View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF15931_low_27 (Length: 261)

Name: NF15931_low_27
Description: NF15931
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF15931_low_27
NF15931_low_27
[»] chr4 (13 HSPs)
chr4 (2-238)||(4217981-4218217)
chr4 (1-215)||(3816936-3817150)
chr4 (1-234)||(3809353-3809586)
chr4 (1-234)||(3920295-3920528)
chr4 (1-209)||(3986335-3986543)
chr4 (1-238)||(3800928-3801163)
chr4 (1-234)||(4024572-4024805)
chr4 (1-238)||(3933515-3933752)
chr4 (1-217)||(4001646-4001860)
chr4 (1-217)||(3956056-3956272)
chr4 (1-217)||(4009336-4009552)
chr4 (1-203)||(4018057-4018259)
chr4 (4-217)||(3963835-3964048)
[»] chr5 (1 HSPs)
chr5 (1-238)||(13397287-13397524)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 169; Significance: 1e-90; HSPs: 13)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 169; E-Value: 1e-90
Query Start/End: Original strand, 2 - 238
Target Start/End: Original strand, 4217981 - 4218217
Alignment:
Q  2 gtcatgcatagatataacattatattcagaaatagttatgagagctttatcttgcaacctttctaacacaacagccactgaattatcactgtcagaatct 101  Q
    ||||||||||||||| ||||||| |||||||||||| || ||||||||||||| ||||||||||||| |||| ||||||||||||||||| ||| |||||    
T  4217981 gtcatgcatagatattacattatcttcagaaatagtaataagagctttatctttcaacctttctaacccaacggccactgaattatcactttcataatct 4218080  T
Q  102 ctcaataaatgtttcatgtaatccactttcaaattcaatccattgaaaaaacatgcaatatctaaaaaatacttttgctctaaacgatcaagatcatcat 201  Q
     |||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||    
T  4218081 ttcaataaaagtttcatgtaatccactttcaaattcaacccattgaagaaacatgcaatatctaaaaaatacttttgctctaagagatcaagatcatcat 4218180  T
Q  202 aattgagtctcattactttatcaacttcttgaattgg 238  Q
    || ||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  4218181 aactgagtctcattactttatcaatttcttgaattgg 4218217  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 155; E-Value: 2e-82
Query Start/End: Original strand, 1 - 215
Target Start/End: Original strand, 3816936 - 3817150
Alignment:
Q  1 tgtcatgcatagatataacattatattcagaaatagttatgagagctttatcttgcaacctttctaacacaacagccactgaattatcactgtcagaatc 100  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||| |||| |||||||| || |||||||  |||||||||| ||| ||||    
T  3816936 tgtcatgcatagatataacattatcttcagaaatagttataagagctttatctttcaacgtttctaacccaccagccacgtaattatcactatcacaatc 3817035  T
Q  101 tctcaataaatgtttcatgtaatccactttcaaattcaatccattgaaaaaacatgcaatatctaaaaaatacttttgctctaaacgatcaagatcatca 200  Q
    | ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3817036 tttcaataaatgtttcatgtaatccactttcaaatccaacccattgaagaaacatgcaatatctaaaaaatacttttgctctaaacgatcaagatcatca 3817135  T
Q  201 taattgagtctcatt 215  Q
    ||| |||||||||||    
T  3817136 taactgagtctcatt 3817150  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 154; E-Value: 9e-82
Query Start/End: Original strand, 1 - 234
Target Start/End: Original strand, 3809353 - 3809586
Alignment:
Q  1 tgtcatgcatagatataacattatattcagaaatagttatgagagctttatcttgcaacctttctaacacaacagccactgaattatcactgtcagaatc 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||| ||| ||||||||| || ||||||||||||||||||||| ||||||    
T  3809353 tgtcatgcatagatataacattatattcagaaatagttataagagctttgtctttcaagctttctaacccagcagccactgaattatcactgttagaatc 3809452  T
Q  101 tctcaataaatgtttcatgtaatccactttcaaattcaatccattgaaaaaacatgcaatatctaaaaaatacttttgctctaaacgatcaagatcatca 200  Q
    | |||||||| || | |||||| ||||| ||||| |||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||| | ||||||| ||||||||||||||    
T  3809453 tttcaataaaagtgttatgtaacccactctcaaactcaacccattgaagaaacatgcaatatctaaaaaatacttcttctctaaaggatcaagatcatca 3809552  T
Q  201 taattgagtctcattactttatcaacttcttgaa 234  Q
    ||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3809553 taactgagtctcattactttatcaacttcttgaa 3809586  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 150; E-Value: 2e-79
Query Start/End: Original strand, 1 - 234
Target Start/End: Complemental strand, 3920528 - 3920295
Alignment:
Q  1 tgtcatgcatagatataacattatattcagaaatagttatgagagctttatcttgcaacctttctaacacaacagccactgaattatcactgtcagaatc 100  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||| ||| ||||||||| || |||||||  |||||||||| ||| ||||    
T  3920528 tgtcatgcatagatataacattatcttcagaaatagttataagagctttatctttcaagctttctaacccaccagccacgtaattatcactatcacaatc 3920429  T
Q  101 tctcaataaatgtttcatgtaatccactttcaaattcaatccattgaaaaaacatgcaatatctaaaaaatacttttgctctaaacgatcaagatcatca 200  Q
    | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  3920428 tttcaataaatgtttcatgtaatccactttcaaattcaacccattgaagaaacatgcaatatctaaaaaatactttttctctaaacgatcaagatcatca 3920329  T
Q  201 taattgagtctcattactttatcaacttcttgaa 234  Q
    ||| ||||| ||| ||| | || ||||| |||||    
T  3920328 taactgagtttcactacatcatgaactttttgaa 3920295  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 149; E-Value: 9e-79
Query Start/End: Original strand, 1 - 209
Target Start/End: Original strand, 3986335 - 3986543
Alignment:
Q  1 tgtcatgcatagatataacattatattcagaaatagttatgagagctttatcttgcaacctttctaacacaacagccactgaattatcactgtcagaatc 100  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| | |||||||||||||||||||||  ||| ||||    
T  3986335 tgtcatgcatagatataacattatcttcagaaatagttatgagagctttatctttcaacctttctatcccaacagccactgaattatcaccttcacaatc 3986434  T
Q  101 tctcaataaatgtttcatgtaatccactttcaaattcaatccattgaaaaaacatgcaatatctaaaaaatacttttgctctaaacgatcaagatcatca 200  Q
    | |||||||| ||||||||||||||||||||||| |||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||     
T  3986435 tttcaataaaagtttcatgtaatccactttcaaactcaacccattgaagaaacatgcaatatctaaaaaatactttttctctaaacgatcaagatcatcg 3986534  T
Q  201 taattgagt 209  Q
    ||| |||||    
T  3986535 taactgagt 3986543  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 147; E-Value: 1e-77
Query Start/End: Original strand, 1 - 238
Target Start/End: Original strand, 3800928 - 3801163
Alignment:
Q  1 tgtcatgcatagatataacattatattcagaaatagttatgagagctttatcttgcaacctttctaacacaacagccactgaattatcactgtcagaatc 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||    |||||||||||| |||||||||||||  |||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||| ||||    
T  3800928 tgtcatgcatagatataacattatcg--agaaatagttataagagctttatcttttaacctttctaacccaacagccactgaattatcactttcacaatc 3801025  T
Q  101 tctcaataaatgtttcatgtaatccactttcaaattcaatccattgaaaaaacatgcaatatctaaaaaatacttttgctctaaacgatcaagatcatca 200  Q
    | ||| ||||  ||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||    
T  3801026 tttcagtaaaattttcatgtaatccactttcaaattcaacccattgaagaaacatgcaatatctaaaaaatactttttctctaaatgatcaagatcatca 3801125  T
Q  201 taattgagtctcattactttatcaacttcttgaattgg 238  Q
    ||| ||||||||||||| | || |||||||||||||||    
T  3801126 taactgagtctcattacatcatgaacttcttgaattgg 3801163  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 146; E-Value: 5e-77
Query Start/End: Original strand, 1 - 234
Target Start/End: Original strand, 4024572 - 4024805
Alignment:
Q  1 tgtcatgcatagatataacattatattcagaaatagttatgagagctttatcttgcaacctttctaacacaacagccactgaattatcactgtcagaatc 100  Q
    |||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||| ||||||||||||  ||||||||||||  ||||||||||||||||||| || ||| ||||    
T  4024572 tgtcatgcatagatataatattatcttcagaaatagttataagagctttatctctcaacctttctaaaccaacagccactgaattatcgctttcacaatc 4024671  T
Q  101 tctcaataaatgtttcatgtaatccactttcaaattcaatccattgaaaaaacatgcaatatctaaaaaatacttttgctctaaacgatcaagatcatca 200  Q
    | |||||||| |||||||||||||||||||||||||||| || ||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  4024672 tttcaataaaagtttcatgtaatccactttcaaattcaacccgttgaagaaacatgcaatatctaaaaaatactttttctctaaacgatcaagatcatca 4024771  T
Q  201 taattgagtctcattactttatcaacttcttgaa 234  Q
    ||| | ||||||||||| | || ||||| |||||    
T  4024772 taacttagtctcattacatcatgaactttttgaa 4024805  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 142; E-Value: 1e-74
Query Start/End: Original strand, 1 - 238
Target Start/End: Complemental strand, 3933752 - 3933515
Alignment:
Q  1 tgtcatgcatagatataacattatattcagaaatagttatgagagctttatcttgcaacctttctaacacaacagccactgaattatcactgtcagaatc 100  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||| |||| |||||||| || |||||||  |||||||||| ||| ||||    
T  3933752 tgtcatgcatagatataacattatcttcagaaatagttataagagctttatctttcaacgtttctaacccaccagccacgtaattatcactatcacaatc 3933653  T
Q  101 tctcaataaatgtttcatgtaatccactttcaaattcaatccattgaaaaaacatgcaatatctaaaaaatacttttgctctaaacgatcaagatcatca 200  Q
    | |||||||||||||||||||||||| || ||||| ||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3933652 tttcaataaatgtttcatgtaatccaattccaaatccaacccattgaagaaacatgcaatatctaaaaaatacttttgctctaaacgatcaagatcatca 3933553  T
Q  201 taattgagtctcattactttatcaacttcttgaattgg 238  Q
    ||| | || |||||||| | || ||||| | |||||||    
T  3933552 taactaagcctcattacatcatgaacttttggaattgg 3933515  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #9
Raw Score: 142; E-Value: 1e-74
Query Start/End: Original strand, 1 - 217
Target Start/End: Original strand, 4001646 - 4001860
Alignment:
Q  1 tgtcatgcatagatataacattatattcagaaatagttatgagagctttatcttgcaacctttctaacacaacagccactgaattatcactgtcagaatc 100  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||  ||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||  ||||| |||||||||| ||||| ||||  ||    
T  4001646 tgtcatgcatagatacaacattatatttcgaaatagttataagagctttatctttcaacctttctaaaccaacaaccactgaattgtcactttcag--tc 4001743  T
Q  101 tctcaataaatgtttcatgtaatccactttcaaattcaatccattgaaaaaacatgcaatatctaaaaaatacttttgctctaaacgatcaagatcatca 200  Q
    ||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||| || ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4001744 tcttaatagatgtttcatgtaatccactttcaaattcaacccgttgaagaaacatgcaatatctaaaaaatacttttgctctaaacgatcaagatcatca 4001843  T
Q  201 taattgagtctcattac 217  Q
    ||| |||||||||||||    
T  4001844 taactgagtctcattac 4001860  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #10
Raw Score: 137; E-Value: 1e-71
Query Start/End: Original strand, 1 - 217
Target Start/End: Complemental strand, 3956272 - 3956056
Alignment:
Q  1 tgtcatgcatagatataacattatattcagaaatagttatgagagctttatcttgcaacctttctaacacaacagccactgaattatcactgtcagaatc 100  Q
    |||||||||| ||||||||||||| ||||||||| ||||| |||| |||||||| ||||||||||||  |||||||||||| ||||||||| ||| ||||    
T  3956272 tgtcatgcatggatataacattatcttcagaaattgttataagagatttatctttcaacctttctaaaccaacagccactgcattatcactttcaaaatc 3956173  T
Q  101 tctcaataaatgtttcatgtaatccactttcaaattcaatccattgaaaaaacatgcaatatctaaaaaatacttttgctctaaacgatcaagatcatca 200  Q
    | |||||||| ||||||||||||||||||||||  |||| || ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3956172 tttcaataaaagtttcatgtaatccactttcaacctcaacccgttgaagaaacatgcaatatctaaaaaatacttttgctctaaacgatcaagatcatca 3956073  T
Q  201 taattgagtctcattac 217  Q
    ||| |||| ||||||||    
T  3956072 taactgagcctcattac 3956056  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #11
Raw Score: 133; E-Value: 3e-69
Query Start/End: Original strand, 1 - 217
Target Start/End: Original strand, 4009336 - 4009552
Alignment:
Q  1 tgtcatgcatagatataacattatattcagaaatagttatgagagctttatcttgcaacctttctaacacaacagccactgaattatcactgtcagaatc 100  Q
    |||||||||||||||| ||||||| ||||||||| ||||| |||||||||||||  |||||||||||| ||| |||||||| ||||||||| ||| ||||    
T  4009336 tgtcatgcatagatattacattatcttcagaaattgttataagagctttatcttttaacctttctaacccaatagccactgcattatcactttcaaaatc 4009435  T
Q  101 tctcaataaatgtttcatgtaatccactttcaaattcaatccattgaaaaaacatgcaatatctaaaaaatacttttgctctaaacgatcaagatcatca 200  Q
    | |||||||| |||||||| |||||||||||||  |||| || ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4009436 tttcaataaaagtttcatgcaatccactttcaacctcaacccgttgaagaaacatgcaatatctaaaaaatacttttgctctaaacgatcaagatcatca 4009535  T
Q  201 taattgagtctcattac 217  Q
    ||| |||| ||||||||    
T  4009536 taactgagcctcattac 4009552  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #12
Raw Score: 79; E-Value: 5e-37
Query Start/End: Original strand, 1 - 203
Target Start/End: Original strand, 4018057 - 4018259
Alignment:
Q  1 tgtcatgcatagatataacattatattcagaaatagttatgagagctttatcttgcaacctttctaacacaacagccactgaattatcactgtcagaatc 100  Q
    |||||||||| ||||||||||||| || ||||| || ||| ||| ||||||||| ||||||||||||| ||   || |||||||||||||| ||||||||    
T  4018057 tgtcatgcatggatataacattatctttagaaaaagatataagacctttatctttcaacctttctaacccactggctactgaattatcactttcagaatc 4018156  T
Q  101 tctcaataaatgtttcatgtaatccactttcaaattcaatccattgaaaaaacatgcaatatctaaaaaatacttttgctctaaacgatcaagatcatca 200  Q
    | |||| |||  ||| ||||| ||||||||||||||  ||||||||||||||||||||| |||| |||||  ||||| ||||   ||||| |||||||||    
T  4018157 tttcaacaaaaattttatgtagtccactttcaaatttgatccattgaaaaaacatgcaagatctgaaaaaatctttttctctttgcgatccagatcatca 4018256  T
Q  201 taa 203  Q
    |||    
T  4018257 taa 4018259  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #13
Raw Score: 78; E-Value: 2e-36
Query Start/End: Original strand, 4 - 217
Target Start/End: Complemental strand, 3964048 - 3963835
Alignment:
Q  4 catgcatagatataacattatattcagaaatagttatgagagctttatcttgcaacctttctaacacaacagccactgaattatcactgtcagaatctct 103  Q
    ||||||||||||||||||||| || ||||| ||  |  ||| ||||||||| ||||||||||||| ||   || |||||||||||||| ||||||||| |    
T  3964048 catgcatagatataacattatgtttagaaacagaaacaagatctttatctttcaacctttctaacccactggctactgaattatcactttcagaatcttt 3963949  T
Q  104 caataaatgtttcatgtaatccactttcaaattcaatccattgaaaaaacatgcaatatctaaaaaatacttttgctctaaacgatcaagatcatcataa 203  Q
    | | ||  |||| | ||| ||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||   ||||| ||||||||||||    
T  3963948 ccacaatagttttaggtagtccactttcaaattcgacccattgaaaaaacatgcaatatctaaaaaaatcttttgctcttcgcgatctagatcatcataa 3963849  T
Q  204 ttgagtctcattac 217  Q
     | | |||||||||    
T  3963848 ctcaatctcattac 3963835  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 138; Significance: 3e-72; HSPs: 1)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 138; E-Value: 3e-72
Query Start/End: Original strand, 1 - 238
Target Start/End: Original strand, 13397287 - 13397524
Alignment:
Q  1 tgtcatgcatagatataacattatattcagaaatagttatgagagctttatcttgcaacctttctaacacaacagccactgaattatcactgtcagaatc 100  Q
    |||||||||||||||||||||||| || |||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||| ||| ||| || ||||||||||| ||| ||||    
T  13397287 tgtcatgcatagatataacattatctttagaaatagttataagagctttatctttcaacctttctaacccaatagctacagaattatcactttcataatc 13397386  T
Q  101 tctcaataaatgtttcatgtaatccactttcaaattcaatccattgaaaaaacatgcaatatctaaaaaatacttttgctctaaacgatcaagatcatca 200  Q
    | |||||||| |||||||||| |||||||||||| |||  || ||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  13397387 tttcaataaaagtttcatgtactccactttcaaactcatcccgttgaagaaacatgcaatatctaaaaaatacttctgctctaaacgatcaagatcatca 13397486  T
Q  201 taattgagtctcattactttatcaacttcttgaattgg 238  Q
     || ||||||||||||| | || ||||| |||||||||    
T  13397487 aaactgagtctcattacatcatgaactttttgaattgg 13397524  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University