View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF1592-INSERTION-11 (Length: 564)

Name: NF1592-INSERTION-11
Description: NF1592
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF1592-INSERTION-11
NF1592-INSERTION-11
[»] chr5 (15 HSPs)
chr5 (8-564)||(1163929-1164485)
chr5 (40-564)||(1849313-1849837)
chr5 (51-551)||(3298832-3299353)
chr5 (51-551)||(3391725-3392246)
chr5 (302-552)||(38987306-38987556)
chr5 (302-546)||(40417896-40418140)
chr5 (302-552)||(39726028-39726269)
chr5 (302-552)||(39879430-39879671)
chr5 (302-544)||(39168516-39168749)
chr5 (33-161)||(38987025-38987153)
chr5 (33-165)||(39725747-39725879)
chr5 (308-529)||(39399520-39399735)
chr5 (74-218)||(39879188-39879332)
chr5 (74-164)||(40411893-40411983)
chr5 (308-552)||(40596251-40596485)
[»] chr4 (2 HSPs)
chr4 (308-536)||(25912538-25912766)
chr4 (33-143)||(25912945-25913057)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 528; Significance: 0; HSPs: 15)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 528; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 8 - 564
Target Start/End: Complemental strand, 1164485 - 1163929
Alignment:
Q  8 attgcaaattgcaattggnnnnnnnttaggtcagaaagtgtcgaagatggaggaaggatggcgtgctgttgtgaatgttcgtcaacaacatgtttctgaa 107  Q
    ||||||||||||||||||       |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1164485 attgcaaattgcaattggaaaaaaattaggtcagaaagtgtcgaagatggaggaaggatggcgtgctgttgtgaatgttcgtcaacaacatgtttctgaa 1164386  T
Q  108 ctgcgtactttgtttcatttggagcaggtcagcgtttggaaccatcttggtatcgttggaaattttcggagaatcgaatacaacatcaatgaaggtttgt 207  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1164385 ctgcgtactttgtttcatttggagcaggtcagcgtttggaaccatcttggtatcgttggaaattttcggagaatcgaatacaacatcaatgaaggtttgt 1164286  T
Q  208 ctttctatttcaatagcttatctgatgctgcggaagttgtcaatattatagtggacatacttcctgcccaggttcagtggaacaagattgatccatacct 307  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1164285 ctttctatttcaatagcttatctgatgctgcggaagttgtcaatcttatagtggacatacttcctgcccaggttcagtggaacaagattgatccatacct 1164186  T
Q  308 tttttctgctgaaatcgtcccaatttgctgcggggatttgattattctgcctagtaatattgctgcttctttaggtccaaatattggtcctattgttatt 407  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1164185 tttttctgttgaaatcgtcccaatttgctgcggggatttgattattctgcctagtaatattgctgcttctttaggtccaaatattggtcctattgttatt 1164086  T
Q  408 tgtactagggttgccaaaacatttactttgcttgatccatttaccttgacccactgtttcttaaaggctggtcaatactgggatgcacccttcacgcctt 507  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1164085 tgtactagggttgccaaaacatttactttgcttgatccatttaccttgacccactgtttcttaaaggctggtcaatactgggatgcacccttcacgcctt 1163986  T
Q  508 cattctctaggcctcagttagtggaatatgctgttctcggtattgagaaattagatg 564  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1163985 cattctctaggcctcagttagtggaatatgctgttctcggtattgagaaattagatg 1163929  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 409; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 40 - 564
Target Start/End: Original strand, 1849313 - 1849837
Alignment:
Q  40 agaaagtgtcgaagatggaggaaggatggcgtgctgttgtgaatgttcgtcaacaacatgtttctgaactgcgtactttgtttcatttggagcaggtcag 139  Q
    ||||||||||||||||||||||||| |   ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1849313 agaaagtgtcgaagatggaggaagggttttgtgctgttgtgaatgttcgtcaacaacatgtttctgaactgcgtactttgtttcatttggagcaggtcag 1849412  T
Q  140 cgtttggaaccatcttggtatcgttggaaattttcggagaatcgaatacaacatcaatgaaggtttgtctttctatttcaatagcttatctgatgctgcg 239  Q
    ||||| ||||||||| |||||| ||| |||  ||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||    
T  1849413 cgtttcgaaccatctcggtatccttgaaaagattcggagaatcaaatacaacatcgatgaaggtttgtctttctgtttcaatagcatatctgatgctgcg 1849512  T
Q  240 gaagttgtcaatattatagtggacatacttcctgcccaggttcagtggaacaagattgatccataccttttttctgctgaaatcgtcccaatttgctgcg 339  Q
     ||||||||||| |||||  || |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  1849513 aaagttgtcaatcttataacgggcatacttcctgccctggttcagtggaacaagattgatccataccttttttctgttgaaatcgtcccaatttgctgcg 1849612  T
Q  340 gggatttgattattctgcctagtaatattgctgcttctttaggtccaaatattggtcctattgttatttgtactagggttgccaaaacatttactttgct 439  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  1849613 gggatttgattattctgcctagtaatattgctgcttctttaggtccaaatattggtcctattgttatttgtactagggttgccagaacatttactttgct 1849712  T
Q  440 tgatccatttaccttgacccactgtttcttaaaggctggtcaatactgggatgcacccttcacgccttcattctctaggcctcagttagtggaatatgct 539  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |    
T  1849713 tgatccatttaccttgacccgctgtttcttaaaggctgatcgttactgggatgcacccttcacgccttcattctctaggcatcagttagtggaatatgtt 1849812  T
Q  540 gttctcggtattgagaaattagatg 564  Q
    ||||||||||| |||||||||||||    
T  1849813 gttctcggtatcgagaaattagatg 1849837  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 260; E-Value: 1e-144
Query Start/End: Original strand, 51 - 551
Target Start/End: Original strand, 3298832 - 3299353
Alignment:
Q  51 aagatggaggaaggatggcgtgctgttgtgaatgttcgtcaacaacatgtttctgaactgcgtactttgtttcatttggagcaggtcagcgtttggaacc 150  Q
    |||||||||||||| |||  || |||| |||||||||||||||||||||||| | |||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |     
T  3298832 aagatggaggaagggtgggttggtgttttgaatgttcgtcaacaacatgtttgtcaactacgtactttgtttcatttggagcagatcagcgtttggacca 3298931  T
Q  151 atcttggtatcgttggaaattttcggagaatcgaatacaacatcaatga------aggtttgtctttctatttcaatagcttatctgatgctgcggaagt 244  Q
    |||||  |||  || |  || ||  ||||||| || |||| ||| ||||      |||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||| ||    
T  3298932 atcttactatgcttagtcatattatgagaatcaaaaacaaaatcgatgacgatgaaggtttgtctttctgtttcaatagcttatctgatgctacggatgt 3299031  T
Q  245 tgtcaatattatagtggacatacttcctgcccaggttcagtggaacaagatt--gatcc-------------ataccttttttctgctgaaatcgtccca 329  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||| || |||||| || ||| | || |  ||| |             || | ||||||||| |||||||||||||    
T  3299032 tgtcaatcttatagtggacatacttccttccaaggttcggttgaatatgaatatgattcctcctgaagaaagatgcattttttctgttgaaatcgtccca 3299131  T
Q  330 atttgctgcggggatttgattattctgcctagtaatattgctgcttctttaggtccaaatattggtcctattgttatttgtactagggttgccaaaacat 429  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||    
T  3299132 atttgttgcggggatttgattattctgcctagtcatattgctgcttctttcggtccaaatattggtcctattgtcatttgtactagggttgccaaaatat 3299231  T
Q  430 ttactttgcttgatccatttaccttgacccactgtttcttaaaggctggtcaatactgggatgcacccttcacgccttcattctctaggcctcagttagt 529  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3299232 ttactttgcttgatccatttaccttgacccactgtttcttaaaggctggtcaatactgggatgcacccttcacgccttcattctctaggcctcagttagt 3299331  T
Q  530 ggaatatgctgttctcggtatt 551  Q
    |||||||| |||||||||||||    
T  3299332 ggaatatgttgttctcggtatt 3299353  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 252; E-Value: 1e-140
Query Start/End: Original strand, 51 - 551
Target Start/End: Original strand, 3391725 - 3392246
Alignment:
Q  51 aagatggaggaaggatggcgtgctgttgtgaatgttcgtcaacaacatgtttctgaactgcgtactttgtttcatttggagcaggtcagcgtttggaacc 150  Q
    |||||||||||||| |||  || |||| |||||||||||||||||||||||| | |||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |     
T  3391725 aagatggaggaagggtgggttggtgttttgaatgttcgtcaacaacatgtttgtcaactacgtactttgtttcatttggagcagatcagcgtttggacca 3391824  T
Q  151 atcttggtatcgttggaaattttcggagaatcgaatacaacatcaatga------aggtttgtctttctatttcaatagcttatctgatgctgcggaagt 244  Q
    || ||  ||   || |  || ||  ||||||| || |||| ||| ||||      |||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||| ||    
T  3391825 attttactaagcttagtcatattatgagaatcaaaaacaaaatcgatgacgatgaaggtttgtctttctgtttcaatagcttatctgatgctacggatgt 3391924  T
Q  245 tgtcaatattatagtggacatacttcctgcccaggttcagtggaacaagatt--gatcc-------------ataccttttttctgctgaaatcgtccca 329  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||| || |||||| || ||| | || |  ||| |             || | ||||||||| |||||||||||||    
T  3391925 tgtcaatcttatagtggacatacttccttccaaggttcggttgaatatgaatatgattcctcctgaagaaagatgcattttttctgttgaaatcgtccca 3392024  T
Q  330 atttgctgcggggatttgattattctgcctagtaatattgctgcttctttaggtccaaatattggtcctattgttatttgtactagggttgccaaaacat 429  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||    
T  3392025 atttgttgcggggatttgattattctgcctagtcatattgctgcttctttcggtccaaatattggtcctattgtcatttgtactagggttgccaaaatat 3392124  T
Q  430 ttactttgcttgatccatttaccttgacccactgtttcttaaaggctggtcaatactgggatgcacccttcacgccttcattctctaggcctcagttagt 529  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3392125 ttactttgcttgatccatttaccttgacccactgtttcttaaaggctggtcaatactgggatgcacccttcacgccttcattctctaggcctcagttagt 3392224  T
Q  530 ggaatatgctgttctcggtatt 551  Q
    |||||||| |||||||||||||    
T  3392225 ggaatatgttgttctcggtatt 3392246  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 139; E-Value: 2e-72
Query Start/End: Original strand, 302 - 552
Target Start/End: Original strand, 38987306 - 38987556
Alignment:
Q  302 ataccttttttctgctgaaatcgtcccaatttgctgcggggatttgattattctgcctagtaatattgctgcttctttaggtccaaatattggtcctatt 401  Q
    |||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||  ||||||||  |||| ||| ||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  38987306 ataccttttttctgttgaaatcgtccccatttgctgcggggatttgatctttctgcctcctaatgttgttgcttctttgggtccaaatattggtcctatt 38987405  T
Q  402 gttatttgtactagggttgccaaaacatttactttgcttgatccatttaccttgacccactgtttcttaaaggctggtcaatactgggatgcacccttca 501  Q
    || || || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||  ||| |||||| | ||||| ||||    
T  38987406 gtcatatgcactagggttgccaaaacatttactttgcttgatccatttaccttgacccactgtttcttagatgctcatcagtactggaaagcaccattca 38987505  T
Q  502 cgccttcattctctaggcctcagttagtggaatatgctgttctcggtattg 552  Q
    | | |||||||  |||| |||||||||| ||||||| |||||||| |||||    
T  38987506 cacattcattcaataggactcagttagtcgaatatgttgttctcgatattg 38987556  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 125; E-Value: 4e-64
Query Start/End: Original strand, 302 - 546
Target Start/End: Original strand, 40417896 - 40418140
Alignment:
Q  302 ataccttttttctgctgaaatcgtcccaatttgctgcggggatttgattattctgcctagtaatattgctgcttctttaggtccaaatattggtcctatt 401  Q
    ||||||||||  || |||||||||||| ||||||||||||||||||||  ||||||||  |||| ||| ||||||||| |||  ||||||||||||||||    
T  40417896 atacctttttcgtgttgaaatcgtccccatttgctgcggggatttgatctttctgcctcctaatgttgttgcttctttcggtgaaaatattggtcctatt 40417995  T
Q  402 gttatttgtactagggttgccaaaacatttactttgcttgatccatttaccttgacccactgtttcttaaaggctggtcaatactgggatgcacccttca 501  Q
    || ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||  ||| |||||| | ||||| ||||    
T  40417996 gtcatttgcactagggttgccaaaacatttactttgcttgatccatttaccttgacccactgtttcttagatgctcatcagtactggaaagcaccattca 40418095  T
Q  502 cgccttcattctctaggcctcagttagtggaatatgctgttctcg 546  Q
    | | |||||||  |||| |||||||||| ||||||| ||||||||    
T  40418096 cacattcattcaataggactcagttagtcgaatatgttgttctcg 40418140  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 103; E-Value: 5e-51
Query Start/End: Original strand, 302 - 552
Target Start/End: Original strand, 39726028 - 39726269
Alignment:
Q  302 ataccttttttctgctgaaatcgtcccaatttgctgcggggatttgattattctgcctagtaatattgctgcttctttaggtccaaatattggtcctatt 401  Q
    |||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||  ||||||||  |||  ||| ||||||||| |||||||||||||            
T  39726028 ataccttttttctgttgaaatcgtccccatttgctgcggggatttgatctttctgcctcctaacgttgttgcttctttgggtccaaatattg-------- 39726119  T
Q  402 gttatttgtactagggttgccaaaacatttactttgcttgatccatttaccttgacccactgtttcttaaaggctggtcaatactgggatgcacccttca 501  Q
     | || || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||  ||| |||||| | ||||| ||||    
T  39726120 -tcatatgcactagggttgccaaaacatttactttgcttgatccatttaccttgacccactgtttcttagatgctcatcagtactggaaagcaccattca 39726218  T
Q  502 cgccttcattctctaggcctcagttagtggaatatgctgttctcggtattg 552  Q
    | | |||||||  |||| |||||||||| ||||||| |||||||| |||||    
T  39726219 cacattcattcaataggactcagttagtcgaatatgttgttctcgatattg 39726269  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 91; E-Value: 8e-44
Query Start/End: Original strand, 302 - 552
Target Start/End: Original strand, 39879430 - 39879671
Alignment:
Q  302 ataccttttttctgctgaaatcgtcccaatttgctgcggggatttgattattctgcctagtaatattgctgcttctttaggtccaaatattggtcctatt 401  Q
    ||||||||||  || | |||||||||| ||||||||||||||||||||  ||||||||  |||  ||| ||||||||| |||||||||||||            
T  39879430 atacctttttcgtgttaaaatcgtccccatttgctgcggggatttgatctttctgcctcctaacgttgttgcttctttgggtccaaatattg-------- 39879521  T
Q  402 gttatttgtactagggttgccaaaacatttactttgcttgatccatttaccttgacccactgtttcttaaaggctggtcaatactgggatgcacccttca 501  Q
     | || || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||  ||| |||||| | ||||| ||||    
T  39879522 -tcatatgcactagggttgccaaaacatttactttgcttgatccatttaccttgacccactgtttcttagatgctcatcagtactggaaagcaccattca 39879620  T
Q  502 cgccttcattctctaggcctcagttagtggaatatgctgttctcggtattg 552  Q
    | | |||||||  |||| |||||||||| ||||||| |||||||| |||||    
T  39879621 cacattcattcaataggactcagttagtcgaatatgttgttctcgatattg 39879671  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #9
Raw Score: 79; E-Value: 1e-36
Query Start/End: Original strand, 302 - 544
Target Start/End: Original strand, 39168516 - 39168749
Alignment:
Q  302 ataccttttttctgctgaaatcgtcccaatttgctgcggggatttgattattctgcctagtaatattgctgcttctttaggtccaaatattggtcctatt 401  Q
    ||||| ||||| || ||||||||||||||||| |||||| ||||||||| |||||||   ||||||||||||| || | ||| |||||||||            
T  39168516 ataccatttttttgttgaaatcgtcccaattttctgcggagatttgatttttctgccccctaatattgctgctactctcggtgcaaatattg-------- 39168607  T
Q  402 gttatttgtactagggttgccaaaacatttactttgcttgatccatttaccttgacccactgtttcttaaaggctggtcaatactgggatgcacccttca 501  Q
     |||| || |||||||||||||||| | ||||||| ||||||||||||||||||||    | || ||||||||||| | | |||||| ||||||||||||    
T  39168608 -ttatatgcactagggttgccaaaaaaattactttacttgatccatttaccttgactgctttttccttaaaggctgatgagtactggaatgcacccttca 39168706  T
Q  502 cgccttcattctctaggcctcagttagtggaatatgctgttct 544  Q
    ||| ||||||| ||||| ||||||||||| |||||| ||||||    
T  39168707 cgcattcattcactaggactcagttagtgaaatatgttgttct 39168749  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #10
Raw Score: 65; E-Value: 3e-28
Query Start/End: Original strand, 33 - 161
Target Start/End: Original strand, 38987025 - 38987153
Alignment:
Q  33 ttaggtcagaaagtgtcgaagatggaggaaggatggcgtgctgttgtgaatgttcgtcaacaacatgtttctgaactgcgtactttgtttcatttggagc 132  Q
    |||||||| ||||||  |||||||||| |||| |||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||| |||| |||||| | |||||||||||||    
T  38987025 ttaggtcaaaaagtggagaagatggagcaagggtggcgttctgttgtgaaagttcgtcaacaacatgtttctcaacttcgtactgtctttcatttggagc 38987124  T
Q  133 aggtcagcgtttggaaccatcttggtatc 161  Q
    || ||||||||  || | |||||||||||    
T  38987125 agatcagcgttatgaccaatcttggtatc 38987153  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #11
Raw Score: 65; E-Value: 3e-28
Query Start/End: Original strand, 33 - 165
Target Start/End: Original strand, 39725747 - 39725879
Alignment:
Q  33 ttaggtcagaaagtgtcgaagatggaggaaggatggcgtgctgttgtgaatgttcgtcaacaacatgtttctgaactgcgtactttgtttcatttggagc 132  Q
    |||||||| ||||||  |||||||||| |||| |||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||| |||| |||||| | |||||||||||||    
T  39725747 ttaggtcaaaaagtggagaagatggagcaagggtggcgttctgttgtgaaagttcgtcaacaacatgtttctcaacttcgtactgtctttcatttggagc 39725846  T
Q  133 aggtcagcgtttggaaccatcttggtatcgttg 165  Q
    || ||||||||  || | |||||| ||||||||    
T  39725847 agatcagcgttatgaccaatcttgctatcgttg 39725879  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #12
Raw Score: 63; E-Value: 4e-27
Query Start/End: Original strand, 308 - 529
Target Start/End: Original strand, 39399520 - 39399735
Alignment:
Q  308 tttttctgctgaaatcgtcccaatttgctgcggggatttgattattctgcctagtaatattgctgcttctttaggtccaaatattggtcctattgttatt 407  Q
    ||||| || |||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||  | || |||||||||| || ||| |||||||||         | ||     
T  39399520 tttttttgttgaaatcgtccccatttgctgcggggatttgatttttctgcctcctgatgttgctgcttcgttcggtgcaaatattg---------tcata 39399610  T
Q  408 tgtactagggttgccaaaacatttact---ttgcttgatccatttaccttgacccactgtttcttaaaggctggtcaatactgggatgcacccttcacgc 504  Q
    || |||||||||||||||| | |||||   ||||||||||||||||||||||||   | || ||||||||||| ||| |||||| ||||||| |||||||    
T  39399611 tgcactagggttgccaaaaaaattactactttgcttgatccatttaccttgaccgctttttccttaaaggctgatcactactggaatgcacctttcacgc 39399710  T
Q  505 cttcattctctaggcctcagttagt 529  Q
     |||||||  |||| ||||||||||    
T  39399711 attcattcaataggactcagttagt 39399735  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #13
Raw Score: 57; E-Value: 2e-23
Query Start/End: Original strand, 74 - 218
Target Start/End: Original strand, 39879188 - 39879332
Alignment:
Q  74 tgttgtgaatgttcgtcaacaacatgtttctgaactgcgtactttgtttcatttggagcaggtcagcgtttggaaccatcttggtatcgttggaaatttt 173  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| | | ||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||| |||| || |||||| |||| | ||   |    
T  39879188 tgttgtgaatgttcgtcaacaacatgtttgtcagctgcgtactttctttcatttggagcagatcagcgttttgaacaattttggtaccgttcgtaaagct 39879287  T
Q  174 cggagaatcgaatacaacatcaatgaaggtttgtctttctatttc 218  Q
      ||||||| ||||| ||||  |||||||||| ||||||| ||||    
T  39879288 aagagaatcaaatacgacattgatgaaggtttttctttctgtttc 39879332  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #14
Raw Score: 55; E-Value: 2e-22
Query Start/End: Original strand, 74 - 164
Target Start/End: Original strand, 40411893 - 40411983
Alignment:
Q  74 tgttgtgaatgttcgtcaacaacatgtttctgaactgcgtactttgtttcatttggagcaggtcagcgtttggaaccatcttggtatcgtt 164  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| | | ||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||| |||| || |||||| ||||    
T  40411893 tgttgtgaatgttcgtcaacaacatgtttgtcagctgcgtactttctttcatttggagcagatcagcgttttgaacaattttggtaccgtt 40411983  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #15
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000005
Query Start/End: Original strand, 308 - 552
Target Start/End: Original strand, 40596251 - 40596485
Alignment:
Q  308 tttttctgctgaaatcgtcccaatttgctgcggggatttgattattctgcctagtaatattgctgcttctttaggtccaaatattggtcctattgttatt 407  Q
    |||||||| |||||||||||| ||||||| ||||||||||||| ||||||||  |||  ||||  |   ||  |    ||||||| |||||||| | |||    
T  40596251 tttttctgttgaaatcgtccccatttgctacggggatttgatttttctgcctcctaaggttgcatccagttggg----aaatattagtcctattatcatt 40596346  T
Q  408 tgtactagggttgccaaaacatttactttgcttgatccatttaccttgacccactgtttcttaaaggctggtcaatactgggatgcacccttcacgcctt 507  Q
    ||||    |||||| |||| | ||||||||||||||   || |||||||   ||||| ||||||| | || ||| |||||| ||||||  ||||||||||    
T  40596347 tgta----ggttgctaaaagaattactttgcttgatt--ttcaccttgaggtactgtatcttaaatgttgatcagtactggaatgcacttttcacgcctt 40596440  T
Q  508 cattctctaggcctcagttagtggaatatgctgttctcggtattg 552  Q
    || || |||||  |||||||||||||||| |||| |||| |||||    
T  40596441 cactcactaggagtcagttagtggaatattctgtgctcgatattg 40596485  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 129; Significance: 2e-66; HSPs: 2)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 129; E-Value: 2e-66
Query Start/End: Original strand, 308 - 536
Target Start/End: Complemental strand, 25912766 - 25912538
Alignment:
Q  308 tttttctgctgaaatcgtcccaatttgctgcggggatttgattattctgcctagtaatattgctgcttctttaggtccaaatattggtcctattgttatt 407  Q
    ||||| || |||||||||||| |||| |||| ||||||||||| ||||||||  |||| |||||||||||||  ||  |||||||||||||||||| |||    
T  25912766 tttttttgttgaaatcgtccccattttctgctgggatttgatttttctgcctcctaatgttgctgcttctttcagtgtaaatattggtcctattgtcatt 25912667  T
Q  408 tgtactagggttgccaaaacatttactttgcttgatccatttaccttgacccactgtttcttaaaggctggtcaatactgggatgcacccttcacgcctt 507  Q
    || |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| || |||||||| ||||||| ||| |||||| ||||||||||||||||||    
T  25912666 tgcactagggttgccaaaacatttactttacttgatccatttaccttgactcattgtttcttgaaggctgatcagtactggaatgcacccttcacgcctt 25912567  T
Q  508 cattctctaggcctcagttagtggaatat 536  Q
     |||| |||||||||||||||| ||||||    
T  25912566 aattcactaggcctcagttagttgaatat 25912538  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 58; E-Value: 4e-24
Query Start/End: Original strand, 33 - 143
Target Start/End: Complemental strand, 25913057 - 25912945
Alignment:
Q  33 ttaggtcagaaagtgtcgaagatggaggaaggatggcgtgctgttgtgaatgttc--gtcaacaacatgtttctgaactgcgtactttgtttcatttgga 130  Q
    |||||||| ||| ||  ||||||||||||||| |||||  |||||||||||||||  ||||||||||||||| | ||||||||||||| |||||||||||    
T  25913057 ttaggtcaaaaaatgaagaagatggaggaagggtggcgctctgttgtgaatgttctcgtcaacaacatgtttgtcaactgcgtactttctttcatttgga 25912958  T
Q  131 gcaggtcagcgtt 143  Q
    |||| ||||||||    
T  25912957 gcagatcagcgtt 25912945  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University