View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF1592-INSERTION-6 (Length: 702)

Name: NF1592-INSERTION-6
Description: NF1592
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF1592-INSERTION-6
NF1592-INSERTION-6
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (7-702)||(53581644-53582341)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 597; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 597; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 7 - 702
Target Start/End: Original strand, 53581644 - 53582341
Alignment:
Q  7 attattaatgttaatataaggaggtgcaatgagcgtgacggtagttaggtgtttcatgaataaatgtcagtggaaattaaggaaaggtaagtaacgtaca 106  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  53581644 attataaatgttaatataaggaggtgcaatgagcgtgatggtagttaggtgtttcatgaataaatgtcagtggaaattaaggaaaggtaagtaacgtaca 53581743  T
Q  107 tatatgggatcttgttctacctcactaacttctcaatgctatatgggaatgtaaataacttcttgtaactaatctatacaaatttgatttgtttt-gttg 205  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||    
T  53581744 tatatgggatcttgttctacctcactaacttctcaatgctatatgggaatgtaaataacttcttgtaactaatctatacaaatttgatttttttttgttg 53581843  T
Q  206 aagagacaacaatgatttgtatgtttgttttccatactagtggtttgggaacaagcaatactattttttctccgaatatgcatagttgcgcgtttaacga 305  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  53581844 aagatacaacaatgatttgtatgtttgttttccatactagtggtttgggaacaagcaatactattttttctccgaatatgcatagttgcgcgtttaacga 53581943  T
Q  306 taatagtctaaagatagcttagtcatattcaccatacaataatatagtagtagtaaatacctaaatagtaccttaaagttatctcgttctcaagta-nnn 404  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||        
T  53581944 taatagtctaaagatagcttagccatattcaccatacaataatatagtagtagtaaatacctaaatagtaccttaaagttatctcgttctcaagtatttt 53582043  T
Q  405 nnnnnnnnnnnnnnnncaagttataacttataaggtttcatgagattttgtaatttaaagtaaccacactaacttacactagttttaatattatcacttg 504  Q
                    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  53582044 ttttttcttttcttttcaagttataacttataaggtttcatgagattttgtaatttaaagtaaccacactaacttacactagttttaatattatcacttg 53582143  T
Q  505 gggagccatggaataaacaaccactttcccatttgttatcgtccttttctagaatccgcttaactgaatatatggttccctagacgagccaattcttgta 604  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  53582144 gggagccatggaataaacaaccactttcccatttgttatcgtccttttctagaatccgcttaactgaatatatggttccctagacgagccaattcttgta 53582243  T
Q  605 acataacaactatgtcacctacaccccacaagaagttcaggggatcaattaggtctagcatatgttgggaatcaaagccaaccaattggtgtttcagt 702  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||    
T  53582244 acataacaactatgtcacctacaccccacaagaagttcaggggatcaattaggtctagcatatgttggtaatcaaagccaaccaattgttgtttcagt 53582341  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University