttgcctttcttttggactttgaagaatctgaaagagggtacacttg 116  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1355027 aagttgagtcaggaagatttaactgagttggcttatggaattgagctttctgggttgtctttcttttggactttgaagaatctgaaagagggtacacttg 1355126  T
Q  117 aattacctgaaggatttgaggaaagaacgaaagaacgcggaattgtttggaagacatgggcacctcagcttaaaatcttagctcatggagcaattggtgg 216  Q
    |||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  1355127 aattacctgaaggattcgaggaaaggacgaaagaacgcggaattgtttggaagacatgggcacctcagcttaagatcttagctcatggagcaattggtgg 1355226  T
Q  217 atgtatgagtcactgtggttctggttctgttattgaaaaggttcattttggccatgtccttgtgacactgccttatttgcttgaccaatgtttgttttca 316  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  1355227 atgtatgagtcattgtggttctggttctgttattgaaaaggttcattttggccatgttcttgtgacactgccttatttgcttgaccagtgtttgttttca 1355326  T
Q  317 agggcattggtggaaaagggagtggctgttgaggtaccaaggagtgaggaagatgggtcttttactagggactctgtggctcactcattgaggttggcaa 416  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1355327 agggcattggtggaaaaggaagtggctgttgaagtaccaaggagtgaggaagatgggtcttttactagggactctgtggctcactcattgaggttggcaa 1355426  T
Q  417 ttgtggatgaggaaggaagtagtttcaggaacaatgcaaaagagttggggaaggttttcagttcaaaagatattcacaatcaatatattgatgactttat 516  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1355427 ttgtggatgaggaaggaagtagtttcaggaacaatgctaaagagttggggaaggttttcagttcaaaagatattcacaatcaatatattgatgactttat 1355526  T
Q  517 tgctgctctttacaagtatagggttccttccaattccaacaactaagtagactagtaattttgtatcatgtgtttcccttcttctcataatcaatatatt 616  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1355527 tgctgctctttacaagtatagggttccttccaattccaacaactaagtagactagtaattttgtatcatgtgtttcccttcttctcataatcaatatatt 1355626  T
Q  617 tattgtgatttttgttttgcaataaaaggttttattttagtttccttcatctca 670  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  1355627 tattgtgatttttgttttgcaataaaaggttttattttagtttccttcttctca 1355680  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 485; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 17 - 569
Target Start/End: Original strand, 1361913 - 1362465
Alignment:
Q  17 aagttgagtcaggaagatttaactgagttggcttatggaattgagctttctgggttgcctttcttttggactttgaagaatctgaaagagggtacacttg 116  Q
    |||||||||||| | |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1361913 aagttgagtcagaatgatttaactgagttggctcatggaattgagctttctgggttgtctttcttttgggctttgaagaatctgaaagagggtacacttg 1362012  T
Q  117 aattacctgaaggatttgaggaaagaacgaaagaacgcggaattgtttggaagacatgggcacctcagcttaaaatcttagctcatggagcaattggtgg 216  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1362013 aattacctgaaggatttgaggaaagaacgaaagaacgcggaattgtttggaagacatgggcacctcagcttaaaatcttagctcatggagcaattggtgg 1362112  T
Q  217 atgtatgagtcactgtggttctggttctgttattgaaaaggttcattttggccatgtccttgtgacactgccttatttgcttgaccaatgtttgttttca 316  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1362113 atgtatgagtcactgtggttctggttctgttattgagaaggttcatttcggccatgttcttgtgacactgccttatttgcttgaccaatgtttgttttca 1362212  T
Q  317 agggcattggtggaaaagggagtggctgttgaggtaccaaggagtgaggaagatgggtcttttactagggactctgtggctcactcattgaggttggcaa 416  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1362213 agggcattggtggaaaagggagtggctgttgaggtaccaaggagtgaggaagatgggtcttttactagggactctgtggctcactcattgaggttggcaa 1362312  T
Q  417 ttgtggatgaggaaggaagtagtttcaggaacaatgcaaaagagttggggaaggttttcagttcaaaagatattcacaatcaatatattgatgactttat 516  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||  | ||    
T  1362313 ttgtggatgaggaaggaagtagtttcaggaacaatgctaaagagttggggaaagttttcagttcaaaagatattcataatcaatatattgatgatctcat 1362412  T
Q  517 tgctgctctttacaagtatagggttccttccaattccaacaactaagtagact 569  Q
    ||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||| |||||||    
T  1362413 tgctgctctttacaagtataggaatccttccaattccaacaactaggtagact 1362465  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 188; E-Value: 1e-101
Query Start/End: Original strand, 30 - 501
Target Start/End: Original strand, 20492711 - 20493182
Alignment:
Q  30 aagatttaactgagttggcttatggaattgagctttctgggttgcctttcttttggactttgaagaatctgaaagagggtacacttgaattacctgaagg 129  Q
    ||||| |||||||||| ||| ||||||||||||  ||| |||| |||||||||||| ||||||| || || ||||| ||||||||||||||||| |||||    
T  20492711 aagatctaactgagttagctcatggaattgagcaatctaggttacctttcttttgggctttgaaaaaccttaaagaaggtacacttgaattacccgaagg 20492810  T
Q  130 atttgaggaaagaacgaaagaacgcggaattgtttggaagacatgggcacctcagcttaaaatcttagctcatggagcaattggtggatgtatgagtcac 229  Q
    |||||| |||||||| ||||||   ||||| |||||||| ||||||||||| ||||| || ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||     
T  20492811 atttgaagaaagaacaaaagaatatggaatcgtttggaaaacatgggcaccacagctaaagatcttagctcatggatcaattggtggatgtatgagtcat 20492910  T
Q  230 tgtggttctggttctgttattgaaaaggttcattttggccatgtccttgtgacactgccttatttgcttgaccaatgtttgttttcaagggcattggtgg 329  Q
    |||||||| ||||| || ||||| ||| |||||||||| ||||| ||||||||| ||||||||||  |||| ||||||||||||||||| | | | |  |    
T  20492911 tgtggttcaggttcagtcattgagaagcttcattttgggcatgtacttgtgacattgccttatttaattgatcaatgtttgttttcaagagaactagaag 20493010  T
Q  330 aaaagggagtggctgttgaggtaccaaggagtgaggaagatgggtcttttactagggactctgtggctcactcattgaggttggcaattgtggatgagga 429  Q
    ||| |  | ||||| ||||||||||||||| |||| |||||||||| ||||||||||||||| | ||  |  |||||||||||||||| |||||||||||    
T  20493011 aaaggaaattggctattgaggtaccaaggaatgagcaagatgggtcctttactagggactctatagccaaaacattgaggttggcaatagtggatgagga 20493110  T
Q  430 aggaagtagtttcaggaacaatgcaaaagagttggggaaggttttcagttcaaaagatattcacaatcaata 501  Q
    ||||||||  |  || || ||||| |||||  |||| ||| ||||| ||||||||||| |||||||| ||||    
T  20493111 aggaagtatctatagaaaaaatgccaaagatatgggaaagattttcggttcaaaagatcttcacaatgaata 20493182  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 245; Significance: 1e-135; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 245; E-Value: 1e-135
Query Start/End: Original strand, 30 - 550
Target Start/End: Original strand, 11531889 - 11532409
Alignment:
Q  30 aagatttaactgagttggcttatggaattgagctttctgggttgcctttcttttggactttgaagaatctgaaagagggtacacttgaattacctgaagg 129  Q
    ||||| ||| |||||| ||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||| |||     
T  11531889 aagatctaattgagttagctcatggaattgagctttctaggttgcctttcttttgggctttgaaaaatcttaaagagggtacacttgaattacctaaaga 11531988  T
Q  130 atttgaggaaagaacgaaagaacgcggaattgtttggaagacatgggcacctcagcttaaaatcttagctcatggagcaattggtggatgtatgagtcac 229  Q
    ||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||| ||||||||||| || ||||| |||||||| |||||| |||| ||||||||||||||||||    
T  11531989 atttgaggaaagaacaaaagaacgtggaattgtttggaaaacatgggcaccacaacttaagatcttagcacatggatcaatcggtggatgtatgagtcac 11532088  T
Q  230 tgtggttctggttctgttattgaaaaggttcattttggccatgtccttgtgacactgccttatttgcttgaccaatgtttgttttcaagggcattggtgg 329  Q
    |||||||| ||||| || ||||| ||| |||||||||| ||||  ||||||||| ||||||||||  |||||||||||||||| ||||| | | | |  |    
T  11532089 tgtggttcaggttcagtcattgagaagcttcattttgggcatgctcttgtgacattgccttatttaattgaccaatgtttgttctcaagagtactagaag 11532188  T
Q  330 aaaagggagtggctgttgaggtaccaaggagtgaggaagatgggtcttttactagggactctgtggctcactcattgaggttggcaattgtggatgagga 429  Q
    |||||  ||||||| |||||||||||||||||||| |||| ||||| |||||||||||||| || ||  |  |||||||||||| |||  ||||||||||    
T  11532189 aaaagaaagtggctattgaggtaccaaggagtgagaaagacgggtcctttactagggactcagtagccaaaacattgaggttggtaataatggatgagga 11532288  T
Q  430 aggaagtagtttcaggaacaatgcaaaagagttggggaaggttttcagttcaaaagatattcacaatcaatatattgatgactttattgctgctctttac 529  Q
    ||||||||  | ||| |||||||| |||||  |||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||| || ||||||| ||||||| |     
T  11532289 aggaagtacgtacagaaacaatgccaaagatatgggaaaggttttcagttcaaaagatcttcacaatcaatacattgaagattttattgttgctcttcaa 11532388  T
Q  530 aagtatagggttccttccaat 550  Q
    |||||||| |||| |||||||    
T  11532389 aagtatagagttcattccaat 11532409  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 242; Significance: 1e-134; HSPs: 2)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 242; E-Value: 1e-134
Query Start/End: Original strand, 30 - 542
Target Start/End: Original strand, 29954576 - 29955088
Alignment:
Q  30 aagatttaactgagttggcttatggaattgagctttctgggttgcctttcttttggactttgaagaatctgaaagagggtacacttgaattacctgaagg 129  Q
    ||||| |||||||||| ||  ||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||| ||||    
T  29954576 aagatctaactgagttagcgcatggaattgagctttctaggttgcctttcttttgggctttgaaaaatcttaaagagggtacacttgaattacctaaagg 29954675  T
Q  130 atttgaggaaagaacgaaagaacgcggaattgtttggaagacatgggcacctcagcttaaaatcttagctcatggagcaattggtggatgtatgagtcac 229  Q
    ||||||||||||||| |||||| | ||||| |||||||| |||||||||||||| ||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||     
T  29954676 atttgaggaaagaacaaaagaatgtggaatcgtttggaaaacatgggcacctcaacttaagatcttagctcatggatcaattggtggatgtatgagtcat 29954775  T
Q  230 tgtggttctggttctgttattgaaaaggttcattttggccatgtccttgtgacactgccttatttgcttgaccaatgtttgttttcaagggcattggtgg 329  Q
    |||||||| ||||| || ||||| ||| |||||||||| ||||||||||||||| |||||||||| | ||||||||||||||||||||| ||| | |  |    
T  29954776 tgtggttcaggttcagtcattgagaagcttcattttgggcatgtccttgtgacattgccttatttacctgaccaatgtttgttttcaagagcactagaag 29954875  T
Q  330 aaaagggagtggctgttgaggtaccaaggagtgaggaagatgggtcttttactagggactctgtggctcactcattgaggttggcaattgtggatgagga 429  Q
    |||||   |||||  |||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||  | || ||  |||||||||||||||| |||||||||||    
T  29954876 aaaagaaggtggcaattgaggtaccaaggagtgagcaagatgggtcctttactagggactcgatagcccaaacattgaggttggcaatagtggatgagga 29954975  T
Q  430 aggaagta-gtttcaggaacaatgcaaaagagttggggaaggttttcagttcaaaagatattcacaatcaatatattgatgactttattgctgctcttta 528  Q
    |||||||| || || |||| ||||| |||||  |||  ||||||||||||||||||||| |||||||| |||| ||| | ||  | |||||||||||| |    
T  29954976 aggaagtatgtatc-ggaataatgccaaagatatggaaaaggttttcagttcaaaagatcttcacaatgaatacattaaagatgtcattgctgctcttca 29955074  T
Q  529 caagtatagggttc 542  Q
     |||||||| ||||    
T  29955075 aaagtatagagttc 29955088  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 158; E-Value: 1e-83
Query Start/End: Original strand, 30 - 547
Target Start/End: Complemental strand, 51369877 - 51369360
Alignment:
Q  30 aagatttaactgagttggcttatggaattgagctttctgggttgcctttcttttggactttgaagaatctgaaagagggtacacttgaattacctgaagg 129  Q
    |||||||||||||||| ||| |||||||||| ||||||||||| |||||||||||| |||||||  |||  ||||| |||  |  |||||||||| ||||    
T  51369877 aagatttaactgagttagctcatggaattgaactttctgggttacctttcttttgggctttgaaagatcgtaaagacggtgtatctgaattacctcaagg 51369778  T
Q  130 atttgaggaaagaacgaaagaacgcggaattgtttggaagacatgggcacctcagcttaaaatcttagctcatggagcaattggtggatgtatgagtcac 229  Q
    ||| ||||||||||| |||||||| |||||||||||||| || |||| ||| ||| | |||||||||||||||  | |||||||||||||||||||||||    
T  51369777 attcgaggaaagaacaaaagaacgtggaattgtttggaaaacctgggtaccccagatcaaaatcttagctcatccatcaattggtggatgtatgagtcac 51369678  T
Q  230 tgtggttctggttctgttattgaaaaggttcattttggccatgtccttgtgacactgccttatttgcttgaccaatgtttgttttcaagggcattggtgg 329  Q
    ||||||    |||| ||  |||| | | ||||| |||| ||||| ||||| ||| |||||||| | |||||||| ||||||| | ||||   | | |  |    
T  51369677 tgtggtggaagttcagtcgttgagatgcttcatcttgggcatgttcttgtcacattgccttatatacttgaccagtgtttgtatgcaagattactagaag 51369578  T
Q  330 aaaagggagtggctgttgaggtaccaaggagtgaggaagatgggtcttttactagggactctgtggctcactcattgaggttggcaattgtggatgagga 429  Q
    |||||  |||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||| ||  |  |||||||||||| ||| |||||||||||    
T  51369577 aaaagaaagtggctgttgaagtaccaaggagtgagcaagatgggtcctttactagggactctgtagccaaaacattgaggttggtaatagtggatgagga 51369478  T
Q  430 aggaagtagtttcaggaacaatgcaaaagagttggggaaggttttcagttcaaaagatattcacaatcaatatattgatgactttattgctgctctttac 529  Q
    ||| || |  | |||||| ||||| |||||  |||| ||  ||||||||||||||||| ||||||||||||| ||| | || || || ||||||||| |     
T  51369477 aggtagcacgtgcaggaaaaatgctaaagatatgggaaaaattttcagttcaaaagatcttcacaatcaatacattaaagatttaatcgctgctcttcaa 51369378  T
Q  530 aagtatagggttccttcc 547  Q
    ||| |||| |||| ||||    
T  51369377 aagcatagagttcattcc 51369360  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 189; Significance: 1e-102; HSPs: 3)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 189; E-Value: 1e-102
Query Start/End: Original strand, 30 - 542
Target Start/End: Original strand, 12846554 - 12847066
Alignment:
Q  30 aagatttaactgagttggcttatggaattgagctttctgggttgcctttcttttggactttgaagaatctgaaagagggtacacttgaattacctgaagg 129  Q
    ||||| |||| || || ||| ||||||||||||||||| |||| |||||||||||| ||||||| || || ||| ||||||||||||| |||||| ||||    
T  12846554 aagatctaaccgaattagctcatggaattgagctttctaggttacctttcttttgggctttgaaaaacctaaaaaagggtacacttgagttacctaaagg 12846653  T
Q  130 atttgaggaaagaacgaaagaacgcggaattgtttggaagacatgggcacctcagcttaaaatcttagctcatggagcaattggtggatgtatgagtcac 229  Q
    ||| || ||  |||| |||||||| |||||||||||||| ||||||||||| |||||||| |||||| | |||||||||||||| || |||||||||||     
T  12846654 attcgaagatcgaaccaaagaacgtggaattgtttggaaaacatgggcaccccagcttaagatcttatcccatggagcaattggggggtgtatgagtcat 12846753  T
Q  230 tgtggttctggttctgttattgaaaaggttcattttggccatgtccttgtgacactgccttatttgcttgaccaatgtttgttttcaagggcattggtgg 329  Q
    |||||||| ||||| || ||||| ||| | |||||||| ||||| ||||| ||| ||||||||||||| || ||||||||||||||||| | | | |  |    
T  12846754 tgtggttcaggttcagtcattgagaagctccattttggacatgttcttgttacattgccttatttgctagatcaatgtttgttttcaagagaactagctg 12846853  T
Q  330 aaaagggagtggctgttgaggtaccaaggagtgaggaagatgggtcttttactagggactctgtggctcactcattgaggttggcaattgtggatgagga 429  Q
    |||||  ||||||  ||||||| ||||| |||||||| |||||||| ||||||||||||| ||| || |   |||||||||| |||||  ||||||  ||    
T  12846854 aaaagaaagtggccattgaggttccaagaagtgaggaggatgggtcctttactagggactttgtagccctaacattgaggttagcaataatggatgccga 12846953  T
Q  430 aggaagtagtttcaggaacaatgcaaaagagttggggaaggttttcagttcaaaagatattcacaatcaatatattgatgactttattgctgctctttac 529  Q
    ||||| || || ||||||||||||||||||| |||| ||| ||||||||||||||||  |||||||  |||| ||||| || || |||||||||||| |     
T  12846954 aggaattatttacaggaacaatgcaaaagagatgggcaagattttcagttcaaaagaacttcacaaaaaatacattgaagatttcattgctgctcttcaa 12847053  T
Q  530 aagtatagggttc 542  Q
    |||||||||||||    
T  12847054 aagtatagggttc 12847066  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 177; E-Value: 5e-95
Query Start/End: Original strand, 17 - 501
Target Start/End: Original strand, 14622644 - 14623128
Alignment:
Q  17 aagttgagtcaggaagatttaactgagttggcttatggaattgagctttctgggttgcctttcttttggactttgaagaatctgaaagagggtacacttg 116  Q
    ||||| |||||  ||||| |||||||||| ||| ||||||||||||||||| |||| || ||||||||| |||| ||  |||| |||||||||  |||||    
T  14622644 aagttaagtcaacaagatataactgagttagctcatggaattgagctttctaggttaccgttcttttgggctttaaaagatcttaaagagggtgtacttg 14622743  T
Q  117 aattacctgaaggatttgaggaaagaacgaaagaacgcggaattgtttggaagacatgggcacctcagcttaaaatcttagctcatggagcaattggtgg 216  Q
    |||| ||| |||| || ||||||||||| ||||||||||||||||||||||| || |||||||| ||| |||| |||||| |||||| | ||||| ||||    
T  14622744 aattgcctaaagggttcgaggaaagaacaaaagaacgcggaattgtttggaaaacttgggcaccccagtttaagatcttaactcatgaatcaattagtgg 14622843  T
Q  217 atgtatgagtcactgtggttctggttctgttattgaaaaggttcattttggccatgtccttgtgacactgccttatttgcttgaccaatgtttgttttca 316  Q
     ||||||| ||| |||||| |  |||| || ||||||| | ||||| |||| ||||| ||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||| ||    
T  14622844 ttgtatgactcattgtggtcccagttcagtcattgaaatgcttcatcttgggcatgttcttgtgacattgccttatttacttgaccaatgtttgtttgca 14622943  T
Q  317 agggcattggtggaaaagggagtggctgttgaggtaccaaggagtgaggaagatgggtcttttactagggactctgtggctcactcattgaggttggcaa 416  Q
    || | | | |  ||||||  ||||||||||||||||||||||||||||  ||||||| |  ||| |||||||| ||| ||| |  |||||||||||| ||    
T  14622944 agagtactagaagaaaagaaagtggctgttgaggtaccaaggagtgagccagatggggccattaatagggactgtgttgctaaaacattgaggttggtaa 14623043  T
Q  417 ttgtggatgaggaaggaagtagtttcaggaacaatgcaaaagagttggggaaggttttcagttcaaaagatattcacaatcaata 501  Q
    | ||||||||||||||||||| || |||||||||||| |||||  |||| |||||| | |||||||||||| |||||||| ||||    
T  14623044 tagtggatgaggaaggaagtatttacaggaacaatgccaaagacatgggaaaggttgtgagttcaaaagatcttcacaatgaata 14623128  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 173; E-Value: 1e-92
Query Start/End: Original strand, 17 - 501
Target Start/End: Original strand, 14588986 - 14589470
Alignment:
Q  17 aagttgagtcaggaagatttaactgagttggcttatggaattgagctttctgggttgcctttcttttggactttgaagaatctgaaagagggtacacttg 116  Q
    ||||| |||||  ||||| |||||||||| ||| ||||||||||||||||| |||| || ||||||||| |||| ||  |||| |||||||||  |||||    
T  14588986 aagttaagtcaacaagatataactgagttagctcatggaattgagctttctaggttaccgttcttttgggctttaaaagatcttaaagagggtgtacttg 14589085  T
Q  117 aattacctgaaggatttgaggaaagaacgaaagaacgcggaattgtttggaagacatgggcacctcagcttaaaatcttagctcatggagcaattggtgg 216  Q
    |||| ||| |||| || ||||||||||| ||||||||||||||||||||||| || |||| ||| ||| |||| |||||| |||||||| ||||||||||    
T  14589086 aattgcctaaagggttcgaggaaagaacaaaagaacgcggaattgtttggaaaacttgggtaccccagtttaagatcttaactcatggatcaattggtgg 14589185  T
Q  217 atgtatgagtcactgtggttctggttctgttattgaaaaggttcattttggccatgtccttgtgacactgccttatttgcttgaccaatgtttgttttca 316  Q
     ||||||| ||| |||||| |  |||| ||  |||||| | || || |||| ||||| ||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||| ||    
T  14589186 ttgtatgactcattgtggtccaagttcagtctttgaaatgctttatcttgggcatgttcttgtgacattgccttatttacttgaccaatgtttgtttgca 14589285  T
Q  317 agggcattggtggaaaagggagtggctgttgaggtaccaaggagtgaggaagatgggtcttttactagggactctgtggctcactcattgaggttggcaa 416  Q
    || | | | |  ||||||  ||||||||||||||||||||||||||||  ||||||| |  ||| |||||||| ||| ||| |  |||||||||||| ||    
T  14589286 agagtactagaagaaaagaaagtggctgttgaggtaccaaggagtgagccagatggggccattaatagggactgtgttgctaaaacattgaggttggtaa 14589385  T
Q  417 ttgtggatgaggaaggaagtagtttcaggaacaatgcaaaagagttggggaaggttttcagttcaaaagatattcacaatcaata 501  Q
    | ||||||||||||||||||| || |||||||||||| |||||  |||| |||||| | |||||||||||| |||||||| ||||    
T  14589386 tagtggatgaggaaggaagtatttacaggaacaatgccaaagaaatgggaaaggttgtgagttcaaaagatcttcacaatgaata 14589470  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University